4I12A

Design and synthesis of thiophene dihydroisoquinolins as novel bace-1 inhibitors
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
397
structure length
374
Chain Sequence
MVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVTSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQTDESRSHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of thiophene dihydroisoquinolines as novel BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 374
sequence length 397
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-11-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i12A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4i12A02
3APPA 1LS5A 4R8YA 5OZ9A 4ACXA 3UQPA 4ZPFA 4APRE 2B7FA 3EC0A 4J1KA 2J9KA 5P1CA 4I0FA 1IVPA 1AIDA 4PHVA 3OUDA 1ZBGA 5P7PA 1BWAA 2AVQA 1EPRE 2F81A 3OGQA 4L1AB 3M9FA 1BXQA 4U7QA 1B6LA 3A2OA 4YA8A 1D4HA 5IE1A 5P1DA 3TPJA 2FMBA 4Y4EA 5P3HA 5P49A 1UPJA 4LAPA 2Q15A 3ST5A 3BC4A 1APVE 2B42A 3SA5A 5P34A 5P5GA 5OYWA 5P5OA 4APEA 4DJRA 3QRVA 2QNPA 5P5LA 5OYRA 5P7HA 5P8VA 5P39A 3T3CA 1EC1A 2JJIA 5P2ZA 3ZPTA 3MWSA 2QD7A 5P4TA 2J9JB 3UTLA 5P8OA 5DGUA 4FSEA 4GB2A 2FGUA 2Q3KA 5P2BA 4Y36A 1HSHA 3VF3A 4E43A 3VFAA 4ZSRA 1LYBA 4Y4BA 4FAEA 2RENA 4Y35A 5OZMA 3PCWA 1K6VA 4Y44A 3PMUA 5P7QA 2WF3A 5P0CA 4GJ7A 5P6RA 1LZQA 3I6OA 5AGZA 4Y43A 3L38A 5P57A 5OZJA 3INDA 4F75A 5P71A 1HVKA 1SMRA 3QPJA 5P33A 5P4MA 2QNQA 5P3FA 4YOBA 3NU6A 3H0BA 3O9LA 3QROA 5OZUA 4MC9A 3GI6A 4QJAA 4I1CA 4EQ0A 4I0GA 5P7EA 2AOHA 1RV7A 4NPUA 3FKTA 3OQ7A 5P5MA 1SMEA 3WZ6A 1K6PA 1PSAA 1J71A 5P01A 3GGXA 2MIPA 1BXOA 2IENA 2QMGA 2VJ6A 1LYWA 3UQXA 5OZ8A 2G1SA 2HPFA 5P5HA 3KDBA 3ZKSA 4YDFA 1E81E 4J0ZA 3CIBA 1MTRA 2HC0A 5P3DA 4L7GA 4FL8A 2PK5A 4Y5LA 3CYXA 1FMUA 1PSOE 1T6GA 3KDDA 2HIZA 3UQWA 1M43A 1DPJA 5HE4A 3NU5A 3UDKA 4B0QA 5P2QA 3OWNA 5P2IA 2WEAA 4L6BA 1ZJ7A 2AOEA 4Y3FA 3BUGA 5P83A 3PB5A 4DVFA 3Q5HA 3R4BA 3SFCA 2F80A 5P00A 3VCMA 3GGUA 4YOAA 3LZVA 3PGIA 4B1CA 3SLZA 5P2EA 5P5DA 5P87A 3NYGA 5EZZA 3O9AA 3D1XA 1BBSA 1RQ9A 3LIVA 5P3VA 1FKNA 2AZCA 5BS4A 3OOTA 2QP8A 1SDVA 