1Z1RA

Hiv-1 protease complexed with macrocyclic peptidomimetic inhibitor 2
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Pol polyprotein
publication title Molecular recognition of macrocyclic peptidomimetic inhibitors by HIV-1 protease
pubmed doi rcsb
total genus 15
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1z1rA00
1FGCC 5P1MA 3UCBA 1W5WA 4B72A 2VIZA 2A1EA 1EPRE 2OHPA 4U8WA 5KQYA 4Y51A 2PH6A 4RLDA 4DJWA 3IXOA 5P3GA 5P81A 1D4YA 3PHVA 3EL9A 5P23A 5P54A 4RCFA 3URLA 5P7RA 3NWQA 3KDCA 4J1FA 4CPTA 4MC1A 5P4JA 5P2EA 5P66A 1FG8C 1W50A 3OADB 3TNEA 5P3PA 3PMYA 2WF4A 5P2DA 4FSLA 4GJ9A 1QDMA 5P13A 1IZIA 3NU9A 3UQUA 2UY0A 5P5ZA 1KJ7A 4ZSRA 2WEZA 2ZE1A 3D1ZA 1LYBA 4Y9WA 5B18A 5P1FA 2HB3A 2G1OA 1ENTE 2PK5A 5P0CA 4LL3A 4K9HA 5OZQA 1IDAA 1EAGA 3QAAA 3PLLA 4Z50A 2OHKA 5P1UA 4B0QA 4J0VA 5OZLA 1BAIA 3PJ6A 1ZTZA 5HDXA 1HVHA 1HHPA 2FNTA 3OXXA 5OZ3A 4Y48A 1HTFA 2IS0A 5P08A 1LF3A 2QZWA 3WB5A 4JOOA 1GVXA 4Y47A 2B42A 1B11A 4I0FA 3TKGA 2QCIA 3VCMA 5F00A 4KB9A 4RVJA 3LIZA 4Y35A 3BVBA 3I2LA 5P5VA 5P7DA 1EC0A 3EKQA 3RSXA 4ZIPA 3ZKIA 3SKFA 2H6SA 5HU0A 2IENA 2P3BA 3IXKA 3EL5A 5ENMA 1XL5A 5OZXA 2WEDA 1M0BA 3DM6A 4WY1A 2PC0A 2FDDA 3I8WA 4I8WA 1QBRA 5P4UA 3TPPA 4B78A 2AZBA 1LF2A 5ER2E 3Q6YA 5P43A 5OZCA 5P2GA 2ANLA 3ECGA 2AOGA 3OUCA 3UQRA 3KFNA 1AXAA 2RMPA 3NWXA 3NLSA 5I3XA 5P0DA 3PWMA 1BIMA 1LS5A 5P34A 5P5XA 4OBDA 5OZHA 4I0ZA 4FRIA 5P36A 1RL8A 1KJFA 5P7YA 4F74A 1G35A 3TH9A 1FQ5A 5P1XA 5P01A 2O4KA 3CKTA 3IA9A 4OD9A 5P31A 1FQ6A 1MESA 2QI0A 1FMUA 5P6KA 4QJ7A 1GVUA 3L59A 5OZBA 5P4CA 4Q1WA 4Y56A 5P5NA 5P8VA 4CPXA 5DQ5A 5P1TA 4Z4XA 2G27A 4Y3FA 3SACA 2Q3KA 4L7JA 2HS2A 3UDRA 3MSJA 4RYGA 5P42A 3O9IA 3EM6A 3VF3A 5OYXA 2OHRA 5SY3A 4R93A 5P3OA 5P0XA 4A6CA 2V16C 1FEJC 2Q5KA 3RTHA 4I0GA 1MUIA 5SXNA 5P07A 4Y5PA 4YD4A 1VIKA 3G70A 4RYCA 1AZ5A 2AVVA 5P50A 3LPKA 3BVAA 5HCTA 2WEBA 2R9BA 3I6OA 2AOCA 4I0HA 4Q1YA 5P4GA 1YG9A 1MERA 4FM8A 3NDXA 5P2CA 5OZYA 2V12C 1K6VA 2NPHA 2QD6A 1B6MA 3ZKNA 3NDTA 3KFRA 