5OYRA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 2
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyrA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oyrA01
4RVJA 5P3CA 1QS8A 1FQ8A 4FRKA 1BDRA 4DJQA 1K1TA 5DR8A 5P26A 3TLHA 2Q3KA 5P83A 1PSAA 2UXZA 3OQ7A 4QJ9A 3OUDA 4XKXA 2B8VA 2B42A 3OOZA 4NPTA 5P5PA 4Y3GA 1YM2A 1K6PA 5P8AA 1HTFA 5P0VA 4J0ZA 5P1VA 1TSQA 5P6GA 2BB9A 4J1FA 1FQ6A 2QZXA 1GVTA 3EBZA 4Y4GA 2AZCA 4K8SA 3NU3A 1SBGA 4GJCA 5P20A 1HPXA 3RTMA 3R2FA 3HAUA 2QMDA 3BUHA 5P2SA 1ZBGA 1FLHA 2JYSA 4FIVA 3R0WA 2WF1A 5P8OA 1T3RA 3KT5A 4GJ6A 2XFJA 5P5QA 3Q5HA 5OZ6A 2B7ZA 1WBMA 3CMSA 5P35A 4Y4XA 4CPWA 4D8CA 1W5WA 4OBGA 4J1EA 4TVGA 5P1TA 2FXEA 5SZ9A 3ZPUA 1QDMA 2ZHSA 5P52A 4FSEA 4RCEA 4Y9WA 5P5XA 3WSJA 1LV1A 3D1ZA 1KZKA 5P6CA 2ZJKA 5ENKA 5P1CA 1B6LA 5P40A 5P2UA 4ZSPA 1W51A 3L5EA 1YG9A 5HE4A 1PSNA 5P0KA 4M8YA 4B00A 5I3XA 3SA6A 5OZRA 3N4LA 3PRSA 2AVVA 3GI6A 1MIQA 5OZSA 1T6GA 1FEJC 1FF0C 1E82E 2H6TA 5OZVA 3D1XA 5CLMA 5P3JA 5P1HA 3VYDA 3ZL7A 3SACA 1SH9A 2WEDA 5P5LA 2Q55A 1LS5A 4QJ6A 1HTEA 5P2BA 5SY3A 2R3TA 3A2OA 4YOBA 2JJIA 4Y5GA 2F3KA 2QHZA 5P7NA 3H0BA 3JVWA 2IEOA 5P8EA 5OZJA 3GGUA 1OHRA 3O9LA 4ER4E 5P7TA 5P57A 1HSIA 5P0XA 2QI5A 3T7PA 1IZDA 3DOXA 3CKRA 1HVIA 2AOEA 3NUJA 3ECGA 5P64A 2NMZA 4L6BA 3AUPA 2ZDZA 1IZIA 3VF5A 5P7UA 4B72A 1D4YA 2Q54A 3RU1A 4B77A 5P0QA 3PHVA 4GMIA 1C6YA 1M4HA 5P2CA 1AAQA 3EKXA 1APTE 2VJ6A 2V12C 3GGXA 1LYBA 2OF0A 5P1GA 4ZE6A 1A8KA 4GZFA 5P2NA 1EPPE 3NDUA 1XE5A 3PVKA 1HVHA 3TNEA 1ZTZA 3HAWA 5AHBA 3L38A 2PH8A 1SDVA 5P6AA 5P0JA 3ZKXA 1GVVA 4D88A 3NSHA 5JFUA 3OK9A 4TRYA 2WF0A 4Y3ZA 3L5FA 1W5XA 3OOTA 3R0YA 5DR7A 3K5CA 5P8IA 5P8CA 3K5GA 1PPLE 5P31A 3QVCA 5C9BA 1EPME 5P12A 3K1WA 1LYWA 5P28A 2O4LA 5P5RA 4GJAA 