2AZ8A

Hiv-1 protease nl4-3 in complex with inhibitor, tl-3
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Structural Insights into the Mechanisms of Drug Resistance in HIV-1 Protease NL4-3
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2az8A00
2ZHSA 5KQFA 5OZDA 1AM5A 1N49A 1YTGA 3PSUA 4JPEA 4I1CA 5P80A 1G6LA 1PPKE 5OZTA 3M9FA 3DV5A 3PWMA 3L58A 1MERA 1YM2A 4ER4E 1HVJA 1BXQA 5P1YA 4Z50A 5P4JA 3QAAA 1APTE 1SP5A 4Y53A 4M8YA 2BB9A 5P3FA 4Y50A 3OQKA 1BAIA 5IVQA 1SDTA 6UPJA 5C9DA 5P1QA 3SM2A 3OHFA 3G70A 3O9LA 5OZUA 5P01A 2IEOA 3EKTA 5P2EA 3Q5HA 1VIKA 3HBOA 3OHHA 5P5OA 2QU2A 4Y4BA 5P4GA 3HLOA 5DQ5A 3NLSA 4B72A 5P6NA 2A4FA 1PSNA 5P8GA 3FNTA 5EZXA 4RRSA 3LZYA 1WKRA 2ZJMA 3GI4A 3FIVA 3ZOVA 3EM4A 1EPPE 5P1CA 5P5RA 3H0BA 5COOA 1MPPA 4I0EA 3UQXA 1SGUA 1G0VA 3QP0A 5P8JA 3TPJA 3IN3A 1LYAA 3DV1A 4Q5MA 4LP9A 3NUOA 5OZOA 4FAFA 4Y47A 1LYWA 5P8KA 3OAGA 3OUDA 3VF7A 5P6VA 4DQHA 5P13A 3BUFA 3QVIA 5P1BA 5P11A 4D89A 4Y4TA 3ZPTA 3IA9A 4KE0A 3RTMA 4HVPA 2AVQA 2IL2A 2UY0A 4RVJA 3PBDA 3VV8A 4R93A 4F74A 4CMSA 5P7RA 4DV9A 5P4FA 1ME6A 2PSUA 3S54A 2WF3A 5P34A 5P6BA 5P0OA 2G26A 3PMUA 2H6TA 4Y3PA 5P0CA 1W5VA 2QI1A 2V13A 5OZ0A 5P0IA 2F3FA 3CKRA 5P7AA 4J1FA 3VV7A 1FFFC 4J1HA 2JJJA 1FQ7A 5P5SA 1G2KA 4YCTA 4WY6A 5SXNA 3PVKA 5P33A 5OZ8A 2PYMA 3IVIA 4A6CA 5E5JA 1A94A 4I0IA 1FLHA 1EEDP 3LIZA 4Y45A 3OQAA 4Y5LA 5DR7A 1HPOA 3OU3A 5I3XA 3TKWA 5P12A 2ZE1A 3R4BA 5IE1A 4ZSMA 3EBZA 3APPA 1FMXA 5P5WA 1RV7A 4IVSA 5P86A 5P5VA 7HVPA 5P0PA 5P2DA 5CLMA 1HSIA 4H1EA 5P3ZA 2QMDA 3FKTA 5P5HA 2I1AA 4ZE6A 2WF1A 1GNNA 4AA8A 5COKA 2JE4A 2ER7E 2O4SA 4LAPA 1ZLFA 5HTZA 2AOGA 3O9DA 4HLAA 1RQ9A 5P4EA 4S1GA 4Y48A 2WEAA 2XYEA 5HE7A 2APRA 1B5FB 4B05A 5P8UA 2G1NA 3VEUA 1BILA 5P10A 3S8IA 4J54A 4QJ7A 5OZHA 3KT5A 2I4XA 3QBFA 1K1UA 5P4BA 2O4LA 5P07A 4MC2A 3LZSA 4ER1E 3OUDB 3INHA 4JP9A 