1D4IA

Hiv-1 protease in complex with the inhibitor bea425
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Optimization of P1-P3 groups in symmetric and asymmetric HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1d4iA00
4Y53A 4IVTA 5P8RA 4I10A 4KE1A 1EEDP 5OZ1A 1FQ7A 4EJKA 4AA8A 4EJLA 3INDA 1DPJA 1CMSA 1QBTA 2OHNA 5P5HA 5OYQA 3ZKXA 4Y5LA 5P24A 1B5FB 4F73A 2PMAA 5P00A 4ZSMA 5P2BA 1MTBA 2FLEA 4I0ZA 4ZPFA 1SIVA 5C9DA 3UCBA 2O4SA 5P2QA 1BVEA 1K2BA 2QU2A 2ER7E 4Y3WA 1J71A 1HVJA 3WB5A 1K1UA 4Y5BA 2XFIA 1M0BA 2RKGA 3PSUA 4BFDA 2VS2A 2J9JA 3IXOA 3LITA 3OGPA 2WEDA 4Y4AA 4Z22A 1K6TA 5P62A 2IENA 4B77A 3EM4A 3OWNA 3KFRA 5P7TA 5CLMA 1PPLE 2P83A 3OADB 2QI0A 4EWOA 1LV1A 5P4SA 3ZMGA 3ZKQA 1MPPA 3QN8A 5P6LA 1MRXA 3TOHA 2F3FA 5P1SA 3CKTA 2FXDA 5P0YA 5P3XA 4RLDA 5P6ZA 5OZUA 4FIVA 3RSXA 5P6VA 2IGYA 1ODXA 5P7XA 3MXDA 1LYAA 2BJUA 4J1EA 3OQFA 5P48A 3BXRA 1FGCC 5P60A 1T7JA 3FX5A 4YD4A 5OZEA 5P3RA 3OHFA 5P58A 5P3LA 5P2OA 5P76A 2QMPA 3Q5HA 3BRAA 3VSXA 3PMUA 1ZSRA 4YCYA 1U8GA 3PI5A 2Q3KA 1OEXA 5P66A 5HDZA 4APRE 2VA7A 4PZWA 4Y5GA 2VIYA 3ER5E 2WF2A 3PBDA 4I8ZA 1SBGA 3LIVA 3HW1A 5P4PA 4LC7A 2QI5A 3FNTA 2JXRA 4U8WA 5E5JA 5P0CA 4D89A 1APWE 1OD1A 1G35A 3NU9A 4E43A 1E80E 3UHLA 4I0EA 3OQKA 3PCZA 3QBFA 2IRZA 2QMDA 3ZLQA 3PWMA 2R43A 2ZJKA 5SY2A 5P2VA 5OZ6A 5AHAA 4Z4XA 5P8CA 5APRE 2AOHA 2H6SA 4K4PA 2QZLA 5P5YA 5P5MA 1DIFA 5P0NA 5P6YA 1HXWA 5ISKA 3URIA 3OU4B 5EZZA 1VIJA 5P4LA 2PH6A 4CPQA 3ZKGA 4ZEAA 3LZVA 3B80A 5P1CA 4JOOA 3OOTA 1QBUA 2PSUA 3MSJA 1LZQA 5BWYA 1XE6A 5P4UA 5P44A 5P2TA 4DFGA 5P4WA 2QZXA 5P12A 3IXKA 5P2GA 1W50A 4UPJA 5OZSA 4NKKA 5P1YA 4LXAA 4D85A 5P8LA 1HTEA 4Y5MA 1HSHA 3K5GA 5P4VA 5IVRA 4LL3A 3SAAA 1K1TA 5P4FA 3VV7A 5HE5A 5EZXA 1FQ4A 5OZAA 5P5RA 1EC0A 1HVSA 