5P7UA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 327
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7uA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7uA01
5SY3A 3Q6YA 1IDAA 5P77A 3O9IA 2AOGA 4HVPA 3VFBA 5P3NA 2VNNA 4MC2A 1TQFA 4U7QA 1K6VA 5DQ1A 4FL8A 5P5DA 2BQVA 5OZPA 5P33A 4PPHA 4Y48A 4QJAA 2I1AA 5P4QA 1HVKA 3T7PA 4AUCA 3RU1A 1HPSA 2NPHA 2WEBA 4OBJA 2QNQA 5BRYA 5P46A 1EBZA 4JP9A 4B77A 3UQXA 3UDHA 5P66A 3IXOA 5OZ0A 3NUOA 5OZZA 3VSXA 2OHNA 5OZLA 4DJOA 3BXRA 1SMRA 1SMEA 2FDEA 4Y5AA 2IEOA 5OZKA 3SM1A 2F8GA 1B5FB 3ZKMA 2G1YA 5P3CA 3GI0A 2JYSA 4Y3AA 4HDPA 2B8VA 2I4VA 1PFZA 1HTEA 2APRA 3CYXA 1E81E 4Y5MA 3GGAA 1CPIA 3BXSA 5P60A 4H3IA 1NH0A 1K1UA 4J55A 5P1JA 5P74A 2I4WA 4I11A 3UDNA 5P6CA 5P7SA 2QMGA 3PWMA 4Y3LA 5P7GA 3LITA 2ER9E 1FMUA 3RTHA 3O9LA 3TKGA 1FLHA 5P0BA 3G6ZA 3KYRA 5OZJA 5P8VA 2WF3A 5P5PA 2FMBA 4Q1YA 3KFPA 3PM4A 5EZXA 1XE6A 4QJ6A 3I8WA 2PSUA 3IN4A 5P8DA 1ZTZA 3MSJA 2NTRA 2BPVA 3L5BA 4U8WA 1K1TA 5P0TA 5P71A 4Y56A 4LL3A 2PSGA 4OC6A 3OXWA 1OHRA 2I0DA 4YBIA 1HVIA 4I8ZA 2B8LA 1HXBA 4RVIA 1UH9A 5P4GA 5P3QA 1IVPA 1UH7A 4ACXA 1QBTA 2F3KA 2RKGA 4MC1A 5P4DA 5HVPA 5P3BA 1YTHA 5P41A 5P3EA 5OYSA 1C6ZA 5P7ZA 3QVCA 5P5KA 2NR6A 3UDRA 4WTUA 5P4PA 3NXEA 2Q5KA 2Q63A 3Q70A 3MSKA 5OYXA 3OAGA 4DJVA 1ODXA 1QS8A 5P0XA 4LAPA 4I0GA 5P7KA 5P4JA 3CKTA 3OTSA 5P88A 1D4JA 1HSGA 3S43A 4QJ8A 4PZWA 4DH6A 3BRAA 1EPQE 1PROA 3BHEA 3VF3A 1HSIA 4A4QA 1D4KA 2ZJHA 2AQUA 3NDTA 3GI6A 3L58A 2QU2A 3O9BA 3SACA 1D4IA 4GJAA 5P6AA 3OADA 3EL5A 5P65A 2G24A 3VEUA 3O99A 5P7CA 3ZLQA 5DQ4A 5P3OA 4BELA 1ZP8A 5P7NA 3RSVA 3NU5A 3R0YA 3DJKA 5HDZA 5P57A 2AOEA 4YDGA 2AVVA 4Y9WA 1A8KA 3JW2A 1HVRA 1TW7A 4M8XA 5OYUA 1T3RA 1W6HA 2OHSA 3SA6A 2ZJJA 1OD1A 3SAAA 3NXNA 2CENA 