2OHPA

X-ray crystal structure of beta secretase complexed with compound 3
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Application of fragment screening by X-ray crystallography to the discovery of aminopyridines as inhibitors of beta-secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohpA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ohpA02
5C9DA 3TH9A 3OQAA 5OYUA 4Y3PA 1QBRA 1E81E 1WKRA 4RYCA 5P6WA 3KDDA 1M43A 2B8LA 3SA7A 2G1SA 5P1YA 5OZKA 5SY2A 3U71A 5P20A 5P37A 2AOEA 1WBKA 2ZHVA 2PMAA 5OYYA 3KMYA 4GJ9A 3S45A 5P0PA 3KDBA 4Y37A 2IQGA 5P2YA 4Y58A 5P4CA 3PGIA 5C9BA 2ZJKA 5OZ4A 5P3CA 4Y3MA 2HPFA 3LPIA 2QZXA 2I1AA 3ZKMA 5OZDA 2JXRA 5P8FA 3IVHA 4KUPA 1SDVA 3ZKGA 3KYRA 4JPCA 4EPJA 3GI4A 1SGZA 2OHLA 2P83A 3NUJA 3OAGA 2VIEA 2QD8A 1ZBGA 4MC9A 1BXQA 5TOLA 1GVWA 5P0DA 1IZEA 5P2LA 3NU5A 4L7JA 1APVE 1J71A 2G1OA 4L1AB 2ER7E 4J55A 4LXMA 5P3MA 1TSQA 1QBUA 3OUDB 5ER1E 5P26A 4RRNA 4HEGA 1EPRE 1T3RA 3NDUA 2AZ9A 3QRMA 5IS4A 4OBZA 3Q3TA 4YOAA 2UY0A 4GJ7A 4U8WA 1HIIA 1RL8A 2WECA 5SY3A 5P6PA 5P4EA 5P81A 1RNEA 4FAEA 3SAAA 5OZZA 5P10A 3MXEA 4DV9A 1JLDA 2IGYA 5P7EA 3SLZA 5P07A 5P71A 2WL0A 2PYMA 1BXOA 4YDGA 2BQVA 4Y5MA 1GVVA 3D3TA 3URJA 4QJ2A 2NPHA 1LYWB 2P8HA 3BUGA 5P23A 3WZ6A 4HE9A 2JJIA 5P5KA 3CIBA 4H3IA 3VV7A 2PH8A 4M8XA 5P6HA 4Y4XA 5P3WA 1N49A 3KT2A 1BAIA 1FFIC 3PRSA 4R92A 3UDNA 5F00A 3TL9A 5P4OA 1U8GA 4TRZA 5P38A 3RVIA 4R95A 3NSHA 4FLGA 3NU6A 5I3WA 4EQJA 2NXLA 3OU3A 5AH8A 2O4KA 5P8TA 5P32A 4HDFA 5P2GA 4QJ8A 3UF3A 1EEDP 4FL8A 2I4UA 5P8BA 2QI4A 2XYFA 5P8CA 2FMBA 2QP8A 5OZOA 2IKUA 2WF0A 3VG1A 4U7QA 1MT7A 1GNOA 3S7LA 4JP9A 4ER1E 4DVFA 3PEPA 4J54A 5P68A 4HLAA 5P6OA 3NYGA 3AIDA 2Z54A 5P5BA 5JG1A 2CEMA 1B11A 4X7IA 3LITA 1K2BA 3NXNA 1TZSA 3PMYA 2RMPA 3RTNA 2OHTA 1C6YA 5HTZA 4ZSPA 2FDPA 4YD5A 1YTIA 1G6LA 4OC6B 4Y5PA 5P2WA 1XN3A 1Z1HA 1RV7A 2F8GA 1D4KA 3IGBA 5P6VA 3ZKQA 3EM3A 5P17A 3QVIA 5P0JA 4WY6A 5P0LA 5P7BA 1ME6A 5UPJA 1K6PA 5AHBA 3HW1A 4EWOA 3IAWA 5OZLA 5P1CA 4UPJA 1BWBA 