5P1MA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 105
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1mA01
3EMYA 4TVGA 5P1MA 3VCMA 4HEGA 3K1WA 3OXXA 1J71A 5P6LA 4RLDA 3D20A 2QD6A 3BVAA 4Y3XA 1D4IA 5OZUA 4WTUA 2FLEA 4Y54A 5KR8A 5P1UA 3LNKA 5OZHA 1QS8A 3S53A 3ZPTA 3OOTA 1TCXA 1NPWA 4K4RA 4DQCA 3S85A 3NU6A 3OGPA 3OADB 3OK9A 4Y3GA 3VF7A 2RENA 3UFNA 3QROA 3URJA 4Q1WA 3DJKA 3SA9A 5P6UA 5P1XA 3T6IA 5P6SA 4Y4DA 1HTRB 1AJVA 1ENTE 3CIDA 1C6ZA 4ZSMA 4H3JA 2HS2A 2FXDA 5OZ2A 3EL5A 3MXEA 5P1PA 5P4FA 5AH6A 1HTFA 2G27A 4RGHA 3DV5A 2G1NA 4Y4TA 5ER2E 3SAAA 3F9QA 5HDZA 5OZFA 3S45A 3N4LA 5P70A 5P5BA 2RSPA 4J54A 2HPEA 3CMSA 5P75A 5HE5A 5P2AA 1FMUA 3VEUA 5P5KA 2APRA 4ZE6A 1KJFA 4YD4A 5P46A 5P65A 5P67A 5P7NA 5AH9A 1HSGA 2Z4OA 3NUOA 5P74A 2P3AA 1LYAB 5P2KA 1SMEA 5HU1A 1ZJ7A 3OHHA 5P50A 2FDPA 1YX9A 5P2BA 4EJLA 5P8SA 4GJ7A 4DFGA 4EJDA 9HVPA 2UY0A 2Q5KA 5P35A 1G6LA 3OXVA 3TPLA 3UDNA 5P8OA 5APRE 3BXSA 5P3CA 4DJQA 4Z2ZA 2WJOA 2A4FA 4RVIA 4Y58A 3QIHA 1WKRA 1HVKA 5P1RA 3O99A 5P38A 2NNPA 1HTEA 1TSUA 3NU9A 3VSWA 2G24A 1EC2A 1MTBA 5P6RA 5I3VA 5P4VA 2HB3A 5P2XA 3S54A 2O4SA 4EYRA 5P1HA 4Y5GA 2ZDZA 2QK5A 5P39A 1HRNA 5P28A 5AHAA 2CEMA 4F74A 3SLZA 5P4MA 1GVXA 1ODYA 2F8GA 3INDA 4PEPA 5P8TA 1APWE 3EBZA 5P4NA 1NPVA 4APEA 2VNMA 4I0EA 3L58A 3UDMA 5P0AA 5OZ5A 1CPIA 5P76A 3KT2A 5P8DA 1AVFA 5P4GA 2OAHA 3APPA 3ER5E 3HVGA 5SY2A 4Y3MA 4GJBA 2AOFA 4I8WA 5OZTA 3G6ZA 1MRXA 5ENMA 3UTLA 3DCKA 3EKPA 5P17A 5IS4A 4Y4AA 5KQXA 3OHFA 3EKQA 5P88A 3URIA 1K6CA 2HS1A 3TNEA 4OBHA 4NJVA 3KN0A 4DJYA 3SABA 3O9HA 5HDUA 4QJ9A 5C9DA 5P7BA 3IXOA 4TVHA 5DR8A 2QD7A 2WEZA 2O4NA 4Y5BA 3IGBA 2VIEA 2VJ9A 3O9LB 5COPA 2QI1A 1IVQA 2QU3A 5P6WA 2NXLA 3EKXA 3OXWA 4J55A 4JPCA 4I10A 4EP2A 5OZQA 