2QAKA

Hiv-1 pr mutant in complex with nelfinavir
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIAVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Evolutionary pathway of HIV resistance analyzed on molecular level: Enzymatic activities, 3-D structures and thermodynamics of HIV proteases resistant to nelfinavir
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-06-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qakA00
5P2OA 3LPKA 4H3IA 5P15A 5KR2A 4DJQA 5P0JA 2R5PA 1QS8A 4B77A 3UDQA 3TKGA 5P5LA 3VV6A 3CIDA 5P6TA 1OEWA 5SY2A 1D4KA 5P3PA 1YX9A 1ZTZA 5AH7A 2OHNA 3IN4A 1E5OE 1HIHA 2OHKA 3BC4A 2NMYA 5P5JA 4Y3MA 4DI2A 1K6CA 2AZ9A 1SIPA 1YM4A 1TQFA 4FSLA 1FG8C 3NU6A 5P84A 3OU1A 3EL5A 5P5ZA 3RTMA 4BEKA 3TH9A 1ODXA 3PBDA 1QBRA 1MTRA 2QHZA 3TPLA 1C70A 2VS2A 5HDUA 2PSUA 5OYRA 2I4WA 5P4KA 4Y3GA 1AXAA 3NYGA 3O9LA 1SBGA 3TOHA 4L1AB 1K2BA 4CPSA 4Y3TA 1MESA 3O9IA 3OQFA 4R5NA 5P42A 1APUE 2WKZA 2PYMA 1XE6A 2WEAA 4FS4A 3S43A 2Q55A 5P22A 5KOQA 1IZHA 5KAOA 5I3WA 3DV1A 1IIQA 2AVMA 2BQVA 3VLAA 5P3WA 4NJUA 5P49A 4H3JA 3RTHA 3EMYA 3S7MA 3VYEA 5P8MA 1PSAA 4IVSA 3PWRA 3ER3E 2V00A 5P3OA 3LZSA 3ZKIA 3TKWA 5P5BA 2FS4A 5P6JA 4RGHA 1C6XA 3T7XA 3AUPA 3LINA 5P7AA 4Y5KA 4I1CA 3R4BA 1AAQA 1WBKA 5P4SA 1F7AA 2VNMA 4RROA 5P75A 2BKSA 3LZUA 3PMUA 1PPKE 3H0BA 2QNPA 4M8XA 5P7FA 3BXSA 5P7GA 2BJUA 4YD3A 1YG9A 5P8NA 3B7VA 3OGQA 1YTGA 3NU4A 2I0AA 5P23A 5OYUA 4E43A 2QD6A 1F34A 1AIDA 1LYAB 3BVBA 2AOEA 3K5CA 5P3QA 5P8PA 4FSEA 5P0GA 5P53A 5P5VA 1VIKA 5P26A 2PWRA 1D4SA 3ZOVA 5P5GA 3VUCA 2ZHTA 1YTHA 1DAZC 5P0ZA 1XN2A 2PC0A 5P0BA 3OGPA 3ZKSA 1B6LA 4EP2A 5P4FA 2PH8A 5OZOA 2AQUA 2XFIA 4PHVA 1K1TA 5P2UA 1QBTA 5ENKA 2I4UA 3L5DA 4L7JA 2G22A 5P4LA 4FRJA 1FIVA 5P89A 3TTPA 5P46A 1EAGA 1FQ7A 5F00A 3QVIA 3TLHA 2NTRA 3S7LA 4Y5MA 