5P55A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 230
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p55A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p55A01
1SMEA 9HVPA 1K2CA 4Y4BA 3GGXA 4Y3JA 2I1AA 5P4NA 1HVJA 4Y41A 1W50A 1QBRA 2QMGA 3D20A 3LINA 3O9LB 5P3YA 3WB5A 3UDRA 3SM1A 5SZ9A 2HM1A 2R43A 1HXWA 5P0IA 5P2FA 1FFIC 2FIVA 2BBBA 1MT9A 4OBJA 3NU5A 4CKUA 3GI5A 1AIDA 5P0KA 5F01A 3SA6A 2G1OA 4YD5A 1GVXA 5P0PA 3NUJA 2FMBA 2IL2A 3L5DA 5P6DA 3VF5A 3SA8A 3QPJA 2RKGA 4D8CA 2ZJLA 1PROA 2J9KA 2IEOA 1HVHA 3ZPTA 5P50A 1IZIA 4Y5NA 5OYRA 3VCMA 3U71A 3SAAA 5P51A 2AZ9A 5P64A 3EM6A 1B6LA 3VSXA 4HDBA 5P7LA 3PHVA 1EPOE 3OQ7A 2OAHA 5P59A 5P2JA 3CYWA 5P6UA 4Y3QA 1C6YA 4IVSA 5P7KA 5P5JA 5P4SA 3L58A 4R95A 2ZJHA 1KJ7A 1LS5A 7HVPA 5P3TA 1NH0A 1APTE 3DJKA 5P0LA 3IGBA 5P2DA 2B7FA 4NJUA 4Z2ZA 2JJJA 4Z4XA 4FRSA 2QNQA 5DR8A 2BQVA 1MSNA 2Q64A 4H3FA 5P69A 4K4RA 4B1DA 3KN0A 2ZHSA 3KFPA 3PI0A 5P86A 4R93A 3SO9A 5P23A 4CP7A 5E5KA 5OZ4A 3SACA 3S53A 5P32A 1HEFE 4Y5CA 3ZOVA 1ODWA 1APWE 3KDCA 3OQKA 2Q3KA 5P29A 5KAOA 2F3KA 5P0OA 4Y3DA 3BC4A 5P16A 3UFNA 1ZSFA 3TKWA 3SA3A 2FXEA 4U7QA 1PSAA 3DV5A 3UDKA 4EYRA 4HEGA 1BXQA 4OBFA 2AOHA 5P65A 5P76A 4J1KA 1FQXA 3LNKA 4EPJA 1D4HA 2FS4A 3PWWA 5COOA 4Y3EA 5P4YA 3QRVA 5P54A 5P3AA 4J54A 5AH7A 2F3EA 3KFRA 3OWNA 2QNPA 5P4XA 4Y5LA 1M4HA 2NMYA 2ZHTA 2R38A 2WEDA 5P82A 1PPLE 5P5UA 1EC2A 1AXAA 4EP3A 4F73A 4OC6B 2PK5A 3HZCA 5HDZA 2RSPA 4I11A 3B80A 5P7YA 3Q6YA 5IVRA 5P0TA 1APUE 3O9IA 2WECA 5P7HA 5P24A 1SGUA 4I0EA 4ZLSA 3R0WA 5P17A 5P1EA 5OZQA 1FG8C 1NPAA 4Y3XA 5P06A 1BWAA 1FFFC 5OZ7A 1HPOA 3OQAA 4FL8A 5KQXA 1SMRA 3WZ8A 5SY3A 5ENKA 2FXDA 5P0AA 5OZ1A 1IZHA 5P7UA 3BHEA 2ZYEA 5P4BA 2QMDA 3HW1A 3O9CA 1TZSA 1MPPA 4FSLA 4Y5KA 3K4VA 3DCKA 2UXZA 4DJOA 5P8NA 5P6NA 1JLDA 5OZYA 2BKSA 3RTNA 5P1SA 5ER1E 4Q1WA 2Q11A 5P3EA 4DV9A 1ZTZA 4EHCA 4PPHA 4XX3A 5P6KA 4DPIA 4QJ2A 3ZMGA 1KJGA 3S43B 4H3GA 3L59A 3GI0A 2AOFA 4I0FA 4RLDA 4DJVA 4F74A 5HE4A 