3DUYA

Crystal structure of human beta-secretase in complex with nvp-afj144
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
388
structure length
370
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure-based design and synthesis of macrocyclic peptidomimetic beta-secretase (BACE-1) inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 370
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3duyA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3duyA02
1MT7A 4L7HA 5P7JA 1J71A 2Q11A 5P79A 4ER4E 5HU0A 5OZUA 4OBDA 5P5SA 7UPJA 4ZSRA 5P51A 4RVXA 4AMTA 4Q1NA 1ZJ7A 5P1KA 5OZAA 5P1LA 1GVWA 5P12A 4Y37A 4APRE 5OYYA 5AH8A 5P0LA 3OK9A 4YD3A 1EPNE 5OZXA 1PFZA 5P6GA 3QRSA 4J5JA 5OZHA 2WF4A 3KT2A 1B6LA 4L1AA 4RZ1A 4YOAA 1HIHA 1PROA 5KAOA 1ME6A 4FE6A 3QS1A 1XS7D 5P3KA 1HPOA 4YD4A 4Y3AA 3O99A 3VEUA 3KM4A 1C6YA 5P48A 2Q54A 3IXKA 2FDDA 1A9MA 3KDCA 3K4VC 5P4PA 5KR1A 4EJDA 2RSPA 2H6SA 4YDGA 3UDNA 1HEFE 2PSVA 4YCYA 2JE4A 2IL2A 4Y3WA 1GVTA 5P1SA 1XE6A 2SAMA 4Q1XA 5EZXA 4R93A 3LPIA 2F3EA 3TKGA 3ER5E 4Y5BA 2HPFA 2OHUA 1HVKA 5P5WA 1LEEA 4J0TA 3TKWA 1MEUA 4Y5MA 3LIVA 4K4PA 1T6EX 4B00A 5DR3A 2FGVA 1HPVA 1TCXA 1HTEA 1MIQA 3OXVA 2IENA 4F73A 5KQXA 3SACA 4Y48A 2BB9A 1SIVA 5P5DA 4ACXA 2B7ZA 4GJCA 4Y4GA 3NU3A 5P2VA 3EKWA 3ZKMA 3GGAA 4CP7A 5P3CA 1HTGA 2QU3A 2G1RA 2V10C 2G94A 4IVTA 4OD9B 2NNKA 4KB9A 1ZPAA 5P14A 2AQUA 3CYXA 3LIYA 5P8VA 1KJGA 4DQCA 2QD6A 2PYNA 3PSUA 4NJVA 3QAAA 4MC9A 3FNTA 4OBHA 4YE3A 1FQ4A 5P7LA 5P7YA 1SMRA 3AIDA 2ANLA 4Y58A 1AVFA 5P49A 5OZVA 2UPJA 4K9HA 3NSHA 3FSMA 3DV5A 4GB2A 5P3PA 5AHCA 3UHLA 4EPJA 2OHKA 5P73A 5P5NA 9HVPA 5P25A 5C9DA 5AH6A 2R5QA 4QJ8A 5P8RA 1FQ7A 2QMGA 1T7IA 5P4HA 5DGUA 4I0HA 3F9QA 2QI7A 1HSIA 2ZHRA 2G21A 1HIVA 4Y4TA 2VNMA 4UPJA 3M9FA 1D4JA 4GJ6A 4QLHA 2R9BA 1EPLE 4MC1A 4RYCA 