2R8NA

Structural analysis of the unbound form of hiv-1 subtype c protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVSIKVGGQIKEALLDTGADDTVIEEIALPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Pol protein
publication title High-resolution structure of unbound human immunodeficiency virus 1 subtype C protease: implications of flap dynamics and drug resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2r8nA00
3OQKA 4Y38A 4NKKA 4D89A 3EM3A 3G72A 3L38A 1BBSA 3VYFA 2QHZA 3EL9A 5OZRA 3D1YA 2AVVA 2F3FA 5P2OA 3K1WA 4Y4UA 5OZHA 5P0DA 1C70A 1HVSA 5P6EA 5COKA 3H5BA 3RTHA 3INHA 4D85A 4ZPGA 1FFFC 1D4KA 2ZHTA 5P0XA 5P0MA 4Y3LA 2BPXA 4ZPFA 5P2HA 1TW7A 3O99A 4Y47A 5P6FA 1K1UA 2QP8A 5P6PA 2AVQA 1YTJA 3HW1A 5UPJA 5P7YA 4Y3FA 4RGHA 1BXQA 1HVRA 5P78A 5OZZA 2G1YA 3QI1A 5P4OA 3FKTA 2QU2A 5F00A 2AQUA 1T7IA 4B77A 4YD7A 3INEA 3WZ8A 5P30A 5I70A 2FS4A 4YD4A 4I11A 2V16C 4HDFA 5P33A 2AIDA 3R0WA 3EM6A 2HAHA 4Y3JA 2V11C 1FQ4A 3PSUA 4HVPA 2P8HA 3IN3A 3OXCA 3DUYA 5JG1A 5P5RA 4FAEA 1HIIA 3SKFA 3RTNA 3QS1A 3PHVA 4Y35A 1AIDA 2QMPA 4OBJA 3PI5A 3PBDA 4XXSA 2XYFA 5P48A 5HDXA 5P2WA 1FKNA 4I0ZA 5P8VA 4QJAA 4LL3A 5P3JA 3NXNA 3KFPA 5P2IA 3OK9A 5P2GA 5P5CA 2NMYA 3OADA 5P4VA 1D4YA 2I4DA 3N3IA 4RYCA 5P1JA 3EKWA 5P5TA 2OHPA 4PZXA 9HVPA 1K6TA 5FIVA 4CPQA 3EKXA 4UPJA 4YOBA 5HCOA 1B6MA 2G27A 2Z54A 1QBUA 5P3GA 3NLSA 4FRKA 2WEDA 2Q54A 4CPXA 1EBZA 2PMAA 5P8RA 3TL9A 1ZSRA 3MSKA 1D4SA 5P18A 4WY1A 5SZ9A 4H3FA 5P4MA 2OHTA 3ZKMA 2QI7A 3O9DA 5P7MA 1APTE 1W6IA 5BRYA 1EBYA 4FAFA 4Y3ZA 5P50A 1PSAA 3SA4A 5P4DA 1D4LA 1FQ5A 1KJ7A 4M8XA 5P2CA 2G26A 4Y3XA 1APWE 5P7AA 5P1BA 5P6BA 1EC2A 5P5AA 5COPA 3D3TA 3UQPA 5C9DA 5P3ZA 5P00A 4HEGA 3ZPTA 1A8KA 4R93A 3GGXA 1BDQA 5P88A 1DPJA 4Y6MA 2APRA 3EKYA 2IDWA 4FM7A 5P60A 4FM8A 2ZJKA 1BILA 3IVHA 