3OOZA

Bace1 in complex with the aminohydantoin compound 102
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
386
structure length
368
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and Synthesis of Aminohydantoins as Potent and Selective Human beta-Secretase (BACE1) Inhibitors with Enhanced Brain Permeability
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 368
sequence length 386
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oozA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oozA02
5P35A 1IDBA 2F3KA 5P5HA 7UPJA 4PZXA 5P0KA 3R0YA 3ZKGA 3K4VC 2ZHSA 1HTFA 4HEGA 5P3CA 4AZYA 4B78A 1YX9A 3SA8A 4Y4AA 3H5BA 5DR1A 5P00A 3DK1A 5OZ1A 4Y43A 1BWBA 5DGWA 4MC1A 1FG8C 1C6XA 5P4BA 4DFGA 5P4XA 3UDJA 1A94A 3K5FA 3SAAA 5OYWA 4Y38A 5P37A 5P5QA 2AOJA 4ZPEA 5OZXA 2QU3A 3K5CA 4ZPFA 2G24A 5DPZA 3NUJA 4Y56A 3PWWA 1AIDA 1HVCA 3NDTA 2NR6A 4RRSA 1EBYA 2IENA 5I3XA 5SXNA 2OHQA 4Y58A 3O9BA 1LF3A 2I0DA 5OZSA 1EEDP 5P4DA 2JE4A 4H3IA 2HS1A 5P4OA 5OZ5A 5OYYA 5P7MA 5HE4A 2PMAA 5P3EA 4U7QA 1YG9A 3CMSA 2WHHA 4EJDA 1MSMA 4A6BA 3PSGA 1LF2A 2FMBA 3EKYA 2O40A 2BPWA 5P6XA 1IZEA 3ZPTA 5OYQA 5P6YA 4RZ1A 1SH9A 4JECA 2ZHTA 2P3CA 1BXOA 1HBVA 3VEUA 1A30A 5P3BA 5P7NA 1BXQA 3INDA 1HXWA 1EC1A 2VA7A 1ER8E 3UCBA 4EP3A 2WF0A 5P5SA 3OQKA 4ZEAA 3LZUA 3NWXA 3KMYA 5OZWA 3S45A 2QI7A 3T6IA 4FM6A 5P10A 4Y4BA 5P1LA 2WEDA 3C9XA 5P2TA 2HC0A 4RCEA 5P7KA 3LIXA 1HPXA 3HD8A 5P1WA 5AGZA 5BS4A 2IL2A 2Q54A 3JVYA 4GJAA 1EC3A 4J0ZA 5P7AA 5P0IA 4I0EA 3L5FA 5ENMA 2B8LA 4DJPA 1YTGA 2OHRA 4Z4XA 1XE6A 5P2OA 4RVJA 4FRIA 1Z1HA 4Y4UA 2I4QA 5P3WA 1HVRA 2IS0A 4D8CA 5BWYA 3RVIA 5P0PA 4GB2A 2BPXA 5OZRA 2V0ZC 1FQ5A 5P2VA 2AODA 5KOQA 2OHTA 3OGQA 5DQCA 5OZGA 5P53A 4N00A 1FB7A 2ANLA 1MT7A 1BV7A 2O4KA 3QROA 5P2AA 4D89A 4I0GA 5OZLA 5P46A 3TPPA 3QBFA 3S43A 2QNPA 