3RSVA

Structure of bace-1 (beta-secretase) in complex with (r)-3-(2-amino-6-o-tolylquinolin-3-yl)-n-((r)-2,2-dimethyltetrahydro-2h-pyran-4-yl)-2-methylpropanamide
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
387
structure length
364
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title From Fragment Screening to In Vivo Efficacy: Optimization of a Series of 2-Aminoquinolines as Potent Inhibitors of Beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 (BACE1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 88
structure length 364
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rsvA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rsvA02
3TOHA 4YDFA 5OZIA 5P4ZA 5OZDA 1HTEA 3TOGA 4FS4A 1SIPA 2SAMA 4EXHA 4M8XA 5P1XA 3DOXA 2XYFA 3OXXA 4OC6A 5P2AA 4LXKA 1HSHA 3LIQA 1BIMA 1NH0A 4PYVA 3KT2A 3MSLA 3CYXA 1TCWA 3I6OA 5P76A 1DAZC 2G27A 4EHCA 2VKMA 5JFUA 3OOZA 1DW6C 2NNPA 2RMPA 5P3IA 4HA5A 1YTHA 2G94A 4NJVA 3CKPA 2A1EA 3KT5A 3VV7A 2V10C 2R5QA 5ER2E 3ZKSA 4FRSA 4DJRA 4Y53A 3NLSA 4YHQA 5P01A 3VSXA 1GVTA 1WBKA 1APVE 5P2TA 3L3AA 3EL4A 4YCKA 5AH6A 3OQDA 3OQAA 2G26A 4D83A 1LYAA 1XE6A 3VFAA 2R3TA 4Y41A 4FRIA 5P8TA 4R95A 3EL9A 4CKUA 5P77A 2Q3KA 1U8GA 5I70A 3LINA 2F80A 1Z8CA 5OZEA 5P3BA 5COOA 5P3QA 5P28A 3INHA 3LPKA 5P1PA 3SA5A 5P6NA 3S45A 5P7CA 4GMIA 3PCZA 5P07A 3HD8A 4Q1WA 3VLAA 1ENTE 2FLEA 4DVFA 1FF0C 5P25A 5P3OA 3INFA 1KJGA 3TPPA 5P5NA 2JYSA 1AXAA 1EPOE 3T7QA 3EKPA 3I7EA 5P4AA 3L5CA 2Q5KA 3UDJA 5HU1A 2UY0A 3PBZA 3UDPA 3VCMA 3OQKA 5OZVA 3LPJA 1B5FA 1EC2A 5P27A 1UH9A 3URJA 3LZUA 5P2WA 4J17A 3JVWA 4Y9WA 3K5GA 1ER8E 5P22A 5CONA 3O9EA 3RSXA 2WECA 5DR7A 1YX9A 4FAEA 3B7VA 3O9HA 2R9BA 2P3CA 5P37A 1IVQA 4EPJA 1LV1A 5DPZA 2Q54A 2OAHA 5P3GA 1AIDA 1W5XA 4AMTA 1B6MA 5P41A 3TH9A 5I3XA 1W6HA 1ZLFA 3PBDA 1VIKA 5P2RA 4WY6A 1D4HA 4EQ0A 