3UF3A

Crystal structure of multidrug resistant hiv-1 protease clinical isolate pr20
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPFVTVKVGGQLKEALLDTGADNTIFEDINLPGRWKPKMVGGIGGFLKVREYDQVPIEIAGHKVIGTVLVGPTPVNVIGRDTMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 protease
publication title HIV-1 protease with 20 mutations exhibits extreme resistance to clinical inhibitors through coordinated structural rearrangements.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3uf3A00
4I0JA 1ODWA 1MSNA 3EL4A 5P3SA 4Y5MA 1FKNA 3ZOVA 2FDDA 3CIDA 3EM3A 5KQXA 3VUCA 5KR2A 4EJKA 1T7JA 5P4OA 4YCYA 4CPWA 2VIZA 4FE6A 2JJIA 5P47A 3SKFA 5JODA 3LPIA 3OTSA 5OZOA 5P6CA 5FIVA 1T6EX 5DR3A 5P8EA 5P3IA 1YM4A 5P5MA 4F73A 1Q9PA 4Y3XA 4S1GA 5P4VA 5P49A 2FNSA 2RSPA 5OZGA 4LBTA 5P4ZA 2WJOA 4Y4ZA 1A9MA 5OZXA 3OK9A 4OBJA 5B18A 2NMZA 4J1IA 5P3HA 3OU1A 4Y39A 3PCZA 5P8HA 5OZ6A 5P3WA 4DUSA 4Y5GA 5DR4A 5P5FA 5P59A 4I0IA 4Y3YA 2I0AA 4Z4XA 4Y48A 1KJHA 5P28A 5P8GA 5P2JA 4EJLA 1FMXA 5DR7A 5P8QA 3QVCA 5P6DA 5I3VA 3S54A 4CPSA 1SDUA 1EEDP 3KA2A 5P11A 4XX3A 2AVSA 3LZVA 4Y5KA 4EJ8A 4AZYA 1MRXA 1AAQA 1OEWA 3KFNA 4Z2ZA 2I4DA 5P2TA 1LF3A 2HPFA 1WKRA 3L5FA 1ER8E 5P0SA 3URLA 5P8KA 3K5FA 3BXSA 4GJ7A 5P1NA 3PI0A 6UPJA 5HE7A 5P34A 1AIDA 3O9DA 3AIDA 4BEKA 4NJVA 5P57A 5P6MA 5OZ9A 5P74A 5P0MA 1HTGA 1TZSA 2Q11A 4RZ1A 5P69A 4LXKA 5P35A 3L5EA 5P13A 5ENMA 3BHEA 1MIQA 4CP7A 4NKKA 4I0EA 2J9JB 4DQFA 3OHHA 5P2FA 2ZJNA 1HSGA 2NR6A 5P86A 4GJBA 4YDGA 4PYVA 1FLHA 5OZ5A 5HE5A 1LS5A 2O4SA 3FKTA 5OZDA 1LZQA 5OZQA 2AVMA 5DQ2A 3VSWA 5P0CA 4FAFA 2VIEA 5P8MA 5P68A 4XX4A 4D85A 3S56A 4XKXA 5OZ8A 3VYEA 2I4XA 5OZCA 2R3WA 2QHYA 5P65A 5P6QA 3GGXA 5OZJA 3OUDA 1SMRA 2WF0A 2OHMA 3FNUA 5P33A 2V0ZC 4R91A 3UCBA 1GVWA 2FMBA 3D20A 1BWBA 3KFSA 3KMXA 5SY2A 5HE4A 4ZE6A 3O9EA 