1YM2A

Crystal structure of human beta secretase complexed with nvp-aur200
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
388
structure length
376
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure-based design, synthesis, and memapsin 2 (BACE) inhibitory activity of carbocyclic and heterocyclic peptidomimetics
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 376
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2005-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ym2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ym2A02
4Y4EA 5ER1E 3LZVA 1BVGA 3TL9A 4JECA 4L1AB 2PQZA 3EKVA 2IQGA 5P8VA 3R4BA 1YM4A 2ZHVA 1FMUA 1BXOA 3ZKMA 4FM7A 4QLHA 4AUCA 3HBOA 3KFPA 2QCIA 1ER8E 2OHPA 2AVOA 2QI0A 3TPRA 2R5PA 1MVPA 1BWAA 5P1LA 5P0YA 3VG1A 3TH9A 1HIVA 1RV7A 2VA5A 4GJCA 5OYTA 5P2FA 2IENA 4OD9B 6UPJA 4K4RA 4I8WA 2IL2A 4TVHA 2F80A 4Y56A 5P2LA 5P5OA 4GJBA 1DIFA 5P8JA 3Q70A 2CEJA 5P0SA 2VIZA 4APRE 5P6DA 4BFBA 3IN3A 3KT5A 1HVHA 3L5BA 5P1OA 3SLZA 4Y3TA 5P0DA 4DQCA 1M43A 5P3OA 3OHFA 4EQJA 4U7VA 1IZHA 5P18A 5P6KA 4EHCA 2HPFA 5P4YA 3NDUA 1BAIA 5DGUA 3SABA 3LNKA 5P34A 2WHHA 4BELA 5P4NA 3LIZA 2ER7E 5P3MA 2PYMA 3MSJA 3URIA 3FV3A 1FQ6A 3SPKA 3QS1A 3K5GA 5P2GA 5P54A 5P57A 5P8KA 1LEEA 3SM1A 4Y48A 4AMTA 1BIMA 2QZXA 4B05A 4FCOA 3NYGA 2I0DA 1MTRA 4OD9A 1E82E 1LZQA 2WF1A 2BQVA 5AH7A 3A2OA 5P26A 5P71A 5P00A 1G35A 5P4MA 1BBSA 4B77A 3EC0A 1N49A 5KAOA 3DJKA 1PSAA 1PPME 5P5AA 1HTEA 2F8GA 3MSLA 5P3KA 5OZVA 5P8NA 2QU2A 4PEPA 4GJ6A 5P5NA 4Y4TA 4YD4A 4R8YA 3EKPA 5OYWA 3RVIA 5OZ8A 3INHA 2HB4A 4Y3XA 1SIPA 5P41A 3MWSA 4I12A 4KE1A 1K6CA 3O9AA 1DPJA 4R92A 1TSQA 4TRYA 1EPLE 1EPPE 3U7SA 3HAWA 4K4PA 5P5WA 3TPJA 1W5WA 3U6AA 1Z8CA 3CKPA 3HVGA 1E80E 3GI5A 2FMBA 4XX4A 5P4JA 5P0UA 4CPUA 3OUBA 4FM6A 5P6YA 2ER9E 3QBFA 5P5FA 1GVTA 4Y43A 2IS0A 