5P3CA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 165
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 81
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3cA01
4B05A 4CPXA 5P0QA 3GGAA 3GW5A 4OBFA 4I8WA 2AOHA 5P2EA 5P19A 5P66A 3TOGA 2ER9E 4L7GA 4F74A 4QLHA 4CPQA 4Q1YA 4CPSA 2HPFA 4QJAA 2WHHA 3MSKA 5P75A 2VNMA 2QI6A 5KR2A 5OZIA 3CKRA 1XN3A 5P74A 5P2DA 3RTMA 3FIVA 4Z22A 5P0UA 2QNNA 5P48A 5P1SA 3EKVA 4I0ZA 5P6RA 2P4JA 6FIVA 1EPQE 2UXZA 3VV8A 5P0LA 3N4LA 4LC7A 3BC4A 3L5CA 5P0XA 3EM6A 5AH7A 2QI7A 5OZNA 3CYWA 5OZMA 1EPRE 2QZLA 4Y9WA 1EC2A 4MC2A 3F9QA 5P5NA 5P4RA 5P1EA 4J0ZA 4J0VA 2VJ7A 4M8YA 4J1CA 3TKWA 5P3JA 5SY2A 1CMSA 4Q1NA 1IBQA 3SABA 1BDRA 4GJ5A 1FQ8A 5P5JA 5DR3A 1VIKA 1K6TA 5P7VA 5COPA 3M9FA 4DQHA 4DPFA 1HPOA 1A8KA 1F7AA 3D1XA 2ZHVA 5P6BA 2JXRA 1HVRA 3FKTA 5P3NA 1LYAB 1FFFC 4LL3A 2B8LA 3VF7A 5P5KA 3TNEA 2FGVA 1LYAA 4ACUA 3EL0A 1HPVA 5P4VA 5DR1A 2QNQA 2J9JB 3I2LA 2WF1A 3WZ8A 4JPCA 2VA7A 1LV1A 4GMIA 3KF0A 5P8LA 3INDA 1MERA 4Y43A 3TLHA 4APRE 2G26A 1OD1A 1T7IA 1ZTZA 2AOEA 1SGZA 3O9GA 3VEUA 5P1JA 3D3TA 3S45A 2OHLA 4YHQA 1B6KA 2R8NA 2V12C 4BFDA 5P62A 1W6IA 4U8WA 4RVIA 5P0NA 3EXOA 1TCXA 5P25A 3L58A 2G1RA 2QMDA 2G24A 4RCFA 4B78A 1HRNA 5OZSA 3VV7A 4GJ9A 1SIPA 1EBKC 4GJAA 2PH6A 5P5UA 2CEJA 3EKTA 4LAPA 1XE5A 3TPJA 3UFLA 5OZUA 2AOFA 3HLOA 2BB9A 5P3CA 3T7PA 4Y50A 4EJKA 3GGUA 3PLLA 5P27A 1B11A 4I0HA 1K2CA 5P7YA 3QRSA 5IVTA 2OAHA 1MESA 5P1RA 5P4EA 5P4DA 1TSUA 2BQVA 3QVIA 5P34A 4AUCA 3QBFA 3ZKSA 1AJXA 5P4YA 1E5OE 1MT7A 4NJUA 2F3FA 1K1TA 2H6SA 4DH6A 1LF2A 1FG8C 4FSLA 3K5DA 4Y3DA 5P54A 1IDBA 1EPOE 5P7NA 3Q6YA 1GNOA 1K6PA 3RTHA 1C6YA 3AIDA 5P17A 2PK6A 2MIPA 2QI4A 3FNSA 2XYFA 1WBKA 5P1IA 2PYNA 4RROA 4X7IA 5P01A 2WF0A 1LS5A 4YD5A 2AOIA 