3UTLA

Human pepsin 3b
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
326
structure length
326
Chain Sequence
VDEQPLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCSSLACTNHNRFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQSGSVVIFGGIDSSYYTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGSCISGFQGMNLPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Pepsin A
publication title An analysis of subdomain orientation, conformational change and disorder in relation to crystal packing of aspartic proteinases.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 326
sequence length 326
ec nomenclature ec 3.4.23.1: Pepsin A.
pdb deposition date 2011-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3utlA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3utlA01
4RZ1A 3DCRA 1IZHA 5P8UA 5P7TA 1ZP8A 1D4LA 2P83A 2FMBA 2ZE1A 5P38A 3I6OA 5P36A 3KT2A 4HA5A 4I12A 3N4LA 2B42A 2ZHSA 1ODXA 3A2OA 4GJ8A 3B7VA 2F3KA 1TCXA 4DQBA 1GNNA 4L7GA 3UQWA 2I4QA 5P2NA 2PWCA 5P75A 5P6PA 5P4LA 1AM5A 1G2KA 2IRZA 1IZEA 1HVCA 3OUDB 5OZZA 1A8GA 2NTRA 1LYBA 2AZCA 2QI5A 3HD8A 5P4CA 4EJLA 1HTGA 5P3LA 5P7KA 3OXCA 5P56A 3IN4A 3LHGA 1MEUA 2QZXA 2CEMA 4Y9WA 4KUPA 5P77A 2WF1A 3R0YA 4AA8A 1LYWA 4RVIA 2FDEA 4EP2A 5P72A 4Y48A 3S45A 1FQ5A 3ZMGA 4OC6B 1ZBGA 5P8PA 2BPVA 1YM2A 4OBDA 3S54A 1U8GA 3HLOA 5P3TA 2QI7A 4QLHA 2AZBA 5DQCA 4LAPA 2OHKA 5P8AA 5P44A 5P4ZA 1HEGE 1APWE 1EBKC 4PPHA 3MSKA 5OZ6A 5P7XA 2OHPA 2G24A 1K6TA 4Y4WA 3DK1A 3SA3A 3SLZA 4F73A 5P20A 2IDWA 3ZLQA 4Q1WA 5HCTA 4S1GA 2P3CA 3HVPA 3D91A 2FIVA 4K4PA 2QD6A 1NSOA 2WF3A 3QRSA 1HIVA 3EL1A 4DH6A 4Q5MA 2H6TA 3VLBA 4FS4A 3ZPTA 3O9GA 3O9AA 4N00A 5P1FA 5P6RA 5P3XA 1FMBA 1HSIA 5P1BA 2QCIA 5P1LA 5P7DA 1HVLA 2QZLA 3SA8A 5P8JA 4ZSPA 1C6ZA 5OZNA 5AHCA 3NDXA 3NWQA 1PFZA 5DPZA 1HWRA 1A8KA 3HZCA 3UDNA 2Q3KA 1B5FA 3UPJA 5P87A 3FNTA 