5OZOA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 35
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozoA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozoA01
5P0GA 3K5GA 4Q1YA 1FQ8A 3GGUA 3NWXA 3ER3E 3NDWA 1EC1A 5P6EA 3UQWA 2QZLA 2J9JA 4MC6A 1ZSFA 5P60A 2Z54A 4DQEA 2NNPA 4RYCA 5P8OA 3URJA 5OZIA 5P0KA 3K5DA 4YD6A 5P1CA 4Q1WA 2BPZA 4J17A 4ER4E 5P5UA 4OBKA 3UQRA 1W5XA 5P7YA 5HE5A 5P5JA 2R9BA 4J0ZA 5P5YA 5P4YA 3LIXA 2OF0A 3TTPA 2BPXA 2BBBA 3VSWA 5P14A 5P7HA 1SBGA 5OYXA 3TLHA 2G22A 3KDCA 1FG8C 2ZE1A 3LIVA 1AIDA 5P65A 2BB9A 5P4RA 3S2OA 1HVCA 5UPJA 5P3AA 2VA5A 5P5ZA 3NDXA 5P4XA 2P83A 1C6ZA 4OC6B 4RRNA 4MC2A 2WL0A 3SABA 5OZ7A 5P7UA 1YTIA 5P1AA 2HB4A 3B7VA 3OQ7A 1IVPA 5P4IA 3OU4B 3MXDA 4ZSRA 3QRVA 4R92A 1FQ4A 5TOLA 4RRSA 4QJAA 2QMGA 3CKPA 4FAEA 4ZSMA 1E5OE 2IQGA 4FM6A 3OU3A 3JVWA 3EL9A 1IBQA 1ZSRA 2H6SA 5DPZA 1T7IA 1LV1A 3SKFA 1IZEA 3DV5A 3PRSA 3ZL7A 3NU3A 5P0ZA 1EPOE 4Y3GA 5OZGA 3TOHA 2VJ9A 3LZUA 2Z4OA 3U6AA 1FMXA 1G35A 1ZJ7A 5P0DA 3UFLA 5IE1A 4LP9A 5P1UA 3TH9A 1EAGA 1LF2A 2QNNA 5I3XA 2QI5A 3IXKA 1MRXA 5P39A 2XFJA 3FKTA 1ZBGA 1FLHA 5AH9A 3GGVA 5DR4A 4CP7A 5DR0A 2F81A 3EM6A 1PPME 5P58A 2P8HA 5P7XA 3AIDA 4J0VA 5P34A 1LYAA 2MIPA 1GVXA 5P7JA 4Y4AA 2WKZA 3NXNA 3LIZA 5P3WA 4HEGA 3O99A 4Y4GA 3H5BA 3KFSA 1HVRA 3S7MA 4IVTA 1XN3A 4YE3A 5P41A 5P4LA 3OADB 1FQ7A 5CLMA 5P6CA 3L5BA 5P8HA 3SA6A 2QK5A 4Y3WA 4Y58A 1EEDP 5JFUA 1GVWA 1FFIC 2FS4A 3O9BA 2QI4A 2NNKA 5P8GA 4TRWA 1D4IA 3Q6YA 4Y3ZA 5P0QA 3ER5E 4J54A 3CIBA 3OU1B 1HVHA 2ZJMA 4Q1XA 4DFGA 1AM5A 3L5FA 1LYBA 3EKXA 4PZWA 5OZJA 4DQHA 1EBWA 3O9LA 4Y5LA 5DQ4A 4YD7A 5P04A 4RVJA 1EBKC 5FIVA 2NTRA 1BVEA 4K4RA 5P86A 2CEMA 1IZIA 5P49A 2F80A 3UQUA 3QI1A 1FMUA 2I4VA 3BXSA 4L6BA 3VEUA 1EPPE 4R5NA 2CEJA 4Y51A 1HTEA 1AJVA 3OQFA 1BXOA 3PMUA 5P57A 3NDTA 4Y3QA 5KQFA 5P07A 3NSHA 1K2BA 3I6OA 4Y6MA 3UDHA 1HRNA 4LHHA 5I3YA 3EL4A 5P06A 5P87A 5KR1A 4KUPA 3HD8A 1XE6A 5P2UA 5P2KA 5OZSA 1BILA 4F73A 5P3GA 5KR2A 