2HPFA

Comparison of the structures of hiv-2 protease complexes in three crystal space groups with an hiv-1 protease complex structure
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(acid protease)
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
publication title Comparison of the Structures of HIV-2 Protease Complexes in Three Crystal Space Groups with an HIV-1 Protease Complex Structure
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2hpfA00
2I0AA 3SA3A 3MWSA 5P1AA 1TCXA 5P0XA 5IE1A 3OXXA 4ZPFA 4DJOA 3R0YA 5P0GA 2RSPA 2RENA 5P8PA 5P0QA 5P1GA 1FQ7A 3SM2A 4B1CA 1WBKA 3SAAA 2APRA 1ER8E 3OQFA 3Q5HA 4Y3YA 3S43B 1B5FB 4RGHA 5DR7A 3NXNA 4IVTA 5P76A 5OYYA 1YTHA 4R93A 3WZ8A 5E5JA 4Y3EA 5P77A 1BDQA 2QD7A 2QHYA 1IZEA 3IN4A 1QBRA 3WSJA 3PCZA 4OC6B 4ZPEA 5P0BA 4PEPA 2G26A 3ZKSA 2WHHA 5P1IA 4TRWA 2J9JA 2OHNA 3M9FA 3OXCA 2B60A 4X2LA 5P5UA 3UPJA 3D1YA 3TKWA 5DGUA 4CPXA 2VKMA 1MEUA 3OQ7A 5P3TA 2UY0A 4APEA 2VS2A 2H6TA 2VIEA 3L5FA 3GI5A 5P8EA 5ISJA 1MIQA 3H0BA 3T11A 4RCDA 5P40A 3NU6A 5P1ZA 1DP5A 2FDEA 2CEMA 2WEZA 4YBFA 3H5BA 4Y4EA 4K4QA 3SA7A 1FMUA 1SMEA 2QI6A 2VA7A 3VLAA 3QRSA 5P6KA 1BILA 4Y38A 1B5FA 4Q1YA 2PH8A 5P2HA 3UDMA 2F80A 5P3EA 3EM6A 4J1HA 5P3QA 4DJRA 1IDAA 5P0SA 5P41A 1ODWA 5P3WA 1PSNA 3KFPA 5P24A 4H3FA 1AJXA 5P4BA 4HDFA 2V13A 3PWWA 4JPEA 3HAWA 1D4KA 1OEXA 3L38A 2FDDA 3OUCA 5OZMA 5AH6A 4FE6A 4N00A 3T6IA 1Z1RA 5P2LA 1MT7A 5P28A 3QROA 5P7UA 3O9GA 3MXDA 1LF3A 1HEGE 1UH8A 1UPJA 5P5NA 3IXJA 1C6XA 2ZHVA 6APRE 2O4SA 1HVSA 5P7CA 4DPIA 4I0ZA 2XFJA 1MESA 5P4OA 2WKZA 5KQYA 4J5JA 4YOBA 5P1RA 5P1BA 3EM3A 3JW2A 5P70A 3PMUA 5AGZA 4RCEA 2WF0A 2WEBA 4GJ8A 6FIVA 4HVPA 1YTGA 4R95A 5P06A 5OZJA 2OAHA 4Y5KA 2ZJLA 3URJA 1BDLA 4Y5LA 4WY6A 3GGXA 5P3JA 3PSUA 4YDGA 1HPOA 5HD0A 5P1KA 5BWYA 5P5VA 3IVIA 5P1HA 