5C9BA

Crystal structure of a retropepsin-like aspartic protease from rickettsia conorii
Total Genus 21
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
21
sequence length
131
structure length
126
Chain Sequence
MYKWSTEVGEIIIARNRDGHFYINAFVNNVKIKFMVDTGASDIALTKEDAQKLGFDLTKLKYTRTYENKAAPITLNSVVIGKEFKNIKGHVGLGDLDISLLGMSLLERFKGFRIDKDLLILNYAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ApRick protease
publication title Structure of RC1339/APRc from Rickettsia conorii, a retropepsin-like aspartic protease.
pubmed doi rcsb
source organism Rickettsia conorii
total genus 21
structure length 126
sequence length 131
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.-.-.-:
pdb deposition date 2015-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13975 gag-asp_proteas gag-polyprotein putative aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5c9bA00
4J55A 5AHBA 5P3TA 5ISJA 3KT2A 5P3GA 2IQGA 1FQ6A 5I3YA 2ZJNA 2PSUA 4J0VA 3OK9A 3LIYA 2AZ8A 5P09A 2RMPA 5P7TA 3VF3A 5P3FA 5IVQA 4CPUA 1IVQA 3VYFA 1SBGA 4JPCA 4KB9A 1LS5A 5P7GA 4Y51A 3NU5A 2PYNA 5OZ7A 5HU1A 5P3SA 3EL4A 4DJRA 1F7AA 4Y5KA 3SKFA 1MRWA 1BWBA 5P0UA 5P3ZA 5P01A 1BWAA 4D88A 4I0GA 3OXWA 5P1WA 3OUDB 4DQHA 3SA5A 6FIVA 1D4JA 2VIZA 1GNOA 5P7DA 5P6GA 3OQKA 4ZPGA 1K2BA 2A1EA 3TTPA 2QI4A 2WEDA 4K4PA 3QRVA 2PK5A 1BXOA 2VNMA 3IN4A 4A4QA 2BBBA 5P5WA 1HXWA 2QP8A 3GI0A 5P1EA 5P2UA 2AOGA 4H3FA 5P2KA 5OZLA 2Q63A 2OHUA 2BPWA 2WHHA 4FSLA 1QRPE 5P0NA 5P6TA 4A6CA 4LL3A 3PMYA 1XN2A 5HVPA 5P0AA 1G6LA 2VJ7A 5P7CA 1AIDA 4E43A 5HE5A 2RKFA 5P79A 4R95A 4Y5NA 3SQFA 3INEA 5OZRA 5AHCA 4WY6A 5C9BA 5AHAA 1AVFA 5P3XA 3GW5A 3R4BA 4U7VA 2AZBA 3BGBA 2VA5A 2OHMA 5P44A 3QAAA 1M0BA 1HPOA 2OHPA 5OYRA 4FSEA 5P4VA 3OU4B 2O40A 3CIDA 5P4AA 3BUGA 2ZDZA 1C6YA 5EZZA 5P17A 5OYZA 5P6OA 4Y45A 3JVWA 3VCMA 1YM4A 3LIXA 5P7WA 1APWE 4HVPA 3ZKNA 5P4WA 4K9HA 1HVJA 