2ZDZA

X-ray structure of bace-1 in complex with compound 3.b.10
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
387
structure length
370
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Acylguanidine inhibitors of beta-secretase: optimization of the pyrrole ring substituents extending into the S1 and S3 substrate binding pockets.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 370
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zdzA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zdzA02
4Y5CA 2XYFA 5P13A 1ZSRA 3HVPA 3APRE 5IS4A 5I3XA 5P2NA 4LXMA 4B1DA 4Y3JA 3S53A 1SIPA 1IDBA 5OZUA 1LV1A 2P3DA 2HS1A 2ZJKA 1EC1A 4ZSQA 3EBZA 4H3JA 4B00A 2AOIA 3TOGA 3ZL7A 4AA8A 3K5FA 5SY3A 5OZ7A 3NU9A 1ZSFA 3CKRA 1Z1HA 3QP0A 5P58A 1DP5A 2AODA 1HXWA 3VYDA 2VKMA 4Y48A 5P43A 4R5NA 1LYBA 4HDBA 5P78A 1MT7A 1BILA 3OQFA 4TRZA 1LF2A 5OYVA 3LIXA 5HTZA 2G24A 4APEA 5P20A 5P8TA 5IVSA 4Y41A 1LYAA 5P1YA 1GNOA 2R3WA 1VIKA 4S1GA 1MVPA 4YA8A 1G2KA 1AVFA 5P8MA 3ER3E 5AH9A 4Y4JA 3OXXA 4Y51A 3NDWA 3TL9A 5HCOA 2ZHVA 5ER2E 3HBOA 3UFNA 5JFPA 5C9FA 3WZ7A 3LIVA 3A2OA 2Q64A 4Y3TA 2PK6A 2F3FA 2NXDA 4LHHA 4J0YA 4JOOA 5P3RA 3OGQA 5F01A 2ER7E 3NWQA 4Y5MA 4Y50A 4DJRA 4X7IA 5APRE 4N00A 3URIA 4U8WA 5P5EA 4RVJA 5P28A 4Y4AA 2OHPA 5P17A 5P0DA 1TSQA 3LPKA 5P10A 5BWYA 5DR1A 4DJWA 4ZIPA 1YTGA 8HVPA 3K1WA 3G6ZA 3RTHA 2R3TA 3TOHA 5P3OA 5P2UA 5P82A 2PMAA 4Y3SA 4AZYA 5P37A 3O9EA 5P2ZA 4FAEA 2V12C 3NU5A 2G1RA 6FIVA 5P5YA 5P4MA 3PJ6A 4QJ9A 1HBVA 3HAWA 1EPLE 5P3KA 4Y5GA 5P85A 3QBFA 3OUBA 5P08A 2QU2A 4J1KA 3S7LA 5DPZA 3LZYA 4K4QA 4HLAA 1HSHA 4NPUA 3UQWA 4YD3A 4R92A 3SPKA 5COPA 1HVIA 2NXMA 4LBTA 4Y3NA 1IZHA 2EWYA 2R5QA 4GJDA 5PEPA 2B60A 5P4CA 3QRMA 2FDDA 5P0OA 1FQXA 3FNUA 5P47A 5P3GA 4K8SA 5OZQA 5AH7A 1ME6A 3UPJA 1UH8A 3SLZA 5P2JA 5P18A 4DQHA 