4D88A 1EBZA 5ISJA 3S43B 3O9FA 4EPJA 4DPIA 5AH8A 5P3JA 2WL0A 5P6NA 3CYWA 5DQ2A 3LZYA 3SM2A 4GJ5A 2OHLA 3UDJA 1MT7A 4EXHA 4APEA 4CPWA 1FG6C 1LV1A 2G69A 5HD0A 3EKYA 5P1KA 5P32A 4J5JA 4GJ8A 2AZ9A 3FKTA 5P0BA 3BXSA 3FIVA 4Y3SA 3QBFA 5P61A 5P14A 2AVQA 2ER0E 5P5CA 5DQ4A 5P3SA 2VIJA 5P79A 3OWNA 1HVLA 2OHTA 2AZCA 5P0QA 4BFBA 3S45A 5APRE 3S53A 1SBGA 3DJKA 1B6JA 4RRSA 5P27A 3D1XA 4NJUA 2AOHA 1PROA 4CKUA 5P8MA 4Y4JA 5TOLA 2WKZA 2QNQA 5P6JA 3JVWA 1DMPA 3SKGA 3PVKA 4Y5AA 3BXRA 5P2LA 5SZ9A 3VFAA 5P0FA 4LC7A 1D4KA 4Y58A 3OUAA 2QI3A 1ZBGA 1K1TA 5P2TA 3LIVA 6APRE 3GI6A 4RCEA 5DR4A 5OYRA 5P7QA 2AVSA 4Y5BA 2Q54A 3RSVA 1C70A 2I4XA 4L1AB 1K6PA 4FAEA 5OZWA 4WY6A 3VV7A 5P8EA 1APWE 5P3HA 4Y54A 5P70A 4Y3EA 5E5JA 4Y5KA 1APUE 4JPCA 1QBUA 2R5PA 3C9XA 5P0GA 1KJGA 5P7AA 1EPQE 1XS7D 5P3MA 1E5OE 3INDA 3S56A 3EKWA 2XFJA 5P6QA 4Z2ZA 5P8LA 3OUDA 3GI0A 5P1WA 3KFSA 4Y6MA 2Z54A 1SDTA 5P1IA 3OU4A 5HE7A 5P4XA 3NXEA 1FQXA 5P6IA 5DR8A 1T6EX 1YT9A 3ER5E 3BUGA 3UQXA 3INFA 3ER3E 3HVPA 3NU3A 1BXQA 2ASIA 4NPTA 1T3RA 2FNSA 5P6LA 1IDBA 5P6EA 2WF3A 5E5KA 5P1AA 3ZLQA 4BEKA 3TPLA 4Y3GA 3WZ6A 4DH6A 1IVPA 3KM4A 3OU1A 2OHSA 4YDFA 5P2FA 2BPXA 3L5BA 4ZPGA 1MTRA 5OZAA 4NJVA 4DQHA 1BWAA 2JJJA 2F3FA 4I12A 3QS1A 1GNOA 3K4VA 4U7VA 1GVVA 2AOIA 2NR6A 5P3VA 2ZHSA 5OZ4A 5P7KA 5P1YA 1ZPAA 5P5MA 4OC6B 1YTJA 1HWRA 5P2UA 4QJ6A 4XX4A 5P02A 4HA5A 5P6BA 1LYBB 4Y4UA 1MSNA 5OYVA 1T7JA 4EJDA 4Y5CA 1OEWA 1D4LA 2NXDA 5KR8A 5P2BA 5P2MA 4ZE6A 4OBHA 1HPXA 4B77A 4GJ6A 3JVYA 5P19A 3OAGA 1D4IA 2F8GA 4LBTA 3IVIA 3VEUA 2JXRA 1LZQA 3L5CA 3SFCA 3KDBA 5OZGA 5P05A 4Y3LA 1TQFA 1NPWA 5P74A 3D91A 2VA7A 1DPJA 3HDKA 1C6ZA 4RCDA 2B7FA 2QP8A 4IVTA 1ER8E 4Q5MA 1FQ8A 3O9DA 2F80A 4FSEA 4KUPA 1W5XA 2O4NA 1RPIA 4K4PA 3VLAA 5P8BA 4DQCA 2V0ZC 5P5HA 5P8QA 2AIDA 3FSMA 5PEPA 1KJHA 3R2FA 2R38A 2V00A 5P2IA 3SQFA 3KF0A 3NSHA 2J9JA 3RTNA 3UPJA 4ER4E 2G22A 1MT9A 2F81A 3PM4A 5OYQA 5P6AA 2B7ZA 2HM1A 5EZZA 3UDQA 2IQGA 3QP0A 5P35A 5P6HA 5KQZA 2VS2A 3K5GA 4DUSA 2IDWA 5P22A 5P83A 