3QPJA

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a three-armed pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Design of a series of novel three-armed pyrrolidine-based inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qpjA00
5OZRA 3NDWA 2I4VA 2VJ6A 2R8NA 2IQGA 1GVVA 1MT7A 3SO9A 4YCYA 6APRE 3T7QA 1YG9A 4Q5MA 3S53A 4YBFA 5OYUA 5OZMA 5P8TA 4GJAA 5P1XA 5P7FA 3NLSA 5P6ZA 1HVRA 2ER7E 4PEPA 3O9EA 5OZ3A 5P5CA 2B7FA 3EL5A 3VCMA 5P3SA 5P0PA 5IVQA 1FMBA 1EPLE 1T6GA 3MSJA 5HDZA 3VLAA 3APRE 4CPSA 3VV7A 4H3JA 5P6FA 5HCOA 2CENA 3DM6A 5P1KA 5P8LA 4Y43A 4Y50A 3TOGA 5OZKA 3BUHA 4CMSA 5P30A 2ZJNA 5DQ5A 1EC1A 3EKQA 4EQJA 1GVTA 2JXRA 5P45A 3NU9A 2WECA 4YHQA 5P8VA 5OZ5A 5P8BA 5P7KA 4Y51A 5P1IA 5SZ9A 4UPJA 5P0BA 5P8GA 1K2BA 5P8CA 1ZBGA 5P12A 3INFA 4B05A 2AZBA 3S54A 4CPTA 5P4WA 3RSVA 3LIYA 1OHRA 5OZNA 2APRA 4EP3A 5P19A 5P6HA 4FLGA 3PCZA 5P4SA 1BAIA 5HE7A 2NXLA 2ANLA 4OD9A 1QBTA 4B0QA 5HDVA 4I0GA 3ECGA 1GVWA 5P6EA 4H3GA 5P3HA 1MIQA 1GNMA 2ZHVA 5P3LA 3MXDA 4IVTA 5P7YA 3VFBA 4YOBA 1JLDA 2FNTA 5SY3A 4Y3DA 4NPUA 1MSMA 3FNTA 5P3JA 2V11C 5P5OA 1HRNA 1NSOA 1DMPA 1HTRB 4J55A 4ZEAA 5P36A 3BUGA 1QDMA 2EWYA 3DV5A 1BV7A 2WHHA 3EKTA 1MSNA 5P20A 3ZPUA 3KT2A 3CKTA 1Z1RA 3SA9A 3SA3A 1A8GA 4FS4A 2VJ9A 3OADB 4RLDA 3SA4A 4AZYA 1IZEA 3IN4A 5IVSA 2AOGA 5P5XA 5P1VA 5CLMA 3Q5HA 4DJPA 1AAQA 4DFGA 3RTHA 4OC6A 3SM1A 3G72A 2HAHA 2QI4A 5P4AA 3SA5A 3PB5A 4E43A 2G26A 2FDEA 1LF3A 4GJ8A 1EPNE 1UH9A 1EAGA 3KDBA 5P5SA 5P7GA 3NUOA 4RYGA 4M8XA 5OZFA 1CMSA 3RVIA 3G6ZA 5P6BA 5P64A 3ZKMA 2SAMA 4RCFA 4YE3A 2VA6A 5P5PA 2G27A 4Y41A 1BBSA 2FDDA 4Y3GA 5P3IA 2G1RA 5OZ0A 2OHNA 4Y5NA 1APUE 2HS2A 1BVGA 5P05A 1MEUA 3QAAA 4CP7A 5P6AA 4RRNA 2BB9A 3L5DA 5P7IA 5OZLA 3O9LB 5P1EA 2QZLA 1TSQA 2WKZA 3OOZA 