1SP5A

Crystal structure of hiv-1 protease complexed with a product of autoproteolysis
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Product of enzymatic self-cleavage bound in the active site of HIV protease
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sp5A00
4J1FA 1GVUA 1LEEA 2IS0A 4Y3MA 3INEA 4Y3FA 3RU1A 3DUYA 1PSOE 4R95A 2AOFA 5DPZA 1J71A 2NR6A 2FNTA 4I1CA 2PMAA 4HDBA 1UH7A 4Y9WA 1ZSRA 1W5VA 4L1AB 1XN3A 3VFAA 4M8YA 4Y41A 3PCZA 4OC6A 3NXNA 5I3YA 5P1LA 2AOHA 5P28A 1EPQE 4B77A 3GI4A 4YOAA 2HS1A 2QU3A 2JJIA 5C9FA 3VV8A 1HVRA 3NWQA 4EJ8A 3T3CA 2G1SA 1G6LA 2PSGA 5P57A 3VUCA 1ZPKA 5P20A 5P76A 4CKUA 1MUIA 1GVXA 4J5JA 2H6SA 3OUBA 3UDPA 1N49A 5P8LA 4CPSA 5P25A 3PBDA 4QJAA 1OEXA 2NMZA 4KB9A 4Y4XA 1IZIA 4J0VA 3ZL7A 5P51A 5P7QA 3PGIA 1IBQA 7HVPA 2PWRA 4GIDA 3VSWA 4HEGA 3SM1A 2P4JA 3VSXA 1FQ6A 5P27A 1GNMA 1FMXA 4U8WA 5P3EA 3OU1A 7UPJA 5P3YA 3VV6A 5P1GA 1VIJA 5P1YA 3L5FA 4YDFA 5P5CA 5COKA 1DMPA 5P7BA 3R2FA 4DVFA 5OZFA 4GZFA 5C9DA 1M4HA 4H1EA 1AIDA 5P5FA 1ENTE 1LF3A 2FLEA 4IVSA 3WB4A 3PMUA 2NPHA 2IEOA 3NWXA 9HVPA 2VJ7A 5F00A 5P74A 3NSHA 4DQFA 1HVSA 1T3RA 3LIYA 4Z22A 5OZSA 4FAFA 4TRZA 2BQVA 5P1MA 3KT5A 3OQAA 5P1WA 3UQRA 3VYEA 5P14A 3TPJA 4D89A 4NPUA 5P0XA 5P7IA 1KZKA 5P5VA 4EQ0A 5BWYA 4K4RA 2OAHA 1D4HA 3INDA 5OZVA 1SDUA 3VF3A 2P83A 4Y37A 3QS1A 1VIKA 5P2UA 3DJKA 2ZJJA 2WECA 3OWNA 4YBFA 3OUCA 5P1RA 3F9QA 3K1WA 5OZQA 3NU6A 4WY6A 1XE5A 1F34A 4NJSA 4Y39A 5P6KA 3ZOVA 2R3WA 5KOSA 4Z50A 5OZ1A 4R8YA 1BDLA 3T7PA 2OHUA 3UFNA 5AHBA 3EKQA 4J1CA 5P6RA 2O4LA 5P5SA 5P62A 2VNMA 3OU4A 4B78A 2A1EA 4OC6B 3EM6A 4J0YA 5DGUA 5P2JA 4F74A 5P7FA 3NU4A 4N00A 5HDZA 5OZ9A 1BIMA 1UPJA 5P17A 5P0BA 5E5JA 1ODWA 1QS8A 1HVHA 5DQ1A 2R5QA 3VYFA 5C9BA 2IGYA 5OZKA 3DV5A 3CIDA 5OZZA 5DQ5A 