5P8VA 4L1AB 5DQ2A 3TOFA 2WKZA 2PWRA 4I0IA 4LL3A 5P4HA 2V11C 2B7ZA 4FRSA 2Q55A 3URLA 4LXKA 5T4SA 4I11A 4Y35A 4Y4JA 3D1ZA 3L3AA 5DQ4A 5CLMA 5HVPA 5HD0A 5OZZA 1MTRA 1UPJA 2AVVA 2QZKA 4AUCA 4H3JA 1FG6C 1PROA 4GJCA 4K4QA 4K4RA 5P86A 1EC0A 1D4YA 2QAKA 4R91A 3VLBA 1FMUA 2EWYA 1KJHA 4CKUA 3OUDB 4Y5KA 1PFZA 2B42A 2V12C 5HU1A 2G1OA 5DQ5A 2FGUA 5P50A 3BGBA 1B6MA 5P8MA 4R8YA 1UH8A 5P6OA 4LXMA 4HDBA 2NXMA 4I1CA 2G21A 1Q9PA 3RSVA 2OHNA 1FF0C 1F34A 5P72A 4ER2E 5P01A 3ZLQA 1LYWA 2ASIA 2OHLA 5E5KA 3EBZA 5P68A 3K5GA 5P3LA 2Q15A 1W5VA 3L5BA 5P7BA 4DQGA 5P58A 4TRWA 3OHHA 4Y3MA 3KFNA 5P1SA 5P5XA 5P1KA 3VF5A 5HDUA 2B7FA 4I0DA 5P6NA 5P1BA 5P4FA 4Y3WA 1FQ4A 3URIA 2QNQA 2CENA 4OBJA 4CPXA 4FM7A 4Y4WA 4LAPA 4KE1A 4Y3LA 2HS2A 5ER2E 2J9JB 5EZZA 3B7VA 2A4FA 2Q64A 5UPJA 1D4KA 2XYFA 3IN3A 4FAFA 1M43A 5P74A 1NPAA 4DPIA 4A4QA 2AQUA 5P8FA 2FNTA 4YD5A 1E82E 1M4HA 3VF7A 2ER0E 3G70A 5P61A 3SA3A 3QIHA 4Y3XA 5DR0A 4ZSQA 1LZQA 2FGVA 5HE7A 4GMIA 4B1EA 2PSVA 3I2LA 4J1IA 1SMRA 3PBZA 5P19A 5KAOA 4DI2A 5P0UA 4HVPA 1CMSA 4H3FA 3OUCA 3HLOA 5OZCA 4I0FA 1BV9A 4J1EA 4DQHA 2I4WA 3HVGA 4EWOA 4Y4DA 3BUFA 5P3NA 3BHEA 2WEZA 3JW2A 3KFRA 2RKFA 4CPRA 2HB3A 4Y3SA 5P55A 1HVJA 5KR0A 1DMPA 5DR4A 4Y41A 5P70A 2R43A 3DV5A 3FSMA 5P2DA 5P7IA 4KB9A 1ZPKA 5J25A 4U8WA 5P57A 1K2BA 4OC6A 5P4AA 5P6MA 1FLHA 1GNOA 1ZTZA 2F3EA 2ZJMA 3HVPA 3QBHA 3OUBA 3OQDA 5P63A 2VJ6A 4CMSA 2HPEA 2AZ9A 2SAMA 3UFNA 4ZPGA 1EPME 3WSJA 1EPRE 4R5NA 5OZ0A 3DJKA 2AOHA 3OAGB 5P34A 5P6AA 3VLAA 1LYBB 5P5OA 5P8GA 2QMFA 3GI4A 3OXWA 3AUPA 2VNMA 1A8KA 2BKSA 1EPPE 2ZHRA 5P2FA 5P7UA 5F01A 2UXZA 2AZBA 2AZCA 5P0DA 3OHFA 5P66A 4YOBA 4J0TA 4RRNA 2JXRA 1T7KA 4L7JA 4PZWA 2FDEA 1HSHA 4IVTA 5KQFA 4NJSA 5KR8A 3G72A 3GGUA 3QPJA 1IIQA 5P5EA 1EBKC 3Q4BA 2OHPA 4EP2A 3U7SA 5P5UA 4FRKA 3FV3A 3Q5HA 3GI5A 5P16A 5P2UA 2IKOA 