3MWSA

Crystal structure of group n hiv-1 protease
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPVITVKIGKEVREALLDTGADDTVIEEIQLEGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDNVTIDIQGRKAVGTVLVGPTPVNIIGRNFLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Autocatalytic maturation, physical/chemical properties, and crystal structure of group N HIV-1 protease: relevance to drug resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 22
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2010-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3mwsA00
5OZXA 2ZHVA 5P5HA 3KN0A 3T7XA 3LZUA 5HDUA 5P85A 2F8GA 3OGQA 5UPJA 3Q6YA 1HPSA 5P6PA 2ZHTA 2PWCA 4BEKA 5IVRA 5P0EA 3UDYA 4FCOA 4J1HA 1FQ7A 3QPJA 2ER7E 2IKOA 4LL3A 2Z4OA 3UDPA 1T7IA 2RSPA 3QRMA 4Q1YA 3FKTA 3O9LA 4DPFA 1UH7A 2P8HA 3BC4A 5P6CA 4AA8A 5DPZA 2VJ6A 3TPPA 2OF0A 2QD7A 2WF0A 4Y54A 5P8IA 5CONA 5P5MA 3QVCA 3VG1A 5P1YA 1MSMA 5P1TA 4YOBA 5JFUA 4YCTA 5P0PA 5P4BA 2AZBA 5PEPA 3T6IA 5P3ZA 5OYRA 5P0WA 5P3NA 1YTIA 1APUE 1LYWA 5P22A 1MIQA 1BV7A 3NWXA 3QRVA 5P2CA 1ZBGA 1PROA 2AOJA 1LEEA 5P10A 3S56A 4D85A 1G35A 5P6TA 2IKUA 5OZVA 5P2SA 5P7UA 3GI0A 3ZKXA 2IDWA 5P3RA 2Q64A 4YD7A 2PC0A 4EQ0A 5P0XA 2WF2A 3ZPUA 4JPCA 4J0VA 5P8DA 4Y3SA 5P1OA 2O4PA 3MWSA 5E5KA 4KB9A 4Y4XA 5HTZA 5DGWA 5ER1E 4YHQA 5P1RA 5P8HA 3L58A 3Q3TA 1K2BA 5OZLA 5OYTA 2ZE1A 3O9HA 1EBZA 1B6LA 4Z50A 3UDQA 3OQKA 3APRE 3OU4B 4RGHA 1K1TA 3QN8A 5P0NA 2R38A 5P0KA 1WBMA 1B6JA 2AOGA 1ZSRA 5P2RA 5HE7A 4L7JA 5P7CA 2XFJA 4Z2ZA 4QJ8A 5B18A 4OBZB 5P5BA 2OHRA 4FSLA 4DUSA 5P4YA 3IXKA 3EKXA 4Y3XA 1IDAA 1IZDA 5P44A 4Y51A 2I1AA 2R43A 5P6KA 1K2CA 2B8VA 5P2XA 1ZSFA 2AQUA 3IVHA 4XXSA 4F73A 5OZ6A 5P4GA 4OBDA 1TCXA 3EXOA 5P83A 4QJ2A 4LAPA 2PMAA 3SA5A 5OZCA 2JJJA 5P3KA 5P84A 2ZHUA 3QAAA 5P3OA 3PWMA 5P35A 3IXOA 3ZMGA 