5P0TA 3ER5E 2V13A 3S43A 1FGCC 4GJ6A 1EC2A 3OGPA 5P3FA 4YE3A 1D4IA 2I4QA 5P88A 4K4PA 2OHLA 5IE1A 5P4RA 3S85A 1XL5A 3FNTA 5KOQA 4A6BA 4XXSA 2PSVA 5P00A 1BXQA 3LIVA 3EC0A 2QI4A 4F75A 1PROA 3PWMA 5P4HA 3IXJA 4YCTA 3SA6A 4EJKA 4Y5EA 3BHEA 2I4DA 5P7OA 3KFSA 4Z2ZA 5OZ6A 1K2BA 3LPKA 4CPRA 2P3BA 4WTUA 3UDKA 2AIDA 1LS5A 3PSYA 5P6UA 4RYCA 5P2FA 3O9AA 2NMYA 3ZPSA 4J1KA 2IDWA 4Y4GA 1E82E 3QIHA 3FNUA 3PM4A 5P35A 5P5MA 3K4VC 3OAGB 5P4QA 4RCEA 5COOA 3ER3E 4I11A 1HPVA 3L59A 4Y3TA 3NUJA 3L58A 5P47A 5P7JA 2FDEA 1BWAA 5P3DA 3LZYA 1G35A 2QI3A 1HVJA 2WF4A 3C9XA 4I0HA 3TOFA 3NDUA 4DJUA 1B5FB 5P3LA 5KR8A 4Y5GA 5P83A 2AZ9A 3R1GB 2HPFA 3TPLA 4I0IA 5P8UA 2QI0A 5P5WA 2IGXA 5DR7A 4CMSA 2OHKA 3L5CA 5P3QA 2ER0E 4JPCA 5HDXA 3VEUA 5OYQA 3KDCA 3MSJA 2AZCA 4YHQA 2ZJLA 5P0ZA 3BUFA 5P8BA 2VJ9A 3TPRA 4HVPA 3IGBA 5P7GA 4Y58A 2R3TA 2PC0A 1HIVA 4FM8A 4B0QA 1CPIA 1HVCA 2HB4A 3IVHA 1G2KA 4Y50A 3RTNA 4YOBA 4Y3SA 5EZXA 3OU4B 5OZXA 2V12C 4I12A 2WJOA 1NPVA 4ACUA 2R43A 4I10A 3T6IA 1E5OE 4Y4AA 4NJVA 1AJXA 5P5ZA 5P0VA 1GNNA 2WF3A 5P3VA 4Y4BA 4Y3JA 5P7KA 1META 4NJTA 1EPME 1XN2A 2OHNA 5OYXA 4Y3GA 3LPIA 2ER6E 3WZ7A 3SFCA 3HVGA 2UPJA 3ZPTA 3EXOA 3TL9A 4RCFA 2FNSA 3OXXA 2QHYA 2QI1A 4R5NA 5DQ2A 1FQ7A 2G1NA 1C6YA 5P0CA 2AOJA 3EKYA 5P41A 2I4XA 1HEFE 5KQZA 1UH8A 1EC0A 3TTPA 5P46A 2QD6A 3PRSA 1W6HA 1U8GA 5IVSA 2P3BB 3HW1A 3URLA 4RLDA 3BC4A 1OHRA 2V10C 4Y45A 4I0GA 5P48A 4FGXA 5P1IA 1SMRA 4Y3EA 5OZ5A 2XFJA 5P2VA 1IIQA 1QRPE 4OBFA 3NDXA 1QBUA 4KUPA 5P49A 3I25A 3FV3A 5OZHA 5P38A 3S56A 5P2KA 2G1OA 1MPPA 4B05A 1FKNA 1C6XA 5P1PA 4L1AA 2ZYEA 3A2OA 1PPME 5P4KA 3M9FA 3UDQA 3ZKIA 1WKRA 2G20A 5P71A 2VIJA 2AZBA 3QP0A 5P43A 2I0DA 4LC7A 5P2DA 3UQXA 5P2LA 3UPJA 4TRYA 2NNPA 5P44A 5P66A 3HVPA 4Q1XA 4AA8A 1LF4A 5DR8A 4DJRA 3NDTA 