3IAWA 2I4DA 2BKSA 3INEA 4Y3QA 1Z8CA 1XN3A 3NU4A 3NU3A 5BRYA 3OUAA 5P5NA 2XFJA 3S56A 2NXMA 3LITA 2QK5A 2ZYEA 2OF0A 5P6WA 3WB5A 2I4WA 4Y3FA 5P8RA 2NR6A 4FRKA 4LP9A 2PSUA 1U8GA 3PSUA 2I0AA 5P54A 1PSNA 1E82E 3KN0A 1EC0A 5HU1A 4Y36A 3UDYA 3ZKQA 5P3UA 5P7WA 1F34A 2VIJA 4XXSA 5P7EA 2IRZA 4OBKA 3T3CA 1XN2A 5P1NA 5P2MA 1AIDA 3PBZA 2P4JA 4J1FA 4OBDA 2ZE1A 1UH7A 4I10A 3O9HA 1VIJA 3NXNA 4OD9B 5P31A 5P2YA 5P8EA 3TPLA 3GI0A 1T7KA 2I4XA 1QBRA 1GKTA 3UF3A 3LZSA 5P2SA 5OYWA 1XL5A 3ZPSA 1K1TA 4I0HA 5OYYA 1MPPA 3QRSA 5P88A 1SGUA 2CEMA 2G22A 1AXAA 2P3DA 5P2VA 4L6BA 3GGVA 5P23A 4QJ2A 1E81E 5HE4A 4ZSRA 4Q1XA 5P3ZA 3IXOA 4Z4XA 4DJXA 5P8AA 5OZCA 5OZ8A 1DP5A 3OWNA 5P89A 1D4LA 3PVKA 4Y3LA 5P0QA 2JYSA 3LPIA 3OTSA 5P3QA 4QJ7A 4H1EA 4PHVA 2ZJIA 5P2NA 5P5BA 1HVCA 1SBGA 2NNPA 3SPKA 5P2CA 4OC6B 3L59A 3R2FA 1IIQA 2BQVA 3OQ7A 2FGVA 5P3DA 4CPRA 2OHUA 4U7VA 4DJVA 3BHEA 5P42A 2HPFA 4Y53A 1HVJA 1BDRA 4J1EA 3URLA 4DJQA 1PSAA 1HTGA 5P81A 2V0ZC 5P00A 4DQEA 1T6EX 5P71A 1IVPA 4MC1A 3PLDA 3UQWA 5P1OA 4CPXA 5P7DA 3T7XA 1LYAA 1HOSA 4Y3NA 4FM8A 5CONA 1HWRA 5P8KA 5P0XA 1ZJ7A 4Y45A 5P8HA 4AUCA 5P69A 4EJ8A 2QI3A 5HU0A 2NMYA 2ZHSA 4Y3TA 1M4HA 9HVPA 1EBYA 5JFPA 4Y3MA 3FIVA 4Y6MA 3PBDA 4GZFA 1HEFE 2F3FA 1KJ4A 2QMPA 3UQRA 1HPOA 3PSGA 3Q70A 3UFLA 7UPJA 2P83A 2WEAA 1FB7A 5OYXA 6UPJA 1D4IA 1TZSA 1VIKA 2QMGA 3BRAA 3ZKNA 2IENA 4F74A 3NU6A 5COOA 2F8GA 4D8CA 3EM4A 2AODA 2G20A 3NWQA 1RQ9A 1FQ7A 3OQAA 3DUYA 5P0GA 5I3VA 3S2OA 4FSEA 1DAZC 5P1SA 4FE6A 4B1CA 5P2ZA 3D20A 2ASIA 2O40A 5P3EA 2FDPA 3VF7A 2G24A 1WBMA 5P73A 1FF0C 4PPHA 3K4VC 2QNNA 1FG8C 1LS5A 4RGHA 3RU1A 5P13A 4ZPEA 1BVEA 4L1AA 2PC0A 4HE9A 4DJOA 3EL0A 4GJCA 1TCXA 3PEPA 1ER8E 1AM5A 5DGWA 5P27A 4AA9A 5P7AA 5AH7A 5DR3A 3L5BA 1APWE 2NXDA 5P08A 3ER5E 5P70A 