4U7VA 1B6JA 5P4AA 3ZKGA 1RPIA 4Y6MA 5I70A 5P8QA 3HAUA 1LYWB 2ZJMA 4DQBA 2G24A 3VLAA 3CICA 4GYEA 4OBGA 6FIVA 2HC0A 5JODA 2QCIA 3ZOVA 4B0QA 4I0FA 4PHVA 1MPPA 4XKXA 5P3ZA 1AM5A 3VSXA 3IA9A 1KJFA 5OZ7A 2VA7A 3S8IA 2IKOA 5P2CA 5HE5A 1DPJA 1EPPE 1MT8A 3Q4BA 3RTMA 5P5XA 4WY6A 2AZCA 3PHVA 3GI4A 2O4SA 5P71A 5OZDA 1FQXA 4ZPGA 2ZJKA 3ZKIA 2NXDA 3SA6A 3KFPA 3S2OA 3DM6A 5DQ4A 2PSGA 1B11A 3URIA 5C9FA 2VA5A 2CEJA 4J1IA 4OBFA 4R5NA 1UH7A 3MSJA 5P0RA 5P5CA 2ER0E 1EC0A 5P1HA 4AZYA 1E80E 4Y4BA 5CONA 3S53A 2WEAA 3SABA 1BXOA 3NU5A 3GGXA 5P2DA 4ZPEA 2AOHA 3O9LB 5P4JA 5P0WA 1CPIA 5OYWA 1W5VA 3OUAA 3MSKA 2BBBA 4DJVA 5ISKA 2OHNA 4J54A 4Y38A 2PH8A 2VNNA 5P10A 3DCKA 5P32A 1A94A 3PWMA 2QI5A 2R3TA 3SKGA 4B1DA 1FQ5A 2IKUA 4BELA 3OU4A 3OXXA 5P5MA 3OU4B 2OHLA 1GVUA 5P4VA 2I4DA 1N49A 2O4PA 3VCMA 5IVTA 1GNMA 4H3IA 5P6TA 4Y5NA 1OEXA 1LYAA 1B5FA 3PWWA 4COEA 3PI5A 4I0IA 2IQGA 3KA2A 3EKQA 3KMYA 4RGHA 5IVQA 3HVGA 3OU1A 3BVAA 5P80A 4HLAA 5AGZA 4DVFA 5P5EA 5P58A 5SXNA 2J9JB 2ZJLA 4DJQA 5P5BA 3PBZA 1XL2A 4EP2A 1HVIA 5P7CA 4BFDA 5OZ0A 3EM4A 3GI6A 2BPXA 1PSAA 5OZNA 5P4BA 2QHYA 5OYZA 5P89A 2ZJIA 1IZHA 3RTNA 5P0HA 3INEA 4Y5LA 5P0YA 3OGPA 5P3RA 4NPUA 5P3YA 2VIEA 1WKRA 3PSYA 5DQ2A 3VV6A 5P8OA 5P1AA 5P1EA 3L5BA 4I11A 1W5XA 3NU4A 5P4TA 4RRSA 3OADA 5P0SA 4K8SA 1DW6C 4J0PA 2HIZA 2OHSA 2G1SA 5P31A 2WJOA 3PI0A 4K4RA 4RCEA 5P5VA 5OZSA 4J0VA 5P2AA 3ZPUA 5P46A 2QNQA 6UPJA 4B77A 4J1FA 5P0ZA 5OZBA 5DQCA 3AUPA 2R5PA 5P4KA 5P7HA 4D8CA 1IVPA 4DPFA 1SDTA 3DK1A 2VIYA 3EMYA 3NWQA 4FGXA 2B7FA 1G0VA 4HDBA 1DIFA 5P4MA 5P0AA 5P8BA 4ER2E 1HHPA 3IN4A 1FMUA 2OHTA 3NXEA 2QMPA 1HVRA 2JYSA 5HE4A 3PWRA 2AOCA 4S1GA 5P47A 3L58A 5P2WA 2EWYA 2Q3KA 3LITA 3EL9A 3MXDA 4NJTA 3PCZA 2AOEA 5P2TA 3O9CA 1HIIA 3LHGA 5P7KA 4D88A 2AZ8A 4HZTA 1F7AA 1EBZA 5AH9A 4A6BA 4DFGA 4QJ7A 3D91A 