5P1YA 5P4SA 1ZSRA 1GVWA 3KM4A 4K4QA 2QD8A 5P24A 3GGXA 4DJYA 2JXRA 4Y38A 2P3DA 5P25A 2AZCA 4GB2A 5P2CA 4B1DA 3D20A 3B7VA 4RROA 1EEDP 2QI6A 3QVCA 1PFZA 2NMZA 3OXVA 4A6CA 5P49A 4Y3ZA 3Q6YA 2ER0E 2QP8A 5P2EA 2V11C 2Q54A 5FIVA 3T3CA 1QBSA 3SQFA 5P1HA 4DQEA 4ACUA 3ER5E 1QBRA 2OHKA 5P2VA 5P5JA 4R93A 4M8YA 2NXMA 2QZKA 1B6MA 5P7FA 4DH6A 2QHCA 4EQ0A 2P3BB 3L58A 4RCEA 2BKSA 5COPA 2NTRA 5P5HA 1QBTA 5P02A 4EJKA 3INFA 4Y5AA 2VJ6A 2ZJKA 5F01A 4Y45A 1YTGA 3OU4A 3BUHA 4Q1WA 2F81A 5P1GA 3UQRA 1D4LA 4X2LA 1GNNA 5P67A 1SGZA 1AAQA 5P3GA 1KZKA 1EBYA 2ZJHA 4B78A 4RZ1A 1XL5A 3TLHA 1XS7D 2ZHRA 4S1GA 5COOA 2AVQA 3EKTA 5P29A 2OHLA 5P6ZA 5P1UA 1YTHA 3D3TA 2PSUA 5AHAA 4BEKA 4I0DA 3VV7A 1PPLE 5P6TA 2G24A 3ZKNA 5P1XA 5OZYA 5P2XA 5DGWA 1F34A 5P0OA 2FGUA 1C6YA 5P32A 4RCDA 1FQ4A 3WSJA 4Y35A 5HD0A 4B0QA 5P69A 3OGPA 3TKGA 3O9HA 5P5CA 4BFDA 4DPFA 3SA9A 3EL4A 1W5YA 3EMYA 1D4HA 4J5JA 4YD5A 5P4HA 1BDQA 1D4IA 4U7QA 3QN8A 5P44A 4YHQA 3HW1A 4RLDA 4PZWA 2NPHA 4HDFA 2FNTA 4I0HA 5P0FA 3EL9A 2QD6A 5P08A 2HB3A 1BWBA 5P5RA 2I4DA 1RPIA 2ZHTA 1SDUA 5DR1A 3EKWA 2HIZA 1IIQA 4I0ZA 1IDBA 5P0IA 1GKTA 4NKKA 7UPJA 1VIJA 5E5KA 5P09A 2BPXA 5P8GA 5P2RA 1E5OE 1FFIC 2ZDZA 3CKTA 3IGBA 4D88A 3QI1A 4B70A 1XL2A 2IGXA 1HXWA 4LXMA 1HRNA 5P79A 5P8SA 3PWWA 5HCTA 5P1MA 4YD7A 3QAAA 5T4SA 5P3SA 5HE7A 5KR0A 1AJXA 3OADB 2VA6A 1FIVA 2G94A 4HZTA 4Z22A 4CP7A 1NPVA 1HVJA 1XE6A 4I11A 3S7LA 4YBIA 8HVPA 5P5XA 5AGZA 1MT9A 3RTMA 3UTLA 4RGHA 4I10A 1G2KA 4FE6A 5I3VA 1HOSA 2V10C 3L5EA 3SA8A 3UDPA 4HEGA 5P31A 5P3CA 5P7IA 3VYEA 5OYQA 4LHHA 4LXKA 5P5MA 5P0HA 1F7AA 2QMPA 4IVTA 4GMIA 5P2MA 1NH0A 1LYBB 3CYWA 5P6XA 5P6CA 4FRSA 1B6LA 1NSOA 1TSUA 4JPEA 1HIHA 2BKTA 3OU1A 4FIVA 3KT2A 5P5LA 5P5BA 1YM2A 3K4VA 5P75A 3T7PA 5P46A 2CENA 4DQFA 5P12A 3NDXA 5OZCA 4J0ZA 2I1AA 2AVVA 4APEA 1QBUA 5P78A 4LAPA 2OAHA 