3K4VA

New crystal form of hiv-1 protease/saquinavir structure reveals carbamylation of n-terminal proline
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Carbamylation of N-terminal proline.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3k4vA00
5P05A 3GGUA 2JXRA 5P1PA 1A8KA 3KDDA 3PBZA 4ZSQA 3OUDA 5P1MA 1C6YA 1PSOE 4A4QA 1FKNA 1TZSA 3SKGA 1FFFC 1EC1A 2XFKA 1HTGA 2OF0A 3UCBA 4RVJA 5P8JA 4M8YA 5SXNA 3UTLA 5P50A 5P8TA 1E81E 5KR0A 1W50A 2VNMA 2JE4A 3QRMA 3KFPA 3EXOA 2B7FA 4Y3LA 4B1DA 1KJ4A 4D8CA 4Y3WA 2BKSA 5DR1A 5P3FA 3NSHA 4MC2A 3WZ8A 5T4SA 3IGBA 2VIYA 4DQFA 2WF4A 5DGWA 5P8RA 2IL2A 2P83A 4OD9A 3EBZA 5P2MA 1OD1A 5KQFA 1YTGA 5P8MA 2AVMA 5ISKA 5P1EA 2OHLA 2Z54A 3LIYA 3OGQA 5I70A 4F76A 5DR8A 2HB2A 4Y4BA 1HVCA 4DI2A 2QZKA 3OQ7A 1GVVA 4BFDA 3OK9A 5P83A 1SGZA 5DR4A 4DFGA 3CKTA 5P4YA 1KJ7A 5P26A 5P7BA 4Y50A 5P66A 1HTFA 3DCRA 3EKQA 4FAEA 2F81A 5OZXA 2PK6A 1BAIA 3OXCA 1RQ9A 4Y3JA 5OYVA 5OZTA 5P8UA 5P2IA 1MTBA 4Y5BA 2G24A 4QJ9A 3OUDB 3SA8A 3PLLA 1Z1HA 4B77A 3OU4A 4CPXA 5P5GA 5P41A 5P5MA 5P3ZA 3BGBA 4YHQA 2ANLA 2WF3A 2V00A 1HOSA 1QBRA 5P4BA 5DR0A 5OZ2A 5P3AA 1SGUA 1ODYA 3KM4A 4EJDA 4RLDA 5P2JA 6APRE 5HE4A 3APPA 2QD6A 5P2QA 2R43A 2AZBA 4OD9B 1M43A 2B8VA 3OQKA 5P73A 1W5VA 1LYAA 4I11A 1MERA 3SA3A 5P0WA 1G2KA 2FIVA 3H5BA 4RROA 5P5ZA 5P2HA 1HVSA 2I4DA 1APVE 3SA7A 3FNSA 5P7SA 4J1KA 5AH9A 5OZDA 1B6PA 1FMBA 3HDKA 4GYEA 3TL9A 4DJRA 5P35A 5P4IA 3KYRA 2XYFA 5OZRA 5OZ3A 3CICA 3NR6A 3VSXA 2FDPA 1HEFE 1IDAA 2HPFA 5P5QA 5P6EA 3WZ7A 4B78A 4J1CA 2PH6A 4AUCA 1EC3A 5P6JA 4OBGA 4H3FA 3WZ6A 5TOLA 5P34A 5P7MA 2QMFA 1K6VA 5P0MA 3QS1A 3NLSA 4HDPA 5P72A 5P4CA 3R0WA 3OU4B 2QHZA 5P0OA 5KR8A 5P2SA 1WBKA 2WF1A 3SO9A 3OU3A 5P03A 3GW5A 3KN0A 1F34A 1W5XA 2ZJJA 3VYDA 3S56A 4M8XA 4ZPFA 