4TVGA 2AOIA 5P8SA 5KOSA 1HVHA 2G21A 3INHA 4FS4A 3JVYA 3WB4A 2G94A 3NWQA 4F74A 3ZL7A 1LYWA 3HLOA 3OUDA 1E80E 5P89A 1SH9A 2WF4A 4AZYA 1HOSA 5P2RA 5P5FA 3QP0A 3EKXA 3PEPA 3QROA 1DMPA 3PCWA 1IVQA 2FXDA 4I0FA 3CYWA 5P1GA 1RPIA 3EKVA 2V16C 3ZKNA 5P40A 2P3AA 4OC6B 3NU9A 4J1IA 3ZOVA 2QI1A 1SDUA 4KE1A 5P0QA 2NMYA 4H1EA 5KR1A 4HE9A 3OOTA 2F3EA 3O9GA 2VJ7A 4Y5PA 5AH6A 2QI3A 4I0JA 4OBZA 1GNMA 2NNKA 4JPEA 4AA9A 1ME6A 4HZTA 5P28A 1K2CA 3APPA 3S7LA 2V12C 3SQFA 5HD0A 3URIA 5P6TA 2JE4A 1E5OE 3OAGB 5P2DA 3VF7A 3BC4A 1MT8A 2BKSA 3NDUA 4CPRA 4CPXA 1HVCA 4Y45A 5P3DA 5P5TA 3Q4BA 4Y41A 3PB5A 5P31A 2P8HA 3S43B 5HCOA 5P23A 5SY2A 2ZGAA 3HDKA 3LZUA 4RCEA 5P3ZA 1F34A 3K5GA 5OZUA 5HDXA 1AAQA 3O9HA 7UPJA 5KQFA 1MVPA 5APRE 3OADB 1U8GA 3IVIA 3KDDA 1NPWA 2V13A 3O9DA 5P18A 1HIVA 5P83A 4FM7A 3Q3TA 3L5DA 5P6FA 5P19A 5P1QA 5P5OA 4LHHA 5P7QA 1PSNA 2Z4OA 2VJ6A 3O9AA 1EBWA 4Y3PA 4Y3MA 2IS0A 3L5CA 5P45A 1KJ4A 4B72A 3GGUA 4MC6A 3UCBA 3PWWA 4R8YA 3SA5A 4H3GA 4GJDA 2OHMA 2V10C 1C6YA 3ZMGA 1LYWB 3OXVA 1SDTA 3RTNA 5OYVA 3OQAA 5P3UA 2IKUA 5P5GA 5P0JA 2HIZA 1W5XA 4XX3A 4DPIA 2V00A 3HVGA 1APWE 5P3IA 4Y5LA 1MESA 2BB9A 5F01A 3PMYA 5P2MA 4RCFA 1C6XA 3OY4A 4YOAA 3OQ7A 1D4SA 1T6GA 5P4VA 3SA9A 1B6KA 2AOCA 3VSWA 4FCOA 4ER2E 4Y3JA 3EM6A 5P1SA 3EL0A 5AH8A 5P2XA 1N49A 4RCDA 4Y5BA 2IRZA 3PRSA 3K4VC 3BUGA 2WECA 4L1AB 3F9QA 4OBZB 2I4XA 3S54A 5OZIA 5P4HA 2WEAA 1NPVA 4YOBA 5P5EA 4D89A 2XFIA 5JG1A 3VLBA 5P4NA 1MT9A 5HU0A 2ZHSA 4YDFA 2P3BA 1EPOE 2AZCA 4GJ7A 4I10A 1BV7A 5OZWA 5P8GA 5P1NA 3KF0A 5P1ZA 3VG1A 1J71A 2IGXA 3LZVA 5P2CA 5P1YA 1HVLA 5P7RA 2CEJA 2JXRA 1KZKA 2OF0A 2UPJA 3TPPA 1Q9PA 3KT2A 4J0VA 5OYZA 5P7TA 3EM4A 3PSUA 4K4PA 4Y3HA 3NDWA 2J9JB 3RSXA 2ASIA 2OAHA 1M0BA 4Y38A 1EPNE 5OZQA 5P1CA 2G27A 