5P5QA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 251
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5qA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5qA01
5P01A 4FSLA 1YX9A 5AH8A 5P2BA 1SGUA 2NXDA 5P7DA 3QROA 2XFJA 3N4LA 5OZWA 3OXXA 4F75A 1E80E 4Q1XA 3O9LA 5OZ7A 3FNTA 3TKWA 4AUCA 5JG1A 5P7ZA 3SA8A 1B6MA 3EKXA 1KJGA 5P6FA 3EL5A 4QJ9A 4Y36A 4FM6A 3LPKA 5P5UA 5P2AA 3CYWA 5IVQA 1EPOE 3UHLA 2IGXA 3PSGA 1T7JA 3NR6A 5P1SA 4DI2A 1PSOE 3OU1B 3OU4A 5P6MA 3K5DA 4J0VA 4F76A 3HBOA 1QDMA 1D4SA 2AQUA 5P7MA 4TRYA 1BILA 1TQFA 1PPKE 3KM4A 3SLZA 4N00A 1HPSA 5P5AA 1BAIA 4BEKA 5P0GA 3NDWA 1IVPA 1HVCA 5KOSA 4NJTA 3M9FA 4PHVA 5P6AA 5P5MA 2NNPA 1GVUA 4OBFA 4A6CA 1MIQA 2O4KA 3PI0A 4HDFA 5P0UA 2WF3A 5IS4A 1FGCC 5P5JA 1PPME 1EPNE 4YDFA 5P7FA 5P77A 3B80A 4H3IA 1LYAB 4NPUA 5AHBA 2WHHA 5P59A 4YCKA 3Q4BA 4PZXA 3R0WA 2G94A 1SIPA 5OZRA 4L7HA 5P1OA 3CKTA 1SH9A 3UQRA 1K1TA 1BVEA 2ZJMA 3L3AA 2ER6E 4OBKA 5DQ5A 5OZUA 2ZHSA 3ZKMA 2OHRA 2P3AA 3PMUA 5TOLA 4XX4A 1APWE 4I0HA 3GGVA 5P0EA 3Q5HA 2QZKA 4GB2A 2VKMA 3ZLQA 5P7JA 1Z1RA 1B6LA 1G35A 4ER1E 2QZXA 3O9AA 2I0DA 4I10A 5OYQA 3WZ6A 2ZHUA 6FIVA 1MRWA 5P0LA 4KE1A 4B78A 5SXNA 4Y44A 2QI6A 3NU4A 3URIA 2HC0A 3OQ7A 5P5TA 5P8OA 4WY1A 1W5VA 5E5KA 2R5PA 4EJ8A 2IL2A 4DJXA 3G72A 5P5EA 5P03A 4ZIPA 4RVXA 4NJUA 1EPLE 2HAHA 4I1CA 1BWAA 3S53A 5P0DA 3EC0A 2ZGAA 4J54A 5P29A 5OZ0A 4FM8A 5OZLA 4B72A 2Z4OA 2P3CA 5ISKA 5P6CA 3PVKA 5P33A 2BBBA 2WJOA 5JFUA 3HVGA 1APVE 2Q54A 4JP9A 4TVHA 3UDQA 5CONA 5P1XA 1HVKA 4IVTA 4J0TA 3PBZA 2OHUA 3O99A 5OZIA 3ZKGA 3K4VA 4F74A 2BKSA 2G21A 5AH6A 5P4AA 3OQFA 3OUCA 4Y50A 3S7LA 3URLA 3SA3A 1ZSFA 4KUPA 5OYRA 5P1UA 5P5HA 3HDKA 5P5DA 3FKTA 4HDBA 5P1VA 1E82E 4JOOA 3QRMA 2AOHA 3PB5A 3PRSA 3NUJA 2AVMA 