3LPIA 2OHUA 4K4QA 5P6AA 1UH9A 3ZKMA 4Z2ZA 3VLAA 4CPUA 4ZSRA 3OU4B 3EL9A 2G1YA 4Y5MA 5OZXA 5P2DA 1AXAA 5OZHA 1B6LA 2AOEA 2AODA 4QJ6A 2XFKA 5P3JA 3OXVA 5OZ2A 4EJ8A 2BPZA 5P3PA 3S85A 4TVGA 1C70A 1DW6C 1ME6A 1E81E 3GI6A 2PMAA 1FGCC 3PJ6A 2Q63A 3FX5A 1NPAA 1W6HA 5OYTA 5P5RA 5P5EA 5P83A 4RCEA 4Y5NA 4NKKA 3S2OA 4DVFA 1BVEA 3EBZA 3U71A 5OYZA 4YD7A 2BPXA 2OHSA 3QIHA 3NDUA 3TLHA 4Y3DA 1LEEA 3VV6A 1PPKE 4OBJA 1PPLE 2Q55A 4Y4TA 3RTNA 1FB7A 5B18A 1FFFC 2FDDA 3L38A 4YDGA 1FG8C 2V12C 2G27A 4EJDA 3OAGB 3D1XA 4H3GA 4OC6A 4R95A 5P1IA 1FEJC 1FFIC 3PI0A 4LC7A 1F7AA 4HVPA 4L7HA 5DQ1A 3O9DA 5P7JA 5KR8A 4IVTA 3EM3A 3OQDA 5P7FA 1YX9A 5P7PA 3TOHA 5P4VA 3OK9A 4Y4DA 2R3WA 1M43A 5OZIA 3NUOA 3L3AA 2UPJA 2ZJJA 4ACXA 1FQ6A 4I1CA 5P7ZA 3MWSA 3TTPA 5P8DA 4A6BA 2I4WA 3OQAA 5P5TA 2VS2A 5OZ9A 1RNEA 5P74A 1HOSA 5OYYA 2HIZA 2OHNA 4H3FA 4Y45A 2PH8A 1ZLFA 2PSUA 5KR0A 3CIBA 5P4FA 4ZSMA 4RROA 4J1FA 4GJ6A 4Q1YA 2VIZA 1T7JA 3UDHA 5P0KA 2ZJLA 2BPWA 3BC4A 3NXNA 2R5QA 3JVWA 3N3IA 3TPJA 1MPPA 3OADB 5P1MA 2ZYEA 3IXOA 4ZPGA 5OYQA 2O4PA 5P2HA 2APRA 4LL3A 2RMPA 2UXZA 2ZJMA 1WBKA 4LBTA 5HDVA 4K9HA 1A9MA 2AVSA 2H6SA 5C9FA 5P6WA 2AOFA 5DGUA 2JXRA 5JFUA 1LF4A 2Q5KA 2VIEA 1EC2A 3HDKA 1OD1A 4J55A 4R5NA 5E5JA 5AGZA 5HD0A 5P6DA 5J25A 4OBHA 4Y39A 5P32A 3UDMA 3QPJA 5P23A 3H5BA 2AZ8A 3WZ6A 1D4YA 2QHCA 2FNTA 2PSVA 3QROA 5HTZA 3UDPA 5P4MA 2ZHVA 3LIXA 3IAWA 4NJSA 2PK6A 2AOIA 4HLAA 1QBRA 2PQZA 4YBFA 5P66A 1LYAB 1MERA 2V11C 2IKOA 4JP9A 2VIYA 3QN8A 3BHEA 3LZUA 4DJUA 1XL5A 5P0XA 2CEJA 2O4NA 2G21A 5P30A 5P2CA 4R8YA 5P2SA 5HDXA 3OAGA 5P8TA 2WEDA 4MC2A 4Y3HA 2AVVA 5P70A 1FKNA 5P6NA 5P6CA 3ZKIA 5OZ0A 3PM4A 5P43A 5P4BA 1QBSA 5P5HA 1XN2A 2ZGAA 2QU2A 4TRZA 5I70A 3CYWA 4TVHA 3BXRA 5DQ2A 1KZKA 2I4DA 2O40A 4Y47A 2ANLA 4ZPEA 5KQYA 5P2OA 2PC0A 3L5EA 4FAFA 5P80A 3U7SA 3OU3A 4GJAA 4GJCA 4LHHA 4EP3A 3CKPA 3MXEA 1G6LA 2HPFA 1EBWA 2I4XA 3OXWA 