5OZRA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 38
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozrA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozrA01
3SM2A 5P37A 4CPWA 1HPSA 4CPXA 3I25A 4R8YA 5P5LA 2R5QA 1F34A 4RCEA 4Y4UA 3RTMA 3R4BA 1RL8A 2QI5A 2UPJA 4LAPA 5P03A 5I3YA 1M43A 3NWQA 1EBWA 4Q1YA 4JPEA 4Y5PA 5AHAA 1BXOA 3R1GB 5P1CA 4Y3GA 5P2OA 4PZXA 5P4YA 1GNOA 1A94A 1YTIA 3U6AA 2VKMA 3G72A 3UQPA 1YM4A 5HE5A 2HS2A 5P43A 1MT7A 2CENA 3R2FA 3QBHA 1RQ9A 2P3BA 1QDMA 2XYFA 3ZL7A 2WEAA 5P8NA 2IQGA 3DCKA 5P8JA 1LF4A 3LHGA 5P0EA 1SDTA 1E80E 5OZXA 4Y3NA 1ZP8A 5P1DA 1FMBA 5P3SA 3OAGA 1HIHA 1HSGA 2FNSA 2PH6A 3D91A 5P70A 4RVIA 5P1YA 5P5CA 5P8EA 3CICA 3UQUA 2J9KA 2ZJLA 3GGAA 1SGUA 3TKGA 3GI0A 4ZPEA 5P1TA 2FIVA 2ZE1A 2G22A 2BPYA 5P58A 1IZDA 5P89A 5P0LA 5P6MA 4Y9WA 5P35A 2WF1A 5ENMA 3O9DA 1BAIA 5P12A 2B42A 4GJ6A 5AH6A 5P2GA 4J54A 5P16A 5P3YA 3SAAA 5P02A 1SIPA 2OHPA 5P5FA 5P46A 1CMSA 2FXEA 1HPXA 4GIDA 5I3VA 5P82A 3HVGA 5P0VA 3ZKIA 4RRNA 1B5FA 5P4XA 4Y35A 1ODYA 4YA8A 4RROA 4KUPA 5P8DA 2ZHSA 3NDWA 3KDBA 5P5PA 5P3WA 2ZJHA 3PGIA 1HTFA 5P5GA 2ER6E 2QD8A 5EZXA 5P6KA 2HB4A 2B60A 5P1SA 1EC2A 3SA4A 1AZ5A 5P3BA 5P0OA 1G6LA 4Y43A 4J1HA 4Z50A 1FB7A 3TOGA 3EKPA 2NXDA 3O9LA 3N4LA 3ECGA 5KQZA 5CLMA 4J1FA 1FLHA 5P66A 5P1WA 1HVKA 3GI4A 3OU1B 3DK1A 4LXAA 3ZPTA 5COPA 1ZTZA 2ZHVA 3I7EA 4ZSPA 2Q3KA 4H3JA 2AODA 3WSJA 4YCKA 5P6XA 3B80A 3WZ6A 1HBVA 3RSXA 2P3BB 5P47A 5P6AA 1RNEA 1G0VA 4EQ0A 4Y56A 5P2TA 3K4VC 4A6CA 3S85A 1FG8C 5P3ZA 1G35A 2AVSA 4Y48A 1XE5A 1HVSA 1T3RA 1APUE 2ZJJA 2ANLA 4ZSQA 2H6TA 5P2XA 5P10A 2QZKA 3RU1A 3GGUA 5KQYA 1HSIA 2G20A 2Z54A 3IXJA 1SMRA 4MC2A 2G69A 5P8OA 1MESA 3QP0A 5P60A 5OZRA 1QBUA 5P0FA 2G1OA 5OZ6A 2AQUA 5P50A 3L5CA 2VJ9A 