2I0AA

Crystal structure of kb-19 complexed with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Discovery of HIV-1 Protease Inhibitors with Picomolar Affinities Incorporating N-Aryl-oxazolidinone-5-carboxamides as Novel P2 Ligands.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2i0aA00
4XX3A 4YD7A 5IVSA 3S43A 5P67A 3GI6A 5OZWA 5P7ZA 1D4HA 1QBTA 4GJ5A 1EBKC 4FL8A 1D4KA 4HEGA 2VJ7A 5OZ8A 4Y4JA 1DW6C 2IGYA 2QMFA 3EL1A 4HDBA 2I4VA 2CEMA 4PYVA 5OZ0A 5DQ5A 1E82E 5P3EA 1NH0A 3KA2A 5P5TA 4J54A 4YHQA 5P19A 1IZEA 2ZE1A 5P71A 5IVTA 3VV8A 2AVVA 3NDWA 5P2AA 1ODXA 3O9FA 4D8CA 5P1SA 3ZL7A 5P74A 1LV1A 3GI4A 3CIBA 5P32A 1IZHA 1HIHA 4Y3YA 5P55A 5P7SA 3TH9A 5P3CA 4YD3A 2ER6E 3RSVA 1BBSA 2R3WA 7UPJA 2IGXA 3OXXA 1ER8E 5HDVA 3SKGA 1G6LA 4HDFA 4Y5PA 5P8NA 5DQCA 4YD5A 4ZLSA 1YX9A 2ZHUA 1BVGA 4J1EA 4R92A 3ZKMA 4EYRA 1HTFA 4ZEAA 3QI1A 3FNTA 3BUFA 5P1TA 5P5OA 4CPQA 2UY0A 3PI5A 2HAHA 4Y4EA 1HEGE 2PSUA 1K1UA 4OBDA 3UQWA 2VS2A 2V16C 1FG8C 2Q55A 5P5YA 1AAQA 1K2BA 4CPUA 1SH9A 1EPRE 3NUOA 5P7JA 1SDVA 3L5DA 5P0IA 4DFGA 3NSHA 3O9GA 5P7UA 3ZMGA 4PHVA 3UDKA 3HVPA 4MC6A 3DOXA 1MT7A 5P5CA 7HVPA 3VFBA 1W5YA 5P4HA 5P0XA 3NXNA 1EBZA 3SM2A 3LZUA 4R8YA 2Q15A 3PHVA 4YCYA 4RYGA 3INFA 2R3TA 4JPCA 4F74A 4DJXA 3RVIA 1TQFA 5AH7A 3UDMA 5P6MA 3UDJA 4ZSQA 4UPJA 4FLGA 5P62A 2PK5A 1K6CA 2NMYA 3VSXA 2I4WA 1SBGA 4FSLA 3ZPUA 2JJIA 3KDCA 2WF4A 4DQEA 1FMUA 3VCMA 4YD4A 1AJVA 5P8AA 2OHQA 1EPME 5DQ1A 4RCDA 3IVHA 3SA3A 5OYVA 1XS7D 1GVXA 1LYWB 4BELA 1BWBA 3PWMA 5OZ5A 4NKKA 1C6YA 3VEUA 1EPPE 2AVSA 2V12C 4N00A 4YBIA 5OYRA 3DV1A 1FQXA 2ZHTA 5P1WA 3LPJA 5P81A 5KQFA 2O4LA 3T6IA 5P6PA 4J0TA 3EM3A 1BILA 3N3IA 1HEFE 5P6NA 5OYZA 4ZPGA 2FDDA 4M8YA 5P07A 2A4FA 5P60A 1HXWA 1LZQA 4I0IA 2BPWA 5P4AA 4LL3A 2VKMA 1K2CA 5P5EA 4EJDA 1Z1HA 5P50A 5KOSA 1DPJA 3TPJA 2QHCA 5OZ1A 2G1RA 2O4PA 5ER2E 3R2FA 5P6HA 1BAIA 1GVWA 4LXMA 1RV7A 2AOGA 2I4QA 5P2SA 2OHTA 1ZPAA 3NU4A 5OZFA 1BDRA 5P00A 5P2YA 3VV7A 5B18A 4J0YA 3SA8A 1LF4A 3JVWA 3PLDA 2UPJA 2WL0A 