4FAFA

Substrate ca/p2 in complex with a human immunodeficiency virus type 1 protease variant
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Higher desolvation energy reduces molecular recognition in multi-drug resistant HIV-1 protease
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4fafA00
2QI0A 5P71A 3EBZA 5P5PA 2NPHA 5P0SA 3GI4A 4L7HA 5P15A 3INEA 5P1VA 3SA8A 5P60A 1K2CA 3JW2A 3BUGA 3SA3A 5P7DA 3QN8A 5P28A 5P3OA 4YD6A 2J9JB 5P1CA 3SA6A 1QBRA 5P7GA 4I1CA 4Y4BA 1J71A 4NJVA 2FMBA 2QD8A 3UDQA 2P3CA 3WZ7A 9HVPA 4D89A 4COEA 4DJVA 5IVSA 4Y3QA 4DI2A 3DK1A 1HVJA 3PCZA 5HDUA 4I0DA 2PYMA 3QRMA 5OZ3A 3Q5HA 2BPVA 6UPJA 2OHQA 3TTPA 5P2GA 3ZKNA 2HPEA 4YOBA 3ZL7A 4FAFA 1ZSRA 1BV7A 5OZUA 1T6EX 3D1XA 3L5CA 1K2BA 4EQ0A 5P61A 4I0EA 4EJ8A 5JG1A 1LF4A 5OZVA 4ZPFA 5P2WA 4FRIA 5P3GA 5P79A 4F76A 5P5MA 3UDNA 5P18A 2ANLA 1XL2A 1CZIE 1FB7A 2IGYA 2AVQA 4OBHA 4HDPA 3VV8A 4KE0A 1SP5A 5DPZA 4ZE6A 3KT2A 3K5DA 5P1ZA 3GGAA 3EKQA 5P2AA 3O9DA 1ZPAA 2O4KA 5P7QA 2Z54A 3NSHA 3K5GA 3VSWA 4Y3MA 5P80A 4M8XA 5P4RA 2G1YA 2O4NA 5JFPA 1BDRA 2I0DA 1MT8A 1ODYA 5HCOA 1EC1A 2Q5KA 4Y5EA 2V0ZC 3NU4A 4GJ8A 4Y36A 4LL3A 3ZPSA 1AJVA 1BXOA 3LIZA 1BBSA 5P6LA 3OU1B 2B8VA 3L59A 4Y5MA 3O9LB 2AOIA 2WJOA 1UH7A 5OZFA 2F8GA 5DR3A 4TRZA 2PWCA 4Z2ZA 4PEPA 5P32A 3OTSA 4ER1E 5KR8A 3AIDA 1MRXA 5P4YA 2ER7E 4EP3A 1YTHA 3LIYA 1CMSA 1HWRA 4Y57A 1D4KA 1TSUA 4I0HA 2VA5A 1HIVA 3UDKA 5P8PA 1QBSA 4B1DA 1E81E 1RPIA 1SDVA 4PHVA 1TCWA 2ZJJA 4GJBA 4OBFA 4QJ2A 4Y5LA 5P5JA 3S85A 4QJ9A 3S8IA 5P8GA 5P6HA 4MC1A 3TOHA 5P5RA 3FV3A 5P0QA 1HVHA 4I0IA 1MVPA 2G94A 3VYEA 2FDDA 5P3FA 5P1SA 3ZKIA 1HSGA 4Y43A 1APTE 1FQ8A 3LPIA 2VA6A 5P8EA 4DJXA 2QD6A 3LPJA 4CP7A 4J1FA 2F3FA 5PEPA 5DQ1A 5P0EA 2ER9E 6APRE 1SH9A 5P4SA 1EAGA 4LXKA 3ER5E 5FIVA 4AA8A 