3R0YA 4DJQA 2PH8A 3PJ6A 5DQ1A 2PK5A 2QD7A 4OBGA 2ZJKA 5P7VA 2XFIA 3NU5A 1GNMA 1YM4A 2BPYA 3NWQA 1NH0A 4Y4ZA 5P2TA 5B18A 3WZ6A 2QHCA 5P6UA 3EL1A 8HVPA 4MC9A 5P3EA 3K5CA 2SAMA 2UY0A 2XYFA 3APPA 3ZOVA 7HVPA 5COPA 2WHHA 3RVIA 5DR3A 2OHMA 5P3RA 3SKGA 2ER9E 3UDKA 2I0AA 4H3GA 5P8FA 5P3PA 2O4KA 4J1CA 1Q9PA 4GB2A 3OOTA 1MERA 5P01A 5P1LA 2FGUA 1IDBA 5P4HA 2F8GA 2I1AA 5P53A 4DV9A 1RL8A 2UPJA 5P70A 3LPKA 4I0FA 4OBJA 3S43A 1BDLA 2AOHA 2P3AA 5P5VA 3TPJA 3TOGA 5P33A 5P2FA 5HE4A 5P68A 4Y3DA 1TCWA 3OUBA 5P76A 3HZCA 3BVAA 5P5DA 4Y3AA 3EL5A 5P66A 1K6TA 3LPJA 3KN0A 4RLDA 5P6DA 5P4PA 3NYGA 5P6FA 1SH9A 1MESA 5P3JA 5P0NA 3OXWA 1K1TA 1LYBB 1UH8A 2HB2A 3OOZA 3KM4A 3VCMA 3UDJA 2B8LA 1HEFE 3OY4A 4FM7A 2IS0A 3L58A 4I0IA 4RGHA 4LAPA 3SA3A 5P03A 5P8CA 4MC1A 4HE9A 3EKWA 2G1NA 2AOEA 2IGXA 1T6GA 5P0RA 2PSVA 4OBDA 2BPVA 3HVPA 5P80A 2OHSA 5AHAA 2IRZA 1VIJA 3S53A 1J71A 5P3FA 2VA6A 4H1EA 1W5VA 4Y3NA 5OZ5A 3TPLA 1ODWA 4F76A 1HXBA 4YDFA 3SPKA 2AZBA 1GVUA 3PSYA 1A30A 4OBFA 5ENMA 5P8JA 1HEGE 3BUGA 4YCTA 5OZKA 3D20A 2A1EA 3WB4A 5P72A 3VF7A 3R1GB 2NMZA 2FIVA 1FGCC 1T7JA 2WF1A 3PWMA 1VIKA 4GMIA 3UDRA 1T3RA 2V11C 3LHGA 5P4NA 4EP3A 5P3IA 3BRAA 2HPFA 1B5FA 4XX4A 1IZDA 3Q4BA 4Y5CA 3IVHA 5OZAA 1MT8A 5OZZA 5P5IA 1M4HA 3OXXA 4L7HA 5P5TA 5ER2E 3IVIA 1XL2A 3QN8A 1RNEA 3LZSA 2AVSA 4OD9A 3SFCA 5P1RA 7UPJA 1FQ5A 3HVGA 1D4KA 3OGPA 4J1IA 5P40A 1MT7A 4F74A 4DQGA 5P4AA 4CPUA 2JJJA 5P37A 3UPJA 3SQFA 2IGYA 3OUDA 1BWAA 5P8AA 3PI5A 2B60A 1QBUA 1C6XA 5P5SA 3RU1A 3S85A 3S43B 5P3CA 4Y47A 1TSUA 4YHQA 5P0HA 4EQJA 5OZQA 3SM2A 4PZXA 2PK6A 5P1GA 4GJAA 3R4BA 3OK9A 2O4PA 3UQPA 3QBFA 4B1EA 4WY6A 3CYXA 5P8TA 3S56A 4QJ6A 5P6ZA 5P0BA 3URLA 1XE5A 4Y36A 2O4SA 2ZHRA 1YM2A 4TRYA 1HIVA 5HU0A 5DR1A 5P8DA 3OQDA 3NDUA 5P8LA 3EC0A 2AVMA 4GJ7A 3JVYA 5P6TA 2VIYA 5P8BA 3OUCA 2QI1A 5P12A 1HHPA 4KE0A 1HOSA 2VIZA 4J1HA 1ER8E 5P0VA 5P0SA 1ENTE 1NPWA 3OXVA 1D4HA 5P5XA 4J1KA 4HVPA 4J0TA 5OZNA 1T6EX 5P38A 2Q64A 4YBIA 2HC0A 