1SMEA

Plasmepsin ii, a hemoglobin-degrading enzyme from plasmodium falciparum, in complex with pepstatin a
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PLASMEPSIN II
publication title Structure and inhibition of plasmepsin II, a hemoglobin-degrading enzyme from Plasmodium falciparum.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 72
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 1996-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1smeA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1smeA01
5IS4A 4RROA 5P5EA 2OHKA 5P2DA 5P5ZA 5P32A 5P85A 2Q64A 2ER9E 5P65A 5P20A 1ER8E 2BPZA 1SBGA 3OADA 5P5KA 5P55A 5P0CA 5P53A 5IVSA 1EBKC 5COKA 1AM5A 3PBDA 2NXLA 3EXOA 3ZKQA 4DPFA 4QJAA 2V00A 2QI1A 5P5IA 2R9BA 3TPRA 2UXZA 5P4SA 1Z1RA 1IZEA 2ER0E 5AH9A 2IGYA 2RENA 2ZHTA 2XFIA 5C9DA 4J0TA 3TKWA 4DFGA 1LYBA 4DJUA 5P4BA 4Y3XA 2I0AA 2G1YA 5P8MA 1BWAA 5P5TA 5P0JA 4OBKA 3OGQA 5P3YA 5ER1E 1BAIA 4DUSA 3NU9A 5P7BA 3OADB 4RYCA 5P5XA 3LPIA 3WZ6A 3ZKGA 4CKUA 4NJVA 5P0MA 5P8RA 4Y9WA 3EKXA 4QJ9A 3PWWA 3I7EA 5P5YA 4EHCA 5ISKA 1K2CA 3SPKA 5P44A 4J1EA 5P2LA 2IRZA 3KMXA 2P83A 1PSNA 5P67A 3BVBA 1PSAA 2F80A 5AHAA 1B6PA 3NU4A 2OHQA 5P87A 3KT5A 1PPME 5CLMA 4Y54A 1LYBB 2RKGA 1RQ9A 1GVXA 1GNOA 4QJ7A 4ZSPA 5OZ0A 1YM2A 3C9XA 3OHFA 3QRVA 4Y5BA 2VA7A 5P05A 5HE7A 4B1DA 2R3WA 4CPUA 5P22A 2R5PA 4MC6A 2AVMA 2OHTA 1TZSA 5I3YA 5KOQA 3F9QA 1TCWA 3RVIA 3SA8A 1HVLA 4YOAA 2O4LA 1B6MA 3NR6A 4WY1A 1GNNA 4FRSA 5P66A 5P8VA 5HU1A 4B1CA 5P83A 5P2UA 3HLOA 1Q9PA 2Z54A 3CYWA 1ZP8A 5DPZA 1EBWA 5OZAA 5P4MA 4LBTA 2NMYA 5P38A 3PHVA 3S2OA 3SA4A 4YHQA 3VYDA 4K9HA 3APPA 4H3JA 4Y5AA 5COPA 3OQAA 5HU0A 1HXBA 1NPVA 3B80A 4FL8A 4RRSA 5OZ1A 2IDWA 4I11A 1XN2A 4GIDA 5P1MA 1HSHA 5KQXA 1FQ8A 3INDA 5P8OA 3BUGA 2OHUA 4F75A 5P45A 5I3WA 1UPJA 1AJVA 1PROA 2QNPA 1M0BA 2AOJA 5P7QA 3GI5A 3UDNA 4XXSA 2AVVA 2HB2A 2V10C 5HE4A 5P0UA 5P7XA 1AAQA 5P09A 5AH6A 1T7IA 5P5AA 5OYVA 2RMPA 5HDZA 2H6SA 4L6BA 1HHPA 5P7AA 4I0HA 3AUPA 5P75A 5P6FA 5P4KA 2WHHA 2G27A 4BFDA 3LIQA 3ZPTA 5P3PA 