1FMUA

Structure of native proteinase a in p3221 space group.
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
329
structure length
322
Chain Sequence
GGHDVPLTNYLNAQYYTDITLGTPPQNFKVILDTGSSNLWVPSNECGSLACFLHSKYDHEASSSYKANGTEFAIQYGTGSLEGYISQDTLSIGDLTIPKQDFAEATSEPGLTFAFGKFDGILGLGYDTISVDKVVPPFYNAIQQDLLDEKRFAFYLGDTSKDGEATFGGIDESKFKGDITWLPVRRKAYWEVKFEGIGLGDEYAELESHGAAIDTGTSLITLPSGLAEMINAEIGAKKGQYTLDCNTRDNLPDLIFNFNGYNFTIGPYDYTLEVSGSCISAITPMDFPEPVGPLAIVGDAFLRKYYSIYDLGNNAVGLAKAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords SACCHAROPEPSIN
publication title An unusual orientation for Tyr75 in the active site of the aspartic proteinase from Saccharomyces cerevisiae.
pubmed doi rcsb
total genus 86
structure length 322
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.25: Saccharopepsin.
pdb deposition date 2000-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fmuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fmuA02
2JJJA 4Y50A 5P00A 4IVTA 5JFUA 3I2LA 1EC2A 4R5NA 1YG9A 4D8CA 3OTSA 3K1WA 5P1IA 5P7GA 1G35A 4YD7A 4APRE 3NR6A 2R5QA 2XFKA 5P0WA 5P3PA 4NJTA 1W5YA 1ZBGA 2VIZA 3H0BA 4OBHA 2UPJA 3OXXA 1GVVA 3BVBA 5P4EA 3AIDA 3ER5E 4Y41A 3CYWA 4Y3RA 3S43B 2AVOA 5P81A 4Y54A 4UPJA 5P3OA 2JXRA 4ZSQA 4RVJA 5HD0A 2ER0E 3OOZA 5P0NA 5P4QA 4EPJA 1AZ5A 4XX4A 3D91A 1K6CA 2NNPA 1WKRA 2AOIA 3EL1A 1LF3A 4LHHA 1FB7A 5P61A 2Z4OA 3ZKIA 2R3TA 2PMAA 2J9KA 4CPXA 2O4PA 5P8QA 3TOGA 4D89A 2B8LA 3APPA 3NYGA 3OQAA 5P07A 5P4XA 3BRAA 5P2QA 1LEEA 3PWMA 3FV3A 2PC0A 3FNTA 1XN3A 3QBHA 5P2UA 4EJ8A 3S43A 1ME6A 3WZ7A 3S2OA 5HU1A 5IVRA 1APVE 2BJUA 4Y3XA 2NNKA 5OZRA 1FKNA 2H6TA 4B72A 5P5DA 1K6TA 5OYSA 5FIVA 4CMSA 3QP0A 3ZPTA 3UCBA 5P86A 5P0OA 5P4WA 5P33A 5P8EA 1HEFE 5P66A 3SM1A 1YTGA 3DJKA 3U7SA 2B7ZA 3K5FA 4Y6MA 5OZUA 5C9BA 4DQBA 1AJVA 5AH8A 5ISKA 1BVGA 1W6HA 5P6CA 3L5FA 3VUCA 4QJAA 5P7XA 2OHRA 1META 5OZQA 3FSMA 3JW2A 2VS2A 2SAMA 4XX3A 1RL8A 3LIZA 3LINA 1IDAA 3ZLQA 4X2LA 5OZ5A 3H5BA 4FS4A 4H3JA 3EM6A 5DGWA 2ER9E 4D88A 1FLHA 1UPJA 1RQ9A 2QZKA 4EJDA 2BPYA 3TL9A 1FG6C 1E5OE 5HDVA 3HZCA 2OHTA 5P4LA 4Y4XA 5P22A 5KQXA 3ZKGA 