1K2BA 3O9IA 2HM1A 5OZUA 3QAAA 2I0AA 3DUYA 3Q70A 4RYCA 5P4TA 3MSJA 4B77A 4I0FA 4APEA 5P0TA 4DQCA 4EJKA 2G69A 4XX3A 2VKMA 4D83A 1MRXA 3TL9A 1BDQA 1EPLE 1PSOE 5P3OA 1QBTA 5P60A 5OZCA 5DQ5A 1K1UA 1SDVA 5P1JA 4Y5KA 3R0WA 1ODYA 1TZSA 2QHZA 3S53A 5P3HA 5P41A 2B7ZA 5P10A 4BFBA 2QD7A 4FGXA 3T7XA 3WZ8A 5P2MA 4UPJA 3EXOA 2AZ9A 1M4HA 3BGBA 3NR6A 5P52A 3UTLA 5C9DA 5P1QA 4OBFA 3VYEA 5AHAA 4RRNA 1D4KA 2P8HA 3L5CA 4Y38A 3ZKXA 2G1RA 3S7LA 4EHCA 4D89A 2B60A 5AH9A 5P46A 1UH8A 5DR7A 2P3BB 4FL8A 4M8XA 2AOHA 4Y43A 1HXBA 4DV9A 1VIKA 1BILA 4FIVA 3PLLA 1DIFA 3D3TA 4PYVA 1ZJ7A 5P4PA 4Y4XA 1MESA 2FDPA 3KDDA 3ZL7A 4QJ2A 1LYAA 3DV5A 3KFPA 2P4JA 4CPWA 5P5WA 1QDMA 2B7FA 4DFGA 1YTGA 4Y51A 2XFIA 4KE0A 1RQ9A 3VCMA 4U7QA 5P2TA 3LINA 5P0PA 5F00A 4Y57A 1C6XA 1XE5A 4QJ9A 4GJDA 5OZOA 5P2UA 3PGIA 5P1GA 1EPQE 5P6MA 1HVJA 2I1AA 3CIDA 4GJBA 3L5DA 2QNQA 1BWBA 3U6AA 4AUCA 3OGPA 4LXMA 4D88A 3MXDA 3DV1A 4R92A 1NPVA 4YD6A 5E5KA 3TPPA 4DJPA 4YD3A 1EPOE 4J0TA 3SKGA 4HE9A 5P6BA 1HTFA 4TRWA 5P7LA 2QMFA 4B05A 5P8HA 3T11A 3OQ7A 5P58A 4CPTA 5P45A 5P03A 1W6IA 5DGWA 3D20A 1FMUA 4I8WA 4Y4BA 5IE1A 3BGCA 5ENKA 4Y44A 2OHTA 2G20A 5P51A 2AOGA 4Y36A 3Q3TA 1TSUA 4Y5GA 3IVIA 5P67A 5P13A 5P2KA 2IENA 5P7YA 4Y5PA 4AA9A 4DJXA 4F76A 2R9BA 5P7EA 2G1NA 4J0YA 1MTBA 3VSXA 1ZPAA 5SXNA 5P19A 4APRE 1RPIA 2OAHA 1HBVA 3G6ZA 1BIMA 5P1UA 1FMXA 4B0QA 1PSNA 4DJYA 5P1TA 4ER1E 2IGXA 4FE6A 1HTEA 3HBOA 5I3YA 3D1ZA 4I10A 2P3DA 1IDAA 2HB2A 4H3JA 5P7MA 2WF4A 5P50A 1BXQA 5DQ4A 3HAUA 4RCFA 5P3DA 3T7PA 3URIA 3UHLA 2IKUA 3BUFA 5P76A 5JODA 4Y3JA 2QMGA 4F75A 1KJ7A 1N49A 1MVPA 2Q11A 5P63A 3DJKA 1ZPKA 2P3BA 3BUHA 1GVXA 5P4WA 5OZ4A 3GW5A 1TCWA 2VJ9A 3PSGA 1IZDA 2ER9E 3OQFA 2NMZA 3RTHA 1B6PA 3R2FA 3I7EA 3GI4A 1KJFA 5P0CA 2WECA 5P3YA 2Z4OA 5P3FA 1NH0A 4Y5LA 2QZKA 4YCTA 3NU6A 4ACUA 5DR4A 2WEAA 3M9FA 5OZQA 4RRSA 3UFNA 2R5PA 3O9LB 1HSHA 3NUJA 3K4VA 3ZKQA 