1APUE 1DPJA 2IENA 4LAPA 3I2LA 1MSNA 1ZSFA 1HIIA 3G72A 1HSHA 5P5SA 4F74A 5P3YA 1AAQA 3L5CA 3TH9A 2IL2A 3Q4BA 2R3TA 1Z8CA 1B6MA 5COOA 1B6LA 4Y3PA 3PI0A 5P07A 4ZSQA 3DUYA 3INDA 5P1DA 3S8IA 5P8CA 4EXHA 4J0ZA 2HB4A 4YD4A 2XYEA 1B6KA 4U7QA 2J9KA 5P4SA 1HVIA 1NPVA 4FRIA 5P53A 5P64A 4L7JA 2WEDA 1KZKA 3QP0A 1HOSA 3BVBA 5P2GA 1HIVA 5SY3A 1HTRB 5AH9A 3WZ6A 5OZYA 2OHLA 3HZCA 3UDJA 3K5GA 1T3RA 4Y5PA 3VEUA 5OYTA 4J0TA 5OZKA 5IVRA 1HXWA 3EM4A 5P6LA 5UPJA 3VFAA 3FNSA 5P8NA 3ER5E 1BXQA 3ECGA 2G24A 4DJVA 3OUDA 3IVHA 4NPUA 3BXRA 1MSMA 2B8LA 2XFKA 5IVTA 4NPTA 1FQXA 3PLDA 4J17A 5KOSA 1J71A 2AZ8A 3KYRA 5P3BA 4S1GA 3FX5A 1ZLFA 4DV9A 2ZHTA 2R5PA 4Y45A 4Y54A 4Y4GA 1EPLE 1META 4L7GA 4PZXA 4Y9WA 4CPRA 5OYWA 5P33A 3TL9A 3O9BA 5P3AA 1TQFA 1HTGA 2AZ9A 5OZAA 4YCKA 5P35A 1GVTA 3PLLA 4ZSMA 3BHEA 3EKXA 1BWBA 5P59A 4Z50A 5P88A 1SH9A 2OHQA 2Q64A 4NKKA 4J1FA 5P81A 4DJPA 1ZSRA 2V12C 2Q5KA 4A6BA 4KE0A 3CICA 1MRWA 1KJFA 1ZTZA 1FMXA 4K4PA 4YCYA 5P26A 2NXDA 5P2EA 2BPXA 5P4DA 5P4CA 3QBFA 2QI1A 3TTPA 1E82E 5P7XA 4HDBA 1XDHA 1EEDP 5P6MA 3KMXA 4J1IA 5P0EA 1XL5A 5P6WA 3C9XA 4B72A 1HVRA 2Q15A 4JP9A 2FDPA 1HWRA 5P09A 1K6TA 4AMTA 2QI7A 3O9CA 5OZXA 3U6AA 3EMYA 4FSEA 3UDYA 5KR8A 4MC6A 4Y5MA 3KDCA 2V10C 5P8MA 3GGUA 3VF7A 2NNKA 1BIMA 1HPSA 5OZIA 5P49A 5DR1A 3S54A 2O4PA 3UF3A 2V16C 1PPKE 4A4QA 5JODA 4Y47A 5I3VA 5P4KA 5P56A 1HSGA 5P4RA 4Q1XA 1G2KA 5TOLA 1OHRA 1K2BA 4Y43A 2OHRA 4I0DA 1YTIA 5OZTA 5P71A 3VUCA 3PJ6A 3HBOA 3OQDA 4GJAA 1HVKA 2O4KA 2QNNA 5P12A 5P3VA 5P6HA 2QI4A 2AQUA 3GW5A 5DR4A 4DI2A 2VA5A 5P43A 2WJOA 2ER6E 3DV5A 3NXEA 5IS4A 3CMSA 2Q54A 3ZKGA 4Q1NA 3TPJA 4GJ7A 3CIDA 3G70A 1FB7A 4LC7A 3VSXA 3LZUA 2OHMA 3SO9A 2BKTA 1YM4A 1W6HA 2NXMA 3NDUA 3UDQA 2B42A 1MVPA 3LPJA 7UPJA 3UQXA 4LL3A 2Z4OA 4Y4AA 1Z1HA 5OYZA 4Y37A 5P7JA 1DW6C 2Q55A 5P0LA 5P15A 