4U7VA 2VIJA 3VV8A 2R38A 2BJUA 5P39A 2O4LA 3VV6A 3R4BA 5P60A 2IEOA 2AVSA 2NXMA 3OOZA 5BWYA 2BBBA 3NWXA 1LV1A 5P63A 3INEA 3L5CA 3HAWA 5P1KA 4L7GA 5P2EA 3LPIA 3LIVA 5P19A 3NU5A 2QU2A 4Y3PA 2IGXA 2OHMA 5OYUA 2P3BA 2ASIA 5P5NA 3D1XA 2AOGA 4HE9A 2UY0A 1DP5A 4PPHA 3KA2A 5HE5A 6FIVA 3IAWA 4JECA 3LHGA 5P6QA 3QVIA 2RMPA 2VIZA 5OZOA 1EBWA 4OBFA 5FIVA 1FGCC 3PWRA 5P1FA 4B72A 4Y5EA 5F00A 3NUJA 5BS4A 3PCWA 2NXDA 1TCWA 3Q70A 4YBIA 3VSWA 4TRZA 4GIDA 4RZ1A 3CIBA 2VJ6A 3SPKA 3KFSA 3D3TA 3DJKA 5P6PA 5COOA 2AOHA 4F75A 3RVIA 5OZNA 3IVIA 4E43A 2FNSA 5P3PA 4HDBA 3PVKA 2OHUA 3QRVA 2G26A 5JFPA 3QPJA 1AJVA 3OTSA 5P5PA 3A2OA 2R3WA 3NU6A 3G72A 4Y3DA 5P2FA 2PMAA 3VLBA 4Y3SA 3NU3A 5P20A 1OEWA 5P8EA 4JPEA 4Y4ZA 4LXKA 5AHBA 4NPUA 4YD6A 3INDA 5P61A 1EBYA 2PH8A 3L5EA 4K4RA 5P30A 5P3UA 4HZTA 3RTHA 4D88A 1W5YA 3OY4A 5P0QA 3JVWA 3BRAA 2P3BB 4OBZB 4QJ2A 4GMIA 4Y5MA 3Q5HA 4OBDA 5OYYA 2OHQA 5P00A 1NH0A 2VA6A 3UDKA 1HSHA 3I6OA 4GJ6A 2HM1A 5P13A 4K4PA 4DQEA 2WHHA 4CPUA 3VUCA 5P7UA 5P3XA 3FNUA 3S53A 1D4JA 3PJ6A 3O9EA 1M0BA 3SM1A 4Y3XA 1MSMA 3QRSA 5P3DA 4AA8A 5P74A 3T7XA 5P4EA 3QP0A 5P06A 5P3JA 5OZPA 2I4QA 5CONA 3OUBA 5KOQA 3SABA 3WB5A 2QD8A 4RRNA 4LC7A 4Y5GA 4Y5AA 4H3IA 1SIVA 2HS2A 4J54A 3ZPSA 1AIDA 1QBTA 2ZE1A 5KQYA 5OZBA 5P7TA 4PHVA 1SH9A 1RV7A 5P1NA 3KT5A 3ZKGA 2BB9A 2NPHA 3HAUA 5P54A 2Q3KA 1GVTA 5P3WA 5P3QA 5P76A 3JVYA 4TVGA 1BWBA 5OYRA 1BWAA 5EZXA 5P0EA 2J9KA 1SMRA 2HB3A 5P0KA 3T3CA 3O9HA 3LNKA 4FGXA 3K5CA 4DJOA 5P3NA 5P6RA 3IXOA 3OWNA 4JPCA 5P0TA 4I1CA 3BUHA 3O9LB 2ZHTA 4GJ9A 5ISJA 4AA9A 3UF3A 4Y5CA 3BVAA 2FDDA 3PWWA 3IN3A 1EPOE 5P3KA 1HBVA 3LITA 5IS4A 4DPIA 3UPJA 4Y5KA 5AHCA 2VJ7A 3QBFA 3INFA 4B1CA 5P0YA 1EPPE 2WL0A 5OZMA 2B8LA 4DVFA 2ER0E 3KMXA 4NJSA 3LZUA 1PROA 5HTZA 1BIMA 3OXVA 