4Y3AA

Endothiapepsin in complex with fragment 181
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
rcsb
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3aA01
5P3FA 3OU3A 2A1EA 1YTHA 4D8CA 3EL9A 1HEGE 2OF0A 4R92A 4Y3QA 4L1AB 5OYSA 2BJUA 5P45A 1QBSA 4GJDA 1GKTA 4Y4EA 3LPJA 3DM6A 5OZ1A 3SLZA 3L3AA 2WL0A 4Y3DA 5P0TA 5E5KA 4L6BA 2BPVA 2Z4OA 4I0FA 2AZCA 4DV9A 1ODYA 2QNNA 4Y3SA 1HSIA 4Y3NA 2HPFA 4Y3TA 2B7ZA 4AMTA 5P0EA 5HCTA 3KFNA 3NWXA 2QI3A 5P67A 4MC2A 4Y3WA 1EC0A 5AH6A 5P7BA 1HVKA 5P82A 2WKZA 5P0FA 1NPAA 3PMYA 3R4BA 5HE7A 5PEPA 3NUJA 4RCDA 1SDVA 1FG6C 4TVHA 4QJ6A 5P5JA 2VJ9A 4APEA 3QVCA 4HZTA 5P6SA 3U7SA 5P7SA 5C9DA 5COPA 1Q9PA 4DJQA 4E43A 3PLDA 4U8WA 1HTEA 1ZBGA 2B60A 3SQFA 3O9EA 5P1NA 1ZPKA 2G22A 5J25A 3QVIA 5DQ1A 3LIXA 5P0UA 5P61A 2RKGA 1E5OE 4Y36A 2PYNA 4XKXA 5P2VA 5OZ0A 1ZPAA 5P7RA 3I6OA 5P2EA 4Y39A 1K6PA 3PJ6A 1BDLA 1FQ6A 3MSJA 4DPFA 1B6LA 2HB3A 1EBZA 2F3EA 1K1TA 5P1XA 5P3SA 5P5EA 5E5JA 5P17A 4Y50A 3SACA 1AZ5A 1MTRA 1FQ7A 4A6BA 5HDZA 4WTUA 4FM6A 3FX5A 5HVPA 5P55A 1PSAA 2JJIA 4Y3JA 4L1AA 3G70A 1SDUA 4Y5GA 4FSEA 1MRXA 3TNEA 4FS4A 4J1IA 5I70A 2AVOA 4J0TA 4Y5KA 5OZMA 2NPHA 4PYVA 5P3AA 3EMYA 4F73A 2WEAA 4TVGA 4K4QA 5DR4A 4DJXA 5P1PA 3PM4A 3OK9A 5CLMA 5P4RA 4MC9A 4J1EA 3Q5HA 3VYDA 3ZKIA 1A30A 3HAWA 4K9HA 3UDKA 4B72A 3SM1A 1UH8A 1TCXA 4WY1A 1B11A 5OZ9A 3PI0A 2QD8A 4HDPA 4Y3AA 3UFLA 5IS4A 1MVPA 1FFIC 5P1YA 1T3RA 3CKRA 3UF3A 4OD9A 5P22A 5P0IA 2I4QA 5P0RA 4I0ZA 4YD5A 2FGUA 1APWE 4R8YA 1HVSA 3GI6A 1MUIA 1QBTA 5P8AA 5TOLA 5P6AA 5P80A 1NH0A 3OQDA 4RVJA 1Z1RA 4RROA 1MPPA 5P8BA 2BPXA 3KFSA 5OYUA 3EM6A 4HE9A 5P4JA 5P50A 3LIQA 5P47A 3EL0A 1DIFA 3IN3A 3NDTA 5P0OA 5P0XA 4Y4XA 3H0BA 4LHHA 2IRZA 4H1EA 4Y54A 2PSVA 3KFRA 3PWWA 5P7EA 1D4LA 