5OYXA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 8
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyxA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyxA01
2WF3A 3TPJA 3TNEA 4R8YA 2OHLA 3UQRA 5DR4A 4ZSPA 2FLEA 4U7VA 2Q3KA 4IVTA 2QHCA 4EJDA 1PSOE 6FIVA 4L7GA 1IIQA 3BXRA 3PVKA 3K1WA 5P29A 5DQ1A 4QJ9A 4FM7A 2QZXA 4GJBA 1HIVA 5P3WA 1XE6A 4J54A 1HVLA 5P13A 4I8WA 4DFGA 3IXKA 2BPZA 5P6EA 4PZWA 3PJ6A 5DQ5A 3U6AA 2AOHA 2IQGA 1ZAPA 4A4QA 4Y3SA 5P16A 1M0BA 3DCKA 3SA5A 4FE6A 4AUCA 3CKRA 3RTMA 5P6QA 5COKA 1FMXA 4XXSA 1GVUA 1SDUA 5P0WA 1AIDA 2IKOA 4DJRA 2HM1A 5P88A 5P03A 4Y5PA 2R38A 5P4UA 3MSLA 5OZSA 2AZBA 2HPEA 5P28A 5P76A 4ZEAA 5P31A 2ZHSA 5OZUA 3AUPA 5OYQA 5P3YA 4J5JA 3PHVA 3FX5A 5P8EA 4GJ5A 4GJCA 3PB5A 2G20A 5DR8A 1NH0A 3MSKA 1B11A 1FIVA 4LL3A 2QNQA 1EPLE 4FSLA 4DJQA 1U8GA 3RSVA 3S7LA 2QHZA 4LHHA 5P36A 2B7FA 2XFKA 5P4JA 1BDLA 5P86A 2WHHA 5P52A 3VFBA 4CPUA 4I0HA 1YM4A 3S56A 1D4JA 2IEOA 3EBZA 3EM6A 5PEPA 5CONA 4OBGA 5I3VA 4RRNA 7HVPA 1PSAA 3WZ8A 2PSUA 5P75A 3G70A 5P0PA 2WF4A 2AZCA 4DJUA 3APPA 2NTRA 2AVOA 2B7ZA 4Y44A 5P1RA 3PRSA 1TQFA 4HDBA 4AA9A 4DQHA 3UDKA 1HPOA 3LIVA 5P3ZA 5P7JA 1EPPE 1QBTA 1BV9A 2I4QA 5P5EA 3EM4A 2B42A 3SFCA 4F75A 5P3IA 5P38A 5APRE 5ISJA 5OZHA 5P26A 1FEJC 5SY2A 5OZAA 1T7KA 2P3BB 4I0DA 4ZPFA 2RKGA 4B77A 1EBKC 4GMIA 4BEKA 2I4UA 1ZPKA 5P5LA 2I4DA 1PROA 3OQFA 1M43A 5P7RA 2QP8A 3LIQA 3S45A 5CLMA 5P5HA 4J1EA 3HAWA 2FMBA 2BBBA 5P2SA 3I8WA 3NSHA 4DPIA 2QI1A 5P6NA 4JPCA 2O4NA 4FRJA 4Y4GA 3NDWA 4B05A 1K6VA 5KQYA 2QCIA 1HVCA 3FNUA 2QHYA 4ZSRA 3EKYA 1IBQA 3ER5E 4APRE 4CKUA 5P7VA 4Y3LA 5COOA 5HDXA 1LV1A 5P47A 3VYEA 5P5OA 5P3UA 1SGZA 4HA5A 5P5QA 3FNSA 5P5IA 3VSXA 5DQ4A 5IVTA 5P2ZA 2JJJA 5P4OA 4EQ0A 5P6BA 3ZKXA 1D4LA 1E81E 