5P4OA 3OAGB 2G1RA 3GW5A 4A6BA 5HDVA 5KR0A 5P34A 3UQPA 1LYBA 4Y4XA 3CYXA 4GYEA 1DPJA 3QS1A 5OYVA 3HBOA 4B05A 5E5KA 5P1ZA 1K6TA 4FAFA 4D83A 1HOSA 5P0GA 2VKMA 1Z1RA 2O4LA 4Z4XA 4PHVA 1D4SA 2RKFA 4B0QA 3UPJA 3D91A 4Y4UA 5P6JA 4Y3WA 1XS7D 4Y3RA 3OU1B 1IZEA 3GGVA 4ACXA 1N49A 2WKZA 5P45A 3KMXA 3APRE 1HPOA 1OEWA 4R91A 3ZOVA 2ER9E 5ER1E 3NU3A 5P1WA 4FL8A 1EPOE 4QJ8A 4H3IA 5P2ZA 1GVWA 3SA3A 5AGZA 5P2MA 3ER3E 5P82A 1ZPKA 3LINA 4NPTA 3SO9A 2FNSA 3R4BA 8HVPA 3VV7A 3SM2A 4DI2A 3VYEA 3SACA 1D4YA 3WZ8A 3MSJA 3VLAA 2O40A 2BPYA 4Y50A 4LHHA 5OZNA 3SA6A 4Y3PA 3QPJA 2QHYA 5P44A 3HZCA 4X2LA 1ODXA 1W5VA 5P7JA 4OBGA 5P8QA 5P1CA 2AOCA 5P31A 4Y36A 1EPQE 2Q15A 4QJ2A 4RYCA 3KFSA 1B11A 3ZLQA 1ZSFA 2ER7E 5OZEA 4L7JA 1MUIA 5P2CA 5AH8A 1HTGA 5I3XA 2QZWA 5P84A 4B78A 1HSIA 2OF0A 5DPZA 5C9BA 3IVHA 4M8YA 5P2GA 4COEA 5P1IA 5P54A 2F3EA 4FRSA 5P6VA 3KFRA 3QRSA 4PZXA 1BAIA 4AA9A 5P8FA 3VYFA 5P3DA 1DIFA 1SP5A 2J9JA 4HA5A 2OHPA 5HU0A 1MIQA 4Y5MA 5OYTA 4NPUA 1T7IA 4NJSA 2VIZA 1FQ8A 1LYWB 2Q3KA 7HVPA 2I4VA 1FFFC 5OZJA 4Y4GA 1K2CA 3I7EA 4OD9A 4FAEA 4DQEA 3TPJA 1YM2A 5HD0A 5P6YA 3INEA 1KJHA 5P3YA 3TPPA 3NU5A 2WF0A 4KUPA 2B42A 5P15A 4PYVA 3AIDA 1HHPA 5P8EA 5OZ1A 5P4TA 2FDEA 3FV3A 4XXSA 4Y3TA 2JXRA 4QJ6A 5OZ8A 3ZKIA 4B00A 4GJ8A 2ZJMA 4LXMA 3NXNA 4YA8A 3EL0A 5P58A 1C6XA 3WZ7A 5OZ0A 3PJ6A 2BPWA 1W5WA 4GB2A 3OWNA 1IZDA 5P3WA 3L59A 3D1XA 4GZFA 2VIJA 4OBZB 5P6FA 5JFUA 5HTZA 2G21A 4Y3SA 1PSNA 1MSNA 3LIXA 5P5EA 5P0WA 4Y47A 2ER6E 5P2QA 4DJWA 1LS5A 3CYWA 4Y41A 3NUJA 1FIVA 2VJ7A 5P1LA 5P24A 3I25A 3D1ZA 4J1CA 5OYQA 4CPWA 3OTYA 3DUYA 3R1GB 3S7MA 4Y4JA 2QD8A 5P3GA 4GIDA 1SMRA 5P73A 3LZSA 3PHVA 3L5EA 2G20A 2ZHVA 4ZPGA 5P18A 3SA4A 5P5LA 4EJ8A 4J17A 1META 5KR1A 1YTGA 4Y4BA 2VIYA 3D1YA 