4Y4UA 4ER2E 4LAPA 5P1MA 3LIYA 2HB3A 1B6PA 2V10C 3IAWA 2WJOA 1BWBA 3KFPA 5P1LA 3S7MA 5P2GA 1K1UA 4Y4BA 3UDRA 1W6IA 1WBMA 5P2EA 5P1SA 3UQRA 1FF0C 4OBZB 1FMBA 2FXDA 3G70A 1B5FA 3QN8A 3UQUA 4F75A 2IRZA 5P6GA 5P5ZA 3Q3TA 4ZSMA 3EKWA 5P1CA 2A4FA 3PRSA 4Z22A 3VFAA 3D20A 3KDDA 4COEA 3RSXA 5P5WA 4YD5A 2WEBA 4EQJA 3OOTA 5P4FA 5P5KA 4Y5KA 1E82E 4LXKA 3RU1A 1BDQA 4GMIA 5EZXA 5P6KA 4Y5PA 1G35A 2CENA 5OZHA 1HPOA 5P06A 4J0ZA 3LITA 4DH6A 2AOHA 1ZBGA 2WF1A 1OEWA 1KJFA 5P3ZA 3O9AA 1W5VA 2G94A 5IE1A 1G6LA 2IKUA 3O9CA 1GVVA 1W6HA 2ER6E 4YD7A 1HTGA 3ZPUA 2B7ZA 2IEOA 5P8VA 5P2DA 2QNPA 4AMTA 1AAQA 1HPXA 4Q1WA 3EKQA 4J54A 1QBTA 2V16C 1UH9A 3APPA 4RGHA 3UQXA 2HAHA 3U7SA 1HPVA 3PCZA 3OAGA 3VCMA 5P1KA 1Z8CA 2NMYA 5KQZA 1QDMA 3SA4A 5C9BA 5P63A 5P1XA 1ER8E 5P60A 5P1RA 1T7IA 5P61A 1D4LA 2ZE1A 5P8CA 3ZKSA 3FIVA 3KYRA 5P0SA 5P7XA 5P8KA 5P4ZA 5HDZA 1C70A 2O40A 2IQGA 1IZDA 5P3WA 2BPYA 5OZKA 4Y3XA 3LPIA 2IS0A 4QJAA 2RENA 5P81A 3NDXA 3MSLA 3IVHA 2HIZA 4MC9A 5P09A 4OBDA 5P6WA 1D4KA 2QMDA 4D88A 4Z4XA 1HIIA 5I70A 5AH8A 5P41A 5P59A 4I0GA 3CMSA 1K6CA 2P3BA 5P1BA 1HVRA 2Q55A 5P7FA 3RTMA 3ZOVA 4EJKA 4F74A 4Y53A 2I4VA 1LYAB 3L3AA 2I0DA 5P1IA 3ZKMA 3INHA 1RQ9A 1W50A 5OZ6A 5I3YA 3KFSA 2O4PA 3BUHA 3INDA 3AUPA 5P51A 2OHRA 1B11A 1KJGA 3BRAA 5P5HA 5I3VA 3JVYA 2PH6A 2QI3A 3KT5A 4J1CA 3HD8A 3O9HA 4I0FA 1MEUA 5P8SA 5P8IA 4GJCA 1MRXA 3O9GA 4YDFA 1MESA 4HEGA 4Y36A 5SZ9A 5P3UA 3EKVA 2AIDA 3OHFA 5P1GA 5P03A 5P5JA 1K6TA 2V0ZC 3S85A 4Y35A 1FQ6A 3IGBA 5KOQA 3NDUA 3TH9A 2IENA 9HVPA 1EBWA 4I8WA 3WZ6A 5HVPA 5HE4A 5OZEA 2O4NA 5P05A 4EWOA 4NKKA 1CMSA 3PLLA 5P88A 2I4WA 5HCTA 4CMSA 4Y38A 4EHCA 5P4QA 1EBZA 2VIEA 5P6BA 1K1TA 2QZWA 1M0BA 2BB9A 3PGIA 1GVXA 2APRA 5I3WA 1WBKA 4HDFA 5P72A 4Y4WA 4E43A 5P5BA 1ZP8A 2NR6A 2O4SA 5SXNA 4DQCA 5P7YA 5P49A 4I0EA 4K9HA 2G26A 4EXHA 