1QDMA 1IDAA 3A2OA 3FV3A 5P59A 3U6AA 3WB4A 3K5CA 4Q1YA 3RTHA 3UDHA 3DJKA 1G6LA 2G27A 4XX4A 1FMXA 5P18A 1HPSA 1HVCA 5E5KA 2IGXA 1MSNA 1BXQA 2AVQA 1MT9A 3BHEA 5OZ9A 4ER1E 1ZSFA 4RROA 5P0CA 3INHA 4OC6A 3ZMGA 1GVVA 3GGUA 3VF5A 3T7QA 3S85A 3EL5A 3SA8A 2F3KA 4JOOA 5P81A 4TRWA 3D1ZA 6APRE 4GIDA 5OZWA 5OZGA 3IAWA 2O4KA 3PSGA 1XL5A 5P09A 1HBVA 3EKXA 1ZTZA 3O9EA 5P0TA 1TSQA 5P3LA 3UFLA 3WZ6A 1YTHA 5P3VA 5P07A 5OYXA 5P66A 1AAQA 4Y3DA 4CMSA 1TZSA 3K1WA 1GKTA 5P8LA 1QBUA 4U7QA 1W6IA 4X2LA 1EC3A 4A4QA 1XN3A 1SIPA 3LZVA 5P0EA 5P6BA 1G35A 1E5OE 5P2UA 3OUBA 3OY4A 5P4SA 5P1FA 3UTLA 5P5AA 5KOQA 5P0KA 1QBRA 3CKRA 2NXLA 4CPTA 4DI2A 3VFBA 4LXMA 5P83A 3LPKA 5P5OA 5P7TA 2WF2A 3G70A 5FIVA 5P3DA 3IXJA 2AZBA 1Z8CA 3TPRA 5P20A 5P2SA 4Y4UA 4L1AB 1HWRA 3IGBA 1APTE 2V16C 5COKA 1HOSA 2HB2A 1VIKA 5P16A 5P4XA 3I8WA 5P2EA 1NSOA 2NXMA 3K4VA 5P4OA 4DJXA 3OQKA 3DCRA 4OBZA 2B60A 2HB4A 5OZ1A 1TSUA 3I25A 3BGCA 4TRZA 4PPHA 1MRWA 5COOA 4PYVA 5P53A 5P8PA 1HTFA 3KFRA 3ZL7A 4FM8A 2WF0A 3EKPA 1BDRA 1AXAA 4FL8A 1RL8A 4FRKA 5P33A 1RV7A 3D20A 4R92A 5P6SA 4HDFA 2Q64A 4RCDA 2G26A 4Y3XA 4YCKA 5I3XA 1M43A 2AIDA 5OZOA 5AHAA 1NPWA 2BKTA 3HAWA 4WTUA 1LYBA 5P56A 2NTRA 2V11C 1PSOE 2I4VA 5I3VA 5P6HA 3FX5A 2HS2A 5OYUA 4RCFA 5P3FA 5P0UA 3TLHA 4GJ8A 5P85A 1MUIA 3SM2A 4OBJA 1WBKA 2QP8A 5P7OA 2QMFA 2XFKA 5P2LA 5P43A 3N4LA 5P0NA 3BUFA 1BAIA 4J1HA 1VIJA 5P57A 5HDUA 1K2BA 3R0YA 2AVOA 3NWXA 5P27A 5P8SA 2O40A 5OYRA 1EBKC 5J25A 3BUHA 2NMZA 4J1EA 5P5LA 1CMSA 2ZHTA 1PPLE 4DPIA 5P4UA 4GJDA 4Y3NA 3KN0A 1KJ4A 1YTJA 3T3CA 1E82E 2BJUA 5P03A 1NPAA 2QD8A 1ZP8A 5P6JA 4Z2ZA 5OZ6A 5P7FA 1DAZC 4H3GA 4Z50A 3BGBA 4Y51A 1K1TA 1LS5A 1QRPE 3QBFA 3OXWA 2OHQA 4BEKA 3GW5A 1M0BA 5APRE 2Q15A 4MC6A 5P2XA 3MSLA 5P2NA 5P05A 5UPJA 3C9XA 3URLA 5P0DA 4XXSA 4J0YA 4R95A 3ZKQA 4X7IA 4Y35A 2ZJNA 1Z1RA 1SH9A 5P4IA 5P4GA 3NYGA 5P35A 3KF0A 5IVSA 3LIXA 1ZAPA 2FNTA 3OOTA 3INFA 1FLHA 4L7GA 4Y41A 1ZSRA 4NJUA 2V00A 5P77A 1Z1HA 3FNSA 3T7PA 3OAGA 3VYFA 2QZLA 2JJJA 4Y5AA 4XX3A 2A1EA 4LL3A 5KR8A 5P8MA 5P0OA 2Q5KA 1M4HA 4Y56A 5P5ZA 5P50A 4F75A 3KFNA 5HTZA 2IRZA 3PRSA 5KQZA 4FLGA 5P8HA 1SBGA 2OHPA 5OZIA 2QI1A 1RQ9A 4CPRA 2WECA 5P08A 5P5QA 1EEDP 1BWBA 5HDVA 2ZHSA 4JP9A 1XE5A 3Q6YA 2G69A 1E81E 4LXAA 1FB7A 5P6CA 1W50A 1HRNA 1APUE 1AJVA 4Y39A 4LC7A 3VF3A 4F76A 5HE7A 5P8UA 2Z54A 5P38A 4Y4ZA 1GNOA 3BUGA 3SQFA 3NU9A 5P06A 3R1GB 2A4FA 3H5BA 4Y3RA 5P1NA 4Y3FA 2Z4OA 4Z4XA 1ZLFA 4DUSA 3KYRA 3OU3A 2WEBA 1FEJC 1QS8A 4YD6A 5P1MA 4HEGA 1FGCC 3EBZA 2IEOA 5OZ2A 2QD7A 4QJ9A 5P1XA 3NUOA 1EPRE 1A8KA 1XN2A 2BPYA 5P5KA 3NDWA 1YTIA 2J9KA 3PMUA 3PGIA 3NDTA 5P2GA 5OZYA 2P4JA 3T7XA 5OZ4A 5P69A 5IS4A 3L5CA 2ER7E 3BXSA 4ZPFA 1MTRA 1HVHA 4M8YA 5P4YA 2BPZA 3KFSA 5AHBA 1U8GA 4JECA 4Y4WA 5P1QA 2P3CA 2AOFA 1ODXA 1HPXA 1PPME 4Y3SA 2FNSA 2ZJHA 5OZEA 5P7VA 3I6OA 5P7PA 3BVBA 5P1PA 4NKKA 4DQGA 1SGUA 3SO9A 3HLOA 4YOBA 5P37A 1LYAB 2PQZA 5HCTA 1B5FB 3KT5A 4CPXA 1LZQA 4WY1A 5P5JA 4FRJA 5P6VA 3IN3A 2R38A 3OUDA 5P6OA 3OUDB 2F80A 4OBKA 3EM3A 2QZKA 3OU1B 4D89A 5P5TA 1EBYA 3B7VA 4D85A 1ZPKA 3VV8A 3QVCA 2PWCA 3G72A 4LP9A 4I10A 3VG1A 3JVWA 4B1EA 4YD5A 4QJ6A 5P2MA 5P1OA 2QZWA 3Q3TA 3ZLQA 5P1DA 3RSVA 3PVKA 4DJUA 3CIBA 1Q9PA 1SDVA 5P0VA 3NDUA 1LV1A 3HDKA 5P1RA 2Q55A 4AA8A 3O9IA 1FFIC 3NUJA 2IS0A 4ZSMA 2V13A 2QI3A 5P2RA 1K6VA 5EZZA 8HVPA 1FG8C 5P1WA 5P42A 4LBTA 3Q70A 5P3GA 3VF7A 3OTSA 3EKYA 3K5GA 3OQFA 3OADB 4Y3JA 4I1CA 4YD7A 5P6EA 3K5DA 5P28A 5P1IA 3TOFA 5P3QA 3VUCA 4Q1WA 4DJYA 3TOHA 2UY0A 3QI1A 5KQYA 3PMYA 2FS4A 1TW7A 5P3UA 3WZ8A 2VJ9A 5P0MA 3ZKSA 5P76A 3EM6A 5P6IA 3S45A 5P6LA 5P62A 1RNEA 4Y3YA 1EC1A 5P8FA 4DH6A 3TPJA 4I0EA 1EPOE 4LHHA 2APRA 5HD0A 