2J9JB

Atomic-resolution crystal structure of chemically-synthesized hiv-1 protease complexed with inhibitor jg-365
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGNLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PROTEASE
publication title Insights from Atomic-Resolution X-Ray Structures of Chemically Synthesized HIV-1 Protease in Complex with Inhibitors.
pubmed doi rcsb
total genus 16
structure length 94
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2j9jB00
4MC2A 2IKUA 5P3JA 2QI7A 4Q5MA 3JW2A 4YDFA 3UQPA 4ER1E 2CENA 2ER6E 4DVFA 5P3CA 1SGUA 3OADA 3ZPUA 5P7AA 5P86A 5P08A 3PWMA 1G0VA 1ZPKA 4BFDA 2QMFA 2ZGAA 4R5NA 1BXQA 5P4OA 5P48A 1MVPA 1YM2A 5P5UA 5IS4A 5HDXA 1GVWA 2WEAA 5OZRA 4K9HA 3UDHA 1FQ7A 3TPLA 1WKRA 1IDAA 3DJKA 5P41A 3FIVA 5P4SA 5P0WA 2B8VA 2ER7E 4Y54A 5P1TA 3T3CA 5DR0A 2QZWA 5P52A 5JG1A 4PHVA 2P8HA 3BGBA 1MTBA 4RVJA 3TH9A 1LYAB 3L5BA 4Y3DA 5P2MA 2O4LA 3O9CA 1PSNA 1W5VA 1K6PA 3DOXA 1LV1A 2ZJLA 3IN4A 3JVWA 3VSWA 1HIHA 3QVCA 3PVKA 4RVXA 2OF0A 4YOBA 3PHVA 4CPXA 3MXDA 3R4BA 3TPPA 1ZTZA 1SMRA 3ZMGA 1MPPA 1CPIA 4Y5KA 5OZSA 3VF3A 1T7JA 3TL9A 4Y3GA 4DQFA 4DUSA 1HEFE 4Y5MA 4LXAA 4QJ6A 4CP7A 3FSMA 5P2AA 1MSMA 3BXSA 2QI5A 2P3AA 3QP0A 5P39A 1QBUA 2ANLA 5OZNA 5J25A 2OHMA 1SBGA 4Y38A 5SXNA 4LP9A 2Q64A 3LIQA 3WZ6A 5P0DA 3ZPTA 2P3BB 4J5JA 5P31A 4TRYA 2VS2A 4ER2E 4DJRA 3RTNA 5P7OA 2R9BA 4Y9WA 3K5CA 5OZHA 3NSHA 3BUGA 5P8QA 1EPLE 1FF0C 5P8NA 2J9JB 3PSYA 3SA9A 4AA9A 3EM6A 2I4XA 4FL8A 5P8TA 1ENTE 4Y51A 4EXHA 3NXNA 3L38A 3URLA 1MT7A 1HPSA 5OYRA 2AODA 5P4MA 5AH6A 3GI4A 2JE4A 1AZ5A 5P0RA 4RCDA 3QRSA 1YX9A 5P58A 5IVSA 2AOJA 2QI3A 5P3ZA 3IN3A 1SP5A 4OD9A 3PSGA 5P14A 3T7QA 3ZKMA 2OHPA 4I0GA 3S56A 3T7XA 4GMIA 1FQ6A 2UY0A 5P8VA 3OHHA 3MSJA 4DJWA 5F00A 5P04A 1K6VA 5I3VA 3QIHA 3NDTA 4FS4A 3O9BA 2XYFA 