4H1EA

Structure of bace-1 bound to (7ar)-6-benzoyl-7a-(4-(3-cyanophenyl)thiophen-2-yl)-3-methyl-4-oxohexahydro-1h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-2(3h)-iminium
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
389
structure length
386
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and Validation of Bicyclic Iminopyrimidinones As Beta Amyloid Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors: Conformational Constraint to Favor a Bioactive Conformation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 386
sequence length 389
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-09-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h1eA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h1eA02
1GVUA 5P29A 7HVPA 5P6TA 2FMBA 5P6HA 1FKNA 3NU3A 4R8YA 5P3MA 3CIDA 5P1SA 4OD9B 5P4DA 3PI0A 1RQ9A 4DJRA 3LITA 3GI6A 4OC6B 1LYWB 4GJAA 4GJ5A 5EZXA 2ZDZA 2JJIA 4Y3EA 1HVHA 3NU9A 4TRWA 3EL9A 5P8MA 1OHRA 1N49A 1YTGA 5P6UA 1M43A 3R4BA 5P0BA 4DH6A 1QS8A 3K5DA 5P09A 2CEJA 2QMDA 5P5NA 1U8GA 5P4WA 2R5PA 1OD1A 1CZIE 5P2KA 4HVPA 3OU1B 2WEAA 1TZSA 3OAGA 3NDUA 3UQRA 5P0MA 4ZE6A 2VKMA 2AVMA 3TOFA 4QJ7A 3D91A 5KQZA 1EPNE 4OBGA 5P56A 3ZKNA 5P5MA 3TKWA 4Q1WA 2PH6A 3FX5A 1YX9A 1EC1A 3LIVA 2IGYA 3AIDA 2PSUA 5P67A 5P33A 1WBKA 2OHSA 5P2MA 5DQ5A 3TOHA 2OHPA 1D4LA 1ZLFA 4L7JA 1YM2A 5SY2A 4RYCA 2WF0A 2IDWA 1T6EX 1HVKA 4DQHA 2I4XA 5P2OA 5P7ZA 5P8AA 1LF2A 4PEPA 3UHLA 3QAAA 5P6WA 1FQ8A 1EBZA 4FSEA 5OZZA 5P8TA 2AODA 2Z4OA 5P7YA 4WTUA 5P4UA 1T3RA 2Q5KA 3QRMA 5P37A 1BIMA 1BWBA 4J54A 5COOA 4I0GA 4J1HA 1B6PA 5OYUA 5P76A 3EL5A 4GJ7A 3UDJA 3D3TA 1W5YA 2H6TA 1HBVA 5OZOA 1YM4A 1B5FA 2AZBA 1ER8E 4ER1E 5P6IA 5P2TA 3RTMA 1UH7A 3OADA 2P3AA 5P51A 3HAWA 5P42A 2FGUA 2I0AA 3RTHA 2VIJA 2A4FA 1W5XA 3QRVA 5P6KA 2MIPA 2VJ6A 1UPJA 4RROA 1HIIA 3OTYA 4Y47A 4XX3A 1Z8CA 4CPRA 3S56A 3S2OA 4DV9A 2QNQA 1KJGA 2ZHTA 4LC7A 2IL2A 2QP8A 4GJBA 2J9JB 4ZPFA 2WL0A 5P18A 4M8YA 4RCDA 3TPLA 2Q54A 3HVPA 5COKA 2R5QA 2AVOA 2ZYEA 3LIQA 3WSJA 2RENA 2F8GA 5P1CA 3QBFA 3O9IA 3KN0A 2JJJA 5P87A 5P4KA 