2FDPA

Crystal structure of beta-secretase complexed with an amino-ethylene inhibitor
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
388
structure length
373
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Aminoethylenes: a tetrahedral intermediate isostere yielding potent inhibitors of the aspartyl protease BACE-1.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 89
structure length 373
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2005-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fdpA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2fdpA02
2IENA 3EL5A 1IZDA 5COOA 4ZIPA 5P7EA 5P2BA 3SA3A 4J17A 2F80A 4Q5MA 1YTJA 3CKPA 4B0QA 5OZ4A 5HDZA 5P38A 4JOOA 5P1XA 5P1RA 3ER5E 5P70A 5P7QA 1B5FB 5P6YA 2XFIA 2APRA 2NPHA 4APRE 3QBHA 5P2OA 3DUYA 1BXOA 4FM8A 1MRWA 1PFZA 2FNSA 1C6ZA 2P8HA 1TCXA 1W50A 1M43A 1EPRE 3O9LA 3WZ8A 1A94A 2FDDA 1SP5A 5FIVA 3RTMA 4LBTA 3NDXA 5OZSA 4Y5CA 3U6AA 4QLHA 4Q1YA 4R93A 5P68A 5P6TA 5P2MA 3S43B 3NUOA 4YOBA 4I0FA 4OBFA 5OZ6A 1META 4JPCA 5P4TA 1HRNA 5P62A 3NDUA 3QVCA 2QMGA 5P51A 5P0MA 2HAHA 3K5FA 1W5WA 1IDBA 4QJAA 5P2XA 2QU3A 3G72A 5OZLA 1LYBA 3S85A 4OBGA 5C9DA 4FS4A 3D1ZA 4JP9A 3CIDA 2P3BB 5AH7A 2QZXA 2Q63A 1F7AA 2G1SA 5P3DA 2AZBA 4OBHA 3NSHA 4JPEA 5P4QA 4DQCA 5P5WA 5P2ZA 4B70A 3ZKIA 4Y3HA 3OUAA 4L7JA 5IVSA 3ER3E 1ZPKA 5P3IA 5UPJA 2FLEA 2R43A 1HPOA 1MVPA 5P7HA 1LS5A 1BAIA 1BDLA 1HBVA 4FRKA 3A2OA 1HVIA 3BRAA 5P1CA 3U71A 3UDHA 3K4VC 3FIVA 5JG1A 1FEJC 5P1NA 3UDNA 5KOSA 2AOEA 4U7VA 4D85A 5P7WA 1D4IA 1LYAB 1APWE 5P4MA 1FG8C 4DJRA 4CPQA 1HEGE 2ZE1A 3IXJA 5P7ZA 3BVAA 5SY3A 4APEA 3O9AA 3OXCA 3K4VA 1EPOE 3DV5A 3KFRA 2G24A 5C9BA 5P55A 4YBFA 4H1EA 5P1JA 5P3MA 3NLSA 3ZKSA 4DJYA 4PYVA 4J1KA 3SA9A 1Q9PA 1FQ8A 3JW2A 1HIIA 3IA9A 2AOHA 2WF2A 4DJPA 2AOCA 3AIDA 4Y4UA 3LZVA 5P76A 4Y5NA 