2QU3A 1IZIA 3NSHA 5P8PA 1YTIA 3ZLQA 3QRSA 1HIVA 2OAHA 1IBQA 3O9EA 3EKTA 4ZLSA 1EBYA 2ZJMA 5AHBA 2Q5KA 5E5KA 4FIVA 2I0DA 3ZMGA 5P1QA 1BXQA 1HVRA 5P0LA 5PEPA 4Y4ZA 1C6XA 3BGCA 4Y3QA 5IVQA 2VJ7A 4YD6A 3KF0A 5P78A 5P0NA 3OUDA 3URIA 2P3CA 2IS0A 4Y4TA 1UH9A 4GJDA 2G1NA 1ZBGA 5P8SA 5OYXA 5OYWA 4EJDA 3U71A 3QVIA 3DUYA 3PI5A 1EPLE 1EC2A 4FLGA 5P0XA 3TPLA 5P1EA 5P0GA 1SMRA 3G70A 4J0VA 4ZEAA 5P01A 1WKRA 1OEWA 5P88A 1T7JA 3FKTA 2B7ZA 5P14A 5P1GA 2ZHVA 3SAAA 3UF3A 4TRWA 3QBHA 3JVWA 3WZ7A 3FIVA 5P49A 4J5JA 2IENA 4RVXA 2APRA 4RCEA 1HTFA 4U7QA 3DV1A 2WF0A 2WEZA 1SGUA 4Q1XA 1A8GA 3KFRA 3INHA 1KJ7A 4EJKA 2ANLA 4EJ8A 4FRKA 5P1YA 3OUDB 5P10A 5P7WA 2ZHUA 1ZAPA 3VFAA 5P4OA 3ER3E 4XX4A 3U6AA 5OZYA 4DJYA 2HPFA 5P3GA 4CPWA 3QS1A 3VEUA 1HBVA 5P3XA 4DQFA 5P51A 1FQ4A 3LZSA 5HDXA 4Y38A 5JFUA 4D89A 2I4QA 1ZSRA 5OZ8A 1FF0C 4DQHA 5P6AA 1FQ5A 2AZCA 1UH7A 4FM6A 1SMEA 1IDAA 4Y43A 3GGUA 4HLAA 4RRNA 4GJ5A 4Y50A 1LEEA 5P4YA 5P7ZA 4Y51A 5KR8A 4R95A 3D3TA 1LZQA 5P6IA 5P7MA 4Y53A 3NXNA 3RU1A 1A8KA 5P7NA 2ZE1A 1TSQA 3TTPA 3OXWA 5HVPA 5P4FA 1XS7D 4EYRA 4KE0A 3UQWA 5AH8A 3SA7A 5DQ4A 5JFPA 5OYRA 5P2YA 1LF4A 5SXNA 5OZSA 3WSJA 2G1RA 1IIQA 5P3UA 3KA2A 2WF3A 3L5CA 3R1GB 4Z50A 3DK1A 4NKKA 5OZBA 3PJ6A 5OYQA 2AVOA 1HVIA 2PSGA 4RCDA 1GVTA 5P04A 1EPME 4A6BA 4GJBA 4OBZB 1BILA 3PBZA 2Q63A 5P4LA 5B18A 3UQRA 1HSGA 5P33A 3NDUA 2P8HA 3K5FA 5P5FA 5P16A 4Y3YA 3ER5E 5AGZA 1UH8A 2I4WA 4Y4EA 4UPJA 1LYWB 2WF4A 5P0PA 4R93A 5P1VA 5OYTA 3UDYA 3OQ7A 2HAHA 4F74A 3LIZA 2ER6E 3KM4A 2FGVA 2QMDA 4CPXA 2A1EA 5DQ1A 3HW1A 4B1EA 4TVGA 1DPJA 3EM3A 1NPWA 1XDHA 1LYAA 5P4VA 4FSEA 1HPVA 5OZ5A 7UPJA 5BRYA 5P2ZA 4ACXA 5P61A 2CENA 3U7SA 2WECA 2O4KA 5P26A 2G26A 1XE6A 5P3QA 3HVPA 3TKGA 5P86A 4DQCA 1DW6C 3QI1A 5P5CA 3RTNA 4Y39A 4Y4UA 3QPJA 3IXJA 4Y4JA 3UDJA 2VKMA 5P1JA 5P7DA 2WEAA 3NUJA 1K2BA 3LITA 5P5UA 5P73A 4GJCA 5P03A 1ZTZA 4DJPA 1SP5A 1B6JA 4H3FA 3URLA 5JG1A 3FNTA 4GJAA 4H3IA 1HEGE 1D4JA 4YD5A 2O4SA 3SO9A 5P11A 2QZWA 4I8WA 4KUPA 1HPXA 3PSGA 1M4HA 5P4WA 3VV8A 2H6TA 5P7CA 1LYAB 2FLEA 2JXRA 3SLZA 