4EP2A

Crystal structure of inactive single chain wild-type hiv-1 protease in complex with the substrate rt-rh
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
molecule keywords protease, tethered dimer
publication title Structural, kinetic, and thermodynamic studies of specificity designed HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 43
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ep2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ep2A02
6APRE 2BKSA 1HTGA 1RQ9A 2APRA 4Y37A 4Y56A 1HPVA 4OC6B 1ENTE 4ZIPA 3QROA 1HEFE 3ZL7A 1W51A 2NPHA 2PC0A 5P1MA 5P06A 1PSOE 4E43A 1YTGA 3BXSA 5P6LA 3SKGA 1QS8A 1T3RA 3IXJA 1OEWA 3QP0A 4EP3A 3UQXA 1MUIA 3EKPA 5P4SA 5P79A 2PWCA 4U7VA 2BPVA 4LHHA 2NNKA 3HVGA 3APPA 5P67A 2WL0A 2FLEA 6UPJA 3AIDA 5P3FA 1YG9A 5T4SA 5UPJA 5P20A 5P8FA 4CPWA 3HD8A 2F8GA 4J0ZA 3INHA 5P8OA 4L7GA 1GVTA 3I8WA 3HVPA 5P0GA 4DJVA 3EKTA 5P6MA 5AH6A 2BQVA 4YDGA 2PWRA 4PPHA 5OZ9A 5P7UA 3CYXA 3OTYA 1FQXA 5OZTA 1HVKA 5OZIA 1FMUA 4A6CA 1IZIA 2IQGA 3FKTA 1PFZA 1NSOA 4D8CA 1T7KA 4Q5MA 5KR2A 1TSUA 3L5EA 2G1OA 1FG8C 3UCBA 5P84A 4LAPA 1FMXA 3HW1A 2ZHUA 4YA8A 4Y3SA 5CLMA 4EJ8A 4XX3A 4UPJA 5P6ZA 3QRMA 4OBZB 4Y43A 5SZ9A 3UFLA 2VJ6A 5P0FA 4YBFA 3PMYA 4Y3RA 5P5RA 2FMBA 5P8QA 3OOTA 1G35A 1KJ4A 3O99A 4Z50A 1E80E 4FIVA 2RSPA 5P1EA 5P4OA 4I0FA 1ODYA 2B42A 4Y4AA 3EBZA 1K6TA 1XE6A 5P8CA 4R91A 4Y5MA 2V10C 5P1CA 1A30A 2ZE1A 4Q1XA 4FAEA 1BVEA 4Y4WA 2R3WA 5AHCA 3TOHA 4Y58A 4Y4ZA 1FQ8A 3PI5A 3OU1B 5P7LA 1BAIA 2QD7A 5OZVA 3EL5A 3O9FA 4I0JA 1LF4A 5P2DA 1LYBB 3VYFA 2I4UA 5P3ZA 1SMRA 3O9EA 1HVJA 3WZ7A 1FQ5A 1T7IA 2XFIA 3GI6A 5P15A 1HPXA 4QJ6A 5P0SA 4PEPA 3PBDA 5P6AA 1HIIA 4Y3AA 3LIZA 2ZJNA 3IVIA 3ZOVA 1BDLA 3OQFA 5KQXA 4QJ7A 5P11A 5P1LA 1RV7A 3PSGA 5C9FA 1A8GA 2IENA 3OUBA 3OHFA 5SY3A 4DPFA 4ZEAA 2H6SA 4RZ1A 1BDRA 1AAQA 4KUPA 1DW6C 4H3GA 5P01A 5P4BA 5P8EA 1C6XA 5JG1A 5P6EA 4Y3NA 3PJ6A 4YCKA 5P4TA 4J17A 5P47A 2IKOA 5DR0A 5P6RA 1B6LA 1HVIA 4CPTA 7UPJA 1DP5A 4RGHA 5P62A 1FQ4A 1K2BA 3SQFA 5P0YA 5P85A 2V12C 4FSLA 