5P3RA 1D4YA 4I0GA 3BHEA 2OHKA 4LBTA 4HEGA 2F3EA 3KDBA 5DGWA 5P1PA 5P0AA 3O9FA 5DQCA 3UFNA 3D91A 4DJUA 4K4QA 1PSOE 5P6CA 2QI1A 1W5XA 1BDQA 2AVOA 1SMRA 4JPCA 5P2MA 1ZTZA 5P6BA 3T6IA 4K4PA 5P25A 3BXSA 1TSQA 5AHCA 4J1KA 5P63A 3ZKXA 5P5BA 3NXEA 4L1AB 1GNOA 5P39A 5P3EA 3LZVA 4Y51A 3PBDA 4QJ8A 5P2LA 3HW1A 4DVFA 5P04A 3O9IA 4FRKA 4Y5AA 1B6MA 4OBJA 3S56A 1UPJA 4Y3AA 4YDGA 5P0YA 4Y4JA 2XFJA 3OUAA 3VLBA 5P87A 5EZXA 1OEWA 3PSGA 3OUDA 2FIVA 5KQXA 2G1OA 1ZPKA 3TNEA 3EL1A 4Y5CA 3T7XA 1EPQE 4F74A 5P2KA 1HVCA 4QJ6A 3VV6A 1N49A 3UDYA 5P33A 3EL0A 1IBQA 2AOEA 5P1JA 3OUBA 5DR1A 4FAEA 5P8OA 5KOSA 5I3WA 5P7AA 4OD9B 2QI6A 3UHLA 4RYCA 1D4IA 2PK5A 1B6JA 4Y3XA 3TOGA 4AUCA 4DQFA 3EXOA 1VIKA 2HPFA 4Q1XA 1W5YA 1M0BA 1KJFA 3BVBA 3EM6A 5P24A 3K1WA 2QZWA 5AGZA 3TPPA 2ZJIA 5P4KA 3VSXA 5J25A 5P4MA 4RCFA 4HA5A 1BAIA 5OZ4A 5P8IA 1RQ9A 5DR4A 3MSJA 1MSNA 5P3JA 1FMUA 4Y41A 4B05A 3O99A 4OC6A 5P5IA 3OK9A 5KAOA 5P7LA 2AZCA 2CEJA 3FNUA 2BBBA 4DQEA 5ISJA 5AHAA 5P85A 5P49A 3VCMA 3LIQA 3OQFA 1XDHA 3BC4A 1EC3A 4YCKA 4Z50A 3SA5A 4L7GA 1AM5A 4EP2A 1HPXA 5P4TA 8HVPA 3VYDA 2RKGA 3EKYA 4PZXA 1ODXA 4U7VA 1LYWB 1K1UA 3KF0A 3KDCA 2ZE1A 3K5CA 3NDXA 4R91A 5P0NA 5OZMA 5P4ZA 2G24A 2QI7A 3R0WA 1HVLA 3HAUA 5P8RA 1W51A 3UTLA 5P1KA 3N4LA 1E5OE 1APWE 2I4DA 2AODA 4BELA 5P0ZA 3T3CA 5P7YA 5P2UA 3TL9A 2XFIA 5P3MA 5P4GA 1SIVA 3VF7A 5P0CA 4ZEAA 1B6PA 4L6BA 5P86A 1FF0C 4GJ9A 4I12A 4Y39A 3S54A 3QPJA 2JJJA 2G1RA 5P45A 1G6LA 3KT5A 1E80E 4RRNA 3L58A 1SDUA 1EBYA 1M43A 1KJHA 7HVPA 4NKKA 5P5VA 3PWMA 5HE5A 5P0JA 2BPYA 5OZKA 2G20A 3Q3TA 5DQ2A 1TW7A 5P07A 5C9DA 1SGUA 5P1NA 5P1LA 5P16A 5P44A 3HZCA 4KE1A 4CPXA 5P6EA 3VFAA 4Y4WA 3O9EA 4GB2A 2G69A 4K8SA 1Q9PA 3D20A 3OAGA 4YD5A 2Z4OA 4B00A 4TRWA 5P8VA 4H3JA 1IDAA 4B1CA 1D4SA 4Y3NA 3I25A 4Y38A 