1KZKA 3QP0A 5P04A 4TRZA 5P4ZA 5IVTA 5P0LA 3BC4A 3UDKA 2WEBA 3LHGA 5OZUA 5P3WA 3NDXA 4BELA 3OOTA 5P0UA 2AOEA 3DOXA 5KQFA 4I0EA 4Y58A 1PSOE 4APEA 5EZXA 4EHCA 1FMUA 2QCIA 3ST5A 3LZYA 4MC6A 4DQGA 5I70A 5APRE 1LYBA 1HTFA 3BUFA 2R5QA 2WEDA 2R5PA 3NUJA 5P51A 3UCBA 2IEOA 5DR8A 1LV1A 5P7PA 1RPIA 1YX9A 1OD1A 4YD4A 3ZKGA 2FXDA 5P3BA 2QD8A 3R1GB 3SABA 3I8WA 1PROA 4Y4WA 1EPME 2NTRA 5P57A 4B00A 4GIDA 4ER4E 5P7UA 5KQXA 5P2UA 5P34A 1HVLA 2XFKA 5P5YA 2BPWA 4DQHA 1B6MA 5P1TA 3IN3A 5HTZA 4TVHA 2VA5A 4JPEA 4L7JA 3VV6A 2NMZA 1LYAB 2AVOA 3ZOVA 4I0DA 4R91A 5P2RA 1K6VA 2ZJJA 3VFAA 3BXRA 2PWCA 5P7QA 3AIDA 4DQBA 2F3EA 4A6BA 4B72A 2A1EA 1T7JA 4ZIPA 4JOOA 4Y3ZA 2HS1A 4YD6A 2CEJA 3HBOA 3KF0A 3S7MA 4Y9WA 1B11A 5P6DA 5P5ZA 4Y5BA 5P6KA 5P4LA 3UQXA 5P4OA 5AH8A 1SGZA 1HPXA 1PPLE 5OYZA 3PI5A 2QHYA 1FFFC 1K6CA 5P8FA 5KQYA 5P3FA 4J1KA 5KOSA 2AOFA 4LXKA 2VA7A 3M9FA 2VIEA 3FNUA 3ZLQA 4B1DA 4I0FA 1ZPKA 1BXOA 2G1NA 4FM6A 5P2EA 4CPQA 5P3CA 2ZJKA 1MTBA 1EPPE 4I12A 4XX3A 2AOIA 2ER0E 3UDMA 4Y4AA 1NPAA 5P2TA 5P77A 1QBSA 4Z2ZA 4L1AB 1OEXA 2BPZA 3OUBA 3O9DA 1GVXA 1B6KA 3EKWA 5P33A 2AVVA 2P8HA 3VSXA 5J25A 5F01A 5T4SA 5P6NA 1MT9A 2ZHUA 2BJUA 4RVXA 2O4PA 1T7IA 3BXSA 4A4QA 5P4RA 2QZKA 5P2FA 1K6TA 5P17A 1YM4A 4QJ8A 1W6HA 3HLOA 3SACA 1XE5A 2B60A 2R9BA 2I4UA 5OZBA 3BGBA 1RNEA 2IKUA 4Y37A 3U6AA 2QZXA 4YD7A 1LYWA 1APTE 3EMYA 5DR7A 3O9IA 4TRWA 5P65A 1ZTZA 5P44A 1LYBB 4EQ0A 4Y44A 4QLHA 4K4PA 5P26A 1HPVA 5DQ1A 5KR0A 1D4JA 3EC0A 4J54A 1HIHA 3OTYA 4ZPGA 1MT8A 1FEJC 5HCTA 1NPVA 3D91A 3KFNA 3RTNA 1GNNA 2Q63A 3LZUA 1F7AA 4KUPA 4I8ZA 4Y47A 5P4MA 2VS2A 3O9AA 4Y3RA 1DW6C 2O4KA 5P7SA 1ODYA 5P75A 5P1HA 3EKPA 5AHBA 4GJBA 1HVKA 2I1AA 1ODXA 3MWSA 4HZTA 5P0SA 4BFDA 3BVBA 5P3XA 2ER9E 3S43A 3S8IA 3JVYA 3VEUA 3GGXA 3OGPA 