3OU1B 5P7BA 3UQWA 5P7IA 2ZYEA 5P5TA 1GKTA 2OHPA 5P5FA 1EPRE 3SABA 2R9BA 4Y44A 2VIJA 1T7JA 4BELA 3L3AA 5P40A 2QI1A 5P4JA 3O9LB 3ZPUA 2V10C 3BXRA 4FGXA 4FM8A 3BUHA 3PLLA 3HLOA 4ZLSA 5P8EA 2WF0A 4AA8A 1HXWA 4Y3PA 4AUCA 1FF0C 6UPJA 2ZGAA 3OQ7A 2RMPA 5P25A 2ZHVA 1A8GA 5P87A 2P83A 5P1AA 2HIZA 4KE1A 4H3GA 3EL4A 1KJFA 5P3LA 5P3EA 5P1IA 5IS4A 5P1NA 4Q1YA 1W50A 5I3XA 3KMYA 4Y3LA 1FQXA 5P1WA 3RTNA 1LYWB 4K9HA 4QLHA 5P2LA 2I4DA 2V16C 7HVPA 3KDCA 2FGUA 3UQRA 2QCIA 5P32A 3UQXA 5P7VA 1FQ4A 1DMPA 1W5WA 3MSKA 2H6SA 3O99A 2IKOA 5AH8A 5P1CA 2VIYA 4PEPA 4COEA 2NXLA 9HVPA 4JPCA 5P5KA 4DPFA 5E5JA 3D20A 4Y56A 1BBSA 1ER8E 2F3EA 5P0YA 3ZKGA 2XYFA 3SACA 5P4MA 3MSLA 5KQFA 4GIDA 5OZDA 4ER2E 1BWAA 4QGIA 1TZSA 2ZDZA 5P5WA 5P2YA 2HS2A 5OZJA 2OHQA 5P7MA 2O4PA 2SAMA 5P4XA 1K1UA 3VSXA 4Y39A 3OQDA 2VNNA 5HDXA 4YCYA 3URLA 3BHEA 3KFPA 1K6VA 3INDA 5P70A 8HVPA 2PWCA 1G35A 4OC6A 1HTFA 3I8WA 5PEPA 4J5JA 3VEUA 5DQCA 3DV5A 3PWMA 3GGXA 3L58A 1BXOA 4D89A 2WEBA 3WB5A 3O9EA 5P7WA 4K4RA 4DFGA 5OZFA 5P4UA 1ZJ7A 2PK5A 5P16A 2VJ9A 5OZBA 5P01A 4APRE 2G1RA 4ZSMA 3SA5A 3INHA 2J9JA 2P8HA 1SMEA 1YTIA 3EM4A 5OZ9A 3ZKQA 1HIIA 3WZ8A 4F76A 3DM6A 5P5YA 4RVXA 3AIDA 3OTYA 5SZ9A 3K5GA 4DVFA 4MC6A 5P02A 4YCKA 1HBVA 3OTSA 5P2BA 5IE1A 3LPIA 5P86A 4TRYA 5P0DA 4YD7A 3PJ6A 5AHCA 4CPUA 3ZLQA 1XL5A 5P64A 2CENA 5P0AA 5P5AA 2ZHRA 4R93A 1B11A 2AVSA 1FMBA 3PI5A 1HPSA 2G21A 4GJDA 3NU5A 1A30A 4YCTA 5P0LA 1N49A 3S8IA 4ZSPA 5P18A 5HE4A 4B72A 4FRKA 3NXEA 5P65A 4EP3A 5P4VA 5P54A 4Y38A 2O4SA 3HBOA 3PCWA 5OZ0A 2V11C 4Y3RA 3MXDA 3RVIA 4DQHA 4F73A 4DJWA 4Z4XA 5P2ZA 5P8RA 5P66A 2ZJIA 5P0FA 5P78A 1CPIA 5P8LA 1LYBA 3HW1A 3LIZA 4J0ZA 5P35A 2QZLA 5OZRA 5P41A 3UDYA 3D1YA 5P0SA 2G24A 5P11A 5HD0A 5P4WA 5C9DA 3SPKA 4J1FA 3UDRA 3ZKNA 2VIEA 5P6VA 4B78A 3DK1A 5P8OA 5OZ5A 1EC0A 3LIVA 