2VIEA 3PSUA 3R4BA 4YCKA 1BILA 3UDKA 3O9DA 4I0FA 1UH8A 4Y6MA 5DGUA 1SH9A 4EJDA 1HHPA 3C9XA 3OY4A 3UQPA 3A2OA 4DJOA 5P5GA 2ANLA 1RNEA 2BKTA 3I8WA 2FDEA 3TL9A 5P7QA 4R5NA 3PMUA 5P33A 4FRIA 4Y5LA 5TOLA 1APTE 4M8XA 4KE1A 5P0CA 2NXDA 1W5XA 4CPWA 3BGCA 3DCRA 1TSQA 4X2LA 5HDVA 2G1NA 1SP5A 4R93A 4GJAA 2G24A 4ZPFA 1E82E 1A8KA 2NXMA 5P75A 2PSUA 1ODWA 1GVUA 5P7OA 4Y4EA 5P6JA 5P87A 5P0GA 5IVTA 2PH6A 2PK6A 5P45A 4Y3LA 5P2QA 3UQRA 1LYAA 5P4TA 5P5JA 2NNKA 3FSMA 1RPIA 3D3TA 2ZJKA 5P2LA 5P8BA 1APWE 1FQXA 3BXSA 5P06A 4ZPEA 4Y3DA 3EL9A 3AIDA 2AIDA 4Q1XA 5ENMA 4YDFA 5P0RA 2G26A 4B1EA 1BXOA 3CYWA 5P2UA 4K4PA 2P83A 1A9MA 5P1HA 4HEGA 5P8TA 3EM6A 3IXJA 5P23A 3AUPA 4RZ1A 4FE6A 4U7QA 2FLEA 1HEGE 3L5DA 1EC3A 1B6PA 3IVIA 2QZXA 4U8WA 1QRPE 2G1RA 3HW1A 3MSLA 4Y4JA 5P4UA 2QHCA 3OXWA 5P5PA 4B0QA 3L59A 2ZGAA 3KT2A 3UFNA 4QJAA 1HBVA 3S43B 4F76A 1FQ8A 4ER1E 5P4IA 5C9FA 3KA2A 4JP9A 1FKNA 1D4LA 1WBKA 4AZYA 4RVJA 2Q54A 5P5FA 4Y5BA 5P5EA 5P5VA 5P01A 4B78A 2J9JB 3INEA 1GVXA 3M9FA 5P72A 4J0TA 4L6BA 5P19A 4YD3A 4Y57A 3FIVA 3ST5A 3LPKA 5P8FA 5P59A 4YA8A 3EBZA 3NU9A 3TPLA 4Y53A 2BKSA 3LHGA 2RMPA 5P2FA 4Y5EA 1DMPA 3KMYA 4K4QA 3UDJA 3NDXA 3VLBA 3SABA 5P5KA 3EKYA 1FMXA 2WJOA 3NU6A 2G22A 5OZJA 2QMDA 3DV1A 5P71A 4GZFA 5P5QA 1XE5A 5P1BA 2PYNA 1HPXA 4HDBA 5OZIA 3OU3A 5P4ZA 3HZCA 3LIZA 1MT8A 3EL5A 4QJ9A 5AHBA 3I2LA 3SA3A 3PBDA 2QI4A 2O4NA 5DQ5A 2OHUA 3VV8A 5OZRA 3CKPA 1D4HA 4FSEA 3WZ7A 4Y45A 5I3XA 2F3EA 5P4DA 5KQYA 4Y39A 5P7PA 2WECA 3K1WA 1AZ5A 1BBSA 2QHZA 4GMIA 1MPPA 4BELA 3QS1A 5HE4A 5OYZA 1B11A 3JVWA 5P7FA 1NPWA 5P7KA 3BVAA 3OQAA 3Q70A 3UQUA 5P6IA 3PB5A 3EKPA 2Q63A 3K5CA 2AVSA 3VF7A 1XN2A 1KJ4A 4KE0A 1LF4A 5P7WA 4J1KA 3OU1A 5P4EA 1Z1RA 1AIDA 3K5DA 5P2BA 5P8QA 3WZ8A 1W5WA 2QMGA 4ZSMA 4FIVA 4I8WA 4J55A 3HDKA 1FB7A 2G94A 3UF3A 1XS7D 5DR0A 5OZ8A 5P5UA 1BAIA 3GGXA 1EBKC 