3KDDA 4Y3MA 5JFUA 5P8KA 3ZPSA 3T7QA 5P2YA 5P48A 5P2QA 1EEDP 3O9DA 5HD0A 1META 5P3BA 5P2NA 2AOJA 5IS4A 4YE3A 3CKRA 3GW5A 1MT7A 1E82E 2G26A 1T7JA 3BUHA 1KJ4A 3ZL7A 5P2WA 4ZEAA 2AODA 5P71A 3F9QA 4B0QA 4DJRA 3EXOA 1MERA 2RMPA 4Y5AA 4FGXA 1EAGA 4I8WA 4FM6A 5P6VA 4I10A 4HA5A 5P2HA 1D4SA 2H6TA 2OHUA 1BWBA 1EBYA 5P6TA 2WHHA 4LXAA 3AIDA 5P4PA 1TCWA 4Y51A 3UF3A 3RTHA 3LIVA 2FNSA 1ODXA 5P2BA 4Y3NA 4LP9A 4GJ5A 3H5BA 5P3XA 1FIVA 5AH6A 3CIBA 1A8GA 4Y3GA 4Z50A 5P5EA 1DPJA 1C6XA 5P8RA 5P1VA 4A6CA 4OBHA 2QD7A 4K4QA 5OZAA 4AA8A 5KR2A 5P0FA 1BAIA 2I0DA 3HDKA 5P33A 3GGVA 5P31A 3KDBA 1B6MA 2QD6A 4EJ8A 3S7MA 2V16C 2Q15A 4ZSRA 3K1WA 3CYXA 3PWRA 5P67A 1K6CA 2R5PA 1BVGA 3VV7A 4PEPA 4Y50A 1XL2A 3UQWA 1LV1A 5P8GA 2V13A 5P1AA 5P57A 4RRSA 1FQ8A 5P4LA 2ZJMA 5EZZA 5P77A 2HS2A 1HOSA 5P4GA 2I4DA 1RQ9A 3I2LA 3VLAA 3SLZA 3AUPA 5P84A 3EM4A 5P41A 3PMUA 5P3FA 5AHAA 1LEEA 1YM4A 3U7SA 3NDXA 2I4QA 2IS0A 4FAEA 3RVIA 3VFBA 3HLOA 3IXJA 3OGPA 1UH7A 3O9HA 1E81E 4PZWA 4X7IA 4K8SA 3UDMA 2V12C 5P1MA 4NJSA 5P3SA 4GJ7A 3SA5A 1K1UA 1K6PA 1WBKA 1ZSRA 5OYVA 1FLHA 2ER9E 5P5IA 4I0JA 3UDJA 1W5VA 4DQFA 2Z4OA 5P8MA 2I0AA 2QZKA 5P61A 3IVIA 3TNEA 5P1ZA 1GVVA 5P3CA 3CICA 4RYGA 1U8GA 1YG9A 4DQHA 4YCYA 3VV6A 4FCOA 1HSGA 1LYBB 4LL3A 3NYGA 4Y56A 5P2SA 2HC0A 4DH6A 4N00A 2WF0A 3DUYA 4CMSA 3VSWA 5DQ5A 3O9AA 4KUPA 5P1KA 4AUCA 5PEPA 3ECGA 2VIJA 5P1TA 2P3DA 2IDWA 1EBKC 3L5FA 2JXRA 1TW7A 4Y37A 4Y43A 3NWXA 4ER1E 2J9JA 5P44A 3RU1A 1BDRA 5P5LA 2I4VA 1YM2A 5P4EA 1FF0C 3NUOA 5OZDA 1DMPA 5P8EA 4FS4A 4UPJA 1APVE 1SDTA 1YTGA 3EL4A 4KE1A 5P87A 5HTZA 1CPIA 2NTRA 2WEBA 1HVLA 5OZUA 2G1YA 2I4XA 1HHPA 3ZKGA 5P15A 2P83A 3OOZA 3L38A 1ME6A 3NU6A 5P8FA 5OZRA 5P8SA 4FAFA 1AJXA 1SDVA 4XXSA 3LZVA 3BVBA 4DI2A 5P47A 2J9JB 1D4YA 4Y53A 5DPZA 3PI5A 3R0YA 3FX5A 1E5OE 2WF2A 5P2EA 1Z1HA 3O9LA 1MVPA 1ZBGA 5P8QA 4Y4XA 3URJA 2QK5A 3OOTA 3LITA 2NXMA 5P2UA 4HE9A 4R91A 2O40A 4B78A 1BILA 5P66A 3R1GB 3INHA 5P5KA 5P5OA 3VEUA 2QMPA 2IRZA 