4CPQA

Macrocyclic transition-state mimicking hiv-1 protease inhibitors encompassing a tertiary alcohol
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE
publication title Synthesis of P1'-Functionalized Macrocyclic Transition-State Mimicking HIV-1 Protease Inhibitors Encompassing a Tertiary Alcohol.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4cpqA00
2QP8A 1ODYA 1DPJA 4J1FA 5P00A 4HEGA 5P5OA 5P2SA 5ER1E 4ER2E 1ENTE 2R9BA 7UPJA 4Y9WA 2ZJIA 5P51A 2BB9A 4HLAA 3SA7A 3LPJA 4Y3XA 4F76A 4J1CA 4KE1A 1EBKC 2AOCA 3IA9A 1MT8A 3SACA 4FM7A 5P8UA 4H3FA 5P8GA 2P3DA 4YDGA 1TSUA 3DOXA 4Y53A 1E81E 3S45A 4I1CA 4EJKA 3ZKSA 4J55A 5P06A 5P52A 1MESA 4EJDA 2J9JB 3NUOA 5P74A 5P0DA 5P85A 4Q5MA 2I4VA 2QMDA 1XE6A 5P1PA 1MERA 3KN0A 5P44A 4GJ5A 1IZDA 3UQXA 3SM1A 3UQUA 5OYWA 5OZJA 3C9XA 4QJ6A 4NPUA 3U7SA 4I0FA 5P3SA 5P7VA 4M8YA 5JG1A 5P3GA 1ZAPA 1GVXA 5P0EA 5P1YA 2F81A 5P1WA 3VF5A 5P0YA 5P7WA 3PGIA 3UDHA 1APVE 4X7IA 1ODXA 2F8GA 3EKVA 3T7PA 1IBQA 5DQ1A 3LZYA 4GIDA 2P4JA 1EC1A 1MRWA 2I0AA 5P4NA 5P5BA 3LZVA 4XKXA 4WY6A 4IVSA 4JECA 1GVWA 1HHPA 5P37A 1IDAA 4YD6A 2QMPA 2VJ9A 3BVBA 4GJ6A 5SY2A 1D4LA 3ZOVA 1AJXA 5IE1A 2WF3A 1QBRA 1GVVA 3L5EA 4Y54A 3OQ7A 5P7TA 3INDA 1WBKA 1FQ6A 3RTMA 3EL4A 1D4JA 5P49A 4FRKA 4Z50A 2WF4A 4H3IA 5I70A 5OZUA 5P31A 2P3CA 3VFBA 3LHGA 2G1RA 2AOGA 1T6GA 2F3FA 1XDHA 4BEKA 1EC0A 1APTE 2OHRA 3BRAA 1K2BA 3L5FA 4RVJA 3WSJA 3NU3A 4YA8A 2O4LA 4GJBA 4RCEA 5P0XA 4LAPA 3O9CA 1U8GA 2WEBA 3VCMA 2QZLA 5P0HA 3SO9A 1K6CA 5P03A 3GW5A 2NXDA 3UFLA 4DPFA 2AVVA 4Y5LA 1XL2A 2JJJA 5P3MA 5P6JA 4APEA 1FGCC 2O4SA 2QU2A 3GI4A 5P47A 1K6TA 3IVHA 1K2CA 3FNUA 2A4FA 3MSKA 5F00A 4FRSA 5P7KA 2I0DA 5P7PA 5P4SA 5P10A 3PLDA 5P0AA 4GMIA 5P3FA 2ANLA 3LPIA 3URLA 3I6OA 3DCRA 5P6BA 3ZKGA 5P5WA 3QBHA 4DJRA 1AXAA 3G72A 5EZZA 4ZSPA 3LZSA 4B1EA 4I12A 6APRE 1PSNA 4QJ8A 4DJWA 5P2DA 4XXSA 2UPJA 5P0CA 5P4WA 2AOHA 4KUPA 5P2GA 5OZ9A 2APRA 4RVXA 5P4IA 5P4BA 4LXAA 5KQXA 5P8QA 4M8XA 3HLOA 4DFGA 3NWQA 3ZKNA 2G94A 4R5NA 3S8IA 1BV7A 