5P3KA 5P72A 3NXNA 2P3BB 4GJDA 5AH7A 5P5WA 4GJ7A 1A30A 5P18A 5P51A 2I0DA 5P3FA 1RQ9A 5P40A 3TPJA 4B70A 5P37A 3OXVA 3Q3TA 4YD3A 5P3YA 1A8GA 1XN3A 4RVXA 4Y5MA 2F3EA 4ACXA 1B5FA 1WBMA 5OZIA 5P2WA 2R5QA 5P1BA 5P3TA 3LIXA 3PI0A 2JJIA 3VFBA 3EXOA 5P4WA 1G2KA 5P85A 2FXDA 5P5YA 3QVCA 4OBZB 1FQ7A 4Y3YA 3SA9A 4AZYA 4DQEA 2PWRA 2G26A 4J55A 5P8PA 5P65A 3PWWA 1D4SA 5P4PA 5OZKA 3S7MA 3NDWA 2Q15A 3GGXA 5P75A 5SY2A 2FLEA 5OZPA 5P17A 5DGWA 5FIVA 1B6LA 4PYVA 5P5IA 1HIVA 5P48A 3ZMGA 1CPIA 5P80A 2O4SA 4HDFA 5P5GA 1BDQA 5P2XA 2G20A 2NMZA 2ZYEA 4RZ1A 3SA6A 4OBFA 3PSUA 5P1GA 2XFIA 4EQ0A 3B80A 2QI6A 3KA2A 4I11A 5HTZA 5P41A 2EWYA 1K2BA 5BS4A 3GGAA 4DQGA 3O9EA 5P5OA 5OZUA 1ZP8A 3MWSA 1BVGA 3INEA 3ZOVA 3S85A 3D20A 2BJUA 3HLOA 4ZSQA 3LITA 1IZEA 1BDRA 4R95A 5P38A 3CKPA 5HE4A 5P29A 5AH6A 3R4BA 1ODXA 1KJ4A 4J1CA 5OZTA 4NJSA 3TLHA 4YE3A 4BFDA 3HZCA 5P55A 3WSJA 4M8YA 4GZFA 4XX3A 5P0AA 5P5TA 3SM1A 5OYYA 4DJOA 1FMBA 3EMYA 3DV5A 5P1EA 2Q55A 4FE6A 2O4LA 3S8IA 5P7LA 5P04A 4B1DA 1MRWA 5OZJA 3QPJA 1MVPA 4Y37A 1YTGA 1HPVA 2RKGA 5P4DA 5P5JA 1W6HA 5UPJA 5P2JA 5P0EA 5P6SA 3GW5A 1W51A 3OQAA 2ER7E 1Q9PA 1T6GA 2MIPA 5AH9A 1LEEA 5P00A 3QN8A 4GJAA 4YOBA 4YD7A 5C9BA 4Y5GA 5HVPA 3CICA 4J0ZA 3IN4A 1A9MA 3UDKA 3KN0A 5OYUA 3T3CA 1FQ4A 4I0DA 5P7MA 4DJYA 1FF0C 1SGUA 3O9HA 5OZ6A 4DFGA 5P2NA 2VIEA 3OTYA 3HBOA 4YHQA 3ZPSA 3SA7A 3TKWA 5P06A 1APVE 2IKUA 4HE9A 3BGBA 2VJ7A 4FLGA 4DJXA 3OOTA 3ZKQA 3OUBA 1LYAA 2QMDA 3URJA 3EC0A 5P4KA 1FB7A 2IKOA 5P58A 5DQCA 5P3DA 5OZ9A 4Y43A 1IZHA 2PK6A 1W6IA 4FAFA 4K8SA 5P4FA 3WB4A 1TZSA 4QJ9A 2QD7A 3I7EA 2O40A 4EQJA 5P52A 5OZ1A 1WKRA 3NDUA 3PI5A 3LHGA 4HDPA 5DGUA 2Q64A 3G6ZA 5P5AA 5P2KA 2VIYA 2O4PA 2HPFA 5DQ1A 3OADA 1FLHA 5P24A 2QI1A 1PSAA 2G1NA 4ZPFA 3O99A 2BQVA 3EL0A 4Y3PA 5KQFA 4CPQA 3L38A 5P60A 5P5BA 2FMBA 1ME6A 2QI4A 3SA5A 3OU4B 1HIIA 3D1YA 3VSWA 1AJXA 3IGBA 4HDBA 4PHVA 5OZZA 5P2VA 2QNNA 1E82E 1EBYA 3IAWA 5P84A 3NYGA 1HPSA 1MT8A 3QRSA 3UDPA 4Y3AA 4N00A 2VNNA 4DV9A 3UFNA 1UH7A 3RU1A 