3EC0A 3BXSA 4AA8A 1SIPA 4QJ6A 1HEGE 1XN3A 2NPHA 1D4HA 4Y9WA 5HCOA 3TPJA 5P67A 5P4QA 3O9LB 4L7HA 5P5CA 5P84A 5P0HA 5P5LA 1BVGA 1HRNA 2HB4A 5P4NA 3NWQA 5P33A 3UQRA 3Q3TA 4TVGA 1SDTA 2G26A 2V00A 3OU4B 4J17A 1MUIA 1GNNA 5ER1E 5KQXA 3R4BA 1E81E 5P31A 4Y5AA 5P8AA 5P5IA 5P8OA 3UDNA 1LYAB 1HPOA 2QI0A 5OZ3A 5C9FA 4GJ9A 3VSXA 2QHYA 4Y4XA 5P1YA 3SA9A 2NNPA 2FXDA 3VFBA 5P0BA 2BPZA 5AH9A 3LZYA 4HDFA 2QMGA 2BB9A 3WB5A 2A1EA 3KMXA 2G1NA 2ER9E 2QMDA 4XKXA 1APTE 3EL5A 4XX4A 5P36A 1SGZA 1IVPA 2WF3A 4Y53A 3GGVA 5P7SA 2AVOA 3R0WA 1IZHA 3SA4A 2WL0A 5P2MA 5P2IA 2P3BB 2PSGA 2F3FA 3OUAA 1XN2A 1ODYA 4FSLA 3RTHA 4DJYA 3UHLA 3BGCA 5IE1A 4GJ5A 3UQXA 3ZOVA 5P6ZA 5P7JA 4Y4EA 1WBMA 3D1YA 1PPME 3L38A 4H3GA 5P3HA 2IQGA 3FNUA 4DPFA 5P26A 5F00A 3OU1A 4DH6A 5P60A 3NDUA 4Y47A 3LPIA 3UDYA 3RTNA 5P29A 5P0SA 1EPNE 1FFIC 4YBFA 5P1CA 1C70A 3ZMGA 5P1OA 5P2RA 4Y4GA 3BRAA 5P1TA 2R38A 3CICA 2O4LA 4DJRA 1SDUA 5P0RA 3VUCA 5P44A 5P4SA 2I1AA 5OZJA 2F8GA 1HTGA 2VS2A 1HTEA 1QDMA 2G1RA 2BQVA 4FRJA 4Y4TA 4RGHA 3UDKA 5P3MA 3DV1A 3INEA 3SFCA 5P03A 3ZKXA 1RL8A 1ZBGA 4Y5MA 4B00A 5OZNA 3OOZA 3O9DA 5OYUA 3PWRA 3GI0A 5P71A 1W50A 1T7IA 3NU4A 4AA9A 4CPUA 5P8UA 2JYSA 1TSQA 5P04A 5P5GA 2O4NA 5COPA 4RROA 4J0YA 2Q11A 2RSPA 3FNSA 3O99A 3TTPA 4F73A 1EPOE 4K8SA 3S56A 1ZAPA 5P2EA 1KJ7A 5OYSA 1GNMA 2VNNA 3NDWA 2Q3KA 2OHSA 2XFJA 5P6DA 5P5BA 1AZ5A 1B11A 2APRA 5P8TA 4B1CA 3Q70A 4Y3ZA 5HTZA 1PSOE 1YM4A 5P7TA 1BILA 1DW6C 4FIVA 4D88A 4DVFA 1HEFE 2FIVA 4ACUA 3LITA 5P1MA 2VIEA 1HSIA 1XE5A 2OAHA 1BBSA 5P4PA 2G22A 1FGCC 4Y3PA 4H1EA 1DIFA 5P3AA 5P47A 4ER4E 2OHUA 3IXOA 1B5FB 3UDRA 4OBDA 5P76A 4ACXA 1OEXA 1LYWB 5ENKA 3TPLA 1JLDA 2AOFA 5P4YA 1ENTE 5C9DA 4Y5CA 2XFKA 3NUOA 3IN4A 4FCOA 5P5PA 5P6PA 1SMEA 4NKKA 4OD9A 1QBSA 5P2SA 5CONA 5OZMA 5OZ6A 1HVKA 3CKPA 3K1WA 4TVHA 2VIJA 4I8ZA 1D4JA 2QMPA 