4R91A 1W5VA 2QMDA 5P56A 3O9LB 4Y3QA 3EMYA 4U7VA 3SPKA 3BXRA 2BPYA 3IN3A 5IE1A 4RCDA 4Y54A 3I6OA 4K9HA 1IVPA 2Q54A 4Y4BA 3TLHA 5DQCA 1D4SA 5P4VA 3INEA 5P0GA 5P64A 1HOSA 3PJ6A 1LYAA 3S85A 1DPJA 2Q3KA 5P5OA 3VV8A 7HVPA 5OZYA 5P7YA 1D4JA 3L5EA 4Y5LA 4F75A 4Z50A 5OZIA 1IZHA 3EC0A 3L5DA 3ZMGA 1AZ5A 1EBZA 5P5LA 2CENA 3Q6YA 1EC2A 1GVTA 1XE6A 2I0DA 2IEOA 3B7VA 5P2SA 1G35A 5P1XA 5P4YA 4Y5AA 5P1RA 1B6LA 3RU1A 5OZ7A 5P89A 4WY1A 5P8DA 5HDXA 5P0KA 3VUCA 5OZMA 1ZSRA 5IVQA 1T7IA 3INFA 4ZLSA 5P3UA 4DQFA 2V0ZC 5P3YA 5P2HA 1LF3A 3PI0A 5P8EA 3QRVA 5P79A 2F3EA 4D85A 3QP0A 3BVBA 1MUIA 4Z4XA 2QZLA 3S43A 2FNSA 1HTFA 4FM6A 3K4VA 2QHCA 1HVJA 1OHRA 2ANLA 3QPJA 3VF3A 4EP3A 5P05A 3TPJA 3GI6A 2J9JB 1VIJA 5OZPA 1A9MA 3QRSA 2P3DA 2VIYA 2I4DA 2VNMA 2FDDA 3KT5A 3LIXA 1LF4A 5OZXA 5P50A 2MIPA 4XX4A 1XDHA 2JJJA 3AUPA 3TPPA 1B6KA 4DI2A 1PROA 5P7IA 5P47A 5P7HA 5OYRA 3UQXA 5I3XA 2I4XA 1Z1RA 5DR7A 5OYVA 5P22A 3VFBA 1SIVA 2QHYA 5OYTA 3F9QA 3T11A 3I2LA 5P3BA 3EL1A 2WHHA 4J5JA 5ER2E 3URIA 4Y5CA 1AAQA 2PK6A 5BWYA 5P2KA 4Y5NA 2Q11A 2PK5A 4LC7A 5P7KA 3DCRA 3O99A 4YD4A 5P7JA 3ZKNA 4ZSQA 5P2MA 5P77A 2ASIA 5DR0A 2V16C 1HIVA 5P02A 4HVPA 5P31A 5P5ZA 5P0EA 2WF1A 1MSNA 4YBIA 5P5RA 1PPLE 2R5QA 5P3AA 4RZ1A 4ZE6A 1ZSFA 1HSIA 3PB5A 5AHCA 2HC0A 3BXSA 4D83A 1F7AA 1NSOA 3Q4BA 1FMBA 4YCTA 1BVGA 2OHRA 3TOGA 4AA9A 1DW6C 2I4VA 5P7AA 3GGXA 3PSGA 3OUDA 4RVJA 3KFPA 2ER0E 2VIJA 1IDBA 1KJ7A 4EXGA 2SAMA 4DJYA 2Z4OA 4Z2ZA 1M4HA 3K1WA 5KQFA 1ZTZA 1MT8A 2NNPA 2XFJA 5P4ZA 3O9CA 4J0PA 3Q5HA 5KR0A 4Y5KA 2RENA 2WF4A 5P6DA 3IXOA 3OK9A 1FG6C 2FDEA 5P49A 5P4SA 4B1EA 4NJVA 3FIVA 1GVXA 2ZJLA 4Y3XA 1KJGA 5OZ5A 3U7SA 4DJQA 4Y3LA 1LS5A 3FNSA 3EKTA 4YCKA 2NNKA 4DJXA 3D1XA 3UPJA 5P5WA 3O9HA 3OHHA 1TQFA 1IVQA 2QU2A 1LYWA 4Y35A 2B60A 2ER6E 5P3SA 3MSLA 4GYEA 4OBHA 4PHVA 2HB3A 3UTLA 3O9AA 5DQ2A 5I3YA 2F80A 2V13A 3LIZA 2HAHA 1ER8E 1FEJC 4B00A 3LZVA 5JFPA 3IXJA 5P44A 5P40A 3PLLA 4Y5GA 3EL4A 4R5NA 3T7QA 5P69A 1FGCC 5P67A 3R0YA 1YTHA 4Y51A 1W5XA 1PPME 3SA8A 3PWWA 