5P87A 2IL2A 1B6PA 3S7LA 4H3GA 5P6DA 3PSGA 4J1KA 3INFA 2QCIA 2AZBA 3PWMA 1PROA 2JYSA 2AQUA 2XFJA 1VIKA 1IVPA 4OC6A 4Y35A 4Y4WA 5P8UA 4U8WA 5P5GA 4YD7A 3OGQA 4I0DA 1ZAPA 2NTRA 3LPIA 5JG1A 3ZKQA 1FMBA 2WF4A 5COOA 3SKFA 3OUCA 5KR2A 4I0IA 4Y4EA 3OY4A 2WF1A 3VG1A 3K5CA 3PVKA 4J1IA 5P5NA 4Y48A 1UH9A 2AZ8A 2J9KA 1GNNA 5P0NA 2B7ZA 5P26A 3BC4A 1W50A 5P22A 2PYMA 1SIVA 2WF2A 3NWXA 1AZ5A 5P1QA 1BDQA 3ZPUA 5HE4A 2AZ9A 2Q11A 2I4XA 1YT9A 5P07A 2AVMA 1HPSA 3VYDA 5P16A 5OYRA 2RKGA 5P0XA 5AH7A 3I2LA 2G1OA 5P7QA 3K5DA 3TOHA 3S43A 1HVCA 5P89A 1HVHA 1YTJA 4D89A 5P52A 5P8RA 3DK1A 1PSAA 2NMYA 3NSHA 4I0ZA 5P41A 5E5JA 1MESA 3PLLA 1HXWA 1B5FA 1TCWA 4QGIA 1HVJA 4FGXA 4CP7A 3C9XA 5P4ZA 1M0BA 4S1GA 3PMYA 2ZJHA 1SGUA 2JJIA 5P3KA 3LPJA 4QLHA 2QHZA 4HDBA 3HDKA 2P3CA 5P2VA 5P40A 5P7DA 5P8JA 1DW6C 4QJAA 1T7KA 5P59A 2OHSA 3TKGA 3FNUA 5P1GA 4FE6A 1HWRA 3L5FA 4U7QA 5P1BA 1E81E 3T7PA 2G1YA 3WSJA 5P72A 1F7AA 4MC9A 3EC0A 4ZSQA 4F76A 3GI5A 5P33A 4BFDA 3SQFA 3OU4B 2BKTA 5P1OA 1EBKC 2UPJA 3INHA 2P3BB 6APRE 1W6HA 5OYXA 3OADA 1FEJC 5OZ9A 5P5RA 5P1EA 2QNQA 3G72A 1A94A 5KOQA 3QVCA 2ZJNA 4RVXA 5OYSA 1BBSA 2ASIA 4Y5KA 4PPHA 2HAHA 3NXEA 2WEDA 4J5JA 3IXKA 4AZYA 4H3FA 3HD8A 3VFBA 1B6JA 5P7TA 3WZ6A 5OZZA 3PCZA 3RTMA 5P7YA 4DJOA 3OQDA 2PC0A 2OHMA 3GI4A 3GI0A 1HPXA 3L5DA 1AM5A 3EKTA 5P2JA 3BXRA 3UF3A 1NH0A 1BIMA 5P83A 3Q4BA 4B1DA 3JW2A 1FFIC 5P2TA 4J0ZA 4LC7A 4L7GA 3EXOA 3NR6A 5P6MA 1BWBA 5EZZA 4DJUA 1LYAA 4FSEA 3QN8A 5KQYA 1EPNE 5P6HA 5P02A 2OHNA 1IDBA 5P3TA 3T3CA 2BPXA 2PSGA 1FLHA 5DQ2A 5TOLA 1LF3A 5P0FA 5P7HA 4TRWA 3UDRA 4Y56A 5AHBA 4I8ZA 3LZUA 3QAAA 1QBUA 4YD6A 5P06A 5P0TA 1IBQA 2PWRA 4KB9A 2Z54A 2R3TA 5P2YA 3R2FA 3BHEA 4OBDA 3OUBA 2G69A 5P3HA 4FRJA 2IDWA 1LF4A 3NWQA 3O9IA 