5OYYA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 9
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyyA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyyA01
3C9XA 4FRJA 3APRE 5BRYA 3NUOA 3TH9A 3TKWA 2XFJA 5DR4A 2PWCA 3OUAA 3VYFA 3OWNA 3APPA 1MERA 4CPRA 4X7IA 3OU4B 2B7FA 5P1KA 4YCYA 3OHFA 5OZ1A 3ZKMA 1ODXA 4EP3A 1XN3A 5JODA 5P6WA 1HXWA 1FKNA 1W5WA 3URLA 5P6IA 5P2OA 5P84A 1EAGA 2ZHRA 4L1AA 2AVSA 5P5MA 5P7ZA 2PYNA 2QI7A 1AVFA 5P3GA 4Y3NA 5P68A 2Z4OA 1HSIA 2OHUA 3SA9A 4J1IA 4S1GA 2V11C 4HVPA 5P5XA 3KMXA 4H3IA 3GW5A 4H3JA 5P39A 2P4JA 1B6LA 5P2KA 4EJDA 5P1VA 4HA5A 1FEJC 4L7GA 4RYCA 2BPWA 2OHRA 1T7IA 1RL8A 4F75A 3TPRA 5P7RA 2QU3A 5P6LA 3UQXA 3PSUA 3T11A 5P2XA 4B72A 3VYEA 1K6TA 2VIJA 4GJAA 3R0WA 3RSXA 1WBKA 1HTEA 5P5QA 4NJTA 7HVPA 2QNQA 5P3OA 5OZGA 2O4KA 4Y3AA 3UFNA 2PWRA 3PSGA 1MUIA 3F9QA 5E5JA 4UPJA 4FSEA 4Y3SA 2QNPA 4Y5GA 3D1ZA 1IBQA 1W5VA 4CPWA 1LEEA 3KMYA 5DQ5A 5P78A 5P29A 5P6XA 4ZSMA 3ZPUA 5OZPA 4ACXA 1SDVA 2MIPA 3NU9A 3EM4A 3A2OA 2I0DA 3IVHA 5P32A 5P7GA 1IZDA 4DQCA 2QZXA 5P5BA 2AOEA 3OUCA 4Y35A 4J0TA 5P7AA 5P73A 6APRE 2ER7E 3LZYA 5P27A 4DQBA 1BDQA 5P7CA 2G1RA 4GIDA 1FG8C 5P6BA 4QJ2A 2ZGAA 2B7ZA 4NPUA 2Q63A 5OZBA 3MSLA 4R91A 3O9GA 5KR1A 1YTIA 2HC0A 5P2FA 4RCEA 3OGQA 3KM4A 5COOA 1RPIA 1HVKA 2FMBA 5P87A 5P86A 4Y6MA 4Y5PA 4GJ5A 3UDNA 1EBKC 2QMDA 5ENKA 2I4QA 5P1JA 3SO9A 3WZ6A 5P0LA 3FV3A 3ZLQA 5P5RA 5P58A 3IN3A 3T6IA 1KZKA 3PCWA 5P2NA 5OZOA 5P3HA 3I7EA 3OU3A 4Y4XA 3QRMA 4ZSRA 3KN0A 1A9MA 5COPA 2PQZA 3TOGA 4I0GA 1DAZC 4B00A 5P56A 4ZPEA 4RVXA 5P6DA 1AXAA 1BV9A 4MC6A 5AH6A 5P2EA 4KUPA 1HXBA 5P1EA 4Y4TA 5P8JA 1TSUA 3OU4A 5P6KA 5P5CA 5P02A 5P0MA 1RQ9A 3KDBA 4D88A 5P71A 1MSMA 4PHVA 5P30A 4AZYA 3PBZA 5P3IA 5P3SA 3ZKGA 5P65A 1DMPA 