5P6KA 4EJKA 1HSIA 2HS2A 1LYAB 4H3FA 3RTMA 1EPLE 4GJDA 3EM4A 3IVIA 2OHTA 3BGBA 3S43A 5IVTA 3OU1A 3RSVA 3O9LA 2IKUA 2R3TA 5P0PA 1FMBA 2ER0E 3DV5A 3MSKA 3ER3E 2JXRA 4B0QA 1NPWA 4WTUA 3OQAA 5P7OA 2QK5A 2BB9A 4GJ6A 2AZBA 4Y5PA 5KR2A 5P4QA 3S7MA 3OXXA 2HB2A 4LP9A 5I3VA 1T3RA 3OADA 5OZZA 5E5JA 2BKSA 3LNKA 5P7HA 3TLHA 4HDFA 4YD3A 1WBMA 5OYUA 3IN3A 3ZKQA 2I0AA 5P5UA 2A4FA 3ST5A 3BGCA 4R93A 1DIFA 1W5WA 3T7PA 1HHPA 2VJ7A 2R43A 1META 2IGXA 5P8CA 5OZ0A 5P6SA 2WF2A 1ME6A 3PWWA 3PMYA 2R9BA 5P8MA 3VFBA 5P1FA 2JYSA 3GI6A 4Y5KA 2WEZA 5P37A 3VF3A 2OHLA 3SA7A 2QI3A 1BV9A 5OZ5A 4Y3RA 4YE3A 1SIPA 5P7IA 2R38A 2HB4A 2WL0A 3H0BA 2NXDA 4FM7A 4Y45A 5P6JA 3I8WA 5P78A 5P5KA 4OBGA 2G1NA 1OEXA 2VNNA 1K6VA 1FKNA 2Q63A 3QS1A 5P8HA 2RSPA 5P51A 5P8SA 5BRYA 2ZHVA 5P2EA 2OF0A 5P6VA 5P88A 1A8GA 1EPNE 4ACUA 1C70A 2NNPA 1Z1HA 5JFUA 3K5FA 1C6YA 2NNKA 3PB5A 3TKWA 1GVTA 1QBUA 3SM1A 1WKRA 3WZ6A 4DJRA 4B70A 1QRPE 5P5YA 5OZEA 2MIPA 3R1GB 7UPJA 3QRVA 5P2YA 3N3IA 3WB4A 4Y3SA 1FFFC 2G26A 5KQZA 3UPJA 5P6OA 5C9FA 1LYBA 2PMAA 2ZYEA 2I4XA 4Y4TA 4HLAA 3U7SA 2RENA 1HVRA 1HVKA 3OGPA 2WECA 5P5CA 2H6TA 2Q3KA 1K6PA 3EKPA 1K1TA 5P1MA 1BVEA 4J17A 3ZPUA 2R5PA 5P38A 5P6QA 5OZ1A 3NWXA 4Y5NA 2F80A 1YTIA 3LIXA 2IRZA 1ZLFA 1MTBA 5HU0A 5P3HA 4CMSA 4AA9A 5HE4A 4EXGA 1XN2A 4EQJA 5P4BA 3URIA 2XYEA 5P3BA 1FQXA 4YD7A 3QIHA 1NH0A 3OXVA 1B6LA 1HPSA 2OHUA 4Y3TA 1D4JA 2QI5A 1KZKA 3SPKA 3RVIA 4I8ZA 3CICA 1HEGE 2PH6A 4LXAA 1B5FB 4XX4A 3HVGA 3AUPA 1BDLA 4N00A 3ZKGA 5P3LA 3NDTA 2Q54A 1DP5A 2V13A 3L3AA 4OD9A 5P1HA 4R5NA 5P2BA 4Y3YA 5JODA 1GNMA 1AVFA 4ZSRA 1ZJ7A 3FX5A 3UQPA 5P5WA 2FS4A 3GW5A 1PPME 3NUJA 5OZ6A 4DPIA 3KFRA 4I10A 4Y3WA 1W50A 5P7KA 5P36A 3NDUA 5OZTA 3BXRA 5P4XA 3UDRA 2FLEA 4KUPA 5IE1A 3LZSA 3FIVA 5P0IA 1ODWA 5SY2A 2BPXA 5P5GA 