5P6AA 5HE4A 3Q3TA 2R3WA 4QJ6A 4BFBA 4Y9WA 3UDKA 4GIDA 3L5EA 3QVIA 4D83A 5OZ2A 3SO9A 2PWRA 2ZHSA 2QI7A 2QAKA 2FXDA 2QU2A 5P3BA 3DM6A 2AZCA 5P3OA 1PPLE 5P80A 4Y54A 4Q1YA 2VNMA 5HDZA 2BKSA 1LV1A 2QI6A 2CEMA 5I3YA 4B0QA 4QJ2A 4I11A 5P1MA 1XE6A 4Y3HA 2PMAA 4D85A 3S43A 4Y5MA 5HE5A 3UDPA 4Y5BA 3VLAA 4AUCA 5P20A 5P8FA 1RNEA 4I0HA 4HDFA 1A30A 4H3JA 4H3FA 2NXLA 5P6LA 3CMSA 4FSLA 2HB3A 5OYWA 5OYQA 1IZEA 2V12C 2F3EA 5P2LA 4PZXA 5HU0A 4NJUA 5P0PA 3TL9A 4L1AA 4AZYA 4RYGA 5P25A 2XFKA 2ER7E 2Q11A 3VYDA 1MTRA 1SBGA 3O9LB 5P3GA 3PWRA 3K4VA 5ISJA 2NR6A 2RKFA 3IXKA 5P1JA 3SA7A 3CIBA 3SPKA 3O9FA 2WKZA 4I0IA 2G1NA 3TNEA 5OZ3A 2QI0A 6APRE 3EKPA 1ZTZA 4DVFA 5OZPA 4Y48A 4APEA 2PC0A 5KR1A 4Y3JA 3UCBA 4YCYA 5P53A 5P7AA 5P6EA 5P15A 2WEDA 3OUDA 1CPIA 5P77A 2I4QA 5P17A 3UQWA 4NJTA 5P4NA 1D4YA 1BXQA 1MRXA 3CICA 5P2HA 4I8ZA 2NMYA 4UPJA 5P0TA 3SFCA 4APRE 3IN4A 4ZSQA 3L5CA 4Y3ZA 3PM4A 5P7FA 5TOLA 4B72A 4FE6A 5P1GA 5AH8A 1ODXA 5P1TA 2QCIA 1PSOE 1IVPA 3PCWA 3BUHA 5IVSA 4FRJA 3L38A 2QNNA 4PZWA 3PMUA 3N4LA 1W6IA 2ZGAA 4R92A 1FLHA 3KFSA 5OZ6A 5OYXA 3MSLA 1EC2A 4PHVA 5P4OA 5C9DA 3LHGA 5P36A 4U7QA 4J1KA 4HDBA 3SAAA 1BDRA 3KA2A 4Y4ZA 1SMEA 5P3IA 3HD8A 5P2IA 1YG9A 2WEBA 5FIVA 5P0XA 5P6SA 1Z1RA 4Y3RA 5CLMA 5IVRA 4FGXA 5IE1A 3KFRA 4Y4JA 5UPJA 3CKTA 4LHHA 2Q63A 1AM5A 4NPTA 5KQXA 5P4EA 4Y4AA 5P5YA 1LS5A 5DQ4A 5DR4A 3O9EA 3KDCA 3GGXA 5P8UA 3L5BA 1ZP8A 4PYVA 4Y3XA 4K8SA 5P4SA 5C9BA 4Y56A 5P7QA 5P2JA 3LZUA 5P6ZA 1APUE 5P1YA 4LXAA 5P00A 5P5RA 5P8JA 1W6HA 4Y4TA 4Y36A 3IA9A 1ODYA 3NU6A 1A9MA 1EPQE 5P41A 1HIVA 4K4RA 5OZIA 5P82A 5P6FA 3R2FA 1FF0C 4QJ9A 5P2DA 3GGVA 5OZTA 1A8GA 5P35A 1RL8A 1DAZC 1MSMA 3ZKGA 1AAQA 3ZLQA 5P3NA 5P50A 2IEOA 2QZWA 3VSWA 3SA4A 2RMPA 3KF0A 5CONA 2OHLA 1SGZA 5P4YA 1K2BA 2P3BA 2VIYA 3HBOA 3SA9A 2BBBA 4YD6A 2JYSA 5P05A 1LF3A 3OK9A 4FAFA 1C6XA 3OHFA 5OYTA 1KJ7A 8HVPA 5P7EA 1FG6C 3PBDA 4DJPA 5P6BA 5P4ZA 5P6RA 4CKUA 4YD3A 2CENA 2UXZA 4BEKA 2WEZA 2BJUA 3KMYA 5P1UA 3OU3A 5P4GA 1SDVA 3SQFA 2RKGA 5P5QA 3FKTA 4DFGA 2HB4A 4RRSA 3T3CA 3NWXA 3VF3A 1HPSA 5P62A 1NPWA 2P83A 5P64A 1AVFA 5DQCA 2R9BA 