2AOHA 5OZ0A 4NJTA 5P6GA 3PCWA 5P20A 1OEWA 3K1WA 5P6SA 2QZKA 1E81E 4WY1A 4Q1XA 1PPLE 5P6OA 1PPME 2OHUA 3VLAA 5OYZA 2UPJA 5P0SA 2QHZA 5OZCA 5P4TA 5P1PA 4DFGA 5OZ5A 4Y37A 5P75A 3OOZA 5P0MA 1FFIC 3CYXA 2BPYA 4LC7A 5ISJA 1FLHA 2ZHRA 4HEGA 5P7RA 2NPHA 1LYWB 4J1HA 2ZJIA 3G70A 3G6ZA 2VNNA 5P8SA 1LEEA 4U7VA 3UDRA 2P3DA 5P7KA 2BBBA 5DQ1A 1LF4A 1LZQA 3OAGB 5P4PA 4S1GA 4FM8A 5P33A 5P7HA 3ECGA 5HDZA 2P3CA 3KDDA 3DCRA 1KZKA 2PWRA 3OK9A 1FB7A 4MC9A 1QBRA 1FG6C 5P1VA 5P1YA 1DAZC 1ODYA 5P03A 3S7MA 4H1EA 5DR3A 5OZEA 1D4SA 4OBHA 3G72A 3RVIA 5P6BA 2ZHTA 4R95A 4Y4JA 3VF7A 3GGAA 5P8RA 5TOLA 1MTRA 3IGBA 3PLLA 5P46A 2JXRA 3OQFA 3L5CA 3IAWA 5P02A 5P82A 5P3TA 2ZYEA 4GJ6A 5P27A 3SA8A 1EC2A 3DM6A 5P66A 1EBZA 2G22A 5P4VA 4Y4ZA 3D1ZA 5P7XA 2HS1A 5P4HA 5DQ2A 5P2VA 2ZE1A 5DR1A 4FGXA 4Y4WA 2ZHSA 2JJIA 5KQYA 3ZKSA 5P09A 1YTJA 3CYWA 3RSVA 2AOIA 4I0FA 2G20A 5P8CA 5P84A 3IXJA 2FXDA 3LIXA 4J1CA 4DJQA 1PSOE 2IQGA 1G6LA 2BJUA 3QI1A 1ZSFA 3URIA 5P7WA 3DV5A 1DIFA 1IDBA 4CMSA 3MWSA 1HTGA 2VIYA 5OYSA 5P5AA 3BGCA 4A4QA 4ZIPA 3SO9A 5P6TA 3OXCA 2HIZA 3UDNA 3B7VA 5P3RA 1GVVA 2VJ9A 4GJ9A 1AXAA 2PK5A 2NXDA 4Y56A 5E5KA 5P3FA 5P78A 5P3HA 3NU4A 5P3IA 3CKTA 5DR8A 1EPOE 4I0ZA 6APRE 1FIVA 3EKTA 1EC1A 3UDYA 3Q3TA 4YHQA 5P2ZA 4B1DA 5P83A 5P44A 3NWQA 2V00A 2ZHUA 2F3EA 1BDLA 1NH0A 5P2IA 5P13A 4Y44A 1ZBGA 4PZWA 2HPEA 1UPJA 3CKPA 5P6CA 4MC6A 3GI6A 5OYWA 5IVQA 4FAFA 5DR4A 2QI4A 1C6ZA 4FSEA 3APRE 5P8AA 4A6BA 5HU0A 3OQ7A 1TSUA 2FDDA 3DCKA 3GGUA 2O4PA 3LIZA 4Y6MA 5P06A 5P73A 5P0BA 5IVRA 3HVPA 2BPWA 3N4LA 4Y39A 3T7PA 4J0YA 3C9XA 1MT8A 5OZZA 1K6TA 3ST5A 5P22A 1SMEA 3OGQA 5KR1A 4I0EA 4Y57A 3T6IA 4DJXA 3SAAA 3ZLQA 1G35A 1K2BA 2QK5A 2F81A 5P0TA 2WF3A 2FIVA 2WEZA 4Z4XA 5C9BA 5P53A 4JECA 5P5PA 1BVGA 1EBKC 3UF3A 5P4KA 2AZBA 5P0UA 1MSNA 3ZKGA 3EKYA 1QS8A 3NDUA 5P7GA 