1MRWA

Structure of hiv protease (mutant q7k l33i l63i) complexed with kni-577
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords POL polyprotein
publication title A structural and thermodynamic escape mechanism from a drug resistant mutation of the HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mrwA00
4L1AA 2V10C 5OZNA 1GVWA 2OHRA 4RRSA 4UPJA 1ZPKA 5P20A 5JG1A 5P58A 1YTGA 3BUHA 1ZLFA 3UPJA 5I3YA 5EZZA 5AGZA 5P1AA 2R8NA 5P3OA 5P5ZA 3CYWA 1KJFA 4YCKA 3RSVA 5P0WA 5HE5A 4J54A 3O9IA 2R5QA 5OYWA 3SACA 4DJRA 4Y5KA 1W5VA 4YDFA 4EQJA 2IGXA 3VSWA 3OUAA 2PMAA 5KR1A 2WEDA 3QVCA 5OZHA 2OHPA 3OHHA 1EBKC 4KE0A 4L7JA 3OK9A 3WZ7A 2B42A 3VFAA 1LEEA 5IVTA 1HXWA 5P0SA 3OXVA 3O9CA 1B6MA 4HLAA 3PMUA 3PSGA 2FLEA 4COEA 2RMPA 2NR6A 4ZPEA 4D89A 5P8GA 1HIHA 1K1TA 1MRWA 2WF4A 4Y3TA 1HBVA 2VJ7A 1B6JA 3PGIA 1M43A 2VKMA 1RNEA 5P4HA 3PI5A 5AH6A 2FGUA 3R0WA 3MXDA 4PHVA 1Z8CA 3PBZA 4AZYA 3ZPSA 3RVIA 1UH8A 5P7SA 4Y4UA 1G2KA 5DQ1A 5P8JA 3PLDA 5P26A 1A8GA 3UDQA 1GVVA 3K4VA 1FQXA 1MUIA 3NU5A 6APRE 4EJDA 3R2FA 4Y3PA 2ZJHA 4B1EA 2PK5A 3S45A 3SA4A 5P2IA 4Y3XA 2JJJA 2OHQA 2AOEA 5P3DA 5IS4A 5P7LA 3I6OA 3PMYA 2G1OA 4FGXA 5P4FA 5P0UA 4CPQA 5AHBA 3Q6YA 4B1CA 4ZPFA 1DAZC 1ZSRA 3R0YA 4DPIA 2PH6A 4Y54A 1G35A 5OZ4A 5P7RA 5P8UA 3LZYA 3ER5E 1W6IA 4Y4GA 1FG6C 3A2OA 4NPUA 1HIIA 2IRZA 5I70A 1XDHA 4Y38A 3RTHA 4APRE 5P57A 5C9BA 5DQCA 3L58A 3RTMA 2PQZA 5P71A 4D8CA 5P4GA 5P0GA 1BWBA 5OZYA 4CMSA 5P6HA 5OZEA 5DQ5A 3UFNA 3CKRA 4Y3HA 2PWRA 3O9EA 1BIMA 5P6CA 5OZAA 1C6ZA 5OYRA 5I3XA 3TOGA 3FKTA 2R3WA 2G94A 5P01A 2ER7E 5P0AA 3LZVA 2HIZA 3T7QA 2IKOA 3NUOA 4Y3DA 3L5FA 5P6AA 5P6KA 2B8LA 1UH9A 2AOIA 3L38A 5OZFA 1IDAA 1W51A 5P6SA 4Y5GA 4FRIA 5P5WA 2QCIA 3CYXA 3SKFA 3MWSA 2SAMA 5SXNA 1SIVA 7UPJA 3L5BA 3PCZA 4BELA 3NLSA 