5P8IA 2P8HA 5P0JA 3NWQA 4Y48A 4UPJA 1LF2A 3LZYA 3ZKNA 5P6XA 5P7OA 4I0IA 4CPXA 1AZ5A 3PCZA 1NPWA 3EL1A 5P05A 3IA9A 3B80A 1AVFA 2G26A 2XFIA 1LS5A 2H6TA 4NPTA 1NSOA 5P4TA 3UDRA 3INHA 5P23A 5ISKA 5DGWA 2G94A 3D3TA 5OZJA 4K4PA 5P1YA 1BIMA 1MTBA 4TRWA 3K5DA 5P0ZA 4FM6A 2PC0A 3OQDA 2FNSA 5P7WA 3VLBA 5P5FA 1E80E 6UPJA 3SM2A 3CKPA 5P1NA 2FXDA 3QRSA 5P4VA 3L5DA 4PHVA 4JECA 4ZIPA 1YTJA 5P8AA 4E43A 3INDA 4B72A 1IZDA 4EWOA 1DIFA 5OYTA 1HXWA 3OQKA 5P41A 2G1RA 2ZJHA 5P4SA 2F80A 4J1CA 1KJ4A 4FRIA 1W5XA 5OZTA 3VG1A 1B6MA 5P0FA 1DAZC 2IKUA 5E5KA 5P74A 1G2KA 3TKGA 3PMYA 4B1DA 5KQXA 5P73A 3BVAA 1ME6A 3FKTA 4Y39A 1E82E 1TCXA 3RTHA 4DQCA 3MWSA 5P0UA 3HBOA 1APTE 4YD4A 2ZDZA 2AOGA 3EL5A 3OOZA 4DJXA 5P0VA 4AA8A 2H6SA 3O9FA 3OHFA 4Y9WA 2I0DA 2AOIA 2CEJA 4Y5CA 4GJ9A 5P4DA 4MC9A 5BWYA 5P4IA 3VV8A 1J71A 1T7JA 1EPRE 3GW5A 3D1ZA 3QP0A 3HLOA 5P1MA 3OUBA 5P7SA 2O4LA 3L58A 5HVPA 5EZZA 5P79A 5P2JA 5P6CA 1BXQA 5P5BA 1MSMA 1HVKA 5JFPA 3BGCA 4DV9A 2WEBA 5OZBA 3PMUA 3ZPSA 5P15A 1BVEA 4FIVA 4H1EA 1VIJA 5P55A 4I0FA 1M4HA 5P3LA 4X7IA 3MSJA 4Y3QA 1LYBB 4U7QA 1MERA 1SH9A 1K2BA 3GI6A 3RSXA 3D1YA 5DR7A 4PZXA 1G0VA 4LXMA 4WY1A 2NR6A 3KFSA 3QRVA 1KZKA 5AH6A 3UDHA 5P3EA 3IGBA 3M9FA 4HEGA 5P4HA 5P7LA 4DQEA 5P0LA 5P1FA 3SKGA 3ER3E 3GI4A 5P45A 3FSMA 4Y54A 3D20A 5AH8A 5SY3A 3O9EA 2BKSA 5DQ2A 3MXDA 5IE1A 5P0YA 2WF2A 4D8CA 5P0QA 3JVWA 2QK5A 4I0EA 3PCWA 1BWBA 2PMAA 1GVTA 3H0BA 3DCRA 5OYXA 3S7MA 5KOQA 5P09A 2G24A 4MC1A 1OHRA 3KYRA 1ZLFA 4Y58A 2R9BA 5P2GA 4F74A 5UPJA 5COPA 2FXEA 3R0YA 2OHPA 4Y5BA 4ZPGA 2PSGA 1YTIA 3QS1A 1VIKA 5P4WA 4B00A 2WKZA 1FMBA 1HSIA 1LYBA 1Z1RA 3DUYA 5HCOA 4HDFA 1RL8A 5OZQA 3GI0A 2BJUA 5P8CA 1ZSFA 5OZMA 2VJ6A 5HE5A 1DMPA 5P20A 5P4EA 3VV7A 3O9CA 4Y4AA 3SA8A 1SMEA 