1Z1RA 2ZJHA 5HDZA 4AMTA 1JLDA 5OZCA 3BUHA 2QU2A 4EQ0A 5P2VA 1LEEA 3ZLQA 4CPRA 4ZIPA 5OZ8A 1BWBA 1GVTA 4YDGA 5DQCA 2G24A 5P2CA 4I0GA 4Y3LA 1YTHA 4PEPA 5BWYA 4WY1A 1MIQA 2FMBA 1EPME 1SP5A 4LL3A 3NXEA 4D8CA 1M43A 3D1YA 1LYWA 1HVIA 5P2DA 5P4OA 4Y3FA 4BELA 4Y3TA 3EKQA 4OBHA 3TPRA 2Q11A 2QZWA 5P82A 3VYEA 3HW1A 3PSGA 2P3BA 4XKXA 5P59A 3BC4A 3O9IA 4Y3MA 1DIFA 1EBZA 5OYVA 2RKFA 4DQBA 2G1SA 5P15A 1MSNA 1QBTA 3UFNA 5DGWA 3ECGA 5SZ9A 4GYEA 3R0WA 5OZOA 1APWE 2AOGA 3KA2A 2R8NA 1HVJA 5P8KA 3ZPTA 2HB3A 3SA4A 3SA5A 5P3LA 3L5CA 5P54A 3N4LA 1QBSA 1XDHA 1MVPA 4Y4EA 4YD4A 1KJGA 3PMYA 3O9FA 3BHEA 2H6TA 3LITA 3S54A 4Y4JA 2NR6A 3PBDA 5P3HA 4J0PA 3T3CA 5P5GA 4DVFA 3SACA 1UH7A 5P7RA 5EZXA 4DPIA 2O4NA 4Y5AA 5HDVA 2QHYA 5P08A 3UDQA 4BEKA 3PB5A 4FE6A 4EPJA 2AZCA 4RCDA 5P2QA 1KJHA 3ZKNA 5P4WA 3FX5A 2WJOA 4JPCA 4Y3JA 4FS4A 5DQ2A 5DR8A 5P6WA 1HIIA 5OZ1A 4RYGA 2IL2A 5HDUA 3UDPA 4Y48A 2P3DA 5P0PA 4M8YA 5P1HA 4U7VA 1D4LA 5P3DA 5OZ2A 4I0HA 2G69A 5P2AA 1BV7A 4Z2ZA 5P5HA 2HS2A 4Y4XA 3BVBA 5KOQA 5P0FA 4L7JA 4R8YA 4Y50A 3VV7A 5P29A 3UCBA 4L7GA 5P8PA 4QJ9A 4AZYA 5P7QA 1XS7D 2G1RA 2I4XA 5OZ9A 2J9JB 5HCTA 1META 5OZ6A 5CONA 1KZKA 5OZXA 3G6ZA 4J55A 4A4QA 5P11A 1IDAA 3LNKA 1OEXA 2RKGA 1RV7A 4D85A 5P23A 2EWYA 2OHPA 3I7EA 2V0ZC 4WTUA 5P8IA 1HBVA 4S1GA 5OYSA 2F3KA 3CMSA 5F01A 5P1TA 3EM4A 4KB9A 2ZDZA 2B7FA 3FNTA 5P1IA 5P4EA 3TL9A 1LYWB 2QI6A 2QMPA 1EPRE 5P6LA 2ER0E 2OHQA 5P46A 4U7QA 5P1WA 4PHVA 4TRZA 3PCZA 4JOOA 2BJUA 5P2OA 5P6IA 5P77A 4GZFA 1HVKA 3C9XA 2I0DA 3O9HA 2IENA 5OZRA 1LF3A 5AH8A 3NU4A 1W50A 5OZLA 1WBMA 1MSMA 3RTNA 3OTYA 1OD1A 2J9KA 2Q5KA 4FRKA 2AZ8A 3Q5HA 5P1PA 4I1CA 5IVSA 3EL0A 5P8RA 1K2CA 2ZHUA 3KDBA 5P1ZA 3QROA 4Y4WA 1XL5A 4CKUA 2R43A 1HPOA 3GGAA 3WZ8A 1IZHA 4J1EA 1FFFC 5I3VA 5P4SA 4RZ1A 4KE1A 3VV6A 2RENA 1TSQA 1TQFA 2AOJA 3D3TA 4ZSQA 1SGZA 4ER1E 1ODYA 3TPPA 3QRSA 5P51A 4EYRA 3HAUA 3PWRA 5P2GA 3B80A 5P7NA 3S8IA 1EC2A 2ZHTA 4QGIA 5P8SA 3VF5A 1E80E 5OZEA 1FEJC 1BXQA 1E82E 