1SMEA 5P3VA 3JVWA 1IIQA 4J1KA 4H1EA 5I3YA 3TPRA 1T7KA 3OY4A 2Q11A 3I2LA 5P2RA 3ZMGA 1HOSA 1PSNA 4B0QA 1BXQA 4FSEA 2PWCA 3OADA 4WY6A 5P8CA 3UDRA 4J17A 2O4LA 3T11A 2QI7A 2O4NA 5P6DA 2I4UA 2ZE1A 1HIVA 3EKTA 5P35A 4EJDA 1LF3A 5OZ9A 1D4JA 1IZIA 4DJWA 4RGHA 1A8KA 3L5BA 4J1IA 4GJ6A 5P65A 1BDRA 5DR4A 3UQUA 2PSGA 1FQ5A 1TSUA 5JFPA 2IENA 5P3HA 2JJIA 1W5WA 4YE3A 1K2BA 1DW6C 2R3TA 4Y53A 4Y3HA 4L7GA 4CPUA 4Y4BA 5ER1E 3D3TA 3L58A 1FMBA 1HSIA 3VLAA 1HPOA 1B6PA 4QJ8A 1MERA 3D1XA 5CLMA 5P40A 2QMFA 4U7VA 1G6LA 1FFIC 4GJ9A 5P71A 3KDDA 4APRE 2PYNA 5P6ZA 4Y5AA 3SKGA 5P7LA 4DQHA 4Y41A 5P4LA 5P1QA 5P8TA 5P14A 3NYGA 5KR8A 4OD9B 2AVVA 2QNPA 3GI0A 4YCYA 4EP3A 1NPWA 1YTHA 1BV9A 1CMSA 5P8QA 2OHPA 3FV3A 3Q70A 5EZZA 1ER8E 1ZTZA 5P5SA 2PC0A 3UTLA 5P7UA 2R43A 3LZUA 5KQYA 2B8LA 5P0JA 5T4SA 4B1CA 4GJCA 4U8WA 4EQJA 1D4IA 2QZWA 3QAAA 5P8DA 1IDAA 1F34A 5P61A 3QRSA 5P51A 3FNUA 2P4JA 5P7WA 3EL0A 5P4FA 4DJYA 4K4PA 3WZ7A 1MPPA 4Y58A 5P0FA 5P86A 1ODWA 5OYZA 3SA7A 3WB5A 2NNKA 5P0VA 1K6TA 4D89A 5P5QA 2FDDA 4OBGA 3QBHA 4YDGA 5P82A 1VIKA 1FG8C 3O9DA 5P85A 1U8GA 3LZSA 1ZAPA 3IGBA 5P3IA 4CPXA 4Y47A 1K6PA 1Z8CA 4HZTA 1ZSRA 1B5FA 2ZYEA 1OD1A 4IVSA 2P3DA 4Y3NA 4I0ZA 3QS1A 3O9CA 3TLHA 1DIFA 3APPA 4JECA 3KA2A 5P1PA 4CPSA 4Q1WA 1ZJ7A 1BV7A 2VIYA 3O9LB 5P2HA 3RVIA 4R92A 1LV1A 1AVFA 4ZEAA 5P1YA 1MTRA 3KYRA 4KE0A 4J55A 2OHNA 2I1AA 1K1UA 5P7IA 2AOJA 2VS2A 5P8NA 5P3TA 3URJA 1QRPE 1C70A 3BVBA 5P7BA 5P2EA 5SZ9A 5P4ZA 1C6YA 5P8AA 3SO9A 1HIIA 3EKWA 4QGIA 4Y3QA 3UDNA 3T3CA 3T7XA 3VFAA 2IQGA 3OU4B 5P58A 5OZBA 1M4HA 5P17A 2A4FA 3UCBA 3INHA 4CPTA 1XDHA 3DOXA 2P8HA 5OYSA 1BXOA 2IKUA 1HTEA 4GJAA 4AMTA 5P6WA 3T7PA 2IEOA 3A2OA 2HB3A 2R3WA 4EXHA 2F3KA 3B7VA 3OQKA 1FMUA 3TOGA 5P6RA 5P2XA 2WEZA 5P8UA 5OZEA 