5KQYA 2JE4A 5KR2A 2RKFA 3HBOA 3APRE 5P3VA 5P6CA 4Y3EA 3R4BA 2JYSA 1OEWA 5KQXA 4S1GA 3QVCA 2BKTA 3SA6A 5P8UA 3QROA 4I0HA 2QZWA 4B72A 4K8SA 2H6TA 1T6GA 4FRKA 5APRE 5OZQA 5COKA 5OZSA 3T7PA 5OZFA 1TSUA 2NXMA 3S53A 2IKOA 2NR6A 5IVSA 5P6LA 5P8VA 3LPKA 3BUFA 5P11A 5P12A 3SA9A 5P5HA 4ZSRA 4D88A 3S2OA 3GI0A 4GJ8A 2Q5KA 1CMSA 2BPXA 4Y3FA 3CYWA 1B6PA 4I0IA 3UQPA 3DV1A 3RSXA 3UDQA 2R38A 2F81A 3SQFA 1MPPA 4OBDA 1EAGA 3TPLA 5P62A 2PSUA 3INHA 2HS2A 8HVPA 2P3AA 5P4MA 3WSJA 3LZSA 4BFBA 3NLSA 4AZYA 1XL2A 3ZPUA 2HPEA 3O9LA 3IXKA 4J0TA 5P5JA 5SZ9A 4DPIA 2G27A 4BFDA 3K5GA 2R3WA 4YD6A 4ZEAA 2FS4A 1APTE 2AODA 4RROA 2P3CA 5P39A 2WKZA 2OF0A 2BKSA 4BELA 1RQ9A 5P4XA 2FGVA 4I8WA 1W51A 3JVWA 3L38A 5P7RA 4YE3A 4DPFA 5P28A 4TVHA 2QMGA 4Y4UA 5CONA 5P4QA 5P6UA 3LPJA 3PCWA 4CPTA 3K5FA 2UXZA 3OU4B 1HTEA 5P6FA 3VEUA 3GGVA 4I1CA 4QJ7A 2A4FA 1SBGA 5OZ1A 2AOGA 2ZJNA 3EL9A 1IZDA 4Y4GA 2I4WA 3FV3A 3EXOA 5P8KA 1BDQA 4J0ZA 4MC1A 1D4IA 4YA8A 4EP2A 4PZWA 1FB7A 4OBFA 4Q1YA 2PH6A 3NWQA 5P6NA 4I12A 5I3VA 5P7PA 4A6CA 5P13A 4Y4ZA 3LIYA 5AH6A 3PVKA 1OEXA 4J17A 3NDTA 2NMZA 3OXWA 2HS1A 7UPJA 4QJ9A 4AMTA 5OZEA 3SA4A 3ZKSA 3WZ8A 5P19A 5P3TA 3QN8A 1ODWA 5KOQA 4NJSA 2VJ7A 1EBWA 2RKGA 4I0ZA 4B77A 3OUCA 4Y48A 3DUYA 3PWMA 5P27A 1HIHA 2AZBA 5P8PA 2ER9E 1FMUA 1PSAA 4Y4EA 1AXAA 2J9JA 1EPPE 4XX3A 4WTUA 4Y5BA 5P8AA 5P1LA 1EPNE 1G0VA 1Z8CA 5P43A 4Y3RA 5P4LA 4GJ6A 9HVPA 4CP7A 1M0BA 2BJUA 4EQ0A 5P03A 1MEUA 3KN0A 4H3FA 3PM4A 2R43A 3OHFA 3UQRA 3GW5A 1YG9A 2VA6A 3NU3A 1LZQA 5P3RA 1A94A 2FXEA 5P75A 2VNNA 1MVPA 5P1GA 4I11A 3ZKIA 5P6AA 3DK1A 3K4VC 1XN2A 4YOBA 5P5XA 4LL3A 1PPKE 3BHEA 3UDPA 3K5DA 1FKNA 1AVFA 4DJVA 4LXAA 4Y44A 3GGUA 3OGQA 3UQWA 2AOJA 2NXDA 5P6KA 2AOFA 3OUAA 5P4UA 5HDUA 4EJKA 3ECGA 3A2OA 4Y3NA 4NPTA 4XXSA 4F73A 4Y4WA 4TRYA 5P2VA 5P5DA 3B80A 3DM6A 2R8NA 5B18A 3PCZA 4I0EA 5P0YA 4L7GA 3ZOVA 1D4LA 4K4PA 1ODYA 3OGPA 1BBSA 5P1ZA 3NDXA 3O9EA 1NPVA 5P3IA 3S54A 3T6IA 3NDWA 2HB2A 4B70A 1W6HA 5P0ZA 1DIFA 5HCOA 4JOOA 2VA5A 3RSVA 2HM1A 3ZPTA 