3PSYA 3VEUA 5P3PA 5P0FA 5KQXA 2NXMA 4J1HA 5P2NA 2UY0A 2VNMA 4DJRA 4ZSPA 3WB4A 2QI3A 1FLHA 1OD1A 1PPLE 4PPHA 5OYSA 5P7RA 3NU9A 4FS4A 4DJOA 2I1AA 5P80A 4KE0A 4GJ5A 5P0AA 1KJHA 3OOTA 1BIMA 3PJ6A 5P2YA 2Q64A 3DV5A 5P7QA 2WEZA 1HSGA 1HVCA 1LYBB 1W51A 5P7IA 1DAZC 3EKPA 5P4WA 2NNKA 1IDBA 3CKPA 1LYAB 3SFCA 1RL8A 4RVXA 3ZLQA 4YDFA 5COOA 3L5DA 1FB7A 5P0QA 4OBFA 3LHGA 4Y3RA 5OZLA 3DV1A 5P6VA 2XFJA 3HLOA 4TRZA 4YOAA 4EXGA 2ANLA 5P6CA 4ER1E 5P73A 5OYUA 5DGWA 3HVGA 4QJ7A 5P35A 5ENKA 5OZ6A 3DCKA 1SBGA 2OHKA 5AHCA 4ZE6A 4Q1YA 5P0YA 5P49A 3D1XA 4KUPA 1LS5A 4Y4AA 4Z22A 5P43A 5P41A 1LYBA 7UPJA 1YX9A 4K9HA 3ST5A 5P8JA 2PSUA 5BWYA 2ZHSA 5SY3A 3EL5A 4RCEA 3TKGA 3I8WA 5OZ2A 3UQRA 2HIZA 4FGXA 1HEGE 5OZVA 2G20A 2VIEA 5P2VA 3NU5A 5P6HA 3TTPA 3PWMA 1XN2A 3EBZA 5DQ5A 5P8QA 2HPFA 3DCRA 5DR8A 2P3DA 3EMYA 5OYWA 3NDUA 4Y41A 3VG1A 4I12A 5P1RA 1XS7D 4FM6A 5OYZA 3SACA 5P26A 5SY2A 1IZIA 4LAPA 5EZZA 5P2RA 5P1AA 1BXOA 2FNSA 3L5FA 4NPTA 1PROA 2BKSA 5P86A 1FMBA 2VA7A 3FNSA 4F75A 1TCXA 2O4PA 1Z8CA 5P37A 3Q5HA 5P1DA 1MRXA 5J25A 1VIJA 5OZ5A 5P82A 2F80A 5P7KA 4B1EA 8HVPA 1MPPA 3MSLA 4LBTA 5P23A 4J54A 3B80A 5P52A 3VF5A 3ER5E 4X7IA 4J1CA 2AOEA 3TPJA 3DK1A 5P0TA 5P74A 2I0AA 2WHHA 5P3EA 5P4QA 5P6TA 5P6WA 2BPZA 5P07A 1GVTA 5P14A 2BBBA 5P6KA 4L1AB 4ACXA 2VA5A 1D4HA 2RKFA 1UH9A 3NXEA 2IKOA 5P87A 3EL1A 1PPKE 5P7BA 5OZ9A 5P44A 4H3IA 5P79A 3SA6A 4APEA 3K5FA 5P2LA 4Y4EA 5I3VA 1UH7A 3BXRA 1SIPA 4ZLSA 3KF0A 1LV1A 2G21A 1NPVA 2AOGA 1G0VA 4Y51A 4ZSMA 3FNUA 1SMEA 5P0RA 4OBZB 5P7GA 5PEPA 4DJPA 1A8GA 3LPKA 1QBSA 5P40A 5P8GA 4OD9A 1YTHA 4GMIA 5P0GA 3CICA 3PLDA 5P5XA 3OXWA 5OZCA 4AMTA 3KDBA 5P27A 5P5GA 3OAGB 1ZPKA 3S54A 5P4RA 4NJUA 3U6AA 4JP9A 5P4AA 3G6ZA 5P1QA 4ACUA 4CPWA 4I8ZA 5DR7A 2ZGAA 5P1MA 1W50A 4B0QA 2H6TA 3OQAA 3UDMA 2ZHUA 5IVTA 4OBZA 5P6RA 