3OU4B

Mdr769 hiv-1 protease complexed with tf/pr hepta-peptide
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKTIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ou4B00
3KFNA 3OQDA 4I0DA 4LAPA 1LS5A 5P4IA 2QU2A 1LYBA 3I8WA 2AIDA 5P6PA 1W50A 2Q55A 5KQZA 3NUJA 1MRXA 2RENA 5OZ6A 4F76A 3RTNA 3T11A 5P1FA 5P83A 5P1AA 3DM6A 5P00A 4YD5A 5P8LA 2WF0A 5SY3A 3I2LA 4DPFA 1OHRA 4A6BA 1IZIA 2G69A 3KDCA 3BGBA 3KT5A 2QD6A 4WTUA 1FQ6A 4Y3MA 3PWMA 3PCWA 5P7WA 2OF0A 2P3CA 5P54A 4DJRA 1MTRA 4I8WA 4FSEA 4RGHA 3TOHA 3EL9A 4IVTA 3VUCA 5OZUA 3VLAA 3CIBA 3K5GA 2I4VA 5P8NA 2JJIA 2A4FA 3CIDA 3TKWA 4FM6A 3ZL7A 5P02A 4EQJA 2QAKA 3TH9A 1F34A 1SMRA 4APRE 3PSUA 5P3RA 2J9KA 2H6TA 3VV6A 2AOEA 5P2FA 3EKPA 4NJTA 5HU0A 3OOTA 4OD9A 3T7QA 3CKPA 2R43A 3LZUA 2WF2A 1T6GA 4PHVA 3VYFA 5P01A 3UCBA 3PSGA 5OZVA 5P05A 3UQPA 5P4HA 3LZSA 3PHVA 3VFBA 2G22A 3GI0A 4CPSA 3UDPA 5P72A 3HBOA 1W5XA 4Y3EA 2XYEA 3NU4A 5P0FA 4YE3A 3D91A 3G6ZA 4D85A 4RYGA 5P5PA 5HCOA 5OZIA 5P7RA 1FFIC 3QS1A 4QGIA 3U6AA 4D89A 1HVRA 5P1GA 2BPYA 1HVIA 3ZKNA 5P1DA 4FLGA 2QMDA 1GVXA 5P1LA 1BWBA 4Y5BA 3T6IA 2PC0A 2OHSA 3AUPA 4GJ6A 3TPPA 5HDZA 1QBTA 3SA4A 1HSGA 1A8GA 1B5FB 3CKTA 4I0IA 3OU1B 5P0AA 1HPXA 3UF3A 2IL2A 2PQZA 5P8IA 1MSNA 4GJAA 5P3UA 5P4VA 4OBKA 4Y3RA 3APPA 1HEGE 3SA7A 4DQBA 4FGXA 5P6TA 1EEDP 5P2ZA 3R1GB 2PYNA 2PH6A 4Y41A 1MIQA 2NXMA 1HIVA 3LPKA 4J1IA 1B6KA 1K1TA 5P1QA 5P3OA 3PGIA 3SFCA 1HVCA 5T4SA 2V11C 1FMBA 2V13A 3L59A 2AQUA 4RROA 1MEUA 5P7GA 5OZDA 3JW2A 5OZWA 4Y38A 4YD6A 1YM2A 1PROA 1PSOE 2AOFA 5P6DA 7HVPA 3DV1A 1SDUA 5P6UA 2I1AA 4CPUA 3D1XA 4KB9A 5KQYA 1MSMA 3T7PA 5P67A 3D1ZA 1LYWB 2AZ8A 1UH9A 3O9LA 4Y5GA 1XS7D 4OBZB 4OBGA 3BVAA 3QVCA 5OZHA 4Y3FA 3KYRA 3OUDB 5P85A 5P76A 3LIQA 4ER1E 5AHCA 5P3MA 