3HDKA 1MRWA 3PSYA 2FIVA 4N00A 2FDPA 3EKWA 3LNKA 1XE5A 2FXDA 5P0FA 5P35A 3PRSA 3VF3A 5P0EA 4I0ZA 3IVIA 1KJHA 2G21A 2VS2A 1HVKA 5P82A 1ME6A 3ZKXA 4FM7A 3G6ZA 5P4HA 4DJRA 1MEUA 3ZPSA 5COOA 4E43A 1YTHA 3CICA 4TRZA 3K5GA 4J54A 3PI0A 5P2RA 4RGHA 4Y4BA 4Y35A 5P0VA 5P4NA 4IVTA 3VUCA 3KFPA 5P0HA 3SA9A 1ODXA 1IZHA 4LXMA 3PLLA 5KR0A 3ZOVA 2HB4A 5P40A 4Y3GA 5P3WA 4Y3DA 3QP0A 5OZWA 3BC4A 1MPPA 5OZJA 1RNEA 1MTRA 4Y5MA 5P6PA 3RTMA 3NU3A 2ZGAA 3LZYA 5P7OA 4Y3JA 2OHPA 3OK9A 5P5BA 1KJGA 1WBKA 4Y45A 3DJKA 4LC7A 5C9FA 5P6WA 6APRE 1HWRA 2QMGA 3D1ZA 4RVIA 2QMFA 2VIZA 2ZHRA 3EL9A 1AZ5A 5P3FA 3TH9A 3VG1A 3FV3A 3IXOA 1EPPE 2ZJNA 4GZFA 2Q3KA 5P6ZA 4LP9A 5P4QA 3UDHA 5P34A 5P2GA 4NJTA 3SABA 2F81A 2FGUA 5P2JA 2UY0A 3UTLA 2ZJIA 5P8CA 3L5FA 4GB2A 3NWXA 5OYYA 1BBSA 3KDCA 5P3BA 5P5DA 1FQ6A 4APRE 3I6OA 3UCBA 1B5FB 1HVCA 3RSXA 2CEMA 1MRXA 3OOZA 1OHRA 1EC3A 5P0IA 5P4IA 2BPXA 5E5JA 2OHNA 4I0FA 5OZHA 5P02A 3S45A 4PEPA 1TQFA 3CYXA 2AODA 1BIMA 3S85A 5P2TA 3R2FA 5P2MA 4HVPA 3S54A 5P5WA 5P7EA 2AZ9A 2R43A 4Y3AA 3IVHA 4Y4GA 5ER2E 5P0OA 4Y4AA 2IL2A 4Y48A 1HTRB 1HOSA 4QJ2A 1HSIA 5SZ9A 4APEA 3BVAA 3TL9A 2JE4A 2OHRA 1C6YA 4LHHA 1K6TA 4YE3A 5P17A 1EC1A 5P29A 4GJ9A 5OZQA 5P30A 1MT7A 3EL5A 4Y41A 3FSMA 4YCYA 4XKXA 2PC0A 3T7XA 4EPJA 2NTRA 5P6MA 1CMSA 5P24A 4GMIA 4Y3EA 3VSWA 5P5QA 2G94A 5OZUA 4DH6A 3Q6YA 4K8SA 1LF2A 4OC6A 1ENTE 5P6OA 3MXEA 5P06A 3O9DA 3RSVA 3K1WA 2AOHA 3VCMA 1B11A 1EPQE 2JJJA 4Y5CA 3OAGA 5P15A 2BBBA 3S8IA 4FRIA 5BWYA 1B6KA 5P8HA 4I0JA 2VJ9A 5P2EA 3O9LA 5P0KA 1ODYA 2OHSA 3FNUA 3SACA 1MVPA 5I3XA 5P52A 4Y37A 4HZTA 1FG8C 3O9FA 1FGCC 2O4PA 3GI4A 1FLHA 1MERA 5HE5A 5P42A 1MT9A 5P1OA 3NDTA 5P08A 5P4AA 3QROA 5P47A 5P68A 2AVSA 1APTE 2VA6A 2WF2A 4Y3RA 2AQUA 4H1EA 3S7LA 4QGIA 5P60A 1OD1A 3UHLA 3VF5A 4OC6B 1AJXA 3IN3A 2ZJKA 4Q1NA 4Y44A 4K4RA 3BHEA 1HVHA 4GYEA 5OZMA 3SA6A 3OAGB 5UPJA 1DIFA 1XL5A 3OUBA 2G1SA 4B78A 1HPOA 3R0YA 5P6YA 3T11A 1HVSA 1BVGA 2NNKA 3ST5A 4B00A 3O9LB 1AIDA 1W5VA 2QD8A 2NPHA 1D4LA 4AUCA 3EKQA 3LPJA 1FFFC 3DV5A 4DJWA 3H0BA 1MIQA 3PSUA 5P37A 