3UDMA 1MESA 2AODA 2CEMA 5P13A 5P8AA 5P52A 5P0JA 2O4LA 4AUCA 4H3FA 4LXKA 4B05A 4IVSA 5P0QA 3UDJA 4Y3GA 2BPVA 4FS4A 2I4WA 3SM1A 5P6FA 5OYSA 4Y4JA 5P8EA 5P23A 3OWNA 4EJ8A 1IVQA 1T7JA 3JVYA 1FG6C 3INDA 5P8NA 2IGYA 3UCBA 5P67A 7HVPA 3HBOA 2NR6A 3UDKA 4Y5EA 4EXGA 3PCWA 1W6HA 4U8WA 2OAHA 1D4SA 4QGIA 3UF3A 4Y3MA 3R0WA 4OC6B 1BWAA 1OHRA 5DR8A 5BRYA 4D83A 3LZSA 2NNPA 1NH0A 4EQ0A 5P30A 4FIVA 2QK5A 3UQXA 3T6IA 4GJ5A 5OZKA 3ZPSA 4I0DA 2G1YA 5OZ3A 3S43A 3OHHA 3TNEA 1FIVA 4Y5GA 4JPEA 5P60A 5P6ZA 5P5FA 5KR2A 5P3XA 5B18A 5P6DA 1BBSA 5P24A 5P6MA 2P3DA 5P15A 3PBDA 3PB5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MT7 A;  4L7H A;  5P7J A;  1J71 A;  2Q11 A;  5P79 A;  4ER4 E;  5HU0 A;  5OZU A;  4OBD A;  5P5S A;  7UPJ A;  4ZSR A;  5P51 A;  4RVX A;  4AMT A;  4Q1N A;  1ZJ7 A;  5P1K A;  5OZA A;  5P1L A;  1GVW A;  5P12 A;  4Y37 A;  4APR E;  5OYY A;  5AH8 A;  5P0L A;  3OK9 A;  4YD3 A;  1EPN E;  5OZX A;  1PFZ A;  5P6G A;  3QRS A;  4J5J A;  5OZH A;  2WF4 A;  3KT2 A;  1B6L A;  4L1A A;  4RZ1 A;  4YOA A;  1HIH A;  1PRO A;  5KAO A;  1ME6 A;  4FE6 A;  3QS1 A;  1XS7 D;  5P3K A;  1HPO A;  4YD4 A;  4Y3A A;  3O99 A;  3VEU A;  3KM4 A;  1C6Y A;  5P48 A;  2Q54 A;  3IXK A;  2FDD A;  1A9M A;  3KDC A;  3K4V C;  5P4P A;  5KR1 A;  4EJD A;  2RSP A;  2H6S A;  4YDG A;  3UDN A;  1HEF E;  2PSV A;  4YCY A;  2JE4 A;  2IL2 A;  4Y3W A;  1GVT A;  5P1S A;  1XE6 A;  2SAM A;  4Q1X A;  5EZX A;  4R93 A;  3LPI A;  2F3E A;  3TKG A;  3ER5 E;  4Y5B A;  2HPF A;  2OHU A;  1HVK A;  5P5W A;  1LEE A;  4J0T A;  3TKW A;  1MEU A;  4Y5M A;  3LIV A;  4K4P A;  1T6E X;  4B00 A;  5DR3 A;  2FGV A;  1HPV A;  1TCX A;  1HTE A;  1MIQ A;  3OXV A;  2IEN A;  4F73 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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