4Y5AA 4CPSA 5P0OA 3EM3A 2IL2A 4Y56A 1META 3RVIA 5P0TA 3IA9A 5AH9A 3QVIA 2OHSA 1EC0A 2FNTA 2OHQA 3BRAA 1OHRA 5P3PA 3LIVA 2O4SA 4Y9WA 5P69A 4RRNA 1HXBA 5P0BA 3INHA 3DCKA 5OZFA 4H3FA 1ENTE 3B7VA 5P5OA 5P07A 1GKTA 5P4KA 3S54A 4N00A 4LXKA 4NKKA 3NR6A 4DFGA 5P38A 2R5PA 4Y4WA 1F7AA 5COOA 2AVQA 4Y4BA 2PYMA 1K6VA 2Q55A 5P7VA 3VV7A 3BHEA 4R95A 2B7FA 2ER6E 2AOEA 4NPTA 3OK9A 1QBSA 3RSVA 3NWQA 3OWNA 5P47A 5P3GA 4UPJA 3ZPSA 1HTFA 3HLOA 2AVVA 2HB4A 4R92A 3VSWA 3RSXA 4DJVA 5ENKA 3LINA 1QDMA 4J1CA 2VNNA 4Y3HA 5P70A 4I0DA 2P3BB 2V00A 4D88A 5P4VA 1WKRA 4TVGA 3VSXA 4CPXA 5P0DA 5P18A 2I4XA 5P8OA 7HVPA 3S7LA 1MRXA 4J1IA 3BUHA 2QI3A 3TKWA 1IDBA 5P1EA 3UQWA 5HD0A 2Q11A 5P1VA 1FG6C 2F3FA 2HB3A 4DJUA 3G6ZA 1D4IA 1SGZA 3EKVA 3VEUA 3LNKA 5P41A 5P37A 1OEXA 2I4DA 3S53A 1HVRA 5SXNA 1KZKA 1ME6A 5OZEA 1ZTZA 4J0YA 1M43A 5P6HA 5P4SA 2BB9A 4LHHA 3R0YA 1QBTA 2R5QA 4J0ZA 4Y4GA 5P7DA 5J25A 5P1QA 2AODA 4RCEA 4J54A 5P3HA 4GJ7A 1IZHA 4HVPA 5P3JA 2V0ZC 2BQVA 1LF2A 2QZLA 3OXXA 2V11C 2AZCA 1IBQA 3HVPA 3WSJA 3OU4A 1Z8CA 1YTJA 3N4LA 1PSNA 2QZWA 2QAKA 5P1GA 2FNSA 5P6VA 5P7SA 4CKUA 4FM6A 2I0DA 5HE5A 5P05A 1HIVA 1ZJ7A 2QI0A 3TLHA 3U6AA 5P1SA 5P00A 3FV3A 3SKGA 2P3DA 5COKA 9HVPA 4Y37A 4I0IA 4F75A 1FQ4A 4F74A 1HIHA 1LYBB 3KFNA 5P17A 2PSVA 3O9FA 1LZQA 5KR2A 5OYYA 1UH9A 3TOGA 2FMBA 4HE9A 3PEPA 1BWBA 2AOIA 4HA5A 5ER2E 2I4WA 5T4SA 2QD6A 4OBKA 4OC6B 2IRZA 5P68A 5P7TA 2QMFA 4B05A 5P66A 2BBBA 1MUIA 1HTRB 3PHVA 4Y35A 5P2JA 4RYCA 2WF1A 5P3YA 5OZ0A 1MTRA 2NMYA 2NNPA 3URJA 1K6CA 3VFBA 5P31A 1AJXA 1YG9A 4RVXA 4QLHA 1FQ6A 2O4LA 2MIPA 1AVFA 3K4VA 2APRA 4FM7A 1AXAA 3TOHA 4NJSA 5P0JA 5P5YA 5C9BA 4FGXA 4PZWA 5DQ2A 2VA6A 1F34A 2OHPA 5P51A 3PJ6A 5P09A 1W5YA 4Y3TA 4EPJA 5OZAA 1PFZA 1MSNA 4L7GA 4Y41A 5P73A 5HCTA 5P2MA 5OZWA 3S8IA 2WEZA 3OQFA 3D1ZA 4IVTA 5P2EA 5P8AA 1C6XA 2QD8A 3BXRA 