5P0AA 5P3DA 5OZXA 4DJVA 3BVAA 3LPJA 2IKUA 5P89A 2VA6A 3APRE 1T7IA 2QZLA 5P7VA 2WL0A 4EP2A 4DJUA 4AUCA 5P2NA 5P7SA 2VIJA 4OC6B 2QHYA 5P78A 4DJRA 5P65A 4DQHA 3OXCA 3VCMA 3GI0A 4I8ZA 1BVEA 1XL5A 1LYWB 3PCWA 5P02A 3KFSA 5OZVA 2HIZA 2AOEA 2ZHUA 4Y38A 4FM7A 4Q1WA 5P47A 5P42A 5P2FA 1IVPA 2WJOA 3T3CA 3OU1A 4RGHA 2BKTA 4I8WA 4QGIA 3NLSA 5KOQA 4B00A 2PH8A 3VLBA 5OZCA 2HB3A 1U8GA 1FQXA 3PSUA 1W5VA 3RSVA 1ENTE 3PCZA 3QVIA 1D4SA 1EC3A 5P2KA 4GJBA 5P3LA 3VV7A 5P2YA 1APTE 1K2CA 3GGVA 4Y45A 4OBGA 2QZWA 4ZSRA 1NH0A 5P5HA 3IXOA 3S7MA 4Y4UA 1LYWA 5OZGA 2Q54A 4RCFA 3I8WA 5KQFA 3NXEA 2FDEA 5P7YA 5OZHA 3SKFA 5P56A 1BILA 1RNEA 4OD9B 2HB2A 1AAQA 2ZHSA 2WHHA 4YOAA 3SA3A 4M8YA 4GJ7A 1BV7A 5TOLA 5CLMA 1YT9A 2VIEA 1KJHA 1MSMA 2I0DA 1IBQA 5P2HA 5P52A 3ST5A 1SIVA 5OYVA 5P5IA 3WZ8A 4DQGA 1DMPA 2QMFA 3NU3A 3S45A 5P0EA 2P3DA 3BXRA 5P3HA 4Y4WA 4CPQA 2WF1A 6APRE 3BC4A 4JPCA 5IVTA 2I4XA 4OD9A 5E5KA 1XDHA 1F7AA 3QRSA 5KAOA 1LF4A 4I11A 5P7AA 1C70A 4KE0A 5P0VA 4PYVA 3ZL7A 3UDHA 5P75A 4TVHA 3LZYA 1EC0A 5P5BA 3SACA 4MC1A 2OHQA 1ZSRA 3OQKA 4Y5LA 1K2BA 3S56A 5P8JA 1G2KA 4DVFA 1B5FB 4YCKA 5P0CA 2F80A 5P4AA 3L5DA 5P6RA 5KQZA 3IXKA 4Q1YA 3PEPA 5OZ0A 1MERA 5P8PA 5P62A 5ENMA 1IZIA 2OHUA 4H3GA 5P6NA 1HXWA 2O40A 5P43A 5P36A 4Y47A 5P8UA 1HOSA 2Q64A 5P5AA 3OWNA 2QI6A 1HPSA 3EKXA 2QI4A 5P7PA 5P3SA 5P3YA 1KJ7A 2PWRA 4N00A 5P2XA 3JVWA 1XN2A 1FIVA 1IZDA 4DJYA 1BDRA 4YD6A 5P6YA 2QI7A 3I7EA 5KR0A 5P7EA 5P24A 3SABA 5P4BA 4COEA 3KF0A 5SY3A 1LV1A 3NDUA 3PM4A 1GNNA 4LP9A 2I4UA 2OAHA 5P1KA 5P11A 3TPPA 5P0FA 1BV9A 2IRZA 2PSGA 5P4PA 2RENA 2OHKA 4Y43A 3EKVA 1FMUA 5P2VA 4Y44A 5P69A 3T6IA 4Y3HA 4B0QA 5P6HA 5P2SA 1YM4A 1GNOA 4Y4BA 1CPIA 1HHPA 2IKOA 2Q55A 2PSVA 4HE9A 5P0BA 1ZLFA 5P46A 1ZAPA 3TTPA 3UQWA 3BUHA 4Y5BA 5P1QA 1SMEA 3TOFA 2P83A 1B11A 5P7HA 2WEAA 5COOA 5P7RA 4EXGA 3VSXA 5P6QA 2RKFA 4AA8A 4FRSA 5P6WA 5IS4A 2A1EA 3KMYA 2XYEA 3SA9A 3OOTA 1TCXA 3VF5A 4EQJA 4Y48A 2WF3A 1HVHA 2QHZA 3F9QA 5P3GA 5P6MA 3PWWA 5DR1A 3OUDA 5P1AA 3EM3A 1NPWA 5P4TA 5P0HA 1B6MA 4Y39A 4R8YA 2V0ZC 1PPKE 2ZHTA 5P6UA 2G21A 3EKYA 3OY4A 2PWCA 2R43A 1T3RA 1GVXA 4GIDA 2BPZA 5BWYA 4K8SA 5KR8A 