2QI6A 4H3JA 5P27A 5APRE 4L1AA 1HEGE 2IENA 3Q4BA 4WTUA 3ZKXA 5P7PA 1APVE 4Y5AA 1QS8A 2HAHA 4GJ8A 5P74A 5P5JA 4UPJA 5I3VA 4H3FA 2WEZA 3B7VA 5P62A 1IVPA 1MT9A 5P0GA 4B00A 3DJKA 1MT7A 1LZQA 2PMAA 5P26A 5P35A 1B11A 1NH0A 4DJPA 1ODWA 5P8NA 3DCKA 2JYSA 4E43A 4J0PA 3PSYA 2F8GA 2OHSA 2QZXA 4YOAA 5P3XA 5B18A 3ZKMA 2QAKA 5P5EA 5P7GA 5P3MA 1TCWA 1QBUA 3ZLQA 2O4NA 5P2NA 3EMYA 5P7EA 4FSLA 3U71A 4NPTA 2ANLA 2G22A 2WEDA 4AUCA 5J25A 2PSGA 3T11A 3O9HA 3KFPA 4I8WA 5OZSA 1BIMA 4Y3FA 5F01A 2I4WA 1FGCC 3UQUA 3UDKA 5P29A 2QI5A 5P8MA 1BDQA 2G21A 5P8LA 1HRNA 2QCIA 2RKFA 3UDHA 5P2IA 2ZHUA 5OZAA 5P1VA 3EKQA 4Y5BA 3UFNA 4Y3DA 2OAHA 3D3TA 4YA8A 5P2ZA 1GVXA 1XDHA 3PJ6A 3ER5E 5P59A 4L7HA 2V00A 3O9BA 5JODA 3PLLA 4Y3LA 4Y35A 1Z1RA 5OZMA 3WZ7A 2ZJHA 4HDFA 1AJXA 3VV6A 2QZKA 4BEKA 5P2WA 4HEGA 1FQ8A 4RCFA 5OZQA 2NMZA 2P8HA 4TVGA 3RU1A 4FRJA 5JFPA 3S85A 3OWNA 4N00A 4EXHA 3HZCA 3D1YA 5P0QA 5P5IA 3TL9A 5OZ3A 1CMSA 1MESA 3UTLA 2R3WA 3WZ6A 1MIQA 1XL2A 2G27A 5IVTA 1B6PA 1GVUA 5P4TA 2F81A 2RSPA 4GB2A 1KJFA 5P1WA 2VJ9A 3UCBA 1C6XA 2HB4A 1HHPA 5P7JA 4Y3NA 3I2LA 2VA6A 2ZJKA 2WJOA 4L7GA 3T6IA 4OBHA 1TSUA 5P57A 2I4DA 4Y37A 3BUHA 5OYUA 5KOQA 5OZNA 1D4IA 3TOFA 2Z4OA 4K4QA 3HD8A 4PEPA 3JW2A 4RGHA 5OZGA 3UQRA 2MIPA 4CPRA 1BBSA 3I6OA 3HAWA 5P2LA 3OU4A 3TTPA 2IQGA 1K2BA 1ZPKA 4TRWA 2VIJA 3BUGA 3S43B 3VUCA 3TKGA 1YTHA 2PQZA 3SA3A 1QDMA 4Y3YA 1IIQA 3T3CA 2FNSA 2OHPA 3SA9A 1RL8A 2RENA 3O99A 3L5DA 5P75A 1IZDA 1T6GA 2WKZA 2ZJJA 3FSMA 1APUE 5ENMA 3PHVA 2PYNA 1HOSA 5P3RA 8HVPA 2J9JA 2NTRA 4DQEA 1MSMA 4APEA 3SKGA 3DCRA 5P09A 3PMYA 4APRE 5P3YA 1HVLA 1MTRA 5P6OA 4DQCA 4LXAA 4CKUA 3SO9A 5HU1A 3KMYA 5P7OA 4X7IA 1K6VA 2PK5A 1PPME 5P30A 4U7VA 5P15A 1DIFA 5P0SA 4ZSPA 5ISKA 3CICA 1AIDA 1RPIA 5IS4A 3O9EA 9HVPA 4YHQA 4ZPGA 5P8QA 1Q9PA 4XX4A 2F3KA 4K4PA 2B8VA 3EKPA 1HXWA 3ZL7A 5P56A 3PEPA 3UPJA 