3DK1A

Wild type hiv-1 protease with potent antiviral inhibitor grl-0105a
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Potent HIV-1 protease inhibitors incorporating meso-bicyclic urethanes as P2-ligands: structure-based design, synthesis, biological evaluation and protein-ligand X-ray studies
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3dk1A00
1WBMA 2G1YA 3EC0A 2ZJMA 1BDLA 3PBDA 5OZDA 5BS4A 2R3TA 5P7JA 5P7QA 5DQ4A 4HEGA 1D4LA 2B8VA 3D1YA 3L3AA 5DR7A 3EKVA 2VJ9A 5P6DA 4HLAA 4RZ1A 1FFIC 4I0IA 4Y51A 5DPZA 2AVVA 4A6CA 5P6GA 5P87A 5P23A 1LYBA 3PLLA 1OEXA 5P5SA 5P59A 2G26A 5P36A 1UH8A 3MXEA 5SZ9A 5P1YA 2QP8A 3PCWA 3F9QA 4RCFA 5P6EA 5P8SA 5P0LA 1LYBB 5KOSA 2QI5A 2Q63A 2QZLA 4Y4XA 5JODA 3SKFA 2MIPA 4PPHA 1T6EX 4ZSPA 5AHAA 5P5DA 5P53A 5P78A 1ZAPA 3SA3A 4I0GA 4AA9A 4DQCA 1BBSA 2AVQA 4JPEA 4ZSMA 3T7XA 2F8GA 3S43A 3UDQA 1HPOA 3O9IA 1EC3A 3CYWA 4RCEA 3S8IA 2APRA 3LPIA 3PVKA 4GIDA 3FX5A 4DQBA 3K5CA 4R92A 5P1PA 1GVTA 3S43B 1D4HA 1B6LA 3EKWA 5DQ2A 4IVSA 3DJKA 5P08A 1AJVA 2HS1A 2XFKA 3FV3A 4TRWA 5P43A 3SLZA 1FQ5A 2CEJA 5P4MA 5P67A 4ACUA 5P0UA 5P1IA 2NNPA 3O9DA 4FRJA 2O4NA 4Y5LA 2AZCA 4FCOA 1ER8E 4I1CA 5P1UA 3EKPA 4EP2A 2VIYA 4Y4UA 2QU2A 5JG1A 1AVFA 1DIFA 2FNTA 2QAKA 3O9GA 5FIVA 5OZ2A 1PSAA 4DH6A 1KZKA 1YTGA 1HPXA 5P19A 1D4JA 1EPRE 3HZCA 4B1DA 4B1CA 2RKGA 3IN4A 4COEA 3GI0A 5P8TA 2WEBA 1MPPA 5P8MA 4Z22A 3ZL7A 3ZKIA 1ZJ7A 3ZKGA 5P71A 5OZSA 1XN3A 5P66A 1XL2A 4DPIA 3LITA 4Y3NA 2I4WA 4Y35A 1A9MA 3OUDA 4Y3YA 1RNEA 1HSIA 1BXQA 1BAIA 2AOJA 4XKXA 1C6ZA 2G27A 2NPHA 4Y3XA 1E81E 2B7ZA 4R95A 1T6GA 1MT8A 5OZYA 3OUDB 4LXAA 5P2YA 3IVIA 4RYGA 4QJAA 5P6AA 2ER7E 1GVWA 5P3FA 3CYXA 3ZMGA 4Y4EA 5P85A 3OUBA 5P3ZA 2P3AA 3TNEA 4L1AA 5OYVA 5P2XA 1EBKC 5P39A 1ZTZA 5P0RA 1EEDP 3WB4A 5P06A 1A94A 