3HD8A 4DV9A 4Y3QA 4QJ8A 1HVRA 4J0PA 2ZJNA 3NLSA 3O9FA 3I6OA 3CMSA 4R93A 4EWOA 3SACA 3Q6YA 4Y3RA 1XE5A 3ZPSA 4X2LA 1XDHA 5DQ4A 2B42A 1BIMA 2AZBA 3OADB 3ST5A 2G1OA 3VV6A 2F3KA 2F8GA 3Q3TA 5P35A 2OHNA 5P0FA 2QHCA 3EKVA 5P15A 3VUCA 3S2OA 3RSVA 5KOQA 3VF7A 1IVQA 5DQCA 5I3YA 5P6GA 3ZKNA 5OZ7A 5P6HA 5OYZA 3GGAA 4EQ0A 2G1YA 3LPIA 2RKGA 4Y47A 1ENTE 4Y57A 3VF3A 3WB4A 4DI2A 3LHGA 5P77A 2FLEA 4B1DA 1MT7A 5OZTA 5DR0A 3MXEA 3I8WA 3CKRA 3EXOA 3TOFA 3VCMA 5P2GA 3PBDA 5P5JA 5P7TA 5P79A 3RTNA 1EC2A 2VS2A 4ZSPA 2HM1A 4EXHA 4Y41A 3INFA 5P7DA 5IVTA 5P25A 2P3AA 5OZ0A 1A30A 5P31A 1EBZA 5P4NA 4EQJA 4DJRA 2P3CA 1W6IA 4Y5EA 2ASIA 2I4VA 5P0KA 2BPZA 5P8KA 5JFUA 3SAAA 1ZBGA 2IS0A 1G2KA 1MRWA 2FIVA 3VFBA 5OZYA 5P4YA 4L7HA 5KR0A 2I4XA 2R8NA 1MRXA 4RROA 3L59A 1EPQE 2AZ8A 4JPEA 5P1FA 1EC3A 5OYRA 4DQEA 1T3RA 4HDFA 1FQXA 4GJ6A 2NXLA 3DJKA 3LIVA 1Z1RA 2QK5A 4I1CA 2AVQA 2PSUA 3PSYA 3LNKA 5OZQA 5P1NA 1MT8A 1T7JA 5P5KA 8HVPA 3OUBA 1HTRB 4Y56A 2HB3A 2HIZA 2ZYEA 3JVWA 3HLOA 1D4IA 1FG6C 4RCFA 1AM5A 5P7EA 2HB2A 4K4PA 4XKXA 1GVUA 4DPIA 5P2BA 1FQ4A 2I1AA 3EKWA 2O4SA 5P7WA 5P2QA 2Q15A 4GJCA 1K6VA 5P23A 2R3TA 5HU0A 4AUCA 5KQXA 1LYAA 1WKRA 3UQWA 3EKYA 4KE1A 5P40A 3FNTA 5P1WA 4I0EA 1QS8A 4Y37A 4CKUA 3HDKA 4Y5AA 5P0QA 1IZHA 1ZLFA 3BUHA 2BQVA 3LPKA 3O9CA 4Y5MA 5P7XA 2VJ6A 4QJ7A 2QI3A 4GYEA 3OXWA 1NPVA 3PWWA 5P1OA 2BKTA 1GVTA 4RCDA 4QLHA 3BVAA 3QI1A 5OYYA 2PMAA 2QD8A 5SZ9A 1B6MA 5P00A 3TKGA 5P6RA 4Y3XA 3KT5A 4DPFA 4TRZA 4WY1A 3OHHA 2CEJA 3D91A 3NR6A 1XL5A 3OQKA 2VNNA 5P06A 4Y4DA 1E80E 2IKUA 5OZ4A 3T7PA 3OADA 2G20A 1MT9A 1A8GA 3KA2A 4J1FA 5P1XA 3QS1A 4OBDA 3OXVA 5P03A 1BDLA 3QP0A 2OHMA 5OZNA 3ZOVA 1HVHA 5P76A 1MTRA 5P0XA 4F76A 1Z1HA 3EL4A 5P5ZA 4JECA 4Y9WA 3U71A 1YT9A 3O9AA 5P3JA 