2VIZA 3LPKA 3FNSA 1B5FB 1XS7D 4J1IA 2G69A 1G0VA 5P6QA 5OZ4A 2FDEA 1C70A 4Y3FA 1LYWB 3OU3A 2G22A 1HOSA 4I12A 3EM3A 3SM2A 2EWYA 3BXRA 3RTNA 3INFA 5P7NA 1BV7A 2G94A 3JVWA 5P4VA 3L38A 3LHGA 2G1NA 2WJOA 4J1HA 5P0CA 4D85A 4OD9A 3VSXA 5P8GA 5P2IA 1D4SA 2PH6A 3UTLA 4J1FA 3L59A 3ZKSA 1B6MA 5OZWA 4DJPA 5OZJA 5P57A 2ZYEA 1LYAB 1D4LA 1EPQE 5P42A 5JFPA 1XL5A 5F01A 2ZDZA 5OYUA 3BVBA 2I0DA 1RPIA 2F3KA 3K4VC 4K4QA 4MC2A 3UQWA 3KDDA 4Y44A 1QDMA 1RL8A 4YD7A 3FIVA 5P28A 3K5DA 4ACXA 3PCWA 1IZDA 2FDDA 2HIZA 3UPJA 4ZPEA 5P05A 3WSJA 3O9IA 4A4QA 3VF3A 4EYRA 5P4JA 5P1BA 2QMFA 3Q5HA 1EBYA 2I0AA 3U71A 1YTIA 4HEGA 3VV6A 1ZBGA 4FCOA 3FNUA 2WECA 4HDBA 5P32A 1EBKC 4R95A 5P16A 4HLAA 5P3IA 2CEMA 1SDUA 2QP8A 5P2XA 3O9AA 2HM1A 3MSLA 5ENMA 3VF7A 4DQHA 3OUDA 3EKWA 4CPRA 4ER1E 2V16C 3PCZA 3VEUA 5P8SA 4DJOA 2P3CA 2OHPA 5ER2E 5P5VA 3ZKXA 2QZXA 3IGBA 5DR4A 3ECGA 4DJYA 1BIMA 4L7JA 4GJCA 3PRSA 3D91A 3LZSA 1T6EX 2B7FA 3S85A 3IA9A 3QS1A 5OZLA 4FM7A 1FQ7A 4Y3ZA 1ME6A 1M4HA 3N3IA 3KT5A 3C9XA 3NXEA 5OZCA 5KAOA 4B72A 4Z22A 2G1RA 2PYNA 3O9LA 4M8YA 3OU4B 5P0DA 3PMUA 3ZPUA 5DQ4A 4J1KA 1IBQA 5P7BA 4PZXA 3HAUA 5P51A 1B11A 3UDKA 2RKFA 5AHAA 2Q63A 4I8WA 4Y5GA 5P1ZA 5P5UA 4OBKA 3QIHA 1TQFA 3PWRA 4Y3MA 4YD6A 4JP9A 3O9GA 2QI0A 1META 4Y5KA 5COKA 3BGBA 5P4YA 3RU1A 2OHLA 3IXKA 2QAKA 3SACA 2F81A 1DAZC 4Y4DA 5P4IA 5P8DA 1PSNA 3TKGA 1K6CA 4WY1A 5OYQA 4Y3JA 2WF0A 3OXXA 3PSUA 1KJFA 2BPZA 4Y3PA 3HBOA 4Y6MA 1AJVA 5P7KA 5P1XA 5P0VA 3NU6A 4B78A 3I6OA 1APUE 4KE1A 5P3EA 2NNPA 3MXDA 1W5VA 5P78A 5P2RA 2AZ9A 5P4RA 1LS5A 3HZCA 4FAFA 5P8KA 4RCEA 2QU3A 3TPLA 3R0YA 4FM6A 5P7OA 4U7QA 2B60A 1M43A 4XKXA 5IVRA 4Y3XA 1N49A 5ISJA 3R4BA 3O9LB 4XXSA 5P56A 1HIHA 4RYGA 3VFBA 5P2NA 2IEOA 3OXCA 3LIQA 1GKTA 1QBSA 1ZPAA 4ACUA 5P0BA 2MIPA 3BVAA 5P30A 5OZKA 1FFIC 5P7AA 5IVTA 5P7ZA 1BILA 4OBJA 5P63A 4FS4A 4Y3EA 1IVQA 3TLHA 5P3RA 3NR6A 5P59A 5P87A 5P4ZA 5P2AA 3NDXA 3FX5A 3S45A 4YDFA 1HEGE 5TOLA 3KFPA 4Y3LA 1LF3A 5P3LA 5P7YA 2XFKA 5P3NA 1UH7A 1T7JA 1BDQA 5P0AA 2HB2A 5P3XA 1KJ7A 3LIVA 5I3YA 3WB5A 