5P8SA 2IDWA 2AOIA 4B77A 5P6GA 4I0DA 2Q54A 3SQFA 1NPAA 4Y3JA 4OBKA 5P6HA 2P3AA 5KOSA 5P41A 3S56A 5AHAA 5P7QA 5P1AA 5P2MA 5P2AA 2AOJA 3ECGA 3I25A 4DQBA 1UH9A 3G6ZA 2I0AA 2IKUA 5P5QA 1D4YA 3BC4A 2BBBA 2AVVA 4M8XA 5T4SA 4DQGA 4ZIPA 2R43A 3OADA 3T7XA 1F34A 2BPWA 4Y4GA 3LPIA 5OZXA 2AZ9A 2F80A 3Q3TA 4GJDA 3O9CA 3NDUA 4Y3RA 1KZKA 2ZGAA 3BGCA 3SLZA 5P6WA 3LNKA 2G20A 2QZLA 1K6TA 5P3QA 3PWWA 1IZEA 3D91A 4Z2ZA 2J9KA 5P4QA 5P7NA 3JVYA 2QP8A 2VIZA 3FV3A 2WL0A 4RYCA 5P5BA 1EAGA 5P5ZA 3RTNA 3OQDA 5P1NA 5OYZA 5P7IA 5OYSA 4Y4WA 4R5NA 2QI4A 1SIVA 5P24A 3IVHA 4I10A 3QRVA 1TQFA 2QMPA 4Y3QA 5P6DA 2HS2A 5P89A 3GGXA 5P3OA 2V11C 2G1SA 4OC6B 5P18A 5P0ZA 4YD3A 2G94A 5P4AA 5IVSA 3CYXA 5P1LA 5PEPA 3UHLA 3R2FA 5P65A 4AA9A 1GKTA 1BVGA 3EL0A 2XFIA 3GI0A 4RZ1A 5P2UA 3WSJA 3VSWA 5P3WA 1E81E 3AIDA 2HC0A 3UDYA 5EZZA 5P5AA 1IDAA 1FG6C 5HCOA 5P8HA 5P66A 4EHCA 5P3JA 5P52A 2A1EA 2I4QA 3QN8A 3EXOA 3O9GA 4XXSA 5FIVA 4EQJA 3N3IA 5AHCA 5BRYA 4PHVA 4CPUA 5P3SA 4FCOA 2HS1A 4Y3ZA 2AVOA 1ZP8A 5OZ1A 3PWRA 3BXSA 2VIYA 3EKVA 2BKTA 1SMEA 2FDDA 5P1FA 2WF4A 4FM6A 3QRMA 2G1OA 4KE1A 4YDGA 3ZKNA 5P40A 3OXWA 4B1EA 1BWBA 1HVCA 3F9QA 1EC3A 4OBJA 5P1OA 4K8SA 3UDPA 5P1KA 1IBQA 4EP3A 3APRE 2P4JA 3KT2A 3FNSA 2QU3A 1DP5A 4MC9A 5P1DA 1GNOA 3VLBA 3LIXA 2WF0A 3UDMA 2F3EA 2V16C 1PSAA 1DAZC 5P4WA 5P7FA 4Y44A 4BELA 2B60A 1SDVA 4LL3A 3SACA 4FE6A 3MSJA 5P8CA 5HE5A 1HIHA 2QHYA 5P22A 5P0DA 1DW6C 4B0QA 2FXEA 2FLEA 3BXRA 4J0TA 2FDPA 6APRE 4DUSA 4J1KA 5P7KA 2AOCA 4PZXA 2Q11A 4D8CA 5P0LA 5P6PA 4AZYA 2EWYA 4Y58A 3O9LB 5OYWA 4OBZA 4NPUA 4R95A 3ST5A 2Q64A 1DMPA 5OZYA 5OZLA 5P84A 2BPZA 1LF4A 4ER2E 5OZJA 5AHBA 4CPTA 2I0DA 4DH6A 1XS7D 3UDQA 1EPQE 5P31A 1KJ4A 2NNKA 5OYYA 2OHKA 3CYWA 5P2FA 4HA5A 2NXMA 2RMPA 1IZIA 1ZAPA 2ZJNA 5P5KA 5P6FA 2WECA 2P3DA 4RCEA 4J0YA 5P0UA 5JFUA 5DR0A 2OHMA 2R9BA 1MTBA 1YTIA 4Y5GA 