2PWCA 4Q1WA 3UDYA 5P48A 5P5SA 5F01A 1HSGA 5OZVA 2G1YA 3KFRA 3VCMA 3DOXA 2G20A 4F74A 1APWE 4PZXA 4YCYA 2QD7A 1FQ6A 5AH7A 5P2UA 5OZNA 3TKGA 3EM4A 3BVAA 5P0WA 4Y47A 2G69A 4NJUA 3TKWA 4B1DA 1FQ7A 2HIZA 2RSPA 3QI1A 2IENA 1MRWA 4Y4JA 4YD7A 5P30A 4Y4AA 3NUOA 3QBHA 3PMUA 5P1WA 4AA8A 5P55A 2AOCA 4J1CA 4J1IA 1ENTE 5P74A 5P6IA 1BDRA 3OQKA 4XKXA 1BVEA 5P78A 3OU1A 5P8LA 2V10C 4Y9WA 2QNNA 1NPWA 1FG8C 2F3FA 4QJAA 4RYGA 4F76A 2P3BA 3PWRA 2PYNA 2WEDA 5I70A 5P5PA 3G6ZA 3URLA 2OHNA 5JFUA 2QZKA 1LYBB 1DMPA 2Q63A 3PSUA 5P8OA 5OYSA 4FIVA 2QI3A 4AUCA 5ISJA 5P0NA 2H6SA 3HD8A 4DH6A 2ZYEA 5P0AA 5P3DA 3D1ZA 5P6GA 3D1YA 2AVSA 5EZXA 5P4DA 3GI5A 4FSEA 2O4LA 3JW2A 4ZSMA 1BV9A 2QI5A 4OBKA 5P0QA 5P7WA 5P5VA 5P3XA 5P4JA 4Y38A 2B42A 1YM4A 1NH0A 5P35A 2Q55A 3FX5A 1UH7A 4Y5EA 3S8IA 5OZJA 3HLOA 3MWSA 4DQGA 5P84A 3ZL7A 3OY4A 5OZUA 1NPAA 4B78A 2V11C 4Y3AA 1BWAA 3WB5A 3T3CA 4X2LA 1ZLFA 1HVKA 1QS8A 4HA5A 5P8HA 1IZIA 5PEPA 2VKMA 4J0YA 5JODA 2O4PA 2B8VA 3PI5A 5P06A 3I25A 1HEFE 4Y56A 5P7QA 1D4HA 4MC2A 6UPJA 4L1AA 1XS7D 1EPLE 4L7HA 1MT9A 4CPUA 2FLEA 2ZJHA 2HB4A 4I0FA 5OYQA 1TCWA 1HHPA 5P2AA 3S7MA 3HZCA 4GJAA 3OU4A 2Q64A 3U6AA 4DQBA 2AVMA 4ZPGA 5P7TA 4DUSA 3OXXA 1VIKA 3L3AA 5OYXA 4HZTA 3G72A 2R9BA 3QIHA 5P4RA 3RTHA 1LV1A 5P33A 1GNNA 5P58A 3GGAA 3ER3E 2OHUA 5P0BA 3UDHA 1SDUA 5P25A 5P3LA 2AQUA 4Y6MA 4NPUA 2AVQA 5HDVA 3SM1A 5OZGA 5P7DA 5HE7A 2G24A 5P29A 1FQ8A 1UH8A 1SMRA 1IDAA 4BEKA 4FRSA 1LYAB 5P5CA 1E5OE 3ER5E 4I0JA 5AHAA 3WZ7A 5P04A 4MC6A 5P72A 5P61A 2APRA 3S56A 5BS4A 2V12C 2IGXA 5P0MA 5P4HA 1YTJA 1LF2A 5EZZA 3CKTA 4ACUA 2XFKA 1QRPE 5P45A 3D20A 5HCTA 2B7FA 2G26A 1AIDA 3OQDA 5P4NA 3KA2A 5HVPA 3VFAA 3OXCA 5P3EA 5COOA 5P6XA 5OZ2A 2NMYA 4CPRA 1B6JA 5OZRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5C9D A;  3TH9 A;  3OQA A;  5OYU A;  4Y3P A;  1QBR A;  1E81 E;  1WKR A;  4RYC A;  5P6W A;  3KDD A;  1M43 A;  2B8L A;  3SA7 A;  2G1S A;  5P1Y A;  5OZK A;  5SY2 A;  3U71 A;  5P20 A;  5P37 A;  2AOE A;  1WBK A;  2ZHV A;  