4Y3TA 1ZTZA 3T11A 5P8VA 5P5GA 5P5HA 2JJIA 3K1WA 4RZ1A 5P2HA 2F3EA 1T7IA 1SGZA 3URLA 3O9CA 4XX3A 5KQFA 5P5SA 5I3VA 2HM1A 5P3EA 4U8WA 1HEGE 6FIVA 1SDUA 1WBMA 3G6ZA 5OZBA 5HD0A 4PEPA 5P6YA 2R3WA 1HXWA 4D89A 4DPFA 2XYEA 2JXRA 4RCFA 2BKSA 4U7QA 4A6CA 3BXSA 3QRVA 3PGIA 2AVSA 3LIZA 5P39A 3UDMA 4ER4E 4Y36A 3HVGA 6UPJA 2I4DA 2JJJA 5DR0A 3ZL7A 5P6QA 5B18A 4MC9A 3BGBA 5P7VA 4K9HA 5BRYA 4GJCA 2Q15A 3G70A 5DR1A 2ZJNA 4Y44A 2AVVA 2OHNA 5OZ5A 5P1JA 5P4SA 2JE4A 3ZLQA 5P8QA 4UPJA 1N49A 4OBZA 3S43A 5F01A 3NU4A 2PMAA 5P7QA 3TPRA 5IVTA 2OHLA 4HZTA 5P16A 3VLBA 4ACXA 1EBYA 5P4QA 1UH7A 1ZPKA 3SM1A 5OYZA 2QHZA 5P7JA 5P0XA 4FL8A 3KFNA 1T7JA 1C6YA 4Y4XA 2VIEA 2BPYA 2AVOA 2PH8A 1OHRA 5P6LA 3DCKA 5P3NA 1HOSA 3PSYA 4Y6MA 1NPVA 3VF7A 5P3KA 5P1HA 1GKTA 5P6OA 4I8WA 1AAQA 5P1OA 4DQFA 3EMYA 5P57A 1LS5A 1M0BA 2QI0A 4B70A 5HCTA 1BV9A 2UPJA 5P48A 3BUGA 1EBZA 2AQUA 4Y5AA 5P6AA 2QZLA 1HVLA 4JPEA 2AZCA 5P5LA 3VEUA 3HBOA 1MTBA 3TLHA 4ZSQA 5SY3A 5P4CA 1MERA 4Z4XA 5P8DA 3S2OA 2O4SA 5OZ8A 5AH9A 5OYVA 5P8PA 3QROA 3QRMA 1RL8A 5P7NA 5P6PA 3HVPA 3EBZA 1QBUA 5OZOA 1MPPA 5P04A 5P45A 3ST5A 5P3LA 2AZ8A 2OHUA 3IXJA 3NUJA 1HVRA 3KFSA 5P4BA 3S54A 2IEOA 2WF2A 2R43A 3OTYA 4YE3A 3ZPUA 1BVEA 3CKRA 5P7FA 4PZXA 1UH8A 4H3GA 3SLZA 1ME6A 4ACUA 5AGZA 5P08A 3H5BA 2I0DA 1PPME 2Z4OA 1IZDA 4Y45A 3OUDA 4Q1YA 5AH7A 5P78A 5P0ZA 1ZAPA 3LHGA 5P6UA 1CZIE 3PI5A 5P8JA 4DJVA 5P61A 4H3IA 3QRSA 1EC0A 3NDUA 1QDMA 2IENA 1E81E 5P2EA 4Z50A 2HB2A 1YG9A 1YM4A 5P2NA 1GVWA 4XX4A 4LXAA 5P34A 3K5FA 1MVPA 1HRNA 1UPJA 3KDCA 3OUBA 5OZWA 2XFKA 5P1BA 4BFDA 4B1EA 4I0FA 2QHCA 5P4IA 1AZ5A 1TCXA 4Y48A 3ER3E 4J1HA 5P8MA 2R5PA 1GNMA 1KJ4A 2WF0A 3OU1B 3R1GB 5P0PA 2ZHRA 2BQVA 1BXOA 5DQCA 2V16C 1ZSRA 4B0QA 4HDFA 4A4QA 4YBFA 1K6CA 3ZKGA 1SP5A 2IGXA 3VF3A 3D1YA 2ZHVA 2G1OA 3ZKQA 3UDRA 2G1SA 1HBVA 1IVPA 4K4RA 5P7PA 2J9JB 1K6TA 1TSQA 4H3JA 