1IVQA 3ZKIA 1MTRA 3HAUA 5P1JA 5P74A 2QK5A 3SA8A 2AVMA 4OC6A 4Y3LA 4ZIPA 3APPA 4Y3QA 4L6BA 2AOJA 3GI5A 3QS1A 4DJVA 2HPFA 2QHYA 1LS5A 5DR7A 3HZCA 2R38A 5P0FA 1ER8E 4CPTA 1EBKC 4QJ7A 4ACUA 3NYGA 3KDDA 1A8KA 4J1FA 4DVFA 3NXNA 4TRZA 4FRKA 5P1BA 3BGCA 3H0BA 4DQBA 4R93A 3ZPUA 1HBVA 5I70A 2EWYA 3EM6A 1ENTE 1UPJA 4FS4A 4Y6MA 3D20A 1C6YA 4I0GA 3EBZA 3PI0A 2HS1A 3IAWA 3EKYA 4N00A 1W51A 3BXSA 5P54A 1M43A 3PBZA 3KT2A 1T7IA 2NNPA 5P6WA 2NMYA 2PYMA 3HDKA 3EKQA 3KMYA 3U71A 1GVUA 3OK9A 5P7PA 2I4DA 1TSQA 1MEUA 2QZWA 5OYSA 2SAMA 2HB3A 1ZAPA 3VYFA 4ZPGA 3MSLA 1XL5A 2NMZA 2R8NA 4Y3SA 5P7HA 3VLBA 3L5BA 1GVTA 4Q1NA 5ENMA 5P78A 1MT9A 5P37A 1XN2A 1SH9A 4PEPA 4FAEA 3PSGA 2B7ZA 5DQ5A 3K4VA 2JJIA 2ER9E 4CPRA 5HDUA 1HVCA 3OXWA 5F01A 5P33A 5P27A 4ZSPA 4Y3HA 4YD3A 3C9XA 4J5JA 2HB4A 3BHEA 4FCOA 2G1SA 3UDQA 5OZQA 5P8AA 4I0JA 2WEZA 3MSKA 2AVVA 3R2FA 1LF4A 4RCEA 4J0YA 3KN0A 5P0JA 5P3MA 1HHPA 5OZ7A 5P52A 3TH9A 5P6HA 5P70A 4RGHA 1HSIA 1IDAA 5P7WA 4RRSA 2ZJMA 3PLDA 2QNQA 3BUHA 5P0PA 5P8HA 2BPVA 1NSOA 5DGWA 3PSYA 5OYVA 1FIVA 2IS0A 1T6EX 4KE0A 2QI3A 1NPAA 5DR4A 1Z1RA 5P2JA 4YCKA 4RROA 5P6PA 5P3ZA 3QVCA 2O4LA 2ZGAA 1BDRA 3SABA 1LF2A 5P16A 2V16C 5HU1A 4ZLSA 4Q1XA 3OTYA 2VIZA 1HVIA 1ZP8A 3WSJA 1FG8C 5P15A 1EPME 3NU3A 4L1AB 2I4WA 5P4AA 5P7UA 5P73A 4B1EA 5T4SA 9HVPA 3KF0A 1HRNA 5P31A 4H3GA 4MC6A 1UH8A 1HIIA 2QHZA 1EBWA 3TKGA 5P0ZA 4OBJA 1FF0C 4YD6A 3A2OA 2VKMA 5P3YA 3K1WA 4YDGA 4K4QA 4KB9A 1ZBGA 3MWSA 2WECA 1KZKA 4OBHA 1BAIA 1FLHA 3S45A 1E5OE 5P5PA 3LNKA 2QCIA 5P5AA 3KA2A 3PLLA 4ER1E 5P7ZA 3EL5A 5P4BA 4K8SA 5P47A 3CIDA 4ACXA 5J25A 2ER6E 2P3AA 4OD9B 2PWRA 1PSOE 1FB7A 2WF4A 4OBZA 5P5CA 3QIHA 1D4JA 5P7JA 1GVWA 3RTNA 4FAFA 3EKVA 5P88A 4OBKA 3GW5A 2P3CA 1YTJA 2HM1A 1TSUA 5P28A 5P57A 4QJ2A 5P4EA 