4HDBA 5P6FA 5P3KA 1PPLE 3VV7A 4JECA 5P7HA 5P13A 1HEFE 4Q5MA 4Z22A 4CPTA 1B6PA 1MT9A 1D4KA 4COEA 2O4PA 1SDUA 5P0GA 4D83A 5P3BA 2HPEA 3ER3E 5P0BA 3LITA 5P60A 3VFAA 5OZ8A 3IGBA 5P18A 5P7BA 2NR6A 1WBKA 4RROA 3T7PA 2NXMA 2QI0A 5IVSA 1AZ5A 4DQBA 1CMSA 2NNPA 3QROA 2QI5A 3BC4A 2G1RA 5P16A 4FRIA 3TKGA 1YT9A 3Q5HA 5P5OA 3WZ8A 3I8WA 3SA4A 5P8SA 3FIVA 4BEKA 2F3KA 2G69A 3ZKIA 2FDEA 4APRE 5P1KA 4AZYA 4BELA 4Y5MA 2J9KA 2V13A 1LYBA 5OYYA 2WEBA 5P8JA 5P6JA 5P8OA 1DPJA 1YTHA 1HPSA 1ME6A 1K6PA 4IVSA 4DPFA 2V00A 5DPZA 4I0DA 3LINA 5HCOA 2QNNA 1HTGA 3SACA 1BVGA 3N3IA 1W5VA 3VYDA 5P4IA 1VIJA 5ENKA 4L7GA 3O99A 1ODWA 5P8BA 3TOHA 2IGXA 5P3HA 4YD3A 2HB3A 2UXZA 1Z1HA 2FS4A 5P8GA 2FGVA 1B6KA 5P6KA 5P8KA 2OHQA 5KQFA 5OZGA 2VS2A 3UDJA 4RYGA 4GB2A 3OQDA 5P0JA 1PSNA 5P6VA 2IS0A 5P0RA 2AOIA 2AOEA 2P8HA 3KN0A 1LYBB 3DCKA 5OYTA 1D4IA 5HTZA 4Y5BA 3I25A 5P4FA 2PH6A 5P29A 3PLLA 4I0IA 4CPRA 3ZKGA 1IDAA 5P4XA 4OD9A 1N49A 1ZJ7A 4Y3LA 2FLEA 1W6HA 4RZ1A 4J0YA 3BXRA 4Y3DA 2WL0A 3Q4BA 3I6OA 3WB4A 3DM6A 5P1DA 3O9IA 2WEZA 3R0WA 4Y3WA 4Y37A 2VKMA 4J0ZA 2HB2A 4PZXA 5P6HA 3NWXA 3O9FA 2R8NA 3RTHA 3OXVA 1EPNE 3NUOA 3SA8A 5OZQA 5IE1A 1A94A 4FS4A 1GKTA 4EQJA 3OUAA 1HBVA 3DCRA 5P5TA 2I0AA 1XE6A 5P11A 3NLSA 1BDRA 3UDYA 2WF4A 5P8TA 3T6IA 3S2OA 2ER7E 1LZQA 2AVSA 2ER9E 3VG1A 4RCEA 4GMIA 5P10A 2ZJMA 3HZCA 4Y43A 4QJ9A 4Y48A 5DR4A 3OWNA 5P2OA 3MSLA 2NXLA 4FRJA 4LXAA 4OBJA 4Y57A 2ZGAA 5P73A 5P5BA 1XS7D 4YBIA 4NJSA 4OD9B 4Y3NA 5OZWA 4XKXA 3MXEA 2EWYA 5P6PA 3FNUA 4N00A 4DJQA 1IZHA 5P3NA 5P59A 4Y6MA 4DI2A 5P4ZA 1HTRB 4EP2A 2WKZA 4DH6A 4FCOA 1MUIA 1KJFA 5COPA 2Z4OA 5OZ6A 5DQCA 4GJ8A 5J25A 5P7YA 4OBHA 5ENMA 2FNSA 5P2ZA 3SPKA 4PPHA 2NXDA 5ER1E 3NU6A 1HOSA 4J1KA 3PEPA 4CPSA 2RKGA 4DJVA 1G35A 5P3YA 2QI7A 5P3OA 3S85A 5P08A 4B05A 4ZLSA 3UDPA 1FQ7A 2JXRA 4QJ8A 4DFGA 4EYRA 5P1GA 3UDQA 4QLHA 4R91A 1MTBA 1T6GA 3BVAA 3OUBA 3PM4A 3DUYA 5AH9A 4EQ0A 