5P8IA 3EKTA 1T7JA 4DQHA 1T7KA 3ZKNA 4WY6A 1A8GA 1W5VA 5P54A 3PWRA 2I1AA 1C6YA 1IZEA 2VA6A 3T7XA 5P31A 2QD6A 4DV9A 3PWWA 4Y4GA 4DQBA 4K4QA 2Z54A 5P3CA 5ENMA 3U6AA 2F8GA 1FQ6A 2Q55A 5P78A 2FS4A 3B7VA 1BV9A 1UH8A 3OXVA 1GVXA 1FG8C 1W5YA 2R3TA 3OK9A 5KQFA 4Y56A 1YTJA 1MEUA 5OYZA 2V16C 4Y45A 4X2LA 3WB4A 5P4AA 1YG9A 5P2DA 3SPKA 2QHZA 2I4UA 3SM1A 3D1ZA 5P6PA 4BFBA 1A8KA 4Y5BA 2VJ7A 4TRZA 1CMSA 1U8GA 2AOCA 5P84A 4I0IA 3R0WA 1IZDA 1HVLA 3U71A 1IZIA 5P4PA 2AQUA 1YM4A 1EPNE 3AIDA 1PPLE 3QBHA 5P66A 5IS4A 4DQCA 5P48A 5SY2A 5P43A 4FRIA 3HW1A 3L5DA 4J17A 5P4GA 1HVIA 4Y4JA 4DPIA 5P5QA 4YD5A 5P1OA 2QZWA 1DP5A 5P1AA 3EMYA 3URIA 1HSGA 1APWE 3IXOA 1ZAPA 4I10A 4Y3RA 1FEJC 4GJ8A 5P7XA 5P3XA 5P4JA 4D8CA 4FGXA 5P5CA 5ENKA 5P4WA 3O9GA 5AHAA 4DJOA 4EHCA 2V00A 5P56A 1KZKA 3OY4A 1AJXA 1MT9A 3OTYA 5OZRA 5SZ9A 4Y3SA 4J1IA 3ECGA 3RSXA 3NSHA 1NPVA 5P08A 3MXEA 7HVPA 4RVJA 1T3RA 1MVPA 5P0NA 5COKA 5HU1A 4Y4TA 1NSOA 3O9BA 1PFZA 4RCEA 1B6MA 2FGVA 2VKMA 3OGPA 3DM6A 2I4QA 5P15A 4XX3A 5HU0A 3UHLA 3SABA 5F01A 5I70A 4HLAA 5HTZA 5JFUA 3MSJA 2FXEA 2Z4OA 1OEWA 5P2OA 3TPLA 4RYGA 3LIQA 4M8XA 4Y37A 2OHRA 4Y5NA 2VIEA 2I4XA 1ENTE 3QRMA 1EBYA 4B05A 1MRXA 3S2OA 4Y6MA 5P2XA 5P4HA 3G72A 3OQFA 1YM2A 2WHHA 4BEKA 4OBDA 2NPHA 5P30A 3PMYA 3UDNA 5P4OA 2UPJA 4DQFA 3FSMA 5P6EA 1AZ5A 2OHMA 1BV7A 1AM5A 3NWQA 5P0LA 2A1EA 2A4FA 2ER6E 4H3GA 3OUCA 4FM8A 3GGVA 5P7AA 4Y3AA 3DCRA 3PBDA 1Z1RA 2HPEA 5P74A 4YCTA 2PWRA 3OXCA 3BVBA 5OZ6A 5P80A 2BPXA 5P6BA 5OYTA 1KJGA 4JPCA 3EL1A 3QP0A 5P76A 5CONA 5P3MA 4XX4A 4A6CA 3SKFA 5P1KA 3KMXA 5OZPA 4R93A 5P6XA 3UDRA 2IKUA 3EM3A 3BUHA 3OADA 5P6VA 5P50A 1YTHA 1AVFA 5KR2A 3QS1A 5DR8A 5P2VA 2P3BB 1MTBA 4Y41A 4F73A 1LV1A 2I4VA 2IS0A 1MIQA 3UCBA 1K2CA 5P3NA 5OZSA 5P5RA 4X7IA 5KR0A 3FIVA 3I7EA 4JPEA 5P7FA 4WTUA 1E82E 3LPJA 3OUBA 2AOJA 1FQ4A 5P4BA 4EYRA 4QJ2A 2G1NA 2FNSA 5P6TA 1EBKC 3S8IA 4Y5GA 3INFA 4Y5CA 4LL3A 2FXDA 3K4VA 5P1EA 3GI4A 1EPOE 3EL9A 4RVIA 2QI3A 5P7OA 2QD8A 1TSQA 5P06A 3UDMA 1LF2A 3RTMA 3OU4A 4QJ7A 3WSJA 4CPXA 3HZCA 4J1HA 1FLHA 4HE9A 5P02A 5P0VA 4DI2A 4LHHA 4Q5MA 