4DQBA 4J0PA 3O9BA 2WEBA 1HVIA 5KR0A 5P76A 3EL5A 3O9CA 4J1EA 4XXSA 5OZBA 5DR0A 4YD4A 2P3BA 4A6CA 4DJWA 2QMDA 4RLDA 2FXEA 1QS8A 2PH8A 2BPZA 5OZXA 1AXAA 2B60A 4GIDA 2ZHSA 1FFIC 4MC6A 5P01A 2NXMA 4FM8A 2IL2A 4CPRA 2QHZA 4Y3JA 3OXCA 1RL8A 3PCWA 5P5OA 4AZYA 5P1RA 5P0MA 1ZAPA 2B7ZA 1LYWA 5P12A 5AH8A 3HDKA 1IZDA 5BWYA 4GJ5A 1TQFA 1GVXA 3RTHA 4Y3EA 4LC7A 3U71A 1OD1A 5P82A 1FLHA 4DV9A 3BUHA 3KN0A 2F3KA 4RVJA 4L7JA 2QNNA 5P74A 1PSAA 2QZKA 3G70A 1MT7A 1KJ4A 1MT9A 4OBZB 1EPOE 4I8WA 3ECGA 4Z4XA 2A1EA 5P4OA 2NTRA 4FCOA 4UPJA 2FGVA 5P7FA 2QP8A 5P73A 4CPUA 5P13A 3VUCA 5P2FA 3MXEA 5P83A 2QD7A 2UXZA 2AVMA 1HPOA 5P6XA 3D3TA 5P02A 3L5DA 4Y4AA 4Y37A 5P7SA 4J1IA 4Y3ZA 1MPPA 3URLA 1BIMA 5P7TA 4H3IA 1DMPA 2V16C 3LITA 4RGHA 5P14A 5P6FA 5P35A 2V11C 4J5JA 4D83A 2B8LA 4LXMA 3S7LA 4NJUA 2QMPA 1CPIA 5P41A 5P89A 5OZDA 4YA8A 5P06A 4ZIPA 3OXWA 2WF1A 5P4CA 2WKZA 4HVPA 1XE5A 2NMYA 4ER4E 1LYAA 2JJIA 5ENKA 5P5LA 2OHNA 3PI5A 3Q6YA 5P0KA 3VEUA 2VIJA 4J0ZA 5F00A 2OHPA 1GVVA 2R8NA 5P0UA 4J54A 4XX3A 2PQZA 1EEDP 3PM4A 1SDTA 5P6NA 2B7FA 5P7MA 1HTGA 5P68A 4LAPA 1LEEA 5P05A 4CKUA 4YCYA 5P7PA 2HM1A 4HZTA 1HVSA 5ER1E 4Y3GA 4Y3DA 4DJOA 2CEMA 5T4SA 3IGBA 3INDA 4NPUA 5P2CA 3QRSA 2R3WA 2PK6A 4Y44A 4ZSMA 3TOFA 3S2OA 5P4UA 4DPFA 4GJCA 5P3QA 1G0VA 5P19A 5P27A 4B72A 3R0YA 4GMIA 4Y58A 3GGVA 5P8UA 2VS2A 2WF0A 5OZ7A 3OQKA 3OOZA 5SZ9A 2VNMA 4Y4XA 1PPLE 4CPWA 1YTGA 2ZJMA 5OYVA 1UH8A 5P0HA 4FLGA 3PHVA 5P2SA 1T6GA 1IZIA 1RV7A 4RCDA 3IXJA 3LZYA 3S45A 1APVE 5AH6A 5P4EA 2VIEA 3SQFA 2WEAA 1DPJA 1W6IA 4Y35A 4DQCA 1C6XA 5P31A 3SABA 2PYNA 4QGIA 2J9JA 5OZCA 5BS4A 6FIVA 5SXNA 1SMEA 2O4PA 1HTRB 5P0DA 3TKGA 1BWAA 5P29A 1F7AA 4J55A 3RSXA 4YBFA 5P30A 5P3WA 4X7IA 3OQDA 2P83A 4I0FA 4GJAA 4D88A 2WEDA 4Y4ZA 4HE9A 4A4QA 1BWBA 3UF3A 3D1YA 