4U8WA 4YD7A 5OZYA 3EM4A 3OQAA 4Y5GA 1ZSRA 1HHPA 2WHHA 3UDJA 3OUCA 5P82A 3BXRA 5P4UA 2I4QA 4FE6A 2QI6A 1ZLFA 3O9DA 1FMBA 4AA9A 1AVFA 5P1DA 2O4LA 2PC0A 2Q3KA 4Y39A 4Z22A 5P75A 2IEOA 1APUE 2I4XA 5EZXA 4Y3WA 3VV8A 5P0FA 2QI0A 3NU3A 3B80A 4FAEA 5KR0A 3S7MA 4AZYA 2VIZA 5P0RA 4Y4GA 5P8HA 1KZKA 2I4WA 3ZKQA 1ZBGA 5P8KA 4XXSA 5ER2E 5SXNA 4YE3A 3TPPA 5P00A 1HEFE 3TH9A 2AZ9A 3GGAA 2PK5A 5P2FA 2WJOA 4FSLA 5P6IA 4YD6A 3SQFA 1F34A 3PCWA 3NXNA 3EKPA 1YTHA 5P2EA 5AHCA 3S2OA 1DW6C 2RKFA 3HBOA 4Y3LA 5P1LA 2QD8A 4Y3FA 2OHQA 4KE0A 2QMDA 4H3FA 2XYEA 4FRJA 5P4RA 5OYUA 5P2VA 5DGUA 3UDYA 3INEA 2QZLA 5P2WA 1LV1A 3VFAA 2PSUA 4F74A 1MIQA 1FKNA 4ZSMA 5BWYA 5P53A 2Q54A 5P6JA 5P8RA 2QD6A 5HE5A 3K5DA 1LF4A 1A8KA 2F3KA 1E81E 2G94A 5KQXA 3JVYA 1MTBA 2R38A 4M8XA 5OZQA 5OZPA 5P5KA 3MWSA 3OGPA 5P3XA 5P6CA 4Y35A 1YT9A 1QBRA 1GVUA 4TVHA 3L3AA 5P45A 4GJ7A 2ER9E 4NJSA 2QHCA 5P2GA 1ODXA 2PWRA 4DQEA 2PQZA 1GNNA 4J1CA 5P2DA 5P8FA 3ZPTA 1HVCA 1FQ5A 3DOXA 1K6PA 1BVEA 5P2YA 1XE5A 2F81A 3KT5A 1TQFA 4B1CA 5P8GA 5OYRA 3KDBA 1T6EX 1HVSA 3OUDB 4YBIA 1HSIA 4J55A 2FXEA 3H5BA 3GI6A 1XN2A 4R5NA 4RRSA 4Y57A 5OYTA 5P17A 1M0BA 5P83A 5ISJA 3PSYA 1XL5A 1ENTE 5P4XA 1A30A 1FQ6A 4Y45A 3SLZA 3B7VA 1MSNA 4YCTA 1HVRA 2B7ZA 5P7BA 1K1UA 5OZVA 2G1NA 3EKYA 1EPLE 5P7FA 2ZJKA 3OHHA 1CZIE 4FRIA 5OYSA 1RV7A 1AXAA 4FL8A 3QN8A 1K6CA 5P08A 3I2LA 2QZKA 3GI0A 3KDDA 2NXLA 4HE9A 3L5CA 1Z8CA 2AQUA 3EKTA 3UQXA 5OZEA 1ODYA 5P6MA 3MXDA 5P14A 1AJVA 5P3WA 2IQGA 5J25A 3SFCA 3JVWA 5AHAA 5HD0A 5P8IA 4RVJA 4QJ7A 5KQFA 1IVPA 5P6NA 5OZDA 5P66A 4CPXA 5OZ2A 1FLHA 2VJ7A 3IGBA 5P7IA 3LIXA 4EJDA 5P0LA 5OZKA 3R4BA 4PEPA 3Q4BA 1EC1A 3D1XA 4OC6B 4RLDA 4U7QA 5OZZA 4D83A 2PSVA 3S56A 4I8WA 1SBGA 2OF0A 4OBJA 4I0ZA 2Q64A 1C6XA 3TOHA 4RZ1A 4Y41A 5P23A 5P0CA 4EP2A 2HC0A 5P4KA 5P0WA 3U7SA 1XN3A 1ODWA 2IGYA 1UH7A 1C6YA 2Q55A 