5P3LA 4EHCA 2ZE1A 3BGCA 2ZJMA 3SA6A 3S8IA 4J0PA 5P1ZA 1PROA 2AOHA 3BRAA 2ZHVA 3EM6A 1HRNA 3VEUA 4CPWA 1K6TA 2I1AA 3VF3A 1B6KA 2V16C 2ASIA 5P45A 4AMTA 1MERA 1YG9A 3FNSA 3ER3E 1XN3A 2UXZA 2P3CA 3ZKMA 2BJUA 5P7ZA 1W5YA 2G21A 5BWYA 4I0FA 5P8SA 4DJPA 3EKPA 3EL1A 3IN3A 5P72A 4H3JA 2ZJLA 4NJSA 1HSGA 2H6TA 5P30A 3EKQA 2ZHRA 1RQ9A 1VIJA 3UTLA 3NWQA 2Q3KA 5OZPA 5P79A 4FAFA 3I7EA 4Y37A 3HAUA 4TRZA 4EYRA 3PRSA 5P27A 5P8CA 2NXLA 3D91A 5OYQA 3GI5A 4CPSA 5I3VA 5P5CA 4BFBA 3EMYA 2VA5A 3SM2A 5P78A 1MIQA 2G1SA 5CLMA 4ACXA 3CICA 5P8BA 3K5FA 5P2UA 4EPJA 5P6XA 1MT7A 3OQDA 4U7VA 2G24A 1HPVA 3GI4A 5COPA 5P6WA 4H3GA 5SZ9A 1LV1A 3OQ7A 3VV7A 3BXSA 1C6YA 5OZZA 3TTPA 2AZBA 4H3FA 5P3GA 5P1OA 5PEPA 3D3TA 4FAEA 1BVEA 1GVUA 3Q4BA 3O9AA 1EBYA 4U8WA 3PM4A 5P5JA 3KDBA 3VF5A 1EC0A 3PB5A 3JW2A 4GJBA 3GGXA 2FGVA 2I0DA 4K4RA 1ZJ7A 3KMXA 3NDTA 2J9JB 4ZE6A 1T6EX 2G1YA 1DPJA 3H5BA 1E82E 1EBWA 2QP8A 4PZWA 4FL8A 1LYAB 4OD9A 4NJTA 1WKRA 5P8OA 4QLHA 4I8ZA 5P1QA 4ZSPA 1HIVA 5P23A 5P5FA 4AA9A 2V12C 5KOSA 3D1XA 5P4EA 4I0EA 5P40A 5OYUA 2APRA 4MC1A 1CZIE 3UDHA 2OHUA 5P3WA 1T7IA 5P25A 4HE9A 1BILA 2WL0A 3TH9A 2NNKA 3NU4A 5P22A 1K2BA 1W6HA 5OYXA 5IVSA 2F3EA 4Y50A 3FIVA 5KOQA 1FG8C 2AVSA 1GVXA 2BPYA 3SA7A 3SA5A 3UFLA 3CIBA 4PYVA 2G26A 1CPIA 3T7XA 3EL0A 5P0FA 2F3KA 2OHKA 4Q1WA 1DW6C 2BKTA 5JFPA 3ZKSA 1MTRA 5E5JA 3LINA 1FFFC 1TSUA 2H6SA 2P3BB 2P8HA 4RVIA 3K1WA 3ZPUA 3PJ6A 2RENA 3QRMA 5P5GA 3SKGA 2ER0E 5OZKA 4HDPA 5CONA 3OGQA 4MC6A 1ER8E 5HD0A 3QIHA 2VIEA 2BQVA 2AIDA 5P3VA 5P1XA 3N4LA 4ZSMA 4DJUA 4HA5A 5P31A 1XN2A 4J1IA 2FXDA 2BKSA 4LP9A 3BUGA 1AVFA 1MRXA 4Y4EA 1ZBGA 1YX9A 5P5QA 2AOCA 4X2LA 5P42A 4B72A 5P80A 1QBSA 4I12A 5P07A 2XFKA 1HTGA 5P87A 3NU6A 2G20A 4Y39A 2NXDA 5ENMA 1Q9PA 5AHCA 5P6DA 1TW7A 1A30A 4GZFA 1MSNA 