3KA2A 2J9JB 4XX3A 5P50A 3BXRA 3BGBA 3TOHA 5P1NA 2OHMA 5P6NA 5P8NA 1SMEA 2V11C 5P79A 3OXCA 5OZIA 3FIVA 3PVKA 5P42A 4FSLA 2VIZA 3D91A 4D83A 1UH9A 3APRE 1ODXA 4QJ8A 5P8QA 5OZAA 3WZ8A 4X7IA 5P8MA 3LIXA 3I7EA 3PLDA 5P0IA 2QMFA 3IXKA 3FX5A 3UTLA 2OHRA 5P8SA 5HCTA 5P7AA 3SPKA 2ZJHA 5ER2E 1DW6C 2FGUA 2PSUA 3KFPA 3LZSA 5P34A 1W51A 3CICA 5P3OA 4PEPA 4Y4EA 1FEJC 5P86A 4Y36A 4DJOA 2WHHA 3N3IA 1MRXA 3MWSA 1W5WA 5P73A 5P87A 2AOCA 4ZEAA 2WF1A 3CYWA 2P3DA 2RKGA 3SACA 2Q3KA 5P02A 4Y3DA 3NR6A 5P80A 5P13A 5P4VA 1A30A 3S7LA 1BBSA 3U71A 4E43A 1DAZC 3JVWA 5P8JA 4PZWA 3LZVA 5P3WA 4I0JA 5P6YA 3CKPA 4APRE 3RTMA 5P8TA 5OZPA 1DP5A 1GNOA 4L6BA 4M8XA 5P0OA 1E80E 1E81E 4L7GA 4LP9A 5P0NA 1MRWA 2B8VA 3UDYA 1PFZA 5DR1A 3WSJA 5ISKA 4I0EA 3AUPA 4FCOA 5P7PA 3EKWA 5OYUA 3EL4A 1EBZA 5P3KA 5P6TA 3S45A 2AOEA 2EWYA 5P05A 2B60A 3GW5A 4D8CA 1MT7A 1HSHA 3LZUA 4DV9A 5P03A 5P4CA 5P6JA 4CP7A 4QJ2A 4PHVA 4A6CA 1B6LA 1IZEA 2QZKA 3TLHA 3SKGA 4LBTA 4RROA 3GI5A 3QRSA 5HCOA 5P7WA 1HRNA 4ZE6A 4FRIA 2PWCA 3ZKMA 4Y57A 5UPJA 5P1UA 4OD9A 3QI1A 5P8RA 4RZ1A 5P5PA 1SGUA 4L7JA 4YBIA 3IN4A 3D1XA 5P1ZA 1IDBA 5P5KA 3QBFA 5P6LA 3S2OA 5DGWA 3UF3A 2SAMA 4CPXA 3OXWA 1T7IA 4EP2A 1M43A 4X2LA 1RQ9A 2ZJKA 3IA9A 4PZXA 5P1AA 2BPXA 4HDFA 3RTHA 3EM3A 5P4XA 5P18A 4QJ6A 4R92A 1AJVA 6FIVA 2PH8A 1DPJA 5KR1A 4HLAA 5P2SA 5P3PA 4H3GA 5P5YA 3OOZA 5OYYA 4Y5LA 1IVQA 5P7VA 1TCWA 2FDDA 3K4VA 3OHHA 1D4KA 4F76A 2WEBA 5P22A 5OZ8A 2F3FA 1YTJA 5SY3A 2NTRA 2NXMA 4YD7A 1B6MA 5P72A 4RVXA 1IZDA 5OZUA 4J1HA 3BRAA 4RVJA 3PJ6A 5PEPA 4R91A 3OAGA 4Y6MA 5P4FA 1QDMA 2PK6A 2PQZA 1MSMA 3EKPA 4NPTA 2OHQA 5OZ4A 5P6HA 5P5TA 4GYEA 3EMYA 5P6SA 4OBZA 1ZLFA 5OZDA 1MSNA 1LYAB 1B5FA 1MTBA 3UDMA 2G94A 2HB2A 4Y5CA 1BDQA 1LV1A 5P0MA 3QRVA 2PYNA 5HU0A 1ZAPA 2G24A 1TQFA 2I0AA 