5OYXA 2IGYA 4KE0A 4FGXA 4HZTA 3D3TA 1ZPAA 5P7CA 3LNKA 2AIDA 3CKTA 3NU3A 2UPJA 2G1YA 5P2GA 3EL0A 2MIPA 5P1PA 5P25A 4Y3AA 3N4LA 5KR2A 5AH8A 4Y5PA 3VCMA 4LXAA 5I3VA 5P62A 3TH9A 3T7QA 4JOOA 3OADB 1W51A 1K6TA 3IA9A 3M9FA 2VIYA 3TKWA 1W6HA 3SPKA 4EJ8A 4Q1YA 4WY1A 2P3DA 5P2KA 5P38A 5P6TA 4M8XA 1MT8A 5OYRA 4RCFA 5P1RA 5P05A 1PSAA 3OXCA 3WZ7A 5P27A 1MERA 4YD6A 5IVRA 4NJUA 2Q5KA 1W6IA 2PH8A 4OC6B 1OD1A 3INFA 1IZDA 2XFIA 2R3TA 5P4LA 5P5NA 5P6UA 3FKTA 7HVPA 3ZPSA 3S7LA 4EXHA 3H0BA 5P0XA 3RU1A 3ZKIA 3EL9A 5P4GA 3VV6A 5P7ZA 1MEUA 4EYRA 4MC9A 5P41A 3PWMA 5KQYA 3PB5A 4FLGA 5AHBA 4TRZA 3O9EA 4GYEA 5HDZA 2AVQA 4J1HA 2FDPA 4QJ2A 1HIVA 4Q1NA 5P54A 5P2HA 4Y5GA 4B0QA 3VV8A 5TOLA 3GW5A 1VIKA 4D83A 3UTLA 3I8WA 2BKTA 3NU9A 5P73A 3NU5A 5P8HA 5PEPA 4OBHA 4OBFA 5P7WA 4GJ6A 5P89A 4TRYA 3RTMA 5P52A 1QBUA 5HU0A 3TOHA 2ZGAA 2IKUA 3PI5A 4F75A 1OEWA 1T7JA 2ER6E 3S8IA 2PSUA 3L58A 1LF4A 5P8IA 2I4VA 3KM4A 5OZ2A 3VG1A 5AHCA 1BDQA 5P0CA 3OOTA 3O9AA 2RKGA 3PLLA 3PCWA 4HLAA 5P56A 1RQ9A 1EAGA 4HA5A 3UDMA 3ZKSA 3O9FA 5P1IA 4F74A 4Y57A 5P7GA 5P1FA 3SLZA 4X2LA 3PHVA 1UH9A 4YHQA 4HE9A 4Y50A 5I3YA 4NPUA 5OYTA 5OZ7A 3UFLA 4XX3A 3AIDA 4Y4ZA 5P5MA 1QRPE 5BRYA 5P4EA 3UQUA 2PYMA 5P6RA 1YT9A 1TQFA 5IVSA 5OZQA 5P6QA 1AAQA 5P4MA 2QU2A 5P32A 5P3TA 2NXDA 1SP5A 4EHCA 3VYFA 6FIVA 2OF0A 3PI0A 3TL9A 3IVHA 2AOEA 4YD3A 5P81A 3INHA 2VIZA 1QBRA 4QGIA 5P59A 5P5FA 2PC0A 3DOXA 3ZKMA 4K9HA 5P6CA 2FS4A 4B70A 1FFFC 3EM4A 2FNSA 1TZSA 4GJ7A 5DQ1A 5P3DA 3VF3A 3N3IA 2FLEA 5P2QA 4Y48A 1GKTA 4XXSA 3NXNA 4YD7A 2PWCA 1FKNA 3CYWA 2PK5A 1YTIA 4Y3DA 3VYDA 5P7YA 3T7PA 4I0ZA 1WKRA 3DM6A 2BPVA 3HW1A 4QLHA 2P8HA 1MIQA 4Y51A 3OQFA 5P0ZA 3IGBA 4DUSA 1M0BA 1GVXA 3SM1A 2I4UA 3BXRA 4YCYA 1XS7D 5P0AA 5HE5A 2ZJJA 5P17A 3L59A 4GJDA 5P1QA 3KT2A 2QK5A 4APEA 3OU1B 1K2CA 2R5PA 2I4XA 5OZPA 2VA6A 