1BDQA 5DR7A 5OZ2A 2WF0A 5P0RA 3LPJA 4DJOA 5P53A 3QI1A 1W50A 3L59A 5P41A 5P1UA 2FNSA 1W5WA 1EPOE 5P6MA 5P50A 3OUDA 3OTSA 5P7AA 3OU1B 1E81E 3VSXA 3LZSA 4I0GA 1IZIA 4DFGA 3Q70A 2ER9E 3OU4B 3HBOA 3TLHA 2WECA 1G0VA 2HPEA 3VYDA 4CP7A 5P48A 1NPWA 5IVRA 5P83A 5DR8A 3K5CA 3T7PA 4A4QA 1DP5A 2PSGA 3VV6A 4M8XA 5OZMA 5B18A 3DV5A 3KF0A 5OZSA 2F8GA 2ZJNA 3DJKA 2BPWA 4Y4TA 1DMPA 3L5CA 3BVAA 2I4DA 5P8NA 4Y36A 5P34A 5DPZA 3I25A 1D4IA 4QJ2A 3INFA 3UQUA 3R1GB 5P4YA 1B5FB 5P1TA 5P17A 1Z1HA 4OBJA 1HVJA 4YD5A 3S7MA 5P5RA 5P7TA 5P35A 4Y3YA 1A8KA 5P2XA 1C70A 5C9FA 5BS4A 3IN4A 2Q11A 1EPNE 4LXMA 3O9GA 5P5AA 5P5YA 2BPXA 1LZQA 3SLZA 4CPXA 5P1WA 3TL9A 6UPJA 1SGUA 3I2LA 4Y6MA 3HLOA 4I1CA 4J1FA 1FLHA 4Q5MA 2XFJA 5P1KA 3OADB 4CPTA 2PSVA 5KAOA 5P4IA 4QJAA 1PSNA 5P0EA 1AIDA 3BUFA 2AVMA 3EC0A 3CMSA 5P7FA 1MTBA 5P68A 5P8FA 2PK6A 2F3FA 1IZEA 3O9LB 5P7OA 4Y47A 2ZHSA 5P4PA 5P18A 5P5PA 1HTFA 4J1KA 4RLDA 3Q3TA 3UDKA 4I0JA 1GVTA 2VIYA 1YM2A 5F00A 1ENTE 5AH7A 1XL2A 1YTIA 4B0QA 2O4KA 3KDDA 2Q63A 1EC3A 2QD6A 5P4CA 2PYNA 4R92A 1KZKA 3K5DA 4IVTA 2AOJA 2ZYEA 1BVGA 4GJ7A 5P6RA 4EP3A 5P2RA 3EKTA 1TZSA 1EPRE 2OHNA 4Y3AA 5P2NA 4APEA 2P3DA 3QP0A 5P09A 1K2CA 5P08A 1HTRB 5P82A 3L5DA 1U8GA 3EKVA 5I3WA 7HVPA 2BBBA 3DCRA 5P86A 3U6AA 4KUPA 5P2SA 4YBFA 2G1NA 5P06A 1MESA 5OZIA 5P3MA 3LHGA 4WTUA 4NKKA 3WZ8A 3TPJA 4YHQA 5P4JA 2QU2A 2AQUA 3EKWA 5P2HA 4RCDA 2CENA 5SY2A 4B78A 5P3UA 3NUJA 1UPJA 3QS1A 4J1CA 5P1RA 2IDWA 3EM3A 2O4SA 4Y5CA 3EXOA 4J55A 5P7MA 2WF1A 5P16A 2FS4A 3OWNA 4B00A 3INEA 3O9HA 5P0HA 5P60A 5HTZA 4Y5BA 4Y4BA 3NU3A 3EL9A 3HDKA 5P4VA 5P5SA 1FMBA 5OZGA 4NPTA 5P7IA 3D1ZA 1C6XA 2QI3A 1SMEA 4RZ1A 2WEBA 3CKTA 4J17A 3S43A 3URJA 3ZLQA 5DQ2A 4ZSQA 2VA6A 4FM7A 5OYSA 5P0QA 2QD7A 5P4DA 5HCTA 1YT9A 5AH9A 2VJ6A 2PWCA 4PEPA 5P3IA 