1HIIA 5P5MA 2AVOA 4U7VA 2V00A 1PFZA 4DJPA 1LEEA 5P2SA 3ECGA 1ER8E 4GJ5A 4WY6A 3S2OA 5OYYA 5P53A 5P6CA 3KYRA 5T4SA 4B1CA 1ZP8A 4RVJA 2OHRA 4RRSA 5P0MA 4LP9A 1EAGA 4Y57A 5P5IA 4FS4A 2QI7A 4APRE 4RCDA 2HB4A 5P0EA 1GVTA 4PZWA 3PBZA 3RTNA 4Y38A 1K6VA 5P7IA 4K9HA 3FNTA 5P5ZA 1W5YA 2ANLA 5P20A 4ZIPA 2ZHUA 5P3BA 1HPVA 4Y3ZA 2R3WA 4Q1XA 5P5OA 1K1TA 4E43A 4MC6A 5COKA 2IGYA 3OU3A 5OZMA 1SDUA 2HPFA 1FMXA 1FQ7A 3UDHA 5P0UA 2AOJA 3WB4A 4Y3NA 3OQAA 5P0VA 1XL5A 4Y45A 2XYFA 3LZVA 4Y5LA 2NNKA 2ZHRA 4Y3QA 2F3KA 5P0DA 1IIQA 5OZOA 5DQCA 4Y4ZA 1YG9A 4Y3AA 3OTSA 1K6PA 5P7WA 3KDDA 4A6CA 2XYEA 5P5JA 3VF5A 5KQFA 4XX4A 3O9LA 3EKWA 5P27A 2I4WA 4L6BA 4XKXA 1EPME 1K2BA 1HVRA 1GKTA 2B8LA 5J25A 1BILA 5DQ4A 4EHCA 1OHRA 3OAGA 1C70A 5SY3A 3FKTA 5HDXA 3WB5A 5OZ7A 5P1FA 1XN2A 4I12A 5OZGA 2QMFA 3VV6A 5P0QA 3L38A 4AA8A 2VA5A 5F01A 3KF0A 4J1FA 3FSMA 5P6TA 2FXEA 2B8VA 1MT8A 4ER2E 5P62A 3O9BA 4ZEAA 1BVGA 3M9FA 4Q1NA 5P7RA 5P1KA 5P6QA 5IE1A 5P4KA 3R0YA 4DQFA 5P7LA 3UQXA 1WBKA 3OU1A 1E5OE 4KE1A 1C6YA 5P13A 4GJAA 2V16C 2I4QA 4JP9A 1BWAA 3BRAA 4RRNA 5P0LA 3SFCA 2QMPA 5P8NA 1PPME 2FGUA 5DR4A 2AODA 5P79A 1XE6A 5P1VA 1ME6A 2QU2A 4LXAA 4L7HA 5P5PA 1KJ4A 3UDPA 4Z50A 4Y5EA 5P8LA 1K1UA 1PSOE 3GGXA 5OZDA 5P8AA 2VA7A 1DP5A 3PCWA 3CKTA 1HIHA 5P2LA 4YOAA 1TW7A 5OZYA 2R9BA 2BPVA 4Y5PA 4TRYA 1HEGE 5OZBA 3KDBA 5P25A 4YBFA 3BVBA 4I0FA 5OZ3A 5P1AA 1VIJA 3PM4A 3TL9A 5P3RA 1AAQA 3FIVA 1D4JA 4DJRA 1MVPA 2O4KA 1B6MA 1U8GA 2QI0A 4YDGA 1EEDP 3BUFA 1D4HA 2G1SA 2QI4A 5P1SA 2AVSA 5HCTA 5P51A 3ZKXA 2WF3A 5P3SA 3UCBA 4YCTA 3KT5A 1EBYA 5P5DA 5IVTA 3IXJA 1MT7A 5P6PA 5P2WA 2IKUA 2QI6A 5SZ9A 3ZKGA 4FCOA 2ZHSA 3R0WA 5P2FA 5P8BA 3SA5A 4UPJA 3U7SA 4J0PA 2SAMA 5P3MA 2QZXA 3LHGA 3DOXA 4BEKA 4Y3LA 5P1NA 