5P5DA 5P1UA 2G94A 3OTYA 4YOBA 3K4VC 5EZXA 2OHTA 4EHCA 4HDBA 3OTSA 5P8CA 4BEKA 5KOSA 5P52A 5P7YA 5P2UA 5P60A 2A1EA 2WEAA 2PH8A 2VJ9A 3QPJA 4CP7A 3G72A 2V00A 5P4FA 3BC4A 5HD0A 5PEPA 2NR6A 4WTUA 5P5AA 5P6FA 2VA5A 3CKTA 1EEDP 2A4FA 5P59A 3B7VA 3LIQA 2Z54A 3K5DA 5P5HA 3HVPA 1IVPA 1AJXA 3QBHA 4GJ7A 1C6ZA 3OU1B 4BFBA 5HCTA 3O9EA 5DPZA 1YTJA 5P7PA 3I25A 1N49A 5P4ZA 4YDGA 3D20A 2QI0A 3PMYA 4Y4AA 5OZJA 1TSQA 5P6VA 2IEOA 3O9BA 4FM8A 4DQGA 2IDWA 2G24A 5P8GA 1CPIA 3GGVA 1BWBA 5P6UA 3T7QA 1HRNA 3R1GB 1W50A 5OZKA 5I3WA 4Z50A 5APRE 1D4JA 2QMFA 3EBZA 1B6KA 5OZ6A 1AJVA 3G70A 5ER2E 5HE5A 1K1TA 2QZWA 1APWE 3VV8A 4I0JA 1MESA 1XL2A 3EKQA 5P4UA 4GB2A 2IKOA 2VJ7A 2IL2A 3S43B 5P8TA 3UQUA 2JXRA 2AZ9A 3OAGB 1HPOA 4M8YA 4CPSA 5P4VA 5P81A 4ER2E 3BXRA 5F01A 4N00A 5HE4A 3PLLA 3WSJA 4EP2A 3OXXA 5P3QA 5KQZA 2ZJHA 1MTBA 5P8MA 5P4DA 2FDDA 3PI0A 2AIDA 1B6PA 3VFAA 4XX4A 5P3BA 3IN4A 4RRSA 3SA8A 4QJ9A 4K8SA 5P53A 5T4SA 4LBTA 3PJ6A 5P11A 3G6ZA 4Y3DA 4OBGA 1FMXA 2QAKA 4CPXA 3ZKXA 2CEMA 1SDUA 5P0PA 4J0YA 2VIEA 2J9JA 2Q11A 5P04A 4F73A 4LC7A 5P6ZA 2QI4A 1D4KA 5KAOA 2HS2A 2XYFA 2QMGA 3PM4A 4OBKA 1G35A 5P6OA 5OZFA 1TQFA 1IDAA 1K6PA 4J0ZA 1GNMA 4KE0A 4I12A 4Y50A 3VG1A 2Q54A 5IVSA 2I4UA 2NNPA 2G1SA 5P3ZA 2NNKA 2QCIA 1MSNA 2WEZA 5P4PA 1YM4A 2PK6A 2QMPA 4TVGA 1YTGA 1ZPAA 5P5VA 1LYWB 3CICA 5SXNA 5P89A 5P7NA 3NU5A 1HPVA 4Y3TA 2JE4A 4EPJA 2IRZA 5P4LA 3URIA 1HVSA 5P8HA 3L5FA 5KQFA 3KFPA 5P0UA 5P3LA 5IS4A 4D89A 4J17A 3S56A 2ZJKA 3OU1A 5OZWA 5P8NA 4ZLSA 5P7HA 3KDDA 5P0JA 3OOZA 5P7UA 2FDPA 3L5CA 3NYGA 2ZHVA 4TVHA 5P1IA 4Y43A 2FNTA 5P1ZA 3NSHA 5P0TA 2G21A 3DUYA 5P0VA 4B05A 2FXEA 5P6EA 3SM1A 4R8YA 1B5FB 3PVKA 4OC6B 5P20A 3NWQA 2WF2A 4QJ6A 3UDJA 4Y3PA 5OZ2A 3QIHA 3KDCA 3D3TA 3RTMA 5P8IA 4DJPA 