5P63A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 264
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p63A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p63A01
5P1IA 2PC0A 4Y47A 4CPWA 4L7HA 2HM1A 4NJUA 3S7LA 4F73A 1ZTZA 5ER1E 3SFCA 1HVIA 3KMXA 3VV7A 6FIVA 5DGWA 3VCMA 3VLAA 4GJAA 1B6MA 3OUAA 1ER8E 3BUHA 3T11A 4Y4UA 5P35A 5P8EA 4ZIPA 5P4OA 3TPJA 4OBDA 5P02A 1EEDP 2H6SA 1HIVA 5P6VA 3L58A 4FRJA 4GZFA 3C9XA 2IGXA 5P05A 1T7IA 8HVPA 2NMZA 3NU6A 5FIVA 1ZPKA 4H3JA 3PWMA 5P30A 2BQVA 1BDQA 3TTPA 5IVRA 3O9AA 5P70A 1W6HA 3MXEA 3S54A 4IVSA 3I25A 5PEPA 5JG1A 1K2BA 1A9MA 5P3VA 2J9JA 5P3DA 3SA7A 2PMAA 5CLMA 4B00A 4FM8A 4QGIA 3KA2A 5P2DA 4APRE 4EQ0A 1EC1A 3EM3A 3KDBA 3Q4BA 2FNTA 4Y4DA 3UDRA 5P4DA 5P8PA 4Y3AA 5OZOA 4RZ1A 5P5AA 3DM6A 5C9FA 5P2NA 1D4LA 2IDWA 3FIVA 1D4IA 5P3HA 5P3EA 5P1PA 2G1NA 5P1EA 1ODWA 5HE4A 1IVPA 1ODYA 1XL5A 4Y3ZA 4Y4EA 4I0FA 4I8WA 5P8AA 4GJ9A 1EPOE 5SY2A 5OZWA 4R91A 3TPRA 4X2LA 5P0OA 1W5WA 3G6ZA 4FCOA 2HPFA 2IGYA 3G72A 1OHRA 5P5WA 4QJAA 4GMIA 4LXKA 3IN4A 1YX9A 2I0AA 1LF3A 4FIVA 5AH7A 2PQZA 2F80A 5AH8A 4GJCA 5P09A 3VYFA 3VYDA 3QROA 3OADB 1UH7A 3O9HA 5IVSA 5HDUA 1B6LA 1MUIA 1DMPA 3U71A 4EHCA 4Y3PA 4A4QA 5P22A 4FRSA 5C9DA 2WL0A 3D91A 1MIQA 3GI5A 2F81A 3ER3E 4RCEA 5P7OA 5P6DA 5P8MA 5P2YA 1QBTA 4CPXA 2XYEA 5HD0A 3R0YA 3BXRA 1GVVA 2WEZA 1W51A 1XE5A 5P82A 4QJ8A 3OQKA 2JJIA 2QI7A 2I4WA 4RRNA 3HDKA 2B8LA 5P65A 4DQBA 3BVAA 5P6OA 5OZXA 5P1VA 3QS1A 3URLA 4Y3FA 1XDHA 2FXDA 5P41A 3NU3A 2ZHUA 4J0YA 4GJ5A 2O4NA 5P6MA 3BXSA 2OF0A 3OQ7A 5P0TA 5IVTA 1FQ5A 3KM4A 4QJ7A 4J0ZA 5P11A 5P1RA 3B80A 1K2CA 1WKRA 3INEA 5P4QA 1DW6C 3QIHA 4M8XA 1HEGE 5P5KA 2G27A 3QVIA 3EXOA 5P37A 1PSOE 3EBZA 4DQFA 3OOTA 3L5DA 3O9GA 1M0BA 5P3QA 5P8RA 5P13A 4J0TA 