4JP9A 3K5GA 3LZYA 4CMSA 5P7CA 4HEGA 3LPJA 3NLSA 4QJ7A 4I0HA 2WEDA 2QZXA 3EL9A 1FFFC 5JFPA 4DJQA 2AZ9A 2PSUA 3HD8A 5BS4A 3URIA 2O4LA 5KR1A 3MXEA 4FIVA 5P1LA 1IVQA 3O9FA 1E81E 3OU4B 5P73A 2G1OA 5P3KA 3T11A 4PPHA 3NDWA 1EC3A 2ZDZA 4U8WA 4DJYA 4J1HA 5P04A 3SKGA 5P0WA 1J71A 2NTRA 3NWQA 5P58A 5CLMA 5P2MA 1PPKE 3B7VA 1C6ZA 1MT7A 4RVXA 2Q54A 2QZLA 5P00A 4Y5NA 5AH7A 5P1IA 5P4GA 5P0IA 5AH8A 4FL8A 1SDTA 4GJ9A 3O9IA 4B1CA 4ZPFA 4OD9A 5P32A 3NU4A 4GJDA 2QNNA 3INEA 4Y3ZA 1A8KA 2NXMA 5DGUA 3KDBA 5P0UA 3BUHA 1B6KA 5I70A 3GGVA 5P5CA 2UY0A 4Y37A 4LHHA 4Y3TA 3PJ6A 5P4RA 2IL2A 4YD4A 2NXDA 4Y38A 4U7VA 1LEEA 4Y43A 3QVIA 1AVFA 5HVPA 4KE0A 5P6OA 4Y35A 2R8NA 4NJUA 1BAIA 1CZIE 2ASIA 5P6UA 3UQRA 2OHTA 3INFA 3Q4BA 5P0LA 3R4BA 5DQ5A 5P2RA 4Y51A 3DOXA 2VIJA 2F80A 3Q6YA 4R5NA 5OZUA 3PWMA 5P1EA 3ZL7A 1QDMA 1M0BA 3DUYA 5P1KA 3SO9A 3H0BA 1ZPKA 5P3VA 1FMUA 1MERA 1B6JA 4R92A 1ZBGA 4BELA 1UH8A 1HPOA 4FLGA 1W50A 3NUJA 4L6BA 1D4SA 2G94A 1OD1A 3H5BA 1GVXA 2Q5KA 4B05A 4Y5AA 4H3FA 4LXMA 3VV7A 3KDDA 4GJAA 3NU6A 4H3JA 3SM1A 2OHNA 4RRSA 4NJSA 4Y54A 2F81A 1HPXA 1UH7A 4EHCA 2P3DA 1YTIA 3O99A 3OY4A 1K6TA 2I0DA 2XFKA 5OZ1A 2QI7A 2ZE1A 1ZLFA 3OUBA 5P1RA 5P0JA 5P0DA 5P2LA 4Y45A 5P08A 4GIDA 5OZFA 5P8DA 4A4QA 3SLZA 4Y5EA 5P4TA 4GJ8A 3BXRA 1XL2A 4FM8A 5P0BA 5P6SA 3KFPA 5P8NA 3VV8A 3S7LA 5P37A 5HDVA 1PSNA 4FM6A 5P62A 3LIQA 3UTLA 5P8UA 3PEPA 4OBDA 1HIIA 5P16A 5P36A 2FS4A 4M8YA 3L5BA 5OZ7A 2Z54A 4Z22A 3NDXA 5P7MA 4BFDA 3DM6A 5P5QA 2HB3A 3KT2A 1C6YA 3TPPA 5P7EA 2F3KA 3KT5A 3WSJA 1D4IA 2OAHA 4DJXA 4Y9WA 5OZ4A 5OZIA 4Y3MA 1D4HA 5P6FA 1GVTA 5P7LA 3DK1A 4AMTA 1BWAA 2H6SA 3FSMA 3L58A 2NNKA 3URJA 3K4VC 2BPVA 3ZMGA 3VFBA 5P5BA 1BV9A 2AOJA 1FQ6A 3VG1A 5P1BA 1BIMA 3CMSA 1AXAA 1DMPA 3PMUA 1BXQA 5P4SA 4JPCA 1MTRA 5P5TA 4Y4UA 3PB5A 1QBUA 5P1OA 1HVKA 2B7ZA 3ER5E 4KB9A 