4JP9A 5P0AA 3PWWA 1CZIE 1QBTA 5P08A 4CPWA 2WF2A 2ZJNA 2HS2A 3ZKQA 4B1EA 1SDVA 5P2OA 2P3AA 4AA9A 3HZCA 3T11A 4ZPEA 3CMSA 5P1CA 3I2LA 5P7EA 5P4YA 5P0RA 4GJ8A 5ENMA 5P6EA 4F73A 2NXLA 1HTEA 1HVIA 3SA3A 5P4UA 5P63A 5P7SA 5P68A 1SH9A 3BGCA 4DJYA 5P1BA 1FMUA 4OD9B 1QBRA 2Q54A 4DQBA 4QJ9A 4EHCA 2Z4OA 5P04A 3D20A 1A8KA 4DJQA 5OZRA 3TNEA 5DQ4A 1ZPAA 3BUHA 4DQCA 2ZGAA 3PWRA 5P8HA 3EM4A 4Q1NA 5HDVA 4Q5MA 2QNNA 2QZLA 2QHZA 4EJDA 2FS4A 4Y3YA 5P69A 5AH6A 1EAGA 4DH6A 3L5EA 5IVQA 1PSAA 5OZMA 5P29A 3TOGA 1K2CA 4ZSMA 1FFFC 2QI5A 4FL8A 2QNQA 2IENA 4Y5PA 5P0SA 1D4JA 3TKGA 3APPA 4I0DA 3D1YA 4JECA 2QK5A 1RV7A 5P6PA 3EKXA 1IDAA 5P1FA 5OZBA 1FQ8A 4TVGA 1K1UA 3INHA 2ZHSA 5KR0A 1HWRA 2H6TA 3FSMA 5JODA 2ZE1A 5P6WA 4ZSQA 5OZ3A 3KYRA 3O99A 2QU2A 4Y3XA 5P78A 4Y3WA 4BELA 2XFIA 3O9IA 3ZKXA 5KAOA 3UQPA 2IL2A 3TPPA 5P31A 5AHCA 4JOOA 1MERA 3OOTA 3PBZA 5P8AA 3WZ6A 1OD1A 3KDBA 4OBZB 4FE6A 3LITA 2HM1A 5P7YA 2ZHUA 4Y38A 3S7MA 5P4ZA 3RVIA 4Y51A 3H0BA 4GB2A 2J9JA 1EBWA 1KJFA 4U7QA 4Y3PA 2R38A 4KE0A 5P4MA 3KM4A 2OHSA 4J0TA 5P7MA 3UDHA 4OBGA 5P52A 4TVHA 4CPTA 4YCKA 2G69A 3IN3A 5P3AA 5P3RA 5P4IA 4OBJA 1NPAA 5P40A 4GJ7A 3SA4A 1EPPE 2WF0A 5OZWA 5P5QA 1GVWA 2HC0A 2Z54A 5P0QA 3KMXA 1HIIA 1TSQA 4I8ZA 1MT8A 4FS4A 2WEZA 5P3ZA 3OXVA 3S54A 2OHTA 5P2IA 3EL1A 4Y3AA 4ER2E 5KQXA 3IAWA 4ER4E 4Y48A 5P75A 2BB9A 3Q70A 2QD7A 5J25A 4Q1WA 3G72A 4Q1YA 3UQUA 1ZSFA 1GVTA 4AUCA 3OU3A 3JW2A 5P1QA 5P8VA 4EJLA 5P8CA 5P7XA 5B18A 3ZMGA 4BFBA 1B11A 1GKTA 3NYGA 4ZSRA 4YA8A 2Q5KA 3SM2A 2QNPA 4NJUA 1YTHA 5P1JA 4KE1A 4RCDA 3UDNA 3BVBA 3EL0A 1PSNA 2B42A 4YDGA 1TW7A 3HAUA 5ISJA 1BVEA 1Z8CA 1AAQA 5P0PA 5P5XA 1NPWA 1HXWA 2BPZA 3BXSA 3HBOA 5OZGA 3OTSA 3RSVA 4DQGA 4J1EA 5OZCA 3CYXA 3EL5A 1TSUA 1M0BA 2HB3A 1T7JA 3LPJA 4ZSPA 5P2NA 4Y5BA 