5P5FA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 240
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5fA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5fA01
4I8ZA 4ZPEA 3BUHA 3VEUA 4Y37A 3NDXA 3EKVA 1MEUA 3UPJA 3SM1A 3KF0A 3O99A 3LNKA 4X2LA 1SGUA 1D4IA 3N4LA 5P8BA 3PWRA 4U7VA 5P4WA 2OHKA 1ZLFA 4Y4ZA 5P6BA 3ZKMA 3BUGA 3SO9A 2VA6A 4CMSA 5P06A 2H6TA 3NLSA 3UDKA 3PJ6A 5P2QA 3O9GA 4Y3AA 3UDMA 5P3BA 1CPIA 2G21A 3NYGA 4ZEAA 5P6GA 2PQZA 1IVPA 3HVGA 2PSUA 1M0BA 5IVSA 5P4HA 5P0ZA 3INEA 3IN4A 4TRWA 2XYEA 3KT2A 3T3CA 2AODA 3OAGA 4Y44A 1CMSA 5P6PA 2H6SA 3NU5A 5P6EA 3DCRA 2G24A 5DQ1A 4LL3A 1BV9A 5F01A 2WF2A 2B8LA 3SAAA 3EL4A 1HVLA 5OZXA 4L6BA 4F73A 5P46A 3SABA 1HVSA 1XDHA 2F3KA 5P76A 3Q3TA 4FM7A 3JW2A 5P70A 5P1UA 3LIVA 1AAQA 5P15A 4LAPA 4EYRA 1FQ5A 5P02A 4YD7A 4B78A 1D4YA 6UPJA 1Z1RA 1OEXA 4DQFA 3LIZA 3EBZA 2A4FA 2PK6A 2OHNA 5P39A 4Y3LA 4L1AA 5P0PA 1EBWA 2NNPA 3OUDB 4DJPA 5P25A 3BVBA 4H3GA 4RYGA 4YD6A 2O4SA 3B80A 1B6MA 1WKRA 3VYEA 5FIVA 3UF3A 2IQGA 4DQBA 1LYAA 5OZSA 3OHHA 5OZTA 5P1GA 5P7CA 3ZL7A 2IS0A 5P22A 4I0HA 5ENKA 2VNNA 5P59A 4D88A 3SA3A 1FMBA 4Y3WA 2OAHA 3IN3A 4ZLSA 5OYSA 5P6MA 5P5CA 5ER1E 3QVIA 3UDHA 3ZKXA 3D1ZA 5P6HA 4GJ7A 1IZDA 2ZYEA 5I3VA 2WEDA 5P3EA 3VLBA 4N00A 3PSYA 2HAHA 1B6PA 4HDFA 5KOSA 3KDBA 3ZKIA 1MVPA 2NTRA 2VJ9A 3VV8A 5P2DA 3WB5A 4D8CA 5OZFA 2AVSA 4UPJA 3ZPTA 1PSAA 5P7OA 5AH8A 5P5GA 5P50A 4DJXA 1IBQA 3U6AA 4DV9A 4H3FA 6APRE 4Z2ZA 1IIQA 3OOTA 4GJDA 5P5TA 1FFFC 1HVJA 5DGUA 1HPVA 5P3NA 1SIPA 3EL5A 1YTIA 5P43A 2ZJLA 3O9LB 4FSEA 5P31A 3VV7A 4MC9A 4A6CA 4YE3A 4IVSA 5P8UA 4DI2A 1YM2A 4EXGA 4DJUA 3NDUA 2QZXA 2BBBA 2O4NA 4A4QA 3OHFA 5P5BA 4FM8A 2ZJJA 4A6BA 4ER1E 1IZHA 1QRPE 4K4QA 5P44A 3O9IA 5P6DA 2ER7E 3K5CA 3L5EA 