1W6IA 3PSYA 4GYEA 1ENTE 4Y41A 1UH7A 2VA6A 1MERA 5P26A 3PI0A 3OQFA 5AH7A 1FG6C 5P1OA 5P5IA 1D4SA 5P3OA 8HVPA 4NKKA 3IVIA 4J0PA 5P5ZA 3QI1A 4L7GA 5P81A 5OZIA 4I0GA 5P64A 5P85A 3PMUA 5P68A 4ZLSA 4DFGA 2VA7A 1FIVA 3HAWA 5P0AA 5DR0A 5TOLA 4FL8A 3QIHA 1EBYA 4E43A 4OBHA 3CYWA 2QAKA 3INEA 5OZKA 5P6SA 5P5EA 2PWCA 1BVGA 1FKNA 3MSKA 4FAFA 2FDEA 3LINA 3SABA 2FDDA 4FE6A 5P4RA 5P44A 5P8QA 4RGHA 1BV9A 2HAHA 4J0ZA 5OZJA 5P1PA 4FRJA 5P0ZA 4CKUA 1HEFE 5P7RA 4Y5BA 1ZPKA 4Y39A 2I0AA 1XDHA 3QN8A 4CPTA 5P8LA 4J1CA 4EJ8A 3EL1A 2VNNA 2MIPA 1W5WA 4Y4XA 2PQZA 4K4RA 4LL3A 2FGUA 2OHLA 4J55A 4I0EA 3KMYA 4RVXA 1ZSFA 4OBZA 4ZIPA 2P3CA 3OADB 5P1HA 2JJIA 1FF0C 5P7XA 3HDKA 1Z1RA 5P69A 5OYYA 1D4KA 5P7FA 4DJOA 4EJLA 5P4FA 5P0GA 1XL5A 3FX5A 4CMSA 4I1CA 1LF3A 4KE1A 4MC6A 5P4IA 5ER2E 2BKSA 1PFZA 5P8FA 3ZKGA 1IVPA 3PLDA 4Y4BA 3TKWA 1SH9A 4Y54A 3EBZA 4ER4E 3GW5A 3K5DA 4Y4TA 5P0UA 1T6GA 1QBSA 4GMIA 1XE6A 5P41A 5P4WA 3OUBA 3ZPUA 1KJHA 3IXOA 5P4ZA 1HTRB 4Y3JA 3PLLA 4YE3A 1LYAB 3R0YA 4JP9A 4JECA 1NH0A 5P7LA 1E81E 3SPKA 4FM8A 3QROA 1HRNA 5COKA 2VJ6A 2ER7E 2OHTA 2AOHA 2IGXA 5P6WA 4Y4JA 1MIQA 2PK5A 5P3LA 1DP5A 5P72A 3RSVA 2BPZA 5P8IA 3R0WA 4L7HA 1ZBGA 1APWE 5P15A 2AZCA 5COOA 4GJDA 4DJRA 2BQVA 5P8TA 1QBTA 3RTNA 5P07A 1A30A 3KFPA 3KT2A 3O9CA 5P4HA 1GVWA 4RCFA 4B0QA 3C9XA 3UDQA 5P6RA 1PSNA 3O99A 5P2AA 5HCOA 2RENA 4Y3SA 1HIIA 3LIZA 4FSLA 4AA9A 5P0RA 3I6OA 3ZKXA 4RCDA 5HDZA 5P6TA 3DOXA 1HVLA 4RVJA 1PSOE 2AOGA 3QRVA 2QMDA 3OQ7A 2A1EA 2HPFA 2IDWA 1YTGA 4Y5KA 5KOSA 4YBIA 5JFUA 4B72A 1IIQA 3K5GA 5P2JA 2IEOA 3UDHA 4OC6B 3NWXA 4RYCA 2AZ9A 5P32A 3EL4A 1BBSA 5P78A 1AVFA 3UDMA 5P8SA 5P0WA 4DPIA 5HU0A 1CPIA 3OY4A 1SIVA 2BPXA 4F76A 2PYNA 3DV5A 3MXDA 4H3FA 5P6YA 3OUDB 5BRYA 5HVPA 4PHVA 2WEDA 4B05A 