4CPRA 4F75A 2ER6E 4EJKA 2ZHVA 2RSPA 5OYXA 3VG1A 2G94A 1BBSA 1EPPE 2WECA 1E82E 6UPJA 2WEDA 3KFNA 5P69A 5P5MA 5P0GA 1APWE 4UPJA 4KB9A 1PPKE 1LF2A 1W5YA 5P5IA 3S43A 3EC0A 5COPA 3NDTA 3LHGA 4I0ZA 3S43B 2WJOA 5P5QA 1G6LA 2WEAA 4XXSA 1FMBA 5P2IA 4Z4XA 5P7JA 2H6TA 3NDUA 4K4QA 1VIJA 5P7IA 3L38A 4OBZA 4YBIA 5P7GA 3CYXA 4OBZB 2QNQA 2I4DA 2I1AA 3OHHA 3HD8A 2O40A 1KJGA 2B7FA 1BXOA 2G1SA 5P42A 3BUGA 4Y3SA 4EYRA 4R92A 5P84A 4ZSRA 4AA8A 4HDFA 1BAIA 4DJRA 4HEGA 3VLBA 2NNPA 2XFKA 1ZLFA 4PHVA 4YOAA 2FGVA 2PSVA 5P6KA 5P7PA 3N3IA 4Y41A 3TKWA 5P0RA 5OZJA 1T7KA 4GJ6A 5P6UA 4DV9A 3ZKQA 3OQFA 3ZLQA 5P8DA 1HXBA 5I3XA 1ZJ7A 3T7PA 4TRYA 5OZQA 5P1HA 1BILA 2JJJA 2AOFA 1B5FA 2NXMA 3IGBA 5HTZA 4L7JA 2QI1A 4J1CA 1B5FB 3OQDA 2VJ6A 5P6JA 5P4TA 5P28A 5P4PA 3IVIA 1MTBA 1MEUA 5P88A 5P0AA 5P5DA 5OYQA 4RCFA 4CMSA 1XL2A 4FM6A 5P6LA 3CIBA 2AVMA 2QI6A 5P3ZA 1KJ7A 1G0VA 5KR2A 5P50A 2QI3A 1N49A 5HCTA 3EL9A 4I1CA 4DI2A 2AIDA 5P7LA 1GVWA 4J1EA 1D4JA 1BDLA 5P4UA 2IEOA 2BPVA 2ZJIA 2WF3A 3PI5A 5P48A 5KQYA 5KQFA 3DK1A 3EKPA 3IVHA 3HZCA 2CEJA 3O99A 4ZSPA 5P0CA 2R3TA 5E5KA 1SGUA 5AHCA 5P2HA 2QZKA 4Y6MA 3INHA 4I0HA 5P55A 5KR1A 3VEUA 3H5BA 1T7JA 5KQXA 2UY0A 4CPTA 2QHYA 5P7TA 4J5JA 1IZEA 5IVQA 3PWWA 4DUSA 1ZP8A 3QPJA 4XKXA 4F74A 4YDFA 3O9FA 5DR4A 5P6TA 3ZL7A 5KOQA 3QRMA 5P57A 3SM1A 3T3CA 3HAUA 5P5SA 2P8HA 3GGUA 5P1MA 5P1OA 5P80A 2Q54A 3LZVA 1HHPA 5P4CA 2OHUA 1IZDA 5DQ2A 2FDDA 3EM6A 5P6XA 3KT5A 3K4VA 3NSHA 3ZPTA 4FAEA 4I8ZA 2AZBA 2AVVA 5P4MA 3TOHA 1B6PA 1E80E 5P2OA 3D3TA 5P5LA 3Q5HA 4Q5MA 5EZXA 5P52A 4B1EA 1AIDA 4U8WA 4RVXA 5P6RA 2HB4A 2HIZA 5P59A 1Z1RA 4Y4ZA 4J1HA 2G26A 1C70A 3EKTA 5P6AA 3DJKA 1NH0A 4ZSMA 1HSHA 1YM4A 3SKFA 1MESA 4U7QA 5P3WA 4Y3LA 2ZDZA 2P4JA 3SKGA 1ZAPA 1YTHA 1AXAA 2PSUA 