5P1DA 5P6OA 5P2FA 4NJUA 4OBZB 5P55A 5P5DA 2WF2A 1PFZA 2QD7A 3URLA 3S85A 2CENA 3FKTA 4F75A 1YX9A 5P6BA 4Q1YA 3LZUA 5P3EA 5P3OA 5P6HA 1B6MA 6FIVA 3S45A 2BPVA 5SXNA 4RLDA 5P5EA 5BRYA 3PMYA 1NSOA 4ZPGA 4B05A 5P1ZA 1G6LA 3TH9A 1HHPA 5P3QA 4I8WA 3OUAA 5P3DA 1BWBA 4DPIA 1TCWA 4GJBA 5P5TA 2PWCA 2WF3A 4Y3XA 5OYUA 5OZCA 3EL1A 5AH9A 3QN8A 3TPPA 3AIDA 5OZDA 5P39A 3L59A 3GI0A 5ER2E 4A4QA 5P5BA 2G21A 4HEGA 3K4VC 3SABA 4CPSA 4EXHA 2QI6A 2R8NA 5P0UA 5P2AA 3CIBA 5P34A 3SA4A 3IVHA 5P1EA 5P00A 1ZPKA 2R5QA 1QBRA 4ACUA 3EL4A 3PM4A 4HE9A 3PSYA 3M9FA 4I12A 2R38A 5DQ2A 5OZPA 5P8LA 1UPJA 3EL5A 4B70A 5PEPA 3G70A 4DQEA 3Q6YA 4QJAA 3SA9A 3NDTA 1FMXA 4RVXA 4Y3NA 5P4FA 3OUCA 5P1LA 1IDBA 2JE4A 2QI4A 3B7VA 5OZNA 5P15A 5COPA 4L7GA 1TQFA 4NPUA 5P6DA 4Y4DA 2NXLA 4EQJA 4M8XA 4HDFA 2QZWA 5P41A 4JPEA 2IDWA 4QLHA 3ZKMA 1YTJA 5I70A 3NWQA 5DR3A 3FV3A 4Y3EA 5HDVA 1HTGA 4EXGA 5P2HA 4K9HA 5P77A 4F76A 4DQBA 2QD6A 2F3EA 3KFRA 2OHRA 1EC3A 4J54A 3O9IA 3T6IA 3ZKNA 3OU4A 2V10C 2IS0A 4HDPA 4Y5KA 4QJ7A 3EXOA 4Y45A 4I0GA 5P6NA 4OBFA 1D4SA 3QBFA 3APRE 1M0BA 4MC9A 4YBFA 3T7QA 2J9JA 3ZPSA 3OU1B 4I0IA 5P2DA 4J17A 1IDAA 2P83A 1MERA 2OHUA 3VLAA 2VIYA 4R92A 5P1JA 4YD3A 5P0TA 1DPJA 3FNUA 1FIVA 4CP7A 4ZIPA 2BPYA 3BC4A 2FDDA 5P8GA 1K6TA 5P3AA 4OBDA 5P6QA 5DGUA 4XX4A 4J1IA 4YD5A 5P6VA 1Z1HA 5I3VA 5P0CA 5P7EA 3UDYA 4MC6A 1MT8A 5P04A 4YD6A 5IVRA 3OQAA 3ZKIA 4I8ZA 1KJGA 1MESA 3OADB 3LPKA 2AVOA 4GB2A 3LNKA 2NTRA 4FM7A 4RVIA 4FAEA 3EL9A 5OZFA 3MXEA 1XN3A 1ME6A 2IL2A 3LIYA 4PYVA 5P6XA 2JJJA 3VV7A 2IKUA 5HU0A 2WEZA 1B11A 4DQCA 2G1RA 3HD8A 5EZXA 5P5NA 5OZ8A 3KN0A 4RCFA 5P1MA 1BXOA 2FLEA 5P7GA 4AA9A 4BFDA 4Q5MA 4YCTA 2QZLA 5P19A 4DJYA 2NXMA 2ZJIA 4B1DA 4Y3FA 2IKOA 1APWE 3U71A 5P17A 3PSUA 2QAKA 3IAWA 1EC0A 