1LYBB 1HIVA 4CPTA 5E5KA 5P1OA 5P6AA 2PWCA 3OUAA 4APEA 5P3BA 3GGXA 1DMPA 5P0UA 5OZLA 5OZAA 4EWOA 3L5BA 4CKUA 2CEMA 4OBKA 5P0BA 5P6CA 4Q5MA 5P2KA 4FRKA 3I2LA 1JLDA 1HWRA 2FGUA 5P7GA 3PSUA 4ZSPA 5P7FA 5P8NA 4FSLA 4WY6A 5P4FA 2FGVA 3FV3A 4ZPEA 2G1NA 4Y53A 4L7JA 5P69A 1D4KA 2UXZA 3I25A 5P4RA 5P4GA 1RL8A 4ZSMA 1ZTZA 3UQPA 3PGIA 4I0GA 4PEPA 3ZOVA 5P0ZA 3VFBA 5P7ZA 4B00A 1AM5A 3DCKA 3FX5A 5DR3A 3ZKSA 2PYMA 3OADB 3L59A 5P8HA 3TOFA 2RKFA 3IXKA 4QJAA 1F7AA 3AIDA 4J5JA 5P85A 3PI5A 1T7JA 1EPLE 4U7QA 3H0BA 1EPNE 3DOXA 1Z8CA 5P45A 4I0IA 5P5EA 5P2LA 4GJAA 4FRIA 3UDQA 3QVCA 5P64A 2P8HA 2QI1A 2XFIA 1ZJ7A 4GJ5A 4K8SA 1ZAPA 3ZKNA 3TPLA 5KR2A 2V13A 5P8IA 5P2OA 2MIPA 1D4LA 2VIEA 5JFUA 5P2DA 1BDLA 1HSIA 3CYXA 5EZZA 3N4LA 1W51A 5P3TA 2OAHA 3TTPA 1HTEA 5P7RA 6UPJA 4YCKA 4Y47A 5P4QA 2AVVA 2QMGA 5ER1E 3U71A 3O9CA 3SQFA 5DQ2A 2NTRA 3S43A 1HSGA 4R91A 5OZ7A 4XX4A 5P55A 2IGYA 4X7IA 1OHRA 5P1LA 1B6JA 3APRE 3UDJA 2QNPA 5P47A 1HXWA 3PLDA 2G22A 3EKWA 3L38A 4LAPA 5P5RA 3TKGA 5P43A 3G6ZA 4EPJA 4YDGA 4YA8A 3PCZA 4Y44A 2OHSA 3KDCA 2ZJMA 4YOBA 1VIKA 5P5YA 5P79A 1QDMA 4EYRA 4EP2A 3WB4A 5P29A 1A8GA 3OAGA 1MUIA 5P6FA 1IIQA 3C9XA 4K9HA 1C70A 3D20A 4RCDA 1HIHA 1KJHA 2JYSA 5P4PA 5P1QA 3BHEA 4Y4GA 5P84A 4KB9A 3UHLA 4Y37A 4ZIPA 3ZMGA 2OHPA 5P5AA 5OZWA 2V11C 4NJUA 1EBKC 3GI6A 1HPSA 3UDNA 5P5KA 1UPJA 3K5FA 1CPIA 4XXSA 1WBMA 4Z22A 3HVGA 1EPQE 1HPVA 1BV7A 5P6SA 5HDXA 4NJVA 1HRNA 3ER5E 5IVQA 5P4JA 2NXLA 5OZFA 4DUSA 4Y4DA 5P1UA 5P4SA 4DQCA 5P0FA 3CYWA 2QI6A 3RTNA 5P7XA 2FXDA 4EXGA 5OYTA 2QAKA 4LP9A 4RCEA 5P17A 5CLMA 3MSLA 3VF7A 5B18A 3NU9A 3B7VA 2BQVA 3TH9A 3D1YA 5P77A 5OZVA 3URLA 1HVHA 4DPFA 5P2ZA 2RKGA 5P8SA 4R92A 5P24A 5OZ0A 5P5FA 2Z4OA 2BKTA 4Y3EA 4H3GA 3EC0A 2VA7A 5P89A 4I0DA 1BILA 4LXAA 5P48A 5P3EA 