4Y5CA 5P3DA 3Q70A 1G6LA 5P5HA 5P43A 3SKFA 2NPHA 3PB5A 3UHLA 1YTGA 3LZVA 4Y3WA 1XE5A 5P34A 4J1KA 3JVWA 1BILA 3F9QA 5P6BA 1XL5A 7UPJA 1APWE 2ZJNA 3VF7A 3S7LA 4S1GA 2CENA 1GVWA 5P7IA 5COOA 5P07A 2R8NA 4JPCA 5P09A 3CKRA 5P86A 2FDEA 5P73A 3RSVA 5P0JA 4TVHA 5HDVA 5P4SA 4I0EA 5P5GA 1C6XA 4J5JA 4YOBA 5OZSA 4ZSMA 1TCXA 2R9BA 1HHPA 2VNNA 3R0WA 3TPRA 3NSHA 5KQFA 1XE6A 4I0HA 5P8MA 2BKTA 4DJXA 4COEA 1LEEA 5P8EA 1MRWA 5P0HA 5P23A 5P31A 5P4TA 1XL2A 5P04A 5OZPA 1A9MA 1HTEA 2FGUA 2BPZA 5P3PA 5P1VA 4F73A 3S56A 4HLAA 5P19A 2FS4A 4RLDA 1FQ7A 3S54A 5I3XA 2WECA 4WY6A 3K5FA 1K2CA 2ZE1A 3O9IA 4ACUA 3URIA 2NTRA 5P1CA 1SMEA 3UQUA 3EM4A 4Y6MA 2BJUA 4RZ1A 3FSMA 5P3GA 3EBZA 1LV1A 1LF4A 5P2WA 1ZP8A 3ZKIA 5P6YA 2VIYA 5OZLA 3OK9A 3UDRA 5P4MA 3UQRA 4ZSRA 1AJVA 4PZWA 4RCDA 3CYWA 2R38A 1PPME 3M9FA 3QI1A 5P2AA 2Z54A 1W5YA 4RCFA 5P82A 1M0BA 4LBTA 1EBYA 3EL5A 5P42A 3UTLA 3S2OA 4JECA 5P2DA 1NH0A 2V10C 4Y4UA 2HPEA 5IVSA 3S85A 1E5OE 5P81A 3SACA 5P6XA 3O9CA 1AVFA 3EXOA 5P7CA 3H0BA 3HAUA 3OTSA 3QROA 3UDJA 1OEWA 3SPKA 3ZLQA 3UFLA 5P1PA 5P0TA 5P2JA 2IRZA 2AVVA 5P4WA 1MERA 2QI3A 4Y5LA 5AH8A 1FEJC 4R92A 1LYBB 1ODWA 3ER5E 4EYRA 3O9DA 2HS1A 1UH8A 3INEA 3JVYA 3PEPA 1W51A 1B6PA 5P2TA 3H5BA 2O4SA 2V12C 1IZHA 1ZLFA 4DI2A 5P6FA 3KT2A 2P83A 6FIVA 2NR6A 3OADA 1HVKA 2RSPA 4GJ5A 1KJGA 1D4SA 2QI1A 2BQVA 3VLBA 5P1HA 3I7EA 2WKZA 5KOQA 4L7JA 4H3FA 2G1RA 5P8QA 1BV9A 5ISJA 3S45A 5P27A 5BRYA 2J9JA 5P5JA 1AXAA 5P0EA 5P46A 5OYTA 5P0QA 4HVPA 3IN4A 4Y3JA 1HTRB 3UDNA 1AM5A 1U8GA 3ZOVA 3KFPA 1PSNA 5DQ4A 3SQFA 2SAMA 3D1YA 5P84A 1HWRA 4J17A 3DUYA 2FDDA 3NU9A 5P0IA 4HZTA 5OZTA 1EPME 5IVQA 2VIZA 2ZHTA 2F8GA 3BUGA 2O40A 3EKYA 5I70A 5P8UA 4LL3A 2Q5KA 5P6GA 1HVHA 5HVPA 5AH7A 1BIMA 3WB5A 4YD7A 5P65A 3CYXA 2G1SA 