5P7WA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 329
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7wA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7wA01
5ISKA 5P2BA 5P43A 3PM4A 4DJRA 5P44A 3T7QA 4B0QA 3ER3E 3OAGB 3VSWA 3QP0A 5E5KA 4FAFA 4D89A 2WF1A 4LBTA 5P8UA 5AHCA 3LZYA 3OQFA 4HZTA 5OYUA 4CPXA 3QVCA 2QP8A 2R3WA 4Y3JA 1HPOA 3CKPA 1RV7A 5P4TA 8HVPA 1BV9A 3TOFA 5P7CA 3F9QA 1C6YA 3ZPUA 4NPUA 4HDBA 5P4MA 4RLDA 1QRPE 4Y5MA 2QI7A 4DI2A 2HIZA 4GZFA 1B6PA 4F73A 1SBGA 2A1EA 2BB9A 3FX5A 5P0BA 3U7SA 5P7VA 4MC6A 3DCKA 3EKQA 5J25A 5P84A 5P4PA 1LYBB 5P01A 5DPZA 2BBBA 4Y43A 1BVEA 3GI5A 2OHNA 5P7BA 3QBFA 1B11A 4Y3YA 4RCEA 4A6BA 2P3AA 1TQFA 2WEDA 3DV1A 3R0YA 1FMUA 3Q70A 5P73A 5P3QA 3LHGA 5OZUA 4Y47A 5P0MA 5P4AA 5P83A 3VCMA 1ODXA 2ZJHA 3NDTA 5HCTA 3S2OA 4I1CA 5OYXA 2OHLA 5P39A 5P2GA 4ER2E 5IVQA 2G27A 5P1TA 4YD4A 1ZSFA 2R3TA 4GJ5A 5P1PA 5P1CA 4Q1YA 2OF0A 5P6JA 5P4KA 2Q3KA 1E80E 1LYAB 3TH9A 5P51A 1DAZC 3OOZA 3IVHA 1HVJA 5P79A 5HE5A 7UPJA 1GKTA 3GI4A 2BKTA 2VA7A 4Q1WA 3RVIA 1W5YA 2P3CA 5P8FA 4GYEA 2R5PA 3QRMA 1W5WA 6APRE 4B1DA 4YOAA 5P5NA 3UQWA 5P7IA 3T3CA 4A6CA 4DQHA 3KT5A 5P6IA 3PVKA 2ZE1A 5P0VA 2EWYA 4Y58A 1EEDP 4DQEA 1E81E 5OZEA 2HS1A 5P61A 4B05A 3Q3TA 5P5KA 5P25A 4FRIA 4EHCA 5P63A 4OBGA 5P2KA 3K5CA 2NXLA 2ZHRA 5OZTA 3OUCA 5OYSA 4GJ9A 1OHRA 5P2OA 2P4JA 3PMUA 5P4QA 5P1NA 5P72A 2NNKA 2HB3A 3TLHA 2ZYEA 3OADA 3NXEA 4Y4UA 1IVQA 5P2RA 4LC7A 2OHMA 3A2OA 4Y3NA 4Y5PA 3FKTA 5P58A 4Y3PA 3RTNA 1SP5A 2Q63A 1HVHA 4YD7A 3CYXA 1B5FB 3NWXA 3GGXA 3ZPTA 2UXZA 3UDNA 5P1AA 1HVIA 4ZPFA 5OZRA 2IGYA 3SKFA 4Y4EA 1WBKA 1APTE 4H3FA 3NXNA 3QI1A 4I0ZA 4K9HA 2QNPA 1ZPKA 2AZ9A 2FDEA 1RNEA 3IN3A 5P8OA 5P3VA 3SFCA 2HPFA 5P4JA 4OD9A 5P7FA 3O9LB 2VA5A 5ENKA 2QZKA 1PPKE 5P71A 1MTRA 3PEPA 4FCOA 3ZKNA 4Y5BA 4Y5AA 2Q5KA 5P6GA 2WL0A 1XE5A 3BVAA 2IRZA 3PSUA 1K6TA 2WHHA 3FV3A 3VUCA 2IS0A 3EKVA 4JP9A 5P5AA 5DR8A 2OHQA 1QBSA 3BUHA 3OXVA 5P1MA 3WZ8A 2RKFA 5P5JA 2BJUA 