1ER8E 1DMPA 5P1VA 5P3MA 5P3UA 3EKYA 3SA6A 4XKXA 5P33A 2WHHA 2NPHA 1M0BA 1KJGA 5AH7A 3NXEA 2VNNA 5P08A 2BB9A 2B8LA 3OXXA 5P0RA 5P6LA 5P2IA 8HVPA 5AH8A 4CMSA 4Y50A 5HDUA 3VF5A 5OZAA 3OUDA 4DQFA 3ZKGA 3OHFA 2G26A 4ZEAA 5PEPA 5P4OA 4A6CA 5P8QA 4EYRA 3LIQA 4Y3SA 3NLSA 5BS4A 4Y5CA 5HE4A 5P0DA 4RYGA 1EPNE 1HPVA 4ZSQA 2XYEA 4LXKA 4DI2A 5P1DA 3VYDA 4FRIA 5P84A 2QNPA 2ZJIA 5KOQA 5P8NA 2F8GA 5P54A 5P7BA 3KFSA 5P34A 4HDPA 1GVWA 2BKSA 4OD9B 4JECA 4Y3NA 5P0LA 3HVGA 1EC0A 4L6BA 5DR8A 5P79A 5P1YA 3UDYA 5P8EA 4YCKA 3PEPA 5P8KA 4FRJA 1AZ5A 3PHVA 3Q6YA 3O9HA 5P8MA 4FM8A 5OZTA 1ENTE 5P2QA 5P7AA 3PB5A 5CLMA 5P1ZA 1YTJA 2Q15A 2WKZA 5P3CA 3GI0A 2FNSA 5P4DA 3TH9A 5EZZA 5I3WA 5TOLA 1WBMA 3NU5A 5P2LA 5JG1A 1TW7A 2QI0A 4Y4JA 5KR1A 4R93A 5OZWA 5P3QA 5P40A 5P6QA 5P4GA 1SP5A 4BEKA 3LPKA 5P59A 1AJVA 4HEGA 4YA8A 2G22A 3GGVA 5P6XA 3EKPA 5P0VA 5P5XA 3UCBA 1F34A 4RVJA 3SABA 6APRE 4PZXA 3I2LA 2AOJA 5P4IA 2VA6A 3DCKA 5P3KA 4WY6A 1AIDA 5P2JA 5P86A 2XFJA 2ZDZA 5SZ9A 1A94A 5P4JA 1BV7A 5P2RA 2NXMA 4NJUA 2XYFA 3AUPA 2F81A 2QI4A 5P1KA 3FNSA 2QAKA 3ZKSA 2OF0A 4H1EA 4YBIA 3PMYA 5P01A 3LZSA 1T6EX 2BPYA 2PK5A 4BELA 4Y3LA 1LZQA 5P0AA 2ZHTA 1ZTZA 5P2BA 2HC0A 2NXLA 3OU4A 5OZ7A 1HTRB 3SFCA 1W5YA 5IS4A 2ZHUA 5OZGA 3ZPUA 4Y5EA 4B00A 4Q1NA 5OZ1A 5P31A 1BAIA 2RENA 5AH6A 5P28A 3S43B 4YOBA 5P61A 4NPUA 5P4EA 5P5QA 4J17A 2V10C 1W5VA 2A1EA 4K4RA 1MRWA 1HVHA 5OZRA 1SDTA 2NNPA 3L59A 1HXWA 1DAZC 5P1WA 2J9JB 5P0HA 1GNMA 5P00A 1VIJA 4CKUA 5I3VA 5P2YA 4KE1A 3OU1B 3ECGA 4ZE6A 3KA2A 5P6VA 5P05A 4NJVA 4EXHA 5P35A 3R4BA 5P4XA 3GGXA 4J1HA 4DJQA 1META 1Z1RA 3PWWA 5P0YA 3APPA 4DJOA 2ZJNA 3TPLA 2QI1A 3SA5A 2JYSA 2FGVA 3PMUA 5P8SA 4GJ7A 5ER2E 4DUSA 5P5NA 4OD9A 2OHQA 3KFRA 4I11A 5P5SA 1C6YA 2Q54A 4A4QA 2R3TA 5P1XA 3EM6A 2QZWA 4Q1XA 2OHRA 4J0PA 1TSQA 1EPME 2PH6A 5P49A 3UDRA 4D8CA 5P7IA 1W5WA 5P6YA 3IGBA 4L7JA 2HS2A 5OZJA 5P3IA 2WEBA 