5P6AA 1W5XA 5P2MA 5ER1E 1HEGE 4I0IA 1K6CA 1PSOE 2PK5A 2V13A 4H3GA 2HAHA 5P08A 5P4EA 1F7AA 3FX5A 2BJUA 2NTRA 4J1HA 3VF5A 3NDUA 5P2IA 5P1HA 5P8QA 1VIJA 4GJ8A 5P5LA 4FAEA 1EPME 1YX9A 1B11A 5P2DA 3QN8A 1OD1A 4YA8A 3VYDA 2AVOA 2ER0E 3OAGA 4A6CA 2WEDA 3AUPA 3IAWA 1BWAA 1HBVA 5P55A 2ZHSA 2WJOA 5P09A 1NPWA 4K9HA 5F00A 5IVRA 5P0GA 1EPPE 2NXDA 5P2AA 5P74A 1FFFC 2ANLA 3NDTA 1EC0A 2P3BB 3NXEA 2V10C 4Y45A 5P8LA 9HVPA 3SFCA 1K1UA 4Q1XA 5AGZA 3EL1A 5P4QA 5P8VA 4GJDA 2AODA 3DV5A 2JJIA 2QI1A 1HEFE 2QHZA 4Y44A 5C9BA 5KQYA 1TCXA 1KJHA 2FGUA 1HVIA 5P3UA 5CONA 1LYBB 4H3FA 4Y4BA 3GI5A 3DV1A 1QBRA 4D85A 2FXDA 3O99A 2R3WA 3GI4A 5P49A 3K5CA 4Z4XA 2ZJJA 5P5IA 3UDYA 5P67A 1QRPE 4YE3A 5P01A 4YBIA 2H6SA 2UY0A 4FM6A 3GGUA 3QVCA 5P5FA 4LXKA 5P7BA 2PC0A 1SP5A 2OHLA 4EJ8A 1UH9A 4R92A 3TPPA 5DR3A 5P2CA 3ZKQA 5P7MA 3KF0A 3SPKA 4Y5NA 1BDRA 2F3EA 1ZAPA 3PGIA 5KR2A 3UCBA 4HEGA 1LYWA 5P66A 4Y3EA 4CPQA 5P61A 2Q55A 5P0SA 4DQFA 5P5UA 4K4RA 5P7LA 1GKTA 5P5SA 1SGZA 5P8AA 5OZCA 5ISJA 2J9KA 1W6HA 3T7XA 2FDEA 3NU3A 4YCTA 4Z2ZA 3H0BA 3TOHA 5TOLA 3ZKIA 5P8FA 5OZAA 5BWYA 3DM6A 4I8ZA 4JP9A 3S7MA 3SA4A 4FM7A 5P4SA 1HIHA 4OD9B 3L3AA 1LF3A 3BGCA 5P0CA 5P46A 4Y3WA 4CMSA 1QBUA 1RNEA 4Y3LA 5P3TA 5P47A 5P5PA 5HCOA 1EBWA 2WF0A 3UTLA 4OC6A 4B0QA 3HVGA 3Q5HA 5P7KA 4GJBA 1APVE 2IGYA 1D4YA 1HVLA 5OZEA 3FNSA 5P6YA 4U7VA 1D4SA 4FGXA 5P45A 2BKSA 1SIVA 2AOJA 5P3VA 5P5OA 5P3RA 1BVGA 5P3KA 5OZHA 3PLDA 5P50A 4J1EA 5AHAA 5P1DA 5P2HA 4Y3HA 5OZIA 4RZ1A 5FIVA 1EBYA 2NXMA 3FKTA 3UFLA 3EM3A 2RKFA 4ZEAA 5P16A 3LZVA 5DR1A 4H1EA 3ZPTA 5B18A 5P7SA 2ZJMA 3Q4BA 1TCWA 3UDPA 5J25A 2WF4A 4Y3ZA 1CMSA 3BUFA 5P13A 1EPLE 5P64A 5OYUA 1HHPA 3JVYA 3SABA 1SBGA 3R0YA 5P7FA 2P3BA 3IXJA 4NKKA 3FSMA 3EKTA 4Y4UA 5P1RA 2Q64A 3UDKA 