5P3XA 3BVBA 3S85A 4DJQA 2ZJMA 5JODA 5I3XA 3JVWA 3OGQA 3S8IA 5KR0A 1AZ5A 4HE9A 4Y58A 5DQ1A 3WZ8A 3ZKMA 2WHHA 5KOQA 4EQJA 5P7GA 3ZPUA 1HIHA 3EM4A 5P1WA 5OZ8A 3INHA 1WKRA 1W5WA 2OHTA 5P0UA 3OU4A 1ENTE 2NPHA 5SZ9A 3UFLA 2V00A 3PWWA 5P1XA 5KR2A 4EYRA 1ZAPA 5P79A 4DPFA 1XDHA 3IAWA 1PPKE 5P57A 2IKOA 3PVKA 4RCFA 5P08A 1BV7A 5P06A 4R91A 3DV5A 2O40A 1PSAA 3NUJA 3TH9A 3EL4A 5P1QA 5P70A 4TVGA 5P8CA 5J25A 2J9JA 1ZJ7A 5P3HA 5P2RA 4IVSA 5P4TA 3TTPA 1G6LA 2FS4A 4Y3FA 4Z4XA 5HDXA 2ASIA 4EJDA 4YD7A 3PEPA 2HC0A 3S53A 3C9XA 2Z54A 4R93A 2APRA 5P0JA 2BPYA 3VEUA 2IGXA 5P88A 1MTBA 3B7VA 1EPLE 5P5OA 5ER2E 3VF5A 1MPPA 3L5DA 5OZLA 2QK5A 2ZJIA 1B6KA 5DR7A 2EWYA 5P0ZA 3I8WA 5P44A 3RVIA 5P7BA 5I70A 1FQXA 1XE5A 4H3GA 1ZSRA 1EBKC 3OXWA 5P8GA 5P0VA 1FG8C 2UPJA 4Y4GA 3K1WA 3O9CA 5P0CA 1ME6A 4DJUA 4YDFA 1LYBA 3SACA 5P1OA 4CPUA 3SKFA 2FNTA 5P2CA 2WF2A 1T6GA 5HCTA 3ST5A 3PSUA 2VA7A 3I7EA 3SABA 2OF0A 4DUSA 4ZIPA 1IDAA 5P5UA 2PWCA 1QRPE 3RSVA 2JE4A 5P6VA 1AJVA 3D20A 4IVTA 1HSHA 5OYVA 3KT2A 4OBZA 2HB2A 5P13A 2NTRA 3BUGA 2B7FA 4Y43A 2VIEA 5P3CA 3EKYA 3IVHA 5OZGA 5P2FA 5KOSA 5P6YA 4BELA 5P61A 3EC0A 3PBZA 5DGWA 5P81A 4Y5PA 3INEA 4EJ8A 1BDQA 4Y6MA 5AHAA 4ZPEA 1RPIA 4B1CA 2HPFA 1DIFA 3VYFA 2O4NA 5OYZA 3G70A 1W51A 5P1HA 2BPVA 2WECA 5E5KA 1HHPA 5AH7A 5P23A 1FIVA 5P8VA 3OXVA 3DK1A 3S45A 3Q5HA 5P72A 3H0BA 1E82E 3NXEA 3PRSA 3T11A 5P8PA 5OYRA 5P03A 1XN2A 5HU1A 4Y57A 3OY4A 5P5LA 4HEGA 4Y4WA 3QVCA 2FIVA 3EMYA 1SP5A 4GJ6A 1ZPAA 1FB7A 3PSGA 3L3AA 3ZPTA 2FGVA 2ER9E 1UH9A 1T7KA 5AHBA 1TCWA 5P7IA 3APRE 5P8SA 3GW5A 5T4SA 1NPAA 4CMSA 3K5GA 3EKVA 3NSHA 4H3IA 5P0HA 2NMZA 4FM6A 5P1RA 3VLBA 2QZLA 4HLAA 1HVLA 2I4DA 5P11A 2Q3KA 5HTZA 4B1EA 1YTJA 1XN3A 5P5KA 2ZJJA 4B78A 5P19A 5I3WA 3UDHA 3QPJA 1HWRA 3OOTA 4Y3SA 3AUPA 5AGZA 1NH0A 3IXOA 3OTSA 4L6BA 4Q1XA 2P3CA 1QBUA 3UFNA 2OHKA 3BVAA 3OQDA 3ER3E 3I6OA 2PSVA 4Y3AA 5OZNA 2AOIA 5OZRA 1HVCA 1OEWA 2AVVA 2FDEA 4DPIA 3GI5A 4J55A 4Y5NA 3DCRA 5P1NA 3VSXA 5P7NA 5P3JA 3U6AA 3EKXA 2HPEA 3NDTA 5P52A 4YCKA 4YE3A 5P7TA 2QZKA 3HAUA 3OQAA 5P6JA 2AZ8A 2AOGA 3KDBA 5BWYA 2AOFA 5P24A 1SGUA 