1CZIE 4JPCA 3RTHA 2G24A 5OZCA 4F75A 2QI7A 1IVQA 5P4CA 1LYAB 5OZ9A 2R38A 1T7IA 1UH8A 1A8GA 3LPKA 3URLA 4FLGA 1LYWB 5P7VA 4PPHA 3U6AA 4EYRA 1XL5A 3OAGB 5P4RA 2O4PA 4DVFA 5P1XA 3L38A 2BPYA 2ZYEA 1QBTA 5P5TA 4ZLSA 5P8BA 4JECA 2V12C 4X2LA 5P17A 4ACUA 4DQFA 1HVSA 4DJVA 5P85A 3TLHA 1E80E 5DQ4A 1EPNE 3BVAA 3TPLA 4Y39A 4KUPA 5OZ6A 5P8EA 4DPFA 5KR8A 5I3YA 5P6TA 4LXKA 3TPRA 2IKOA 3Q6YA 4J0ZA 5UPJA 2VNMA 1FQ5A 3NU9A 4Y5CA 4Y5KA 5P5FA 5P0JA 3SA6A 4YBFA 1ER8E 4I0JA 3VYDA 2PC0A 4RVXA 4YOBA 3OUCA 6FIVA 5HVPA 5P6RA 2VKMA 2FMBA 4Y54A 1FQ6A 1LS5A 2ZJIA 1XN2A 1HIVA 2AVMA 4QJ6A 4U8WA 4GJ7A 3OOZA 1AZ5A 1EBYA 3O9FA 3O9IA 2QZWA 5P06A 3FX5A 1EPOE 3NSHA 5P6CA 1EPME 2HB3A 5OZ5A 5P3TA 5OZ7A 1HVRA 1NPWA 4Q1WA 5P2SA 1T6EX 4NJUA 4D88A 3OTYA 4GMIA 1D4LA 3OGPA 5P0NA 1M43A 2G69A 4Y3AA 5P79A 1HVHA 3BGBA 3NR6A 3OU1A 2OHLA 3QIHA 4XX3A 4PZWA 1GNMA 3RSVA 5P78A 3L5CA 2O40A 3L5FA 1DPJA 2AODA 1FFIC 4RROA 4YE3A 1HBVA 3K5DA 2VA7A 4DJOA 5OZWA 4L1AB 5P4ZA 5P3BA 1K6PA 1HPXA 4Y3SA 4Q1XA 1EBKC 3TNEA 3UDNA 5P8DA 5P1JA 5P3CA 1MEUA 2BQVA 1FKNA 3NWQA 5P08A 5P39A 5P0EA 5P4YA 5P8IA 2IGYA 5P2QA 2OF0A 2OHRA 5OZPA 5P0HA 3TOGA 3DUYA 5DPZA 3PRSA 2VJ6A 2AOHA 4GJCA 2Q15A 3GW5A 3VF5A 2AQUA 4NJTA 2QNQA 1HVIA 1LF3A 5P46A 5P43A 5P05A 3A2OA 1BXOA 5HCTA 4I8ZA 3LIVA 5P82A 3G72A 5P3DA 4CPSA 3VCMA 2AVSA 3U7SA 1HIIA 3D20A 4QJ2A 4I0GA 5P45A 4AMTA 2QD7A 2R3TA 1APWE 1JLDA 5OZFA 5P60A 5P1TA 5P6KA 2V10C 1VIJA 3S45A 4TRYA 2QD8A 3S2OA 5P1GA 3GI6A 4EP2A 4I12A 2R8NA 1KJGA 2Q55A 4FAEA 2P3BA 1T7JA 1YT9A 3QI1A 5P4IA 1C70A 5BS4A 3CIBA 4PYVA 1W51A 3QROA 2NXLA 3INFA 4EJKA 5P5DA 3KFSA 2HIZA 4GYEA 4GZFA 5C9FA 3KA2A 5P2OA 2VIEA 5KAOA 5P0BA 1YTJA 3K4VC 3LITA 5ER1E 4GJ9A 4Q1NA 2I4VA 3JVWA 5P0MA 1WBKA 5P2HA 3GGVA 2FNTA 5P7YA 1IZHA 1YX9A 3UQWA 2OHTA 5P19A 3EKXA 1LYBA 1B6JA 3QRSA 5P7SA 5OZEA 4ACXA 1HPVA 1Z1HA 4EPJA 