4FLGA 5P40A 5P42A 3KA2A 3O9BA 3K5CA 2AVQA 5P11A 1TW7A 4AMTA 4BEKA 4Y3JA 1IZHA 2HB4A 5P7VA 3BUFA 5KR8A 3H0BA 3T7QA 2AZ8A 1BDRA 1ER8E 4R95A 5P4EA 4OBDA 1ZPAA 1AZ5A 4DJXA 2P3CA 1HVKA 4UPJA 2FGVA 3ZOVA 4D8CA 5P3OA 3EM3A 1PPKE 3OQ7A 3PRSA 2I1AA 4YD4A 5P2TA 5P24A 3HZCA 3OU1B 3OU4B 5P63A 1EC3A 4Y5BA 2AVOA 2OHMA 4YDFA 1MPPA 4Y3RA 3PBDA 5P1GA 3SO9A 1EAGA 2WKZA 5P1KA 4LAPA 2UXZA 3Q3TA 3DK1A 4Y5LA 5P6EA 2AVVA 3VSWA 5P04A 2O40A 5OZJA 5P6KA 1PPME 5HVPA 1EC0A 2BQVA 4X2LA 4ACUA 3ZKXA 2XFJA 3VYFA 3I6OA 5P6ZA 2J9KA 1ZTZA 1EBZA 3GGVA 5P5JA 2BBBA 4ZPFA 3LZYA 4EXHA 3KFNA 2AIDA 2FGUA 4J1EA 1SIVA 4IVTA 3LNKA 5P31A 5ISKA 5P44A 1MERA 3TL9A 3NWQA 5P19A 4LP9A 5P0OA 1BXQA 5P2RA 5P47A 2WEAA 3KDCA 2I4UA 4X7IA 1K2CA 4HEGA 4B05A 3SA5A 3WB4A 3OADA 1EPME 5APRE 2QK5A 3GW5A 4RRNA 3L38A 1PSOE 5SY2A 1W6IA 2QMPA 5P81A 1QRPE 3S43A 5JFUA 4HA5A 2V16C 3OAGB 5P1TA 1QBTA 3O9IA 3NU6A 3HD8A 5P6AA 4DQHA 4XX3A 3O99A 3RTNA 3ZMGA 5P39A 5P7LA 3WB5A 1SMRA 5JFPA 3GI4A 4LHHA 3OWNA 5P5OA 4CKUA 5IVTA 5P80A 5P52A 5P4PA 5P8NA 4S1GA 4Y44A 1BBSA 2ER0E 2P3BA 4OD9B 4Y3SA 1FMXA 1XS7D 1FQXA 5P0GA 5KQZA 1ZP8A 4YDGA 5OYZA 5P7XA 4K8SA 1RQ9A 3FX5A 3LINA 4B1DA 3DV1A 5I3XA 3EMYA 5P3NA 1QS8A 4FAFA 4H3JA 3UHLA 4K4QA 1BV7A 4D89A 1SDVA 5P7NA 2VS2A 1HOSA 2OHPA 2ER7E 3UDQA 2PK6A 4I0JA 2I0DA 5AH8A 1D4JA 5P20A 5OZ8A 1B6KA 1M4HA 2PH6A 2WECA 2FDEA 5KOQA 3SA7A 2PMAA 2G20A 1PROA 4Y6MA 4BELA 5P6RA 2V0ZC 2ZJNA 5P7OA 4EPJA 3OXWA 5OYXA 3HVPA 4J0YA 4ZSRA 5P6HA 1AIDA 5P8LA 1U8GA 1D4KA 3O9CA 2IL2A 3NXEA 2BPYA 5P36A 3OU3A 4M8YA 4OBZA 4FGXA 4J0ZA 3O9LB 1BWAA 5P4CA 1MEUA 4J54A 3HDKA 5E5JA 3GGXA 3BXSA 2QU2A 1T7KA 5P1FA 4CPTA 3PM4A 2IS0A 3TLHA 8HVPA 2OHRA 3OQKA 1GNMA 2AOIA 3Q6YA 4L7GA 5TOLA 3EBZA 2ZDZA 3T7XA 4CPSA 4NPTA 4EHCA 1SMEA 3EC0A 4Y36A 4Q1XA 5OZ5A 2R3TA 3D3TA 3OK9A 3QAAA 5P3VA 2I0AA 2WEBA 3ZLQA 