1B6PA 3MWSA 4OC6B 4Y47A 3WSJA 4Y4ZA 4LXAA 4Y4JA 5P7NA 5P5IA 2QHCA 1HPOA 2BKTA 4Y50A 4CPQA 2AVOA 1FG6C 1EEDP 3HD8A 3OUAA 2RKGA 1APWE 5P8IA 5P36A 5KOSA 3TPPA 4CPXA 2J9JB 2Q63A 5P5EA 3T3CA 3NDUA 1BV9A 5HU0A 1G6LA 2OF0A 5CLMA 1GVUA 4LXMA 3OUDA 4EHCA 3D1XA 1Z8CA 1NPAA 3KDDA 5HE7A 2QNQA 3OHHA 3K5FA 3SM2A 5P61A 5P33A 3T7QA 1CZIE 2B8VA 3VF3A 3O9GA 1FQ6A 3G6ZA 1SMRA 3QRMA 4Y41A 2AOFA 4GJ7A 4H1EA 4HZTA 1SDUA 4EJLA 2V12C 2B7ZA 4CPWA 3L5BA 3U7SA 5P5RA 2QMFA 3NDWA 1PROA 3LHGA 5P51A 5P30A 3QIHA 5P8UA 3O9BA 4B1DA 2B7FA 5P4CA 4BFBA 4DJUA 5P6RA 5TOLA 1QRPE 5P45A 6APRE 1MRXA 3QN8A 4ACXA 2QI0A 2QZWA 4B1EA 5OYZA 2PMAA 5P3YA 1LYAA 2Q5KA 5P6PA 1ODWA 5P80A 5P14A 4FE6A 5P2JA 3EKVA 3S53A 1GVVA 4Y3ZA 5OZPA 3PB5A 5P72A 1HHPA 4HVPA 4J17A 5P5OA 4Q1WA 3DCKA 5P2TA 5P69A 1EBWA 1HWRA 2G1SA 1LYBB 4Y4XA 2H6TA 3OUBA 3FKTA 4DJVA 5ISJA 5IVRA 1XN3A 3FIVA 5P8SA 2PSVA 5P1PA 3ZKMA 1MPPA 3R0WA 4I0EA 1MRWA 5P6ZA 1PPME 5P6HA 1HEFE 5P0VA 2JXRA 4AZYA 1KJ7A 3K4VA 3PMYA 3FNTA 5P5PA 3U71A 4TRWA 3QRVA 5P09A 4CPRA 2G26A 2WF2A 4GJ9A 5HE5A 2ZHSA 2R8NA 3PRSA 1T7IA 1MVPA 3IVIA 2AZ8A 4GJ5A 3ZPTA 1EC1A 3PSYA 1XDHA 5OZCA 3FX5A 1FEJC 5P8VA 2NNKA 3L38A 1EPOE 5OZ8A 3KT5A 4J0TA 4U8WA 4Y5AA 2ER6E 1LYWA 1SH9A 3NLSA 5P2KA 2VA6A 5P60A 5OZGA 3TPRA 3OUDB 4EPJA 5B18A 4LP9A 1Z1HA 4ACUA 3OQAA 5P6BA 5P8BA 1SGZA 1B6JA 4RVJA 1BV7A 1HVJA 2F81A 1B5FB 4GJAA 4RVIA 4LHHA 4UPJA 3UTLA 4EWOA 2ER9E 3OOTA 3OU3A 5P44A 3SFCA 4TRZA 5P7YA 4CP7A 1ZPKA 1HEGE 3OY4A 1J71A 4NPTA 1YT9A 5P2AA 5OZIA 5P52A 2FGVA 2AOJA 5P1QA 1B6MA 4RCDA 3ZKXA 1LF3A 3QROA 1APTE 2Z54A 5P3TA 4Y3QA 5P0NA 3QPJA 4Y3NA 4Y57A 4DQEA 3OU4B 1D4JA 5I3VA 5P5SA 2VIZA 1TW7A 4YA8A 1TSUA 3O9FA 3LPJA 3QBFA 3DJKA 2IEOA 2F8GA 2G94A 4Y5GA 2JJJA 1A9MA 2Q11A 4Y5EA 1HPXA 1XL2A 5P1RA 2IL2A 5P3HA 4NJSA 5P5QA 4CPTA 1GVWA 2P3AA 