5P5IA 5P6IA 5P7NA 2VJ6A 3PM4A 2WECA 1AJXA 4ZSPA 5SZ9A 3TL9A 5P7BA 5BWYA 4RLDA 3NXNA 3OXWA 4CPRA 4RRNA 1MSMA 4I0DA 5OYQA 3Q3TA 1XDHA 5P1MA 5P4WA 2SAMA 5OZSA 4Y3QA 4DQEA 2OF0A 3IVHA 3G6ZA 3L5CA 5OYWA 5ER2E 3L38A 1HVSA 2G1NA 5P2ZA 4J1CA 1A30A 4Y3GA 4YD5A 2FXDA 3C9XA 5DGWA 3DV5A 2P3BA 5P64A 5P8LA 4I0GA 4HE9A 3UPJA 5J25A 1EPOE 2H6TA 3U7SA 1W5WA 2BKSA 5P6YA 5JG1A 5KQFA 5P5DA 1QBTA 3NXEA 4K4RA 4D8CA 5TOLA 1LYWB 3VCMA 5P7RA 3QP0A 3OQFA 4DPFA 3BGBA 5P4JA 4L1AA 5P56A 4QLHA 5P2CA 2WL0A 3RTNA 5P2BA 1HPSA 1T7IA 1MT9A 4Y50A 5P0PA 4GB2A 1MTBA 4M8XA 4LAPA 1DPJA 2BKTA 3B80A 5P38A 3MSKA 5ER1E 3FIVA 5P7ZA 1NH0A 1XL5A 4COEA 2F3EA 2FGVA 1APWE 5P12A 3D1ZA 1BV7A 1EPLE 5HDXA 1FMBA 3O9GA 5P0RA 1Z8CA 4Y56A 4FRIA 4Q5MA 3M9FA 4I10A 5IVTA 4Y5PA 2O4PA 1UH9A 5KOQA 5KAOA 2IQGA 5AH6A 5P4HA 1AJVA 4J0VA 3RSVA 1TCWA 3IA9A 1APVE 2UPJA 2CEJA 4YBIA 4L7HA 2R38A 4IVTA 5P5ZA 5OZWA 4YDFA 3RVIA 3MSJA 3U71A 1HSIA 4J0PA 5P0OA 1B11A 2ER0E 4Y44A 1GKTA 5ISJA 4GYEA 5P4BA 4B78A 2HIZA 1ZJ7A 4K8SA 5P0XA 5C9DA 5P3AA 3GI6A 3BGCA 6FIVA 1SIPA 1HVCA 5P6KA 4RROA 3PGIA 5P3CA 3IN3A 1IVPA 3L3AA 2VKMA 4Y58A 2JYSA 3DCKA 3VLBA 4RCFA 4EQ0A 4Q1YA 4Y3WA 2Z4OA 3UFLA 1BVGA 4Y53A 3ZKSA 4YA8A 2HB2A 5P4LA 4OC6B 2G1RA 5P0KA 5P5LA 2NXLA 5DR1A 5P7HA 3EBZA 3T7QA 1E82E 3L59A 5P6EA 4EXHA 3EMYA 5P2AA 4Y4BA 5P2UA 4TRWA 1IIQA 3RTHA 4DVFA 2AZ8A 2QK5A 1KJ4A 1BDQA 4J1KA 2WF1A 3QS1A 4NPTA 3U6AA 5P7SA 4OBKA 5P88A 2QZKA 4Y4EA 2V11C 3ZPSA 1PFZA 1QS8A 5P6PA 1LYBA 3MXDA 4F76A 5DQCA 2J9KA 3PWRA 3S43A 3RU1A 3BUFA 2WF4A 1D4YA 1SMEA 5P5AA 5P3JA 4QJAA 1B6MA 3OAGA 2ER7E 3ECGA 4Q1XA 2RKFA 2QHZA 5P6XA 1M4HA 2G27A 3OTYA 3JVYA 5APRE 1HEGE 4GJ6A 3OUCA 2IKOA 5ENKA 3HLOA 4JECA 5P4NA 4PZXA 4J0YA 4CPUA 5P41A 5P4DA 5P5JA 4F74A 1XE6A 3SA9A 1GNOA 3ZLQA 4DJWA 4B72A 4R8YA 4YD3A 1DAZC 3DCRA 1EC2A 5P2HA 