5P49A 1B11A 5P87A 4J0VA 2ZHUA 4AUCA 5OZCA 3OXXA 1VIKA 1IVQA 5P1KA 3VLAA 4H1EA 5OZPA 5P4JA 5KR0A 3HW1A 4Y53A 5AGZA 5OZ3A 4HDBA 5P3MA 5P4QA 3NUJA 4DH6A 6FIVA 3EM3A 5P51A 3RVIA 1W51A 5P1XA 1BDLA 2AIDA 4J1IA 4XKXA 3UDKA 2QMGA 3VYFA 5P1JA 3LNKA 3VEUA 6UPJA 1MTBA 5P7BA 5P40A 2OAHA 3PM4A 3PWMA 2V12C 3NU9A 3IN4A 3S2OA 4AA8A 2P3AA 5P0PA 2QD7A 2HB3A 4MC9A 5DQ5A 1B6KA 1SMEA 4HEGA 5P6EA 3S43B 5OZTA 2HPEA 5DQ1A 3O9IA 5P20A 3S56A 1FQ7A 5P5DA 3LZYA 4DJYA 4Y3HA 5OZAA 4APRE 5BS4A 1D4HA 3G6ZA 4D89A 2G21A 5P7TA 3OUAA 5P7WA 5P6UA 5P28A 4DJWA 1Q9PA 2VA5A 2I4DA 3APRE 5OYVA 1BV7A 2O4KA 5P6DA 2OHUA 5F01A 3VSXA 5P1GA 2QZWA 5B18A 3L5BA 1IZHA 1D4IA 2Q63A 3OU1A 3HD8A 1J71A 1ODWA 5HCTA 5P55A 3GGXA 5OZMA 2JYSA 1NSOA 2QCIA 1SBGA 3WZ7A 5P48A 2WF2A 4DJPA 5E5JA 2AVVA 1KJ4A 2O40A 1PPLE 4QGIA 5P0NA 5P3IA 1MVPA 5P7ZA 1D4JA 5OZ0A 3O9BA 4EP3A 1OEXA 3DJKA 2RMPA 2F81A 5P3PA 4FS4A 1BIMA 3EXOA 1ME6A 5P27A 4GJ9A 4LHHA 5P0TA 4LBTA 4Y3DA 5OZEA 5KR2A 5P1VA 5P5BA 4R93A 4Y3FA 4TVHA 1UH8A 1FFFC 5OZVA 4ZPGA 5P2BA 5P8AA 2AOEA 3Q6YA 4EPJA 3KMXA 5IE1A 4GJ5A 5OZ7A 3BUFA 3SA6A 3UQRA 3LZSA 2J9JA 3KDCA 1DPJA 5OYXA 3NU5A 5P5OA 2VJ7A 4EXGA 2F8GA 5P2KA 3LZUA 1GKTA 5HU1A 5IS4A 2O4LA 2V13A 5P8VA 5P61A 5IVTA 5P5TA 2QU2A 3JVYA 1EPNE 3OUCA 4Y6MA 4FRKA 4EJDA 2OHRA 3U7SA 4EHCA 5P42A 4I0HA 5P1RA 3L5EA 5P2SA 3BHEA 3UHLA 1DW6C 3I2LA 5P8CA 3CKRA 4YDFA 1U8GA 3TNEA 3TTPA 3B7VA 5P6QA 3QS1A 5OZ5A 3OGPA 4DQGA 4Y37A 4CPRA 1FMXA 4F74A 5P4PA 4BEKA 4QJ9A 1XN2A 3DCRA 3NYGA 1PPKE 2XFJA 5P52A 3UF3A 4I0IA 3BGCA 5P88A 4Y50A 3L58A 5P7HA 3WZ8A 5I3XA 2NPHA 5P1ZA 2O4SA 3HLOA 5P6OA 4DI2A 4L6BA 5OYZA 4ACUA 1OEWA 1Z1HA 4Y3YA 1FQ5A 4Z22A 3EKYA 4HDFA 2VIZA 1EPPE 5P4UA 3WB5A 5P2QA 1FFIC 4GB2A 5P7GA 3OQKA 5OYUA 5P8HA 2XFKA 1BVEA 