5I3VA 4Y3XA 4YCTA 5P1EA 5P7AA 3ZKIA 3BC4A 4GJ7A 4TVGA 2J9KA 3QBFA 4ZE6A 5P4NA 3ZKXA 5IVTA 5OZTA 5P3RA 5P0KA 5IVRA 4CKUA 4DQBA 3UF3A 4ZSQA 5P04A 2BPZA 5COOA 3CYXA 1QBSA 1LYBA 2HPEA 5F01A 4ACUA 4DQFA 3NU9A 4B05A 1IZEA 4H3GA 4OBJA 5P84A 2QI4A 2PK5A 1IDBA 2CEMA 5OZJA 3I7EA 3L5FA 3LZVA 3S43A 5P6KA 4Y5GA 5P1HA 2XFKA 5OZ4A 3MSJA 2V13A 4Z4XA 4M8YA 3SA9A 5P2LA 3L5CA 4YOAA 5HE7A 3ECGA 5P3KA 4K9HA 3LIYA 3L38A 1MT8A 2JJJA 3UQXA 2SAMA 3EKYA 1B6JA 1EAGA 6UPJA 3APRE 2IKOA 2ER9E 2PH8A 2O4PA 3SFCA 4U7QA 1D4YA 3G6ZA 1T3RA 5P0PA 1HVRA 4LC7A 3SM2A 1EC1A 5ENMA 2PSUA 1J71A 2AVSA 3PJ6A 4Y37A 1GNMA 2QHZA 3NSHA 3U71A 2PMAA 4HDPA 2WEBA 1ZP8A 4CP7A 3WB4A 1A30A 5ISJA 3NXEA 3OUAA 5HTZA 5P3BA 2APRA 5DR0A 3OAGA 4GZFA 5KR2A 5FIVA 5P4TA 5P27A 4Y3AA 4YHQA 2BPWA 2FIVA 2FS4A 5AHAA 5UPJA 1MESA 3NDTA 5P3CA 3FNSA 5P1FA 4HE9A 5I3XA 4Y4JA 2VA6A 3ZKQA 5P4SA 1NH0A 5C9DA 2VJ9A 5OZFA 2VJ7A 3OTYA 3R0YA 5AH9A 5P4CA 3R4BA 1E81E 1AZ5A 5P75A 4FLGA 3UDPA 5P2ZA 2HPFA 5OZ6A 4ZSMA 5P0OA 2CENA 2QU2A 2ZJNA 5P0HA 1G2KA 1QS8A 4Y38A 5AH7A 1UH8A 2XYFA 2G20A 2WF4A 2OF0A 2G1SA 4DJRA 1M0BA 5P8KA 3CICA 4Y4TA 3VG1A 4PZWA 5P1BA 4OBHA 4EJLA 5P7HA 2BJUA 3PWWA 5P7TA 2UY0A 3OADB 3VUCA 2AOEA 4Y5MA 2UPJA 5P64A 3EKVA 5P0RA 5P6QA 2G1NA 1EC2A 3VYFA 4DPIA 3EL1A 3PI5A 2FLEA 4A6BA 1HHPA 4Y45A 2G26A 2PWRA 5P8MA 2J9JA 1EPQE 5P6OA 2VIEA 4AA8A 4Y54A 5DR1A 2P83A 1SMRA 4Y4DA 3VSXA 3QVCA 4XX3A 5P4VA 3HAUA 2AZCA 1W51A 5P7XA 5P88A 5P2NA 5P6LA 4BFBA 4EQ0A 3O9GA 5P19A 2Q5KA 2A1EA 5P4BA 4J1CA 4S1GA 4YBFA 4OBZA 1B6KA 3GI4A 4J1FA 5P34A 1BIMA 3EM3A 4Y5EA 1RV7A 2AOCA 4J1HA 1NSOA 5P54A 1SDUA 1KJ7A 5EZXA 1EBYA 2FGUA 3NU3A 3SM1A 5DPZA 5P52A 1IZDA 2QMDA 5P38A 5KQXA 5P10A 2AOIA 2F3FA 4PPHA 1QBUA 2B8VA 3FSMA 3PWRA 2ER7E 4AA9A 3GGAA 