5DPZA 2QK5A 5P7UA 3VSXA 6APRE 2XFKA 2AZ9A 5P3RA 2NXDA 2G1YA 3LPKA 4I0JA 1HIIA 3NXNA 2IGYA 3VEUA 5J25A 3G72A 5P4CA 3S2OA 2AOEA 5C9BA 3PI5A 3S45A 2BBBA 5P1AA 5KR2A 4HA5A 3GGAA 4RYGA 5P20A 5P51A 3FIVA 5P33A 3L3AA 5P42A 4EPJA 2FNSA 4Y5EA 3PMUA 4L6BA 1QS8A 3LPIA 3CYXA 1LV1A 1LYBA 1DP5A 5P87A 1ZSFA 2HM1A 4EYRA 4Y4UA 4FSEA 3KN0A 5IVQA 5P45A 5DQ2A 3EKYA 3NXEA 2FS4A 4CMSA 2R8NA 1C6XA 5P5ZA 4Y3GA 5P8QA 5P6OA 2FDEA 2FIVA 5OYVA 5P7NA 1MESA 5P2DA 2OHNA 1PSNA 5P48A 5OZGA 3GI0A 4JPCA 4TVGA 5DQ4A 1IZEA 1FGCC 5HE5A 2AOIA 1T3RA 5P66A 1K6PA 5P8FA 3LINA 3QBHA 5P7QA 3UDJA 2JJIA 1EPQE 1UH8A 4GJ5A 4NPTA 5ENKA 3G6ZA 2QI3A 5P81A 5P2JA 3VSWA 1GNMA 2FDPA 5P38A 5BWYA 5P1WA 1D4JA 3CKRA 1M0BA 5HDUA 4J1CA 1OHRA 4COEA 1AIDA 5P1PA 4FRJA 1LS5A 2PK6A 4Y3FA 1RL8A 5P6EA 1FQXA 3INEA 5ISKA 3GI6A 5P61A 3HD8A 4Y4AA 5OZSA 5P8OA 1ZJ7A 5P52A 2WECA 4JOOA 4XXSA 4LXAA 5DR8A 3LPJA 3ZMGA 1U8GA 4NJUA 5P05A 2Q3KA 2R5QA 5P3HA 3TOHA 3S54A 1TCXA 3DK1A 5DR0A 5P3ZA 5P4PA 5P6BA 3OXCA 5P83A 4EP3A 5P7MA 1GNOA 5P65A 4RVIA 2O4PA 3VV8A 5P8PA 1SIVA 4D89A 5P5YA 3QROA 4RYCA 1AZ5A 3BHEA 3EBZA 3N4LA 4J1IA 5P6UA 2QHZA 3HLOA 1HSIA 1KJFA 2FLEA 4CPXA 3HVPA 2QMDA 4WY6A 3JVYA 3DV5A 2RKGA 5P03A 3KDDA 4CPWA 5P1ZA 3EL5A 3GI4A 2AODA 2ZGAA 3PB5A 1SMRA 1FFFC 5OZ0A 5P4FA 3VV6A 5P1EA 2A1EA 5HDZA 1PPKE 5P23A 4Y3MA 5AH8A 3OTSA 2QMGA 5P63A 2HPEA 3BXRA 2UPJA 3NSHA 5P80A 3BUFA 5P0GA 3WB5A 3TTPA 1HVLA 4Y36A 4HVPA 5I70A 3VF5A 5DR4A 5P70A 1BDRA 4K9HA 5CLMA 3L59A 2ZJNA 4ZIPA 2IEOA 3ZKIA 3PSGA 2V16C 4GJDA 1CPIA 3QRMA 5P77A 2IRZA 3U71A 2FXDA 3PLLA 4M8XA 5P64A 4Y4BA 1HXBA 2OHRA 4NJVA 2PH8A 3RTNA 4H3GA 5P5TA 5P2QA 5P53A 5P2IA 1APTE 2ZJLA 4ZLSA 5P7JA 2FGVA 4Y5NA 3NU4A 5P43A 3EL1A 5P72A 1MRWA 4Z2ZA 4DJUA 3UDYA 1NPWA 3R1GB 5OZWA 2ANLA 1APVE 5P01A 4LBTA 5DR3A 3DCRA 4R95A 3UFNA 3PVKA 2G26A 4YD6A 4YD3A 5P2ZA 