2Q15A 3TNEA 4EP2A 2QI4A 4B72A 1HPVA 4LP9A 2VIJA 3KMXA 1CPIA 3EL0A 2QI1A 5OZAA 3OUDB 5P5UA 4A6CA 4H3JA 5P3QA 3BGBA 3NYGA 4J5JA 3HAWA 2NXDA 3BUFA 1FG8C 1T3RA 1LYWA 4J55A 1F34A 3CMSA 5AH9A 2PC0A 5P3SA 5P5ZA 3LZUA 3KT5A 3TKWA 4IVSA 4ZIPA 3DOXA 1F7AA 4GJ7A 4X2LA 4XX3A 4Y4BA 5KR1A 1BWBA 1MTBA 4EQ0A 1J71A 5P4CA 4YA8A 2PSGA 4YCKA 5CONA 5OZPA 3PLLA 4Y43A 5P05A 2PWRA 5P3LA 2QI6A 2I4QA 3UDNA 4I0IA 5P2AA 5P0EA 4Y54A 5P67A 5P72A 2ER9E 1SIVA 1TZSA 5P6MA 4BEKA 5P1VA 1B5FA 5P8UA 4Y56A 4GJDA 5P11A 3APPA 4RRSA 1DMPA 4Y37A 3SA9A 4AA8A 4Y50A 3N4LA 5P2JA 5EZXA 3OHFA 2ZJLA 2ZHRA 5C9BA 5P6IA 3RTMA 5P4SA 4K4RA 5P54A 5P3XA 5P5KA 4M8YA 5P3FA 1IBQA 4F73A 3SA8A 3ZKGA 2OF0A 2AZCA 1XN3A 1T7JA 2OAHA 4JPEA 2J9JB 4DQCA 4QJ8A 4AZYA 4Y4XA 5F01A 5P7DA 1SDTA 5P31A 3T7XA 3JVWA 3RVIA 3TH9A 4RROA 3VLBA 5OZTA 4D88A 2AVMA 5P8HA 5DR4A 2FGVA 3SA3A 3O9BA 5P5WA 5P1EA 1SGUA 2ER7E 3KA2A 3QROA 4GZFA 1HTFA 1HTGA 5P36A 5P2EA 4Y3MA 2R5PA 5P8TA 1HPSA 3LIQA 3I7EA 5OZEA 2WF1A 3QVCA 1HVKA 4J17A 2VS2A 5P4LA 2VA6A 2BKTA 3OU4A 3OADB 3Q4BA 2MIPA 4Y3QA 2ASIA 3ECGA 2J9JA 3UF3A 2UPJA 5OYXA 5P7JA 3H0BA 2FDDA 3HAUA 3NSHA 1HVIA 5OZXA 3ZKIA 4H3GA 3ZPUA 1BDLA 5P3BA 5JFUA 2I0DA 3IXKA 1ODXA 3UDQA 2QZLA 1IZHA 2AZ9A 3I6OA 3MXEA 5HE5A 4HLAA 2G1NA 3VF7A 3QVIA 3LPIA 1LF2A 4GJAA 5P2KA 5AH6A 2QMDA 1NPWA 4RCDA 3VV6A 4OBGA 5P77A 2I4XA 1PFZA 2R38A 4YE3A 2QK5A 4EQJA 3OQ7A 5P3MA 5P3KA 1E80E 3QIHA 5OYTA 2V0ZC 2IGXA 1W5VA 5P70A 5P5NA 5P51A 3UDPA 4B05A 2AZ8A 1DP5A 2WJOA 4Y4TA 5P10A 5P4IA 1WBKA 2IL2A 5P1FA 1BV9A 3S56A 5P17A 4Y5KA 4ZPEA 2AVSA 5P28A 7HVPA 4DUSA 2RKGA 2V12C 3BVAA 3SQFA 2A1EA 5P5PA 5P81A 4Y5CA 3O9HA 4Y4ZA 5P2FA 5P4HA 3ZKSA 1FG6C 4ZSRA 5P6JA 3Q70A 4L7GA 5P3HA 5P8IA 4CP7A 4TVHA 5P75A 1EBWA 3UDRA 3SKGA 2G24A 2F8GA 3RU1A 5I3XA 2B42A 2NXLA 3GGUA 6FIVA 4S1GA 