2VJ9A 4Y44A 2A4FA 1ZPAA 3TPRA 4EP3A 5OZJA 1T7KA 4FM8A 1LZQA 3ZKIA 4QJ9A 4J1HA 4A6CA 5OZGA 5P0OA 4R91A 4RCDA 3NWXA 3K5FA 5P78A 8HVPA 4Y5PA 3VF5A 5JFPA 4D8CA 1EC1A 2G94A 3I7EA 4F76A 5CLMA 5P06A 3VSXA 2PSGA 3NYGA 2O4KA 4FE6A 5P7FA 5OYTA 2B60A 3UF3A 1WBMA 1UPJA 5T4SA 4ACXA 5P1VA 2HS1A 5P42A 5P0YA 4LBTA 5P0JA 1HEGE 4Q1XA 5P72A 3OADB 2P3DA 5HDVA 1FMBA 3OADA 5KR8A 4I1CA 2ZE1A 3OQFA 5OYRA 4DQEA 2PWCA 5P7AA 4DUSA 3PBZA 5P39A 4WY6A 1HVJA 5P8IA 3UTLA 4DJUA 5P40A 3NLSA 3HAWA 1RPIA 1B6MA 4Y4XA 3U6AA 3S54A 2ZJMA 1SP5A 3KDCA 1C6XA 1ZBGA 2OHQA 4Y53A 1KJGA 3NU5A 1AM5A 5E5JA 4OC6B 1BVEA 3L5DA 3KFRA 3RSXA 7HVPA 3R0YA 5OYXA 4FRJA 4EHCA 3LZSA 5P2JA 5P7PA 5P7TA 5HE5A 3R1GB 4DPIA 1EAGA 5P07A 5P6OA 5OZZA 1AJVA 3NDXA 2I4QA 1KJ4A 4PYVA 4J1IA 4Y4EA 3PWWA 5P6VA 5P7EA 4GIDA 1HVCA 2IL2A 1LF4A 3K1WA 4Y5CA 2Q54A 5IVRA 2ER7E 5P7JA 5P70A 1G6LA 3Q4BA 1ZJ7A 4BFBA 2BPYA 4EQJA 3NDUA 4KE0A 1TCWA 2G27A 5P3RA 5P3QA 3RVIA 5P8SA 2IEOA 2QU2A 4NPTA 4Y5NA 4J17A 4F73A 2QMPA 5P81A 5P8FA 4Y3YA 3CYXA 1HIVA 5P6GA 5P0SA 5OZRA 4GJDA 3NSHA 4RCEA 2ER6E 2R43A 3UDKA 2NMZA 1M4HA 4GJ8A 5ER2E 4CKUA 2I4UA 5P5WA 4Y5MA 5AHAA 2XFJA 4HZTA 5P38A 1A30A 5P1YA 3RTNA 4BEKA 5P5GA 2ZGAA 3SACA 1GVWA 2QMFA 2QI3A 5AH8A 5P5FA 4I12A 1HXWA 3ER5E 5OZKA 5P00A 5P09A 3OUDA 4RRSA 1AZ5A 3Q70A 4K4PA 2CENA 5P2XA 2XFIA 5P8RA 1EPLE 1M43A 3K5GA 2R38A 2Q11A 4Y3SA 3PGIA 2AIDA 1ME6A 5P36A 2F80A 5P6UA 3C9XA 4OBJA 5P77A 5OZ9A 4Y3FA 4DJQA 5P02A 3FNUA 1NPAA 1BXOA 3Q5HA 3EKXA 1BBSA 4IVTA 2AVMA 2OHSA 1IVPA 3NXNA 1EC0A 1HWRA 5P56A 3PEPA 4Y5GA 1K2BA 4QJ7A 5OZ3A 2P83A 4ZSRA 5P35A 5P0VA 2NR6A 1ZSFA 1XE6A 4PZXA 3D1YA 4DQGA 1BV7A 3NU6A 5DPZA 5P1ZA 5P6SA 1NPVA 2BPVA 1RL8A 1CZIE 1RV7A 1W5VA 4ZEAA 5C9DA 5P4HA 1DMPA 2Q63A 2PMAA 4K8SA 5P5SA 