2WF2A 3CKPA 4I0EA 5DQ2A 2WHHA 2HC0A 1HPOA 1BWBA 5TOLA 2A1EA 3UQPA 3S56A 2V11C 1FFIC 3VLBA 1W5VA 5P6KA 3HVPA 5C9DA 4JOOA 3FNTA 2NR6A 5P7ZA 5P61A 5P45A 1IZIA 5P1BA 5P28A 3UDKA 5P63A 3S7LA 5P5MA 2IENA 4GZFA 5P0FA 5P05A 3OOTA 3MWSA 5DR4A 1KJHA 4NJTA 4Y5BA 3VG1A 4Y3GA 3N3IA 5P6UA 1A8KA 3S43A 4Y3RA 2HB4A 4LHHA 5P4XA 3IGBA 5HDXA 5P55A 5P8DA 2JYSA 2VA7A 5P0PA 2AVQA 3EMYA 3OTSA 4CPXA 1QDMA 1F7AA 2R43A 1HVHA 4RLDA 3I25A 3T7XA 1YM4A 4YCTA 4R95A 5P8VA 1AJVA 2XFKA 3JVWA 3HDKA 3LIYA 3PHVA 1PSAA 3QRMA 4Y5GA 3EL1A 3KDDA 1CPIA 3T6IA 4FRIA 4L1AA 5P1JA 3TKWA 5P3XA 4Y3MA 5P3TA 3CYWA 2I4UA 2ZHTA 1B6PA 4A6BA 2ASIA 5HE4A 3UPJA 5P8BA 5OZFA 5P2UA 1EC3A 3ZKMA 3TOFA 4DUSA 2QI5A 2V16C 4OBZA 2HB2A 3MSJA 4ZSRA 3VF3A 1WKRA 5P1VA 5P0GA 4RRNA 1OEWA 3S43B 5ENKA 5P1OA 4XX4A 2QAKA 4EXHA 5P32A 1ME6A 3FSMA 4K9HA 1APWE 2I4WA 3OUAA 4Y3PA 3SFCA 1F34A 2P83A 1LZQA 5P57A 4OBFA 3VFAA 2ZDZA 1FB7A 3PCZA 3URJA 2IEOA 5P8RA 3BUGA 4Y57A 2FS4A 1BVGA 5JODA 3I8WA 3NU9A 1B6MA 3F9QA 3K5CA 5P30A 5P2FA 4D85A 5OZBA 1B6LA 5P2VA 3TH9A 3OXVA 3TTPA 3TLHA 2Z54A 5P8KA 3L59A 5BS4A 5KQFA 4HDPA 5DQ5A 3UF3A 5AH6A 2FIVA 3FV3A 2PH6A 4LL3A 4L7GA 6UPJA 4NKKA 1HXBA 1KJGA 4R93A 1LYBA 2VIYA 4CPWA 3K5FA 2QI6A 2Q64A 3OADA 4D89A 4J0PA 4LP9A 5P7HA 5P5CA 3SAAA 3LIXA 3UDQA 1T7IA 2QI4A 3OU1B 4Y3NA 5P68A 4U8WA 4IVTA 5P58A 5P3JA 3HBOA 3WZ7A 5OZ8A 3L5CA 4YD4A 3MXEA 5P1CA 5P4JA 1FMUA 2QU3A 1D4IA 4Y39A 2FGVA 3ZL7A 3S7MA 3ZLQA 3PSYA 3PVKA 3PBDA 2HIZA 5EZXA 5P60A 3ZPUA 2NXMA 4R8YA 2IS0A 5P3VA 4RYCA 3R4BA 3GGVA 4PZXA 2AODA 3VF7A 1META 2G27A 2WKZA 3ZPSA 5ENMA 5P6MA 5OZYA 5IVSA 3TL9A 3H0BA 3L3AA 4MC6A 5OZSA 3U6AA 3UDJA 1LYBB 5P36A 2XYFA 2ZJLA 5I3XA 4Y3SA 5OZ6A 3EKQA 5P3RA 3U71A 5P8HA 2ZHVA 5P40A 4AMTA 4EWOA 3ER5E 2PSUA 2Q5KA 1PFZA 3T7QA 5P0MA 3AIDA 2FNTA 2NTRA 3EL9A 3RTNA 4YOAA 3TPPA 3BC4A 1N49A 1LF3A 5P4DA 3UTLA 5HDZA 1W5WA 3UDMA 3Q70A 5KR2A 1G35A 2WEAA 5P3CA 3TKGA 2ZJKA 4HDBA 5P5UA 4YBFA 3TPRA 2O4PA 3NXEA 5P7DA 4Z4XA 2PK5A 5DR7A 2ZJJA 1HEGE 2AOJA 2NNKA 3HZCA 3PSGA 3EBZA 