1FB7A 5DQ5A 3T7QA 1EAGA 4F75A 5P7DA 4MC9A 5P40A 3RTMA 4M8XA 4DI2A 3T11A 2QHYA 5P7HA 2G1YA 3UQPA 3TTPA 3S43B 2BPXA 5P25A 5IVQA 1W6IA 4GJ8A 3ZKIA 3D20A 1XN2A 4Y3HA 4J54A 5P3JA 5DQ2A 1HVCA 2RKGA 3NWQA 5PEPA 5P10A 4OBDA 3EKXA 5P6XA 4B77A 4JECA 4ZPFA 5P4HA 3TPJA 4OBFA 4BEKA 5P6TA 1RNEA 5HVPA 5KQYA 3QI1A 4LC7A 5P1RA 2F3EA 1HSHA 3KDCA 3NSHA 3NU4A 3OADA 4H3JA 2OHKA 2WHHA 5P7JA 3B7VA 5OZYA 2QI1A 3SA6A 3UDYA 2VIJA 1GNNA 4LP9A 3UQRA 3KA2A 4J0YA 3ER5E 2XFJA 4GJDA 5OZ1A 2AOCA 3UQUA 5P02A 5P65A 3SAAA 2V13A 4AUCA 3RSVA 5P41A 5P1QA 2R5QA 4J0TA 2P3AA 3RSXA 2VS2A 4COEA 5P50A 2ZJHA 5P7IA 4EJLA 5P2FA 3D1ZA 5P81A 2QMDA 3Q70A 4Y4BA 3TL9A 3LINA 5P5JA 5P29A 5P2HA 5P0WA 3OGQA 2PQZA 2Z54A 1WKRA 5OYTA 3PWWA 4L6BA 2G21A 3ZKGA 4B1EA 5P1PA 4Q1YA 3FV3A 2OHNA 1NPAA 5HE4A 2NMYA 5P27A 4I0IA 3OOZA 5P60A 3EL4A 3SA3A 2AZBA 2WEDA 2AOHA 1LEEA 3NUOA 1ZSFA 1DPJA 2B8VA 1HVSA 4QJ8A 3OAGA 4NJTA 2O4NA 2HS1A 5OZDA 5P36A 5HTZA 4DQCA 4Y54A 5P52A 3SA7A 3LNKA 5P19A 4Y47A 3BHEA 5P8TA 4QJ9A 5P58A 1K1TA 2J9KA 1EPPE 4B1CA 5P4LA 2OHTA 5P4DA 2ASIA 2VA5A 5OZNA 3FSMA 5P53A 3O9HA 2PYMA 1ZP8A 3VF5A 1HIVA 4DH6A 5P6NA 1PPKE 1XL2A 4ZPGA 4Y3WA 5F00A 5P5LA 3MWSA 2G20A 5KQZA 2VIEA 2HAHA 5P0TA 4A6BA 5EZZA 4L1AA 3NDTA 5P37A 1QBUA 4RRNA 3EL9A 5HDUA 3NWXA 1MSNA 2BJUA 5P5AA 3KYRA 4ZSQA 5P49A 5P33A 5P4PA 3VYEA 1YTHA 5P48A 3UDMA 5P8PA 2ZJLA 4KB9A 5OZUA 3ZKQA 1KZKA 2IDWA 4TVHA 4Y5EA 3S54A 5OZPA 1K1UA 1HVHA 1EPME 2AVQA 5P83A 5P61A 5P6WA 4DJUA 2Q3KA 3OUCA 2AOIA 2PSGA 1Z1HA 2FXDA 5P6HA 3NU3A 5P7RA 5C9DA 5P4MA 3B80A 1IZHA 3CMSA 5ENKA 5P6VA 4FRJA 2FXEA 5HCOA 3SA4A 5P0NA 1ZPKA 1D4JA 5P6YA 4LXKA 5BWYA 5P2UA 2AIDA 1IDAA 5P7XA 2BBBA 3KMYA 5P8UA 3G70A 2QI6A 5OYXA 3NU9A 3ZLQA 3Q6YA 4MC1A 5P6JA 4FRSA 1HSGA 1PSAA 3VLBA 5JFUA 1MRWA 2IRZA 1T6GA 1HTRB 4FE6A 1E5OE 2V11C 4NJVA 4Y5CA 3URJA 3L5CA 1FG6C 5OZXA 2NXDA 2OHMA 5DR8A 5P77A 1C6YA 2AOFA 3NDUA 4B1DA 4GMIA 1ER8E 5IVSA 2G24A 5OYZA 4HZTA 5HE5A 2V00A 2J9JA 1MT9A 5C9BA 5P5NA 3IVHA 2O4KA 2F3FA 2WEBA 5P3KA 1NPVA 5P0RA 5HU1A 3I25A 3CIDA 3Q4BA 