1PPME 1MEUA 5P1IA 2FIVA 3B80A 2FDDA 5AGZA 2VA7A 1HTGA 5P2OA 5JG1A 4ZE6A 4A4QA 2R3TA 3NYGA 4Y36A 1IVPA 3TTPA 4FAFA 3ZPTA 4WTUA 3NU4A 2G21A 5P8VA 4H3IA 2HPFA 2QI1A 5IVSA 3OAGA 2CEMA 4R8YA 2OHKA 4NPUA 2BPVA 1XE6A 4Y47A 3UDMA 5ISJA 1HVKA 2JYSA 5P7EA 4Y3MA 2UY0A 5P1WA 5P2AA 1D4JA 3EMYA 5HDXA 4Y5NA 1APVE 1MRWA 5DR7A 4FL8A 3LIXA 5P3FA 5P6GA 2PH8A 5OZOA 5COPA 5P20A 5P40A 1YM2A 2UXZA 3QP0A 2P4JA 4RYGA 2QP8A 3EKTA 5P4WA 3VLAA 4RVIA 3BUFA 5P6RA 2H6SA 3VF3A 5P2VA 5P3SA 5P2ZA 5P7HA 4GJ9A 3OADB 2Z54A 2IQGA 2XYEA 4Y4ZA 4DQBA 1BXQA 2FGVA 3S43A 1PSOE 3PSGA 1HPOA 1LF3A 5JFPA 1FIVA 1GVVA 5P3BA 2VS2A 1W6IA 4A6BA 2QU2A 1C70A 4B1CA 1BVEA 4Y3JA 5P4RA 2ZHSA 3NUOA 5P2WA 3EKWA 2ZDZA 2IENA 4QJ7A 2J9JA 4J1FA 1EPLE 2QI7A 1MVPA 3OHFA 3BVBA 1D4SA 2AZ9A 1DIFA 5F00A 5P0ZA 4Y38A 5AH7A 2AOHA 5E5JA 5OZPA 1FMBA 3CKTA 5P7JA 5P0YA 4B72A 5P6WA 5P29A 4J17A 2Q3KA 1QBRA 3ZKGA 4B00A 5P5SA 4Y4DA 3D20A 5P0IA 4D83A 5P0AA 5P36A 5P8JA 4ZSQA 5P4LA 2WEAA 4FRKA 1W50A 3QRSA 5P5WA 4M8YA 4ACXA 5BRYA 4Y5MA 2NMZA 1A8GA 3KM4A 4OD9B 3SFCA 5P7YA 3Q5HA 2ZYEA 4EQJA 2VA5A 4OBHA 2ZJHA 4RRSA 5OZQA 5P2KA 5P8CA 1VIJA 5I3VA 3VF5A 4Y3NA 5P08A 4B77A 4DJYA 4I0JA 5SY2A 5C9DA 4YBFA 3SQFA 1BDLA 3NXEA 1HVIA 1FFIC 2WF3A 1FG8C 4Y3QA 3BUGA 1EBWA 3NDUA 3PCWA 5P80A 4I0ZA 5P7BA 1QS8A 3GGUA 1XN3A 3L5CA 2AOFA 1ZPKA 1G2KA 3LIYA 1EPME 4WY6A 1BDQA 4Y5KA 1E81E 3KYRA 5P0QA 4CP7A 5P81A 4Y3WA 4L1AB 4MC1A 3HAWA 3UPJA 1FQ5A 5OZKA 4XX4A 1BWAA 3NU5A 1FLHA 3VUCA 4ZIPA 3UDHA 4FM8A 4JOOA 2QI5A 4D89A 3S2OA 3R0WA 5P6AA 3SM2A 3T3CA 3SLZA 1YTGA 2HAHA 1HWRA 2NTRA 2G27A 5P32A 5P2YA 3SM1A 3OHHA 2ZJMA 4WY1A 4Y3EA 2BPXA 5FIVA 4D8CA 5P6FA 5P63A 3FX5A 2OHTA 4HLAA 1MTBA 5P1JA 5P79A 2QK5A 3TH9A 2OHMA 5IS4A 5P2NA 3TNEA 3NUJA 5P61A 1W6HA 5IVQA 1EPNE 3GGVA 2ASIA 5P88A 1FF0C 3NDTA 3D1YA 1TZSA 1YX9A 2BJUA 1B5FB 4Y48A 4CPRA 