5P0WA 1MT8A 1MT7A 2G1OA 1FB7A 2PSVA 3RTMA 4DJYA 5P63A 3CYXA 1JLDA 5P01A 1RQ9A 2B8VA 1KJFA 3D1XA 2ASIA 5P8KA 4FRJA 3ZOVA 3S2OA 4ER4E 1YT9A 3OGQA 5P8OA 5KOQA 5P5UA 5P7QA 2HC0A 3OXXA 5HD0A 1W5YA 2QMFA 3PWWA 4EPJA 5P3VA 5P1VA 1EPLE 4J0YA 5KQZA 3HAUA 4YA8A 4FGXA 5SY3A 2WL0A 1C6ZA 4LHHA 4Y38A 4YD4A 5OZ2A 3NU6A 2WF4A 4AMTA 2BQVA 4I0ZA 2QI4A 4Y3SA 1W5VA 1FGCC 3BGBA 5P84A 2FDDA 5P8PA 3UHLA 4J1CA 5P6WA 3GGVA 4Y3PA 4Y3JA 4YDGA 4J1EA 2RSPA 4JPEA 2VS2A 5P1JA 5P3HA 2NR6A 2OHRA 5P2AA 5DR0A 5P3LA 5OZBA 3K5GA 4Y3DA 1BILA 3KFRA 3ER3E 3AUPA 5CONA 4RCFA 5P19A 3PVKA 3KFPA 5P1SA 6FIVA 5P8NA 1VIKA 3OQKA 1B6LA 5P6AA 2QD6A 2RKFA 2ZGAA 4NJVA 5OZDA 3INDA 3HBOA 5P8DA 5P3UA 1BXOA 2MIPA 2WHHA 4RRSA 1MT9A 5P2CA 5P7ZA 5P77A 1EC2A 2ER9E 3GGUA 5P3WA 3HZCA 2PWCA 5P2FA 1IDBA 4I1CA 3OTSA 4I0JA 1PPME 5P2IA 2ZHSA 1GVXA 1F7AA 1T6GA 1W6HA 1C70A 2I0DA 2QD7A 3TNEA 5OYZA 1D4HA 3BXSA 4FAFA 3KFNA 3OAGB 4RCEA 3S7MA 2QD8A 5COPA 1EPPE 2OHSA 3ER5E 2J9KA 1ENTE 4RZ1A 4Q5MA 1YTJA 1LYWA 2QMGA 3DJKA 2ER0E 1ZJ7A 5P3IA 5P6YA 1LV1A 5P1LA 2O4KA 1E82E 5DPZA 5OYWA 2F8GA 1D4LA 3T7XA 1OEWA 3QBFA 5P0FA 4I12A 3RTNA 5P85A 5BRYA 5P4FA 1HTEA 5P82A 2I4VA 5AH6A 3LZYA 2PH8A 3BC4A 1XL5A 4J1FA 3RVIA 4Y5EA 3PEPA 5P2RA 3LIQA 3GGAA 1HIIA 1HHPA 1TSQA 3PM4A 4L1AB 1FIVA 5P29A 2BPWA 5P1DA 2O40A 5HCOA 3O9EA 4FE6A 3DK1A 2FNSA 5P4AA 5OZEA 5OZWA 3EM3A 1HXBA 5OZ6A 1LYAB 5P5VA 2QZWA 5P4EA 3WZ7A 5P2ZA 3KM4A 4KUPA 5P0XA 5P0BA 3HD8A 5P3XA 5P28A 2FMBA 5P6IA 3OY4A 1BDQA 2V10C 4GJ6A 5P4CA 4B1CA 5IS4A 1MRXA 1XS7D 5P6CA 3UTLA 4YHQA 1DP5A 3BHEA 3R2FA 5AHBA 1RL8A 1EEDP 3EL1A 1DPJA 4RROA 5AHCA 1D4JA 5P1FA 3LPKA 3EXOA 4GJ8A 1ZSRA 3ZMGA 2QZLA 4LP9A 3QN8A 4Y4TA 4MC6A 3SACA 1WBKA 3N3IA 3K5FA 5P26A 1J71A 2PYNA 5KQFA 5P5NA 1VIJA 1BIMA 