2P3BA 4TVHA 1MRXA 1UH9A 1TW7A 1W6HA 4EPJA 1C70A 2HS2A 5P3VA 4FGXA 1IZDA 3LPKA 4EXGA 5P4EA 2IEOA 4J1KA 5P7PA 1B6KA 5P1ZA 4L7JA 4AZYA 4R93A 1FF0C 3O9AA 2FS4A 4Y56A 1APUE 3L5EA 5P86A 4Y5MA 4ZSPA 1HSHA 4D88A 3NU3A 4DV9A 1IVQA 3TOGA 3OHFA 1ZPKA 4L1AA 2PC0A 5CLMA 3U7SA 3SABA 2F3EA 3OUCA 1BXOA 3VFAA 1SIVA 2APRA 3HZCA 5P58A 5DR4A 4HE9A 5HDUA 2QNNA 5OZHA 5P8CA 3CKTA 1RL8A 5TOLA 2I0DA 3VLAA 4TVGA 1HOSA 3K5DA 5ENKA 5P0AA 3OUBA 4LP9A 1J71A 1ZP8A 2QHZA 2J9JB 1ZSFA 2OAHA 5P4SA 2HC0A 2QI6A 3RSXA 3TOHA 2Z4OA 4GJ8A 2QNPA 1EC2A 2HB4A 3HVGA 5P4OA 2QI0A 4GYEA 3JVYA 5P52A 3INHA 4YDGA 1B6JA 2OF0A 1K6TA 1T7KA 5P1QA 3T7QA 4L7GA 3RTNA 4BFDA 2G26A 4OBZA 5JG1A 2VJ6A 3T11A 4CKUA 3KFSA 3LIXA 5OZVA 2B7ZA 5EZXA 1IDBA 3D1YA 5P7OA 1YTGA 4EQJA 1MIQA 4QJ8A 5P6XA 4QJAA 5P3DA 5P5PA 5P2RA 4Y5EA 3LZYA 3O9LA 4CPXA 3INDA 5P8BA 5P5KA 3GGXA 5OZAA 4I1CA 3DM6A 5P09A 3ER5E 4IVTA 4Y48A 4OD9A 5DR8A 5P0PA 5PEPA 5F00A 3UHLA 1T6EX 4Z22A 2P3BB 2OHKA 4YCKA 3ECGA 2NTRA 4Y4AA 5P6UA 3S53A 4OBFA 1QBUA 1U8GA 5P0CA 4FM7A 4TRYA 5DGUA 5OZCA 2ASIA 1EPOE 1YM4A 1DIFA 3R0YA 2FXDA 4B1CA 4Y3XA 3H5BA 2FNSA 1KZKA 5P2EA 2AVOA 2PYMA 3OXCA 3KDDA 5P23A 2FGUA 3WZ7A 4GJ9A 3IN4A 5P7XA 2ZJNA 5P17A 1EC1A 4Y6MA 1JLDA 5P1NA 5P2GA 5IVQA 5P0TA 2A1EA 4JECA 5I3VA 2VA6A 4Y37A 4K9HA 4J0ZA 3VUCA 1OEXA 5OZXA 3OUDA 5P66A 4B72A 4Y53A 3Q6YA 3IGBA 5P30A 4E43A 5KQXA 2O4NA 5KQYA 4LC7A 5P3IA 4EJ8A 4A6BA 5P88A 5P5BA 3ZLQA 1B5FA 1SGUA 5P7QA 2UXZA 1FMBA 4J1HA 5P1CA 1SP5A 3BGBA 4ER4E 4J1FA 2P3CA 4J0VA 2XFJA 4OBKA 3ZOVA 2VJ9A 3EXOA 5DR3A 5P1XA 1XE5A 2OHNA 5P3RA 5OZZA 3FNSA 5HVPA 5J25A 2P4JA 4RVXA 5EZZA 2Q63A 5OZBA 1XN3A 3NLSA 1KJ4A 2H6SA 3TTPA 3QROA 5P0DA 5P6FA 4Y3WA 2G20A 1LYBB 3VV6A 5P87A 1ME6A 5P0FA 5P14A 5P3NA 1W50A 3EL0A 2JJJA 5P44A 2JXRA 5P40A 1F34A 5P7WA 5AH9A 3RTMA 1EC0A 5KQZA 4Y4BA 4J17A 1A8GA 5P16A 4Q1YA 2BJUA 2VA5A 3OOZA 4J55A 2B7FA 5P0JA 4Y3HA 4EJLA 3HW1A 5OZMA 1C6XA 3L5FA 3BXSA 4B0QA 2QMDA 5P05A 5P79A 4Y3DA 2PMAA 3OADB 5P0OA 2HPFA 3WSJA 5OZ2A 4BFBA 