2UPJA 5P5CA 4EJDA 5P1MA 1K6TA 1PSNA 5OZQA 2O4NA 2VKMA 1VIJA 2IRZA 4WTUA 5P50A 3FSMA 4LBTA 2B8LA 2PK6A 5P1TA 4YDFA 2QU3A 4GB2A 4EYRA 5AHAA 3VSWA 1DP5A 2AZBA 1AJXA 5OYSA 4DQCA 3NU3A 1YM2A 4ZPFA 5P4IA 2VJ7A 5P82A 5P2RA 5BS4A 4PZWA 4I10A 3R2FA 1ZSRA 5OYYA 4HE9A 5F01A 3T7PA 2I0DA 4I0IA 1C6ZA 5SY3A 1RV7A 4Y6MA 2BPVA 3ZL7A 3HZCA 1E82E 5HDVA 5P4AA 1T3RA 4H3FA 4Y3WA 5P2DA 2R5QA 3S56A 1GNOA 4Y3YA 5DR8A 5P0UA 2QI3A 3IXOA 2XYEA 3BRAA 5P31A 4Y36A 4Y4WA 3DUYA 5OYQA 3ECGA 4Y3FA 3INEA 1EBZA 1HTEA 3NDXA 5HCOA 1AVFA 2FIVA 3GGUA 2QMDA 3CIBA 4U7VA 5P59A 4NJTA 3O9DA 3L59A 5OZVA 2ZJMA 5P28A 2HM1A 2WF1A 5AH6A 1KJGA 4RRNA 4AMTA 5ENMA 3HAUA 1W5VA 1BILA 2WF4A 3OXWA 3UDJA 2MIPA 5P6OA 1XS7D 5P3KA 1A94A 1K2CA 3TOFA 4F75A 5OZEA 4ZSRA 3T11A 5OYTA 5P7UA 4I0DA 5P0PA 5AH9A 3SA6A 2WL0A 1HIVA 2RKFA 1RPIA 1LF2A 3GI6A 5P1LA 5P7XA 4YDGA 2O40A 5BRYA 4Y4EA 5P56A 1IZEA 3N3IA 3WZ6A 1FKNA 5P37A 3EL9A 1NPWA 5P2SA 3UDNA 3IA9A 2HS1A 2HPEA 1AZ5A 1T6EX 1APVE 3IXKA 3UDHA 1FMUA 3IGBA 5P62A 1TSQA 1NH0A 1HSIA 1QBUA 4F74A 3IXJA 1Q9PA 4JOOA 2QZKA 1EPME 3IN3A 4FM6A 2BPWA 4Q5MA 5KQYA 2P3DA 2VA7A 3O9AA 3K4VC 3EKWA 5P79A 5P05A 5P6EA 4EQ0A 5P6IA 5P0QA 2APRA 3SQFA 3PEPA 2UXZA 5P3DA 5DQ5A 5P1UA 2ZJKA 4FRSA 5OZAA 2JE4A 4TVHA 3FV3A 3VFBA 5P3IA 1LS5A 3LIYA 3Q3TA 5P8HA 2G1NA 3G70A 5OZWA 5P1GA 3NWQA 2AVVA 3KF0A 4XXSA 5P5HA 5DR0A 3R0YA 5P1DA 4HEGA 4D88A 3IVHA 2V0ZC 4FLGA 4OBZB 4NJVA 5P81A 4I0FA 1MSMA 1HVRA 2QMPA 3KMXA 2FNSA 3CMSA 4QJ6A 3TL9A 5P6CA 4HDBA 2J9KA 5P7ZA 4DQFA 3C9XA 4DPIA 4Y9WA 3D91A 3EL1A 5P43A 3EKYA 2PSGA 4CMSA 1TCXA 5P5DA 5P04A 1W5XA 2NXDA 3EL0A 5IVSA 1FB7A 4FM7A 1LZQA 4YD5A 2QMGA 2BB9A 3N4LA 5P73A 3HDKA 3OUCA 4J55A 3O9CA 3PSGA 4GJ6A 2UY0A 3VYFA 3H5BA 5AGZA 1NSOA 5P0EA 4I12A 5P7JA 5EZXA 3OXCA 2F80A 3SA4A 1UH7A 4HLAA 1META 5DR7A 5OZXA 