3OAGB 3VYFA 5P0VA 4EXHA 1GKTA 1FF0C 5OZ1A 3ZPTA 3Q6YA 5P75A 1EBZA 5P6WA 1HVKA 2I4VA 5I3WA 1MVPA 2VJ9A 3LINA 5P4ZA 4DQBA 3QBHA 1AVFA 2IS0A 3ZKMA 5COPA 4Y4WA 2QZWA 4FM8A 4FE6A 3LIQA 2Q5KA 1YM2A 1APUE 1LF3A 2F3EA 5P81A 5OZEA 4Y3RA 4EJLA 4GJDA 5P46A 5OZYA 2R8NA 3EKPA 3NUOA 1XE6A 5OZ6A 4HEGA 3M9FA 1DPJA 3OU1A 3PMUA 2IQGA 1B6KA 3MSKA 1PSNA 5P16A 2WKZA 2QMDA 5P4WA 5P7OA 2IRZA 2PC0A 4ACXA 4I12A 2ER6E 3HLOA 2NMYA 3SA4A 4Y41A 5P62A 5P86A 1APWE 3SLZA 5P23A 1MT7A 2NMZA 4Y4XA 1LZQA 1DW6C 2VA5A 4YCTA 5P6ZA 2HB4A 5P0LA 4ZSRA 2G20A 5P1IA 4WTUA 3GI4A 2G1SA 4L1AA 1LYAB 3URJA 1GNNA 2Q63A 4CPRA 4Z4XA 2AVOA 1K1TA 2H6TA 2WJOA 3EM6A 2PWRA 5KQZA 1YM4A 2A4FA 5P6HA 4R93A 2ZHRA 4Q1YA 5KAOA 5P5LA 1YTJA 4DJUA 3EMYA 3L3AA 5HCTA 5P0DA 5P8PA 3VG1A 4YE3A 5P1DA 2AOEA 1M4HA 4I0EA 3O9IA 3MXDA 4ER2E 1IZIA 5P7IA 4CPQA 2IENA 4B0QA 5OYSA 5P6GA 4I8WA 2R5PA 3OU1B 4J1EA 5P4VA 4Y35A 1GVWA 1D4SA 4Y4JA 5P09A 4I0FA 2BPWA 4RGHA 2NR6A 1C6XA 3DV1A 3S2OA 3SA9A 3D91A 4FM6A 4I0HA 5OZHA 3EL1A 4Y6MA 1TW7A 5J25A 1SDTA 1MT9A 2HC0A 3DK1A 4EP3A 1LYWA 4IVTA 2QI5A 1XL5A 2F8GA 1SIPA 3IVHA 4RVXA 3UDPA 2F80A 5KOSA 5SY3A 4Q1NA 1HEGE 1B6LA 2FDEA 2BPYA 1G35A 3O9FA 4YD3A 5P4TA 2ZJKA 4GZFA 1FG6C 5P6UA 3VCMA 2RSPA 1T7IA 1GNMA 5P3HA 3VF5A 3AUPA 3U6AA 5P0GA 2OHRA 2FXEA 2VKMA 3O9GA 2O4PA 2XFJA 1FB7A 5P2AA 3SKFA 1BV9A 4LL3A 5P4NA 2WF2A 2P3AA 1B11A 1D4IA 4YBFA 2ZJNA 4YD7A 4QLHA 5P6LA 5OYQA 1ZBGA 2O40A 1META 3BXRA 4ZE6A 2O4NA 5P6YA 1SBGA 1NPVA 1NSOA 2QZXA 1TSQA 4MC6A 2I0AA 4I8ZA 3K1WA 2WEBA 1DAZC 3BUGA 1T6EX 5P8VA 3IN4A 5P2XA 3DM6A 4GJ8A 4KE0A 1BBSA 4NJTA 1A94A 4B70A 4YD4A 3CMSA 1LF2A 1FMUA 1HVJA 2WEDA 1MT8A 3SAAA 8HVPA 1IVQA 3NXEA 5OZGA 1HVLA 5P53A 4FS4A 2V10C 5P4DA 4WY1A 2P4JA 2Q11A 4Y56A 4S1GA 1FQ5A 2OHKA 4Y3GA 2ZYEA 5HD0A 