3L5EA 1EC2A 4I11A 4U7QA 4TVHA 5OZ2A 3Q70A 4EQ0A 1HPSA 1OEXA 4F76A 1K6CA 3IXOA 5P7HA 1MT8A 4Y4ZA 1FB7A 2OHUA 3EL4A 5P1ZA 1YG9A 3MXEA 3KFNA 4Y56A 4Y5MA 1EC1A 3QS1A 5SY2A 3OK9A 5P87A 1PPLE 4DJXA 5I70A 4WY1A 2VNNA 5OYVA 2XFKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZHS A;  5KQF A;  5OZD A;  1AM5 A;  1N49 A;  1YTG A;  3PSU A;  4JPE A;  4I1C A;  5P80 A;  1G6L A;  1PPK E;  5OZT A;  3M9F A;  3DV5 A;  3PWM A;  3L58 A;  1MER A;  1YM2 A;  4ER4 E;  1HVJ A;  1BXQ A;  5P1Y A;  4Z50 A;  5P4J A;  3QAA A;  1APT E;  1SP5 A;  4Y53 A;  4M8Y A;  2BB9 A;  5P3F A;  4Y50 A;  3OQK A;  1BAI A;  5IVQ A;  1SDT A;  6UPJ A;  5C9D A;  5P1Q A;  3SM2 A;  3OHF A;  3G70 A;  3O9L A;  5OZU A;  5P01 A;  2IEO A;  3EKT A;  5P2E A;  3Q5H A;  1VIK A;  3HBO A;  3OHH A;  5P5O A;  2QU2 A;  4Y4B A;  5P4G A;  3HLO A;  5DQ5 A;  3NLS A;  4B72 A;  5P6N A;  2A4F A;  1PSN A;  5P8G A;  3FNT A;  5EZX A;  4RRS A;  3LZY A;  1WKR A;  2ZJM A;  3GI4 A;  3FIV A;  3ZOV A;  3EM4 A;  1EPP E;  5P1C A;  5P5R A;  3H0B A;  5COO A;  1MPP A;  4I0E A;  3UQX A;  1SGU A;  1G0V A;  3QP0 A;  5P8J A;  3TPJ A;  3IN3 A;  1LYA A;  3DV1 A;  4Q5M A;  4LP9 A;  3NUO A;  5OZO A;  4FAF A;  4Y47 A;  1LYW A;  5P8K A;  3OAG A;  3OUD A;  3VF7 A;  5P6V A;  4DQH A;  5P13 A;  3BUF A;  3QVI A;  5P1B A;  5P11 A;  4D89 A;  4Y4T A;  3ZPT A; 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 2APR A;  1B5F B;  4B05 A;  5P8U A;  2G1N A;  3VEU A;  1BIL A;  5P10 A;  3S8I A;  4J54 A;  4QJ7 A;  5OZH A;  3KT5 A;  2I4X A;  3QBF A;  1K1U A;  5P4B A;  2O4L A;  5P07 A;  4MC2 A;  3LZS A;  4ER1 E;  3OUD B;  3INH A;  4JP9 A;  2QI6 A;  4H3J A;  5P27 A;  5APR E;  4L1A A;  1HEG E;  2IEN A;  3Q4B A;  4WTU A;  3ZKX A;  5P7P A;  1APV E;  4Y5A A;  1QS8 A;  2HAH A;  4GJ8 A;  5P74 A;  5P5J A;  4UPJ A;  5I3V A;  4H3F A;  2WEZ A;  3B7V A;  5P62 A;  1IVP A;  1MT9 A;  5P0G A;  4B00 A;  3DJK A;  1MT7 A;  1LZQ A;  2PMA A;  5P26 A;  5P35 A;  1B11 A;  1NH0 A;  4DJP A;  1ODW A;  5P8N A;  3DCK A;  2JYS A;  4E43 A;  4J0P A;  3PSY A;  2F8G A;  2OHS A;  2QZX A;  4YOA A;  5P3X A;  5B18 A;  3ZKM A;  2QAK A;  5P5E A;  5P7G A;  5P3M A;  1TCW A;  1QBU A;  3ZLQ A;  2O4N A;  5P2N A;  3EMY A;  5P7E A;  4FSL A;  3U71 A;  4NPT A;  2ANL A;  2G22 A;  2WED A;  4AUC A;  5J25 A;  2PSG A;  3T11 A;  3O9H A;  3KFP A;  4I8W A;  5OZS A;  1BIM A;  4Y3F A;  5F01 A;  2I4W A;  1FGC C;  3UQU A;  3UDK A;  5P29 A;  2QI5 A;  5P8M A;  1BDQ A; 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 3I6O A;  3HAW A;  5P2L A;  3OU4 A;  3TTP A;  2IQG A;  1K2B A;  1ZPK A;  4TRW A;  2VIJ A;  3BUG A;  3S43 B;  3VUC A;  3TKG A;  1YTH A;  2PQZ A;  3SA3 A;  1QDM A;  4Y3Y A;  1IIQ A;  3T3C A;  2FNS A;  2OHP A;  3SA9 A;  1RL8 A;  2REN A;  3O99 A;  3L5D A;  5P75 A;  1IZD A;  1T6G A;  2WKZ A;  2ZJJ A;  3FSM A;  1APU E;  5ENM A;  3PHV A;  2PYN A;  1HOS A;  5P3R A;  8HVP A;  2J9J A;  2NTR A;  4DQE A;  1MSM A;  4APE A;  3SKG A;  3DCR A;  5P09 A;  3PMY A;  4APR E;  5P3Y A;  1HVL A;  1MTR A;  5P6O A;  4DQC A;  4LXA A;  4CKU A;  3SO9 A;  5HU1 A;  3KMY A;  5P7O A;  4X7I A;  1K6V A;  2PK5 A;  1PPM E;  5P30 A;  4U7V A;  5P15 A;  1DIF A;  5P0S A;  4ZSP A;  5ISK A;  3CIC A;  1AID A;  1RPI A;  5IS4 A;  3O9E A;  9HVP A;  4YHQ A;  4ZPG A;  5P8Q A;  1Q9P A;  4XX4 A;  2F3K A;  4K4P A;  2B8V A;  3EKP A;  1HXW A;  3ZL7 A;  5P56 A;  3PEP A;  3UPJ A;  5P8S A;  2IDW A;  2AOI A;  4B77 A;  5P6G A;  4I0D A;  2Q54 A;  3SQF A;  1NPA A;  4Y3J A;  4OBK A;  5P6H A;  2P3A A;  5KOS A;  5P41 A;  3S56 A;  5AHA A;  5P7Q A;  5P1A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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