4MC1A 2OHMA 4EP3A 1HVSA 3OGPA 4CPTA 2P4JA 4GJ9A 3EKQA 4AA8A 4GJ8A 1QBRA 5P1LA 4KUPA 2BPXA 2ZE1A 2ZJKA 3EL1A 4WY6A 1META 4Y3PA 3RSXA 3OADB 4R95A 4COEA 2XFIA 5P73A 4EJKA 4U8WA 2I4WA 4Y3WA 5OZWA 5P22A 1TW7A 3PLLA 4TRYA 1APTE 3NU4A 2ANLA 4OBFA 5P6GA 5P5DA 5P0GA 4Y5AA 1EPME 1GVVA 4FRIA 4OBJA 1IZIA 5HCOA 5P0LA 5P39A 4B77A 5OZJA 1K1TA 2G1OA 1K6VA 1VIJA 1GVWA 4Y35A 4PPHA 5P7PA 1QBSA 3PGIA 5P5SA 5P8DA 5DR0A 5P5ZA 2UY0A 4DQCA 5F01A 2QI3A 5P1VA 5P71A 3G72A 3SA5A 1FGCC 5P3RA 3FV3A 4Y38A 2IENA 1XL2A 2IQGA 5P2VA 5P66A 5P7LA 3PMYA 3HLOA 5JFUA 4Y5EA 5P8OA 3L5FA 5P7DA 4FIVA 1MEUA 5P47A 2HAHA 4D8CA 5P2SA 1APWE 1M0BA 2B7ZA 5DPZA 1BXOA 2B8LA 4CP7A 1PSNA 5P2ZA 5P0EA 3BC4A 2FDDA 4I0FA 1FFFC 4TVHA 3NR6A 2G20A 3VF7A 3CYWA 5P4MA 3KFNA 3BGCA 4A6CA 2P3DA 1GNMA 5P10A 5P4AA 1EPOE 4CPQA 3QI1A 5P5PA 5P2WA 5P4XA 4ER4E 5P2XA 4Y5GA 3UDMA 4J17A 3UDRA 5P83A 1DMPA 3NYGA 4JOOA 6FIVA 5C9FA 4JP9A 3LPKA 3WZ7A 5P2BA 1HPXA 3DJKA 4FRSA 3QIHA 3ZKQA 4F74A 1HXBA 1BVEA 4RZ1A 5P8LA 2HIZA 1GKTA 4L1AB 1EBYA 2PH8A 5P78A 5OYSA 5P3LA 3MSJA 3VV7A 4FM7A 1IIQA 3O9AA 4OBKA 5P4FA 3TLHA 3L58A 5P7CA 1MESA 2PK6A 3OQ7A 3T7PA 3O9BA 4YCTA 1D4SA 4B00A 3R1GB 1SMRA 3LINA 5P58A 1K6TA 3Q4BA 3SM1A 1HRNA 1FMUA 2G1YA 4OD9A 1SDUA 4EQ0A 4LXMA 4U7VA 4OC6A 1LYWA 1BBSA 3BHEA 3OXXA 3EKWA 4DJYA 1W50A 2FXEA 5P69A 5OYYA 3OUDB 1TQFA 5OZAA 2WF4A 1EAGA 1DPJA 5OZ9A 2PYMA 4MC2A 5P40A 4FL8A 3OU1A 4Y53A 4GYEA 5P02A 2VNNA 4R5NA 5P5EA 3PJ6A 5P5XA 4YOAA 1FMXA 5P4PA 1GVXA 5P1FA 4XX4A 5P5CA 1XS7D 3B80A 5P3SA 3KT5A 4OBHA 5P7VA 4Y51A 1TSQA 1GVTA 3BXSA 4MC6A 4Y41A 5P0OA 5P8NA 4XKXA 3D1XA 5P5WA 4J0PA 3QP0A 5OZ0A 4FAEA 1BILA 4B70A 2O4SA 3LZSA 3O99A 3FIVA 5ER1E 1BV9A 5ENKA 5OZ1A 3NDXA 1MT8A 1HEFE 3SLZA 2QMFA 2V10C 1OEXA 1TCXA 3R0YA 5HD0A 5P0FA 4EJLA 1IBQA 5P0YA 3WB5A 5P5FA 3TOGA 2FDPA 4YD5A 5P0DA 3SA6A 1QBTA 1J71A 3LIZA 3Q70A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GVU A;  5P29 A;  7HVP A;  5P6T A;  2FMB A;  5P6H A;  1FKN A;  3NU3 A;  4R8Y A;  5P3M A;  3CID A;  5P1S A;  4OD9 B;  5P4D A;  3PI0 A;  1RQ9 A;  4DJR A;  3LIT A;  3GI6 A;  4OC6 B;  