3L3AA 3I25A 4ER1E 3KDCA 5P85A 3QVCA 4MC2A 5OZ9A 1FGCC 3S85A 5OZ4A 2ER6E 5OZGA 5P0VA 4M8YA 5P8NA 3EL9A 3CMSA 4EP2A 1LF2A 3MXEA 4QGIA 3IA9A 5P5FA 2Q55A 5BS4A 4D89A 5BWYA 1SDUA 2QMDA 3A2OA 2F80A 3INHA 4Y4DA 1EC2A 3D1XA 5C9BA 3LINA 2XYEA 4H3FA 4Y5AA 5P4YA 3VSWA 1AVFA 1AJXA 1FQ8A 3LPJA 3QPJA 5JODA 1M0BA 3UDJA 5P62A 5P2WA 1AJVA 5P1JA 2A4FA 1XS7D 2QU2A 4FGXA 3UDQA 3LIQA 1HEGE 1A8KA 1SMEA 2JJIA 3KFRA 4Q1YA 3FSMA 5OZ7A 4PZWA 4Y48A 4D85A 1BIMA 4DUSA 5P1DA 1D4SA 3L5FA 1QBUA 2XFIA 4S1GA 2OHSA 1HSIA 2OHLA 4YDFA 5P5QA 3EKXA 5OZPA 3UPJA 5P76A 3GGAA 5KAOA 3K4VA 3N3IA 3OHFA 3T11A 4DH6A 2HB2A 2R3WA 1UPJA 5P2HA 5UPJA 1BV9A 1B6JA 2OHRA 5P83A 5OYQA 3NU5A 1W5VA 2PWRA 3LIZA 1IZIA 3TNEA 3SAAA 4OBZA 4EJLA 5P1LA 5P5TA 3FX5A 3LIVA 4DJUA 5P0CA 4Y57A 5P6SA 5ER2E 4Z50A 3PWWA 4QJ9A 4AA8A 4B70A 3PRSA 3U7SA 5I3WA 2AZ8A 5P7MA 1QRPE 3OAGA 5P59A 2QP8A 3EKVA 2R38A 5P79A 4BEKA 2OHTA 2QNPA 2G1SA 5HE5A 1EEDP 3PGIA 4LXMA 3SA8A 5P2OA 5P7CA 1HVSA 1PPME 3L58A 1FKNA 2IGXA 1HSHA 3VUCA 2QI1A 2IDWA 3Q4BA 5P4EA 1TQFA 2FGUA 1GVUA 5DGUA 5P1FA 1SDVA 4RCDA 3JVWA 5DQCA 5P6XA 5P3RA 2Q54A 2QHCA 3O9CA 1YTIA 4EJKA 4Y4TA 2O4NA 4Y56A 5PEPA 4J17A 5P1BA 2WL0A 4HDBA 1XL2A 2P3BA 4TRYA 5P09A 5P7JA 4Y3EA 4CPWA 5C9FA 5P8IA 3GW5A 5P2GA 2BPVA 2VKMA 4L7GA 4COEA 5P6UA 4Y38A 5P5HA 1NH0A 5P3YA 3HZCA 4ZSPA 3OU4A 4Y4GA 5P6VA 2AOCA 2FMBA 3PMYA 3UDNA 2UY0A 2G1YA 3SQFA 1G2KA 1IDAA 2WF3A 4X2LA 5P1GA 5P53A 2QHZA 2AVQA 3PSYA 4RRSA 4J1HA 1K2CA 1HSGA 5P3KA 1HTEA 2HC0A 2QI0A 4LL3A 3CYXA 1W5WA 5P4CA 4FRIA 2HB4A 4CPUA 3PI0A 4RZ1A 5P10A 3VG1A 4GMIA 2ZJMA 5P2LA 5P3MA 5P60A 3OQDA 5E5JA 4Y5CA 3DCKA 3NYGA 4DQCA 1W6IA 5F00A 4DI2A 5HDUA 5P0HA 3TTPA 3QBHA 3URIA 4QJAA 3SKGA 3SA7A 5SY2A 2RMPA 3NDUA 5P8JA 4FM7A 3FV3A 2ZHRA 3TL9A 1ME6A 5P55A 5P1CA 