3NSHA 2G24A 2V00A 2PC0A 4OBHA 5P33A 3INFA 1MRWA 4EJKA 4L1AB 2Q3KA 4LAPA 5P6QA 2OHLA 5ISKA 3O9EA 3KM4A 3FKTA 5OZAA 3GI6A 2ER6E 1HIIA 3NU4A 3QVCA 4QGIA 4MC6A 4Y43A 4I8ZA 1DP5A 5OZ4A 1YT9A 5P2JA 1QS8A 4JOOA 4NKKA 4DPFA 1K2CA 4J0VA 3UDPA 2I4DA 2VA6A 3DOXA 2ZGAA 3EL9A 3O9BA 5T4SA 3OOZA 5OZ3A 5P8GA 3OADA 5P0CA 3IXOA 3ZKMA 1XDHA 5P6SA 1F7AA 2RENA 2A4FA 2RMPA 3FNTA 5KAOA 3OADB 4YDFA 3PGIA 1TQFA 3HD8A 3QRVA 5P4SA 5P5AA 3L5CA 3UHLA 2WF4A 5P5RA 1G35A 5P80A 1ZP8A 4FLGA 2R43A 5P7PA 5HDZA 5AHBA 2QNPA 3S2OA 4DVFA 6FIVA 5KQXA 2IGXA 2WF0A 1LYWA 4HZTA 5P6RA 5P1CA 5I3YA 3VF5A 4EJLA 1ZBGA 1FMBA 5P1DA 1EBWA 5P1KA 5P68A 4F75A 1Q9PA 5P8DA 5OZNA 5P0NA 1LYWB 5P5IA 1HVKA 2VKMA 5P7KA 4YE3A 1NPVA 4MC2A 5P0EA 1MSNA 4I0JA 3EL0A 2O4LA 3U7SA 5OZ1A 4Y3EA 2PYNA 3AIDA 5OZXA 2OHKA 5P13A 5OZ7A 1FQXA 2HC0A 3SAAA 5P4TA 3ZKSA 2P4JA 4KE1A 3OUCA 3RSVA 1NSOA 1EPOE 2OHSA 3TOHA 1MIQA 1IDAA 3VLBA 2IL2A 5P0MA 3O9LA 2PYMA 5AH6A 4HDBA 1KJGA 5HD0A 4ACXA 1MESA 5CLMA 5P41A 3EM6A 4B77A 5P10A 1OEWA 5P83A 1B11A 2R5QA 1GVVA 4F76A 5P89A 3O9LB 2F80A 4J54A 1K6TA 1MT9A 5P8FA 2ZHSA 3MWSA 4GJ9A 5P28A 3ER3E 3DV5A 4ZPFA 5P16A 9HVPA 1TW7A 3L5BA 1GNOA 3S54A 3CICA 5P14A 2H6TA 1YG9A 3T6IA 5P12A 1B6KA 5P7IA 2QHCA 2QI6A 5P3NA 5OZLA 3BGBA 5P6VA 4DJYA 5P6ZA 3ZKQA 1EPNE 3HAUA 5OZQA 2ZJIA 3OU3A 1OD1A 5P7RA 2ER0E 2OHRA 2FDDA 4RVIA 3NLSA 1EPME 3H0BA 4ER2E 1B5FA 3NDXA 5P7UA 4J1IA 3LHGA 3TL9A 2F3EA 1HVIA 2V11C 4PHVA 3VEUA 5P50A 5P3HA 1B5FB 5P3OA 1PFZA 2QI4A 3K5DA 4APRE 2P3DA 3N3IA 4HA5A 2VS2A 2OHMA 1MEUA 5HDVA 3K4VC 2P8HA 3TH9A 3I8WA 3LZYA 1WKRA 3TPRA 3QVIA 2NXDA 4DQHA 2BQVA 2PK5A 5P7YA 1B6MA 4OBGA 1PSOE 2PSUA 5DGWA 4EWOA 4LC7A 2G1RA 2Z4OA 3S7LA 5P2CA 4Y38A 1NH0A 4Y41A 5HTZA 3VFBA 4E43A 2Z54A 2F3KA 3G6ZA 3I25A 3KMXA 2XFJA 5P76A 1G0VA 1LZQA 2QI7A 1UH7A 