5HCOA 1GVVA 3T7PA 1LYBB 5I3YA 1YM2A 2NMZA 3EL1A 4HVPA 5OZTA 7HVPA 5P3JA 4I0EA 1APVE 4EXGA 5P0KA 5P13A 1W51A 3KYRA 1PSAA 1DIFA 3UTLA 2SAMA 4J0PA 4A6CA 5P01A 1HXWA 5P0IA 1HSGA 5C9FA 3BUHA 5P16A 5OYWA 3OOZA 3CMSA 5P4ZA 3KT2A 3MSJA 5P02A 2G27A 2PYNA 2OHSA 4I1CA 5DQCA 3PWMA 4Y3MA 5P71A 3SABA 5P0BA 4ZSQA 1BDQA 5P6LA 2QNNA 1ZSFA 2Z54A 2IKUA 2VIJA 5P77A 1EEDP 2FMBA 5P5ZA 3NU5A 4MC1A 2ZJJA 4Y4BA 1T3RA 4YOAA 5P5VA 3TTPA 2Q11A 5P5GA 3PMYA 5P6WA 2BJUA 5P3RA 4EJKA 3NWXA 5DQ1A 2B42A 3R1GB 5P5BA 5P0ZA 5P4WA 3QPJA 3PHVA 3D91A 5P7SA 5P5DA 2QI3A 5P7CA 4DJUA 3OQFA 2G1RA 1B6PA 1WKRA 1KJ4A 3LITA 5ENMA 3LIZA 5P8VA 4Y43A 2ZGAA 1DP5A 5P3EA 4GZFA 1HWRA 3LHGA 1HIHA 4LL3A 4Y3YA 5P6QA 5P87A 5P3AA 5P4HA 5P0YA 5P1VA 3ZL7A 5IS4A 1FMUA 4NPUA 3PI5A 4LXMA 5P5UA 4Z50A 3I25A 4WY6A 4OBKA 5P73A 2VKMA 3QS1A 3TKWA 2NTRA 5P4OA 5P5SA 4I0IA 3OHFA 3DCRA 1GVXA 1MRXA 3DM6A 4Y5EA 3OXVA 4Y4ZA 3QIHA 2AOFA 4DQGA 2PSGA 5HDXA 3TOFA 1D4LA 1FQ7A 5OZIA 5P6UA 1N49A 3DJKA 5P4LA 5P48A 2HIZA 2RENA 1W5VA 4B77A 4I0HA 4J5JA 1IZEA 4GIDA 4BFDA 5SZ9A 1UH9A 5P7JA 4F75A 2G69A 1EPNE 3TOGA 5OZFA 5P5MA 5P1OA 5HDUA 3EKQA 1MT8A 3IVHA 4J0TA 3BVBA 3KM4A 2NMYA 1AM5A 2OHUA 3L5EA 2CENA 5P69A 2Q5KA 3UDRA 2V12C 2IGXA 2VNMA 2VA6A 3CYWA 3EL4A 4Y54A 5P0EA 1BILA 3PWRA 4NJVA 5OZBA 1T6GA 4K4PA 5P49A 3VG1A 3BC4A 4R8YA 2BKSA 2FNTA 3NDTA 4DJWA 5OZXA 4Y5PA 2Z4OA 5P33A 2HS1A 2R5QA 2JYSA 5HU0A 4GJDA 2WF1A 3MSLA 4L1AA 3R2FA 2P4JA 5OZMA 3VCMA 2QD7A 5P8QA 5OYQA 4KB9A 1JLDA 5COKA 5P0AA 3G6ZA 2QCIA 5P7UA 5P18A 2B8VA 5P3ZA 5P5EA 5P3QA 1MESA 5OZWA 3T3CA 4I8ZA 3TKGA 4YCKA 5P41A 2BPXA 3UCBA 1HPXA 2P3DA 4FM7A 6UPJA 5ER1E 3UF3A 1IZIA 5P5QA 1KJGA 1J71A 3NDWA 5AHBA 5P59A 2RSPA 3PSGA 1HSHA 5P1EA 4RCFA 3EL0A 5P7YA 4RVIA 1OEXA 4Y5MA 5P3TA 5BS4A 1MTRA 4RGHA 5P50A 1NPAA 3IN4A 3R0YA 3VF5A 2VIEA 2BB9A 2B7FA 5P4BA 4DFGA 3UQPA 