2ZJJA 1E80E 5OYUA 1HPSA 5P86A 3O9HA 4HEGA 3T11A 1LEEA 3CMSA 3SA6A 5KQZA 3FX5A 5DR7A 2I4XA 5P4LA 3NDWA 5P3OA 3SO9A 4I0IA 5P05A 1MUIA 4OBGA 4Y3QA 3TH9A 3UQXA 5SXNA 2BKSA 4I0DA 5HDXA 1FMXA 3Q3TA 4Y3PA 4A4QA 5P7BA 2BJUA 3K5CA 1GVXA 2WF3A 5ISJA 3EBZA 1HTGA 4Y57A 4B72A 2P3AA 1BIMA 5P6NA 1HVLA 1GVUA 3DK1A 4J1EA 1SIVA 5P5YA 5P3DA 2I4VA 5P0DA 1B5FB 4EJDA 1K1UA 1AIDA 5P3EA 2RSPA 5DGUA 5P5TA 5I3WA 4D85A 5P8VA 1IZDA 1B5FA 3CKPA 1LF3A 4Y56A 1META 5P3GA 3PRSA 3BXSA 5P7WA 2BKTA 5HTZA 1EPME 3U71A 5COOA 2ZDZA 3BUGA 1FQ6A 5P2ZA 4FCOA 3OTYA 5P0PA 5P3WA 3T6IA 2B7FA 4PHVA 5OZOA 3NU3A 5P5XA 2V16C 2HIZA 2QP8A 4XKXA 5P6XA 1W5WA 1FFIC 3UDJA 4PZWA 4LXKA 5P67A 4NJVA 1E82E 5OZ5A 1W50A 2R9BA 3KFPA 3ECGA 2RKGA 5P63A 5P2NA 5P45A 4DI2A 4ZPFA 3VV6A 5DQCA 3DOXA 4B77A 5P8PA 3O9DA 2FDPA 4I11A 2WEBA 2QI0A 4I10A 4J54A 4YOAA 1D4KA 3ZKXA 3DV5A 2O4NA 5P5ZA 5P5BA 4R92A 2AOJA 3OU3A 5P3KA 2FMBA 5SZ9A 5P3MA 5P46A 4AMTA 1T6GA 3APRE 2QZXA 4HE9A 3ZKGA 2P3BB 1TZSA 3LITA 5P18A 1IVQA 3NWQA 4J1FA 4RLDA 4Z2ZA 4JPEA 2P3BA 5P1KA 1BVGA 4M8XA 4Y5EA 4Y4AA 1HEFE 5DQ1A 5P0HA 5P0ZA 3LPJA 3T7XA 5AHCA 1PPLE 3SA3A 1U8GA 3S8IA 2WEAA 2VS2A 5P65A 3CIDA 2AZ9A 2WEDA 3D1ZA 4YD6A 3DCRA 1MEUA 4FGXA 5P1CA 4DJOA 5P6IA 1HIIA 5P1UA 2AOCA 1QBSA 4Y5AA 5P1BA 3UPJA 4QJ6A 2VNNA 5P7UA 2AZ8A 5OZ2A 3T7QA 3LIZA 3TTPA 6UPJA 4I0JA 2RKFA 4Y47A 1AVFA 3LPIA 2IKOA 4H3JA 4EP2A 1XL5A 3BHEA 3KA2A 4LXMA 5P8DA 3SFCA 3ZL7A 3NDTA 4Y4JA 5P0BA 5OZYA 2FNTA 1RNEA 1Z1RA 1SDVA 5KR1A 1KJHA 4GB2A 2FDDA 2QMGA 2FXEA 3ER3E 5P2UA 5C9BA 5P6PA 5P59A 4LXAA 2RENA 3GI5A 5BRYA 2QNPA 4MC1A 5P3LA 3BVAA 2EWYA 1HSIA 3KDBA 4OD9B 1D4HA 3ZMGA 3URJA 2HM1A 5P5AA 4KUPA 3QIHA 5OZTA 4OD9A 3L5EA 4L7HA 3KYRA 5P2KA 5P60A 5BS4A 1OEWA 2FNSA 1APVE 2OF0A 5F01A 2ER0E 