4M8XA 2AZ8A 1IZHA 1QBTA 5P4QA 5P65A 1A8GA 4Y3MA 1F34A 5P2GA 2PSGA 3OUAA 3NWXA 4LBTA 3PJ6A 2G22A 3SA8A 3QRMA 1BWBA 1XE5A 5P8CA 4Y47A 3OGQA 2VA5A 4DQGA 4Y56A 1WBKA 2ER9E 1FG6C 3KT5A 4B00A 4CP7A 2Q54A 5P7EA 5P1OA 4GJBA 4I0HA 2FNSA 1AAQA 4FS4A 2VA7A 3KF0A 3BVAA 3URLA 1BXOA 1QRPE 4BFBA 2FIVA 5P32A 4N00A 5OZ6A 3KDDA 2AOHA 3EL1A 1HTGA 2VIEA 4OC6A 4Y5MA 4EYRA 3PHVA 5P2OA 2HS2A 1HSHA 5P88A 4F74A 4NPUA 5P2QA 1K6VA 3IXKA 4EJDA 5HU1A 4Y4BA 4GJAA 2BPZA 4OBJA 4OC6B 2HB3A 2BJUA 3KDCA 3VYDA 3QP0A 3SACA 5P2UA 4FAEA 5P1GA 4FRIA 4RVJA 4IVTA 5BWYA 3ZPTA 2WF2A 1DMPA 4Y3SA 4CMSA 1ME6A 2NTRA 2IENA 5P0TA 4OD9A 5P84A 1W50A 5DGUA 2CEMA 5P4PA 4I0ZA 3HDKA 5P0IA 3EXOA 4QJ7A 1JLDA 2V0ZC 5P1ZA 3OXXA 5KQFA 5JFPA 3APPA 5P3WA 5P7SA 1SDVA 3BUGA 3RVIA 4B05A 5P2RA 3CKRA 4DJXA 4OD9B 3PB5A 3PCZA 4J17A 4FAFA 5P2WA 3DCKA 5P7OA 3EM4A 3D91A 1AM5A 4GJ8A 1APTE 1BILA 5P5TA 1HPVA 1FMUA 3HBOA 1D4IA 2J9JA 1QDMA 4L7JA 5I70A 4Y3TA 4K9HA 5P72A 5AGZA 5P2IA 3FIVA 5P48A 2QD8A 5P1JA 4B70A 5DR0A 1ODYA 5P4IA 2PSVA 4FM7A 3BXSA 5P7AA 3VF3A 2J9JB 5P1BA 4YD7A 3URIA 4AMTA 5P4FA 1HPSA 1XN2A 5P69A 2ZYEA 1D4YA 5OZGA 3C9XA 1CZIE 3D1XA 5P5XA 4KB9A 1MUIA 2HM1A 2OF0A 3KFNA 3QAAA 4Y37A 2I0DA 3IN3A 3O9CA 2P3BA 3IA9A 1AJXA 5P8QA 2VJ7A 5P56A 2UXZA 2XYEA 4J1KA 3LZVA 1PPLE 3EBZA 4D83A 3I7EA 3UDMA 2P3BB 4YCYA 4BELA 4Y4GA 1SGZA 5P0QA 5P6UA 1D4KA 5P3TA 2BPYA 4R93A 4ZPGA 2ZJLA 5P01A 5P6TA 3TTPA 1IVQA 4X2LA 1MRXA 1ZPAA 4GYEA 1PPME 2WKZA 2QZWA 3OXWA 4J0YA 4I11A 3BRAA 4L7GA 5P5NA 3T7PA 5P6FA 3CKTA 1LEEA 4YCTA 2V12C 5P5GA 1YTJA 5P3EA 4FM8A 5P5UA 3NU6A 5KR8A 2VJ6A 5P25A 2JJIA 5PEPA 2R3WA 4YHQA 3RSXA 1EBZA 3WB5A 4CPXA 2I4QA 1VIJA 2BPXA 4YD4A 3JW2A 1HVHA 2ASIA 5P2VA 3NDUA 4HDFA 2ANLA 1AIDA 4Y3FA 5DQ5A 3TKGA 5P0FA 2QZXA 3TPPA 3SA4A 3LZSA 2FGVA 3INHA 5COPA 