3CYWA 5P4QA 4EYRA 5OYVA 3R0WA 5P3NA 5P6TA 1YTGA 1G35A 3VF3A 4I0JA 4FAFA 1HVIA 5P5IA 3WZ7A 4LHHA 5OZAA 3WSJA 5P1QA 5HDXA 4Z22A 2QD7A 3KFPA 1PFZA 2H6SA 2Q11A 5P0ZA 3OXVA 4ER2E 4J0PA 1HVHA 5P74A 5COPA 3H0BA 1WKRA 4HEGA 4Y5KA 3R0YA 4YD5A 5OZXA 1HXBA 3VYFA 4TVGA 5OZQA 1Z1HA 5P5VA 3DV1A 4R5NA 4FIVA 4Y3HA 1FIVA 3OAGB 2J9KA 4Y3PA 5P4TA 4RROA 2BBBA 4DJWA 1MTRA 5P2DA 2P3AA 4Q1WA 1APVE 2Z4OA 2FLEA 3HAUA 3OQKA 1HPSA 5KOQA 1W5XA 5B18A 5OZ2A 3KDDA 1FQ4A 5P1YA 3OK9A 1BILA 1MRXA 1B5FA 5IS4A 5HD0A 1XE6A 3HVPA 1KJ7A 1WBKA 3SLZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZR A;  3NDW A;  2I4V A;  2VJ6 A;  2R8N A;  2IQG A;  1GVV A;  1MT7 A;  3SO9 A;  4YCY A;  6APR E;  3T7Q A;  1YG9 A;  4Q5M A;  3S53 A;  4YBF A;  5OYU A;  5OZM A;  5P8T A;  4GJA A;  5P1X A;  5P7F A;  3NLS A;  5P6Z A;  1HVR A;  2ER7 E;  4PEP A;  3O9E A;  5OZ3 A;  5P5C A;  2B7F A;  3EL5 A;  3VCM A;  5P3S A;  5P0P A;  5IVQ A;  1FMB A;  1EPL E;  1T6G A;  3MSJ A;  5HDZ A;  3VLA A;  3APR E;  4CPS A;  3VV7 A;  4H3J A;  5P6F A;  5HCO A;  2CEN A;  3DM6 A;  5P1K A;  5P8L A;  4Y43 A;  4Y50 A;  3TOG A;  5OZK A;  3BUH A;  4CMS A;  5P30 A;  2ZJN A;  5DQ5 A;  1EC1 A;  3EKQ A;  4EQJ A;  1GVT A;  2JXR A;  5P45 A;  3NU9 A;  2WEC A;  4YHQ A;  5P8V A;  5OZ5 A;  5P8B A;  5P7K A;  4Y51 A;  5P1I A;  5SZ9 A;  4UPJ A;  5P0B A;  5P8G A;  1K2B A;  5P8C A;  1ZBG A;  5P12 A;  3INF A;  4B05 A;  2AZB A;  3S54 A;  4CPT A;  5P4W A;  3RSV A;  3LIY A;  1OHR A;  5OZN A;  2APR A;  4EP3 A;  5P19 A;  5P6H A;  4FLG A;  3PCZ A;  5P4S A;  1BAI A;  5HE7 A;  2NXL A;  2ANL A;  4OD9 A;  1QBT A;  4B0Q A;  5HDV A;  4I0G A;  3ECG A;  1GVW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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