5AHAA 5P8DA 5KR1A 2AZ8A 4GJ8A 5FIVA 4J5JA 4J0TA 5P4TA 3UPJA 3OXWA 5P6YA 5P8KA 3DJKA 2AOFA 1EC2A 5P8BA 1APVE 5P3PA 1QRPE 5P0EA 4QJ2A 1MEUA 2ER7E 1FB7A 3G72A 5P23A 1NPVA 3R4BA 2FGUA 3QIHA 1HVCA 1HEFE 1ODYA 4NJSA 4I0DA 5P0MA 5P42A 4EYRA 4JOOA 3SKFA 2Z54A 3O9CA 3I7EA 1EAGA 5P3UA 1EBZA 3HZCA 2B8LA 1SIVA 3OGPA 1LEEA 1EBKC 5P1PA 2R9BA 5AH8A 5P10A 1AJVA 1HVKA 2Q11A 4D83A 3NU9A 3CKPA 2ZHRA 4Y4EA 5P61A 3KA2A 4I0ZA 3BGCA 4Y43A 2ER0E 4FM6A 1W50A 2BPZA 4L1AA 3BUGA 5P1BA 4PZWA 2FDEA 2P3BA 3VFBA 3FIVA 4Y3MA 5P08A 3LIVA 3LITA 5P1AA 5P5KA 1GNNA 2HS1A 1HPSA 1E80E 1K6CA 5KR2A 5P29A 4J55A 1BILA 5OZAA 5OZIA 5P4CA 3OQKA 1ZLFA 4YCKA 4OD9B 1IVPA 1MPPA 5P4AA 1AJXA 2AQUA 5E5KA 5OYXA 3KFPA 4LXMA 3WZ7A 2IRZA 5P58A 3DCRA 3VSWA 5P7PA 2HB3A 4RYGA 5P0YA 2ZJHA 1PSOE 5P2MA 1BBSA 4X7IA 3VF7A 3CIDA 3T7XA 2HPEA 4U7QA 1G35A 5OYSA 4DJOA 4BFBA 1BXQA 2V0ZC 4Y38A 1XS7D 3EKTA 3NDXA 5P8SA 5P54A 2G1SA 1HBVA 3LIZA 5P1FA 4Y4BA 4RYCA 3S7MA 1SGZA 1HVRA 1MVPA 5P7BA 3RVIA 3NLSA 5P45A 4LL3A 4ZSRA 4FRJA 5P6ZA 4CKUA 2XFIA 5OZXA 2PK6A 3L5CA 2P8HA 5P86A 5P8RA 5IVTA 3HVGA 4ZLSA 3IXKA 4Y3QA 4MC1A 3PSGA 3PEPA 3URJA 3Q4BA 3PCWA 3INFA 5OZEA 5P4BA 3MSKA 4BELA 2QNPA 5OZGA 2G27A 5P13A 1F34A 1FGCC 4LXKA 3OUDB 2SAMA 5P1SA 4J1HA 3EKPA 5IVSA 3KMXA 3S54A 1W6IA 3SA7A 1FG6C 1ZJ7A 4KE1A 2VJ9A 4WTUA 1F7AA 3ZKSA 4D89A 5P0IA 4YD4A 3RTHA 4CPXA 2V00A 3KDDA 1DW6C 5KQYA 5P87A 5P4VA 2Q15A 5APRE 2XFKA 3UDPA 1TSUA 2Q64A 5P85A 3PGIA 2BKTA 3PI0A 1XL5A 5P0HA 5P4MA 3KYRA 1HOSA 3OAGA 5DQCA 4PPHA 2RKFA 2OHNA 2FIVA 5P48A 2AOHA 1UH7A 3OQDA 5P14A 3ZPTA 3VF3A 2A1EA 4TVHA 3G6ZA 5P0SA 3OXVA 5P2KA 1W5VA 5KQXA 5DQ4A 3IN3A 4HDBA 5P0NA 3OQFA 5P3TA 1OEXA 3EL0A 4Y3SA 3S56A 2PQZA 1EPLE 1IZHA 4ZEAA 5P1XA 1ZSFA 2I4XA 2QNNA 4RGHA 3D91A 