4Y3TA 5P2LA 5P3QA 5P6JA 1HVHA 2VNNA 5P19A 2P3CA 5P8QA 5P1VA 5P1QA 4L7HA 1FG6C 5P40A 3FV3A 4Y47A 3ZOVA 2V13A 4YDGA 5OZVA 3PSGA 4CP7A 4DJWA 2AVQA 2QU3A 4YD5A 4H3GA 1ODWA 3T11A 1HPXA 2G1YA 3B7VA 3D91A 3QBFA 3S2OA 5P4BA 5P8LA 2Q63A 3OTYA 3QVCA 3OUAA 2OHKA 4Y43A 3TLHA 1META 5P69A 3HAUA 2CEMA 5T4SA 1BILA 3EKPA 4Q1NA 3NU3A 1EBZA 2QI6A 4ZSQA 3OUCA 3AIDA 1K1TA 5P2FA 2O4KA 2G27A 4RVJA 2QMFA 4J1FA 5P1JA 2ZJIA 2G1OA 3I25A 5DR0A 5P4CA 3OU1B 1D4KA 1HEGE 3KN0A 4YOAA 5P3RA 3JVYA 4Y41A 4EPJA 5P8VA 5P71A 4BFDA 4Y50A 2F8GA 4YA8A 2ZE1A 5OZ6A 2QMGA 3UDNA 5P2KA 2PH8A 1IZHA 2Q15A 4J0VA 3VV6A 1F34A 3INEA 2BPVA 3PM4A 2PWRA 3QBHA 5P5DA 4AZYA 5P5ZA 3JW2A 1ODXA 5P00A 3HVPA 1MPPA 1GKTA 5P11A 5P5JA 3OHHA 5KQFA 2QNNA 5P0XA 3OTSA 4Y4JA 2PSVA 4ACXA 2O40A 1FLHA 2PK5A 3ZPUA 3R0WA 4RRSA 3ZKGA 3BUHA 3BRAA 4JPEA 1HVIA 4Z2ZA 1LF3A 5P3NA 3SQFA 5P4QA 3NR6A 4EP2A 3NXEA 4Y4EA 5P49A 1T3RA 3OAGA 1W5YA 4Z22A 4LC7A 4Q1XA 3BVBA 1ODYA 5P3DA 5P7QA 4OBHA 1EBYA 2B8VA 3L3AA 5P34A 3GGAA 4I0JA 2FDDA 1SIPA 5P02A 3OU1A 1HTEA 1ZJ7A 5P2YA 2G1NA 2XYFA 3PI0A 4LXAA 2VNMA 4D83A 1MRWA 2VJ9A 3NUJA 4ER1E 5P01A 2NXMA 5I3XA 5P6YA 4NJSA 1FQ8A 3C9XA 3OXVA 2HIZA 3WZ7A 2R5PA 4DQBA 4K4RA 4RZ1A 5P51A 3VF3A 4Y4ZA 3VFAA 1A8GA 4CPWA 1EC3A 1SBGA 3A2OA 3QN8A 1K6PA 5HU0A 1AM5A 5P0AA 2ZJMA 1DPJA 2ZHUA 5P4RA 5P43A 5P2OA 1ER8E 3PLDA 3BC4A 2WL0A 1YTHA 3IAWA 4YD6A 2HPFA 1MT9A 4Y57A 1JLDA 4EXHA 1MEUA 2QI3A 2V11C 5DQCA 5F01A 3NWXA 5P65A 1SGUA 3URIA 5P7XA 2G1SA 1SDTA 5P8BA 3LZVA 4YD7A 1XN2A 3LHGA 5P8HA 5P7PA 3R4BA 3R2FA 5P1AA 4QJ7A 2QI5A 5C9FA 1BDQA 3H5BA 4YCKA 2VIJA 3CIBA 3ZMGA 4KB9A 4GJDA 2BB9A 2EWYA 2IDWA 2OHNA 5AHBA 4COEA 3BUFA 3HW1A 3NDUA 4Y5MA 3FIVA 4R91A 1SIVA 1A30A 4Q5MA 5P3OA 3LPKA 4J0PA 5P39A 5P3GA 5P37A 2HB4A 