3FV3A 4D88A 2BPYA 2QI5A 5OYVA 5DQ1A 2QHCA 4DJVA 5P8JA 1OHRA 4YBFA 5P83A 5P18A 1QRPE 2XFIA 3GI0A 5P3OA 2R5PA 5P6HA 1HWRA 3FNTA 5P5SA 4Z50A 2BBBA 3IXOA 1XS7D 2Q63A 5P4QA 4OBFA 4LP9A 3OGQA 5OZZA 1FG8C 5OYYA 1LF2A 3PSGA 3CYWA 5P7PA 5P50A 1D4LA 2O4NA 4J55A 1A94A 4JPEA 1HSHA 2I4UA 4EYRA 3ZKMA 3PSUA 4Y4GA 1RL8A 5P85A 3TTPA 1GNNA 3UDNA 4NPUA 4FSEA 1MPPA 1FQ4A 4OBZA 5OYRA 2QD6A 2BPWA 2B7FA 4D89A 5OZNA 1GVVA 1EAGA 1RPIA 3NU9A 2RKGA 2P8HA 1VIKA 3MSLA 3HW1A 3PVKA 4ER1E 1SH9A 5C9FA 1W51A 3S45A 4Y4WA 3HDKA 1B5FB 3TKGA 1EBWA 3I7EA 2AZBA 3LINA 1W6IA 5P80A 3T7XA 3QRMA 5P7WA 4FS4A 2CENA 3ER3E 1K6PA 1K1TA 5P3ZA 3WB5A 5P6TA 5P0TA 5P42A 1HIHA 1LF4A 1EPRE 2HAHA 2HS1A 1ODYA 2IDWA 3UDRA 3UQUA 2CEMA 1SBGA 1YT9A 3QRSA 2WHHA 5P0YA 3O9AA 4Y3AA 2OHSA 4J1FA 3IXKA 4K4PA 5P87A 2QD7A 3LIZA 3HVPA 2JJJA 5P29A 1CMSA 5IVRA 2Q64A 3OOZA 2FLEA 5P6RA 5P6BA 1SGUA 1W5YA 5KR8A 5F00A 5EZZA 5P6ZA 5PEPA 1MVPA 5P02A 3TNEA 2QCIA 5P2DA 5IE1A 3KDCA 2HS2A 1MEUA 2B60A 5P6NA 2IENA 1T6GA 4EWOA 3HVGA 4X2LA 1VIJA 5P82A 5P3LA 5P3XA 4Y5LA 5C9BA 2QI1A 5P3EA 4ZSRA 3NYGA 5P7UA 4OBHA 5UPJA 3UDHA 5P5VA 4APRE 4X7IA 4AA9A 2P3BB 2FGUA 3OGPA 5P0GA 3TPJA 3WB4A 5P7VA 2P4JA 4J1EA 5P7DA 2EWYA 3FNSA 3EL0A 5P5HA 2AOEA 2FDEA 1B6PA 5P0FA 3OXCA 3EKPA 3APRE 4WY6A 5P45A 1APUE 1FIVA 1TSQA 5P8TA 3HAUA 1K1UA 2ZHSA 4ZLSA 2NMYA 2G21A 4HA5A 1LYAA 4QJ6A 1HVLA 2QD8A 5P26A 3INDA 4FGXA 4YOBA 2FIVA 3NU5A 4MC6A 5OZAA 5P3DA 4B00A 5P78A 2VA5A 2ZHVA 3LIVA 2QU3A 3EKYA 2G1YA 3GI4A 1WBMA 2PYNA 3PMYA 1IZDA 2Q55A 1ZPAA 1ZTZA 2AOFA 1K2CA 4DFGA 3LNKA 4EQJA 5P3BA 4DV9A 4I11A 1N49A 5P7YA 1ODXA 5KQZA 2VA6A 5P1XA 1TW7A 4DJRA 4Y3DA 5DR8A 4PEPA 1HTRB 2PQZA 3PWWA 4K9HA 4Y4DA 2WEBA 5P7IA 5P48A 1TCXA 5P24A 3EKQA 4QJ2A 1XN3A 5P3NA 4Y47A 5P1TA 3UFNA 2BPXA 5P2EA 3DV1A 2RMPA 3PCWA 5OZLA 5P14A 5P4UA 2G24A 2HC0A 