4Y39A 3LITA 5P19A 2ZJJA 1PSNA 4OD9B 5OYXA 5P2YA 4PHVA 4FM7A 2HS1A 4ER2E 4KB9A 1HTGA 1YTGA 5P7HA 5P15A 5P6MA 5P87A 4AZYA 4J1CA 3OQFA 4L7HA 1LZQA 5P6IA 1ODYA 1T7KA 5OZXA 3NU6A 4R93A 5P74A 2FMBA 5P5PA 5P0OA 5P1GA 4H1EA 5OZNA 4GB2A 5FIVA 3L5FA 3CICA 1B6JA 3O9LB 1EBWA 3QBHA 4DJQA 3I2LA 5P1FA 5P6JA 1XDHA 2F3FA 1CMSA 2B8LA 1D4YA 2G1RA 4Y43A 5OZGA 3RSVA 3OU4B 2G1YA 5P0KA 1W51A 2P3AA 4RROA 5P6HA 7HVPA 1MSMA 1KJ7A 5OZPA 1LF2A 2NPHA 1OEXA 3KFRA 5AHAA 5OYRA 5OYUA 3HAWA 2HS2A 2QCIA 5P8OA 3U6AA 2OHKA 3FNUA 1IZEA 3APPA 4HE9A 1MSNA 4Y4DA 5P1AA 2QZKA 4RYCA 4Y54A 3OUAA 2FXEA 4J5JA 4ZE6A 5E5KA 3C9XA 3GI0A 5AHBA 3MXDA 3OXVA 1GNNA 4Y51A 2ER9E 2VA7A 3KN0A 3OAGB 1MESA 2P4JA 2HPEA 4ZPGA 2V12C 4F74A 3UQXA 2BPZA 1HXBA 5OZSA 3ZPTA 1HSGA 5P03A 3D91A 3EKXA 1MRXA 5I3YA 3Q4BA 1B6PA 1D4LA 5P3PA 4Y5PA 4BELA 5P53A 3NDXA 1PSAA 4WTUA 2QI1A 3TOFA 3ZMGA 2PQZA 4BEKA 3R0WA 4Y3EA 2AOHA 1QS8A 1W5WA 4L1AB 5HTZA 4I0DA 5P75A 3A2OA 4E43A 4ER1E 3NU9A 2QD6A 3EKTA 4Y38A 1LF3A 1FLHA 5SXNA 1Z1HA 3NYGA 2AOCA 5P33A 5P8HA 1C6XA 3FX5A 4J1FA 1FMUA 4GJ6A 5P6WA 2QHYA 5P5XA 4Y3PA 2G20A 1DIFA 1HPXA 5P4YA 1GVUA 1MEUA 3OXCA 4LXMA 1W6IA 4ZPEA 2QAKA 5P0CA 3PLDA 2HB3A 2ZYEA 5SY2A 5P36A 3BVAA 2PC0A 5P3XA 5P46A 5KR8A 5P3HA 1APTE 5P12A 2VJ7A 2P3DA 2NNKA 5COPA 5P4NA 4APEA 4FRJA 5P3VA 1HPVA 5P0RA 2QK5A 5P38A 5P1RA 4Y3WA 1EPNE 4DJUA 1C70A 8HVPA 1HPOA 3VUCA 3JW2A 5P62A 5P72A 5OYTA 4OD9A 4YA8A 5P71A 2G24A 4Y50A 3ZPSA 4ZSPA 5KQZA 1XS7D 4GJ9A 2Q11A 5P42A 5HE5A 3H0BA 4J1IA 3UDYA 2BBBA 3RU1A 4NJUA 2Q64A 5P1IA 5P5CA 2UXZA 4Y3JA 2ZJMA 1F7AA 3BUFA 3DUYA 5P05A 1EC1A 3R2FA 5P1NA 5P7EA 4Q1XA 1YM2A 2J9KA 3G72A 1ZBGA 2ER0E 4Y4WA 3IAWA 1QBTA 1T3RA 5P40A 4Y3YA 2CENA 4D8CA 2AZ9A 2ZJIA 3FV3A 5P6XA 1BXQA 2OHRA 2B42A 3QN8A 4PPHA 3OU4A 5P1UA 3SA3A 5P7MA 3UQRA 3NWQA 5P7LA 3HW1A 2PWRA 3EL0A 3M9FA 4AA8A 1HVHA 3OTSA 2OHMA 