1GNMA 3I6OA 5OZYA 3KMYA 5P5RA 3OQ7A 5AH9A 1G6LA 5P6AA 1LYWA 1MRXA 1UH7A 1BXOA 3EL0A 5KR0A 2OAHA 1YT9A 1NPAA 2Z54A 3O9BA 3Q4BA 3PGIA 5P7CA 5DR1A 2FNTA 4Y3NA 2B60A 4DJOA 4GIDA 5SZ9A 3K4VA 5P8NA 4JP9A 3ZL7A 5OYUA 5P4NA 4J0ZA 1XL2A 2G21A 3HZCA 3K5FA 2I1AA 5OZ0A 4RVIA 5HDUA 1K1UA 2Q5KA 4JOOA 1APVE 3PWWA 2R5QA 3QAAA 1GNOA 2PQZA 4RGHA 5OZ3A 5P1IA 2QU2A 4YBIA 5P5MA 4GJ6A 3UQXA 3SA4A 3OXCA 3HD8A 1KJGA 2VJ7A 5P5WA 3T7PA 3UPJA 5P5KA 5P87A 4XX3A 7UPJA 1HTGA 1FMUA 3L5EA 3LIXA 3S43B 2Q54A 1UH8A 3K4VC 5ER2E 3ECGA 5P6GA 3UDMA 4D85A 4Y4WA 1OEXA 1W5WA 4FAEA 2AOCA 5OZKA 5ENMA 1XE5A 2AVVA 2RENA 4K4QA 5OZFA 4L1AA 3QI1A 4DJYA 5P6OA 2A4FA 2HS2A 2QZWA 4OBZB 3G6ZA 5AHCA 5P7FA 4CPRA 4Y4UA 3KFNA 3IXJA 4QJAA 3O9AA 2P3DA 5I3WA 3QIHA 1AAQA 3BGBA 2FDEA 1FFIC 3KT2A 1MESA 5IVRA 3S53A 2A1EA 1YX9A 3EC0A 1DW6C 2B8LA 1E5OE 5P08A 1K6TA 5P1XA 5P8PA 2VKMA 3LPJA 1T6EX 2NNKA 2QD7A 5P4GA 2VA6A 2NXLA 1HIHA 1EPQE 5OYVA 5P6IA 3QROA 5HE4A 5P2TA 1IVQA 4Y51A 4RVXA 5OYYA 2P4JA 3PSUA 2VIYA 3GGVA 4GYEA 5P2XA 4GB2A 4YCTA 1MT7A 5P1OA 1EPNE 4EQJA 5P0EA 4DVFA 4K8SA 5P63A 4AMTA 2QZKA 2ZGAA 3O9GA 1PPME 1LF4A 3KFPA 3NU4A 5P2WA 5OZGA 2V12C 4TRYA 5DR3A 4J0YA 1XS7D 3S43A 1N49A 2R43A 1EEDP 3SAAA 1FQXA 5HU1A 5P5GA 1LYAB 3S85A 4PPHA 2I4WA 2BPYA 5P64A 4Q1YA 5P4KA 4M8YA 8HVPA 5P2DA 1HVRA 3SLZA 1FQ7A 4Y38A 2SAMA 4FS4A 5P57A 5P3FA 4OBZA 5P7AA 1WBKA 3KF0A 5P7NA 4R95A 3APRE 4RYCA 1RV7A 3DK1A 5P70A 1HWRA 3NU6A 2OHUA 5P5AA 4B0QA 5P3KA 1EAGA 3G72A 3QRMA 1SDVA 3WB4A 3I7EA 2Z4OA 1MUIA 2AZ8A 5P0CA 3DJKA 5P8JA 3UF3A 4RLDA 4GJAA 2ER9E 5P44A 2WEDA 3ZKSA 3HDKA 1GVVA 2PWCA 2Q11A 2ZJLA 1GVXA 4Y3EA 1TSUA 4I10A 2Q64A 3EXOA 2P3AA 1EC0A 1BDRA 3VYDA 5P7IA 3CMSA 3RVIA 5P5XA 3LZUA 5P8DA 5P1CA 4D88A 5P1GA 1XL5A 4XX4A 5AHAA 