2ER7E 1GNOA 2ZJIA 2Q64A 4Y3YA 5P5JA 2Q54A 1J71A 1MEUA 4TRWA 3N3IA 3KFRA 4J0ZA 9HVPA 5OYZA 1ODXA 3DV5A 2R9BA 2HIZA 5P0HA 5C9FA 5P1VA 2ZHUA 5JODA 2WF0A 5P6BA 1SDVA 5P7EA 3UDMA 4Y4UA 5P1XA 4Y3QA 4EHCA 5P33A 3B80A 2O4SA 4HA5A 5P7LA 4OBHA 4PZXA 2BPVA 2B42A 2NNKA 4EQJA 5P7AA 2QU3A 4NPTA 1PPME 4JOOA 4Y5LA 3K5GA 5P6KA 5HDZA 5P6MA 3VEUA 3NDWA 5OZZA 5P6DA 1Q9PA 5P0AA 2P3CA 1BXOA 2G94A 1AXAA 2HAHA 3CIDA 5P18A 3S54A 5P6XA 2G1RA 5P8GA 2FMBA 3INHA 5OZJA 5P0PA 5P5DA 5P14A 3TLHA 3OXWA 5IVTA 4DH6A 2BPXA 4A6BA 5P5TA 2CEJA 4Y38A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P05 A;  3GGU A;  2JXR A;  5P1P A;  1A8K A;  3KDD A;  3PBZ A;  4ZSQ A;  3OUD A;  5P1M A;  1C6Y A;  1PSO E;  4A4Q A;  1FKN A;  1TZS A;  3SKG A;  1FFF C;  1EC1 A;  2XFK A;  1HTG A;  2OF0 A;  3UCB A;  4RVJ A;  5P8J A;  4M8Y A;  5SXN A;  3UTL A;  5P50 A;  5P8T A;  1E81 E;  5KR0 A;  1W50 A;  2VNM A;  2JE4 A;  3QRM A;  3KFP A;  3EXO A;  2B7F A;  4Y3L A;  4B1D A;  1KJ4 A;  4D8C A;  4Y3W A;  2BKS A;  5DR1 A;  5P3F A;  3NSH A;  4MC2 A;  3WZ8 A;  5T4S A;  3IGB A;  2VIY A;  4DQF A;  2WF4 A;  5DGW A;  5P8R A;  2IL2 A;  2P83 A;  4OD9 A;  3EBZ A;  5P2M A;  1OD1 A;  5KQF A;  1YTG A;  5P8M A;  2AVM A;  5ISK A;  5P1E A;  2OHL A;  2Z54 A;  3LIY A;  3OGQ A;  5I70 A;  4F76 A;  5DR8 A;  2HB2 A;  4Y4B A;  1HVC A;  4DI2 A;  2QZK A;  3OQ7 A;  1GVV A;  4BFD A;  3OK9 A;  5P83 A;  1SGZ A;  5DR4 A;  4DFG A;  3CKT A;  5P4Y A;  1KJ7 A;  5P26 A;  5P7B A;  4Y50 A;  5P66 A;  1HTF A;  3DCR A;  3EKQ A;  4FAE A;  2F81 A;  5OZX A;  2PK6 A;  1BAI A;  3OXC A;  1RQ9 A;  4Y3J A;  5OYV A;  5OZT A;  5P8U A;  5P2I A;  1MTB A;  4Y5B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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