3OUBA 3IGBA 4Y3EA 4Y45A 1IZDA 1YM2A 5OYYA 4Y54A 5HVPA 3DCRA 5P68A 5HDZA 5P6QA 3OQKA 1HVKA 3UDYA 4Y3GA 3PRSA 5P7LA 1SDUA 1XL2A 2JJIA 4WTUA 1W5VA 4XKXA 5CONA 1QBRA 2V11C 5P52A 5COOA 4S1GA 4Y3TA 3R1GB 3SA5A 5P4NA 2ZHTA 3OU4B 1EBYA 5JFUA 5OZPA 4QJ7A 4Y9WA 2I0AA 5P2FA 1A9MA 1EC3A 5AHBA 5OZVA 4I0JA 5P6MA 1HOSA 4GB2A 5P2QA 5P37A 4J1HA 2O4NA 2RKGA 4J1EA 5P8GA 2O4LA 3L38A 5P47A 5OZZA 2G1YA 2G1SA 5OZ4A 3QBHA 3NYGA 3OOTA 3NU6A 1T7JA 3SM2A 3G72A 3SM1A 5P1KA 5P74A 4Y36A 4J17A 3EL0A 2JYSA 4Y3LA 2WECA 4YD5A 3I7EA 3SA3A 1F7AA 3URLA 4B77A 2A4FA 4GJDA 1FQ8A 5P3IA 3VV7A 4OBKA 5P6NA 4I0FA 2XYEA 3LZSA 1NPAA 1BDLA 2QI1A 5AGZA 2QNQA 4F74A 5P06A 5P2LA 4Y3ZA 3ZKIA 4Y4BA 1AIDA 1YTIA 3L3AA 1ZLFA 5JODA 3L5FA 5P0YA 2PWRA 3UHLA 5P1WA 2AOEA 5P38A 1G0VA 5I3WA 3EBZA 1ZSRA 4ZSQA 2ZGAA 3L5DA 4PEPA 2F3EA 1QDMA 1A30A 3NLSA 1HSGA 2I4WA 2NXDA 5P1LA 1FFFC 2V12C 5OZ6A 3UPJA 3ZL7A 1ZJ7A 2B7FA 3UDMA 1LYWA 5P7PA 1G2KA 4OBHA 4FSLA 4QJ9A 1Q9PA 5B18A 1W50A 1TSUA 3BUFA 4R92A 4LP9A 3VFAA 3JVWA 4KUPA 5P2JA 5BS4A 5KR2A 1W6IA 4L6BA 4CMSA 3ECGA 2WEZA 3TL9A 3R4BA 3HZCA 2PSGA 3SLZA 2G22A 3ZKXA 1MVPA 2R8NA 3TOHA 3URJA 3I2LA 1FQ5A 1ZBGA 3VYDA 3MSKA 1W51A 4NJVA 5P3HA 3MSJA 5P18A 5P5CA 5SY2A 2AZBA 3NU9A 2AOJA 3I6OA 4APRE 2PQZA 3EL1A 5OZFA 4WY6A 5P6EA 3LIZA 5P29A 2ZJMA 3VV6A 5P3SA 5OZHA 4GJBA 5OYWA 5P8RA 5HDVA 3HLOA 1T6GA 4QJAA 1SGUA 3VFBA 5COPA 5P7MA 1U8GA 3INFA 1KZKA 2QZLA 1HPXA 1HVRA 4RVIA 4I0GA 4RYCA 4L7HA 3QIHA 4H3IA 2O40A 3SO9A 1IVPA 3OU3A 5P42A 4RVXA 5P3KA 4A4QA 2V00A 1EPPE 1BBSA 4EP3A 1PPLE 3S7LA 1BAIA 1HEFE 5HDUA 5P5BA 2AVVA 3Q5HA 5P4ZA 5P57A 3UDJA 4Y4XA 2HB2A 4Y51A 5DR7A 4Y3DA 1FQ7A 4Y3XA 5I3YA 5P5WA 4OC6B 2VS2A 2AVSA 4MC9A 3INEA 3ZKMA 5OZQA 4EXHA 2V10C 2SAMA 4DJYA 5P81A 1FEJC 2AOCA 2WKZA 5P4XA 3FNTA 5P4EA 4TRZA 5P8DA 2AIDA 5P6KA 5P6OA 3HDKA 4Y4DA 4NJTA 1HWRA 2VNMA 4DJXA 3OHHA 1SIPA 3CIDA 3LZVA 3O9AA 4I8WA 3S85A 3D91A 1D4IA 5KQXA 5P30A 4OBFA 5P5TA 3OGQA 2G1RA 3KDDA 5KOQA 1EPNE 1ME6A 