5P6BA 4J1EA 1SDUA 1FFIC 5P3KA 3LIYA 5P3BA 5HU1A 3QBFA 1D4HA 5KQZA 4Y3GA 4Y5EA 3OU3A 3G72A 5P2LA 5P7DA 5P4UA 5P6TA 1E5OE 4Q1XA 5APRE 4L1AB 5P8AA 4BEKA 5P4RA 2NPHA 2QZKA 3JVWA 3KT2A 2ZGAA 2FIVA 3ZMGA 1AXAA 1NSOA 3OUCA 2OHLA 3WSJA 5P8DA 3S7LA 3WB4A 4DV9A 1BDLA 2FDPA 4Y5MA 2I4VA 4ZSRA 2HPFA 4HEGA 2CEJA 1HVRA 1FQ6A 3IVHA 5C9DA 1J71A 4FSLA 3QVIA 4X7IA 6FIVA 5AH8A 4Y4DA 3FX5A 5P05A 1UH7A 4WY6A 2QZLA 3QPJA 4J5JA 3MSKA 3APPA 1TQFA 1LYWA 5P5DA 1DIFA 4XX4A 5P39A 1CMSA 3UQWA 3ZPTA 1GKTA 2IGYA 5P89A 3BXRA 4FS4A 5P3XA 9HVPA 3KN0A 4LBTA 5OZTA 5P56A 1XE6A 3HVGA 3SA9A 4YCYA 4Y4XA 4EJLA 1HPXA 5P4BA 1M0BA 5OZ9A 2QMFA 5P3TA 3S56A 5P6QA 5P0YA 4B77A 3I8WA 3ZKXA 1MPPA 5P4LA 4WY1A 2HB3A 1D4JA 1IVQA 1WBMA 2V00A 2IQGA 1A9MA 3WZ6A 2CEMA 5P5EA 3CIDA 5P70A 2WF2A 5COOA 3MSLA 3OAGA 1SGZA 5T4SA 5P4ZA 3U7SA 3ZKIA 1KJ4A 4OBHA 2O40A 1VIKA 3VLBA 2IEOA 1FQ5A 5P7NA 5P4NA 3G70A 3GI6A 4YE3A 1HVLA 2V11C 5P2KA 5P0OA 5P0NA 3PWRA 4PPHA 4B70A 1AAQA 1LF3A 4H1EA 4I0IA 3TOHA 2NXMA 3T6IA 5P1EA 2NMYA 1IDBA 3HZCA 4GJ6A 4OBZA 1D4SA 5P32A 5OZJA 5P38A 4OBDA 3M9FA 3TKGA 4B05A 4I10A 4GJCA 4Y3LA 1FB7A 3LIVA 5P1IA 3UQXA 4Y4JA 4J0YA 3NWXA 4EJ8A 5P2JA 3QRVA 4Y58A 5SY3A 4EP2A 5P5LA 5P5KA 4LC7A 1APVE 3OUBA 5P46A 3KDCA 3TPPA 4Y9WA 3KYRA 1LF2A 3LPIA 4RCEA 1PPME 4LHHA 3SO9A 2JE4A 3SPKA 4E43A 5FIVA 2AOFA 2I4UA 3F9QA 3UF3A 3PSUA 3SM1A 4DQGA 1FMUA 5P1PA 1APTE 1YTHA 4YD3A 1B11A 2B60A 3O9FA 4QJ6A 1ZTZA 3D1YA 5AHAA 3NXEA 1LYBA 3URLA 5P6EA 3IAWA 5P8MA 3PLLA 4Y3QA 5KQYA 5OYTA 5P2ZA 1EAGA 5P2QA 4R8YA 5P8VA 4YD4A 4F73A 2I4XA 4R95A 1SH9A 2XYFA 4FE6A 1QBRA 1KJGA 5P6JA 5P2GA 4K4PA 2HS2A 4RYGA 5J25A 3N3IA 4Y3JA 4Y4AA 4F75A 4Y53A 4D85A 1QDMA 2NMZA 3NDUA 1N49A 2VS2A 5KQFA 1HEFE 1BAIA 1TSQA 5P2WA 1IZHA 3UCBA 4EWOA 5P0PA 4JOOA 3GGUA 2J9KA 4Y3NA 