5DQ5A 4Y5BA 4Y3YA 5P1BA 3SA5A 4LBTA 1Q9PA 5P6PA 2RMPA 2NMYA 5P89A 4XX3A 2B8VA 4Y3HA 1OEXA 5P7KA 4DQCA 3PBZA 1BV7A 4NJVA 3UQPA 5P1TA 1BVGA 3HVGA 5P3AA 4Y3XA 2QZLA 5OYWA 3HW1A 3FX5A 3PEPA 3PM4A 5P7VA 2ZJHA 1FEJC 3I6OA 1ZPAA 4Y58A 1K1TA 3CIDA 5OZIA 3Q6YA 2R5QA 3LIVA 1NPAA 3PB5A 5P5YA 3EKWA 4H3FA 4B77A 4ZSQA 2Q63A 3I7EA 2A1EA 1K1UA 5P5OA 2B42A 2VJ9A 1IIQA 1W5XA 3DCKA 5P5NA 5P2UA 5P44A 5DR0A 4ACUA 5JODA 5DPZA 1EBWA 3LIQA 5IS4A 5P00A 1FMXA 5P6SA 3NU4A 5P19A 3KT2A 4DJVA 4FRIA 4B05A 4EP2A 4OBKA 4A6BA 1A8KA 4Y5CA 1YTGA 4EQJA 2ER0E 5P4LA 4Y56A 1M43A 1G2KA 2OHPA 5P43A 3S2OA 3TLHA 3ZKSA 5UPJA 4JOOA 3FSMA 1MRWA 4DPIA 3KN0A 3EL0A 4GJDA 4IVTA 2PWCA 4Y5LA 3ZKGA 3L5EA 5P0FA 4Y4TA 5HVPA 1PFZA 5OZ9A 3R1GB 2V11C 5P8IA 3RTMA 3QRVA 5P3CA 5AHBA 5DQ4A 5P0NA 4JECA 1XN2A 3O9CA 1MPPA 2V0ZC 3NLSA 2UPJA 3NU5A 1W6IA 2XFJA 1LF4A 3KYRA 4D85A 4DJPA 5P8SA 3LIZA 2PWRA 5AGZA 3SA9A 3UTLA 5DR1A 2QNNA 2ZE1A 2BPXA 3QRSA 5P6WA 2BJUA 2R43A 3VYEA 4PZXA 4NPTA 4I0IA 1ZSFA 4B78A 1HTGA 2NXLA 4Q1YA 5DR8A 2V16C 5P5ZA 2BKSA 3K1WA 5OYVA 3NDWA 5P17A 4FLGA 3PJ6A 2VJ7A 3JVWA 4EXGA 4HDBA 3UFLA 3TH9A 3OK9A 5P1QA 1LS5A 2J9JB 5P72A 5P8JA 5IE1A 3NR6A 5P54A 9HVPA 3OGQA 1RNEA 2V10C 1HTFA 1PSAA 5P5VA 2WEBA 4WTUA 1BWBA 5P6EA 5P10A 1FQ7A 4APEA 5OZYA 2G21A 4Y3WA 1QRPE 1AJXA 4ER4E 4D83A 5OZNA 2WF1A 3TOFA 1FGCC 4Y44A 1HPSA 5P3UA 3UQUA 4NJTA 1APVE 2QD7A 2BPZA 1T3RA 3BGBA 3PMUA 4GIDA 5P32A 1SH9A 1YM2A 3FNUA 3NXEA 4ZEAA 3S85A 2G24A 4Z2ZA 2HS2A 3NWXA 3VF7A 1QDMA 2NXDA 3AIDA 1EPNE 5P3PA 5HDVA 5COOA 4DJQA 4ZPEA 4Q1WA 4Y5EA 5P8HA 1FKNA 4J1IA 1IBQA 4S1GA 5P0WA 3HVPA 5P6IA 5I70A 2CEMA 4QJ2A 1BIMA 2P3DA 2I0DA 2ZHRA 5P4AA 2AODA 1HBVA 5P3XA 3WB4A 5P1LA 5P0IA 4Y3TA 5P0MA 3MSJA 2WF0A 5OZBA 3PLLA 3OAGA 3VSXA 3QN8A 