4R91A 1W50A 4EQJA 3OOZA 3S45A 5P7TA 1RL8A 2ZJJA 3URJA 3NDTA 1PSNA 5C9FA 4LXKA 2I4DA 4AA9A 5OZ0A 2OHQA 5P7JA 5P7WA 4H1EA 3OTSA 3VFBA 5P6LA 3TOGA 5OZ3A 1ODWA 4Y4XA 3OQAA 2NXDA 3EL5A 1SIPA 4GJ5A 4Z22A 4F76A 1FG6C 5HCTA 4AZYA 3QVCA 4GJBA 1QBUA 5P77A 3PEPA 3QAAA 1EC2A 2Q64A 5ER1E 4Z2ZA 5P8NA 3LIXA 3RU1A 4YDGA 4L1AA 5OZCA 3PI5A 4PEPA 4NKKA 3CICA 5OZ1A 4Y54A 2QHYA 4FS4A 1A9MA 2IDWA 4Y4ZA 3VLBA 2PH8A 4GZFA 1FFIC 1OD1A 2R8NA 4Y3NA 5P32A 3EXOA 1GNMA 1QBRA 4PZWA 5OZWA 5BWYA 2BPVA 5AH8A 1HVSA 2FLEA 2V12C 5P3EA 2FDPA 3WZ8A 1AXAA 5OZKA 3D20A 1HVJA 5P6DA 3S56A 5P8DA 2XFJA 3WB5A 3QVIA 3R0YA 3L58A 5P59A 1RPIA 2Q5KA 5P6CA 4D89A 4DJYA 5P1TA 5ER2E 3KA2A 4R5NA 5P0GA 2R5PA 2QZXA 5OYXA 5P3IA 5DQ2A 5P7SA 3CKPA 5P5VA 2IL2A 2VNNA 5P4QA 3LINA 5P6GA 2O4SA 2XFIA 1KJHA 4EXGA 1DAZC 4YD4A 1KJ7A 3SACA 1AAQA 3HVGA 4NJVA 5P37A 1YTGA 5P2AA 3LPIA 5P5IA 4RRNA 4Y3LA 3SA3A 1D4SA 3IGBA 5I3VA 5ISKA 4FLGA 4B1DA 5CLMA 5P2KA 4DPFA 3KT5A 3IVIA 3APRE 2RKGA 5P3GA 5P7YA 2OHLA 1BWBA 1QRPE 3TKGA 5P36A 3T11A 3WZ7A 5P7ZA 1HTEA 3I25A 5P1HA 2G69A 5P10A 3OQKA 5P46A 3L59A 1SDTA 1HVCA 3ZLQA 4RCDA 2PH6A 4FAFA 1K6TA 3KFRA 4PYVA 2Q54A 2B60A 2O4PA 5DQCA 3PWMA 4U8WA 3PVKA 5P8SA 2V11C 2O4KA 2FDDA 5OZBA 5P2MA 4QJ6A 4Y3EA 3VSXA 2WF1A 5P88A 5OZNA 1MERA 1FQ8A 4CPQA 4Y3TA 4Y4WA 4RZ1A 5P0JA 5P8MA 3ZMGA 4B72A 2G1RA 1LYAB 1HIHA 4K9HA 3S43B 3TNEA 5P6IA 4JECA 4I12A 4Y53A 4LP9A 5P3UA 2NXMA 3EKYA 5KR1A 1APTE 4RVXA 4IVTA 4J0VA 5AH9A 2I4WA 2ZJMA 1IVQA 2VIZA 2P3AA 5OZEA 5OZZA 4KUPA 1APUE 5P4LA 4KE1A 2FNTA 3L5FA 4Y58A 1C6XA 1BAIA 4J55A 1KJ4A 4AMTA 3EM6A 5AH6A 1YX9A 5HDVA 2AZBA 1WBKA 4FCOA 4K8SA 4ER2E 4H3IA 3UFLA 3EKVA 4EP3A 2O4LA 3OHFA 1IBQA 2H6TA 5P4IA 2ZJLA 3EKXA 3ER3E 3KDCA 3VG1A 3OU1B 3QI1A 5P6MA 5P5PA 5P0MA 5P5NA 5P0FA 5P2YA 5P1UA 4Y3MA 2ZJKA 3DV1A 4UPJA 2BQVA 4GJAA 3HBOA 3UDJA 3BXSA 3TOFA 3FX5A 3RSVA 3CIDA 2O4NA 4Y4DA 5P4EA 3KN0A 5P03A 1ZPAA 5P1JA 5P42A 3UDQA 5JFPA 5P7VA 4EJKA 5P7BA 5P3BA 1HTFA 1MRWA 2BKTA 2HS1A 5P2LA 2ER7E 1GVVA 5P45A 4DH6A 3SA9A 1EPPE 5P3OA 2QCIA 4OBKA 2WJOA 3TKWA 1FQ5A 3HLOA 3DJKA 3DUYA 