3NXEA 2RMPA 3U71A 3BUFA 3R2FA 1MRWA 5P56A 3QAAA 2IGXA 4J17A 5I70A 2XFIA 3ZKXA 5P1MA 2G26A 2V13A 5OZ9A 3T11A 3L5EA 4NPTA 4B1EA 5P6JA 1YG9A 3LITA 2XFKA 5P4RA 4I1CA 5UPJA 2G69A 4L7HA 3LZYA 4DQBA 1RNEA 3ZOVA 3UPJA 4BFBA 5P0VA 3INEA 1NPVA 5JODA 4HDFA 3EKPA 4GJ8A 2UXZA 1BXOA 3DV1A 1SDTA 3EM3A 1HSIA 1XL2A 1W50A 2PQZA 1TQFA 1EBWA 2A1EA 3VYFA 4ER4E 5P29A 4K8SA 5EZZA 1FQ5A 3FNSA 1HTFA 3LIVA 1J71A 5P6MA 1E80E 3QN8A 5P72A 3AUPA 5P55A 5P5KA 1B6KA 5P0GA 2ZJMA 2G1OA 3CICA 3OUCA 2AIDA 1ER8E 1HVHA 3EL0A 3IVHA 5HCOA 2P83A 2WEBA 5SZ9A 5P69A 1AJXA 2HC0A 3O9GA 3SABA 2PWCA 2G1NA 4I0IA 4AUCA 4RZ1A 3OU1B 5EZXA 4Y3WA 5P5NA 4DJOA 4RROA 1W51A 2VNMA 4YCKA 2AZ9A 5HD0A 1YM4A 5P0EA 2WF0A 4A6CA 4DQGA 1W6IA 4LXKA 2WKZA 2PYNA 3NYGA 1D4KA 4QGIA 1E5OE 5P8OA 5IE1A 2Q11A 5HVPA 3LZVA 4YD7A 4OC6B 4GIDA 5P17A 2JJJA 5P5JA 3NU9A 5OZYA 5ISKA 2QU3A 2O4KA 2G27A 1BV9A 3VEUA 4Y4EA 4APRE 4FRSA 4D8CA 4QJAA 4NJUA 3VV8A 1EBYA 3UQRA 5P3BA 3HBOA 2ASIA 1SGZA 3LNKA 3O99A 1BWBA 3HAWA 5P30A 3OOTA 5P1KA 3TOFA 5OZUA 2OHLA 5P2XA 3BHEA 5HE4A 2BPXA 2NMYA 4RYGA 1YTHA 5P3QA 5KQXA 3VV7A 4TVGA 5AHCA 1MEUA 5OZDA 4CPUA 5P2TA 3SLZA 3I8WA 5P5TA 3ZL7A 2R3WA 2G1SA 2AVOA 5P6FA 3PMYA 5P2UA 5P4DA 4KB9A 3SA3A 3OUBA 4KUPA 3RU1A 3K4VA 3R0YA 2VA5A 4Y3QA 4YCTA 1KJHA 4I0HA 5B18A 4Y5EA 5T4SA 3UQWA 5P2BA 2R38A 5P0FA 4DJYA 3HD8A 5P79A 3O9FA 3BVBA 1HTRB 7UPJA 4Y48A 2B7FA 2FMBA 4Y3ZA 3NLSA 3TPJA 4Y5NA 4OBZA 4OBFA 1PPKE 5HDUA 1OD1A 5P3UA 4Y3FA 4FCOA 4IVSA 3WZ8A 3PCZA 3D20A 1C70A 4R92A 4DQCA 4HZTA 2PSVA 4Y47A 1UH7A 1T7KA 3FV3A 4D85A 2V11C 3VSXA 5P1BA 2IRZA 3UDMA 2VKMA 1IZEA 2ZHVA 4ZPGA 3TTPA 5P05A 3UDPA 2OHNA 4ZSQA 3SKFA 3K5GA 5P10A 5P7TA 1W5WA 4H3JA 5P5SA 5P62A 5OZJA 5AH7A 5P1GA 4CPQA 1PSAA 4EHCA 5P26A 1HIIA 4Y4GA 4I12A 2BPVA 1GVXA 3EKWA 2QD8A 3SA6A 3PI0A 5BS4A 5KOSA 5P65A 1EPRE 