5JODA 3ZKNA 2OAHA 4B70A 5ENKA 2Q63A 5E5JA 4MC2A 4Y3YA 1HXBA 1XS7D 5KOQA 4GYEA 3LIZA 1W5XA 3VV8A 1HTFA 3EXOA 1AJXA 5P3AA 3BXRA 4YD4A 4Y3TA 1DAZC 4ZLSA 2OHKA 1TSQA 5P4OA 3FX5A 3VV6A 4QLHA 3IVHA 2BKTA 4FRKA 5OZQA 2AZ8A 7UPJA 5OZVA 3LIVA 3AIDA 5HCTA 5P2JA 1META 4Y4WA 5P3UA 1MTBA 1ODXA 1HVJA 3SAAA 2ZHRA 5P2MA 1HVSA 3JVYA 3OGPA 3BGBA 3EM4A 1IBQA 5P5KA 2FDPA 3DM6A 3PEPA 5P0NA 1LZQA 3S54A 3PGIA 5P4UA 1XN2A 3ZPSA 3UQWA 4I0IA 4B77A 3ZL7A 3OHFA 3UDYA 4Z22A 1B11A 1B5FB 1FIVA 5P3MA 1W6HA 1MUIA 5P2CA 2O4SA 1GVVA 5B18A 3IXJA 1HTRB 2QI5A 5P5PA 5P23A 5P5YA 1HTGA 4FE6A 2WF1A 4QJ7A 4FAFA 3Q3TA 5P0IA 3N3IA 4QJ6A 5P2TA 5OZMA 5P1DA 4FRJA 3PCZA 4RVJA 1XL2A 2AZ9A 2QU3A 2WKZA 5P39A 5P7QA 3JW2A 1W50A 5P1KA 4RVIA 4ZPEA 3KMYA 3PSUA 2G1RA 3SPKA 4RZ1A 3LPJA 2WF0A 4MC1A 1DPJA 5C9BA 2R5QA 3LITA 5P3JA 5P1JA 3TL9A 3EL9A 1HWRA 4FAEA 5P4XA 3UDJA 4Y3WA 4NJVA 5I70A 5P2DA 4Y48A 1G0VA 2HIZA 2HB4A 2O40A 2FMBA 4GJDA 4B00A 4Y3PA 3L5EA 4DQCA 5P8VA 5P36A 1KJ4A 1AAQA 5P1AA 1YTJA 1ZLFA 5P8EA 3KFSA 2QMPA 1GVXA 4Y5KA 4Y3MA 5P4YA 3IXOA 5DQ2A 2Q55A 3S8IA 4J1EA 3EKPA 2AZBA 4FS4A 3R2FA 5OZ3A 4EPJA 2V0ZC 3TOFA 4CMSA 1PSAA 1AJVA 5P1ZA 3OQAA 1FLHA 5BRYA 2HS2A 5P3GA 2PQZA 2QNQA 3MXDA 3I25A 5P67A 5HU1A 4DJQA 1HEFE 4LBTA 1LYBB 3T6IA 5P7YA 3D20A 5P37A 2NR6A 4FIVA 5P43A 1SP5A 1FQ4A 2F8GA 1BBSA 1LF2A 2QP8A 3OTSA 5P0TA 4RCEA 1ME6A 3S43B 5P6IA 2ZJLA 3PM4A 2ZJJA 5P55A 3UQPA 5P53A 4YD5A 5HCOA 1EPRE 1HXWA 5P68A 5HDUA 2FGVA 5P20A 1HRNA 3EM6A 4H3JA 3OOTA 4E43A 5P8SA 4Y5NA 4JPEA 5P3XA 1D4KA 1OEWA 3GW5A 3MSLA 3WSJA 5OZDA 2V00A 3O9EA 5P7KA 1N49A 3CMSA 2EWYA 1MSMA 5P5FA 3KFPA 2JYSA 5DR3A 4AZYA 4GJBA 5P6SA 3TPLA 1TCWA 1LYWB 5DGUA 2PH6A 4A4QA 1CZIE 4PYVA 4D8CA 4Y4AA 2RSPA 5P08A 1GNOA 5AGZA 3TH9A 3LNKA 5P60A 