5P2VA 4QJ2A 2FS4A 5P4XA 3GGUA 3S8IA 1OHRA 2I4DA 4GJAA 3OQ7A 2FNTA 5P73A 4DVFA 3NLSA 4CP7A 5P12A 3UDPA 3NYGA 3OGPA 5P8HA 2VIYA 4YE3A 3PM4A 3DCKA 3L3AA 3A2OA 5P1AA 2QZWA 4I10A 9HVPA 3H0BA 1FKNA 1HTEA 3N4LA 2OHUA 5P3TA 2NTRA 2VA6A 3BC4A 2FDPA 1WBKA 1FQ6A 3PLDA 2WF4A 2Q54A 3CICA 3LPIA 4L7HA 1Z1RA 4GJ9A 2P3BA 3RTHA 4RYCA 5P5IA 5P6IA 1HRNA 2QI3A 1K6PA 3ZMGA 3S53A 1SDTA 4N00A 2VNMA 5P1UA 3LIYA 5P8JA 5P5WA 4OBGA 5P4GA 5OZBA 4GJBA 1EEDP 1FFFC 4YD3A 1ODXA 1HXBA 1B6JA 1BXOA 3UHLA 2UPJA 4Q1NA 3LZUA 1NH0A 4OD9B 4K4RA 4APRE 1HWRA 5P3HA 3DK1A 5KQFA 4LXMA 2ER0E 1AJXA 4HE9A 2JE4A 4TRWA 5OZ5A 5SY2A 3VYDA 5DR1A 4GB2A 3AUPA 3PLLA 1HVRA 3OXWA 3K1WA 1MESA 5P2QA 5P70A 5P6PA 2HC0A 2R8NA 3KF0A 1C6ZA 5P8AA 5P1IA 5P0KA 5P5FA 1Q9PA 2Q11A 4EHCA 3S2OA 3T3CA 5E5KA 3PB5A 4BFBA 2A4FA 3K4VA 1G2KA 3UDQA 3VLAA 5P7CA 5P31A 5KR8A 2ZJMA 4HVPA 3ZPSA 5P35A 3LZYA 1EPLE 3D1YA 5P7SA 5P3WA 2QMPA 3OUDB 1AZ5A 3VV8A 5P45A 3DV1A 5P2EA 5P4EA 2CEJA 4Y4GA 5P5TA 2ZJJA 1GNOA 1MT8A 4WTUA 3KFSA 2WEZA 4ZE6A 5BRYA 7HVPA 4YD4A 5P1VA 2ER6E 1FIVA 4RVJA 1APTE 2AVMA 1W50A 3PHVA 5P72A 4FM8A 4ER2E 4Y9WA 1A94A 5OYRA 3EM6A 1EC1A 4Y3YA 5P08A 4RCDA 5P3OA 2WKZA 1XDHA 2HB4A 2O4SA 5OZHA 3SA9A 5P17A 5P4AA 2BPWA 3MXEA 1MEUA 4EXHA 5P1HA 1M0BA 2BB9A 1KJHA 5P8IA 5OZGA 3ZKNA 3NU5A 2HPFA 4R5NA 5P2YA 4DJRA 4Z2ZA 5P0UA 2VNNA 4IVTA 3K5CA 4B0QA 1HPOA 3QVIA 4BFDA 4Y57A 2XYFA 3JVYA 4GJ5A 3QPJA 3D3TA 2PSVA 3INEA 5P5GA 2H6TA 4OC6A 3EC0A 4RVXA 4FRKA 2QK5A 3GI0A 3L5BA 3EKQA 4TVGA 2I4VA 4DV9A 2JJJA 5KOSA 4U8WA 4JPEA 3F9QA 3GGXA 4Y3DA 1AXAA 5P80A 5DR3A 4GYEA 3I2LA 5P3AA 5P0QA 4I1CA 5P7TA 3S7LA 2VKMA 1DMPA 4DQGA 1GVXA 3WZ6A 2WEAA 5OZOA 2HB3A 3VCMA 4J1CA 4EQ0A 1LV1A 1D4IA 5P38A 1F34A 1SGZA 3SA8A 4Y5PA 2QZLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 6APR E;  2BKS A;  1HTG A;  1RQ9 A;  2APR A;  4Y37 A;  4Y56 A;  1HPV A;  4OC6 B;  1ENT E;  4ZIP A;  3QRO A;  1HEF E;  3ZL7 A;  1W51 A;  2NPH A;  2PC0 A;  5P1M A;  5P06 A;  1PSO E;  4E43 A;  1YTG A;  3BXS A;  5P6L A;  3SKG A;  1QS8 A;  1T3R