5P0VA 5SXNA 4DQHA 5P24A 5ISJA 1BILA 1W5VA 3M9FA 4KUPA 4FAFA 5P0CA 1EC2A 3UDMA 1SDVA 3T11A 4I0IA 5P1OA 5I3XA 4LBTA 4ZPFA 5P4IA 5P58A 1LV1A 5P27A 2QZLA 4B00A 3KMYA 4DUSA 4Z50A 3UQWA 5OZNA 5P8UA 3KA2A 3OU1A 2R5QA 4NJVA 5OZOA 3S85A 3UDYA 5P59A 1HPXA 3OK9A 5OZ8A 5P4AA 3S53A 2PYMA 5P5IA 3SKFA 3MSLA 5KAOA 5P62A 1FF0C 5P0HA 5P6SA 5P7BA 5OZ6A 4LXAA 1LYBA 4FAEA 1Z8CA 2AOFA 3GGXA 5P7XA 5P2OA 3PVKA 4GJ6A 5P2JA 3BVBA 5P6XA 1D4YA 3BGCA 3OGQA 3QRMA 5P11A 5P5HA 5IVSA 2PWRA 5P68A 5P49A 2B7FA 1CZIE 2G1NA 2I0AA 3PBDA 5P8IA 2ANLA 5P1RA 4Y6MA 4RYGA 3QVIA 5I3YA 3APRE 5P0PA 1QBRA 1XL2A 3NLSA 4QJ7A 2F3FA 5AHAA 1PPME 1W6IA 1FQ5A 3OXCA 4APEA 4NJSA 4DQGA 1XDHA 3SFCA 2NXDA 2NNPA 4L7GA 5P8LA 2B7ZA 5P8NA 5P6RA 2P3BB 4A6CA 5IVRA 1XL5A 2XFJA 5P4YA 4Y3GA 1YM4A 1LS5A 3GI4A 5P70A 5HE7A 1WBMA 5P7OA 5P6VA 4I12A 1FQ8A 1XE5A 4EJLA 2FGVA 1APTE 3WB5A 4BEKA 2BJUA 4Y58A 5KQXA 2FNSA 2R9BA 5P0DA 2QD8A 3EKQA 3U71A 1BDLA 4QLHA 2H6TA 2WEDA 4Z4XA 5P29A 5P6DA 2ZE1A 4Y4GA 4Q1XA 2ZJNA 1HTRB 3PLDA 4FSEA 1GKTA 1FEJC 4ZPEA 5P16A 5DGUA 1T7IA 1ENTE 1GVWA 5JFPA 4EXHA 3I2LA 4YA8A 4Y57A 4Y3YA 1M4HA 1ZPAA 2O4NA 5FIVA 4CPSA 3O9EA 3OU1B 1QRPE 4GIDA 5P8RA 5P2BA 2QMPA 3CICA 4NPTA 1TCWA 3AIDA 4J17A 1LYBB 4DJYA 5P35A 3WSJA 2P83A 4D8CA 5P8EA 1XN3A 3INEA 4OBDA 4XXSA 5ISKA 1HBVA 5ENMA 1K2BA 1A8GA 3VYDA 5P1UA 4XX4A 5T4SA 5P30A 2VS2A 3OWNA 5P2VA 4EXGA 4N00A 5P84A 2H6SA 5P7VA 4EP2A 4PEPA 4Y53A 5P87A 3ZKSA 2HM1A 5P76A 4Q1WA 9HVPA 5P3HA 2I4QA 1HEGE 1YM2A 1JLDA 3QBHA 2FLEA 5P0WA 1BXOA 3OU4A 3LIVA 4MC9A 2CEMA 3T3CA 3C9XA 1HVSA 4Y51A 4EJ8A 5AGZA 2HB2A 5P1DA 1PPKE 3ZKXA 4Z2ZA 3OU3A 2A1EA 2AZBA 5P4FA 1IDBA 4Y43A 2PC0A 4B1EA 5P2QA 1GVXA 5P8BA 1FGCC 5P0SA 2ER6E 2AOHA 3TOHA 3N4LA 5P2SA 1KJHA 2MIPA 2I4DA 4D85A 3TPRA 