2ZJHA 3PEPA 3IXKA 5IVRA 3IAWA 5P84A 1FQ4A 3EL9A 4Y58A 5P56A 3OU1A 3OU4A 5P30A 1RL8A 5P2NA 3SKFA 3NYGA 5P2SA 1APTE 4J1FA 3SM2A 1ME6A 4Y3GA 5P6FA 3OXXA 1HVHA 1PSNA 3OTSA 1HPVA 5P4YA 4I10A 5EZZA 2IKOA 5P86A 5P58A 3IXOA 1AAQA 2J9JA 5P0VA 3L5DA 3T11A 1LF3A 1G35A 1TSUA 2V11C 4F76A 2VJ9A 3PLLA 1XE6A 1OHRA 4HDFA 5P4GA 5T4SA 5P8TA 5P8AA 2R3WA 1E82E 5P8CA 3ST5A 3PMUA 4ZLSA 1FFFC 4RROA 3SA6A 1FB7A 3OUBA 4LXKA 4NJUA 5CONA 5DQ5A 4Y3AA 1SGUA 2AODA 3PBZA 3OY4A 4J1HA 5P5IA 4DPIA 2QI5A 2ZHSA 3UQUA 4B1EA 4DQFA 5KR2A 5OZOA 4L7HA 3NR6A 3VEUA 1KJFA 1DPJA 5P2KA 3OAGA 1RNEA 3EM6A 3L5FA 1B5FA 5I3WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IEN A;  3EL5 A;  1IZD A;  5COO A;  4ZIP A;  5P7E A;  5P2B A;  3SA3 A;  4J17 A;  2F80 A;  4Q5M A;  1YTJ A;  3CKP A;  4B0Q A;  5OZ4 A;  5HDZ A;  5P38 A;  4JOO A;  5P1X A;  5P1R A;  3ER5 E;  5P70 A;  5P7Q A;  1B5F B;  5P6Y A;  2XFI A;  2APR A;  2NPH A;  4APR E;  3QBH A;  5P2O A;  3DUY A;  1BXO A;  4FM8 A;  1MRW A;  1PFZ A;  2FNS A;  1C6Z A;  2P8H A;  1TCX A;  1W50 A;  1M43 A;  1EPR E;  3O9L A;  3WZ8 A;  1A94 A;  2FDD A;  1SP5 A;  5FIV A;  3RTM A;  4LBT A;  3NDX A;  5OZS A;  4Y5C A;  3U6A A;  4QLH A;  4Q1Y A;  4R93 A;  5P68 A;  5P6T A;  5P2M A;  3S43 B;  3NUO A;  4YOB A;  4I0F A;  4OBF A;  5OZ6 A;  1MET A;  4JPC A;  5P4T A;  1HRN A;  5P62 A;  3NDU A;  3QVC A;  2QMG A;  5P51 A;  5P0M A;  2HAH A;  3K5F A;  1W5W A;  1IDB A;  4QJA A;  5P2X A;  2QU3 A;  3G72 A;  5OZL A;  1LYB A;  3S85 A;  4OBG A;  5C9D A;  4FS4 A;  3D1Z A;  4JP9 A;  3CID A;  2P3B B;  5AH7 A;  2QZX A;  2Q63 A;  1F7A A;  2G1S A;  5P3D A;  2AZB A;  4OBH A;  3NSH A;  4JPE A;  5P4Q A;  4DQC A;  5P5W A;  5P2Z A;  4B70 A;  3ZKI A;  4Y3H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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