1ODWA 5P1VA 2WEAA 5ENMA 4Y4TA 5I3XA 1K1UA 5P81A 3FNUA 3BHEA 1TCWA 2R5PA 5P3XA 5P7XA 1QBUA 1LYAA 4PZXA 5KR2A 3JVWA 3OOTA 5P6PA 5P1QA 5ER2E 3UDNA 3JVYA 1QBRA 5P70A 4U8WA 5HDXA 5P07A 4B0QA 5P3JA 1LYAB 5P3CA 1LS5A 5P44A 5P6IA 5C9BA 3I6OA 2G69A 4H3GA 3PSYA 2AOIA 3Q3TA 1OHRA 3S7MA 1HVRA 3NUJA 3QRSA 5P4UA 5IVRA 2QMPA 1ZSFA 4S1GA 4ZSQA 3O9AA 8HVPA 3T11A 3DK1A 4Y58A 4RRNA 4EQJA 3OWNA 1TCXA 2BPWA 5P6HA 3HVGA 3MXDA 5P5FA 5P42A 2Q11A 5OZFA 2JJJA 1RPIA 5DR8A 4LXKA 5P8EA 5P6OA 1FB7A 2WJOA 3LIXA 3IXJA 2ZJNA 5OZJA 5P0KA 3PRSA 4NJSA 5B18A 5P6CA 3BVBA 1HVCA 2QNQA 5HCTA 5P22A 2HB2A 2QHZA 5P8PA 1HOSA 5OYUA 3R2FA 5CONA 3SM1A 2ZHUA 1LF3A 4D89A 5P5OA 5P7WA 3VUCA 3PI5A 5P35A 2JXRA 2JE4A 5P7FA 2AQUA 5P4NA 3L5DA 4K4RA 4OBKA 5P4DA 3IAWA 1DW6C 2PH6A 4JECA 5P3VA 5P5EA 4DQFA 5P20A 1PROA 1UH9A 4I0EA 2QI1A 3LIVA 5COKA 3OGPA 5P5KA 4Y4ZA 2ZHRA 1ZLFA 5P7HA 4Z2ZA 1APWE 3UQPA 2QMGA 2AOEA 5P55A 1LF4A 3D3TA 4U7VA 5P8OA 4PZWA 3DV1A 3WZ7A 4ZSRA 3URJA 5P4HA 3PBZA 3A2OA 2G21A 1G6LA 4K4PA 4NPTA 3OTYA 3VF7A 3RTNA 3R0YA 4FSLA 5EZXA 5P24A 2FXDA 5HE5A 1APUE 3SPKA 5OZ9A 5P4JA 4TVHA 3Q4BA 2OHTA 3UQRA 1HVLA 3FSMA 4Y5BA 4BFDA 5P4LA 4CKUA 6UPJA 1SH9A 2ZE1A 2I4VA 3T3CA 4EJ8A 5OZTA 4Y3RA 5ENKA 2JYSA 4J1EA 5IS4A 3CIDA 4WTUA 5P2SA 5P57A 1CMSA 5AH9A 5EZZA 1IBQA 2AIDA 4QJ8A 2HPEA 5IVSA 5P7CA 5J25A 2QMDA 3QI1A 3HW1A 3LIYA 5P5HA 3MSKA 1FQ7A 1HSGA 5P3BA 4QJ6A 5OZHA 2IKUA 2FGUA 5P3QA 5P4EA 2WF1A 5P3PA 5IVTA 5P2HA 1K2BA 2I4UA 4WY1A 2G1NA 3VFAA 3VSXA 3B7VA 5P2NA 4LL3A 1HXWA 2Q64A 4BEKA 1HVJA 1FKNA 3SA7A 3VCMA 5P86A 1KJ7A 7UPJA 2FS4A 2I0AA 4H3JA 3R1GB 3QS1A 3M9FA 4Y45A 5SY3A 3UDYA 5P74A 4J55A 4RROA 1GVUA 4Y57A 1N49A 5OZEA 5OYRA 4Y54A 4D85A 5P0HA 3UQXA 2IEOA 1KJ4A 2IKOA 3PEPA 5P0SA 4Y3GA 1XE6A 3LIQA 4J0TA 2PH8A 4GMIA 3H5BA 2BBBA 3WZ8A 