1LYW B;  4GJA A;  4GJ5 A;  5EZX A;  2ZDZ A;  2JJI A;  4Y3E A;  1HVH A;  3NU9 A;  4TRW A;  3EL9 A;  5P8M A;  1OHR A;  1N49 A;  1YTG A;  5P6U A;  1M43 A;  3R4B A;  5P0B A;  4DH6 A;  1QS8 A;  3K5D A;  5P09 A;  2CEJ A;  2QMD A;  5P5N A;  1U8G A;  5P4W A;  2R5P A;  1OD1 A;  1CZI E;  5P2K A;  4HVP A;  3OU1 B;  2WEA A;  1TZS A;  3OAG A;  3NDU A;  3UQR A;  5P0M A;  4ZE6 A;  2VKM A;  2AVM A;  3TOF A;  4QJ7 A;  3D91 A;  5KQZ A;  1EPN E;  4OBG A;  5P56 A;  3ZKN A;  5P5M A;  3TKW A;  4Q1W A;  2PH6 A;  3FX5 A;  1YX9 A;  1EC1 A;  3LIV A;  2IGY A;  3AID A;  2PSU A;  5P67 A;  5P33 A;  1WBK A;  2OHS A;  5P2M A;  5DQ5 A;  3TOH A;  2OHP A;  1D4L A;  1ZLF A;  4L7J A;  1YM2 A;  5SY2 A;  4RYC A;  2WF0 A;  2IDW A;  1T6E X;  1HVK A;  4DQH A;  2I4X A;  5P2O A;  5P7Z A;  5P8A A;  1LF2 A;  4PEP A;  3UHL A;  3QAA A;  5P6W A;  1FQ8 A;  1EBZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5SXN A;  1BWA A;  5P32 A;  5EZZ A;  5P4L A;  5P27 A;  2SAM A;  3EL0 A;  4EP2 A;  5OZS A;  3ER5 E;  3LPJ A;  4D88 A;  4GB2 A;  3MXE A;  3HW1 A;  3L59 A;  5P30 A;  5P65 A;  2WJO A;  3H5B A;  5P6C A;  3I2L A;  1T7I A;  4JPE A;  3KM4 A;  3NDW A;  3URI A;  5OZK A;  4GJC A;  4ACU A;  1K1U A;  4CPS A;  3LNK A;  4B05 A;  4AA9 A;  2IRZ A;  3OOZ A;  3S7L A;  2QHC A;  5P3E A;  3WZ6 A;  4X7I A;  5P2U A;  4Y4U A;  3OQF A;  4HA5 A;  5P01 A;  4FM8 A;  4J0V A;  3UF3 A;  3G6Z A;  1MUI A;  3HZC A;  4YBF A;  3VFA A;  3ZKX A;  2BPZ A;  4YA8 A;  1HTR B;  4Y5L A;  3R0W A;  5P46 A;  1HTE A;  5P07 A;  3F9Q A;  2OHU A;  4K4Q A;  4N00 A;  3ZPS A;  3LZV A;  2V13 A;  4DQE A;  1APV E;  1HVR A;  3IVI A;  1MT7 A;  4YDG A;  4EWO A;  3GI0 A;  5IVQ A;  4S1G A;  2Q15 A;  1K6P A;  5P3D A;  4I10 A;  5P7U A;  3URJ A;  1LYA A;  1GNN A;  1PRO A;  2ZJH A;  6UPJ A;  1B6L A;  5P3A A;  5ISK A;  4Y5K A;  1JLD A;  5P0I A;  5P54 A;  5P48 A;  1ODW A;  1HXW A;  2QD7 A;  5OZC A;  5P7X A;  5HDU A;  3EKT A;  4Y3L A;  5P1D A;  4X2L A;  4MC9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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