4YOAA 2IRZA 5P5KA 5P20A 3VF3A 3CKPA 1U8GA 5P3YA 3SA8A 3TOFA 3JVWA 5P7OA 1T3RA 3OU1B 2V16C 2HPEA 4TVGA 4I12A 3LPKA 2G20A 1IBQA 5DR0A 4MC9A 5HDZA 4EP3A 4DQGA 4MC2A 4TVHA 5OYSA 2FDPA 1BDLA 4KE1A 2HM1A 5P8VA 2R43A 1FEJC 2ZJMA 4B77A 5P5XA 5P31A 5P5OA 5P03A 2P83A 4DPIA 2PWCA 3PBDA 5OYXA 2PH6A 1APTE 1YTJA 3FX5A 3KMYA 4K4QA 4J17A 3VSXA 4B70A 4R93A 5P1PA 5DQ4A 3ZKGA 3S53A 4EPJA 5P5RA 2VS2A 1FQ8A 1G2KA 3SA4A 1HXBA 1QBRA 1YM2A 5HD0A 2ER9E 2AZCA 5AH9A 4QGIA 3EC0A 3N3IA 5P5UA 5P19A 2BQVA 5P84A 3DJKA 2QNPA 3NWXA 3QRVA 5P0ZA 2QP8A 2OHQA 2AQUA 3I25A 3S43B 2BB9A 1BVEA 1Z1RA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I0J A;  1ODW A;  1MSN A;  3EL4 A;  5P3S A;  4Y5M A;  1FKN A;  3ZOV A;  2FDD A;  3CID A;  3EM3 A;  5KQX A;  3VUC A;  5KR2 A;  4EJK A;  1T7J A;  5P4O A;  4YCY A;  4CPW A;  2VIZ A;  4FE6 A;  2JJI A;  5P47 A;  3SKF A;  5JOD A;  3LPI A;  3OTS A;  5OZO A;  5P6C A;  5FIV A;  1T6E X;  5DR3 A;  5P8E A;  5P3I A;  1YM4 A;  5P5M A;  4F73 A;  1Q9P A;  4Y3X A;  4S1G A;  5P4V A;  5P49 A;  2FNS A;  2RSP A;  5OZG A;  4LBT A;  5P4Z A;  2WJO A;  4Y4Z A;  1A9M A;  5OZX A;  3OK9 A;  4OBJ A;  5B18 A;  2NMZ A;  4J1I A;  5P3H A;  3OU1 A;  4Y39 A;  3PCZ A;  5P8H A;  5OZ6 A;  5P3W A;  4DUS A;  4Y5G A;  5DR4 A;  5P5F A;  5P59 A;  4I0I A;  4Y3Y A;  2I0A A;  4Z4X A;  4Y48 A;  1KJH A;  5P28 A;  5P8G A;  5P2J A;  4EJL A;  1FMX A;  5DR7 A;  5P8Q A;  3QVC A;  5P6D A;  5I3V A;  3S54 A;  4CPS A;  1SDU A;  1EED P;  3KA2 A;  5P11 A;  4XX3 A;  2AVS A;  3LZV A;  4Y5K A;  4EJ8 A;  4AZY A;  1MRX A;  1AAQ A;  1OEW A;  3KFN A;  4Z2Z A;  2I4D A;  5P2T A;  1LF3 A;  2HPF A;  1WKR A;  3L5F A;  1ER8 E;  5P0S A;  3URL A;  5P8K A;  3K5F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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