2HS2A 3OXCA 3INEA 2PWRA 1LV1A 5P81A 3PVKA 2BJUA 3JVYA 5P0YA 3EKYA 3EKPA 5P89A 4EP2A 5P7RA 3OUCA 4X2LA 1HIHA 5P3OA 2PWCA 3OQFA 5P4PA 3OHHA 5DQ2A 1HRNA 2FS4A 5P5RA 5P72A 5P1KA 3URJA 5P57A 1VIKA 4J1CA 3QVCA 1EEDP 5P28A 3BUHA 2VIEA 5P58A 5P56A 1RPIA 5AH7A 3GI0A 5DR0A 3NU6A 1W5XA 1E81E 4YBFA 2QHZA 3LIVA 5P54A 1DP5A 5KOSA 5P31A 2QZLA 4EQJA 5FIVA 4OD9A 4B70A 3S7MA 3NYGA 5P2AA 4GJ6A 3RTHA 3T3CA 5P5NA 4PYVA 5OYSA 3KFNA 2AOCA 4Y3HA 1FMXA 3EMYA 2P3AA 1BVEA 5P7UA 4Y3MA 2AZBA 3DM6A 5P7TA 3DOXA 3GW5A 4YCKA 2ZYEA 5CONA 5P6BA 2PYNA 3HBOA 1N49A 4CPTA 3PMYA 2WJOA 2QI4A 3CKRA 4Y4WA 5P25A 3L58A 5P7LA 3BGBA 5P3EA 3TOFA 3WB4A 2PK5A 4J0ZA 4DVFA 4OBZA 5P0BA 4I0GA 1D4SA 3B7VA 5P5HA 4Y3WA 5P8IA 3G72A 3WZ8A 1TCXA 1QBRA 3NUOA 5I3VA 4DQBA 3APRE 2BPVA 3CKTA 3SFCA 4JECA 3K5CA 4R92A 5P6GA 4CPSA 3MSLA 1LYWA 4PZXA 2F3KA 3O9CA 5P1PA 3MWSA 4OD9B 5OYUA 4DQEA 5OZGA 2QD7A 4U7VA 1W6IA 5DR8A 5P8LA 3HZCA 3T7PA 3L5BA 3Q4BA 4DJQA 5P2SA 4ER4E 5OZDA 4DQGA 5P6TA 2HC0A 1SIVA 2QHYA 2R38A 5P6UA 3H5BA 1WBMA 5OZIA 1YM4A 2P3DA 1K6PA 3INFA 2IKOA 2RKFA 2Z4OA 3O9GA 2AOFA 2FMBA 3VLAA 1QBSA 5OZZA 1SH9A 3UQPA 2B8VA 4A4QA 2I4DA 3OWNA 2UPJA 5P07A 2HB3A 5J25A 1G2KA 4J1KA 2NMZA 1YT9A 3I25A 2G1OA 1FB7A 3PEPA 5P1RA 2IEOA 5ENMA 4D83A 2QNNA 5P0WA 5P0SA 5OZLA 1XN3A 2V13A 5P6DA 4M8XA 5P2WA 4AMTA 3GGVA 5P1ZA 2JJIA 4IVSA 4M8YA 3HD8A 5I70A 5ENKA 5P3DA 4LAPA 5P6VA 4L7JA 5P0QA 4EQ0A 5P3JA 3I8WA 5P4EA 3AIDA 5OZXA 4R91A 5P84A 4OBJA 1EPNE 5P6NA 2FNTA 5EZZA 2FXEA 4Y36A 1BDQA 2IQGA 5P2BA 3QIHA 5P6LA 4ZE6A 2PH8A 4Y4DA 3TPPA 5P6XA 3D20A 1HPSA 3NDXA 3PWMA 4J0PA 5P3MA 3SM1A 5OZ9A 3UFNA 5OZOA 3SA3A 5OZRA 5P0TA 2BKTA 5SY2A 5P62A 3O9HA 3Q5HA 3VYEA 5KQZA 2QCIA 2WF1A 4EWOA 4XX3A 1HXWA 1Z1HA 3NWQA 3M9FA 1C6ZA 4HEGA 5P2IA 4B72A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5IS4 A;  4RRO A;  5P5E A;  2OHK A;  5P2D A;  5P5Z A;  5P32 A;  5P85 A;  2Q64 A;  2ER9 E;  5P65 A;  5P20 A;  1ER8 E;  2BPZ A;  1SBG A;  3OAD A;  5P5K A;  5P55 A;  5P0C A;  5P53 A;  5IVS A;  1EBK C;  5COK A;  1AM5 A;  3PBD