3LIVA 4HZTA 3GI4A 4IVTA 2G21A 5P2LA 1W5WA 3O9DA 2G20A 3S43B 5P87A 5P7EA 5P04A 1HPXA 2G27A 5P1MA 1FQ8A 5P2JA 3PSYA 4R5NA 5OZ3A 4MC9A 4Z2ZA 4TRWA 2I4QA 3PBDA 4YE3A 2B7FA 3CIBA 3LZYA 4Y4TA 1FQ5A 1HRNA 3F9QA 4CPWA 5HDXA 4Y3ZA 5P4OA 2VJ9A 2R43A 2AODA 4B70A 4FAEA 2NNKA 2QMGA 4EJKA 1YTGA 2PYMA 5P0YA 3INDA 1MIQA 1BAIA 2QNPA 5P35A 2BKSA 5P67A 5PEPA 3WSJA 5P5PA 5P64A 1NPVA 1MT7A 4DQGA 5P4JA 5P38A 5P07A 3R1GB 3HDKA 3OXXA 3IXJA 5OZCA 5P2TA 1RL8A 5KAOA 1FF0C 5P0ZA 5P7RA 4FAFA 5JODA 1EEDP 3UDRA 3OADB 3OXCA 3CKTA 5P2BA 4DJPA 2FXDA 4OC6B 5P5ZA 4Y3YA 1IBQA 4R92A 2ER6E 1XL2A 3EMYA 4L1AA 2FIVA 1KJ7A 1DIFA 3ECGA 3KT5A 4Y4XA 4YD7A 2B7ZA 2V11C 5DGWA 1FQXA 5P1ZA 1SGUA 2FMBA 2OHRA 5P63A 4YCTA 3PSGA 3WZ7A 2CEJA 5OZSA 2HB4A 5P40A 4YOBA 4Y4UA 3TPPA 7UPJA 1EAGA 4B1CA 1A9MA 2PSVA 4ZSRA 5HU0A 5P3VA 2HC0A 3N4LA 2QNQA 2NMZA 4Y5AA 3VSWA 3U7SA 2ZHVA 5P7FA 1IZIA 1PSOE 2V10C 5KOSA 5P50A 4H3IA 1SMEA 3NWQA 1HIHA 4YD5A 3FKTA 4RRNA 3QI1A 1C70A 5P8RA 3VUCA 4Y3AA 3EKPA 5P5UA 4OBKA 4LHHA 5SY3A 5P56A 4I1CA 4L1AB 4QJ7A 1HVRA 5P3AA 5P69A 1W5XA 4QJAA 5P1JA 1APUE 1T6EX 5DQ5A 5P2MA 3OHFA 1FMUA 5P5XA 3OGPA 3L59A 1QBRA 1BV9A 5P47A 2Q54A 4X7IA 3VV8A 1MSNA 4Y3RA 3T7QA 5SXNA 4KE0A 2BKTA 4I0HA 1GVXA 3RSXA 4FL8A 8HVPA 4BFDA 5P3UA 1TSUA 4ZE6A 4YHQA 2AIDA 3RSVA 5P7AA 1BV7A 3VEUA 4FLGA 4Y54A 2I4XA 5P57A 5P4LA 3VYEA 2V0ZC 3NU4A 4DJYA 5P27A 1ER8E 5P0MA 4DJXA 2P3AA 3PLDA 3OU4A 3SKGA 1C6XA 4H3GA 4Y4DA 4Y53A 4Z4XA 3SA7A 5P0PA 5P3WA 3OAGA 1TCWA 5BRYA 3GGXA 4J5JA 3L5FA 4I0EA 3APRE 3QRSA 4U8WA 3TOFA 3UDKA 3KFNA 1EC1A 4YA8A 5P5FA 4H3JA 4DJOA 1ODXA 2QMDA 5AGZA 5OYXA 2WF1A 2QCIA 1W50A 5P3QA 2WF2A 1U8GA 1E80E 5OZUA 5P3MA 5P31A 4AMTA 5P6UA 1K1TA 1W6IA 2XYFA 3NYGA 5FIVA 5P8EA 6UPJA 1Z8CA 1B5FB 2Q64A 3T3CA 1FKNA 3CYXA 2ZE1A 3EXOA 1SDTA 3SA6A 5P1VA 4F75A 5P2XA 2QMPA 3NXEA 5P88A 2AZ9A 4TVGA 4M8YA 4XX4A 1TW7A 2P3CA 1BVEA 1T7IA 4ER1E 2AOFA 3LPJA 