3VYFA 1W6HA 3CKTA 3MXEA 5P27A 5P85A 5P3XA 3OK9A 3OOTA 2JXRA 4FGXA 5P33A 3SACA 4H3FA 1D4IA 4Y3WA 2OHSA 1OD1A 1LYAA 2VA7A 5P22A 1IDAA 4TRZA 3O9LB 3KMXA 5OZ5A 5P4YA 2MIPA 2UY0A 2J9JB 5OZ2A 5P5SA 3VF7A 4Y3MA 5P0RA 3OUDB 4Y5LA 4ER2E 3UQUA 5DPZA 1FQ6A 1BV7A 5P04A 2AVMA 2IL2A 2OF0A 3SKFA 1FF0C 4R5NA 1APWE 4PYVA 2O4SA 4KE1A 1FGCC 2WF1A 4J1HA 4OBDA 3UQPA 1XN3A 2CENA 2JYSA 1MTRA 5P8SA 3TH9A 4LP9A 4IVSA 4B70A 2OHMA 5P3VA 1ENTE 3T7QA 1D4SA 3UDQA 4RCFA 1EBWA 1ZSRA 5OZDA 3PEPA 3EKTA 4FM8A 1TZSA 4Y5KA 3TL9A 5HTZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WF3 A;  3TPJ A;  3TNE A;  4R8Y A;  2OHL A;  3UQR A;  5DR4 A;  4ZSP A;  2FLE A;  4U7V A;  2Q3K A;  4IVT A;  2QHC A;  4EJD A;  1PSO E;  6FIV A;  4L7G A;  1IIQ A;  3BXR A;  3PVK A;  3K1W A;  5P29 A;  5DQ1 A;  4QJ9 A;  4FM7 A;  2QZX A;  4GJB A;  1HIV A;  5P3W A;  1XE6 A;  4J54 A;  1HVL A;  5P13 A;  4I8W A;  4DFG A;  3IXK A;  2BPZ A;  5P6E A;  4PZW A;  3PJ6 A;  5DQ5 A;  3U6A A;  2AOH A;  2IQG A;  1ZAP A;  4A4Q A;  4Y3S A;  5P16 A;  1M0B A;  3DCK A;  3SA5 A;  4FE6 A;  4AUC A;  3CKR A;  3RTM A;  5P6Q A;  5COK A;  1FMX A;  4XXS A;  1GVU A;  1SDU A;  5P0W A;  1AID A;  2IKO A;  4DJR A;  2HM1 A;  5P88 A;  5P03 A;  4Y5P A;  2R38 A;  5P4U A;  3MSL A;  5OZS A;  2AZB A;  2HPE A;  5P28 A;  5P76 A;  4ZEA A;  5P31 A;  2ZHS A;  5OZU A;  3AUP A;  5OYQ A;  5P3Y A;  4J5J A;  3PHV A;  3FX5 A;  5P8E A;  4GJ5 A;  4GJC A;  3PB5 A;  2G20 A;  5DR8 A;  1NH0 A;  3MSK A;  1B11 A;  1FIV A;  4LL3 A;  2QNQ A;  1EPL E;  4FSL A;  4DJQ A;  1U8G A;  3RSV A;  3S7L A;  2QHZ A;  4LHH A;  5P36 A;  2B7F A;  2XFK A;  5P4J A;  1BDL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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