9HVPA 3WZ6A 1TW7A 3VYDA 1ODXA 5P0QA 1HBVA 2BPVA 5KR8A 4J0VA 1TQFA 5P1QA 3I7EA 5P27A 3WZ8A 1BV7A 1HVIA 1AVFA 3FX5A 1W6HA 5P8MA 1SDTA 3SA3A 5C9DA 1EBZA 3NUJA 5P7SA 5P3IA 5P6FA 5P0NA 1MUIA 2G69A 4CKUA 5P1SA 1HVSA 2PH6A 3OU4B 1T7KA 5P16A 4EJ8A 5OZFA 5P8HA 4J54A 4DJWA 5P7XA 1TCWA 1EC3A 3DM6A 4I0IA 2B8LA 3BGBA 1HSGA 1K1TA 4DUSA 4H3FA 5OZPA 1EC2A 1RQ9A 3HDKA 5IVRA 4Y5GA 5P4VA 4DJQA 2O4SA 5JG1A 2VIYA 4Z50A 5P8EA 5P07A 1MTBA 1KJGA 5P2SA 2J9KA 3DV1A 2CEMA 2QNPA 3DUYA 3PBZA 5OZ1A 5P4QA 4Y3JA 4KB9A 5P8DA 4KUPA 2OHTA 4OBHA 3ZKGA 1MT8A 2VKMA 5IVSA 3M9FA 1FQ5A 2QAKA 5P7VA 4Y3NA 3CIBA 3DOXA 4Y4WA 3D1ZA 4YCKA 3UPJA 3VLAA 5HTZA 5KQXA 2NNKA 1HTRB 3NU3A 5P7CA 3QPJA 4R91A 3PLDA 4MC9A 2A4FA 3KDCA 3S8IA 1T7IA 4Y3HA 4DQHA 1HPXA 5P0PA 1T6EX 4Y3SA 1LF3A 5OZ3A 1LF4A 5P36A 2PWRA 3VFAA 3NU5A 5P2NA 5P3FA 1EBKC 1OD1A 1FF0C 3L5DA 4OC6B 3O9EA 2O40A 1M4HA 4FRKA 3PM4A 1HHPA 2NMYA 3UQWA 1K1UA 1HEFE 4ZSRA 3IAWA 1DMPA 1IBQA 3F9QA 2QNNA 4ZPFA 5OZMA 4QJ7A 2OHSA 4OBGA 4Y57A 5OYRA 2AOJA 3ST5A 5P3YA 1HPOA 2Q63A 3BRAA 5OZTA 4EWOA 4J0PA 1EC0A 2AQUA 2AOFA 5HCOA 1BDLA 2HC0A 5P1VA 3LIVA 3L5CA 4Y5LA 1VIKA 4A4QA 1FQ8A 5P82A 3D1XA 3INDA 4K8SA 5P6SA 5P6WA 2BPZA 5P5QA 2I4VA 1EC1A 5P4IA 3TOGA 3UFLA 1B6PA 4IVSA 4HLAA 2ZJJA 5OZNA 3TNEA 5P7YA 5APRE 3OU1B 5P5DA 4OC6A 3OXXA 2R3WA 2NNPA 3PI0A 3PWMA 2VJ7A 3D91A 4QJ8A 3JVWA 5P3UA 4I0GA 5P2UA 2VIJA 4GJAA 1YT9A 2Q55A 3SA7A 5P6QA 2B7FA 3SO9A 5P28A 3SKFA 4DVFA 1OEWA 3EM3A 3DCKA 3OQKA 3VLBA 3ZLQA 1D4KA 2WJOA 1G6LA 4Y3WA 5P6PA 5OZDA 1BVEA 3UQXA 4YBFA 3O9IA 5P7DA 1C6ZA 1WBKA 4B1CA 4QJ9A 5P68A 3LHGA 4QGIA 1ZPKA 3SM2A 5P3TA 4HDBA 2B7ZA 5P1JA 3R0YA 3UDQA 4LL3A 3K4VC 1MPPA 3KMYA 1K2CA 3QVIA 2VNMA 1OEXA 3SACA 4DQBA 3ZOVA 1Z1RA 5KQYA 5OZBA 3UDNA 2O4NA 4Y39A 5P13A 3MSKA 2I4UA 2AOHA 5OYYA 5OZRA 2WEBA 4J0YA 5P5KA 3KDBA 4OBJA 3NUOA 4Y5MA 