A;  3IXJ A;  1OEW A;  3QP0 A;  4EP3 A;  3UQX A;  1MUI A;  3EKP A;  5P4S A;  5P79 A;  2PWC A;  4U7V A;  2BPV A;  4LHH A;  2NNK A;  3HVG A;  3APP A;  5P67 A;  2WL0 A;  2FLE A;  6UPJ A;  3AID A;  5P3F A;  1YG9 A;  5T4S A;  5UPJ A;  5P20 A;  5P8F A;  4CPW A;  3HD8 A;  2F8G A;  4J0Z A;  3INH A;  5P8O A;  4L7G A;  1GVT A;  3I8W A;  3HVP A;  5P0G A;  4DJV A;  3EKT A;  5P6M A;  5AH6 A;  2BQV A;  4YDG A;  2PWR A;  4PPH A;  5OZ9 A;  5P7U A;  3CYX A;  3OTY A;  1FQX A;  5OZT A;  1HVK A;  5OZI A;  1FMU A;  4A6C A;  1IZI A;  2IQG A;  3FKT A;  1PFZ A;  1NSO A;  4D8C A;  1T7K A;  4Q5M A;  5KR2 A;  1TSU A;  3L5E A;  2G1O A;  1FG8 C;  3UCB A;  5P84 A;  4LAP A;  1FMX A;  3HW1 A;  2ZHU A;  4YA8 A;  4Y3S A;  5CLM A;  4EJ8 A;  4XX3 A;  4UPJ A;  5P6Z A;  3QRM A;  4OBZ B;  4Y43 A; 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 2OHL A;  3IXK A;  2QAK A;  3SAC A;  2F81 A;  1DAZ C;  4Y4D A;  5P4I A;  5P8D A;  1PSN A;  3TKG A;  1K6C A;  4WY1 A;  5OYQ A;  4Y3J A;  2WF0 A;  3OXX A;  3PSU A;  1KJF A;  2BPZ A;  4Y3P A;  3HBO A;  4Y6M A;  1AJV A;  5P7K A;  5P1X A;  5P0V A;  3NU6 A;  4B78 A;  3I6O A;  1APU E;  4KE1 A;  5P3E A;  2NNP A;  3MXD A;  1W5V A;  5P78 A;  5P2R A;  2AZ9 A;  5P4R A;  1LS5 A;  3HZC A;  4FAF A;  5P8K A;  4RCE A;  2QU3 A;  3TPL A;  3R0Y A;  4FM6 A;  5P7O A;  4U7Q A;  2B60 A;  1M43 A;  4XKX A;  5IVR A;  4Y3X A;  1N49 A;  5ISJ A;  3R4B A;  3O9L B;  4XXS A;  5P56 A;  1HIH A;  4RYG A;  3VFB A;  5P2N A;  2IEO A;  3OXC A;  3LIQ A;  1GKT A;  1QBS A;  1ZPA A;  4ACU A;  5P0B A;  2MIP A;  3BVA A;  5P30 A;  5OZK A;  1FFI C;  5P7A A;  5IVT A;  5P7Z A;  1BIL A;  4OBJ A;  5P63 A;  4FS4 A;  4Y3E A;  1IVQ A;  3TLH A;  5P3R A;  3NR6 A;  5P59 A;  5P87 A;  5P4Z A;  5P2A A;  3NDX A;  3FX5 A;  3S45 A;  4YDF A;  1HEG E;  5TOL A;  3KFP A;  4Y3L A;  1LF3 A;  5P3L A;  5P7Y A;  2XFK A;  5P3N A;  1UH7 A;  1T7J A;  1BDQ A;  5P0A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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