3NUOA 5C9DA 4X2LA 1Z8CA 5P5PA 2O40A 1FKNA 4U8WA 5P3VA 3R2FA 2F3FA 4FCOA 2IEOA 1CPIA 1D4YA 4YOAA 1G2KA 4APEA 1SDVA 3PM4A 1KJ7A 1EPNE 4OBZA 5C9BA 5P43A 3VLAA 4FRJA 5SY2A 4LXAA 5P7SA 5BS4A 2NXLA 3OUAA 1UPJA 1LYAB 1SIVA 1HVLA 3EKPA 4Y5NA 2UXZA 2P4JA 1HPSA 4HDBA 4TVGA 4B78A 3OQAA 2ZHSA 3OWNA 5DR7A 1W51A 5P48A 2OAHA 1MUIA 3VSXA 2BQVA 5OYUA 3H0BA 1C70A 1E81E 5P1YA 2I4DA 1T7KA 2QZXA 5P6JA 4YOBA 5E5KA 2QZKA 3KF0A 5P4VA 4YD3A 3ZMGA 2HIZA 3EXOA 4F75A 4NJVA 4Y5BA 4Y45A 1LS5A 2FNTA 5P3QA 3F9QA 2WEZA 4ZPEA 3ZPUA 4D89A 1FMBA 4XXSA 3CICA 2ER6E 3MXEA 2ASIA 5P6NA 4EWOA 1QRPE 4B70A 3O9LB 4DPFA 5P1EA 1AXAA 2FDDA 2PMAA 5P6YA 2QAKA 3IN4A 4CPWA 1AAQA 1HTFA 2PYMA 3QRMA 5P35A 2Q3KA 1MTRA 4LBTA 1LZQA 3MWSA 5P6KA 1ODXA 1D4SA 4B0QA 5P64A 3Q70A 3Q3TA 2AQUA 3LIQA 9HVPA 4GJ5A 2ZJJA 1G6LA 5P2RA 5J25A 5P3YA 2R38A 5P8UA 5P1DA 4K8SA 3NUJA 5P2HA 1PSNA 1B6JA 4JP9A 3IN3A 2B8VA 3K1WA 4L1AA 5P0JA 4M8XA 2QU3A 4QJ2A 4GJ9A 3KMYA 5P2SA 3I2LA 5P16A 4EJ8A 1D4JA 3INHA 5P02A 2JE4A 1NSOA 5P19A 5P1VA 3EKVA 3IXJA 2R5PA 3BGBA 1ME6A 5P2WA 2WECA 4NPTA 5P2IA 4Y3SA 4Y38A 3UTLA 4RCEA 3VFBA 3QVIA 1F7AA 2O4LA 3AUPA 2PSGA 3O9EA 5P31A 1EC0A 2OHKA 5P1OA 4DQFA 5P0AA 5IVTA 4FSLA 1YG9A 5KAOA 5P7FA 2OHNA 5P5NA 5P3ZA 5P4ZA 1B6KA 3T7PA 5P5EA 4Y37A 2VKMA 5P85A 4D83A 2BKSA 3L3AA 3HBOA 1A9MA 4OC6A 3SAAA 5P7ZA 3A2OA 2ZYEA 2PYNA 5P24A 3IXOA 5P28A 3KFNA 2RMPA 2ANLA 2FLEA 3SA9A 5P0IA 5AHBA 2NMYA 5OZ3A 5P5MA 5P6RA 1AVFA 4DI2A 3U71A 5I70A 3K4VC 2PWCA 5ISJA 2ZJLA 2WF0A 5P22A 4Y3YA 5HVPA 2WF4A 1BV9A 3L5DA 3DK1A 2G94A 3ZKMA 2FXEA 3ZKSA 5P6QA 3VYFA 5OYRA 3MSKA 5P67A 3PVKA 1SMRA 3SM1A 1A8KA 3RTHA 1SGUA 5JFPA 1EPLE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0G A;  3K5G A;  4Q1Y A;  1FQ8 A;  3GGU A;  3NWX A;  3ER3 E;  3NDW A;  1EC1 A;  5P6E A;  3UQW A;  2QZL A;  2J9J A;  4MC6 A;  1ZSF A;  5P60 A;  2Z54 A;  4DQE A;  2NNP A;  4RYC A;  5P8O A;  3URJ A;  5OZI A;  5P0K A;  3K5D A;  4YD6 A;  5P1C A;  4Q1W A;  