4ZSRA 5P34A 3LHGA 5P8EA 4DVFA 4Y57A 3UFNA 5OZLA 2P83A 5P6FA 3EC0A 2BJUA 5P3FA 4PEPA 4Q1WA 4Y54A 4JOOA 2F3FA 4OBDA 1T7KA 1PROA 4OBJA 4Y47A 2AOGA 5OZJA 2Q15A 5P7KA 3FV3A 4CPUA 3D3TA 4WY1A 4NJUA 3IVIA 1EPQE 3NU9A 2WEBA 2I4UA 2Z4OA 1GNMA 4JP9A 1HBVA 4OC6B 4J0PA 4Y5PA 2QNPA 2HS2A 1QBUA 5P1YA 3D1YA 5P4JA 2PMAA 3LPJA 4ER2E 3BXRA 1F34A 3EKQA 5P38A 3M9FA 5JFUA 5P08A 3ST5A 2ZJIA 5AH7A 4EHCA 4DQEA 1PPLE 1LS5A 5C9BA 3NXNA 4J1KA 1FKNA 5P7IA 3SA4A 1W5WA 2G26A 1T7IA 5P0MA 2AIDA 2QI1A 2I4DA 5P0SA 3LZSA 5P5JA 5P40A 3VLAA 1SMEA 1XL2A 5P3TA 5P1CA 5HDZA 3EKXA 3FIVA 1EPNE 4Y3XA 3G70A 3T7PA 5P2GA 2AZBA 5HU0A 4B1EA 4H3IA 4FRSA 1RPIA 4K8SA 3A2OA 1LEEA 5OZ0A 1NPVA 5OZKA 4DJOA 1HEGE 4GMIA 2P3CA 5P7FA 3URJA 3LIYA 5OZIA 2ZJMA 5P1MA 5P2OA 3EM6A 2FDPA 5P8VA 2FGVA 3D20A 1M4HA 3G72A 5DR3A 5E5JA 3VSWA 5P0TA 5P5XA 1MTBA 2V00A 5P3ZA 5OZYA 5BWYA 2IGXA 5OYTA 1YTGA 5P5EA 3I7EA 5P41A 4Y9WA 1UH8A 2G1NA 5P17A 5P79A 4CKUA 3PBDA 1G6LA 3OGPA 5P49A 2OHUA 5OYYA 4APEA 4Y5KA 4Y3NA 5P1XA 5OZ4A 5P4PA 4FIVA 4OBZA 5E5KA 1UH9A 3TTPA 2Q54A 3PMUA 3TPRA 3INFA 3EKWA 4XX3A 3EKYA 4K4RA 3T7QA 5PEPA 4Y3GA 1QDMA 4OBGA 1LYBA 4Y5NA 1M43A 5P00A 2AVMA 3SM2A 1AM5A 4Y58A 3U7SA 8HVPA 5HVPA 5P18A 3CICA 5P4ZA 3SKFA 3K1WA 1LYWB 5P74A 2QI7A 4RVJA 4DFGA 3SA6A 3LZVA 3TL9A 4APRE 3I2LA 2BB9A 2V12C 5DR8A 5J25A 1NSOA 2CEJA 2JJJA 2UXZA 4PZWA 5SZ9A 3SLZA 3UFLA 5P62A 5P2NA 2HPFA 4ZPFA 3QRMA 4GJ9A 3AIDA 3ZKQA 1SDUA 4Y45A 5TOLA 5P32A 4Z4XA 1ODYA 5HE5A 5OZNA 1HPOA 2QHZA 1EBZA 2ZJHA 5P6XA 1T3RA 3UQUA 1GVVA 1EC3A 1FEJC 4FRIA 5OYXA 5ISKA 3OU3A 5P6UA 4LC7A 1HOSA 3TOHA 5P7EA 4J0VA 5P7JA 1AZ5A 5P2VA 4Y3MA 3PGIA 3O9BA 1EC1A 3HAWA 5HCTA 1EPME 1APVE 5B18A 5HDUA 2IENA 7HVPA 1FG6C 2B42A 1BBSA 2FIVA 5P53A 5P6ZA 4AUCA 1IZEA 2QU2A 