3R0WA 4Y4DA 5P5VA 5P1WA 3FKTA 4R95A 4NJTA 4YD7A 2Q54A 5OZDA 2QMFA 1AJVA 4RRNA 5P7IA 2ZHTA 4CP7A 5DR1A 4J1FA 1LZQA 4F76A 2WEZA 3CIBA 5SZ9A 5P1XA 4B0QA 5OZ5A 2FXEA 2O4PA 3GGVA 4HDFA 3SA8A 1APUE 1HIHA 3EMYA 5P1FA 1SGUA 1LYAA 5P09A 2FDPA 1ZSFA 5F00A 3VUCA 1MERA 5P1MA 3CKRA 5P86A 2BPXA 5DQCA 4Y4XA 4Y35A 2OHPA 1FG6C 1AIDA 1ZBGA 2V0ZC 4QJ2A 3PI5A 1DIFA 1BDRA 4APRE 4DJPA 1AJXA 5P4TA 5HDVA 4Y5CA 5P3VA 5P1TA 3LIXA 4Y44A 4H3FA 3INFA 4TRWA 1BXQA 3LPKA 5P7PA 4DV9A 5P8AA 5OZXA 3QRSA 3VFAA 2O4SA 1APVE 2PH6A 5P3XA 5P3SA 2VIYA 2FS4A 2IDWA 1QDMA 5P3AA 2ZHUA 4KB9A 3D1YA 4DQBA 3IGBA 1YTJA 5TOLA 4RZ1A 4GJ9A 3RVIA 2QNNA 4A6BA 5P4RA 4L1AA 5P7UA 4FLGA 1MTRA 1ODWA 4EJDA 3L3AA 4Y4TA 5P5ZA 3CMSA 4Y37A 3QPJA 1G0VA 3ER5E 5P2IA 5KQYA 2WJOA 3NDXA 4TVHA 1D4HA 2Q15A 3PI0A 4CKUA 1W5WA 5P51A 5COPA 5P85A 3OUBA 5KR2A 3OU4B 5P3TA 3B80A 3R1GB 3ZKGA 2G1RA 5P67A 1W51A 1TSQA 5P8OA 4DVFA 1NSOA 2P4JA 4Y4EA 2FIVA 1YX9A 2J9JA 4Y36A 5P80A 3TPLA 3DOXA 5P0YA 5P64A 3UQUA 3WZ6A 3PHVA 2HC0A 1META 4GJCA 1C70A 5P6PA 5P7FA 5P78A 4J1HA 4I8WA 3LPIA 4LC7A 2VJ9A 5OZ1A 2SAMA 3D20A 3LPJA 1HRNA 3L38A 5P4OA 4Y5KA 2V11C 5KR0A 4OBGA 3NYGA 5OZYA 1PPLE 4OBFA 4Y47A 2FDDA 4J5JA 5DPZA 4HLAA 5P34A 2BPYA 2O4KA 1YTIA 3I6OA 5OZAA 4ZSPA 3INDA 3SKGA 1DPJA 1B6LA 2G26A 3EM3A 4IVSA 2VA7A 5P73A 3VV6A 4F73A 3D3TA 4EQ0A 3NU4A 1Z1HA 1LYAB 3KFRA 2JJIA 4K4QA 1SGZA 5P00A 3WZ7A 4CPWA 3QS1A 3DM6A 4I0ZA 3K1WA 5P2LA 3FV3A 3H5BA 3HBOA 4JPCA 2IL2A 5P5AA 5OZ7A 5P7AA 4FE6A 4Y3RA 4YCKA 1M43A 3L5FA 5IVTA 2R5PA 4J1KA 5P3FA 2O40A 4Y3WA 5P7LA 5P56A 5P5SA 3IN3A 3OGPA 4ZLSA 5P5BA 1YT9A 1BVEA 2ZJKA 5I70A 3LNKA 5P6UA 1EAGA 5P8PA 3DUYA 3IA9A 2NMZA 2ZHRA 4Y4AA 2AZ8A 4FSLA 5P8HA 3ST5A 3T6IA 5HTZA 4LP9A 3NR6A 3BUHA 2G1SA 2VA5A 3VLAA 5P8KA 