5P57A 3VLBA 4L1AB 1FB7A 5P4OA 5P72A 3NWXA 4RLDA 5P0DA 2HB4A 2WF1A 5P62A 3K4VA 4EYRA 4TRWA 1ER8E 3EKPA 1ZTZA 3EL5A 4PZXA 3EM6A 1LYBA 3DCKA 3LPJA 3AIDA 1ZJ7A 3S8IA 5P8OA 4R95A 3CYXA 4E43A 1C6YA 1CZIE 2UXZA 3UF3A 2O4LA 3BHEA 5P3MA 1VIKA 3PCZA 1DIFA 5P1AA 5P7OA 5DGUA 5P8EA 1YG9A 2JYSA 2BPXA 2QU2A 3R4BA 2AOFA 2ZE1A 1GVWA 4Y5KA 2PSGA 4FRSA 3NU6A 4Y3FA 4ZPGA 5ISKA 1ZSFA 2ER9E 3CKPA 1G0VA 2APRA 3UDRA 2CENA 5P12A 2NMZA 1FLHA 5P4JA 5P28A 1ZPKA 3UHLA 3I2LA 3OUDB 1D4LA 5OZUA 5P2JA 5P4MA 1C6XA 4YHQA 2UPJA 1FIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3C9X A;  4FRJ A;  3APR E;  5BRY A;  3NUO A;  3TH9 A;  3TKW A;  2XFJ A;  5DR4 A;  2PWC A;  3OUA A;  3VYF A;  3OWN A;  3APP A;  1MER A;  4CPR A;  4X7I A;  3OU4 B;  2B7F A;  5P1K A;  4YCY A;  3OHF A;  5OZ1 A;  3ZKM A;  1ODX A;  4EP3 A;  1XN3 A;  5JOD A;  5P6W A;  1HXW A;  1FKN A;  1W5W A;  3URL A;  5P6I A;  5P2O A;  5P84 A;  1EAG A;  2ZHR A;  4L1A A;  2AVS A;  5P5M A;  5P7Z A;  2PYN A;  2QI7 A;  1AVF A;  5P3G A;  4Y3N A;  5P68 A;  2Z4O A;  1HSI A;  2OHU A;  3SA9 A;  4J1I A;  4S1G A;  2V11 C;  4HVP A;  5P5X A;  3KMX A;  4H3I A;  3GW5 A;  4H3J A;  5P39 A;  2P4J A;  1B6L A;  5P2K A;  4EJD A;  5P1V A;  4HA5 A;  1FEJ C;  4L7G A;  4RYC A;  2BPW A;  2OHR A;  1T7I A;  1RL8 A;  4F75 A;  3TPR A;  5P7R A;  2QU3 A;  5P6L A;  3UQX A;  3PSU A;  3T11 A;  5P2X A;  4B72 A;  3VYE A;  1K6T A;  2VIJ A;  4GJA A;  3R0W A;  3RSX A;  1WBK A;  1HTE A;  5P5Q A;  4NJT A;  7HVP A;  2QNQ A;  5P3O A;  5OZG A;  2O4K A;  4Y3A A;  3UFN A;  2PWR A;  3PSG A;  1MUI A;  3F9Q A;  5E5J A;  4UPJ A;  4FSE A;  4Y3S A;  2QNP A;  4Y5G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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