5P6WA 2FNSA 1XE6A 1KJHA 4D85A 4APRE 5P65A 3TKWA 4TRYA 2HS1A 5OZCA 4HLAA 3LITA 3OU4B 2F8GA 3SA6A 3IXJA 3S2OA 4Y3MA 5OZQA 5OZTA 1RV7A 3RTNA 4Y6MA 3T7PA 5P8IA 4I11A 1QRPE 4OBDA 5P72A 1FMXA 3NSHA 3L5BA 5P5BA 4LXKA 4I1CA 2IS0A 1WBMA 5P3IA 1APUE 5P3UA 4Y4WA 3VSWA 1E80E 1MIQA 5COOA 4CP7A 5P8LA 3QRVA 1A9MA 2Q55A 5P0GA 4EP3A 2O4LA 1K2BA 5P57A 1UH7A 2PK5A 1LYWB 4Y3PA 4DQFA 5IE1A 4Y3XA 3OGQA 4X2LA 3UQRA 1SMEA 2AODA 1AJVA 4FAEA 2Q3KA 5P10A 3PWMA 1TQFA 1AM5A 3HD8A 2QI4A 5P0LA 4FRKA 5P7TA 4NJTA 1B6KA 2G27A 5P41A 5P7WA 3OHHA 1ZAPA 1WKRA 5OZPA 2JXRA 1MTBA 5F01A 3VF5A 3ECGA 4Y3RA 1SGZA 5P1HA 2BPWA 3CIDA 2NNPA 4ZEAA 2F81A 2P3DA 3UQPA 1HVRA 4CPSA 4EJKA 5P3LA 3UDJA 5ISKA 3LZUA 2V16C 1HVCA 2WHHA 5OZYA 5KQFA 4B78A 3UHLA 2IDWA 4AA9A 1HHPA 4ACUA 1MSMA 5P28A 5P4NA 2VS2A 4QJ2A 4Y4UA 4MC6A 4KUPA 5P0JA 5KR8A 4Y47A 1D4IA 3INHA 4Y5PA 1K6VA 1IZIA 3EKYA 3FKTA 5HE4A 4F76A 5P09A 4JECA 4GJ7A 9HVPA 3MSKA 5P4KA 2IEOA 3GI4A 5ISJA 3QI1A 2H6TA 5EZXA 1FFFC 1EBKC 2AOIA 4YOBA 5P70A 5P2FA 5P11A 1BXQA 5P16A 5P6RA 3B80A 5P5HA 5P06A 1ENTE 4CPWA 5P8DA 5OYTA 4H3JA 3TPLA 3NDXA 2BKTA 5P52A 1LYWA 4Y44A 1TSUA 5DR0A 2I0AA 4ER4E 2PH8A 4FIVA 4Y51A 3R1GB 5P23A 4DJYA 5COKA 3TOGA 4I0JA 2HM1A 2I4WA 2QZWA 3BRAA 5P66A 1ODXA 2NXDA 2QZLA 3ZOVA 2R3TA 5P1ZA 5P34A 2OHLA 1LF3A 1HSGA 4I12A 2WEBA 4KB9A 3BVAA 5P5LA 4IVTA 1NPVA 5P8JA 3DV5A 2ASIA 2ZJMA 1FEJC 1IVQA 3PI5A 2RKFA 5P3JA 4HVPA 5P02A 2NXLA 5P8TA 5P3GA 3UQXA 5OYVA 2QHZA 4EWOA 5P2KA 5P4DA 2G24A 5P77A 3IAWA 5P1GA 3VYFA 4Y5MA 5AHAA 5P0ZA 5P2IA 3OOTA 3DK1A 5P63A 4K4RA 1AAQA 3PCZA 1HVJA 4Y41A 1K2CA 4N00A 1W5YA 5T4SA 2CENA 5P4IA 1A8KA 2AQUA 2HPEA 5KQXA 3DV1A 4GYEA 3HLOA 1XN2A 3WB5A 3T3CA 1EPOE 2AVQA 4I0GA 5P1BA 2FGVA 3ZPUA 2ZJNA 3WZ7A 1B5FB 1W51A 2APRA 