5OZ0A 4X2LA 3JVYA 2QZXA 4Q1YA 2P3DA 2R3WA 5P4PA 3QPJA 1ODYA 4Y5GA 5E5JA 3OAGB 4Y56A 3DK1A 5OZZA 3UF3A 1RQ9A 3L5CA 2IDWA 1FG6C 3KFSA 1HSHA 5P55A 3DV5A 4Y50A 1ZPAA 2I1AA 4Y38A 1JLDA 2Q15A 2UPJA 1EPRE 3L3AA 5P2FA 5DQ4A 4LP9A 3T7XA 4GJCA 5P8VA 4GIDA 3S56A 3QP0A 3UFNA 2G94A 2OHSA 5P51A 1M4HA 3ZL7A 1IIQA 2WF3A 1PPKE 4PYVA 5P5DA 3PHVA 3GI6A 2HAHA 1QBTA 3OGQA 3NDXA 2O4LA 1DW6C 1GVWA 5C9FA 5DQ1A 4J0PA 4ZPEA 5P32A 3IVIA 4Y4EA 1ZSRA 1K6VA 5P2RA 1GVTA 5P7QA 2O4SA 1MRXA 5I3VA 2F3FA 4K4QA 3L58A 1A8KA 5P0SA 1HTFA 3UDNA 5P2QA 4ZSMA 3UTLA 1OHRA 3S53A 5P1RA 4Y4JA 9HVPA 1NPWA 1EPME 2OHKA 1LF3A 3VFBA 1WKRA 5P6WA 5IVRA 3G6ZA 5APRE 4EJDA 3R0YA 4Y47A 5P7SA 4WY1A 4Q1NA 3PBZA 2G1SA 2QMFA 3OOZA 4FRKA 5EZXA 5P6SA 5P0LA 3I2LA 5SY2A 4Q1WA 5P6RA 3IN3A 2P83A 2G1YA 5P2VA 4Y3PA 5F00A 5P5LA 3DV1A 5OYQA 5P03A 3HVGA 3VV6A 2HM1A 4A6BA 1MESA 2VJ6A 5P48A 7HVPA 2OAHA 5P34A 4Y41A 4B78A 4Y3GA 2ZHRA 5DR0A 5P0VA 2IL2A 5KOQA 5COOA 5P8UA 3K4VC 1MVPA 2CEMA 1HVLA 2QZLA 1LEEA 1HXBA 1BDLA 2PMAA 4Y4WA 1GVUA 1EC0A 1FEJC 2G22A 1NSOA 3HD8A 1NPAA 4NJVA 5P2GA 5P6BA 2MIPA 5OZVA 3IXOA 3EKTA 5KR2A 3LPKA 2ZHSA 4GJ5A 5F01A 5P89A 2ZHUA 3SO9A 3O9BA 2XFJA 3K5DA 2P4JA 5DR8A 5P19A 2NMYA 4J0TA 5P5GA 3IXKA 4Y5LA 4Y5PA 1LF2A 1YX9A 1TCXA 2Q11A 5P6XA 2I4WA 3CMSA 3NSHA 2FXEA 5P6LA 5P0IA 3TH9A 5DR7A 2NPHA 1RPIA 3LZVA 2V12C 5P4MA 3OHHA 3L38A 2QU2A 1EPOE 1HWRA 5I3WA 1PSAA 5P4DA 1SIPA 3S8IA 4LXMA 5DR3A 1GNNA 3DOXA 4K8SA 5P02A 1DAZC 5P8MA 2JYSA 4YCKA 2QZWA 1UH7A 2SAMA 3MSKA 4I8WA 5DR1A 3GGAA 4Y3JA 5P6MA 5T4SA 3HBOA 2BPVA 3L5BA 4RVJA 2VIEA 4EJ8A 3CYWA 2B42A 1IDBA 2PWRA 2R38A 2ZHTA 5OZIA 2QI1A 3S43A 4RVXA 1FLHA 2ZJJA 4HE9A 4I11A 4S1GA 3O9CA 3O9GA 2HS1A 5P00A 5HCTA 5P0WA 1ZSFA 5KQYA 1CPIA 5C9DA 3NDUA 3PWWA 3ZPUA 2BJUA 3WZ6A 5P0OA 5P83A 5OYVA 2VIJA 3PMUA 4AA8A 1MT8A 1IVPA 4QJ6A 5P7OA 2PH8A 4H1EA 2Q5KA 1MERA 5P5CA 4Y3SA 5P3LA 4I12A 1SDVA 1AXAA 5COKA 