5P4OA 1C6ZA 3VFBA 3PHVA 1N49A 3O9EA 5P33A 5P1WA 4DJRA 1HVHA 2B42A 4CMSA 4D89A 1HSHA 3HD8A 2ZHUA 1HVSA 5P4FA 3O9CA 3ZOVA 3NUOA 5PEPA 5P3FA 4GJ6A 3S43B 4EPJA 5P7MA 1MSNA 3OOTA 2QHCA 3MSLA 3PCZA 2QK5A 3O9LB 5P2BA 4WTUA 3S43A 2Q5KA 3ZKNA 1T6EX 5P1AA 5ISKA 3O9LA 1Q9PA 3NU9A 2Q15A 3WB5A 2VKMA 5P31A 3PBDA 1BV9A 1MT8A 5P6WA 3ST5A 4NJSA 2PQZA 5P8AA 4Y3AA 3HVPA 3DV1A 3KFSA 2IKUA 4QJ2A 3R0WA 3VF3A 5P4ZA 4Y5KA 5E5KA 2VA5A 1ER8E 5APRE 3NXEA 2PYMA 3DCKA 3EKWA 2O4LA 1ZP8A 3KT5A 5IS4A 4NPUA 3OQKA 1QS8A 3OUAA 4B70A 3IAWA 4J5JA 3UQRA 5DR4A 3TKGA 1MSMA 1SGUA 3VFAA 1BILA 4EJLA 5P8NA 1IDAA 5HCOA 1QBRA 3BGBA 5P15A 4Y41A 3RSVA 5P8MA 4YCYA 2ANLA 3IN3A 1YM2A 3L5BA 1FGCC 4Y54A 1HSGA 5P8GA 2Q64A 1D4JA 1IZEA 2P3CA 3INHA 5P12A 2IDWA 5JG1A 2QD7A 5HE7A 1DAZC 1KJ7A 4RYCA 4I0GA 1EPNE 2H6TA 2F3EA 5OYWA 3SA5A 4LHHA 1SBGA 1MRXA 2I0AA 3K4VC 2CEMA 4K4QA 3OHFA 1A94A 4F75A 1FLHA 4BELA 3AUPA 1WKRA 5P26A 5P2MA 2ZJKA 2NNKA 5OZPA 3APPA 2FDEA 3QBHA 4Y3XA 5P04A 5P8UA 4EXGA 3LIXA 1K6VA 3LIQA 5P3AA 5AHBA 3SAAA 2QI1A 1XS7D 3QRMA 5HVPA 4RVXA 1BXQA 5P83A 2AVVA 3OOZA 2HS2A 3UDHA 4YD3A 5HU1A 5P57A 5P16A 4LP9A 4CPUA 5F00A 5HDZA 4J0YA 3SKFA 3EC0A 3S7LA 4B00A 4H3GA 3IVHA 2O40A 1ZAPA 4Y3GA 3R2FA 3SQFA 4GJBA 1MPPA 4ZSPA 5P0WA 3PJ6A 4B0QA 1GNMA 3PSYA 5P0KA 5P4PA 1MTBA 3SA9A 2HC0A 4U7VA 4XX3A 6APRE 4FS4A 5P71A 4FL8A 5P4JA 1FKNA 1LYBB 4Y58A 5P2FA 2V0ZC 2QZWA 4Y51A 4YBIA 1YTHA 4E43A 1LYBA 4FSEA 1PFZA 1ODYA 2ZJIA 5P7GA 1W5YA 2RMPA 4DJYA 3R4BA 1NH0A 5P1QA 2G1SA 5P58A 2I1AA 4HDFA 3PWMA 3EKPA 1G0VA 3UQUA 1D4IA 3VG1A 3VCMA 5P29A 2G1YA 5P5VA 2JYSA 5HDUA 1M0BA 5P6KA 3OUDB 3KMXA 3QN8A 4ZPEA 5P5CA 2AODA 2BPZA 3KFNA 4OBDA 1SMEA 4DJVA 1B6LA 2WEZA 1PSAA 4Y4TA 4FM6A 2AVQA 3JVWA 5P2GA 4Q1WA 5P5DA 3LNKA 5P4BA 