3NU3A 5IVSA 2F3KA 2VNNA 1G2KA 2G69A 5P3AA 5P5FA 5BS4A 3IXOA 5P6QA 3NUJA 3UDHA 3FV3A 2HC0A 4N00A 1IZEA 5P7ZA 4WY6A 2QD7A 1CZIE 3UDJA 2VJ9A 5P6UA 1ODYA 3T7QA 4I0GA 5T4SA 1YM2A 5P24A 4L7HA 4J1EA 3LIYA 3FNTA 4KE1A 1TQFA 4EJLA 4Y4DA 1GNNA 1MRWA 2QAKA 1C6YA 4GIDA 1A9MA 1QBRA 3BGCA 2AVOA 5P1NA 1B11A 5AGZA 4FL8A 5KQFA 5P69A 1AAQA 1GKTA 3IAWA 3LZVA 3LZSA 1KJ4A 4FSEA 3PMYA 2F81A 4EWOA 5P0CA 5P1UA 4DFGA 2BB9A 2Z4OA 1K2CA 1WBMA 1K2BA 3KM4A 5ISJA 5P6XA 3R2FA 1LZQA 5P3RA 4A6BA 5IS4A 4K4QA 4MC1A 5OZ0A 5P08A 4XX4A 2SAMA 5OZ4A 4CPSA 3SPKA 3VYEA 3VYDA 1META 2XYEA 4DJXA 1AJXA 4RRNA 5P45A 5P8CA 4IVTA 5P1LA 5P5EA 3C9XA 1Z1RA 5DGUA 1SDVA 3K5CA 5P0HA 4Y48A 2QHCA 2BPVA 4J1FA 4OC6A 3QAAA 1BVEA 2QCIA 2ZE1A 5JFPA 2OHUA 4J1IA 2AOJA 3GW5A 1IVPA 4Y5EA 1RPIA 1HVJA 2G1SA 5P0SA 3BVBA 5P1OA 4B1CA 2R43A 5P6YA 5ER1E 3JW2A 5P0JA 4Y3GA 1MIQA 1FEJC 5P4YA 2FDPA 5OZIA 4EHCA 4RZ1A 4K4PA 3AUPA 4Y3WA 2UXZA 5P83A 5P2SA 2O4NA 3NU4A 1AVFA 5P22A 3L5CA 1ZJ7A 4I8WA 5P8MA 2WF2A 1MT8A 2OHNA 1MUIA 3SM2A 1AXAA 4APRE 1HSHA 4U7VA 5P1PA 5P68A 4B1DA 3VSXA 5P39A 4EJDA 1SH9A 3L58A 3UPJA 2ZJJA 5P1TA 5P55A 2HS2A 5OZNA 4Y4WA 1KZKA 3HZCA 2XFIA 5OZWA 3PMUA 4ER2E 2O4KA 1BWAA 2I4VA 3EC0A 1HEFE 5HE7A 2WL0A 5HDVA 5E5KA 3NWXA 4I1CA 5OZBA 3KMYA 2ER6E 4Y3HA 1TSUA 3OQDA 5P4UA 5P1WA 4YD5A 5P5LA 5P7TA 2OHRA 2P3CA 5P02A 3S43A 3ZMGA 3IXJA 1QS8A 4QJ2A 5OZKA 4LXKA 5P61A 5TOLA 4DH6A 3PBZA 5HD0A 5DQ4A 3QPJA 3UDKA 3SA7A 2QHYA 5P0VA 4YHQA 5P8EA 5P85A 5P8OA 4Y5PA 3FSMA 3PCWA 5P46A 4Y45A 1GVXA 4Z4XA 5AHBA 3RSVA 4DQEA 5P06A 3TOFA 2QD6A 2V00A 4OD9B 1M0BA 3EXOA 1T7KA 1Q9PA 1W5YA 5DR1A 1HBVA 3OTYA 4AA9A 3NDXA 1EPQE 1HPXA 5P7UA 1FQXA 4NJVA 4CMSA 3HBOA 3O9LB 4Y4JA 1ODWA 2ZHVA 4JPCA 5P4TA 1YTIA 3KFSA 5P03A 5P4ZA 5P1XA 2IKUA 2NR6A 3VSWA 4XKXA 4LHHA 2P83A 4Q1WA 1B6LA 4Y3EA 