4TRYA 1BWAA 5P6FA 1HPXA 5COOA 2OHMA 4EJ8A 5P5HA 4ZIPA 5P2NA 3PEPA 4BFDA 1A30A 2ZJMA 3I2LA 5P7QA 5SXNA 1EPLE 1JLDA 2H6TA 4Y4AA 5P1EA 3PM4A 3PWRA 4Y58A 1IZHA 4GYEA 1GNNA 4EP3A 1XE5A 1FQ8A 4J0VA 4MC1A 3NSHA 3CKTA 3DCKA 4Y5MA 5P5DA 5P20A 5P6TA 5P5LA 5OZNA 3HAUA 3MSLA 5P4ZA 2HAHA 4OBGA 1Z8CA 2Q15A 5P2LA 3PI0A 1M0BA 2FNSA 1M43A 1GKTA 3Q6YA 4GJ7A 5BWYA 3LIVA 1LYWA 1EC2A 3R0WA 1DW6C 3UDRA 5P4QA 3OY4A 3VSWA 4Y5AA 2Q11A 1BDQA 5JFUA 1NH0A 4Y3EA 5OZIA 3FNSA 5BRYA 5P7FA 1HEFE 1ZPAA 3PSUA 2FDDA 2QI7A 3O9AA 3OU3A 2VIZA 4HE9A 5P0VA 3OUDB 4ZSQA 5P0JA 1G6LA 3ZMGA 4I0IA 1QS8A 2I4DA 2OHUA 5P22A 3EXOA 5HTZA 4FAFA 2BQVA 1EPPE 5P5AA 1BIMA 5P3ZA 4PYVA 5P6HA 3BXRA 5P1KA 4Y47A 5P7BA 1W6IA 4A4QA 2BJUA 4LXMA 1LV1A 2I4QA 3SA4A 1QRPE 2NXLA 5OYVA 5IS4A 2IGXA 1UH8A 2VIJA 3QBFA 2R3TA 1HVSA 5I3VA 3Q4BA 3EM4A 2QZXA 5OYYA 1KJ7A 1SDUA 5P5FA 5P6EA 3D1YA 5P1UA 3EL0A 4RROA 3SPKA 1YTIA 4B1CA 4BFBA 1LYWB 2R5PA 3D3TA 1ZTZA 1BAIA 5P4CA 5COPA 1M4HA 5OZHA 3TPJA 4I11A 3NDXA 5P8OA 5P8CA 3MXDA 5P13A 3CKRA 5P6WA 3L5BA 4Y4DA 5P80A 3K4VC 4APRE 5P0WA 5P3YA 1PPME 5JFPA 3QVCA 2OHKA 4CPSA 5KQZA 2B60A 2NPHA 1EBYA 1NPWA 3QP0A 5P4VA 1A9MA 4FCOA 5P84A 3VV7A 4DQFA 2UY0A 4QJ9A 1B5FA 1C6XA 4DJUA 1HTRB 4Y3HA 4AUCA 1HOSA 3O9FA 5P6ZA 3S2OA 4JPEA 4DJVA 1TSQA 2AOEA 4S1GA 3VSXA 3D91A 2P3BA 5P72A 3OWNA 3IN3A 4CKUA 2FXDA 4QJAA 3PCWA 2WL0A 2ZJHA 1AZ5A 3VUCA 5P3KA 2PYMA 4ZSMA 5C9FA 3FKTA 1BXQA 2IL2A 5P2BA 2IQGA 4J1KA 5HDUA 3A2OA 2RENA 3KDBA 4Y4BA 4Y6MA 3SA3A 2O4NA 2AVMA 1GVTA 3NDTA 3PJ6A 5P1LA 5P43A 3O9LA 2OHNA 3OQKA 5P34A 5OZVA 4NJSA 3KMYA 5P0ZA 1MUIA 3SA9A 3ZKXA 5P0RA 2I1AA 4DJOA 1B5FB 5P48A 3DUYA 3BHEA 4CP7A 3UQWA 1KJFA 4B05A 5P69A 1SIVA 4UPJA 2XYEA 4Y37A 4FRJA 1PSOE 2VA6A 2OHPA 4OBKA 5OYTA 4FSEA 5P3DA 3RVIA 5OZCA 3HW1A 4Y5CA 1YTJA 4DQCA 1SIPA 5KOSA 2ER9E 3O9IA 3KA2A 5P1MA 5P2TA 2O40A 4QGIA 4D83A 1ZJ7A 5P4EA 5P7IA 5P0OA 5DR0A 4PPHA 3IXKA 2QNQA 5P1HA 2V00A 1SDTA 4DQEA 4DQBA 2Q3KA 5P8AA 3NLSA 4FE6A 5P6XA 2P3AA 4JPCA 5P7XA 2BPWA 5P3EA 3OGPA 2V13A 1FG6C 