5P49A 3LPJA 5P8TA 5P62A 3UFNA 1GNMA 1HPVA 4Y3AA 2HM1A 5P66A 4GJ9A 4U8WA 5AH6A 5HDXA 3TTPA 2QMFA 5P6KA 1PPME 5ER1E 5P1IA 4DVFA 3BXSA 4EPJA 3DV5A 3O9HA 1CZIE 3QRVA 5P4JA 5ISJA 5P5UA 1G0VA 1ER8E 4Q1XA 3IA9A 3UQPA 2UY0A 4Y4TA 5OYZA 2QP8A 2ZJLA 5P07A 5P4GA 5P4HA 3DM6A 4Y50A 3O9LB 1AIDA 3RTNA 4HA5A 5P51A 2PC0A 4Y3WA 3NU6A 4B1EA 4GIDA 3SA8A 5P2QA 2ZYEA 5P4XA 1B5FA 1FFIC 4Y5EA 1C6XA 1SMEA 3S43A 4EJDA 3QRSA 5P4PA 3UCBA 4Y35A 5P4QA 3K5FA 2HAHA 2PSUA 4H1EA 5P6IA 1EPOE 1MT9A 3MXDA 5P3ZA 4I0JA 3LIQA 2WJOA 3EKQA 5HE5A 1FQ5A 2FDPA 3ZOVA 5P46A 2AOCA 4YOAA 2RENA 2WEBA 4Y5MA 4FCOA 4Z4XA 4WY1A 1D4KA 4DFGA 2BPWA 1LYBB 2F8GA 4J1CA 1EPRE 3EM4A 3LHGA 4LHHA 4Y5BA 4H3GA 5P63A 4Q1WA 5P5ZA 1FG8C 5P27A 1BIMA 4OC6A 5P1UA 5ISKA 3QP0A 4NJVA 4I1CA 5OZTA 4LP9A 4Y3JA 2HIZA 1BV7A 1LYAA 4RRNA 2F81A 3WB5A 4Y41A 3UDKA 2ER9E 4J1KA 3UQRA 4Y37A 3VV8A 5P6PA 3BUFA 5P7OA 1BWAA 3BVBA 1SDUA 1B6KA 4MC2A 3IGBA 5P1NA 1EPNE 2BJUA 2VIJA 4DQFA 1EBYA 2G1NA 5P11A 4Z22A 2PK5A 1PPKE 1YTGA 1LYWB 5P37A 5P5VA 2QCIA 5P75A 1ODWA 2FNTA 4Y6MA 1B5FB 4EP3A 3UDNA 5P1WA 2FGVA 2P3CA 3ZKGA 4AA8A 2CEJA 3GGVA 5P3BA 1TCXA 2QI3A 5P03A 1SDTA 2B7FA 3HVPA 2O40A 5DR4A 1D4HA 1ZP8A 4JP9A 3SKGA 2P3DA 3S7LA 4R91A 5C9FA 4S1GA 2AZ9A 2I0DA 4EP2A 3INHA 3QI1A 5P4LA 2RSPA 2ER6E 3DK1A 5KAOA 3CYWA 5P2RA 2G26A 5P7AA 1UH8A 1HIIA 3OWNA 5OZ9A 1BDLA 5P8QA 3T3CA 5P5JA 2I4VA 2ZGAA 1Q9PA 1HEGE 5P3NA 2IENA 4DJPA 2BQVA 1XE6A 4Y56A 1HPOA 5P78A 3VUCA 2ANLA 1SIPA 3O99A 4Q1NA 5KQZA 2V16C 2J9KA 5P4OA 5OYQA 1BDQA 2FS4A 6UPJA 5P1QA 1K2BA 4DQGA 3SFCA 4FM8A 1CMSA 4I10A 5P3MA 3C9XA 3SQFA 4Y58A 5P4ZA 3O9DA 4DH6A 3TL9A 4H3JA 1U8GA 2NNKA 2HC0A 4Y44A 2OHMA 3KFNA 3TOFA 3UDRA 4YDFA 3PLLA 2V11C 3R1GB 4FLGA 3LZYA 4Y36A 3WB4A 4CPTA 4RZ1A 4AZYA 1LZQA 