3SKGA 5P1KA 3BC4A 3SABA 5P2FA 3GI5A 2P83A 2QNNA 1GVVA 5P3UA 1AVFA 4RLDA 4QJAA 3IN4A 5P5QA 5P70A 1HIHA 3FIVA 2G1NA 5P10A 3UFLA 4FGXA 3EKWA 1LYWB 5P67A 3CKTA 5DR4A 3RTMA 4DI2A 1XN3A 4Y47A 3OXWA 2O4KA 1HIIA 3OAGA 4Y4TA 2O4PA 4KUPA 5KR0A 4Y5BA 3PM4A 1KJHA 3EL1A 1FMXA 3OGQA 2VA5A 4I1CA 3UFNA 4Y3HA 1LEEA 5P86A 5P0TA 5P0HA 3O9BA 1E5OE 1FFIC 2VJ9A 1RV7A 5OZZA 4AA9A 3U7SA 4Y3NA 1NPAA 1F34A 5HDXA 4COEA 3K4VA 4EJKA 2G69A 5P89A 3K5DA 1SH9A 4TRZA 3NDTA 4XKXA 5P7KA 3S53A 5P2SA 3PSUA 4J1EA 2PSUA 4LHHA 4LL3A 3UQWA 5P5OA 2G22A 4CPUA 5SZ9A 5KQYA 3PLLA 4J55A 2B60A 3T6IA 4Y3DA 1TSUA 3EKVA 2ER6E 3GGAA 2HAHA 1IZIA 3KA2A 4Y5GA 5P4FA 1RPIA 1EC3A 1EAGA 3OOTA 4F75A 3L5BA 3F9QA 5P2LA 1HSIA 4RCEA 3PB5A 5P66A 3WB5A 5DR8A 5P8UA 3SKFA 1EPQE 5P4MA 4K4PA 5HDUA 2PSVA 1M4HA 4I10A 1D4KA 4WY1A 2P3BB 1EPLE 3L5DA 5P4VA 4OBJA 1FQ4A 5IS4A 1FB7A 3UQUA 5KR1A 5P0VA 5OZAA 4FSLA 4NPTA 4Y37A 3QBFA 4FE6A 3QPJA 5UPJA 2IL2A 2NXMA 5ISKA 2WHHA 4L6BA 1DP5A 5P5YA 2F81A 2WKZA 5P8EA 4Y3LA 5OZCA 1G2KA 4Y4AA 3SPKA 1BWAA 3BRAA 3DV5A 3K5CA 5P6RA 2QI7A 3EL5A 1SGUA 2VNNA 4L7GA 5P7GA 1D4SA 5IVQA 2ZJHA 4CP7A 5P5IA 5HU0A 3OY4A 1FKNA 2P8HA 2WEAA 3KF0A 5P0GA 3KDDA 5P11A 3LZVA 4DH6A 3INDA 4DQEA 1BDLA 1K6PA 2BPXA 1W5VA 5P7DA 5P1ZA 1XE5A 3PJ6A 5P8GA 2ZE1A 3S7LA 5P5JA 4NKKA 3LNKA 5DQ2A 1BVGA 5P0BA 4MC1A 1HTRB 5P0QA 2AOJA 1A8KA 3GW5A 4HDPA 3IVIA 5P3CA 2QZXA 3PWWA 5P6GA 5IE1A 2QI4A 1XN2A 7UPJA 4DFGA 5P6ZA 2FDEA 3UDNA 4CPTA 2RSPA 1BWBA 3PMYA 2ZDZA 4FM6A 4DPIA 5OZ7A 3NUOA 4I0JA 2QD7A 2QMDA 2QZWA 4Z22A 4DJPA 1XL2A 5P69A 5P30A 1ZP8A 5P4TA 2IKOA 5IVSA 4LC7A 3URIA 5P2BA 3OWNA 1ZSFA 5OZFA 4YOBA 2WL0A 4B00A 4EWOA 4GJ5A 4A6BA 4Y3GA 5E5JA 2BB9A 5P0DA 3LZYA 3ZKXA 5P2IA 1SBGA 3EM4A 4IVSA 4ZIPA 3N4LA 1FG6C 1HVJA 3RTNA 2NXDA 2F3KA 3PRSA 1ZJ7A 5P26A 5C9DA 1MUIA 4F76A 5P1QA 2QNQA 2FGVA 3QAAA 5P3SA 3RTHA 3SA6A 2ZGAA 1B6KA 