3PRSA 5P7KA 3GI5A 4Y3FA 5P2HA 2WEAA 1HHPA 4J1EA 4NPTA 5KR8A 2AVVA 2P3BA 3QBFA 1HVSA 4Y4AA 3EM4A 5P12A 4GJBA 4RRSA 2APRA 1E5OE 3QVCA 3OADA 3L5DA 2ANLA 5OZBA 4EPJA 4F74A 5P22A 1FMBA 4CMSA 3KMXA 1HSGA 1YM2A 4HDFA 4OC6A 5P36A 3PJ6A 4DJWA 5P53A 5P5SA 4GZFA 1HTEA 3MSJA 1UH8A 1W5YA 1LF4A 2QI6A 4RYCA 5P3JA 5P5EA 3HW1A 1B6JA 3URLA 3D1ZA 3ZPTA 3PI0A 4YBFA 3UQXA 3INFA 2FNTA 5P2SA 3Q3TA 3DJKA 2F81A 2R3TA 3LPIA 4B00A 5P61A 4EHCA 4J1HA 2V16C 5P1FA 4DUSA 4EXHA 3TPLA 2WF0A 5P3EA 2Q3KA 2P3BB 1ZPKA 2QHYA 4Y5CA 4LXKA 4DJUA 3FNTA 5P2IA 2B60A 3SM1A 5P7JA 3SABA 3SM2A 3VF7A 3GGUA 4FE6A 3UPJA 4EJLA 5OZDA 5P2EA 2OF0A 5OZEA 4Q1XA 3U6AA 5OYSA 5P3PA 4PEPA 3SA3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J55 A;  5AHB A;  5P3T A;  5ISJ A;  3KT2 A;  5P3G A;  2IQG A;  1FQ6 A;  5I3Y A;  2ZJN A;  2PSU A;  4J0V A;  3OK9 A;  3LIY A;  2AZ8 A;  5P09 A;  2RMP A;  5P7T A;  3VF3 A;  5P3F A;  5IVQ A;  4CPU A;  1IVQ A;  3VYF A;  1SBG A;  4JPC A;  4KB9 A;  1LS5 A;  5P7G A;  4Y51 A;  3NU5 A;  2PYN A;  5OZ7 A;  5HU1 A;  5P3S A;  3EL4 A;  4DJR A;  1F7A A;  4Y5K A;  3SKF A;  1MRW A;  1BWB A;  5P0U A;  5P3Z A;  5P01 A;  1BWA A;  4D88 A;  4I0G A;  3OXW A;  5P1W A;  3OUD B;  4DQH A;  3SA5 A;  6FIV A;  1D4J A;  2VIZ A;  1GNO A;  5P7D A;  5P6G A;  3OQK A;  4ZPG A;  1K2B A;  2A1E A;  3TTP A;  2QI4 A;  2WED A;  4K4P A;  3QRV A;  2PK5 A;  1BXO A;  2VNM A;  3IN4 A;  4A4Q A;  2BBB A;  5P5W A;  1HXW A;  2QP8 A;  3GI0 A;  5P1E A;  5P2U A;  2AOG A;  4H3F A;  5P2K A;  5OZL A;  2Q63 A;  2OHU A;  2BPW A;  2WHH A;  4FSL A;  1QRP E;  5P0N A;  5P6T A;  4A6C A;  4LL3 A;  3PMY A;  1XN2 A;  5HVP A;  5P0A A;  1G6L A;  2VJ7 A;  5P7C A;  1AID A;  4E43 A;  5HE5 A;  2RKF A;  5P79 A;  4R95 A;  4Y5N A;  3SQF A;  3INE A;  5OZR A;  5AHC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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