5P3YA 5P7WA 5P6ZA 3VV8A 3EBZA 4FRJA 5P05A 4D83A 5CONA 5P5QA 5P5UA 2PYNA 1EEDP 4B1DA 2AVSA 3SA4A 3EC0A 4QJ9A 3EL4A 4R91A 1NPAA 3FX5A 1IBQA 5P5JA 3NUJA 3KT5A 5KOQA 3KDCA 3HW1A 3B7VA 2IQGA 1UPJA 4UPJA 5P4WA 4HDBA 2R43A 5P8CA 4FRIA 3VF5A 1DW6C 5P6GA 1WBKA 5P82A 2F81A 2HAHA 5P0EA 3A2OA 5HU1A 3DCKA 3K5DA 4YCTA 5P5RA 4OBHA 3SA3A 3URLA 2OHTA 5EZZA 4FGXA 5P8MA 5P38A 2OHQA 4FIVA 2HS2A 3S7MA 4Y5EA 3WZ8A 1HTFA 4LXMA 3OUAA 5P6WA 4ER4E 1VIKA 3LZSA 3CKPA 5E5JA 3UFNA 3DV5A 4J0TA 5P8FA 3SM2A 5P5MA 2AIDA 1EPME 3U7SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5SY3 A;  3Q6Y A;  1IDA A;  5P77 A;  3O9I A;  2AOG A;  4HVP A;  3VFB A;  5P3N A;  2VNN A;  4MC2 A;  1TQF A;  4U7Q A;  1K6V A;  5DQ1 A;  4FL8 A;  5P5D A;  2BQV A;  5OZP A;  5P33 A;  4PPH A;  4Y48 A;  4QJA A;  2I1A A;  5P4Q A;  1HVK A;  3T7P A;  4AUC A;  3RU1 A;  1HPS A;  2NPH A;  2WEB A;  4OBJ A;  2QNQ A;  5BRY A;  5P46 A;  1EBZ A;  4JP9 A;  4B77 A;  3UQX A;  3UDH A;  5P66 A;  3IXO A;  5OZ0 A;  3NUO A;  5OZZ A;  3VSX A;  2OHN A;  5OZL A;  4DJO A;  3BXR A;  1SMR A;  1SME A;  2FDE A;  4Y5A A;  2IEO A;  5OZK A;  3SM1 A;  2F8G A;  1B5F B;  3ZKM A;  2G1Y A;  5P3C A;  3GI0 A;  2JYS A;  4Y3A A;  4HDP A;  2B8V A;  2I4V A;  1PFZ A;  1HTE A;  2APR A;  3CYX A;  1E81 E;  4Y5M A;  3GGA A;  1CPI A;  3BXS A;  5P60 A;  4H3I A;  1NH0 A;  1K1U A;  4J55 A;  5P1J A;  5P74 A;  2I4W A;  4I11 A;  3UDN A;  5P6C A;  5P7S A;  2QMG A;  3PWM A;  4Y3L A;  5P7G A;  3LIT A;  2ER9 E;  1FMU A;  3RTH A;  3O9L A;  3TKG A;  1FLH A;  5P0B A;  3G6Z A;  3KYR A;  5OZJ A;  5P8V A;  2WF3 A;  5P5P A;  2FMB A;  4Q1Y A;  3KFP A;  3PM4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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