1B6MA 1D4LA 2P4JA 2G94A 5P8BA 5P62A 3UDQA 1AIDA 3MXEA 5P2CA 3L5CA 5EZXA 3IGBA 4OBFA 4CP7A 1EPOE 4B70A 4Y5KA 4MC9A 4DJWA 5P3JA 4E43A 2Q54A 4HE9A 3DK1A 5OZAA 5P49A 2HPFA 1KJHA 1C6YA 3DCKA 4AA8A 2QZKA 5P20A 2I4DA 5P5TA 4FIVA 4AA9A 1CPIA 2OHRA 2AVQA 5P68A 5P60A 2ER7E 5P0RA 3OWNA 5P48A 3I6OA 5P59A 4Z22A 1BBSA 5BS4A 5OYRA 3SA3A 5OZ0A 2Q64A 3TLHA 3OXVA 3U71A 3QRMA 2F3KA 5P6JA 2NMZA 4J54A 4B78A 4FE6A 5P6OA 2WL0A 3Q6YA 4QJ8A 4QJAA 2VIEA 5P1TA 5OZ4A 2P3DA 2VA6A 2JYSA 5P3VA 4YD4A 3PMYA 2QZXA 2UY0A 4DUSA 2IGYA 5P36A 1FF0C 4YOAA 5C9BA 5DR7A 3LIYA 5P5IA 1ZPAA 5P5XA 4ZPGA 1RNEA 2IEOA 2AVOA 4Y3HA 3OU4A 3WB4A 2JJJA 2OHLA 5P4FA 4BFDA 5P5UA 5P1BA 1TZSA 4FAEA 5J25A 1ER8E 2NXLA 5P3WA 3SO9A 1XN2A 2QU3A 5P6KA 5P52A 4DQFA 1FG8C 2IKUA 4Y45A 3L5BA 5HDUA 1FFFC 3IXKA 5P2SA 5P4ZA 5P28A 3VV7A 2QNNA 3BUHA 5JG1A 5P8FA 2PWRA 3O9LB 3SABA 1FMUA 5OZNA 3BXSA 3LITA 4Y3ZA 5P5FA 5OZBA 1EBWA 5OYXA 3VCMA 3ECGA 4Y56A 1BVEA 3HZCA 3O9AA 5P6WA 1K6PA 4ZIPA 5OZKA 2OHTA 3NDUA 3S8IA 1ZBGA 4OC6A 5C9DA 2QD7A 4CPXA 5P2LA 3PRSA 4Y3NA 4NJSA 1EBKC 5DQ5A 5P1RA 2ER6E 4HEGA 5P37A 1B6LA 4Y39A 5TOLA 1KJ7A 1WKRA 2PSGA 3VF5A 4GJ8A 5HE7A 5CONA 5P3QA 3K4VC 5P6IA 2FDPA 3KF0A 4R5NA 1YTIA 5P0MA 3TOGA 1YM4A 2OHKA 3ZKGA 3OXWA 1E81E 5OYUA 2VJ9A 5P5OA 5P0BA 1APTE 1ZSFA 3VEUA 1TCWA 3RTHA 2VA7A 2RMPA 4R91A 3IAWA 5P1XA 2I4WA 1IZEA 1CZIE 2I0DA 5P40A 5IS4A 3B7VA 3SM2A 1OEXA 2IS0A 3T3CA 2QI5A 4EJDA 4OBHA 2R5PA 3IVHA 2AVMA 4EP2A 3BC4A 5P6RA 4Y54A 3URLA 5OZXA 2AOGA 1K1UA 3R4BA 1NPWA 1SH9A 4F74A 4I0ZA 5P30A 2AOIA 1FQXA 3EM3A 4DQEA 3PWRA 2VIJA 3OU3A 1J71A 4YDFA 5P2XA 1MT7A 3EMYA 2F80A 4Y50A 1DW6C 2QI0A 1T6EX 5P2KA 2G20A 2MIPA 2QCIA 5P6VA 4IVSA 1SIVA 2F3FA 3QRSA 1EPNE 5P89A 5OYQA 1D4KA 5ISKA 3IN3A 2HM1A 1PSAA 5HDXA 