1HIHA 5P5BA 5P61A 5P6BA 5P2KA 2BKTA 5KR0A 5IVQA 5IE1A 1EC1A 1NPWA 4DV9A 7HVPA 1FQ6A 3ZPSA 5P4OA 3SM2A 2B7FA 4Y39A 2IRZA 1J71A 4ER4E 2B42A 1T7JA 5P0WA 5P5CA 1GKTA 2AZBA 5KQZA 2H6SA 2PWCA 5P4RA 3OQ7A 5OZ5A 3UCBA 5C9FA 5HE4A 1PSNA 4GJ5A 5P7NA 3VV7A 3LINA 5AH8A 5SY2A 5P2MA 4QLHA 1RV7A 3G72A 5P2AA 1MTBA 1FQ4A 1META 4B72A 2O4KA 5P4AA 1W51A 5P5VA 4Y3LA 5P6YA 4Y3ZA 1HWRA 1HRNA 2V10C 1XS7D 4Y3QA 5OZIA 2RSPA 3EL5A 3GGUA 4FGXA 2NR6A 3SFCA 1IIQA 4YD3A 5P3IA 1NPAA 4RVXA 3Q70A 1CPIA 4EHCA 1HHPA 4DJQA 4KUPA 4RGHA 5P1WA 2G1SA 4B1EA 1D4SA 1T7KA 2ZJHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WBM A;  2G1Y A;  3EC0 A;  2ZJM A;  1BDL A;  3PBD A;  5OZD A;  5BS4 A;  2R3T A;  5P7J A;  5P7Q A;  5DQ4 A;  4HEG A;  1D4L A;  2B8V A;  3D1Y A;  3L3A A;  5DR7 A;  3EKV A;  2VJ9 A;  5P6D A;  4HLA A;  4RZ1 A;  1FFI C;  4I0I A;  4Y51 A;  5DPZ A;  2AVV A;  4A6C A;  5P6G A;  5P87 A;  5P23 A;  1LYB A;  3PLL A;  1OEX A;  5P5S A;  5P59 A;  2G26 A;  5P36 A;  1UH8 A;  3MXE A;  5SZ9 A;  5P1Y A;  2QP8 A;  3PCW A;  3F9Q A;  4RCF A;  5P6E A;  5P8S A;  5P0L A;  1LYB B;  5KOS A;  2QI5 A;  2Q63 A;  2QZL A;  4Y4X A;  5JOD A;  3SKF A;  2MIP A;  4PPH A;  1T6E X;  4ZSP A;  5AHA A;  5P5D A;  5P53 A;  5P78 A;  1ZAP A;  3SA3 A;  4I0G A;  4AA9 A;  4DQC A;  1BBS A;  2AVQ A;  4JPE A;  4ZSM A;  3T7X A;  2F8G A;  3S43 A;  3UDQ A;  1HPO A;  3O9I A;  1EC3 A;  3CYW A;  4RCE A;  3S8I A;  2APR A;  3LPI A;  3PVK A;  4GID A;  3FX5 A;  4DQB A;  3K5C A;  4R92 A;  5P1P A;  1GVT A;  3S43 B;  1D4H A;  1B6L A;  3EKW A;  5DQ2 A;  4IVS A;  3DJK A;  5P08 A;  1AJV A;  2HS1 A;  2XFK A;  3FV3 A;  4TRW A;  5P43 A;  3SLZ A;  1FQ5 A;  2CEJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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