2AOGA 3NWQA 5P19A 5KOQA 4F74A 2IQGA 3NDWA 5P8FA 3JVYA 2QI1A 4LXMA 5P6QA 3BUGA 4NJVA 1META 3ZL7A 1HPXA 5P07A 2I4VA 4J1KA 3D91A 1ODWA 2IENA 4OBFA 5P5OA 1HIIA 5DQ4A 3BGCA 3OADB 2ZGAA 3PVKA 5P0AA 2B8LA 1Z8CA 3QRMA 5DPZA 5P7OA 3RSVA 3PEPA 3GI0A 1N49A 3QN8A 3RU1A 1BILA 2NXMA 5CONA 5P5ZA 5P4VA 3JW2A 5P81A 3FIVA 4D89A 5P48A 3TTPA 4AUCA 4RZ1A 4FAFA 3VCMA 5P1QA 5P3QA 1M4HA 3G6ZA 2V0ZC 3URIA 1BDQA 5OZSA 3GW5A 3VFAA 3KMXA 1PROA 3PGIA 5P3DA 3L38A 5OZBA 2PWCA 2P83A 1LYAA 5F00A 5P1CA 5P6PA 2MIPA 1W5VA 5OZJA 3HZCA 3PSYA 2QD7A 2VA6A 5SXNA 4DQGA 2P4JA 5P7QA 5P4GA 3L58A 5P01A 5OZAA 3L5FA 1HIHA 1W50A 1AJXA 3Q6YA 5P6JA 4RCEA 3O9CA 1C70A 1T7JA 1HTGA 1SGUA 1TCWA 4LL3A 5AHBA 5JG1A 3APRE 4NKKA 5P2JA 2O4PA 5P03A 1B5FA 4YBFA 3EM3A 3IA9A 1T7KA 2CEJA 5P58A 3U71A 4EJLA 3O99A 1D4KA 1FB7A 4Q5MA 5P6XA 5EZZA 1FMUA 2R43A 2OHPA 2RSPA 1AIDA 4COEA 5OZ7A 2OHTA 1OD1A 4YCKA 3UDPA 4CMSA 3RTMA 2ZJJA 5P26A 2FLEA 2FXEA 3FV3A 3SABA 1D4JA 3T7QA 4XX4A 3BXSA 2OAHA 5ER2E 3U6AA 2ZJIA 5P1JA 3OXCA 4R95A 5P3NA 5P5WA 4DJWA 4YDGA 4B1CA 2G1OA 1KZKA 4ZLSA 4YD6A 2RENA 3SA5A 1RQ9A 4ZSQA 5P37A 4YD4A 4OBZB 5P4LA 5P4XA 4HDFA 1D4HA 6UPJA 5DR7A 4YD7A 1B6MA 3FNUA 5P5IA 4DQCA 2IKOA 3NU5A 3TOFA 3BC4A 5HU1A 5P4EA 1FKNA 4AA8A 3UDYA 5P62A 2VIYA 3ZPTA 2XYEA 2WF0A 2Q5KA 2Q54A 4YCYA 2G1NA 2BBBA 5P3PA 5P2XA 4CPRA 1W5XA 4I0IA 2UXZA 3TPJA 5P8CA 2ER7E 3IXOA 3PBZA 3A2OA 5JFPA 5P5PA 3TLHA 5P12A 2WJOA 4DJVA 5OZNA 5P0KA 4GB2A 5P1DA 3PWRA 4S1GA 3VLAA 4R91A 3SA9A 1FQ5A 2H6SA 3PBDA 2HS2A 2VA5A 5P32A 4Y4AA 4J1FA 5OZLA 3ZKGA 3APPA 5P27A 4H3GA 2NMZA 2VJ7A 1YG9A 5BRYA 1DMPA 2ZHVA 5P30A 3O9IA 3OY4A 1BWBA 4GIDA 1C6YA 4A4QA 1F7AA 5P08A 5P69A 5P3XA 4FCOA 5P6VA 3K4VA 3OQ7A 5P1AA 5P73A 5AH9A 1AVFA 5KQZA 1W5WA 5P4CA 1C6ZA 1RPIA 