3O9BA 2BKSA 5P4HA 5P6VA 4DV9A 5P82A 3O9LB 1K6PA 2PWCA 3LITA 3EKWA 2MIPA 3LIZA 2AZCA 4RCDA 3NDUA 3UDNA 5E5KA 3T3CA 5P8IA 2FDEA 2SAMA 3OXCA 5P18A 5P6CA 1MPPA 1QBSA 4AZYA 5IVQA 4FM8A 1W50A 5HU0A 2F3KA 2IKOA 4ZPEA 5P46A 5HVPA 4J17A 5P5SA 5OYXA 3G6ZA 5P6YA 2G1YA 5SY3A 3OHHA 5P6IA 4OC6A 2OHLA 1SGUA 1OD1A 4Y41A 3UQRA 2VNMA 5P5RA 3GGUA 4DH6A 3D20A 3OTYA 5P8EA 5P4GA 4EXGA 1RV7A 2FLEA 5P8JA 2JJIA 3VLAA 2ER6E 4Y4XA 2ER0E 1EPNE 1AM5A 3NDWA 2O4KA 5P1DA 1FKNA 3ZPTA 1FQ4A 1FMXA 4Y4UA 2J9KA 3K5DA 1HVIA 5P5XA 2OHSA 3CICA 4Y4GA 1MTBA 5P7JA 1SH9A 1SMEA 5P3OA 4J1EA 1DAZC 5APRE 5P64A 3VYEA 3NU4A 3SA5A 3ZKQA 3PWMA 3KFSA 5P3NA 4L1AB 4EJLA 5OZOA 4F73A 5P6DA 1HWRA 5P4FA 1HBVA 4LBTA 1FG8C 2VA5A 5P7MA 2VS2A 4RRSA 2Q54A 3INEA 3OGQA 5P0UA 5P4YA 3BXSA 5P04A 2XFIA 4CPTA 2RSPA 4Y5PA 2G1SA 5P86A 5ER2E 3IAWA 5DPZA 5P0NA 1T7JA 1LS5A 5P8FA 5P56A 1B6JA 3O9HA 5P5TA 1K1UA 2QMFA 5P41A 4OBZB 1HPVA 8HVPA 5P8MA 3O9GA 3EKTA 1W5YA 5P0TA 2HS2A 3QI1A 2G20A 4Y3YA 4OBJA 4TVGA 1LYAA 5P77A 5P70A 2F3EA 3S85A 5P1ZA 3RSXA 5P2ZA 5P4AA 5P5NA 4J1IA 9HVPA 1FFFC 3OOZA 5I3YA 3VYFA 1B11A 3BUFA 4EP2A 5P5ZA 3LINA 1W51A 2ZHRA 3D1XA 1QBUA 2QNPA 5P83A 4DJYA 5HD0A 1NSOA 1HSHA 2OF0A 4I8ZA 5P3IA 2JXRA 1ZBGA 1MIQA 5AGZA 5OZ1A 5HE7A 4GJ9A 3VYDA 1RQ9A 5P78A 4Y3JA 4Y48A 5OZDA 3TOHA 2VNNA 4RCFA 3S53A 3PMYA 4MC9A 5P5KA 3HVGA 4YCKA 1NPAA 5P7EA 3UHLA 3KT2A 5OZ5A 4H3GA 2QNNA 1VIKA 2BPVA 5DQ4A 4OD9A 1RNEA 3OADB 5P5EA 4EPJA 4OBHA 4CPQA 4WTUA 5P0BA 5P7UA 1BILA 3UDYA 3K5GA 2HS1A 1BVEA 3JW2A 1YTHA 4CPRA 2AZBA 2B7ZA 3OQFA 4L7JA 4BELA 1LYAB 3PB5A 5P19A 4YD3A 1E5OE 5P2JA 3T11A 3BGBA 5P6AA 5P7SA 5P1XA 5P2HA 4N00A 4I0HA 1PPKE 1D4HA 1MRXA 1MT9A 2AOFA 1Z1RA 1T7KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QP8 A;  1ODY A;  1DPJ A;  4J1F A;  5P00 A;  4HEG A;  5P5O A;  5P2S A;  5ER1 E;  4ER2 E;  1ENT E;  2R9B A;  7UPJ A;  4Y9W A;  2ZJI A;  5P51 A;  2BB9 A;  4HLA A;  3SA7 A;  3LPJ A;  4Y3X A;  4F76 A;  4J1C A;  4KE1 A;  1EBK C;  2AOC A;  3IA9 A;  1MT8 A;  3SAC