4ZPFA 5I3YA 4YE3A 5OYWA 2Z4OA 1B6PA 7UPJA 5P65A 4I11A 2WECA 1AXAA 5HDZA 4ZSMA 5P88A 3NXNA 4DPFA 5F00A 4Y4AA 5DR1A 5P7QA 4KE0A 2AVMA 5P0PA 5JODA 4J0VA 4DUSA 4B78A 3I8WA 5P36A 1J71A 2QI0A 5C9DA 2RMPA 4FL8A 1KJFA 3HBOA 4A6CA 5P76A 5P70A 3CYXA 3OU4B 5P3XA 4WY6A 5ENMA 2IQGA 1N49A 1T7KA 3UTLA 5P69A 2A4FA 2QD8A 3EKYA 3PWMA 1DAZC 4OBJA 2NR6A 5DGWA 1A8GA 5KQFA 4GJDA 3JW2A 3FX5A 1HSHA 5BS4A 2G94A 2J9JB 2APRA 3DUYA 3TOGA 1HSGA 3NU4A 3PB5A 4LAPA 5SY2A 5P6UA 2PSVA 2AOJA 5OZKA 3PWRA 2VNNA 1QBTA 3MSJA 1EPQE 4EJKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RVJ A;  5P3C A;  1QS8 A;  1FQ8 A;  4FRK A;  1BDR A;  4DJQ A;  1K1T A;  5DR8 A;  5P26 A;  3TLH A;  2Q3K A;  5P83 A;  1PSA A;  2UXZ A;  3OQ7 A;  4QJ9 A;  3OUD A;  4XKX A;  2B8V A;  2B42 A;  3OOZ A;  4NPT A;  5P5P A;  4Y3G A;  1YM2 A;  1K6P A;  5P8A A;  1HTF A;  5P0V A;  4J0Z A;  5P1V A;  1TSQ A;  5P6G A;  2BB9 A;  4J1F A;  1FQ6 A;  2QZX A;  1GVT A;  3EBZ A;  4Y4G A;  2AZC A;  4K8S A;  3NU3 A;  1SBG A;  4GJC A;  5P20 A;  1HPX A;  3RTM A;  3R2F A;  3HAU A;  2QMD A;  3BUH A;  5P2S A;  1ZBG A;  1FLH A;  2JYS A;  4FIV A;  3R0W A;  2WF1 A;  5P8O A;  1T3R A;  3KT5 A;  4GJ6 A;  2XFJ A;  5P5Q A;  3Q5H A;  5OZ6 A;  2B7Z A;  1WBM A;  3CMS A;  5P35 A;  4Y4X A;  4CPW A;  4D8C A;  1W5W A;  4OBG A;  4J1E A;  4TVG A;  5P1T A;  2FXE A;  5SZ9 A;  3ZPU A;  1QDM A;  2ZHS A;  5P52 A;  4FSE A;  4RCE A;  4Y9W A;  5P5X A;  3WSJ A;  1LV1 A;  3D1Z A;  1KZK A;  5P6C A;  2ZJK A;  5ENK A;  5P1C A;  1B6L A;  5P40 A;  5P2U A;  4ZSP A;  1W51 A;  3L5E A;  1YG9 A;  5HE4 A;  1PSN A;  5P0K A;  4M8Y A;  4B00 A;  5I3X A;  3SA6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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