4Y3ZA 5P5LA 2UPJA 2BJUA 2OHKA 5P5TA 2A1EA 5P0KA 4EP3A 1HVKA 3KN0A 3BHEA 1MTRA 2G69A 3N3IA 3VG1A 3OU4A 3T6IA 5P4JA 3B7VA 4FM8A 6UPJA 2AQUA 1HHPA 5P7HA 4Y5LA 4A4QA 1MT8A 4B70A 1A8GA 1GNMA 3KMXA 4GJAA 4J0VA 4Y3DA 4L7HA 5P6HA 2WF4A 4ACUA 3TNEA 1HVSA 5P4AA 3OUCA 5P3QA 5P07A 3AIDA 2HPEA 1K6VA 3HDKA 2AZ8A 2O4KA 1IZEA 5P34A 2I4QA 4WTUA 2NXLA 4PEPA 1T7JA 5OZPA 1XS7D 4Y3LA 4Y3MA 5P31A 3SKFA 3OTYA 3NUOA 1C6YA 4FCOA 1FLHA 2AVSA 1EPME 5P2KA 2OHQA 5P76A 1META 3IN4A 1YTIA 1HSIA 3VF7A 4Y39A 4DJOA 2WEZA 2R9BA 1PPKE 3VV7A 3G72A 4XKXA 1NPVA 2PSVA 4Y3QA 3QVIA 1XN2A 3PWWA 4L1AA 1N49A 5OYZA 1FG6C 4J55A 5P6QA 5P0EA 1XE5A 5P36A 3EL5A 4FRKA 3S8IA 5P16A 1MPPA 2QMFA 2UY0A 1RPIA 4KB9A 3DK1A 1QBRA 4Y9WA 2FNSA 4K4RA 3OUAA 3UDKA 1BXQA 1EPPE 2UXZA 3PCWA 4NJVA 5OYWA 5P7RA 5P33A 3OAGB 5P77A 3MSKA 5P5VA 5P6EA 2B8LA 4PZWA 1SP5A 3EKYA 5P1FA 5P74A 2FNTA 3GGUA 5P40A 5P3PA 3O9DA 3DCKA 5P2OA 3OU1B 4D85A 3L5EA 5P0HA 4R93A 1B6MA 1ODXA 1SBGA 3ZKQA 5AHBA 4RCFA 4APRE 2OHTA 5P3SA 3VLBA 2QU3A 2FMBA 5P11A 4I8ZA 2ZDZA 5SY2A 2AVQA 1NPWA 5JFUA 4ER1E 3QVCA 1GNNA 1FEJC 5P80A 3S43A 4GJBA 3ECGA 1MTBA 2VNNA 5P8AA 5OZ8A 3SA9A 4F73A 5P27A 2FGVA 3SFCA 3WZ8A 2XFIA 3OXCA 5P4OA 5ISKA 4WY6A 4PHVA 3OQDA 1A94A 5KR2A 5P5RA 3L58A 3VYEA 2P3BB 5P35A 2I4DA 2O4LA 4FM7A 5HD0A 5P2HA 3O99A 1KJHA 2ZHRA 3BC4A 4HA5A 4LC7A 1AJVA 4TRWA 5KR0A 4OC6B 5P54A 5P7GA 1HPSA 4NPTA 5P2MA 2FS4A 2QHZA 4DQFA 5IVRA 3OADA 2BPXA 5P6AA 5DR4A 1HVLA 3LZUA 2JJIA 2P83A 4ZEAA 1NSOA 3I2LA 3VUCA 1SGUA 4J17A 1A30A 3HW1A 3SA8A 5OZJA 5P6ZA 5KQXA 2I1AA 2Q5KA 5P5NA 3WSJA 2XFJA 3SACA 2ZJJA 4XX3A 2ZHSA 5FIVA 4DQGA 4RYGA 2IGXA 1APTE 4Y4DA 4Y3WA 3PVKA 5OZVA 3DV1A 5BS4A 2G20A 2F3EA 2OHLA 1SIVA 5P7LA 2IL2A 3HAUA 3NLSA 3TPLA 5P0JA 5P0IA 3RTNA 2QI7A 3T7PA 1ZTZA 4CPXA 3BUFA 4YD6A 1F7AA 1Q9PA 2VJ7A 1A8KA 5P89A 1B6JA 5P56A 