2BPZ A;  4J17 A;  4ER4 E;  5P5U A;  4OBK A;  3UQR A;  1W5X A;  5P7Y A;  5HE5 A;  5P5J A;  2R9B A;  4J0Z A;  5P5Y A;  5P4Y A;  3LIX A;  2OF0 A;  3TTP A;  2BPX A;  2BBB A;  3VSW A;  5P14 A;  5P7H A;  1SBG A;  5OYX A;  3TLH A;  2G22 A;  3KDC A;  1FG8 C;  2ZE1 A;  3LIV A;  1AID A;  5P65 A;  2BB9 A;  5P4R A;  3S2O A;  1HVC A;  5UPJ A;  5P3A A;  2VA5 A;  5P5Z A;  3NDX A;  5P4X A;  2P83 A;  1C6Z A;  4OC6 B;  4RRN A;  4MC2 A;  2WL0 A;  3SAB A;  5OZ7 A;  5P7U A;  1YTI A;  5P1A A;  2HB4 A;  3B7V A;  3OQ7 A;  1IVP A;  5P4I A;  3OU4 B;  3MXD A;  4ZSR A;  3QRV A;  4R92 A;  1FQ4 A;  5TOL A;  4RRS A;  4QJA A;  2QMG A;  3CKP A;  4FAE A;  4ZSM A;  1E5O E;  2IQG A;  4FM6 A;  3OU3 A;  3JVW A;  3EL9 A;  1IBQ A;  1ZSR A;  2H6S A;  5DPZ A;  1T7I A;  1LV1 A;  3SKF A;  1IZE A;  3DV5 A;  3PRS A;  3ZL7 A;  3NU3 A;  5P0Z A;  1EPO E;  4Y3G A;  5OZG A;  3TOH A;  2VJ9 A;  3LZU A;  2Z4O A;  3U6A A;  1FMX A;  1G35 A;  1ZJ7 A;  5P0D A;  3UFL A;  5IE1 A;  4LP9 A;  5P1U A;  3TH9 A;  1EAG A;  1LF2 A;  2QNN A;  5I3X A;  2QI5 A;  3IXK A;  1MRX A;  5P39 A;  2XFJ A;  3FKT A;  1ZBG A;  1FLH A;  5AH9 A;  3GGV A;  5DR4 A;  4CP7 A;  5DR0 A;  2F81 A;  3EM6 A;  1PPM E;  5P58 A;  2P8H A;  5P7X A;  3AID A;  4J0V A;  5P34 A;  1LYA A;  2MIP A;  1GVX A;  5P7J A;  4Y4A A;  2WKZ A;  3NXN A;  3LIZ A;  5P3W A;  4HEG A;  3O99 A;  4Y4G A;  3H5B A;  3KFS A;  1HVR A;  3S7M A;  4IVT A;  1XN3 A;  4YE3 A;  5P41 A;  5P4L A;  3OAD B;  1FQ7 A;  5CLM A;  5P6C A;  3L5B A;  5P8H A;  3SA6 A;  2QK5 A;  4Y3W A;  4Y58 A;  1EED P;  5JFU A;  1GVW A;  1FFI C;  2FS4 A;  3O9B A;  2QI4 A;  2NNK A;  5P8G A;  4TRW A;  1D4I A;  3Q6Y A;  4Y3Z A;  5P0Q A;  3ER5 E;  4J54 A;  3CIB A;  3OU1 B;  1HVH A;  2ZJM A;  4Q1X A;  4DFG A;  1AM5 A;  3L5F A;  1LYB A;  3EKX A;  4PZW A;  5OZJ A;  4DQH A;  1EBW A;  3O9L A;  4Y5L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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