3BRAA 2UXZA 3T7PA 5P3QA 1LF3A 1JLDA 2R38A 5P4DA 5DR4A 3UFNA 3NU9A 2F3FA 4Y50A 3DOXA 4Q1NA 5P4RA 4I0HA 5EZXA 2ZDZA 5P7NA 4YE3A 3IA9A 1FQ7A 5P8JA 4H3JA 1HTGA 3IXJA 4QJ8A 5UPJA 4CPUA 1G0VA 3L5BA 4MC1A 3EM4A 1EBWA 3JVWA 5P8QA 2ER0E 5OZDA 5P3ZA 2QI4A 4OBZA 2WKZA 2ASIA 5P3KA 4FRJA 3NDXA 5P0HA 3S7MA 2UY0A 1HOSA 3PRSA 1YT9A 3S54A 3T6IA 5KAOA 2ZGAA 1M0BA 3VV6A 2V0ZC 2JXRA 3NXEA 4J5JA 1Q9PA 5OZAA 5FIVA 5P07A 2ZE1A 5P0DA 5PEPA 4OC6B 1B6PA 2ZJIA 3VF7A 1EC0A 1ZLFA 3RTHA 1EAGA 1HIVA 1EBZA 2WEZA 4CPWA 3OHHA 2NNKA 1WBMA 5P55A 3Q70A 4Y48A 1HPXA 5P72A 1DMPA 1SP5A 2APRA 3TOHA 4QGIA 5KQZA 4YHQA 2XYEA 3HAUA 2B8LA 5P7CA 4GJDA 2P3DA 4XKXA 5KR8A 4YD7A 3NDUA 4I8ZA 4DQGA 3IN3A 4Y3XA 5AHCA 3GGAA 2R3WA 2JE4A 2P8HA 3PJ6A 4OBHA 4GIDA 1TQFA 1K1UA 5HD0A 4DJUA 5OZHA 5P05A 2VA5A 1HHPA 4Y3QA 5P7RA 3BVAA 3K5GA 5OZQA 1BDLA 5HVPA 3LPKA 2BPZA 5P6QA 3ZPUA 4ZPGA 3ZL7A 3NDWA 1TW7A 2QI5A 5P1WA 4PPHA 5P5BA 3LZSA 4CMSA 3OAGB 5P12A 1PPME 2AOIA 4YD3A 3R2FA 5IVSA 5P2UA 1BDRA 1HSIA 5COPA 3MXDA 3NU4A 2HB4A 1EPQE 5P8CA 5AHBA 5P7GA 3G70A 4CKUA 4TVGA 1WKRA 5P61A 4NJUA 4DQEA 5P52A 3KM4A 5P8PA 3S85A 4GJ6A 4GMIA 5P2WA 5P3WA 3O9HA 5P47A 5P3SA 3EL0A 5JG1A 5P2GA 2BB9A 1IDBA 4QLHA 5P1QA 4Y3ZA 2P3BA 3SA6A 1HVHA 2QMPA 5P5YA 5DQ5A 2QMDA 5P44A 3SKGA 4LBTA 4HVPA 5P6FA 4J1CA 4Y51A 3PLLA 1HXWA 5P4KA 5P8UA 5P2TA 5OZ5A 5P86A 3BHEA 2VNMA 4AA8A 1MSNA 2NMYA 5P0BA 4KB9A 4N00A 5P67A 4ACUA 1ZP8A 5P4XA 5P0OA 5P81A 3JW2A 4Y4UA 2AVOA 1EC3A 2G1OA 1EEDP 1AJVA 3L5EA 2WEBA 1FMBA 1HVRA 5BRYA 5P4SA 4RROA 5OZYA 3UDPA 1KJFA 5P26A 1K1TA 5P1BA 2G22A 6APRE 1IIQA 5P5XA 3N3IA 3O9IA 5P22A 4Q1YA 1PROA 4HA5A 5P1SA 2PMAA 2CEMA 5P60A 4ER1E 4YCKA 3OQDA 3PM4A 4HDPA 4AUCA 4OBFA 5P79A 2ZHTA 3DV5A 2AIDA 4Y3PA 5P3TA 5P18A 4DJQA 4CPSA 5OZTA 5P8AA 3NXNA 5P17A 2ZHUA 2QI6A 4CP7A 2G1YA 5P2FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3APP A;  1LS5 A;  4R8Y A;  5OZ9 A;  4ACX A;  3UQP A;  4ZPF A;  4APR E;  2B7F A;  3EC0 A;  4J1K A;  2J9K A;  5P1C A;  4I0F A;  1IVP A;  1AID A;  4PHV A;  3OUD A;  1ZBG A;  5P7P A;  1BWA A;  2AVQ A;  