3RTHA 3IXKA 5P0MA 5P2TA 3ZKMA 1B6JA 3O9LB 1XN3A 4OBZA 5P00A 5P35A 2B8VA 5BWYA 3EKTA 3Q3TA 4I0DA 3LPKA 3INEA 4I10A 1KJ4A 3UFNA 3S7MA 4LXAA 3OXXA 1LZQA 3EKWA 1FLHA 4Y3ZA 5UPJA 5P3CA 4EJ8A 5BS4A 4EQ0A 2I4XA 4BFBA 3OHFA 5P8QA 1QBUA 1RNEA 2WEZA 1FQ4A 4RYCA 4Y3HA 5HD0A 1XL2A 3HAUA 2WF3A 1HVLA 1LYBB 5P05A 4MC1A 5P7YA 3CYXA 4BEKA 5P0CA 4ZIPA 3GGXA 1SIPA 4Y4GA 3NU6A 5P1SA 4YHQA 4L7HA 4Y3LA 5DR3A 5P0DA 3WB4A 3ZPSA 5P6MA 1TZSA 3UPJA 2R5QA 3SFCA 4BELA 2VJ6A 1KJGA 5P1LA 1EC2A 5P5SA 3WSJA 2QI5A 3TKGA 5P4AA 3PRSA 1GVWA 3DCKA 4A6CA 3PSGA 1IDBA 2EWYA 4B1DA 5P2MA 1MEUA 3SA7A 1GVVA 5P4ZA 5OZ5A 2O40A 3LHGA 5P2LA 4J17A 4Z4XA 4QJ7A 1G35A 3LZVA 2HAHA 3KYRA 5P5KA 5P0QA 3VG1A 1EC3A 5OZZA 4EYRA 4FM7A 3I25A 1BVGA 3LIYA 1SP5A 2PYMA 3O9LA 2AOEA 5DGWA 5P6GA 4FRIA 5P6KA 5P42A 3OUBA 1XDHA 3KF0A 2OHSA 3EKPA 5P59A 3L5DA 3KA2A 3NLSA 4DI2A 2UPJA 4Y5AA 5AGZA 5OZ6A 2HB4A 4GJCA 2P8HA 2ZYEA 4WY6A 4Z50A 3CKPA 2QK5A 3NU4A 2XYFA 2Z54A 3LIVA 1SIVA 2F3FA 1U8GA 4Q1WA 2AIDA 1G0VA 4B77A 3QP0A 5FIVA 1QBRA 4JPCA 4R5NA 3NU9A 1DPJA 1F34A 5P5CA 3SM2A 5HCOA 3OU4A 1A8GA 2Q15A 4DQHA 2OHMA 4DJOA 5P5MA 5I3XA 2PMAA 3CYWA 5P3BA 2QU3A 5OZGA 2B7FA 5P6YA 2ANLA 5P4BA 5P40A 2QAKA 5ER1E 2NR6A 1G6LA 4FRSA 5KR0A 5P5RA 3VF3A 4CPUA 5P6DA 5HTZA 3OU1B 1W6HA 4PZWA 5P2SA 5OYYA 5HU0A 2BB9A 5P8PA 4AZYA 2PK6A 1ZP8A 1HPVA 1LV1A 3Q4BA 3UCBA 4I8ZA 2V13A 2IKUA 3PHVA 3GGVA 1MT9A 2OHKA 4ZE6A 5OZXA 4DVFA 5P7AA 2VIEA 5IVRA 2F3KA 5P0YA 1HVHA 4J1HA 5P2WA 5OZOA 5P1WA 3NXNA 4DQBA 2AZ9A 4I0HA 4OC6B 4JOOA 5P3KA 3LIZA 3EKVA 5P18A 4L7GA 4I0EA 3BHEA 1EEDP 3TOHA 5P5TA 3UDHA 3T11A 2QI6A 4GZFA 4H3IA 5KOSA 5P6UA 3I7EA 5P8RA 4RRNA 3URLA 3K5DA 1IDAA 3UTLA 1UPJA 4RGHA 3PMUA 4GJ5A 5P46A 2QI0A 4EQJA 1BBSA 5P51A 2WF1A 5P8EA 1VIJA 