1W51A 4NJVA 2F80A 1IIQA 1EC1A 5P6OA 3DOXA 5P50A 3ZKIA 2PSGA 1OD1A 4L7HA 4OBFA 3HBOA 1SBGA 5P1KA 4DVFA 3TOFA 3DK1A 3QBFA 1MT9A 5P28A 5P26A 5OYUA 5P7NA 2P3BA 5BS4A 2R9BA 1T7KA 3JVYA 5P6DA 3EL0A 4TRYA 3VYEA 3LZYA 5P48A 1MT7A 3KDBA 1CPIA 3T7PA 5P1CA 2G69A 2VIJA 4DQFA 5P5NA 1D4KA 3OUBA 3U7SA 4OBGA 5P1ZA 5P78A 3L5FA 5P4AA 2R3WA 3L38A 4I0HA 5DQCA 5P5IA 1FFFC 3O9EA 5P55A 5P7ZA 1IZIA 4Q5MA 2I4VA 4FLGA 1TQFA 3FNSA 5OZZA 5DQ4A 2AOCA 4AMTA 3PVKA 4GB2A 5P7MA 2HPEA 3HD8A 4Y44A 5KR8A 4Y3ZA 5P82A 5P16A 2I0AA 3RTHA 1HOSA 3EL4A 5P13A 5EZXA 2QI6A 5P4CA 4DH6A 3OUAA 5P8MA 4J5JA 5P11A 3K5FA 2ER0E 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZX A;  2ZHV A;  5P5H A;  3KN0 A;  3T7X A;  3LZU A;  5HDU A;  5P85 A;  2F8G A;  3OGQ A;  5UPJ A;  3Q6Y A;  1HPS A;  5P6P A;  2ZHT A;  2PWC A;  4BEK A;  5IVR A;  5P0E A;  3UDY A;  4FCO A;  4J1H A;  1FQ7 A;  3QPJ A;  2ER7 E;  2IKO A;  4LL3 A;  2Z4O A;  3UDP A;  1T7I A;  2RSP A;  3QRM A;  4Q1Y A;  3FKT A;  3O9L A;  4DPF A;  1UH7 A;  2P8H A;  3BC4 A;  5P6C A;  4AA8 A;  5DPZ A;  2VJ6 A;  3TPP A;  2OF0 A;  2QD7 A;  2WF0 A;  4Y54 A;  5P8I A;  5CON A;  5P5M A;  3QVC A;  3VG1 A;  5P1Y A;  1MSM A;  5P1T A;  4YOB A;  5JFU A;  4YCT A;  5P0P A;  5P4B A;  2AZB A;  5PEP A;  3T6I A;  5P3Z A;  5OYR A;  5P0W A;  5P3N A;  1YTI A;  1APU E;  1LYW A;  5P22 A;  1MIQ A;  1BV7 A;  3NWX A;  3QRV A;  5P2C A;  1ZBG A;  1PRO A;  2AOJ A;  1LEE A;  5P10 A;  3S56 A;  4D85 A;  1G35 A;  5P6T A;  2IKU A;  5OZV A;  5P2S A;  5P7U A;  3GI0 A;  3ZKX A;  2IDW A;  5P3R A;  2Q64 A;  4YD7 A;  2PC0 A;  4EQ0 A;  5P0X A;  2WF2 A;  3ZPU A;  4JPC A;  4J0V A;  5P8D A;  4Y3S A;  5P1O A;  2O4P A;  3MWS A;  5E5K A;  4KB9 A;  4Y4X A;  5HTZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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