1T7JA 1LF2A 5KOQA 3LITA 2ZYEA 1IBQA 4GJCA 3N3IA 3DUYA 3OADA 3MXEA 3QVCA 1A9MA 5OZ1A 1HWRA 2QMFA 1QRPE 4HLAA 4J0TA 3ER5E 3FKTA 1EEDP 5ISJA 2FS4A 2XFIA 2F3EA 2UXZA 2IL2A 4LXMA 5P5NA 4Y3XA 5P34A 5P6IA 5P7AA 3PI5A 2F3FA 5P00A 3LZVA 5DQCA 5P2WA 3OQAA 4IVTA 5P7YA 4Y36A 4Y5CA 4D8CA 3OXCA 5P2IA 3IN3A 3T6IA 5P7UA 2J9JB 4A6BA 5OZUA 4X2LA 5P2DA 5OYSA 3OTSA 3HBOA 3CKTA 2CEMA 3MWSA 4OBFA 3ZKMA 3BRAA 3F9QA 3PB5A 3GI5A 4DQCA 4FIVA 5P1MA 3LPKA 3UPJA 1XS7D 1LYAA 5P3TA 6APRE 2IS0A 4FM7A 1DMPA 1LYWA 5P62A 1TW7A 4HDPA 3VFAA 1APTE 3UFNA 1HIVA 4Y3MA 4Y51A 3MSJA 4YD4A 5P4SA 4DQFA 4H3GA 2OHNA 3L38A 3Q3TA 2R3TA 1BXQA 1M4HA 5P3JA 4B70A 5OYWA 3RTHA 3QBFA 3TOHA 5DQ2A 3SO9A 5P4KA 3FSMA 4XX4A 3L59A 5P7VA 5P1IA 5OZOA 4ZEAA 5P04A 2OHKA 5OZZA 1T7KA 5P8BA 4D88A 5P2CA 4JOOA 1K2BA 5P8GA 3UDRA 4EQJA 3S54A 1HPOA 3S7LA 3ZMGA 2I4UA 2H6SA 3IGBA 3O9EA 4R91A 1ZPAA 2PMAA 2VNMA 4EJKA 2JE4A 2ZJIA 1UH9A 5JODA 4QJ8A 3O9FA 3OU4B 4I0ZA 5P8UA 4Y44A 4OC6A 5P4OA 5J25A 5DR7A 2R43A 1WBKA 5P3XA 3KM4A 1MTRA 5CONA 3I8WA 4NPTA 3BXSA 4Y4GA 1SGZA 3ZOVA 1UPJA 2QNPA 2WEBA 1K2CA 3HZCA 3OUDA 2OHQA 4I8ZA 4KB9A 5IVRA 5P5VA 2QNNA 4FRIA 2FLEA 1AM5A 2QI4A 3JW2A 1NPVA 5P2NA 5P7JA 1WBMA 1K6TA 4FM6A 2QD6A 1PROA 3SA7A 5AH8A 5DR4A 4YHQA 2G27A 1HEGE 5P31A 4YCYA 2A4FA 3BXRA 3KDDA 5P38A 5P7IA 1EPOE 3K4VA 3OQDA 3JVWA 5P7DA 1G2KA 4Y3RA 2WF0A 5OZBA 5I3WA 4QJ7A 4X7IA 2PH8A 5E5KA 5P3RA 2IENA 1GVUA 1NPAA 1LV1A 3TOFA 2XYEA 5OZQA 4NPUA 3NU4A 2WF3A 3SA5A 2OHSA 2Q54A 4XXSA 3SM1A 3T7XA 2WF4A 2ASIA 1LYWB 2P4JA 2IRZA 2Q64A 4GJAA 3S43A 2R5PA 3TPRA 5P74A 5KR1A 4A4QA 3UTLA 4B1DA 4Y5MA 5SY2A 5P8KA 4WTUA 5HDUA 5P59A 2R38A 3Q4BA 5UPJA 2B8VA 3LIYA 5P3KA 3BUGA 4K8SA 3MSLA 5P0YA 5DR1A 2ZJNA 2AOIA 3LIXA 5PEPA 2V10C 3KA2A 1SP5A 1IZIA 