2QNPA 4YBIA 6FIVA 1NSOA 3I2LA 5P7IA 1FIVA 2VA7A 5P7ZA 4Y4JA 2QI7A 3N4LA 2PWRA 2B42A 5OZHA 4Q1NA 5OYXA 3OUAA 2OHRA 8HVPA 4Y9WA 1PPME 2RMPA 1EBWA 2WF2A 3I8WA 3S43B 5P1IA 2FDPA 1FG8C 5OZ2A 2IL2A 3M9FA 5P6EA 3QROA 2R9BA 4GJ8A 4YDFA 5P5YA 4DJUA 7UPJA 2ER9E 3UDRA 4F75A 3VFBA 1D4YA 2CEMA 1FGCC 2I4DA 3CIBA 2FXDA 5P8SA 3KDDA 2ZJLA 3O9FA 5P7DA 4Z22A 3R0WA 3O9HA 4ZSPA 3K5CA 1LF4A 4ZSRA 3D1XA 5OZFA 2PH6A 1PSNA 2AOFA 1GVXA 2BQVA 4Y5CA 4OC6A 5P49A 3F9QA 4ACXA 5I3WA 1KJ7A 5OZ3A 2WF4A 4M8XA 5KAOA 3L5CA 2F80A 3QPJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3F A;  3OU3 A;  2A1E A;  1YTH A;  4D8C A;  3EL9 A;  1HEG E;  2OF0 A;  4R92 A;  4Y3Q A;  4L1A B;  5OYS A;  2BJU A;  5P45 A;  1QBS A;  4GJD A;  1GKT A;  4Y4E A;  3LPJ A;  3DM6 A;  5OZ1 A;  3SLZ A;  3L3A A;  2WL0 A;  4Y3D A;  5P0T A;  5E5K A;  4L6B A;  2BPV A;  2Z4O A;  4I0F A;  2AZC A;  4DV9 A;  1ODY A;  2QNN A;  4Y3S A;  1HSI A;  4Y3N A;  2HPF A;  4Y3T A;  2B7Z A;  4AMT A;  5P0E A;  5HCT A;  3KFN A;  3NWX A;  2QI3 A;  5P67 A;  4MC2 A;  4Y3W A;  1EC0 A;  5AH6 A;  5P7B A;  1HVK A;  5P82 A;  2WKZ A;  5P0F A;  1NPA A;  3PMY A;  3R4B A;  5HE7 A;  5PEP A;  3NUJ A;  4RCD A;  1SDV A;  1FG6 C;  4TVH A;  4QJ6 A;  5P5J A;  2VJ9 A;  4APE A;  3QVC A;  4HZT A;  5P6S A;  3U7S A;  5P7S A;  5C9D A;  5COP A;  1Q9P A;  4DJQ A;  4E43 A;  3PLD A;  4U8W A;  1HTE A;  1ZBG A;  2B60 A;  3SQF A;  3O9E A;  5P1N A;  1ZPK A;  2G22 A;  5J25 A;  3QVI A;  5DQ1 A;  3LIX A;  5P0U A;  5P61 A;  2RKG A;  1E5O E;  4Y36 A;  2PYN A;  4XKX A;  5P2V A;  5OZ0 A;  1ZPA A;  5P7R A;  3I6O A;  5P2E A;  4Y39 A;  1K6P A;  3PJ6 A;  1BDL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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