4J55A 5P3JA 4KE1A 4J1IA 5P8CA 3OU4B 3UDMA 3RTNA 2PYNA 5P08A 3CYXA 5P18A 5P25A 3PGIA 2PYMA 3GGUA 5HCOA 3PSYA 3L5BA 4I0DA 3NXNA 5P2OA 5P54A 1FGCC 5I3YA 3LZUA 3CIBA 2RMPA 1M43A 5P4FA 4Y57A 5OZEA 2G1YA 5P7IA 2UY0A 5F01A 5P70A 2AOCA 1A8KA 3KT5A 1QBUA 5P2CA 2AZCA 2B8VA 4J0TA 2UXZA 3CIDA 4K4RA 3CKPA 3A2OA 1RPIA 1IZHA 1TSUA 4Y4EA 3OU4A 5P3TA 1Z1HA 5EZZA 2G1NA 5P2ZA 1HPVA 2H6SA 5P8OA 3BUGA 1HIVA 3ZPUA 1XE5A 1PSNA 3O9AA 3UHLA 4OBKA 3LITA 4GJ8A 5P63A 2VIYA 4Y9WA 4NJUA 3IGBA 1D4IA 3IN3A 3HVPA 1HIIA 4YD4A 2JYSA 4RVIA 5JG1A 4Y53A 3OAGB 2FGVA 3ZKNA 1HTRB 2XYFA 4DJPA 2G1OA 2ZHVA 5P3RA 5DQ5A 5OZPA 4ZE6A 1HEGE 2ZJKA 5P68A 1WBKA 3KFNA 1FQ8A 3KDBA 4OBFA 4Y5GA 5P0IA 4L1AA 3SA8A 1LYAB 5KQYA 3S7LA 3GI6A 5P4HA 2PQZA 5SY2A 3DOXA 1GVTA 3QBFA 2HS2A 5P3BA 1YTJA 5P1WA 1OEXA 5P49A 3LZSA 5P4JA 1MTBA 2EWYA 5P6SA 3R2FA 3ECGA 4Z50A 3OAGA 3CICA 5P7ZA 1E81E 2QU2A 2AOGA 4RYGA 3IVHA 5P7DA 4Y3ZA 5P6JA 3KM4A 2AZBA 4J5JA 4TVGA 3OXWA 3OGQA 5P0SA 1SIPA 1LYAA 2CEMA 3UDJA 4BFDA 2G69A 3EC0A 4F73A 3SAAA 4ZPEA 3ZOVA 5P8RA 2I4VA 3LIYA 5KR1A 4NJSA 4F75A 1FFIC 4OBDA 1MT7A 5P6GA 5P8DA 2FNTA 5P2RA 4A6CA 5P1MA 3EKWA 5P04A 5AHBA 5P13A 1B6PA 5P3EA 1CZIE 1DAZC 2ASIA 1W5WA 4CP7A 1HVJA 5P7LA 1QBTA 1XS7D 5P0TA 4YCYA 2AZ8A 3WB5A 2FLEA 5P3ZA 1T7JA 4L7HA 3KA2A 1PFZA 5OZ1A 3RU1A 5HDZA 5OZBA 3U6AA 5P1BA 1K6VA 1CMSA 4I12A 1EC1A 2QI0A 3KFRA 2IL2A 5P64A 4BFBA 2AVSA 3BGCA 1HTEA 4FGXA 2AOHA 2ZGAA 4GJ9A 4Y4DA 3VYEA 3DK1A 5P60A 2F8GA 2Q3KA 1HTFA 2VA7A 5P1NA 4CPTA 3HDKA 2QI5A 4S1GA 5I3WA 3B7VA 5P1DA 4ZEAA 4YD3A 4PPHA 5P8NA 4RROA 1W51A 5P6TA 2ZYEA 3INDA 3BHEA 4TRYA 1OEWA 1HWRA 3KMXA 2Q5KA 2FMBA 4NPTA 4Z22A 1ZPAA 1DP5A 1BXOA 1FMBA 3LIQA 4J0VA 2NTRA 4DI2A 2NR6A 4EHCA 3EM4A 1SMRA 4JOOA 4GJAA 5OYUA 2F3EA 4I0JA 2BB9A 2IGXA 4F74A 1C6ZA 1J71A 4Y58A 2P3BB 4KB9A 3VLAA 3NUJA 3L59A 4Z4XA 4LXMA 1BIMA 3OU1B 5OZ7A 2V10C 1APWE 4QJ6A 3CKRA 1HSGA 1EPQE 5OYZA 4HA5A 3EKQA 3LZVA 2QD6A 4B77A 4ER1E 3KFPA 3UDQA 3MWSA 2FXDA 3SQFA 3EL5A 3MSLA 3NDTA 2R38A 4B70A 1EAGA 5P1ZA 5P6OA 4YDFA 3UDNA 4JPEA 3SA5A 5P1EA 1TCWA 3NSHA 2P3BA 1GVWA 5OZLA 1E82E 3PLDA 4Y5NA 4A6BA 3IA9A 5P7FA 4GJDA 3DCKA 3EL4A 