5P3DA 4J0ZA 3UDMA 2QAKA 1KJFA 5P66A 5DQ1A 1AXAA 2V10C 4EWOA 5P4GA 1RNEA 3OAGB 4HLAA 5P72A 3U6AA 1GVWA 1EPME 3BHEA 5KR0A 2I4QA 4Y39A 2F80A 5P2KA 5P5CA 3UDKA 5AHCA 3S85A 5OZHA 2BB9A 4KB9A 5P05A 5P0SA 4EYRA 5P8JA 2HB2A 5P46A 3MXEA 5P3SA 9HVPA 1FQ6A 5P0WA 5P5OA 5OZOA 5P8IA 1IZHA 5P3YA 5P00A 3K5FA 5P8LA 2MIPA 2NPHA 1FKNA 3IN3A 4Z50A 4B1DA 3C9XA 4R8YA 5P09A 3ER3E 3S7MA 3DUYA 3OHHA 5P2GA 4R91A 1WBMA 2FXDA 2NMYA 3K5GA 3VYDA 3DV5A 3DK1A 3KT5A 4Z2ZA 5P6JA 5P78A 3OUDA 3ZKSA 3S45A 5OYVA 3NDUA 5P1GA 1MT9A 4LHHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P01 A;  4FSL A;  1YX9 A;  5AH8 A;  5P2B A;  1SGU A;  2NXD A;  5P7D A;  3QRO A;  2XFJ A;  3N4L A;  5OZW A;  3OXX A;  4F75 A;  1E80 E;  4Q1X A;  3O9L A;  5OZ7 A;  3FNT A;  3TKW A;  4AUC A;  5JG1 A;  5P7Z A;  3SA8 A;  1B6M A;  3EKX A;  1KJG A;  5P6F A;  3EL5 A;  4QJ9 A;  4Y36 A;  4FM6 A;  3LPK A;  5P5U A;  5P2A A;  3CYW A;  5IVQ A;  1EPO E;  3UHL A;  2IGX A;  3PSG A;  1T7J A;  3NR6 A;  5P1S A;  4DI2 A;  1PSO E;  3OU1 B;  3OU4 A;  5P6M A;  3K5D A;  4J0V A;  4F76 A;  3HBO A;  1QDM A;  1D4S A;  2AQU A;  5P7M A;  4TRY A;  1BIL A;  1TQF A;  1PPK E;  3KM4 A;  3SLZ A;  4N00 A;  1HPS A;  5P5A A;  1BAI A;  4BEK A;  5P0G A;  3NDW A;  1IVP A;  1HVC A;  5KOS A;  4NJT A;  3M9F A;  4PHV A;  5P6A A;  5P5M A;  2NNP A;  1GVU A;  4OBF A;  4A6C A;  1MIQ A;  2O4K A;  3PI0 A;  4HDF A;  5P0U A;  2WF3 A;  5IS4 A;  1FGC C;  5P5J A;  1PPM E;  1EPN E;  4YDF A;  5P7F A;  5P77 A;  3B80 A;  4H3I A;  1LYA B;  4NPU A;  5AHB A;  2WHH A;  5P59 A;  4YCK A;  3Q4B A;  4PZX A;  3R0W A;  2G94 A;  1SIP A;  5OZR A;  4L7H A;  5P1O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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