4YD5A 3UFNA 4YOBA 7HVPA 1F7AA 2QD8A 1YM2A 2Q15A 2V11C 3T7XA 1PPKE 5P67A 1MSNA 1XN3A 2PSGA 3OXVA 5P2LA 2G20A 3TOGA 4RYCA 3I7EA 5TOLA 1B6JA 5P0WA 1BWAA 5F00A 4B00A 3Q70A 2ZHTA 1RQ9A 3GI6A 3O9CA 1EPRE 4I11A 1AZ5A 2QNNA 4FRJA 1ZPKA 2B7FA 1QBRA 4GYEA 2OHPA 5AHCA 4L7JA 3OAGB 4J55A 5P2MA 2I4QA 4PHVA 1D4KA 3FNUA 3L5FA 3URJA 2OAHA 2BQVA 1FMUA 3TL9A 5OZIA 5I3WA 5P3IA 1PSNA 5P29A 5P4JA 4AA9A 3QP0A 3VV8A 3IVIA 3QAAA 4Z2ZA 5P1GA 4D83A 1E82E 3INFA 5ISJA 5P5DA 5P1MA 5I3XA 3LIXA 5IS4A 3FKTA 5P0GA 2P3DA 3SA4A 5P87A 1B11A 5ENKA 4B05A 1DW6C 5P6AA 4Y5EA 1G6LA 2B8VA 3R4BA 2V13A 5OZXA 1MIQA 3IA9A 1NH0A 2R3WA 4Y37A 4HDPA 3L5EA 1ZLFA 5P3FA 1EC3A 3TLHA 5P69A 1HEGE 2JYSA 2XFKA 2BBBA 1YG9A 2IKOA 2O40A 4EQJA 4YE3A 3RTHA 1HVHA 5P0BA 4Y48A 1TQFA 1K6VA 4NPTA 4YHQA 2QMGA 2ZHSA 5P5XA 5AGZA 2RENA 2VJ7A 4DPFA 5OZ2A 3NXEA 4CMSA 4Y4TA 2F81A 2OHMA 5P4ZA 3OXXA 2Q64A 1HSGA 4J0VA 4Q1WA 2NXDA 1OHRA 1LEEA 4Y5CA 5P5EA 4J17A 4JPEA 5P8MA 4MC1A 5P3JA 4Y3EA 3UQWA 3K5DA 2AOEA 4Y3DA 2WKZA 2FXEA 4Y45A 5PEPA 4Y5KA 5P89A 5P45A 5OZ3A 2XFJA 2G21A 2WF0A 5P2DA 1PFZA 4HZTA 5P51A 2OHLA 4DI2A 1D4HA 4X2LA 2ANLA 3KFNA 4ZSQA 5HD0A 2VJ9A 3O9LA 5DGUA 5P3HA 5P75A 3VSWA 3CYXA 5OZBA 5P3EA 3FNSA 2Q54A 1ODYA 5P4IA 5I3VA 2AVOA 3N3IA 3UDYA 1QBSA 4L7HA 3NWQA 2WHHA 3WB4A 5P05A 3S43A 4RRNA 5P0RA 3TOFA 1BBSA 3QRSA 1GNMA 4Z50A 1G2KA 3DUYA 1D4IA 5P2NA 3ZKNA 5P2CA 5P1LA 1BXQA 1SDTA 4DPIA 3DCKA 3LIZA 1WBKA 4Q1YA 2CEMA 1D4LA 1E81E 4HDFA 1BVGA 3VCMA 4JP9A 2OHKA 5OZKA 2ZHRA 1EPLE 5P6JA 4A6CA 4IVSA 2PQZA 1B6LA 5KAOA 3LZSA 4Y35A 1GNOA 3PB5A 5P0VA 2V0ZC 4FRIA 4PZXA 3SLZA 3Q3TA 4DJWA 3LZYA 3KM4A 3O9DA 5JFPA 5FIVA 2ZE1A 4QJ9A 5P3OA 4Y3GA 2NXLA 5E5KA 2NTRA 3LINA 4Y41A 5P41A 5P4GA 2QD7A 1A30A 4FM8A 3OUDA 4Y4GA 2AOIA 5P11A 3UDPA 3TKWA 