3LZVA 2I4VA 4TVHA 5HDUA 3PSYA 5P7GA 5P63A 1PSOE 1UH9A 2BB9A 2JE4A 4Y45A 5P7NA 5P3RA 1FFFC 3KFPA 5P4AA 4M8XA 2HAHA 1SIPA 5P5LA 1EEDP 1Z1HA 1SMRA 2AODA 3EKVA 3K4VC 1EPME 3URIA 5P8TA 3APPA 2I1AA 3MSKA 3PBDA 1UH8A 5P3QA 1FMXA 2WF1A 3O9AA 2RSPA 1K6CA 5P0PA 3OXCA 4EJLA 1QRPE 4I0JA 4MC2A 5COPA 4AA9A 4LAPA 1YM2A 3T6IA 4KE0A 5P5RA 3R0WA 1NPAA 5P4NA 2ZHUA 2IGYA 4CPSA 4MC9A 4RVIA 4FGXA 1G6LA 2VA6A 3ZPUA 2QHZA 5P1NA 4LHHA 5P0YA 2ER6E 1M43A 3EM4A 4Y3MA 2VNMA 4QJ2A 4ZLSA 1HBVA 1JLDA 1GNMA 4J0PA 5DR1A 1D4HA 4DJRA 4Y4DA 3KT2A 1ZSRA 2JYSA 3U7SA 4EP3A 5P8RA 1GVWA 2B8LA 5P68A 2WHHA 4GJCA 3B7VA 2NNPA 5P6YA 3OQKA 5P7JA 2QI5A 3VF5A 5P6FA 4DQFA 3OXWA 2QK5A 3JW2A 3KYRA 1MTBA 4HZTA 3DCRA 5P7OA 5OZRA 5P7ZA 2OF0A 3HAUA 2ZJMA 2ZHRA 3NU6A 4HEGA 3HD8A 1T7KA 4QJ8A 5ISKA 1IZDA 5OYWA 1OD1A 3LIQA 3ZKMA 5P8KA 5IVQA 3EM3A 2ZJKA 4Z22A 3VV8A 1BWBA 3AIDA 3MXDA 2AZ8A 3EBZA 2WF0A 3O9BA 1EPLE 3DUYA 5OZ8A 5P4TA 2PSGA 1EBWA 5P0MA 4L7GA 3NUOA 4Y41A 4QJAA 2PYMA 3O9LA 4YCKA 3DOXA 5P6DA 1EC1A 3SA4A 4F73A 3NR6A 4TRZA 4COEA 5P6RA 3UDMA 7HVPA 2VJ9A 5P53A 1HTGA 3OY4A 2PMAA 4CPUA 5OZEA 5P2HA 1B5FB 3M9FA 3AUPA 3OK9A 1EC2A 2P3CA 1EPNE 1AIDA 2XYEA 4Y3NA 2PSVA 2V13A 5OZOA 3DCKA 4LXMA 4YOAA 2HIZA 3ST5A 5I3WA 2J9KA 1ODYA 3PRSA 3SLZA 5P2ZA 4A4QA 1ZJ7A 1SGZA 2I4WA 5P5DA 2AVMA 7UPJA 1B6KA 3QVIA 4MC6A 2QHCA 4WTUA 4D83A 3T7XA 4DJUA 3UHLA 4EJ8A 3PLDA 4PEPA 4R8YA 2WF2A 1NH0A 2G24A 5P2AA 3VSXA 5P8OA 3R1GB 1C6YA 5P8UA 4YDGA 4HVPA 1UPJA 5KQXA 4FRJA 3OQ7A 3H5BA 3PCWA 1ZPKA 4YD5A 3ZKXA 3UDYA 1BBSA 1LYWA 1E80E 2OAHA 2CEJA 1PPKE 3TTPA 2ZJLA 5P2RA 4Y3RA 5KOQA 1BV7A 4EWOA 4GYEA 5P33A 3L5EA 4Y3HA 5P4LA 2R8NA 5P12A 5J25A 1TCWA 5JFPA 4GMIA 1W5VA 5I3VA 1ZLFA 5P4EA 4J54A 2ZJIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FGC C;  5P1M A;  3UCB A;  1W5W A;  4B72 A;  2VIZ A;  2A1E A;  1EPR E;  2OHP A;  4U8W A;  5KQY A;  4Y51 A;  2PH6 A;  4RLD A;  4DJW A;  3IXO A;  5P3G A;  5P81 A;  1D4Y A;  3PHV A;  3EL9 A;  5P23 A;  5P54 A;  4RCF A;  3URL