1EPR E;  2F81 A;  3OGQ A;  4L1A B;  3M9F A;  1BXQ A;  4U7Q A;  1B6L A;  3A2O A;  4YA8 A;  1D4H A;  5IE1 A;  5P1D A;  3TPJ A;  2FMB A;  4Y4E A;  5P3H A;  5P49 A;  1UPJ A;  4LAP A;  2Q15 A;  3ST5 A;  3BC4 A;  1APV E;  2B42 A;  3SA5 A;  5P34 A;  5P5G A;  5OYW A;  5P5O A;  4APE A;  4DJR A;  3QRV A;  2QNP A;  5P5L A;  5OYR A;  5P7H A;  5P8V A;  5P39 A;  3T3C A;  1EC1 A;  2JJI A;  5P2Z A;  3ZPT A;  3MWS A;  2QD7 A;  5P4T A;  2J9J B;  3UTL A;  5P8O A;  5DGU A;  4FSE A;  4GB2 A;  2FGU A;  2Q3K A;  5P2B A;  4Y36 A;  1HSH A;  3VF3 A;  4E43 A;  3VFA A;  4ZSR A;  1LYB A;  4Y4B A;  4FAE A;  2REN A;  4Y35 A;  5OZM A;  3PCW A;  1K6V A;  4Y44 A;  3PMU A;  5P7Q A;  2WF3 A;  5P0C A;  4GJ7 A;  5P6R A;  1LZQ A;  3I6O A;  5AGZ A;  4Y43 A;  3L38 A;  5P57 A;  5OZJ A;  3IND A;  4F75 A;  5P71 A;  1HVK A;  1SMR A;  3QPJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5APR E;  3UDY A;  2AOF A;  3C9X A;  4R95 A;  1OEX A;  5OZV A;  2ZHR A;  3ZKX A;  2OHN A;  1MSM A;  3PSG A;  4EP2 A;  3PI0 A;  2ANL A;  1C6Z A;  3ZKG A;  5P5J A;  4NJT A;  3PCZ A;  5P19 A;  5P1X A;  2P3C A;  4Y5K A;  3L5C A;  4Y57 A;  4Y4A A;  5P0Y A;  5DQ4 A;  2R5Q A;  3B80 A;  5COO A;  2ER9 E;  3GI5 A;  5B18 A;  5P7L A;  5HE7 A;  3O99 A;  2HS2 A;  1UH9 A;  3QIH A;  3UDH A;  3O9F A;  4Z4X A;  4KE0 A;  1FQX A;  5P13 A;  4FE6 A;  4JOO A;  2PSU A;  5P0K A;  3L3A A;  5P0I A;  3EKQ A;  1G35 A;  5P51 A;  1ODX A;  3LIY A;  3NUO A;  5OZL A;  1BVE A;  4HDF A;  5P7K A;  4Y5M A;  1GVU A;  1MPP A;  5P5S A;  3NR6 A;  5DQ1 A;  2QU2 A;  3KFN A;  4ZPE A;  4B78 A;  3MSL A;  3VYF A;  2F3K A;  1W6H A;  1TCX A;  3OAD B;  4RYC A;  5OZ7 A;  3BUF A;  1SGU A;  5P09 A;  2AZ8 A;  5DR1 A;  5P3Y A;  2NTR A;  5P82 A;  3ZKQ A;  5P1Z A;  1GVW A;  3LIT A;  4Y3G A;  1FF0 C;  1A94 A;  9HVP A;  5KOS A;  5OZI A;  3HAW A;  5P23 A;  5I3W A;  4OBG A;  1TSU A;  1HPO A;  5DR7 A;  2OF0 A;  4M8Y A;  4GJ9 A;  5P35 A;  4FSL A;  5P5T A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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