4DUSA 1OEWA 2PYMA 4J0ZA 3L59A 5P6UA 5P6VA 4QLHA 5I3VA 5P8PA 2AVMA 5UPJA 5P75A 5P5HA 5KQFA 4Y5EA 4FE6A 4JECA 4KE0A 5P5ZA 4CPQA 3N3IA 4ACUA 3GI6A 1TSQA 2QMFA 5P09A 3K5DA 2BPWA 3ZMGA 4X7IA 3RTHA 5P3GA 4Y50A 5P8HA 2J9JB 2VIZA 3O9HA 5P7UA 4E43A 4Y3SA 5P8VA 5P20A 1MIQA 2O4SA 5P66A 5P0NA 2V13A 2IQGA 3EL9A 4NKKA 1SGZA 5SXNA 2IL2A 2Z54A 3O9BA 3KMYA 3OADB 4YOBA 4YD6A 5E5JA 5P6HA 4TVGA 6FIVA 5P4UA 1YTJA 1YTGA 3VEUA 4FS4A 2FS4A 3HVGA 2F81A 1A8KA 5OZ2A 5P0RA 3UQUA 1BDRA 3CYWA 2H6TA 4PYVA 5OZ5A 1EBWA 2P8HA 3CICA 2ZJKA 1EPOE 3EC0A 5P2HA 3G6ZA 5I3XA 1AAQA 3ZKGA 5ER2E 2AOFA 5P41A 4OD9B 3O9DA 3BRAA 5P3RA 3T11A 4Y4TA 5P76A 3L5BA 1CMSA 3OUDB 4LXMA 2QZXA 3TPJA 1BVGA 5OZYA 4EJKA 4LL3A 5P82A 4NPTA 4ZLSA 5P0WA 5KR1A 4TRYA 1A94A 3Q4BA 4DJUA 3OXXA 2XFKA 5OZKA 5P85A 1ZTZA 2NPHA 3U6AA 3Q6YA 4I11A 3OXWA 4HEGA 5P69A 5P11A 5OYZA 4HVPA 4EPJA 5KQZA 2P3BA 1TW7A 2Q54A 4RRSA 3MXEA 5P3OA 3LZUA 4Y39A 4ER1E 5OZGA 5P13A 5HTZA 2O4PA 4TRWA 5P6CA 1IIQA 3LPJA 3OU1A 2O4KA 1K6PA 3EL5A 5DR1A 1GVVA 5OZ1A 2OHTA 3K5GA 5P0AA 2AZCA 5EZZA 5P5YA 2OHRA 4IVTA 2G94A 4RROA 4PZXA 1LV1A 5P33A 1EBZA 4R93A 3QS1A 4EJ8A 3KFNA 1SMEA 2J9KA 1PPME 4FAEA 2HM1A 2NMYA 5T4SA 4DQBA 4KE1A 2I0DA 3DM6A 3APRE 1DP5A 5DQ4A 4YDGA 2WJOA 1APUE 5P0DA 3IXKA 3PHVA 1BXQA 3PB5A 3UQXA 3DOXA 4U8WA 2F80A 1Z8CA 3PI0A 3S56A 4JOOA 4COEA 5P3TA 5P28A 4J1CA 1J71A 4D8CA 5P8JA 2VNNA 4J55A 3KFPA 3QPJA 4QJ2A 2AOIA 4R8YA 4YA8A 5P55A 5P5GA 5P6ZA 1GNOA 2BPVA 3T7XA 3CKTA 1BV7A 4L1AB 1PROA 5OZNA 1OD1A 1EPQE 5OZBA 3BUGA 2I4DA 1GNMA 2RENA 2B60A 5P19A 5P8MA 1AVFA 3BGCA 3WSJA 3BXRA 4CPTA 3NDWA 1DMPA 4K4PA 1HHPA 1LYBA 1QBTA 5JFPA 3KMXA 4AMTA 5CLMA 4Y41A 4Z22A 1LYWB 2QK5A 4Y3AA 3OTYA 1TCWA 1GVTA 2QHYA 5P3XA 2G1OA 4OBJA 5P50A 5P8IA 3QN8A 3U71A 5P1GA 2FXDA 3SA6A 5P1OA 2WEAA 7HVPA 4FGXA 5P4BA 1E5OE 3UQRA 4I0EA 2ZHVA 4FRKA 4N00A 2FGVA 4U7QA 3S43A 3AIDA 4Y4ZA 5KR0A 3GGAA 2VKMA 4I0HA 4Y48A 3PMYA 1RQ9A 5P0IA 4EYRA 3GGVA 5HU1A 1EPLE 2I4VA 5P27A 