2J9JA 2VJ9A 4J0PA 3HAUA 2Z4OA 2WECA 4DJOA 2V13A 4PPHA 5P6HA 5IVTA 4L7GA 1ZSFA 5IS4A 5P3RA 5P12A 5P08A 3NYGA 3QAAA 1G6LA 1K1TA 1T6GA 5P2NA 3PM4A 4EJLA 9HVPA 2JJIA 2F81A 3EMYA 3I25A 5P8PA 5P22A 1PSNA 3EL4A 4Y6MA 3ZKQA 1F7AA 5P0YA 5P8QA 5I70A 4Y5BA 3PMUA 5OZKA 3SA5A 3BUGA 2AOGA 2XYEA 3OY4A 1BVEA 3EL1A 5P51A 4YA8A 1K1UA 4DV9A 5P1DA 3EKTA 4PYVA 1PPKE 3TNEA 2H6TA 2B8VA 3HZCA 5P2JA 4I10A 3LPJA 3PSUA 1HHPA 3KFPA 4RYCA 2HAHA 4Y3NA 1QBTA 2QI3A 4GJ8A 3CYXA 1HVIA 5P64A 5P18A 5P6IA 1FMBA 3RSXA 2QI5A 4COEA 3BC4A 3PLDA 1MTBA 3I7EA 3LIZA 5P4ZA 3ECGA 5P5JA 1BWAA 1KJ4A 3LZSA 2ZJIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P35 A;  1IDB A;  2F3K A;  5P5H A;  7UPJ A;  4PZX A;  5P0K A;  3R0Y A;  3ZKG A;  3K4V C;  2ZHS A;  1HTF A;  4HEG A;  5P3C A;  4AZY A;  4B78 A;  1YX9 A;  3SA8 A;  4Y4A A;  3H5B A;  5DR1 A;  5P00 A;  3DK1 A;  5OZ1 A;  4Y43 A;  1BWB A;  5DGW A;  4MC1 A;  1FG8 C;  1C6X A;  5P4B A;  4DFG A;  5P4X A;  3UDJ A;  1A94 A;  3K5F A;  3SAA A;  5OYW A;  4Y38 A;  5P37 A;  5P5Q A;  2AOJ A;  4ZPE A;  5OZX A;  2QU3 A;  3K5C A;  4ZPF A;  2G24 A;  5DPZ A;  3NUJ A;  4Y56 A;  3PWW A;  1AID A;  1HVC A;  3NDT A;  2NR6 A;  4RRS A;  1EBY A;  2IEN A;  5I3X A;  5SXN A;  2OHQ A;  4Y58 A;  3O9B A;  1LF3 A;  2I0D A;  5OZS A;  1EED P;  5P4D A;  2JE4 A;  4H3I A;  2HS1 A;  5P4O A;  5OZ5 A;  5OYY A;  5P7M A;  5HE4 A;  2PMA A;  5P3E A;  4U7Q A;  1YG9 A;  3CMS A;  2WHH A;  4EJD A;  1MSM A;  4A6B A;  3PSG A;  1LF2 A;  2FMB A;  3EKY A;  2O40 A;  2BPW A;  5P6X A;  1IZE A;  3ZPT A;  5OYQ A;  5P6Y A;  4RZ1 A;  1SH9 A;  4JEC A;  2ZHT A;  2P3C A;  1BXO A;  1HBV A;  3VEU A;  1A30 A;  5P3B A;  5P7N A;  1BXQ A;  3IND A;  1HXW A;  1EC1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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