5OYUA 4Y4ZA 1HTEA 5P8JA 3L5CA 1W5XA 4FRKA 5P5RA 5P8GA 5P5HA 4DJOA 2QU2A 5OZTA 5P5MA 2QZWA 1APWE 3EKPA 2I4XA 1APVE 1SMEA 4RCFA 3EC0A 4DQFA 5P06A 3QVCA 4Y3NA 1DMPA 2HM1A 5HU0A 3QP0A 4Z2ZA 3OQAA 2QHYA 1EC3A 2AOHA 5P4PA 4I8ZA 5JFUA 3NU6A 5P41A 3GW5A 3PSUA 4S1GA 5P04A 2IQGA 5P4ZA 6FIVA 4EHCA 4DJQA 5P8KA 2QI7A 3MWSA 2VIJA 4D83A 4Y54A 5P4MA 2H6TA 1ENTE 1NSOA 5P7MA 4GB2A 3TOFA 2G94A 4RROA 3APRE 3S56A 3UDRA 2ZYEA 1D4YA 4GJ7A 4B70A 5P25A 5P02A 4ACUA 5P3KA 5P2KA 5P8TA 3KM4A 5P78A 2R38A 1QRPE 4Y5BA 5P6IA 5AHCA 2IL2A 5OZUA 4Y5KA 5P6RA 2PWCA 1K6VA 3MSJA 2G69A 4LXAA 4NJUA 4RZ1A 4CPRA 4I0JA 5P7KA 2NR6A 2RSPA 5P6DA 3VYDA 5HTZA 3GI0A 4CP7A 3LZSA 4Y3FA 5P10A 1IIQA 1G0VA 1CPIA 2R9BA 5P4QA 5P45A 4Y3SA 2XFKA 2Q64A 2BPXA 4HDPA 3LIYA 3OGPA 1EPQE 1T7IA 4EP3A 3LITA 1FQ6A 3UF3A 1YG9A 1MTRA 3OQFA 4D89A 3DCRA 1C6ZA 1AM5A 1ZTZA 1HVIA 5P6CA 2AODA 4Y41A 3PM4A 3BVBA 2O4KA 5P0HA 3ST5A 3AUPA 2PK6A 1ZSRA 3T7PA 5OYSA 5P59A 2ER9E 3ER3E 4Q5MA 3S43B 3VF5A 4Y4XA 4J0PA 1FQ7A 2WF3A 5OYYA 3UQXA 4QJ6A 3KT2A 3OGQA 4WY6A 4I8WA 5P3HA 2QD8A 4FSEA 2WEZA 5P3TA 4DH6A 5BWYA 1FLHA 1HPSA 3S7LA 5P12A 2XYEA 5P63A 5P5IA 4Y5GA 1KJ7A 3FKTA 3O9IA 4YDFA 5P3QA 4H3GA 1E81E 8HVPA 4Y3GA 5P1GA 1W6IA 3INEA 4B77A 4X2LA 4IVSA 4Y3PA 3QPJA 4I0FA 5P6AA 3UDQA 2FLEA 4OBGA 5P18A 1GNMA 5P34A 5P5GA 4Q1WA 3K4VC 5P0WA 3O9CA 2QZXA 5P73A 4RYCA 3SA9A 3OTYA 4F75A 4MC1A 5P3UA 5P64A 5P6WA 5P7IA 2AZBA 3S8IA 1YM2A 3F9QA 5P2JA 3TNEA 4ER2E 3QS1A 3BVAA 4FE6A 4GJBA 4K4QA 1HIVA 5P4GA 3ZKIA 4AMTA 4K4RA 3GGUA 5OZJA 2ZGAA 4R95A 1LEEA 2AZ9A 3OU4A 4U7VA 3HBOA 2AOJA 5P8LA 1KJHA 4FM6A 2ZJKA 3L58A 3SA4A 2G22A 1PSAA 1HSGA 2QK5A 3D3TA 1G35A 2F8GA 5OYXA 2G1SA 5P4WA 2FDEA 3LPIA 3C9XA 4I0ZA 2G1NA 4R5NA 5P2IA 1FKNA 6APRE 4H3FA 2QU3A 1HXBA 5P54A 1QBRA 2WF2A 5APRE 5P0NA 4KB9A 4EWOA 3U6AA 1M4HA 1IDAA 5ENMA 4MC2A 3I6OA 1MSNA 5P2MA 3QIHA 3BUHA 2BQVA 2VIZA 5HDZA 1XL2A 2IENA 5P1EA 3UTLA 2Q3KA 5P6VA 2AVQA 4Y50A 3Q70A 3VYFA 3HAWA 1Q9PA 4X7IA 2QI4A 1YTHA 1HSIA 1A94A 1HTRB 2WJOA 