2MIPA 3UHLA 3TL9A 2IDWA 2IGYA 4Y4BA 4AUCA 4QJ8A 3GI4A 3OADB 4B1DA 3CIBA 5P8IA 3O9FA 5P1EA 4Y5CA 5P5RA 2V0ZC 1A8GA 4X7IA 1SMEA 3DCRA 1BDQA 4Y3FA 4XXSA 2QI3A 5P0AA 4Q1NA 4QJ7A 1LYAB 5HCOA 4NJSA 4YD3A 1FMBA 5F00A 2VIYA 4JPCA 2P3BA 3VFBA 1TQFA 3ZKIA 4Y56A 5P85A 5P8FA 5P1LA 2HB4A 3LIVA 4GJ7A 2WEDA 5JG1A 5P2JA 1MTRA 1BBSA 1Q9PA 2Z54A 5P1CA 2FGUA 5P3TA 5P8SA 1MRWA 5P47A 4Y5KA 1HIVA 4M8YA 5P2GA 5P50A 3UDHA 4RRSA 5P5VA 3IN3A 5P82A 1IDBA 5OZLA 5AHCA 2NMYA 3SA8A 5I3WA 1G0VA 5P02A 3UDKA 5P6FA 3D3TA 1NSOA 3PWMA 4FM8A 2ZHUA 3BVBA 3R4BA 3DJKA 1W50A 2B7FA 3KDBA 2FDDA 2G21A 5P8KA 1FG8C 1W5YA 2HPFA 1T6GA 5P49A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TOH A;  4YDF A;  5OZI A;  5P4Z A;  5OZD A;  1HTE A;  3TOG A;  4FS4 A;  1SIP A;  2SAM A;  4EXH A;  4M8X A;  5P1X A;  3DOX A;  2XYF A;  3OXX A;  4OC6 A;  5P2A A;  4LXK A;  1HSH A;  3LIQ A;  1BIM A;  1NH0 A;  4PYV A;  3KT2 A;  3MSL A;  3CYX A;  1TCW A;  3I6O A;  5P76 A;  1DAZ C;  2G27 A;  4EHC A;  2VKM A;  5JFU A;  3OOZ A;  1DW6 C;  2NNP A;  2RMP A;  5P3I A;  4HA5 A;  1YTH A;  2G94 A;  4NJV A;  3CKP A;  2A1E A;  3KT5 A;  3VV7 A;  2V10 C;  2R5Q A;  5ER2 E;  3ZKS A;  4FRS A;  4DJR A;  4Y53 A;  3NLS A;  4YHQ A;  5P01 A;  3VSX A;  1GVT A;  1WBK A;  1APV E;  5P2T A;  3L3A A;  3EL4 A;  4YCK A;  5AH6 A;  3OQD A;  3OQA A;  2G26 A;  4D83 A;  1LYA A;  1XE6 A;  3VFA A;  2R3T A;  4Y41 A;  4FRI A;  5P8T A;  4R95 A;  3EL9 A;  4CKU A;  5P77 A;  2Q3K A;  1U8G A;  5I70 A;  3LIN A;  2F80 A;  1Z8C A;  5OZE A;  5P3B A;  5COO A;  5P3Q A;  5P28 A;  3INH A;  3LPK A;  5P1P A;  3SA5 A;  5P6N A;  3S45 A;  5P7C A;  4GMI A;  3PCZ A;  5P07 A;  3HD8 A;  4Q1W A;  3VLA A;  1ENT E;  2FLE A;  4DVF A;  1FF0 C;  5P25 A;  5P3O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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