4I12A 5P6XA 3IN4A 1FFIC 4DQCA 5P2IA 4QJ6A 1YTIA 5COKA 5P5LA 3SKFA 2AVSA 4I1CA 1IBQA 4B1DA 1W5VA 1N49A 5P3NA 2G69A 2G1OA 2AZ9A 4RZ1A 1AIDA 2G24A 3NU6A 3VFBA 4GJAA 4EHCA 3QRVA 1BDLA 5P7DA 2V00A 5HDVA 1SMEA 4LXKA 2AZBA 4Y3XA 5P18A 1IZDA 1ODWA 2AVQA 2QZKA 5P36A 5P7KA 4EXGA 4XX3A 3OQAA 5P77A 5DQ2A 1EPPE 5P8DA 5OZJA 4Y47A 5KOSA 2IKUA 5OYWA 2IQGA 1HPXA 5KQFA 5P07A 2ZHUA 3UDNA 3LHGA 5OZTA 4JECA 3EL4A 3SA9A 1IVPA 4R8YA 2A1EA 4ER2E 4EPJA 1BV7A 4FM6A 5JG1A 5P2HA 5CONA 5P6UA 2APRA 3D1ZA 3ZOVA 4MC2A 2ZJNA 5P2EA 1VIKA 3JVWA 5OZGA 3SFCA 4FSEA 4LAPA 1T3RA 1KJGA 3Q4BA 2HC0A 1HXBA 4ZSRA 5P8SA 3S56A 1JLDA 2BKTA 2CEJA 3EL1A 5C9BA 5P8GA 5P2SA 3NR6A 2J9JB 1GKTA 2AZCA 5P2YA 4D88A 2P4JA 3OQDA 5P49A 3VYDA 3TPJA 5OZDA 4BEKA 5P8JA 5P0LA 3UFLA 4YA8A 5P7EA 4DH6A 1RPIA 1SGUA 5P86A 5P3QA 4JPCA 4Y57A 2AOFA 5IVSA 3S43B 2O4NA 4FE6A 2G27A 2MIPA 4TVGA 5OZNA 3T7QA 4R5NA 2P3BA 4Y4EA 3TTPA 2P8HA 3VG1A 2G94A 1MVPA 4MC9A 4Y54A 1HPVA 1LYAB 1IZHA 1W5XA 4J54A 5P1XA 3ZPSA 3VUCA 5P3DA 5P82A 3CMSA 2FMBA 5P5BA 4DQHA 3EM3A 3R0WA 3OUAA 5P1EA 4OBDA 5SY3A 5P7QA 3LPJA 5P01A 5P4TA 1KJFA 2HAHA 3SKGA 5OYUA 3O9AA 3KT5A 5P50A 3BVBA 5P2UA 4AUCA 2VNNA 5P5JA 3OUDB 5P7SA 2FDEA 5P6TA 3BGBA 5P64A 1SIPA 5P5TA 2CENA 4EP2A 1EPQE 1AJVA 1TCXA 2BPWA 5P3TA 5P55A 2QI6A 4Y43A 1W5WA 1SDVA 4I0DA 4LP9A 3PM4A 6UPJA 2VA5A 5HCTA 4F74A 5OYZA 2HS2A 5P06A 4YDFA 2BPZA 5P1DA 4Y4WA 5KR0A 3DOXA 5P1NA 5COPA 4I0HA 3O9HA 2UXZA 4GJ5A 5P0EA 3PVKA 4Y4XA 5P2KA 4CPUA 4RVXA 1EC1A 3F9QA 1RV7A 4CP7A 2BKSA 5P3SA 1HVKA 5P6OA 5P6FA 3AUPA 2B8LA 2AZ8A 5P6BA 5HVPA 3ECGA 5P1AA 1C70A 2WL0A 1F34A 3UTLA 4S1GA 4FM7A 3OHHA 2ASIA 2AOCA 1BILA 3CKPA 5P0SA 1T7KA 5HU0A 1FKNA 3EXOA 4OC6B 3VF5A 2QI4A 3DJKA 4I0FA 4FL8A 4B78A 4Y51A 5HDXA 5ER2E 1ZSFA 3OQ7A 