3VLBA 5P15A 5P1UA 4Y3RA 2P3AA 5P7YA 2VNNA 4CPSA 5P7FA 5OZSA 5P1MA 2QAKA 1PSNA 2I4UA 5DR7A 3OTSA 4QJ2A 5CONA 4DJWA 1BIMA 4Y4TA 3L38A 5AHAA 1PPME 3PWRA 3EM6A 2OHLA 5P76A 2P8HA 4B1DA 2QMPA 3HLOA 3OU1A 2OHMA 2HIZA 2F81A 2WF1A 2JYSA 4Y51A 1TSUA 1PPKE 2AZCA 5P8QA 4RVJA 5JFPA 5P08A 5P8EA 5P1KA 5P0BA 5JODA 4DUSA 5P4XA 5I70A 4I0GA 4JPEA 5P4LA 2BPZA 5P03A 5P0KA 1M43A 3EKYA 2WEBA 3QAAA 3TPLA 3NDUA 2WHHA 3UDYA 1XE6A 1M0BA 5P3SA 2WECA 5P8FA 3OAGA 4QJ9A 3OU3A 4M8XA 5P1YA 1PROA 3BUGA 4Y5AA 4DVFA 4DQGA 2PSVA 2F3KA 2PQZA 2ZJHA 3UCBA 4FRIA 1D4JA 2ER0E 4Y39A 5SY2A 5P6TA 5P7RA 1N49A 3LIVA 5P13A 2B60A 5P3YA 5P3GA 2OHPA 3GGAA 1ODYA 3SA5A 2Q54A 3FX5A 1MPPA 4RRNA 5P53A 3K5FA 5OYQA 3KDBA 3KMXA 5AGZA 5AH6A 4Y47A 1FQ4A 5P37A 3NUJA 5P7TA 1AZ5A 3BC4A 1PPLE 3PI0A 4U8WA 5P51A 4Y3QA 5HDXA 3VG1A 4KUPA 5P3FA 5P5SA 3KMYA 3I2LA 1YT9A 1MUIA 5P70A 3LIQA 4I0EA 5P4KA 4ZPFA 3B7VA 4NJVA 5P80A 1FQ8A 4OC6A 4JOOA 4AA8A 3QRMA 5I3WA 1W51A 3PGIA 4PZWA 4L1AB 5P6KA 5P4BA 3TLHA 2ZJJA 3NXEA 1APTE 3UQPA 5P5LA 1HBVA 4Y3ZA 3K4VA 3QBFA 4K8SA 2AIDA 2AOIA 3LZVA 2NXDA 3NWXA 1RPIA 4B1EA 3Q4BA 3UDPA 1ZJ7A 3PJ6A 4HA5A 5P6SA 3ZKQA 2ER7E 1E80E 5OZGA 3BXRA 4ZE6A 4GJ6A 1FFIC 3NDTA 5P2VA 2OHUA 1ODWA 1EBWA 3EKQA 3MXEA 1GNNA 2R5PA 5DGWA 4CPTA 1T7JA 1NPAA 4Y43A 4J5JA 3PWWA 5P56A 1ZBGA 2NNKA 3A2OA 1HTGA 3JW2A 1XDHA 5P8HA 1MEUA 5P6ZA 3K1WA 5P3LA 4LBTA 2PWRA 4LAPA 5P8PA 5P8SA 1LS5A 5P2LA 3NR6A 1NPVA 4WTUA 4I11A 5P4RA 3EM4A 4OBZB 5FIVA 5OZ6A 2JE4A 4DJPA 4H1EA 3PMUA 1EPNE 1GVVA 5P61A 4GZFA 3URIA 2AOEA 4U7QA 3QBHA 2G1OA 3VF7A 4I0HA 2OHRA 5BS4A 5OZKA 1HVHA 4YE3A 3DUYA 3CMSA 5P5FA 1TCWA 2RKGA 5P5DA 4HVPA 3TL9A 2BPVA 3O9LB 2P83A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4XX3 A;  4YD7 A;  5IVS A;  3S43 A;  5P67 A;  3GI6 A;  5OZW A;  5P7Z A;  1D4H A;  1QBT A;  4GJ5 A;  1EBK C;  4FL8 A;  1D4K A;  4HEG A;  2VJ7 A;  5OZ8 A;  4Y4J A;  1DW6 C;  2IGY A;  2QMF A;  3EL1 A;  4HDB A;  2I4V A;  2CEM A;  4PYV A;  5OZ0 A;  5DQ5 A;  1E82 E;  5P3E