3BC4A 1IVQA 3PM4A 4FE6A 4GB2A 5P8KA 4GYEA 1SH9A 5P1XA 4Y5LA 3GGXA 2BB9A 3O9LA 1HIVA 2PSUA 2IL2A 5DGUA 5P5XA 3S43B 5P6KA 4GJ5A 4BEKA 5P1IA 4B00A 3OGPA 3Q5HA 3K4VC 4YA8A 4APEA 3N3IA 2OAHA 4E43A 4GJAA 3QVIA 1BAIA 5JFUA 3SQFA 3UDJA 5KOQA 3UDKA 4M8XA 1A9MA 1APTE 2F80A 1BDQA 5DPZA 5P42A 3NDXA 3OQKA 5P2HA 4UPJA 4Y3PA 2NNKA 2G21A 5P0CA 5CLMA 5P45A 2NTRA 3JVYA 5P28A 4OBKA 3SKGA 1ZP8A 1HWRA 2QCIA 4CPSA 1TCWA 1F34A 2QMPA 4ZSPA 3KMXA 1YTGA 4U7QA 5P51A 1B6JA 5P4UA 1PFZA 5OZ4A 5OZ1A 3TLHA 5P6DA 3SA5A 8HVPA 3OXWA 1QBSA 1GNOA 3APPA 5P63A 4FRKA 3BRAA 2CEMA 1HXBA 1KJFA 3TOGA 4YBIA 4Y41A 4EP2A 5OZ6A 5P7LA 1FQ4A 4HLAA 5P74A 1JLDA 4B0QA 3QRMA 5P6RA 4Y3HA 3MXEA 2ZJHA 4EJDA 5OZGA 5P8UA 4J1FA 1B6PA 5P60A 2B60A 5P7UA 4J1KA 4TRWA 5P3YA 5P6NA 2WHHA 3EL9A 3H0BA 3UTLA 5P7PA 2Q3KA 5AHBA 5P54A 5OZKA 2IDWA 4Y3JA 4B05A 1BDRA 2CEJA 3ZPSA 4HA5A 5OZ2A 4Y45A 3QBHA 1HXWA 4LBTA 3PB5A 2AVSA 3EKXA 3NU5A 4YD4A 4Y53A 1HSGA 2QU2A 4JPCA 3EL1A 1XE5A 4I10A 1B5FB 4WTUA 5P8PA 1IZHA 4AMTA 1A8GA 2O4NA 2HPFA 4GZFA 5P3LA 4Y36A 3LZUA 5P1ZA 3NWXA 4FLGA 2PMAA 4Y3NA 3OU3A 5COKA 4EJLA 5P2QA 5P4YA 1EC3A 3D91A 5OZMA 4K4QA 5OZQA 3ZKIA 3FNTA 3PSUA 5P1EA 5I3WA 5COOA 2QNQA 2RENA 1LYAA 4DI2A 5P49A 3KFPA 3MSLA 2AOGA 1T3RA 5P68A 2OHKA 4EXGA 1HVSA 5OZ7A 2AZ8A 3VFBA 2VIZA 3OUDB 4CPWA 5AHAA 1IBQA 2V16C 1G2KA 5E5JA 4CPTA 1W5YA 1B11A 5P81A 1HOSA 3S45A 2O4SA 1RL8A 5P2EA 5P67A 4RYCA 3OWNA 4H3IA 3BVAA 1IIQA 2VA7A 1DPJA 5P6VA 5P4GA 3OADB 4B77A 4IVTA 5P1LA 4RRNA 3PI5A 5CONA 5HU1A 2QI0A 1ODWA 3UHLA 4EWOA 3CIDA 4OBDA 4YDGA 2AOEA 2P3BA 4R8YA 1K1TA 3TNEA 1HVJA 5HCTA 4YBFA 1KJ7A 2RKFA 5BWYA 4ZSRA 3PEPA 1XS7D 3GGVA 5P1OA 4RLDA 2J9JA 4QJ2A 5P07A 1FMXA 5P8GA 1T6EX 4X7IA 3URJA 2PYMA 3Q70A 1FGCC 1HVLA 4GJCA 2G24A 1CZIE 4XKXA 1C6YA 3TKWA 3BUHA 4H3FA 4JP9A 3LINA 4HDBA 5P4XA 4Z50A 