1EPLE 1RPIA 5P1CA 2QMPA 3OAGB 4K8SA 4QJ9A 2QI4A 4Y4GA 5DR3A 2OHQA 5P4KA 4CPQA 3VUCA 5P46A 5P0JA 5P2GA 1D4KA 5P06A 1SBGA 1SDTA 3RSVA 5OZ1A 5P8QA 3PI0A 3TNEA 1HVRA 5OZ8A 2XFIA 5OZ0A 4F76A 5OZEA 1OD1A 3O9BA 4DJUA 5P8NA 5P7DA 4YCYA 4U7VA 1IDAA 4K9HA 5P7BA 4Q1XA 3OTYA 2G1RA 2QP8A 3CKPA 2Q3KA 1AZ5A 2ZJLA 3PCWA 4EPJA 3M9FA 1T6GA 3OUDA 1HIHA 2F3KA 5P01A 1YTJA 1FF0C 3OUDB 1WBMA 5P77A 5P2XA 5P6ZA 1EAGA 3SA6A 1EC3A 1U8GA 4Y5AA 2AVSA 3UDNA 1C6XA 1SMEA 7UPJA 4TVGA 5P2CA 5P1UA 3S53A 5P85A 3UDMA 4LXAA 5E5JA 2G69A 2I4UA 3WZ7A 5P8OA 1RL8A 4Y35A 1ZBGA 1QBUA 5P8CA 5KOSA 5P7SA 2IS0A 1E81E 5P4FA 2IRZA 5P8LA 3L5CA 3T7QA 3OU1A 3O9IA 3OXCA 3OU1B 1LYAA 4FGXA 4Y54A 2AZ9A 5P68A 4FM7A 5SXNA 5P0KA 5P38A 5P1KA 4JPCA 3UQWA 4Y9WA 5T4SA 3DUYA 3OXWA 2ZJNA 3LNKA 5B18A 4D89A 3EL5A 1RQ9A 5P6GA 3UQXA 5P6CA 5P4EA 4K4RA 4JP9A 2IQGA 2J9KA 1TSUA 2SAMA 3MSKA 4EP3A 2ZGAA 4Y4WA 1HTEA 5P33A 3UFNA 5P5XA 1LYBA 2R3WA 1JLDA 5P5CA 2PYNA 4QJ6A 4D8CA 5P8FA 2RKGA 4AMTA 1D4SA 2BKTA 5AHAA 5P34A 1MT9A 1DPJA 2MIPA 5P2ZA 5P2AA 2A4FA 2OAHA 1QS8A 4NJSA 5P0SA 4KUPA 2APRA 1LV1A 4R93A 4RYGA 1FG8C 5P2RA 1MERA 5OZZA 4LHHA 3SACA 5P51A 4HLAA 4EXHA 5BRYA 1NSOA 4BFDA 3EKQA 3VV8A 3OGPA 3TL9A 1TZSA 1AM5A 3K5CA 5P1GA 3SABA 2QHCA 4Y5GA 1HPVA 1EBZA 5COKA 5P5HA 2VA6A 3S8IA 4Y50A 3KMYA 4I0JA 3UDPA 5P4VA 5P83A 1DIFA 1HSGA 1XS7D 5P61A 3LZSA 4GB2A 2PK5A 5P4YA 3L5FA 4Z50A 5I3YA 5P5RA 3CKTA 3OTSA 5P0DA 5P7AA 3CYWA 4GJBA 3LIYA 5P8UA 2RENA 5HU0A 5P3KA 5P73A 5HE5A 5P4BA 2BBBA 5P2MA 2VA5A 4Y5PA 3O9DA 5HDXA 3I8WA 1K6TA 5HDZA 1C6YA 3VF3A 5C9BA 2PSGA 5CONA 3GGVA 5AH6A 1FFIC 3BUFA 3ER5E 2CENA 4I0GA 5P1XA 5I3WA 2I4QA 4XX4A 5P0YA 5P18A 1EPRE 5BS4A 3DCRA 5ISKA 3BC4A 3L59A 2JYSA 1GNOA 2NNKA 5P2TA 4WY1A 3KFPA 3UHLA 4PEPA 5P1AA 