A;  5P7R A;  3NWQ A;  3KDC A;  4J1F A;  4CPT A;  4MC1 A;  5P4J A;  5P2E A;  5P66 A;  1FG8 C;  1W50 A;  3OAD B;  3TNE A;  5P3P A;  3PMY A;  2WF4 A;  5P2D A;  4FSL A;  4GJ9 A;  1QDM A;  5P13 A;  1IZI A;  3NU9 A;  3UQU A;  2UY0 A;  5P5Z A;  1KJ7 A;  4ZSR A;  2WEZ A;  2ZE1 A;  3D1Z A;  1LYB A;  4Y9W A;  5B18 A;  5P1F A;  2HB3 A;  2G1O A;  1ENT E;  2PK5 A;  5P0C A;  4LL3 A;  4K9H A;  5OZQ A;  1IDA A;  1EAG A;  3QAA A;  3PLL A;  4Z50 A;  2OHK A;  5P1U A;  4B0Q A;  4J0V A;  5OZL A;  1BAI A;  3PJ6 A;  1ZTZ A;  5HDX A;  1HVH A;  1HHP A;  2FNT A;  3OXX A;  5OZ3 A;  4Y48 A;  1HTF A;  2IS0 A;  5P08 A;  1LF3 A;  2QZW A;  3WB5 A;  4JOO A;  1GVX A;  4Y47 A;  2B42 A;  1B11 A;  4I0F A;  3TKG A;  2QCI A;  3VCM A;  5F00 A;  4KB9 A;  4RVJ A;  3LIZ A;  4Y35 A;  3BVB A;  3I2L A;  5P5V A;  5P7D A;  1EC0 A;  3EKQ A;  3RSX A;  4ZIP A;  3ZKI A;  3SKF A;  2H6S A;  5HU0 A;  2IEN A;  2P3B A;  3IXK A;  3EL5 A;  5ENM A;  1XL5 A;  5OZX A;  2WED A;  1M0B A;  3DM6 A;  4WY1 A;  2PC0 A;  2FDD A;  3I8W A;  4I8W A;  1QBR A;  5P4U A;  3TPP A;  4B78 A;  2AZB A;  1LF2 A;  5ER2 E;  3Q6Y A;  5P43 A;  5OZC A;  5P2G A;  2ANL A;  3ECG A;  2AOG A;  3OUC A;  3UQR A;  3KFN A;  1AXA A;  2RMP A;  3NWX A;  3NLS A;  5I3X A;  5P0D A;  3PWM A;  1BIM A;  1LS5 A;  5P34 A;  5P5X A;  4OBD A;  5OZH A;  4I0Z A;  4FRI A;  5P36 A;  1RL8 A;  1KJF A;  5P7Y A;  4F74 A;  1G35 A;  3TH9 A;  1FQ5 A;  5P1X A;  5P01 A;  2O4K A;  3CKT A;  3IA9 A;  4OD9 A;  5P31 A;  1FQ6 A;  1MES A;  2QI0 A;  1FMU A;  5P6K A;  4QJ7 A;  1GVU A;  3L59 A;  5OZB A;  5P4C A;  4Q1W A;  4Y56 A;  5P5N A;  5P8V A;  4CPX A;  5DQ5 A;  5P1T A;  4Z4X A;  2G27 A;  4Y3F A;  3SAC A;  2Q3K A;  4L7J A;  2HS2 A;  3UDR A;  3MSJ A;  4RYG A;  5P42 A;  3O9I A;  3EM6 A;  3VF3 A;  5OYX A;  2OHR A;  5SY3 A;  4R93 A;  5P3O A;  5P0X A;  4A6C A;  2V16 C;  1FEJ C;  2Q5K A;  3RTH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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