1T6GA 5P6DA 5P8IA 3SLZA 5OZTA 5P53A 4HDPA 2F81A 5P5OA 4Y3LA 5KQYA 4FRKA 1CMSA 5P06A 4YD4A 5P23A 2I1AA 3PSGA 1HVKA 2BPYA 1ME6A 2VA7A 3SABA 5OYSA 3K5FA 4EPJA 3VCMA 2XYEA 2QP8A 1KJHA 5P0YA 3U6AA 1D4LA 5P67A 5P0UA 4OBDA 3CKTA 5P1SA 1PPKE 5P6QA 5P16A 3G6ZA 3T7QA 1FG6C 2AOGA 3MSKA 5P1OA 2FDPA 1SIPA 3Q3TA 1IVPA 5DR0A 3OTYA 4J1IA 5OZJA 5P77A 2PYMA 1FFIC 1XL2A 3PLLA 4LXAA 5CONA 2IQGA 5P30A 5P4OA 2ER9E 4XKXA 2WEAA 4I0FA 3O9DA 2JXRA 4PYVA 4BFDA 1KJGA 1HHPA 4H3IA 5DR3A 3PI0A 1LYWA 3KMYA 3GGXA 5P32A 1NH0A 3BUGA 3ST5A 1EPRE 5TOLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J1F A;  1GVU A;  1LEE A;  2IS0 A;  4Y3M A;  3INE A;  4Y3F A;  3RU1 A;  3DUY A;  1PSO E;  4R95 A;  2AOF A;  5DPZ A;  1J71 A;  2NR6 A;  2FNT A;  4I1C A;  2PMA A;  4HDB A;  1UH7 A;  4Y9W A;  1ZSR A;  1W5V A;  4L1A B;  1XN3 A;  3VFA A;  4M8Y A;  4Y41 A;  3PCZ A;  4OC6 A;  3NXN A;  5I3Y A;  5P1L A;  2AOH A;  5P28 A;  1EPQ E;  4B77 A;  3GI4 A;  4YOA A;  2HS1 A;  2QU3 A;  2JJI A;  5C9F A;  3VV8 A;  1HVR A;  3NWQ A;  4EJ8 A;  3T3C A;  2G1S A;  1G6L A;  2PSG A;  5P57 A;  3VUC A;  1ZPK A;  5P20 A;  5P76 A;  4CKU A;  1MUI A;  1GVX A;  4J5J A;  2H6S A;  3OUB A;  3UDP A;  1N49 A;  5P8L A;  4CPS A;  5P25 A;  3PBD A;  4QJA A;  1OEX A;  2NMZ A;  4KB9 A;  4Y4X A;  1IZI A;  4J0V A;  3ZL7 A;  5P51 A;  5P7Q A;  3PGI A;  1IBQ A;  7HVP A;  2PWR A;  4GID A;  3VSW A;  4HEG A;  3SM1 A;  2P4J A;  3VSX A;  1FQ6 A;  5P27 A;  1GNM A;  1FMX A;  4U8W A;  5P3E A;  3OU1 A;  7UPJ A;  5P3Y A;  3VV6 A;  5P1G A;  1VIJ A;  5P1Y A;  3L5F A;  4YDF A;  5P5C A;  5COK A;  1DMP A;  5P7B A;  3R2F A;  4DVF A;  5OZF A;  4GZF A;  5C9D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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