5P2HA 4I10A 5P6PA 3KT5A 5APRE 2G1NA 5P1UA 5P7NA 5DGUA 5IVQA 5P6LA 3UDJA 5P0DA 1EBKC 5T4SA 2AVMA 2BKTA 1C6XA 4QJ6A 4L7JA 2NMZA 3OHHA 1MT8A 1AXAA 3SKGA 2BBBA 2ZHTA 4K9HA 1HVRA 3OGQA 1IDBA 3IVHA 3NSHA 3TPLA 1W5XA 2O4NA 5P09A 1LYBB 4LP9A 3BC4A 5P2RA 5P11A 4GJ8A 1MPPA 5OZ8A 2NXMA 3PSGA 5OYQA 2B8LA 4GJ7A 4PPHA 5P0KA 2HC0A 3URIA 1W50A 4Y57A 4J0YA 5P14A 3PCWA 5P65A 5P25A 2NNPA 3H0BA 5JFPA 1GVVA 3FV3A 5P2ZA 3TPJA 2NR6A 5P79A 4L1AB 3NXNA 1T6EX 4RZ1A 3OWNA 5P5UA 2IKUA 5ISKA 2QI3A 3S53A 5P36A 4I0JA 2I4WA 2NMYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SM2 A;  5P37 A;  4CPW A;  1HPS A;  4CPX A;  3I25 A;  4R8Y A;  5P5L A;  2R5Q A;  1F34 A;  4RCE A;  4Y4U A;  3RTM A;  3R4B A;  1RL8 A;  2QI5 A;  2UPJ A;  4LAP A;  5P03 A;  5I3Y A;  1M43 A;  3NWQ A;  1EBW A;  4Q1Y A;  4JPE A;  4Y5P A;  5AHA A;  1BXO A;  3R1G B;  5P1C A;  4Y3G A;  5P2O A;  4PZX A;  5P4Y A;  1GNO A;  1A94 A;  1YTI A;  3U6A A;  2VKM A;  3G72 A;  3UQP A;  1YM4 A;  5HE5 A;  2HS2 A;  5P43 A;  1MT7 A;  2CEN A;  3R2F A;  3QBH A;  1RQ9 A;  2P3B A;  1QDM A;  2XYF A;  3ZL7 A;  2WEA A;  5P8N A;  2IQG A;  3DCK A;  5P8J A;  1LF4 A;  3LHG A;  5P0E A;  1SDT A;  1E80 E;  5OZX A;  4Y3N A;  1ZP8 A;  5P1D A;  1FMB A;  5P3S A;  3OAG A;  1HIH A;  1HSG A;  2FNS A;  2PH6 A;  3D91 A;  5P70 A;  4RVI A;  5P1Y A;  5P5C A;  5P8E A;  3CIC A;  3UQU A;  2J9K A;  2ZJL A;  3GGA A;  1SGU A;  3TKG A;  3GI0 A;  4ZPE A;  5P1T A;  2FIV A;  2ZE1 A;  2G22 A;  2BPY A;  5P58 A;  1IZD A;  5P89 A;  5P0L A;  5P6M A;  4Y9W A;  5P35 A;  2WF1 A;  5ENM A;  3O9D A;  1BAI A;  5P12 A;  2B42 A;  4GJ6 A;  5AH6 A;  5P2G A;  4J54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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