3NUJA 4AA8A 2I4VA 5P5BA 3OTSA 2APRA 3O9EA 2XFJA 3WB5A 2Q5KA 5SY3A 4MC1A 1GNMA 3EL4A 4PZXA 5P0HA 1Z1RA 5P3AA 2J9KA 4DPIA 3MSKA 5P7JA 5I3XA 5OZAA 5APRE 2ZDZA 2IKOA 5P5GA 1APWE 3HZCA 5KQFA 5P3XA 7HVPA 4DV9A 1EPNE 5JFPA 5OZFA 4GJ7A 2FGVA 3IVIA 1XE6A 2NR6A 4YCYA 5P0NA 4J0ZA 3AIDA 2WL0A 5P5HA 5P00A 4LL3A 1T7IA 3D3TA 1MUIA 5P4FA 5P3EA 1RQ9A 3PBDA 4OBGA 1D4LA 3EKQA 4OBJA 1PROA 2FXEA 5P89A 3VG1A 3KF0A 1HPOA 4DJVA 2VJ6A 2RKGA 3VUCA 3UQUA 2Q63A 5P76A 3F9QA 5P5IA 1Z1HA 4ZLSA 1HPVA 2QZXA 3EL5A 1LYWA 4FSLA 3KFRA 5P4IA 1B6LA 1SDVA 3HVGA 3O9DA 1XDHA 5P34A 1OHRA 4PPHA 1B6MA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4MC2 A;  2IKU A;  5P3J A;  2QI7 A;  4Q5M A;  3JW2 A;  4YDF A;  3UQP A;  4ER1 E;  2CEN A;  2ER6 E;  4DVF A;  5P3C A;  1SGU A;  3OAD A;  3ZPU A;  5P7A A;  5P86 A;  5P08 A;  3PWM A;  1G0V A;  1ZPK A;  4BFD A;  2QMF A;  2ZGA A;  4R5N A;  1BXQ A;  5P4O A;  5P48 A;  1MVP A;  1YM2 A;  5P5U A;  5IS4 A;  5HDX A;  1GVW A;  2WEA A;  5OZR A;  4K9H A;  3UDH A;  1FQ7 A;  3TPL A;  1WKR A;  1IDA A;  3DJK A;  5P41 A;  3FIV A;  5P4S A;  5P0W A;  2B8V A;  2ER7 E;  4Y54 A;  5P1T A;  3T3C A;  5DR0 A;  2QZW A;  5P52 A;  5JG1 A;  4PHV A;  2P8H A;  3BGB A;  1MTB A;  4RVJ A;  3TH9 A;  1LYA B;  3L5B A;  4Y3D A;  5P2M A;  2O4L A;  3O9C A;  1PSN A;  1W5V A;  1K6P A;  3DOX A;  1LV1 A;  2ZJL A;  3IN4 A;  3JVW A;  3VSW A;  1HIH A;  3QVC A;  3PVK A;  4RVX A;  2OF0 A;  4YOB A;  3PHV A;  4CPX A;  3MXD A;  3R4B A;  3TPP A;  1ZTZ A;  1SMR A;  3ZMG A;  1MPP A;  1CPI A;  4Y5K A;  5OZS A;  3VF3 A;  1T7J A;  3TL9 A;  4Y3G A;  4DQF A;  4DUS A;  1HEF E;  4Y5M A;  4LXA A;  4QJ6 A;  4CP7 A;  3FSM A;  5P2A A;  1MSM A;  3BXS A;  2QI5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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