2Z4OA 4B1DA 4YBIA 1APVE 4QJ7A 4FL8A 3OQ7A 2BKSA 4KE0A 1SIPA 1WBKA 2WEDA 4FRJA 5P0LA 4UPJA 4DQGA 5P3TA 3LHGA 5AH9A 1HPVA 3OADB 4LP9A 1YTJA 5OYZA 2ZYEA 4KE1A 4R95A 3K5CA 5P78A 2ZHRA 1B6JA 1ZSRA 4D88A 2J9JB 1BDLA 5OZ2A 2IDWA 4I0GA 4DPIA 1ZJ7A 5KR2A 2WF4A 3N3IA 1Z1RA 5KOSA 4NKKA 4Y4AA 3TOFA 2ER9E 1AAQA 3S43A 1PPLE 5P4GA 3K4VA 4I0JA 2JE4A 3BUFA 3GGAA 1QDMA 3OY4A 5P10A 5ENMA 4CPWA 4TRZA 4J0ZA 1A8KA 1K2BA 1PPKE 3EL1A 5I3VA 3KFSA 5P6LA 1IVQA 3UPJA 3EM6A 2BPXA 1VIJA 2O4KA 2ZJJA 2B7FA 4Y4GA 5P8AA 4GJ7A 1MPPA 2PMAA 5P0ZA 5P1NA 4X7IA 1BXQA 3PJ6A 4R8YA 4GZFA 4TVGA 4DJPA 2FMBA 2G27A 3PWWA 3LINA 5AH6A 6UPJA 5P5LA 5P2GA 4RVXA 4FRKA 3D3TA 5P7HA 2IQGA 2Q63A 3SM1A 3OXCA 4AUCA 4FAFA 3G72A 3NDTA 3PCZA 5P0OA 1XDHA 3DCRA 5P5KA 3NWQA 2FGVA 5P0WA 3UDHA 3DV5A 5P7NA 2ZHUA 4CPRA 3SA9A 4DVFA 1HRNA 1BV7A 5BWYA 5P5CA 2APRA 5P06A 5P8VA 4DJVA 3KMYA 2R3WA 4Y4DA 4J0VA 4YD3A 5P6NA 1RL8A 5P5EA 3FNSA 1G35A 5I3YA 3RSXA 1D4HA 4A6CA 2WF1A 5P2IA 1GVVA 2RKFA 3OQKA 4XKXA 2BPVA 5EZZA 5P6EA 3ZPTA 5OZGA 2VS2A 4Y36A 3KMXA 2IGXA 5P3SA 4EPJA 1HXWA 4FM8A 3T7XA 5P2YA 5P66A 3OAGA 3SA8A 4NPTA 5P8SA 1K6TA 5P8GA 1EPRE 2PWCA 4RYCA 5P5VA 5P7AA 4HDPA 5P2VA 2QHYA 2A1EA 1EPLE 2PYMA 4B05A 5P2EA 2B60A 4Y3QA 4ZEAA 2QK5A 3OU4B 5P08A 4Y43A 2OHQA 3LPJA 1HOSA 5P4JA 5DR1A 1GNNA 2B8LA 1LF2A 1HVLA 5OYWA 3BVBA 3TPJA 1B11A 2F3EA 2OHNA 3NDWA 3L5FA 5B18A 2P3BB 3SAAA 4ZLSA 5P7VA 3ST5A 1GVTA 4TRYA 5P0UA 2VKMA 1Z1HA 1W6IA 2PK5A 4J0PA 4LC7A 5P1KA 1MUIA 4DFGA 1UH7A 3UDYA 3QVIA 3LPIA 3VYDA 3EC0A 5P56A 4TRWA 2ANLA 4F75A 3KA2A 3EL4A 4L1AA 5ER1E 3GGVA 5P7BA 5P22A 4J0TA 5P4BA 5P71A 5OZ1A 5P5MA 3APRE 1Z8CA 2WJOA 3FX5A 1F7AA 5P7TA 5P8JA 3SA5A 4EXGA 2QZLA 4FCOA 4Y5PA 5P5RA 1C6ZA 4OC6B 3U7SA 4DJOA 5KR8A 4FRIA 4Y53A 5P47A 