4Z2ZA 3EKYA 2RKGA 5P00A 2NNPA 3PEPA 3FNUA 3OQFA 1HVKA 2JXRA 5P0TA 4HVPA 5ENKA 3SQFA 3UDPA 5OYZA 5P10A 3LIQA 1ME6A 4Y3FA 3KFNA 4XXSA 5P2AA 1ODXA 1M4HA 5P6OA 4R5NA 4DJWA 5DR3A 5P65A 3BC4A 2JJIA 3DOXA 2QZWA 2PSUA 4Y3RA 4K9HA 5P6UA 2ZJJA 5P5MA 4Y51A 5P3FA 4Y57A 5IE1A 3C9XA 5P33A 5P0MA 1AM5A 5P4KA 4FSEA 3IGBA 1SDVA 5P19A 4FLGA 4TVHA 4EQ0A 3DUYA 4NJUA 5UPJA 5KR0A 3RTNA 4TVGA 4Y41A 4DJYA 2ZJKA 3KT5A 5P8QA 1HXBA 3QROA 1ZSFA 2ZDZA 5P2CA 2VIZA 5HE7A 2RSPA 1BWAA 3UQRA 2RKFA 3ZL7A 5P5NA 4Y5LA 2OAHA 5P51A 4ACUA 4OC6B 5P5OA 3TOFA 5OZVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4L1A A;  2V10 C;  5OZN A;  1GVW A;  2OHR A;  4RRS A;  4UPJ A;  1ZPK A;  5P20 A;  5JG1 A;  5P58 A;  1YTG A;  3BUH A;  1ZLF A;  3UPJ A;  5I3Y A;  5EZZ A;  5AGZ A;  5P1A A;  2R8N A;  5P3O A;  5P5Z A;  3CYW A;  1KJF A;  4YCK A;  3RSV A;  5P0W A;  5HE5 A;  4J54 A;  3O9I A;  2R5Q A;  5OYW A;  3SAC A;  4DJR A;  4Y5K A;  1W5V A;  4YDF A;  4EQJ A;  2IGX A;  3VSW A;  3OUA A;  2PMA A;  5KR1 A;  2WED A;  3QVC A;  5OZH A;  2OHP A;  3OHH A;  1EBK C;  4KE0 A;  4L7J A;  3OK9 A;  3WZ7 A;  2B42 A;  3VFA A;  1LEE A;  5IVT A;  1HXW A;  5P0S A;  3OXV A;  3O9C A;  1B6M A;  4HLA A;  3PMU A;  3PSG A;  2FLE A;  4COE A;  2RMP A;  2NR6 A;  4ZPE A;  4D89 A;  5P8G A;  1HIH A;  1K1T A;  1MRW A;  2WF4 A;  4Y3T A;  1HBV A;  2VJ7 A;  1B6J A;  3PGI A;  1M43 A;  2VKM A;  1RNE A;  5P4H A;  3PI5 A;  5AH6 A;  2FGU A;  3R0W A;  3MXD A;  4PHV A;  1Z8C A;  3PBZ A;  4AZY A;  3ZPS A;  3RVI A;  1UH8 A;  5P7S A;  4Y4U A;  1G2K A;  5DQ1 A;  5P8J A;  3PLD A;  5P26 A;  1A8G A;  3UDQ A;  1GVV A;  3K4V A;  1FQX A;  1MUI A;  3NU5 A;  6APR E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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