A;  1NH0 A;  3KA2 A;  5P5T A;  4J54 A;  4YHQ A;  5P19 A;  1IZE A;  2ZE1 A;  5P71 A;  5IVT A;  3VV8 A;  2AVV A;  3NDW A;  5P2A A;  1ODX A;  3O9F A;  4D8C A;  5P1S A;  3ZL7 A;  5P74 A;  1LV1 A;  3GI4 A;  3CIB A;  5P32 A;  1IZH A;  1HIH A;  4Y3Y A;  5P55 A;  5P7S A;  3TH9 A;  5P3C A;  4YD3 A;  2ER6 E;  3RSV A;  1BBS A;  2R3W A;  7UPJ A;  2IGX A;  3OXX A;  1ER8 E;  5HDV A;  3SKG A;  1G6L A;  4HDF A;  4Y5P A;  5P8N A;  5DQC A;  4YD5 A;  4ZLS A;  1YX9 A;  2ZHU A;  1BVG A;  4J1E A;  4R92 A;  3ZKM A;  4EYR A;  1HTF A;  4ZEA A;  3QI1 A;  3FNT A;  3BUF A;  5P1T A;  5P5O A;  4CPQ A;  2UY0 A;  3PI5 A;  2HAH A;  4Y4E A;  1HEG E;  2PSU A;  1K1U A;  4OBD A;  3UQW A;  2VS2 A;  2V16 C;  1FG8 C;  2Q55 A;  5P5Y A;  1AAQ A;  1K2B A;  4CPU A;  1SH9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3PEP A;  1UH7 A;  2MIP A;  2NPH A;  3EKW A;  2FIV A;  5F01 A;  5UPJ A;  1HVK A;  3R0W A;  4Q1X A;  3UDH A;  2NMZ A;  1B5F B;  5P8D A;  3K5C A;  4K4P A;  3O99 A;  5DQ4 A;  5P43 A;  1T3R A;  5P4Y A;  4JP9 A;  1LYW A;  4FS4 A;  3O9H A;  4ZSM A;  5P5X A;  4PEP A;  3I7E A;  3I25 A;  4Y3L A;  2WED A;  3Q3T A;  4ZIP A;  3IVI A;  2ANL A;  3CID A;  3ZKX A;  3OY4 A;  2QD6 A;  1DAZ C;  5OZ7 A;  5IE1 A;  4Y44 A;  5P5J A;  1BVE A;  5OZ9 A;  5P2X A;  3SM1 A;  5P68 A;  5P7C A;  2VA7 A;  5P2N A;  3NWQ A;  3TPP A;  5P1L A;  5P7B A;  5P1O A;  5E5K A;  4DJU A;  4FRS A;  4DJY A;  1QDM A;  2QI5 A;  3SLZ A;  4XXS A;  5ISK A;  4KE0 A;  5E5J A;  5P3O A;  3UQR A;  1A8K A;  3EL4 A;  3NU9 A;  1MSM A;  5P6O A;  5P4U A;  5P77 A;  4EXH A;  3T7X A;  4DI2 A;  4RRS A;  1LYA A;  1B6M A;  2QCI A;  3I8W A;  5P5N A;  3RTH A;  5P2O A;  3OQ7 A;  4XX4 A;  1SIP A;  4KE1 A;  3O9D A;  2O40 A;  5P47 A;  3N4L A;  5COK A;  4J1C A;  4F76 A;  5P6J A;  2G27 A;  5P8R A;  4A6C A;  5IVR A;  1TSQ A;  3B80 A;  5P2Z A;  1YTJ A;  5P7E A;  1LF3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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