3KM4A 1FMXA 5P8KA 3INDA 1YX9A 3SQFA 3JVYA 5P65A 2QMDA 4B72A 5OZDA 1T3RA 3QVIA 4IVSA 2QI3A 5P53A 3PBDA 5P3ZA 2BPZA 2NNPA 5P0ZA 2I1AA 2CEMA 1NPVA 4YE3A 2FDPA 3VF7A 1YM4A 5P59A 2QMGA 1LS5A 5P3MA 1IDBA 5P5OA 5P7GA 1EC0A 1HSIA 3D20A 5P2SA 5C9FA 5P7WA 2Q11A 5ER1E 1K1UA 2HC0A 5PEPA 1HTGA 5P31A 4DJOA 4ZEAA 4GIDA 4RGHA 3PSYA 2QU3A 4R91A 1T7KA 5P8CA 1UH9A 4F75A 3TKGA 3APPA 2FXEA 4Y5CA 5P0JA 1Z1RA 2APRA 5P7TA 5P8QA 5IVSA 4J1IA 4OBDA 5P23A 1AXAA 4QJ6A 2PH8A 3QROA 4FRSA 1KJ7A 5OZAA 5P4VA 3DV5A 1UH8A 2ER6E 5P3YA 4FIVA 3BXSA 5P0XA 5P7DA 1D4SA 2P3DA 1EAGA 1LF3A 2PSUA 3DJKA 4R95A 5OZ0A 4BEKA 5P7RA 3RSVA 3OQAA 2VJ6A 2ER7E 4RYGA 1XN2A 5P89A 3K4VA 2IEOA 4DFGA 2ZJLA 3SA7A 1XL5A 2UY0A 5AH8A 2PWCA 3S7MA 2HAHA 3RU1A 4ZSMA 1YT9A 1HPVA 3IA9A 4BELA 1BWBA 1LZQA 2FNSA 2R9BA 1IZHA 1BILA 4MC1A 4D83A 1PSNA 4LHHA 2HB4A 2B8VA 4RCDA 5P1JA 3UDQA 5HE7A 2IGXA 4ER4E 1QS8A 2PSVA 1D4HA 2ER0E 4GJAA 3NSHA 1GNNA 4YHQA 3ST5A 4RVJA 1DPJA 3HD8A 3O9CA 5DQ5A 3G70A 4OBZA 3OQDA 3VG1A 1APWE 5AH6A 4PHVA 5P6YA 1FQ4A 5P7JA 1MUIA 3FNSA 4NJSA 5OZLA 4Y3QA 2IDWA 4D85A 1FG8C 3SA8A 1F34A 3HBOA 3SKGA 4M8YA 2F3FA 5DR4A 5P12A 2QHCA 5P60A 1HSHA 5P45A 3K5FA 5IVTA 3UTLA 4CP7A 1VIJA 1KJHA 2B42A 3O99A 5AH9A 5P10A 2ZHSA 5P2IA 5IE1A 5P1SA 1UH7A 4R5NA 5P2ZA 1MESA 5P5SA 3VLBA 3SA9A 4DJQA 4FSEA 1FQXA 5KR8A 2IKOA 2OHPA 2VIJA 1RL8A 3VSXA 4APEA 5P2DA 1D4YA 3S45A 1META 2FLEA 5FIVA 1FLHA 5P2AA 1FQ6A 5OYQA 4DQFA 5P22A 1D4JA 1TCXA 2AVQA 5BRYA 1BXOA 4EQ0A 3EKPA 4EWOA 3PLDA 1G35A 4J0PA 1B6KA 5P4RA 3TPPA 4YDFA 5P02A 5OZ8A 1EC1A 3VYEA 1MEUA 5P64A 3UDPA 1FMBA 4EQJA 3SACA 2H6SA 3KA2A 1YG9A 1E82E 3I25A 1HRNA 3AUPA 3EM6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5ISK A;  5P2B A;  5P43 A;  3PM4 A;  4DJR A;  5P44 A;  3T7Q A;  4B0Q A;  3ER3 E;  3OAG B;  3VSW A;  3QP0 A;  5E5K A;  4FAF A;  4D89 A;  2WF1 A;  4LBT A;  5P8U A;  5AHC A;  3LZY A;  3OQF A;  4HZT A;  5OYU A;  4CPX A;  3QVC A;  2QP8 A;  2R3W A;  4Y3J A;  