4J1FA 2V11C 1FG6C 5JFPA 2OHQA 5P78A 5P7GA 2HB2A 5P18A 5P3NA 3RTMA 5F00A 4BFDA 3ER3E 4FRJA 2VJ6A 5OZZA 2XYEA 1SGZA 4R92A 3SKFA 1ZJ7A 3GI4A 5OZMA 5P6FA 3PGIA 5P8JA 3QBHA 3UDQA 3OTSA 3LPIA 3IAWA 3FNUA 2AVMA 2WL0A 2PC0A 5P72A 2MIPA 2IGXA 5P8IA 2PWCA 3APRE 3K5CA 4Y5EA 1D4JA 5P6GA 3UFLA 2RKFA 2XYFA 1N49A 5P0XA 4FRKA 5P60A 4FM8A 5P1RA 5P5PA 5P4WA 4NJVA 4YHQA 5P6PA 3IXOA 5P7FA 4Y57A 2VA6A 1G6LA 5OZLA 1HIHA 5P7SA 3K5FA 5C9DA 4YD3A 4Y38A 3I7EA 3OU4A 5HDXA 1OEWA 3QRSA 1EPLE 2V10C 5DR7A 3KFSA 3LZSA 2BJUA 4Y4DA 4TVHA 2VS2A 3OU3A 5P0CA 1HIIA 2R9BA 5P7IA 2BPXA 5OZ8A 3LPKA 1B6JA 3TLHA 4Y45A 3OUAA 4RVJA 5KR8A 1T3RA 2G24A 4GJ9A 1LYAB 2PWRA 3QP0A 4H1EA 3H0BA 3MSLA 3NDWA 5P80A 1HTGA 3QBFA 4Y3PA 1AM5A 4RVXA 4B72A 1A30A 5P1YA 3OU4B 1GKTA 4CPRA 5P3VA 3CKTA 4ACUA 3DCRA 3D1ZA 5P8CA 4YD7A 4OC6A 1BXOA 5P85A 4Y4WA 4WY1A 5P83A 3CIDA 5P3KA 2JE4A 4GYEA 3TOFA 4J1HA 4CPXA 5P5DA 4Y5PA 3I25A 5P8DA 5AH8A 5P0HA 4I8ZA 4QGIA 2PYNA 4RCDA 1UPJA 4CPUA 5OZHA 2B8LA 1XDHA 3OUDA 3S45A 2BB9A 5KR1A 5P5ZA 1MRWA 5P7BA 3SFCA 4OBZB 2FGUA 3BUGA 4L1AA 1GNOA 5P4KA 3KM4A 4DQGA 3UPJA 1HPSA 1E80E 5HDVA 4B70A 2JYSA 5P5AA 5OZNA 5P4JA 3ZKXA 2AVQA 4Y3LA 1FMXA 2VA5A 5DR0A 5P2TA 4LHHA 4YD6A 5P3MA 4FRIA 1BVEA 4FLGA 5T4SA 5P5RA 3TTPA 3INFA 1WKRA 1ZP8A 1B11A 2AVVA 1FB7A 5OYQA 3UDPA 5P5FA 5P7WA 3EKWA 3EMYA 3OUDB 3LIYA 3K5DA 3S43A 4DPFA 3BUFA 2R5QA 2AIDA 3MXDA 2PH6A 2AZCA 5P20A 5P1UA 3TPJA 4ZSQA 4DJUA 4I1CA 4L1AB 1LF4A 4DJWA 4DJXA 3QROA 4F75A 1WBMA 3BVAA 2PSGA 3SA9A 1KJFA 3FV3A 1K1TA 4J0TA 3DK1A 5P0UA 3L5CA 4S1GA 3EKPA 1EBWA 4Y3RA 5P7PA 5P6RA 3VLBA 4CPWA 5ER2E 2UPJA 4I0GA 2O4SA 3QS1A 5OZFA 5P6ZA 4RVIA 5P0JA 3KMYA 4Y3YA 5OZSA 4ZPFA 2AZBA 3IN3A 3LPJA 3HVGA 1T7KA 3UQXA 3S54A 3TPRA 2VNNA 1HIVA 2QAKA 4RGHA 2WJOA 1KJHA 5OZCA 5P7ZA 5P4VA 4Y3FA 2ZJJA 3TPPA 3TL9A 1VIKA 2HAHA 4J0ZA 5P6SA 4Y4GA 5KQFA 4EJKA 5IVTA 4JP9A 4Y5GA 4YA8A 5JG1A 5P3LA 4RCFA 1AZ5A 4MC2A 5COPA 2WF3A 4YD4A 4E43A 3OU1A 4QJ8A 5J25A 1GNNA 3QRMA 