A;  2NXL A;  3EXO A;  3ZKQ A;  4DPF A;  4QJA A;  2V00 A;  2QI1 A;  5P5I A;  2R9B A;  3TPR A;  2UXZ A;  5P4S A;  1Z1R A;  1IZE A;  2ER0 E;  5AH9 A;  2IGY A;  2REN A;  2ZHT A;  2XFI A;  5C9D A;  4J0T A;  3TKW A;  4DFG A;  1LYB A;  4DJU A;  5P4B A;  4Y3X A;  2I0A A;  2G1Y A;  5P8M A;  1BWA A;  5P5T A;  5P0J A;  4OBK A;  3OGQ A;  5P3Y A;  5ER1 E;  1BAI A;  4DUS A;  3NU9 A;  5P7B A;  3OAD B;  4RYC A;  5P5X A;  3LPI A;  3WZ6 A;  3ZKG A;  4CKU A;  4NJV A;  5P0M A;  5P8R A;  4Y9W A;  3EKX A;  4QJ9 A;  3PWW A;  3I7E A;  5P5Y A;  4EHC A;  5ISK A;  1K2C A;  3SPK A;  5P44 A;  4J1E A;  5P2L A;  2IRZ A;  3KMX A;  2P83 A;  1PSN A;  5P67 A;  3BVB A;  1PSA A;  2F80 A;  5AHA A;  1B6P A;  3NU4 A;  2OHQ A;  5P87 A;  3KT5 A;  1PPM E;  5CLM A;  4Y54 A;  1LYB B;  2RKG A;  1RQ9 A;  1GVX A;  1GNO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1ZSF A;  4MC1 A;  3O9A A;  4Y57 A;  4AZY A;  3WB5 A;  3A2O A;  1MT8 A;  3TOH A;  4NPU A;  4ZSR A;  5P1C A;  4L7H A;  2NXD A;  3TPJ A;  5P4G A;  3ZPU A;  4L7G A;  1D4I A;  3K4V C;  2WEB A;  4L1A A;  4BFB A;  3L5E A;  5P5S A;  3N3I A;  5OZN A;  5P1F A;  2P4J A;  5EZX A;  5P76 A;  3PMU A;  4S1G A;  1HII A;  5P43 A;  3DCK A;  3EM6 A;  3FNS A;  3I2L A;  4Y3P A;  1BV7 A;  1HVJ A;  3HAU A;  4GJ7 A;  2VIJ A;  4I8Z A;  3KDD A;  1K1U A;  2R3T A;  4R5N A;  4YA8 A;  4OBD A;  4Y3S A;  3EC0 A;  2FDD A;  2V12 C;  2AOE A;  3KT2 A;  4WTU A;  4Y3L A;  5KQY A;  5IVT A;  3VV6 A;  6UPJ A;  4QLH A;  3KYR A;  3L38 A;  4A6C A;  5DR7 A;  5DGW A;  2PYM A;  4JP9 A;  5P5P A;  4J17 A;  3PCW A;  3LHG A;  4LXA A;  4J55 A;  4L1A B;  4RCF A;  2FNS A;  5P3V A;  5P3L A;  5P8N A;  1CZI E;  3QN8 A;  3UQU A;  2B7F A;  1GNM A;  4Y3F A;  3OU4 A;  1GVV A;  1SDU A;  5DR3 A;  3QBF A;  4Y5K A;  5P8F A;  2B42 A;  1PPL E;  1LF3 A;  2OHM A;  3CIB A;  5P8D A;  5P59 A;  1YTJ A;  4YOB A;  1EPO E;  4Y5L A;  1W6H A;  1ZPK A;  5P18 A;  4Y3Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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