1IVQA 1AJXA 5OYQA 4Y3SA 5E5JA 2QNPA 1GVUA 2AVMA 3MSKA 5P77A 5P6DA 3FKTA 1D4YA 5P8GA 2VA5A 1QDMA 1AXAA 3S54A 5HVPA 1N49A 3NU4A 3OUBA 5BRYA 3KT2A 5P6PA 3OTYA 4ER2E 1W50A 3TH9A 4LBTA 4FM8A 4YHQA 4K4QA 5P2AA 1MESA 2QZXA 2V13A 5C9FA 3FNSA 5P2TA 2QU3A 3DM6A 4QLHA 2JJIA 4Y3AA 4Y4AA 5HU0A 2QI1A 4EYRA 4XXSA 2IEOA 3N3IA 4CKUA 4HEGA 3QI1A 3FIVA 2QD7A 1LF2A 2OHNA 5OZAA 1SBGA 5OYWA 1K6PA 5C9DA 3UTLA 3BUFA 2B7FA 4CPSA 1HVIA 4RRSA 2P3AA 5HDXA 5P1GA 3DCRA 4RVXA 5P3UA 1A30A 3O9IA 5P0XA 4TRWA 2QCIA 4DH6A 5OZKA 2IENA 4FAEA 1D4HA 3BGBA 3PHVA 1M4HA 2XFIA 2AOJA 3EXOA 1FQ4A 1ZSFA 3CMSA 5P59A 2ER7E 3PWRA 5P6FA 1VIKA 4HLAA 4FRKA 5P0YA 5P6XA 2FNSA 5HE7A 5DR3A 2R9BA 2O4LA 5P0KA 4J1EA 4OBJA 4I10A 5P3AA 3GW5A 1OD1A 2AQUA 9HVPA 3N4LA 1HVSA 4Y35A 2G27A 5OYYA 3EKTA 4ER4E 5P76A 5P8SA 4M8XA 4YDGA 1EPLE 5P35A 1UH9A 4QJ2A 4B78A 5I70A 5P40A 5OYTA 5P1HA 1Q9PA 3EMYA 1NSOA 4EJKA 3O9BA 3D1ZA 2HM1A 4Y3JA 1ZJ7A 5P5YA 3DV5A 3OQFA 3ER3E 1OHRA 5ER2E 5DR8A 3UDYA 5I3VA 4ACUA 5P8HA 4Z2ZA 5P6VA 5P1SA 1W6IA 2Z54A 3UQPA 3O99A 4R95A 1E80E 3GGAA 5P4IA 4AMTA 5P0PA 5OZ4A 1PROA 3WSJA 1YM2A 1KJGA 5P0GA 3OUDB 1FQ7A 5P2LA 5P4GA 4APEA 4FLGA 5P39A 4Y3GA 5OYRA 1ZPKA 5OZ2A 1MSNA 1HRNA 4ZSPA 1AVFA 5P79A 3FNUA 5P1PA 2OHPA 4DJWA 2AZ9A 3ZPSA 4Y56A 4YA8A 3Q4BA 3I6OA 4PZWA 4DQCA 5P8TA 2NXDA 4PEPA 5P3IA 2G1SA 3PI0A 4Y3FA 4FAFA 3INHA 5P31A 1NPVA 3PMYA 5OZIA 5BS4A 4B1EA 5P53A 5P14A 6UPJA 1MTRA 3QRVA 5OZZA 5P5SA 1A8GA 2RSPA 3QROA 5P5WA 4Y4GA 4I0IA 2PK5A 4L6BA 1FQ5A 4A4QA 4LXKA 4Y5PA 4Y3DA 5P72A 5P5QA 5F00A 1XE6A 1B6KA 4Y5AA 5P1TA 2BBBA 5P2IA 1MRXA 2NMZA 3PI5A 5P30A 3K5GA 3INFA 1HIHA 1IDBA 5P4KA 4J0YA 1K1UA 3UPJA 3QRMA 5P6BA 4NPUA 2FDPA 5P06A 4HDPA 3LPKA 4FSLA 5P29A 2QHCA 5DPZA 1MIQA 1B6JA 3VEUA 2G26A 3U71A 5P38A 3D1XA 4RZ1A 4QJ7A 3KDDA 2NXMA 2B42A 5APRE 4WY1A 1IIQA 5DR0A 4B05A 4J1KA 5DQ1A 3O9HA 1G0VA 1HVCA 5P8FA 1UH8A 3LHGA 1WBMA 2WF0A 3DUYA 5OZ6A 5P6IA 3T7PA 4L1AB 2G94A 2VKMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2JJJ A;  4Y50 A;  5P00 A;  4IVT A;  5JFU A;  3I2L A;  1EC2 A;  4R5N A;  1YG9 A;  4D8C A;  3OTS A;  3K1W A;  5P1I A;  5P7G A;  1G35 A;  4YD7 A;  