1BVGA 3GI0A 1LYWA 5P4HA 3PMUA 4NJUA 5UPJA 3K4VA 2NTRA 3NWXA 4EQ0A 1EPRE 4LP9A 5P01A 2WF0A 5P30A 4I0DA 3U6AA 1ZAPA 5P5GA 3CYWA 2AOJA 4Y43A 5OZ2A 4RRSA 3UFLA 3S45A 3SO9A 4YCKA 3BUGA 2G1NA 2PWCA 3BVBA 4I0IA 3EL9A 3UDQA 2R43A 1KJ4A 5P5MA 1E81E 5P2IA 1CZIE 3VYFA 5P2TA 3OY4A 3JVWA 5P2VA 4NJTA 5P1QA 2JXRA 1EBYA 3QBHA 3KDBA 4FIVA 3ZPTA 1EPOE 2AVMA 5CLMA 4EJDA 1TW7A 1LF4A 4DV9A 5P7TA 2AZCA 5P2FA 5P53A 3ZMGA 3BGCA 1SMEA 3WB5A 4I0JA 3TTPA 5T4SA 5P6IA 1K6PA 5P7WA 4FGXA 4I11A 4QGIA 4H3GA 5P5AA 4DJXA 1BDRA 2VS2A 1K2BA 5P7ZA 5P3JA 5P14A 2G1OA 5P6LA 1BBSA 3K4VC 3OK9A 3VV8A 1FMXA 1GVTA 3B80A 3NU4A 1NH0A 1HVCA 4L1AB 4D8CA 3LNKA 5KQYA 1HIVA 2P8HA 5P8RA 5P1EA 4PZXA 2Q3KA 1HTEA 1PFZA 1RL8A 4YE3A 3KM4A 3LPJA 5DQ1A 2QI5A 1FFFC 4Y3EA 4BFDA 5HU1A 5TOLA 1PSOE 2WHHA 4TVGA 4H3FA 3TPPA 5HDVA 2BPVA 4RZ1A 2QMPA 5DGWA 4CKUA 1D4JA 5P2RA 1MERA 2AZBA 4NJSA 3NU3A 5P64A 1YM2A 3R1GB 2BKTA 2F3KA 2CEJA 2VA6A 1PPME 2HM1A 1NPAA 3SABA 5P5XA 1Z1RA 3UHLA 4TVHA 3ER5E 4L6BA 1QS8A 3OQAA 5OZ0A 1HVHA 5P19A 3ZKGA 2IGYA 3JW2A 1IIQA 4ACXA 2AOCA 3INFA 3LHGA 5P7QA 4Y4XA 5P12A 3CYXA 4YCYA 2QI6A 3LZVA 1LYBB 1AJXA 5P42A 2OF0A 5OYYA 5P4IA 2I0AA 5P71A 3I8WA 5OZRA 3VF5A 3UTLA 3KFRA 3SA5A 5P2YA 4FLGA 1APVE 1M4HA 2RSPA 3OXWA 5P4KA 3UDMA 2Q15A 2QI1A 5F00A 5P4BA 2JJJA 5KQFA 2Z4OA 5OZNA 5P4TA 5OZ3A 5P7EA 1JLDA 5P4DA 5B18A 4J1HA 5ER1E 3DV5A 5DGUA 3QI1A 1BAIA 5P5CA 4YD4A 4GJ8A 4ZSPA 5P1DA 3FSMA 4I0HA 3IXKA 5P7VA 3SQFA 3VV6A 4QJ2A 5P3LA 1EC2A 1MT9A 3PHVA 4Y5BA 4ZLSA 6APRE 3I7EA 5DR7A 2I4UA 4Y3FA 4OBGA 4R95A 3UQPA 3MXDA 3O9BA 3OADB 5IVQA 5P4PA 2P4JA 1TCWA 3EM4A 3EM6A 2G1YA 2QAKA 4FSEA 5AHCA 3EC0A 4DQBA 4RCEA 5E5JA 2B8VA 5P1TA 5DQ5A 5OYQA 3EMYA 5P0PA 4DJUA 1GKTA 3CIBA 3OUDA 3C9XA 4MC6A 4JPEA 5P1NA 5P7DA 4KE0A 5P2WA 5OZYA 1IZIA 5P44A 2G22A 3PB5A 4R91A 5P8GA 5COOA 4JPCA 