4DVFA 4JPCA 5OZBA 4OD9B 2QHCA 3FKTA 1FMUA 1T6GA 5I3XA 1C6ZA 5P5BA 1OD1A 4Y35A 5AHCA 4B1CA 3FNTA 3UDHA 4Y4ZA 2AOGA 3UQUA 5HVPA 3O9BA 5P1WA 5ENMA 5P1XA 3URLA 3ZKNA 1W5XA 3PBZA 5P4ZA 1PPME 4DFGA 3SQFA 5P7EA 1LZQA 5DR1A 2P4JA 4EP2A 6FIVA 5KQYA 3UTLA 5P1OA 3KT2A 5P45A 1RNEA 4BFBA 1ODYA 1YT9A 3NR6A 2ZJKA 4QJ6A 1EPRE 1D4KA 4BEKA 1HVRA 3QN8A 5AHBA 3S8IA 3TKGA 4J55A 3OU1B 3OXCA 4B05A 2O4LA 4GB2A 5OZ6A 3C9XA 4L7GA 3HAUA 1EC1A 1YX9A 2P3CA 2XFJA 5P62A 5P88A 3GGAA 3OUBA 5P1QA 3OADB 5E5JA 4PHVA 4EQJA 3PLLA 5P34A 5P7OA 5OZVA 2QHYA 5P6LA 4FM7A 5P2MA 4ZIPA 2AVSA 5P6OA 5P22A 2I4WA 4COEA 5P0QA 1T7IA 5P43A 4Y6MA 5P5GA 3PWMA 3FSMA 3LZYA 2XFKA 5AH9A 2Q54A 3NU3A 4M8XA 5P3OA 4AMTA 5P4QA 2QI0A 3TH9A 3M9FA 2P3BB 2WEAA 3D1YA 1A9MA 3L3AA 2UY0A 2I4UA 3VYFA 4CPTA 2NNKA 2QI1A 4I0HA 4AA9A 3GGUA 3ZKQA 1XN2A 4FSEA 3RSXA 3IA9A 3OTYA 2G20A 4ER4E 1MTRA 4J0VA 3MSKA 3VYEA 1LYBA 5OYUA 3KT5A 2V0ZC 3BGBA 5OZOA 1IVPA 5P5MA 2NXDA 2G1NA 3OK9A 4Y47A 5P0EA 3OY4A 2WKZA 1BV9A 3I8WA 5OYXA 5P89A 3EL9A 5P79A 5OZEA 1ZPKA 2ZHRA 4GJ8A 1EC0A 1FMBA 5P7NA 1YTJA 2VA7A 2AQUA 1QRPE 4Y36A 1CMSA 5DQ4A 1PPKE 4DQEA 4YCKA 5P6XA 4EXGA 3IN4A 5P5XA 5TOLA 5OZPA 2JJIA 3EKXA 4U8WA 3B7VA 5P7MA 4LXMA 4R8YA 1IZDA 3DV1A 3URIA 5P4MA 2CEJA 5P75A 1HPXA 5P1JA 5P3DA 5P1LA 2BPZA 3PEPA 1GVWA 4WTUA 1GVUA 4HVPA 5P7CA 3DOXA 4APRE 2QP8A 3EKTA 1HVIA 2OHPA 1AVFA 5P2ZA 5FIVA 5BRYA 3S7LA 4HZTA 3OQFA 3TOGA 2VIZA 3DM6A 4ZSPA 1HTFA 5OZXA 2QZXA 2HS1A 3O99A 3VFAA 5P6EA 4Q1NA 5P1DA 1W51A 5P08A 1HVSA 5P4DA 4DQCA 5P35A 5P2RA 4RRNA 3WZ6A 1MEUA 5P1NA 4D85A 5HE5A 4GJDA 4XKXA 5DQ1A 3PJ6A 3I6OA 1UH9A 5CONA 5P3ZA 5P55A 3U6AA 2CENA 5P09A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SME A;  9HVP A;  1K2C A;  4Y4B A;  3GGX A;  4Y3J A;  2I1A A;  5P4N A;  1HVJ A;  4Y41 A;  1W50 A;  1QBR A;  2QMG A;  3D20 A;  3LIN A;  3O9L B;  5P3Y A;  3WB5 A;  3UDR A;  3SM1 A;  5SZ9 A;  2HM1 A;  2R43 A;  1HXW A;  5P0I A;  5P2F A;  1FFI C;  2FIV A;  