4APR E;  3NR6 A;  2R5Q A;  2XFK A;  5P0W A;  5P3P A;  4NJT A;  1W5Y A;  1ZBG A;  2VIZ A;  3H0B A;  4OBH A;  2UPJ A;  3OXX A;  1GVV A;  3BVB A;  5P4E A;  3AID A;  3ER5 E;  4Y41 A;  3CYW A;  4Y3R A;  3S43 B;  2AVO A;  5P81 A;  4Y54 A;  4UPJ A;  5P3O A;  2JXR A;  4ZSQ A;  4RVJ A;  5HD0 A;  2ER0 E;  3OOZ A;  5P0N A;  5P4Q A;  4EPJ A;  1AZ5 A;  4XX4 A;  3D91 A;  1K6C A;  2NNP A;  1WKR A;  2AOI A;  3EL1 A;  1LF3 A;  4LHH A;  1FB7 A;  5P61 A;  2Z4O A;  3ZKI A;  2R3T A;  2PMA A;  2J9K A;  4CPX A;  2O4P A;  5P8Q A;  3TOG A;  4D89 A;  2B8L A;  3APP A;  3NYG A;  3OQA A;  5P07 A;  5P4X A;  3BRA A;  5P2Q A;  1LEE A;  3PWM A;  3FV3 A;  2PC0 A;  3FNT A;  1XN3 A;  3QBH A;  5P2U A;  4EJ8 A;  3S43 A;  1ME6 A;  3WZ7 A;  3S2O A;  5HU1 A;  5IVR A;  1APV E;  2BJU A;  4Y3X A;  2NNK A;  5OZR A;  1FKN A;  2H6T A;  4B72 A;  5P5D A;  1K6T A;  5OYS A;  5FIV A;  4CMS A;  3QP0 A; 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 1LYA A;  2CEM A;  3UDJ A;  4BFD A;  2G69 A;  3EC0 A;  4F73 A;  3SAA A;  4ZPE A;  3ZOV A;  5P8R A;  2I4V A;  3LIY A;  5KR1 A;  4NJS A;  4F75 A;  1FFI C;  4OBD A;  1MT7 A;  5P6G A;  5P8D A;  2FNT A;  5P2R A;  4A6C A;  5P1M A;  3EKW A;  5P04 A;  5AHB A;  5P13 A;  1B6P A;  5P3E A;  1CZI E;  1DAZ C;  2ASI A;  1W5W A;  4CP7 A;  1HVJ A;  5P7L A;  1QBT A;  1XS7 D;  5P0T A;  4YCY A;  2AZ8 A;  3WB5 A;  2FLE A;  5P3Z A;  1T7J A;  4L7H A;  3KA2 A;  1PFZ A;  5OZ1 A;  3RU1 A;  5HDZ A;  5OZB A;  3U6A A;  5P1B A;  1K6V A;  1CMS A;  4I12 A;  1EC1 A;  2QI0 A;  3KFR A;  2IL2 A;  5P64 A;  4BFB A;  2AVS A;  3BGC A;  1HTE A;  4FGX A;  2AOH A;  2ZGA A;  4GJ9 A;  4Y4D A;  3VYE A;  3DK1 A;  5P60 A;  2F8G A;  2Q3K A;  1HTF A;  2VA7 A;  5P1N A;  4CPT A;  3HDK A;  2QI5 A;  4S1G A;  5I3W A;  3B7V A;  5P1D A;  4ZEA A;  4YD3 A;  4PPH A;  5P8N A;  4RRO A;  1W51 A;  5P6T A;  2ZYE A;  3IND A;  3BHE A;  4TRY A;  1OEW A;  1HWR A;  3KMX A;  2Q5K A;  2FMB A;  4NPT A;  4Z22 A;  1ZPA A;  1DP5 A;  1BXO A;  1FMB A;  3LIQ A;  4J0V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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