2ZJHA 1RNEA 5P6DA 4Y3RA 4J5JA 5HE5A 4OBFA 3HZCA 5P8JA 3PSGA 5HDXA 1BWAA 4I12A 2VJ9A 5P0FA 3L5BA 3GW5A 3R0WA 4EXGA 5P7MA 2QD6A 3OOZA 3QROA 4EP2A 1RV7A 1KJ7A 2RKFA 3FNSA 2VIJA 2CEMA 3D1XA 4Y5EA 1FMUA 3FX5A 3FV3A 3S56A 1LYWB 4HE9A 4DJYA 4U7VA 3O9IA 3EKTA 3L59A 4DI2A 1HVJA 5P4UA 1U8GA 5P0ZA 3UDYA 3NYGA 5OZ9A 5P4NA 1EEDP 1W5XA 1XE6A 5P5PA 5P5UA 4XXSA 4QLHA 4EJLA 4OBZA 3BGBA 2FDEA 2Q11A 1MRWA 4LL3A 4ZE6A 1SDVA 4GJ9A 5P86A 1B5FB 5P3CA 2BBBA 4FE6A 1D4HA 1TQFA 3QIHA 5P6VA 3IXJA 1AXAA 5P29A 4Q5MA 2Q63A 5P45A 1EBKC 4FRIA 3TLHA 5P0LA 4RCDA 4GJ7A 1XDHA 2BQVA 5P5QA 2QCIA 1FG8C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5C A;  2XYF A;  5P13 A;  1ZSR A;  3HVP A;  3APR E;  5IS4 A;  5I3X A;  5P2N A;  4LXM A;  4B1D A;  4Y3J A;  3S53 A;  1SIP A;  1IDB A;  5OZU A;  1LV1 A;  2P3D A;  2HS1 A;  2ZJK A;  1EC1 A;  4ZSQ A;  3EBZ A;  4H3J A;  4B00 A;  2AOI A;  3TOG A;  3ZL7 A;  4AA8 A;  3K5F A;  5SY3 A;  5OZ7 A;  3NU9 A;  1ZSF A;  3CKR A;  1Z1H A;  3QP0 A;  5P58 A;  1DP5 A;  2AOD A;  1HXW A;  3VYD A;  2VKM A;  4Y48 A;  5P43 A;  4R5N A;  1LYB A;  4HDB A;  5P78 A;  1MT7 A;  1BIL A;  3OQF A;  4TRZ A;  1LF2 A;  5OYV A;  3LIX A;  5HTZ A;  2G24 A;  4APE A;  5P20 A;  5P8T A;  5IVS A;  4Y41 A;  1LYA A;  5P1Y A;  1GNO A;  2R3W A;  1VIK A;  4S1G A;  1MVP A;  4YA8 A;  1G2K A;  1AVF A;  5P8M A;  3ER3 E;  5AH9 A;  4Y4J A;  3OXX A;  4Y51 A;  3NDW A;  3TL9 A;  5HCO A;  2ZHV A;  5ER2 E;  3HBO A;  3UFN A;  5JFP A;  5C9F A;  3WZ7 A;  3LIV A;  3A2O A;  2Q64 A;  4Y3T A;  2PK6 A;  2F3F A;  2NXD A;  4LHH A;  4J0Y A;  4JOO A;  5P3R A;  3OGQ A;  5F01 A;  2ER7 E;  3NWQ A;  4Y5M A;  4Y50 A;  4DJR A;  4X7I A;  5APR E;  4N00 A;  3URI A;  4U8W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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