5P5YA 3VG1A 5ER2E 5P2RA 2G21A 3C9XA 5P6AA 1HXBA 4EHCA 1IVPA 2ER0E 2V0ZC 2ZJIA 1IDAA 5P2MA 5OYSA 5P7LA 3SA6A 4GJCA 4YBFA 4Y5EA 5P16A 3UDKA 4K8SA 2QP8A 4NPUA 5P1SA 2AODA 3HDKA 4H1EA 5P63A 2QZWA 5JFPA 4Y3SA 5P3HA 4Y48A 1HVJA 2G1OA 1NSOA 2VJ7A 3L5DA 2B8VA 2B42A 1ME6A 3QBHA 5KR1A 5KQXA 1T7KA 5P6CA 3KN0A 3I25A 4YCTA 3NXNA 4FSLA 3OGQA 3D20A 4J1EA 5IVRA 5P7DA 4Y3GA 1M43A 1VIKA 3RTMA 1ZPKA 3GW5A 4CMSA 4DJQA 3BXRA 5HTZA 3ZKQA 3NU3A 5DQ1A 3FKTA 4OBJA 2RKGA 4NJVA 3TNEA 5OZ5A 2V00A 2O4PA 5AGZA 5P39A 2O4LA 5P4KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KFN A;  3OQD A;  4I0D A;  4LAP A;  1LS5 A;  5P4I A;  2QU2 A;  1LYB A;  3I8W A;  2AID A;  5P6P A;  1W50 A;  2Q55 A;  5KQZ A;  3NUJ A;  1MRX A;  2REN A;  5OZ6 A;  4F76 A;  3RTN A;  3T11 A;  5P1F A;  5P83 A;  5P1A A;  3DM6 A;  5P00 A;  4YD5 A;  5P8L A;  2WF0 A;  5SY3 A;  3I2L A;  4DPF A;  1OHR A;  4A6B A;  1IZI A;  2G69 A;  3KDC A;  3BGB A;  3KT5 A;  2QD6 A;  4WTU A;  1FQ6 A;  4Y3M A;  3PWM A;  3PCW A;  5P7W A;  2OF0 A;  2P3C A;  5P54 A;  4DJR A;  1MTR A;  4I8W A;  4FSE A;  4RGH A;  3TOH A;  3EL9 A;  4IVT A;  3VUC A;  5OZU A;  3VLA A;  3CIB A;  3K5G A;  2I4V A;  5P8N A;  2JJI A;  2A4F A;  3CID A;  3TKW A;  4FM6 A;  3ZL7 A;  5P02 A;  4EQJ A;  2QAK A;  3TH9 A;  1F34 A;  1SMR A;  4APR E;  3PSU A;  5P3R A;  2J9K A;  2H6T A;  3VV6 A;  2AOE A;  5P2F A;  3EKP A;  4NJT A;  5HU0 A;  3OOT A;  4OD9 A;  3T7Q A;  3CKP A;  2R43 A;  3LZU A;  2WF2 A;  1T6G A;  4PHV A;  3VYF A;  5P01 A;  3UCB A;  3PSG A;  5OZV A;  5P05 A;  3UQP A;  5P4H A;  3LZS A;  3PHV A;  3VFB A;  2G22 A;  3GI0 A;  4CPS A;  3UDP A;  5P72 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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