3HZCA 5KQXA 4PPHA 1DW6C 1TQFA 1W51A 2ASIA 4ZPGA 3IGBA 5P4NA 2PK5A 2NPHA 2NNPA 4CPWA 4KB9A 4DV9A 4R5NA 5P4CA 3S53A 5P80A 1T7JA 3SM1A 3NUJA 2NTRA 3QS1A 1KJFA 2F3KA 5OZ1A 3NU4A 3GI6A 4FAEA 3LZUA 1NPWA 3LIYA 3IXJA 4D88A 4RGHA 3BUFA 5P4GA 5SY3A 3B7VA 3KT2A 4RZ1A 1DIFA 2HAHA 5P4IA 5P61A 3LZVA 1EEDP 5P8KA 5P88A 3T3CA 2AVOA 3RU1A 1QDMA 4L1AB 5TOLA 4I0EA 3GI0A 5P6YA 4AZYA 4OBKA 1TSQA 4L1AA 1FG6C 3IVIA 5DQ4A 5P84A 3EL4A 3OK9A 2V10C 4YBFA 4Y3WA 5P3VA 4QJ8A 2PC0A 3KM4A 5P24A 1AXAA 2V11C 3UCBA 1ODXA 3KMYA 5I3XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B05 A;  4CPX A;  5P0Q A;  3GGA A;  3GW5 A;  4OBF A;  4I8W A;  2AOH A;  5P2E A;  5P19 A;  5P66 A;  3TOG A;  2ER9 E;  4L7G A;  4F74 A;  4QLH A;  4CPQ A;  4Q1Y A;  4CPS A;  2HPF A;  4QJA A;  2WHH A;  3MSK A;  5P75 A;  2VNM A;  2QI6 A;  5KR2 A;  5OZI A;  3CKR A;  1XN3 A;  5P74 A;  5P2D A;  3RTM A;  3FIV A;  4Z22 A;  5P0U A;  2QNN A;  5P48 A;  5P1S A;  3EKV A;  4I0Z A;  5P6R A;  2P4J A;  6FIV A;  1EPQ E;  2UXZ A;  3VV8 A;  5P0L A;  3N4L A;  4LC7 A;  3BC4 A;  3L5C A;  5P0X A;  3EM6 A;  5AH7 A;  2QI7 A;  5OZN A;  3CYW A;  5OZM A;  1EPR E;  2QZL A;  4Y9W A;  1EC2 A;  4MC2 A;  3F9Q A;  5P5N A;  5P4R A;  5P1E A;  4J0Z A;  4J0V A;  2VJ7 A;  4M8Y A;  4J1C A;  3TKW A;  5P3J A;  5SY2 A;  1CMS A;  4Q1N A;  1IBQ A;  3SAB A;  1BDR A;  4GJ5 A;  1FQ8 A;  5P5J A;  5DR3 A;  1VIK A;  1K6T A;  5P7V A;  5COP A;  3M9F A;  4DQH A;  4DPF A;  1HPO A;  1A8K A;  1F7A A;  3D1X A;  2ZHV A;  5P6B A;  2JXR A;  1HVR A;  3FKT A;  5P3N A;  1LYA B;  1FFF C;  4LL3 A;  2B8L A;  3VF7 A;  5P5K A;  3TNE A;  2FGV A;  1LYA A;  4ACU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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