3RTMA 3UQWA 3QS1A 4L6BA 2SAMA 2QK5A 5P57A 3A2OA 4DPFA 1HBVA 1NPAA 3PSGA 1SGUA 5P8AA 5AHBA 4APRE 4Y4XA 2B7FA 1M0BA 2IKOA 5OZ5A 4Q1WA 1ZJ7A 5P1NA 1W6IA 5P5TA 1GNOA 5I70A 3KF0A 4YCTA 5P73A 2ER9E 3I6OA 4GJDA 3FV3A 1T6GA 5P13A 1D4YA 2XFIA 1IVQA 3SPKA 2AOHA 3TPRA 5P0VA 4DQBA 3DM6A 4Y4UA 4Y3QA 4Y5GA 3SA4A 4DQCA 1DIFA 2AIDA 5P8OA 1QDMA 3OWNA 3BGCA 3SKGA 1IZIA 5AH7A 1ZP8A 5P31A 2G21A 5DQ2A 5P6EA 2PK6A 4J0YA 5P6UA 3OHFA 1K2CA 1K6CA 3FNTA 2AVMA 4FRSA 4B05A 3EKTA 5OZ2A 5HU0A 4EPJA 2F3EA 5HE7A 5P6JA 4YD6A 2QD6A 4YD7A 3S53A 3TKGA 2AZBA 5P6FA 3K5DA 3SFCA 3OY4A 3BXSA 1A8GA 2J9JB 4D89A 5AHCA 5P22A 3LINA 3BVAA 4Y3LA 1TZSA 5P39A 4I0HA 2OHKA 4ZSRA 2PWCA 5P7GA 5JFPA 1GVWA 1EAGA 5P5DA 4D8CA 2HPFA 3GI0A 5DR0A 4RROA 1YX9A 1UH7A 2Q11A 5P83A 5P60A 3N4LA 5J25A 4EYRA 5P7KA 2AOGA 4Y4ZA 4J1KA 4RRSA 5P5YA 4BFBA 1APVE 4RYCA 1XE6A 1FQ8A 5P0AA 2HC0A 4AA8A 2O40A 5P78A 2QZLA 2IKUA 1HEFE 2G1SA 3PSYA 2ZJHA 1A94A 1VIKA 3KN0A 2OHTA 4YDFA 4H3GA 1QBSA 2AOIA 2IGXA 4MC2A 5P2QA 5P0MA 3OADB 2AOCA 2V00A 5HDVA 5DQ1A 1HVHA 4I0IA 5P8UA 3VF3A 4DJYA 2FIVA 2ZHUA 3HLOA 3BGBA 2HPEA 1UH9A 2QP8A 1FIVA 1NH0A 1W50A 3FIVA 5PEPA 5P8VA 1QS8A 5P7BA 4R91A 3EL0A 2I4XA 3NUJA 4DJUA 5P52A 3OU1A 1MPPA 5P1CA 4QJAA 4NJSA 5P1TA 3KMYA 5ER1E 1HVCA 5P0WA 2G69A 1VIJA 1EBYA 1FKNA 2ZGAA 1G0VA 1OEWA 4YBIA 2XYFA 3INEA 5P17A 2AODA 5OZHA 5P8TA 1AJVA 5P5RA 5P0KA 5P5LA 4Y3HA 1EC2A 1F7AA 1MTBA 3EKQA 4XX3A 5P55A 5OZ9A 4Y50A 3KT2A 5P5BA 4YD3A 3OADA 1MTRA 3NU3A 4LHHA 1E81E 5HDXA 2WF1A 3UQPA 3L5BA 2G27A 5P3OA 3DK1A 1EBKC 4FL8A 4PYVA 5IVQA 3S2OA 4ZEAA 2WEAA 2PK5A 5P1JA 1QBTA 3ZPUA 4D83A 3O9DA 5P6IA 4CPQA 4Y3TA 5P6OA 4EXGA 3ZKMA 2UPJA 4KB9A 3O9IA 5P5JA 3INFA 2JE4A 2I4QA 3NLSA 4K4RA 2ZHRA 1SDUA 3Q70A 2RMPA 4FS4A 3JVWA 2IRZA 3PWRA 3EKYA 2PH6A 4CPSA 2FXEA 1K6VA 4QJ8A 4Y3MA 2P3DA 