3PLDA 1A8KA 3UDNA 1B5FA 1G0VA 4XKXA 3TKWA 3VSXA 2OF0A 4TVGA 3EM4A 3VG1A 5IVTA 4EXHA 3JVYA 5P07A 5P0QA 3OUBA 3OADA 2HM1A 2FXDA 5P8RA 1ME6A 5P2TA 2J9JA 2I4XA 3VF5A 5P5MA 4I8WA 1SIVA 5P4YA 3QS1A 3HW1A 5P5ZA 4I10A 4I0FA 3TH9A 3R1GB 1NH0A 1RV7A 4J54A 4OBFA 4ZIPA 3JVWA 3L59A 4D89A 1NPWA 2QHYA 4ZPGA 3CYWA 4EP3A 4YCKA 1PPKE 3FSMA 4YOAA 1KJ7A 1LZQA 1HPXA 2ZHTA 4GJAA 5P5WA 5P7SA 2B7ZA 4OC6A 5P2BA 5IE1A 4JECA 4DQGA 5P60A 5KR0A 4Z22A 2AQUA 5P58A 2Q55A 2AVVA 5KR8A 5P3JA 5P3KA 2FNTA 3SA9A 5P35A 2VKMA 4Y5CA 4DJQA 1E80E 1UH7A 1MTRA 4CPTA 3NDTA 1HXWA 3ZKGA 1IDAA 4EP2A 2QHCA 2I4WA 3K4VC 4U8WA 5CLMA 9HVPA 5P3AA 3VUCA 1ZTZA 2PC0A 5P4GA 4B05A 2V11C 5P7WA 3L5DA 1OHRA 4YDFA 4M8XA 5C9FA 5P0EA 1HIHA 5COKA 3OQAA 1Q9PA 2AZ8A 1MESA 4YD5A 5P57A 5P0HA 4Y3TA 3L38A 4GB2A 3UDRA 3KMYA 4DJVA 3BRAA 2WEZA 3BUFA 3EKPA 1ZSFA 4CPSA 3BGCA 2IRZA 4L7JA 4Y4BA 5P72A 3SFCA 4B77A 3FNSA 5P4SA 5HE7A 5ER2E 2I0AA 3B7VA 1HVHA 4EWOA 5P5SA 4FCOA 1ZPAA 3OUCA 2WJOA 4XXSA 5AGZA 5P5AA 5ENMA 4L7GA 5P4TA 5P12A 4NPTA 5F00A 2IKOA 2AZCA 4YCYA 5P3MA 3SA5A 3VCMA 1YTHA 4GJ5A 1FG8C 2RMPA 4QJ2A 5P0VA 2NXDA 1E5OE 3PB5A 1BVGA 3KA2A 1XN2A 4KE0A 1LF2A 5OZPA 5P0CA 4OBZB 3L5BA 4CPWA 5P68A 1XE5A 1SP5A 5P83A 1FMXA 2XYFA 3QBHA 5P8JA 2ZJKA 1K1TA 5P3QA 4Y4GA 3ECGA 1DAZC 2IEOA 3OXWA 1LYBB 3OWNA 3PHVA 2V0ZC 4B72A 5T4SA 2XFKA 4RLDA 5P86A 4Y4XA 2P3AA 5P8GA 2QK5A 3I6OA 3MSJA 5P4VA 1NPAA 1MERA 4NPUA 5P2YA 5KR2A 4FM6A 5P1IA 5P05A 3S43A 4J0ZA 5P0NA 3OQDA 1ZP8A 1EAGA 5P3SA 1BWBA 2QI3A 5P80A 5P4DA 2QMPA 5SY2A 3FX5A 1EC0A 5P3CA 4R92A 2NPHA 4FSLA 5DR1A 5BS4A 3NWQA 2PYMA 3LINA 3ZKNA 1HIVA 3S45A 1FQ8A 4BFBA 2G69A 5P4OA 1C6YA 3DUYA 2R43A 4Y5GA 1HSIA 3SKGA 2R3TA 3H5BA 4EJDA 4E43A 5P6TA 1HWRA 1HTRB 3INHA 4Y3QA 3T6IA 3WB4A 3UQPA 