2PMA A;  5OYY A;  3KMY A;  4GJ9 A;  3S45 A;  5P0P A;  3KDB A;  4Y37 A;  2IQG A;  5P2Y A;  4Y58 A;  5P4C A;  3PGI A;  5C9B A;  2ZJK A;  5OZ4 A;  5P3C A;  4Y3M A;  2HPF A;  3LPI A;  2QZX A;  2I1A A;  3ZKM A;  5OZD A;  2JXR A;  5P8F A;  3IVH A;  4KUP A;  1SDV A;  3ZKG A;  3KYR A;  4JPC A;  4EPJ A;  3GI4 A;  1SGZ A;  2OHL A;  2P83 A;  3NUJ A;  3OAG A;  2VIE A;  2QD8 A;  1ZBG A;  4MC9 A;  1BXQ A;  5TOL A;  1GVW A;  5P0D A;  1IZE A;  5P2L A;  3NU5 A;  4L7J A;  1APV E;  1J71 A;  2G1O A;  4L1A B;  2ER7 E;  4J55 A;  4LXM A;  5P3M A;  1TSQ A;  1QBU A;  3OUD B;  5ER1 E;  5P26 A;  4RRN A;  4HEG A;  1EPR E;  1T3R A;  3NDU A;  2AZ9 A;  3QRM A;  5IS4 A;  4OBZ A;  3Q3T A;  4YOA A;  2UY0 A;  4GJ7 A;  4U8W A;  1HII A;  1RL8 A;  2WEC A;  5SY3 A;  5P6P A;  5P4E A;  5P81 A;  1RNE A;  4FAE A;  3SAA A;  5OZZ A;  5P10 A;  3MXE A;  4DV9 A;  1JLD A;  2IGY A;  5P7E A;  3SLZ A;  5P07 A;  5P71 A;  2WL0 A;  2PYM A;  1BXO A;  4YDG A;  2BQV A;  4Y5M A;  1GVV A;  3D3T A;  3URJ A;  4QJ2 A;  2NPH A;  1LYW B;  2P8H A;  3BUG A;  5P23 A;  3WZ6 A;  4HE9 A;  2JJI A;  5P5K A;  3CIB A;  4H3I A;  3VV7 A;  2PH8 A;  4M8X A;  5P6H A;  4Y4X A;  5P3W A;  1N49 A;  3KT2 A;  1BAI A;  1FFI C;  3PRS A;  4R92 A;  3UDN A;  5F00 A;  3TL9 A;  5P4O A;  1U8G A;  4TRZ A;  5P38 A;  3RVI A;  4R95 A;  3NSH A;  4FLG A;  3NU6 A;  5I3W A;  4EQJ A;  2NXL A;  3OU3 A;  5AH8 A;  2O4K A;  5P8T A;  5P32 A;  4HDF A;  5P2G A;  4QJ8 A;  3UF3 A;  1EED P;  4FL8 A;  2I4U A;  5P8B A;  2QI4 A;  2XYF A;  5P8C A;  2FMB A;  2QP8 A;  5OZO A;  2IKU A;  2WF0 A;  3VG1 A;  4U7Q A;  1MT7 A;  1GNO A;  3S7L A;  4JP9 A;  4ER1 E;  4DVF A;  3PEP A;  4J54 A;  5P68 A;  4HLA A;  5P6O A;  3NYG A;  3AID A;  2Z54 A;  5P5B A;  5JG1 A;  2CEM A;  1B11 A;  4X7I A;  3LIT A;  1K2B A;  3NXN A;  1TZS A;  3PMY A;  2RMP A;  3RTN A;  2OHT A;  1C6Y A;  5HTZ A;  4ZSP A;  2FDP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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