5OZ6A 5P19A 1LYWA 1QBSA 4Y37A 5HVPA 4YE3A 4J0VA 3QI1A 2NMZA 1HEFE 4J0YA 1FGCC 4OBFA 2PYNA 5DR1A 5DQ1A 2BQVA 2PK6A 3RSXA 3DV1A 3TOFA 3ZL7A 1JLDA 5P57A 4CKUA 1BV9A 2QP8A 3PWWA 3O9EA 3GGAA 4NKKA 3CKPA 1W6IA 3OUDB 3DCRA 3QRVA 5P69A 1RPIA 5P0IA 4ZPFA 2O4PA 4CPRA 1G0VA 3RVIA 5P37A 4L1AB 3EKVA 2I0DA 5P2EA 4D88A 3N3IA 5CONA 7UPJA 1AIDA 5P47A 3Q6YA 5P5CA 4OBZA 4K8SA 1FQ6A 3PB5A 3VV8A 3LITA 3RTHA 1TSQA 4D85A 3UDQA 2NR6A 4DQGA 3BUHA 1OEXA 3PRSA 5P7XA 1BVEA 4Y3FA 5P3OA 5P77A 1WBMA 4DVFA 5P42A 1G2KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EMY A;  4TVG A;  5P1M A;  3VCM A;  4HEG A;  3K1W A;  3OXX A;  1J71 A;  5P6L A;  4RLD A;  3D20 A;  2QD6 A;  3BVA A;  4Y3X A;  1D4I A;  5OZU A;  4WTU A;  2FLE A;  4Y54 A;  5KR8 A;  5P1U A;  3LNK A;  5OZH A;  1QS8 A;  3S53 A;  3ZPT A;  3OOT A;  1TCX A;  1NPW A;  4K4R A;  4DQC A;  3S85 A;  3NU6 A;  3OGP A;  3OAD B;  3OK9 A;  4Y3G A;  3VF7 A;  2REN A;  3UFN A;  3QRO A;  3URJ A;  4Q1W A;  3DJK A;  3SA9 A;  5P6U A;  5P1X A;  3T6I A;  5P6S A;  4Y4D A;  1HTR B;  1AJV A;  1ENT E;  3CID A;  1C6Z A;  4ZSM A;  4H3J A;  2HS2 A;  2FXD A;  5OZ2 A;  3EL5 A;  3MXE A;  5P1P A;  5P4F A;  5AH6 A;  1HTF A;  2G27 A;  4RGH A;  3DV5 A;  2G1N A;  4Y4T A;  5ER2 E;  3SAA A;  3F9Q A;  5HDZ A;  5OZF A;  3S45 A;  3N4L A;  5P70 A;  5P5B A;  2RSP A;  4J54 A;  2HPE A;  3CMS A;  5P75 A;  5HE5 A;  5P2A A;  1FMU A;  3VEU A;  5P5K A;  2APR A;  4ZE6 A;  1KJF A;  4YD4 A;  5P46 A;  5P65 A;  5P67 A;  5P7N A;  5AH9 A;  1HSG A;  2Z4O A;  3NUO A;  5P74 A;  2P3A A;  1LYA B;  5P2K A;  1SME A;  5HU1 A;  1ZJ7 A;  3OHH A;  5P50 A;  2FDP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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