2FLEA 1A8GA 5P7HA 4GJCA 5HDVA 2AOJA 4JPCA 4DJWA 4MC2A 1K2BA 4J55A 2SAMA 2AVOA 4QJ8A 5P5FA 5P4RA 1B5FB 1PSNA 4Q1YA 4DH6A 1HEFE 1KJ4A 5P0RA 4DJRA 2IL2A 5P5KA 3ZPSA 2QCIA 1HSGA 5OZZA 4DPIA 2HB4A 3OXVA 4OBKA 5P8AA 4QJ6A 5I3YA 3OADB 2OHPA 2ANLA 3NDWA 2J9JB 2HPEA 1FF0C 5P36A 4NKKA 5P0KA 3FKTA 2HS1A 4IVTA 3L3AA 2JJIA 5P1OA 4RVXA 1PSOE 3VF3A 4Y4EA 4PYVA 5P1RA 4EJLA 5P5PA 5OYQA 5HE4A 5P1BA 5P69A 1TW7A 2ZE1A 4Y5BA 1FQXA 2NNKA 5P20A 1KJHA 2A1EA 4Y51A 3NU4A 4J5JA 4R91A 3PI0A 4RRNA 2QP8A 5KQYA 1XN3A 1SH9A 4Y53A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I8Z A;  4ZPE A;  3BUH A;  3VEU A;  4Y37 A;  3NDX A;  3EKV A;  1MEU A;  3UPJ A;  3SM1 A;  3KF0 A;  3O99 A;  3LNK A;  4X2L A;  1SGU A;  1D4I A;  3N4L A;  5P8B A;  3PWR A;  4U7V A;  5P4W A;  2OHK A;  1ZLF A;  4Y4Z A;  5P6B A;  3ZKM A;  3BUG A;  3SO9 A;  2VA6 A;  4CMS A;  5P06 A;  2H6T A;  3NLS A;  3UDK A;  3PJ6 A;  5P2Q A;  3O9G A;  4Y3A A;  3UDM A;  5P3B A;  1CPI A;  2G21 A;  3NYG A;  4ZEA A;  5P6G A;  2PQZ A;  1IVP A;  3HVG A;  2PSU A;  1M0B A;  5IVS A;  5P4H A;  5P0Z A;  3INE A;  3IN4 A;  4TRW A;  2XYE A;  3KT2 A;  3T3C A;  2AOD A;  3OAG A;  4Y44 A;  1CMS A;  5P6P A;  2H6S A;  3NU5 A;  5P6E A;  3DCR A;  2G24 A;  5DQ1 A;  4LL3 A;  1BV9 A;  5F01 A;  2WF2 A;  2B8L A;  3SAA A;  3EL4 A;  1HVL A;  5OZX A;  4L6B A;  4F73 A;  5P46 A;  3SAB A;  1HVS A;  1XDH A;  2F3K A;  5P76 A;  3Q3T A;  4FM7 A;  3JW2 A;  5P70 A;  5P1U A;  3LIV A;  1AAQ A;  5P15 A;  4LAP A;  4EYR A;  1FQ5 A;  5P02 A;  4YD7 A;  4B78 A;  1D4Y A;  6UPJ A;  1Z1R A;  1OEX A;  4DQF A;  3LIZ A;  3EBZ A;  2A4F A;  2PK6 A;  2OHN A;  5P39 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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