1PPME 5KQZA 5OZDA 5F00A 5P5PA 1CPIA 2PH8A 3IA9A 5P4IA 1MTRA 2QU2A 2QI5A 2IENA 2WHHA 5P8BA 3RVIA 1HVKA 4LL3A 3UDHA 3LINA 4DH6A 5APRE 4LXMA 5P20A 4Z22A 1SP5A 1W50A 2QMDA 3PSGA 3G70A 1EC2A 1DAZC 3ECGA 3JW2A 1HOSA 1VIKA 4WY6A 5P08A 2P3CA 4Y4XA 3D1XA 4AZYA 1MSNA 5OZ2A 1OEWA 2NTRA 4GYEA 5P1SA 1FQXA 2OHLA 1HVSA 3RTNA 1HSIA 4LC7A 2VIJA 4AUCA 2NR6A 5P5FA 5P3GA 3IAWA 2FS4A 4FRKA 4J1FA 4BEKA 5OYYA 3KF0A 1D4YA 5JFPA 2F3EA 3SQFA 4KE1A 4Y3NA 2OHTA 4CPSA 3N4LA 5OYSA 5P7EA 4D88A 5P8KA 4JPEA 2IL2A 3NXNA 5P75A 4YD3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1I A;  2PC0 A;  4Y47 A;  4CPW A;  4L7H A;  2HM1 A;  4NJU A;  3S7L A;  4F73 A;  1ZTZ A;  5ER1 E;  3SFC A;  1HVI A;  3KMX A;  3VV7 A;  6FIV A;  5DGW A;  3VCM A;  3VLA A;  4GJA A;  1B6M A;  3OUA A;  1ER8 E;  3BUH A;  3T11 A;  4Y4U A;  5P35 A;  5P8E A;  4ZIP A;  5P4O A;  3TPJ A;  4OBD A;  5P02 A;  1EED P;  2H6S A;  1HIV A;  5P6V A;  3L58 A;  4FRJ A;  4GZF A;  3C9X A;  2IGX A;  5P05 A;  1T7I A;  8HVP A;  2NMZ A;  3NU6 A;  5FIV A;  1ZPK A;  4H3J A;  3PWM A;  5P30 A;  2BQV A;  1BDQ A;  3TTP A;  5IVR A;  3O9A A;  5P70 A;  1W6H A;  3MXE A;  3S54 A;  4IVS A;  3I25 A;  5PEP A;  5JG1 A;  1K2B A;  1A9M A;  5P3V A;  2J9J A;  5P3D A;  3SA7 A;  2PMA A;  5CLM A;  4B00 A;  4FM8 A;  4QGI A;  3KA2 A;  5P2D A;  4APR E;  4EQ0 A;  1EC1 A;  3EM3 A;  3KDB A;  3Q4B A;  2FNT A;  4Y4D A;  3UDR A;  5P4D A;  5P8P A;  4Y3A A;  5OZO A;  4RZ1 A;  5P5A A;  3DM6 A;  5C9F A;  5P2N A;  1D4L A;  2IDW A;  3FIV A;  1D4I A;  5P3H A;  5P3E A;  5P1P A;  2G1N A;  5P1E A;  1ODW A;  5HE4 A;  1IVP A;  1ODY A;  1XL5 A;  4Y3Z A;  4Y4E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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