3OHHA 2PYMA 5P5UA 5P1SA 1SIPA 5P5IA 4I0ZA 2VA7A 1GKTA 5KOSA 2AIDA 1CMSA 4B1EA 3QRMA 2I4UA 1XE6A 3QVCA 5P1PA 5P2XA 3K4VC 2WJOA 3JW2A 3NYGA 4B78A 1BBSA 3O9BA 3TKWA 4YHQA 4Y3QA 3PVKA 3QP0A 5P64A 4QJAA 3VEUA 1QRPE 4J1CA 5EZXA 5ISJA 5P71A 2JJIA 2QK5A 3UQRA 1EPRE 1MIQA 5P55A 3KN0A 1NPWA 5OYWA 4J0ZA 1JLDA 1ZSFA 2R38A 5P4KA 4Y5AA 4WTUA 1MSNA 1B6JA 5P8FA 3HW1A 1SMEA 4YD5A 4B70A 3O9FA 5CONA 4AZYA 1LS5A 3NSHA 5P6UA 5P7RA 4E43A 5P1OA 4ZIPA 2HAHA 3OADA 1LV1A 5SY2A 1AJXA 3ER5E 3FKTA 3ER3E 1GVTA 2R8NA 2VNMA 3RSVA 2G94A 4ZPFA 5P6IA 4Y4AA 2NR6A 4Y4GA 5P2EA 2VJ7A 1RL8A 3KT5A 5P3EA 5P2AA 1MT8A 2Z54A 5COPA 3OWNA 1MSMA 5P5PA 5P78A 3RSXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RZ1 A;  3DCR A;  1IZH A;  5P8U A;  5P7T A;  1ZP8 A;  1D4L A;  2P83 A;  2FMB A;  2ZE1 A;  5P38 A;  3I6O A;  5P36 A;  3KT2 A;  4HA5 A;  4I12 A;  3N4L A;  2B42 A;  2ZHS A;  1ODX A;  3A2O A;  4GJ8 A;  3B7V A;  2F3K A;  1TCX A;  4DQB A;  1GNN A;  4L7G A;  3UQW A;  2I4Q A;  5P2N A;  2PWC A;  5P75 A;  5P6P A;  5P4L A;  1AM5 A;  1G2K A;  2IRZ A;  1IZE A;  1HVC A;  3OUD B;  5OZZ A;  1A8G A;  2NTR A;  1LYB A;  2AZC A;  2QI5 A;  3HD8 A;  5P4C A;  4EJL A;  1HTG A;  5P3L A;  5P7K A;  3OXC A;  5P56 A;  3IN4 A;  3LHG A;  1MEU A;  2QZX A;  2CEM A;  4Y9W A;  4KUP A;  5P77 A;  2WF1 A;  3R0Y A;  4AA8 A;  1LYW A;  4RVI A;  2FDE A;  4EP2 A;  5P72 A;  4Y48 A;  3S45 A;  1FQ5 A;  3ZMG A;  4OC6 B;  1ZBG A;  5P8P A;  2BPV A;  1YM2 A;  4OBD A;  3S54 A;  1U8G A;  3HLO A;  5P3T A;  2QI7 A;  4QLH A;  2AZB A;  5DQC A;  4LAP A;  2OHK A;  5P8A A;  5P44 A;  5P4Z A;  1HEG E;  1APW E;  1EBK C;  4PPH A;  3MSK A;  5OZ6 A;  5P7X A;  2OHP A;  2G24 A;  1K6T A;  4Y4W A;  3DK1 A;  3SA3 A;  3SLZ A;  4F73 A;  5P20 A;  2IDW A;  3ZLQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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