4HA5A 1TSQA 5P3YA 4I0HA 5P1HA 2JYSA 1EC3A 4FRSA 3LINA 4Y58A 5P8AA 2B8LA 3KYRA 2CENA 5CLMA 5P04A 3TOGA 1K6VA 2VIYA 3OUBA 5I3YA 3QRMA 2G22A 4DQGA 2FLEA 1VIKA 2NPHA 1LYWB 3Q6YA 3L5BA 4Y3YA 1EPOE 5P5JA 3K4VC 3O9LA 3PB5A 3IA9A 4JOOA 2WEAA 2WECA 3FIVA 2NNPA 5P1GA 1C6ZA 2JXRA 1W5XA 3QN8A 4DJVA 2QNPA 5KOQA 1MTRA 1OEXA 5P0WA 4I0FA 4Y5NA 5HDUA 1A94A 1MEUA 3URLA 3O9AA 4TRYA 1RV7A 3SM1A 3CIDA 1XE5A 4I0JA 4A4QA 3AIDA 3PEPA 1B5FB 5JODA 5KQZA 3TOHA 5AH7A 4L6BA 1DW6C 4Y44A 4B00A 5P63A 2FGUA 4GJBA 5HU1A 1APVE 2VJ7A 3KDCA 3Q3TA 2OHSA 4Y5GA 3EKTA 4J0PA 1YM4A 3L59A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OQK A;  4Y38 A;  4NKK A;  4D89 A;  3EM3 A;  3G72 A;  3L38 A;  1BBS A;  3VYF A;  2QHZ A;  3EL9 A;  5OZR A;  3D1Y A;  2AVV A;  2F3F A;  5P2O A;  3K1W A;  4Y4U A;  5OZH A;  5P0D A;  1C70 A;  1HVS A;  5P6E A;  5COK A;  3H5B A;  3RTH A;  3INH A;  4D85 A;  4ZPG A;  1FFF C;  1D4K A;  2ZHT A;  5P0X A;  5P0M A;  4Y3L A;  2BPX A;  4ZPF A;  5P2H A;  1TW7 A;  3O99 A;  4Y47 A;  5P6F A;  1K1U A;  2QP8 A;  5P6P A;  2AVQ A;  1YTJ A;  3HW1 A;  5UPJ A;  5P7Y A;  4Y3F A;  4RGH A;  1BXQ A;  1HVR A;  5P78 A;  5OZZ A;  2G1Y A;  3QI1 A;  5P4O A;  3FKT A;  2QU2 A;  5F00 A;  2AQU A;  1T7I A;  4B77 A;  4YD7 A;  3INE A;  3WZ8 A;  5P30 A;  5I70 A;  2FS4 A;  4YD4 A;  4I11 A;  2V16 C;  4HDF A;  5P33 A;  2AID A;  3R0W A;  3EM6 A;  2HAH A;  4Y3J A;  2V11 C;  1FQ4 A;  3PSU A;  4HVP A;  2P8H A;  3IN3 A;  3OXC A;  3DUY A;  5JG1 A;  5P5R A;  4FAE A;  1HII A;  3SKF A;  3RTN A;  3QS1 A;  3PHV A;  4Y35 A;  1AID A;  2QMP A;  4OBJ A;  3PI5 A;  3PBD A;  4XXS A;  2XYF A;  5P48 A;  5HDX A;  5P2W A;  1FKN A;  4I0Z A;  5P8V A;  4QJA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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