1HPO A;  3CKP A;  1RV7 A;  5P4T A;  8HVP A;  1BV9 A;  3TOF A;  5P7C A;  3F9Q A;  1C6Y A;  3ZPU A;  4NPU A;  4HDB A;  5P4M A;  4RLD A;  1QRP E;  4Y5M A;  2QI7 A;  4DI2 A;  2HIZ A;  4GZF A;  1B6P A;  4F73 A;  1SBG A;  2A1E A;  2BB9 A;  3FX5 A;  5P0B A;  3U7S A;  5P7V A;  4MC6 A;  3DCK A;  3EKQ A;  5J25 A;  5P84 A;  5P4P A;  1LYB B;  5P01 A;  5DPZ A;  2BBB A;  4Y43 A;  1BVE A;  3GI5 A;  2OHN A;  5P7B A;  3QBF A;  1B11 A;  4Y3Y A;  4RCE A;  4A6B A;  2P3A A;  1TQF A;  2WED A;  3DV1 A;  3R0Y A;  1FMU A;  3Q70 A;  5P73 A;  5P3Q A;  3LHG A;  5OZU A;  4Y47 A;  5P0M A;  5P4A A;  5P83 A;  3VCM A;  1ODX A;  2ZJH A;  3NDT A;  5HCT A;  3S2O A;  4I1C A;  5OYX A;  2OHL A;  5P39 A;  5P2G A;  4ER2 E;  5IVQ A;  2G27 A;  5P1T A;  4YD4 A;  1ZSF A;  2R3T A;  4GJ5 A;  5P1P A;  5P1C A;  4Q1Y A;  2OF0 A;  5P6J A;  5P4K A;  2Q3K A;  1E80 E;  1LYA B;  3TH9 A;  5P51 A;  1DAZ C;  3OOZ A;  3IVH A;  1HVJ A;  5P79 A;  5HE5 A;  7UPJ A;  1GKT A;  3GI4 A;  2BKT A;  2VA7 A;  4Q1W A;  3RVI A;  1W5Y A;  2P3C A;  5P8F A;  4GYE A;  2R5P A;  3QRM A;  1W5W A;  6APR E;  4B1D A;  4YOA A;  5P5N A;  3UQW A;  5P7I A;  3T3C A;  4A6C A;  4DQH A;  3KT5 A;  5P6I A;  3PVK A;  2ZE1 A;  5P0V A;  2EWY A;  4Y58 A;  1EED P;  4DQE A;  1E81 E;  5OZE A;  2HS1 A;  5P61 A;  4B05 A;  3Q3T A;  5P5K A;  5P25 A;  4FRI A;  4EHC A;  5P63 A;  4OBG A;  5P2K A;  3K5C A;  2NXL A;  2ZHR A;  5OZT A;  3OUC A;  5OYS A;  4GJ9 A;  1OHR A;  5P2O A;  2P4J A;  3PMU A;  5P4Q A;  5P1N A;  5P72 A;  2NNK A;  2HB3 A;  3TLH A;  2ZYE A;  3OAD A;  3NXE A;  4Y4U A;  1IVQ A;  5P2R A;  4LC7 A;  2OHM A;  3A2O A;  4Y3N A;  4Y5P A;  3FKT A;  5P58 A;  4Y3P A;  3RTN A;  1SP5 A;  2Q63 A;  1HVH A;  4YD7 A;  3CYX A;  1B5F B;  3NWX A;  3GGX A;  3ZPT A;  2UXZ A;  3UDN A;  5P1A A;  1HVI A;  4ZPF A;  5OZR A;  2IGY A;  3SKF A;  4Y4E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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