3NU5A 1FIVA 5AH7A 2PSVA 3CMSA 1EBWA 3T7QA 4Y3HA 2XFKA 4DQGA 2ER6E 4ZSPA 5P6PA 4ACXA 3EKTA 2I4UA 3K4VA 3KA2A 3QBFA 4Y50A 2ZHTA 5P7CA 3SA9A 5OZSA 2ZJLA 2PC0A 3MSLA 1HXWA 3TPRA 3VV7A 2OAHA 5P1AA 3EKWA 2Q15A 4DQHA 5APRE 1K6CA 1UH9A 4OBKA 1W5VA 5P00A 2FNTA 2OHSA 5P09A 4FL8A 5HU1A 3QP0A 4YCTA 5P47A 3KMXA 3CKRA 4Y3PA 4F75A 5CLMA 2NMZA 5P5QA 3EC0A 2IEOA 4IVSA 4EWOA 5P8QA 2G1SA 3OUCA 3NXNA 5P34A 1PSNA 3EL4A 4J1HA 2NR6A 1HEFE 5P4IA 1Z8CA 1Z1RA 3IN4A 5P6AA 3INHA 2AZ9A 2JE4A 1IZEA 3B7VA 5OZ8A 4ZPGA 1OHRA 3I7EA 5COKA 5P8FA 1PPKE 1MERA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QI0 A;  5P71 A;  3EBZ A;  5P5P A;  2NPH A;  5P0S A;  3GI4 A;  4L7H A;  5P15 A;  3INE A;  5P1V A;  3SA8 A;  5P60 A;  1K2C A;  3JW2 A;  3BUG A;  3SA3 A;  5P7D A;  3QN8 A;  5P28 A;  5P3O A;  4YD6 A;  2J9J B;  5P1C A;  3SA6 A;  1QBR A;  5P7G A;  4I1C A;  4Y4B A;  1J71 A;  4NJV A;  2FMB A;  2QD8 A;  3UDQ A;  2P3C A;  3WZ7 A;  9HVP A;  4D89 A;  4COE A;  4DJV A;  5IVS A;  4Y3Q A;  4DI2 A;  3DK1 A;  1HVJ A;  3PCZ A;  5HDU A;  4I0D A;  2PYM A;  3QRM A;  5OZ3 A;  3Q5H A;  2BPV A;  6UPJ A;  2OHQ A;  3TTP A;  5P2G A;  3ZKN A;  2HPE A;  4YOB A;  3ZL7 A;  4FAF A;  1ZSR A;  1BV7 A;  5OZU A;  1T6E X;  3D1X A;  3L5C A;  1K2B A;  4EQ0 A;  5P61 A;  4I0E A;  4EJ8 A;  5JG1 A;  1LF4 A;  5OZV A;  4ZPF A;  5P2W A;  4FRI A;  5P3G A;  5P79 A;  4F76 A;  5P5M A;  3UDN A;  5P18 A;  2ANL A;  1XL2 A;  1CZI E;  1FB7 A;  2IGY A;  2AVQ A;  4OBH A;  4HDP A;  3VV8 A;  4KE0 A;  1SP5 A;  5DPZ A;  4ZE6 A;  3KT2 A;  3K5D A;  5P1Z A;  3GGA A;  3EKQ A;  5P2A A;  3O9D A;  1ZPA A;  2O4K A;  5P7Q A;  2Z54 A;  3NSH A;  3K5G A;  3VSW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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