2BBB A;  1MT9 A;  4OBJ A;  3NU5 A;  4CKU A;  3GI5 A;  1AID A;  5P0K A;  5F01 A;  3SA6 A;  2G1O A;  4YD5 A;  1GVX A;  5P0P A;  3NUJ A;  2FMB A;  2IL2 A;  3L5D A;  5P6D A;  3VF5 A;  3SA8 A;  3QPJ A;  2RKG A;  4D8C A;  2ZJL A;  1PRO A;  2J9K A;  2IEO A;  1HVH A;  3ZPT A;  5P50 A;  1IZI A;  4Y5N A;  5OYR A;  3VCM A;  3U71 A;  3SAA A;  5P51 A;  2AZ9 A;  5P64 A;  3EM6 A;  1B6L A;  3VSX A;  4HDB A;  5P7L A;  3PHV A;  1EPO E;  3OQ7 A;  2OAH A;  5P59 A;  5P2J A;  3CYW A;  5P6U A;  4Y3Q A;  1C6Y A;  4IVS A;  5P7K A;  5P5J A;  5P4S A;  3L58 A;  4R95 A;  2ZJH A;  1KJ7 A;  1LS5 A;  7HVP A;  5P3T A;  1NH0 A;  1APT E;  3DJK A;  5P0L A;  3IGB A;  5P2D A;  2B7F A;  4NJU A;  4Z2Z A;  2JJJ A;  4Z4X A;  4FRS A;  2QNQ A;  5DR8 A;  2BQV A;  1MSN A;  2Q64 A;  4H3F A;  5P69 A;  4K4R A;  4B1D A;  3KN0 A;  2ZHS A;  3KFP A;  3PI0 A;  5P86 A;  4R93 A;  3SO9 A;  5P23 A;  4CP7 A;  5E5K A;  5OZ4 A;  3SAC A;  3S53 A;  5P32 A;  1HEF E;  4Y5C A;  3ZOV A;  1ODW A;  1APW E;  3KDC A;  3OQK A;  2Q3K A;  5P29 A;  5KAO A;  2F3K A;  5P0O A;  4Y3D A;  3BC4 A;  5P16 A;  3UFN A;  1ZSF A;  3TKW A;  3SA3 A;  2FXE A;  4U7Q A;  1PSA A;  3DV5 A;  3UDK A;  4EYR A;  4HEG A;  1BXQ A;  4OBF A;  2AOH A;  5P65 A;  5P76 A;  4J1K A;  1FQX A;  3LNK A;  4EPJ A;  1D4H A;  2FS4 A;  3PWW A;  5COO A;  4Y3E A;  5P4Y A;  3QRV A;  5P54 A;  5P3A A;  4J54 A;  5AH7 A;  2F3E A;  3KFR A;  3OWN A;  2QNP A;  5P4X A;  4Y5L A;  1M4H A;  2NMY A;  2ZHT A;  2R38 A;  2WED A;  5P82 A;  1PPL E;  5P5U A;  1EC2 A;  1AXA A;  4EP3 A;  4F73 A;  4OC6 B;  2PK5 A;  3HZC A;  5HDZ A;  2RSP A;  4I11 A;  3B80 A;  5P7Y A;  3Q6Y A;  5IVR A;  5P0T A;  1APU E;  3O9I A;  2WEC A;  5P7H A;  5P24 A;  1SGU A;  4I0E A;  4ZLS A;  3R0W A;  5P17 A;  5P1E A;  5OZQ A;  1FG8 C;  1NPA A;  4Y3X A;  5P06 A;  1BWA A;  1FFF C;  5OZ7 A;  1HPO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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