3LITA 3PHVA 5P5FA 5P05A 4Y5CA 4TVGA 5OZEA 1FF0C 4D85A 3QVIA 1C6YA 5P0UA 1C70A 2I4UA 2AVVA 2G1OA 4LXKA 4Y3DA 5P65A 5P7QA 4FCOA 1T7JA 1M4HA 5P10A 3B7VA 1EBWA 1EPME 3RSVA 4GMIA 5P3FA 5P2TA 1KJ7A 3HVPA 5P7TA 4Y41A 4ER1E 5P5XA 5P42A 4NJTA 1HPVA 3PI5A 4HE9A 3S7MA 1SGZA 3R2FA 4TVHA 5P0YA 3EL1A 1WKRA 5P3NA 5P7PA 1FFIC 5P8JA 3VG1A 4XKXA 5P7SA 4Y5NA 5KR2A 3SA8A 1ZPAA 5P2SA 5HVPA 1EPOE 5EZXA 2QD8A 5P0PA 1T7IA 3LIYA 1B6JA 1Q9PA 4PHVA 2F81A 3UFLA 4ZE6A 8HVPA 2MIPA 3QIHA 3OUDB 3PWMA 5P5WA 4I0EA 1TW7A 4RCFA 2VNMA 5ENKA 2FLEA 1D4IA 5P1SA 3TPLA 4B1EA 4I1CA 1CZIE 5DR8A 2FGVA 1HSIA 3N3IA 4LP9A 3TOGA 3SA5A 4OBZB 1W5YA 1FQ5A 1RL8A 4QJ7A 5P14A 4JPCA 1A8KA 4GJBA 3OUBA 3NR6A 4ER4E 3AIDA 2JJIA 4J0PA 2ZE1A 3PBZA 3IAWA 4FAFA 3UCBA 5OZZA 4GIDA 4U7VA 5P4LA 4GJCA 2ZHSA 4J1EA 4OBKA 2I1AA 3O9LB 1N49A 5P6PA 3TOHA 1YTJA 3NUOA 4EJLA 5P66A 3D3TA 4RVXA 5OZ6A 3L58A 3O9HA 1FFFC 1OD1A 1PFZA 2QZWA 5DGWA 5P5GA 5P0NA 5P5MA 4Y3JA 5P5AA 3OQAA 4TRZA 2G1RA 1GVXA 1NPWA 4OBGA 5P4WA 4B00A 4EJ8A 4AZYA 5P8BA 3PBDA 5P6GA 3S7LA 4BELA 2NR6A 4Y4WA 2G94A 4OBZA 2R3WA 1BV9A 7HVPA 5OZUA 3NDWA 4JOOA 2OHPA 5P8LA 1HXBA 2QMDA 4HEGA 5P32A 5OYRA 2WECA 1BDRA 2ZJIA 4ZSPA 1K1UA 2ZJMA 5P75A 5P4JA 3LIZA 1GVVA 5P0DA 5P2DA 3KFNA 5OZRA 4B70A 3O9LA 5P7AA 4JECA 3BUGA 4HA5A 3TPPA 2FMBA 2P3CA 5P7IA 3ZPSA 3CIBA 4F76A 4FSLA 3WB5A 5P8KA 5F01A 1KJ4A 4QLHA 4H1EA 5P8IA 2BKSA 5P5PA 3EKPA 2OF0A 4ACXA 3T3CA 2HS2A 1EPRE 1KJHA 5P6DA 5P0OA 4MC1A 2R8NA 2FGUA 1SP5A 3R1GB 5C9DA 4CPWA 2Z54A 1EBZA 5JG1A 5DQ5A 3PB5A 4RZ1A 3NU4A 3PGIA 3OQKA 1RNEA 5P7ZA 4FM8A 4K9HA 3DCRA 3K4VC 1TSQA 4DJWA 1IDBA 3UHLA 5DPZA 5P18A 3L3AA 5P2JA 5P34A 2VJ6A 2AOFA 1XE5A 5OZPA 4I12A 3O9EA 2BPZA 3UDPA 4EJKA 3D1XA 5OZQA 1PSOE 3GI4A 1AZ5A 4Y58A 4I0FA 5P54A 5P7VA 2G22A 5P19A 2O4LA 5P67A 4CPUA 2QCIA 4Y3RA 2I4WA 5BS4A 