A;  4FM7 A;  5P8U A;  4H3F A;  5P8G A;  2P3D A;  4YDG A;  1TSU A;  3DOX A;  4Y53 A;  1E81 E;  3S45 A;  4I1C A;  4EJK A;  3ZKS A;  4J55 A;  5P06 A;  5P52 A;  1MES A;  4EJD A;  2J9J B;  3NUO A;  5P74 A;  5P0D A;  5P85 A;  4Q5M A;  2I4V A;  2QMD A;  1XE6 A;  5P1P A;  1MER A;  3KN0 A;  5P44 A;  4GJ5 A;  1IZD A;  3UQX A;  3SM1 A;  3UQU A;  5OYW A;  5OZJ A;  3C9X A;  4QJ6 A;  4NPU A;  3U7S A;  4I0F A;  5P3S A;  5P7V A;  4M8Y A;  5JG1 A;  5P3G A;  1ZAP A;  1GVX A;  5P0E A;  5P1Y A;  2F81 A;  5P1W A;  3VF5 A;  5P0Y A;  5P7W A;  3PGI A;  3UDH A;  1APV E;  4X7I A;  1ODX A;  2F8G A;  3EKV A;  3T7P A;  1IBQ A;  5DQ1 A;  3LZY A;  4GID A;  2P4J A;  1EC1 A;  1MRW A;  2I0A A;  5P4N A;  5P5B A;  3LZV A;  4XKX A;  4WY6 A;  4IVS A;  4JEC A;  1GVW A;  1HHP A; 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 4ZSP A;  3LZS A;  4B1E A;  4I12 A;  6APR E;  1PSN A;  4QJ8 A;  4DJW A;  5P2D A;  4XXS A;  2UPJ A;  5P0C A;  5P4W A;  2AOH A;  4KUP A;  5P2G A;  5OZ9 A;  2APR A;  4RVX A;  5P4I A;  5P4B A;  4LXA A;  5KQX A;  5P8Q A;  4M8X A;  3HLO A;  4DFG A;  3NWQ A;  3ZKN A;  2G94 A;  4R5N A;  3S8I A;  1BV7 A;  2WF2 A;  3CKP A;  4I0E A;  5DQ2 A;  2WHH A;  2HC0 A;  1HPO A;  1BWB A;  5TOL A;  2A1E A;  3UQP A;  3S56 A;  2V11 C;  1FFI C;  3VLB A;  1W5V A;  5P6K A;  3HVP A;  5C9D A;  4JOO A;  3FNT A;  2NR6 A;  5P7Z A;  5P61 A;  5P45 A;  1IZI A;  5P1B A;  5P28 A;  3UDK A;  5P63 A;  3S7L A;  5P5M A;  2IEN A;  4GZF A;  5P0F A;  5P05 A;  3OOT A;  3MWS A;  5DR4 A;  1KJH A;  4NJT A;  4Y5B A;  3VG1 A;  4Y3G A;  3N3I A;  5P6U A;  1A8K A;  3S43 A;  4Y3R A;  2HB4 A;  4LHH A;  5P4X A;  3IGB A;  5HDX A;  5P55 A;  5P8D A;  2JYS A;  2VA7 A;  5P0P A;  2AVQ A;  3EMY A;  3OTS A;  4CPX A;  1QDM A;  1F7A A;  2R43 A;  1HVH A;  4RLD A;  3I25 A;  3T7X A;  1YM4 A;  4YCT A;  4R95 A;  5P8V A;  1AJV A;  2XFK A;  3JVW A;  3HDK A;  3LIY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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