2PYNA 5CONA 1HVCA 2G27A 5P47A 3UDHA 4H1EA 1GVXA 2UY0A 2QMFA 3SA5A 1B5FB 1J71A 2G22A 1A8GA 1YTIA 5P0WA 1TZSA 2VIEA 5OZIA 5P76A 4XX3A 5P35A 3JW2A 5P0CA 4Y5KA 2B8VA 3ZPTA 1UPJA 3PHVA 5OZ4A 3BGCA 5P7GA 2IKOA 5P3EA 4Y47A 4PZXA 2BJUA 3PEPA 4DQGA 1IZIA 4MC6A 5F00A 2R38A 5P3WA 5P6MA 5P4UA 4DJXA 1GVUA 5IS4A 3QIHA 2WEZA 4CPTA 1MT7A 3FNUA 3T11A 2AVSA 1EBWA 2P4JA 5P58A 3HAUA 4WTUA 5P0MA 4YE3A 3O9GA 1ZP8A 2AOGA 1APWE 3OOZA 5P0ZA 1HSHA 2Q5KA 4Y3DA 5P6VA 4RVXA 3KA2A 4Y4JA 4Y9WA 5P6HA 2RSPA 1LYAB 3LIQA 5P55A 5OYSA 3C9XA 1ZAPA 4DJRA 4ER4E 5HE4A 3S85A 5P7HA 4LP9A 1B5FA 1A9MA 5P0XA 4F76A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4E A;  5ER1 E;  3LZV A;  1BVG A;  3TL9 A;  4JEC A;  4L1A B;  2PQZ A;  3EKV A;  2IQG A;  5P8V A;  3R4B A;  1YM4 A;  2ZHV A;  1FMU A;  1BXO A;  3ZKM A;  4FM7 A;  4QLH A;  4AUC A;  3HBO A;  3KFP A;  2QCI A;  1ER8 E;  2OHP A;  2AVO A;  2QI0 A;  3TPR A;  2R5P A;  1MVP A;  1BWA A;  5P1L A;  5P0Y A;  3VG1 A;  3TH9 A;  1HIV A;  1RV7 A;  2VA5 A;  4GJC A;  5OYT A;  5P2F A;  2IEN A;  4OD9 B;  6UPJ A;  4K4R A;  4I8W A;  2IL2 A;  4TVH A;  2F80 A;  4Y56 A;  5P2L A;  5P5O A;  4GJB A;  1DIF A;  5P8J A;  3Q70 A;  2CEJ A;  5P0S A;  2VIZ A;  4APR E;  5P6D A;  4BFB A;  3IN3 A;  3KT5 A;  1HVH A;  3L5B A;  5P1O A;  3SLZ A;  4Y3T A;  5P0D A;  4DQC A;  1M43 A;  5P3O A;  3OHF A;  4EQJ A;  4U7V A;  1IZH A;  5P18 A;  5P6K A;  4EHC A;  2HPF A;  5P4Y A;  3NDU A;  1BAI A;  5DGU A;  3SAB A;  3LNK A;  5P34 A;  2WHH A;  4BEL A;  5P4N A;  3LIZ A;  2ER7 E;  5P3M A;  2PYM A;  3MSJ A;  3URI A;  3FV3 A;  1FQ6 A;  3SPK A;  3QS1 A;  3K5G A;  5P2G A;  5P54 A;  5P57 A;  5P8K A;  1LEE A;  3SM1 A;  4Y48 A;  4AMT A;  1BIM A;  2QZX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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