1YT9A 2PC0A 5P8HA 3FSMA 4TRYA 5P8DA 5C9BA 3HAUA 5P4NA 1BVGA 5P5HA 2ZJJA 2FS4A 2HB2A 1QRPE 5P61A 5P89A 1LF2A 3KT5A 4HDPA 4J55A 3IXOA 1HIHA 3KDBA 4Y4TA 5P3MA 1CMSA 3QBHA 3D1ZA 3I25A 4FLGA 5HDZA 1K1TA 1AIDA 5HE4A 2QI5A 3CKRA 3NU9A 2HM1A 5ER2E 5OZCA 3MSJA 1G6LA 5P4HA 2BQVA 3VV7A 3PCWA 3NSHA 2VJ9A 3KDDA 4FM6A 3IA9A 3RTNA 3SLZA 5HTZA 4B1DA 2VIJA 2UXZA 5P3DA 4QJ6A 1A30A 4Y3NA 1SDTA 3LHGA 3OOZA 3RTHA 5P4IA 4QJ9A 1FMBA 2ZDZA 4AUCA 5APRE 2FXDA 1APWE 5T4SA 3LNKA 2ZJNA 1KJGA 3BUHA 2PMAA 2QAKA 4H3IA 1SBGA 5FIVA 3INHA 3O99A 1W5VA 2OHSA 3L59A 2IQGA 3VV8A 2AOEA 5OZNA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I0A A;  3SA3 A;  3MWS A;  5P1A A;  1TCX A;  5P0X A;  5IE1 A;  3OXX A;  4ZPF A;  4DJO A;  3R0Y A;  5P0G A;  2RSP A;  2REN A;  5P8P A;  5P0Q A;  5P1G A;  1FQ7 A;  3SM2 A;  4B1C A;  1WBK A;  3SAA A;  2APR A;  1ER8 E;  3OQF A;  3Q5H A;  4Y3Y A;  3S43 B;  1B5F B;  4RGH A;  5DR7 A;  3NXN A;  4IVT A;  5P76 A;  5OYY A;  1YTH A;  4R93 A;  3WZ8 A;  5E5J A;  4Y3E A;  5P77 A;  1BDQ A;  2QD7 A;  2QHY A;  1IZE A;  3IN4 A;  1QBR A;  3WSJ A;  3PCZ A;  4OC6 B;  4ZPE A;  5P0B A;  4PEP A;  2G26 A;  3ZKS A;  2WHH A;  5P1I A;  4TRW A;  2J9J A;  2OHN A;  3M9F A;  3OXC A;  2B60 A;  4X2L A;  5P5U A;  3UPJ A;  3D1Y A;  3TKW A;  5DGU A;  4CPX A;  2VKM A;  1MEU A;  3OQ7 A;  5P3T A;  2UY0 A;  4APE A;  2VS2 A;  2H6T A;  2VIE A;  3L5F A;  3GI5 A;  5P8E A;  5ISJ A;  1MIQ A;  3H0B A;  3T11 A;  4RCD A;  5P40 A;  3NU6 A;  5P1Z A;  1DP5 A;  2FDE A;  2CEM A;  2WEZ A;  4YBF A;  3H5B A;  4Y4E A;  4K4Q A;  3SA7 A;  1FMU A;  1SME A;  2QI6 A;  2VA7 A;  3VLA A;  3QRS A;  5P6K A;  1BIL A;  4Y38 A;  1B5F A;  4Q1Y A;  2PH8 A;  5P2H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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