1FQ8A 3M9FA 5I70A 5P12A 1HVSA 5APRE 5OZUA 5P8AA 4MC1A 4B0QA 5P6FA 5ER1E 1W6IA 2G20A 3SA7A 3OXVA 1BIMA 4DJXA 4J0YA 4J0VA 3KFSA 4KE0A 3LZVA 4RRSA 2AIDA 4KUPA 5OZMA 3RSXA 5P58A 1IDBA 3GGAA 4RCFA 3URIA 3OAGB 1NPVA 4YOBA 2WHHA 3JW2A 4I0GA 4Y35A 1Z1RA 2R3WA 5KR1A 5DQ4A 3QP0A 2QHYA 5P0XA 4Y58A 2PYNA 1IVPA 5P3CA 1C6YA 2JJIA 5P6QA 2WEDA 1BVEA 3PLDA 4Y3SA 2NR6A 3S85A 3PWWA 3BUGA 3U6AA 3NUOA 5P1FA 4RCEA 5IVTA 1M0BA 5OZ3A 4Y48A 1ENTE 2FMBA 4A6CA 2R43A 3B80A 4TVGA 2RENA 3SKGA 2OHRA 3EKPA 4OBKA 3SA9A 3JVYA 3QVCA 5P8TA 4BFDA 1EPPE 4D8CA 5P1BA 5P03A 2HC0A 2NMZA 1RNEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2O A;  3LPK A;  4H3I A;  5P15 A;  5KR2 A;  4DJQ A;  5P0J A;  2R5P A;  1QS8 A;  4B77 A;  3UDQ A;  3TKG A;  5P5L A;  3VV6 A;  3CID A;  5P6T A;  1OEW A;  5SY2 A;  1D4K A;  5P3P A;  1YX9 A;  1ZTZ A;  5AH7 A;  2OHN A;  3IN4 A;  1E5O E;  1HIH A;  2OHK A;  3BC4 A;  2NMY A;  5P5J A;  4Y3M A;  4DI2 A;  1K6C A;  2AZ9 A;  1SIP A;  1YM4 A;  1TQF A;  4FSL A;  1FG8 C;  3NU6 A;  5P84 A;  3OU1 A;  3EL5 A;  5P5Z A;  3RTM A;  4BEK A;  3TH9 A;  1ODX A;  3PBD A;  1QBR A;  1MTR A;  2QHZ A;  3TPL A;  1C70 A;  2VS2 A;  5HDU A;  2PSU A;  5OYR A;  2I4W A;  5P4K A;  4Y3G A;  1AXA A;  3NYG A;  3O9L A;  1SBG A;  3TOH A;  4L1A B;  1K2B A;  4CPS A;  4Y3T A;  1MES A;  3O9I A;  3OQF A;  4R5N A;  5P42 A;  1APU E;  2WKZ A;  2PYM A;  1XE6 A;  2WEA A;  4FS4 A;  3S43 A;  2Q55 A;  5P22 A;  5KOQ A;  1IZH A;  5KAO A;  5I3W A;  3DV1 A;  1IIQ A;  2AVM A;  2BQV A;  3VLA A;  5P3W A;  4NJU A;  5P49 A;  4H3J A;  3RTH A;  3EMY A;  3S7M A;  3VYE A;  5P8M A;  1PSA A;  4IVS A;  3PWR A;  3ER3 E;  2V00 A;  5P3O A;  3LZS A;  3ZKI A;  3TKW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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