1B5FA 2UY0A 1AAQA 2H6TA 2B42A 2QAKA 3WZ6A 2O4PA 2XYEA 5P7AA 3UF3A 2VNMA 5BRYA 2BPYA 4Y3YA 1GVXA 4J1CA 5OZ0A 1FG6C 4Y56A 5P8KA 3KYRA 5P3UA 5DQ1A 3I6OA 3BUFA 3T3CA 4H3FA 3LZUA 5P79A 1D4YA 2R3TA 3GGAA 2QHCA 4QJ8A 5P1ZA 3L5CA 5P5SA 3O9BA 1BIMA 5P7FA 2G1RA 3ZPTA 5P1OA 4HE9A 2P3BB 1KJ7A 2IGXA 3HAWA 1MT7A 5P7LA 2AQUA 2OHSA 1FFFC 3NWXA 4OBGA 3S53A 5P3WA 4AZYA 5HCOA 5P1KA 5P68A 1QS8A 5P38A 3TPPA 3SA7A 2NNKA 4J1HA 5P2RA 2VIEA 4QJAA 5P5ZA 5OZFA 1CPIA 4M8YA 4DUSA 5P2FA 3UDKA 4CPXA 4H3IA 4Y9WA 4RCDA 4Q5MA 5P3PA 2Q11A 2G1NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y53 A;  4IVT A;  5P8R A;  4I10 A;  4KE1 A;  1EED P;  5OZ1 A;  1FQ7 A;  4EJK A;  4AA8 A;  4EJL A;  3IND A;  1DPJ A;  1CMS A;  1QBT A;  2OHN A;  5P5H A;  5OYQ A;  3ZKX A;  4Y5L A;  5P24 A;  1B5F B;  4F73 A;  2PMA A;  5P00 A;  4ZSM A;  5P2B A;  1MTB A;  2FLE A;  4I0Z A;  4ZPF A;  1SIV A;  5C9D A;  3UCB A;  2O4S A;  5P2Q A;  1BVE A;  1K2B A;  2QU2 A;  2ER7 E;  4Y3W A;  1J71 A;  1HVJ A;  3WB5 A;  1K1U A;  4Y5B A;  2XFI A;  1M0B A;  2RKG A;  3PSU A;  4BFD A;  2VS2 A;  2J9J A;  3IXO A;  3LIT A;  3OGP A;  2WED A;  4Y4A A;  4Z22 A;  1K6T A;  5P62 A;  2IEN A;  4B77 A;  3EM4 A;  3OWN A;  3KFR A;  5P7T A;  5CLM A;  1PPL E;  2P83 A;  3OAD B;  2QI0 A;  4EWO A;  1LV1 A;  5P4S A;  3ZMG A;  3ZKQ A;  1MPP A;  3QN8 A;  5P6L A;  1MRX A;  3TOH A;  2F3F A;  5P1S A;  3CKT A;  2FXD A;  5P0Y A;  5P3X A;  4RLD A;  5P6Z A;  5OZU A;  4FIV A;  3RSX A;  5P6V A;  2IGY A;  1ODX A;  5P7X A;  3MXD A;  1LYA A;  2BJU A;  4J1E A;  3OQF A;  5P48 A;  3BXR A;  1FGC C;  5P60 A;  1T7J A;  3FX5 A;  4YD4 A;  5OZE A;  5P3R A;  3OHF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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