5P09A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 56
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p09A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p09A01
3I25A 1HVLA 3O9EA 3OU1B 5P7IA 1Z8CA 1ZSRA 1ENTE 2JE4A 5P2CA 4DQCA 2AZ8A 3G6ZA 4UPJA 5P3FA 5P6NA 2BPWA 3D1ZA 4ACXA 3LPJA 5P7FA 2G24A 2I4DA 4A6CA 2ER0E 2QMFA 2F80A 2I1AA 4A6BA 1MTBA 1LV1A 5I70A 1D4YA 4B1EA 1ME6A 3VF3A 2PSVA 2RMPA 5P8SA 3KMXA 1GVWA 4Y3NA 5OZWA 1W6HA 3K4VA 4YBIA 1EPLE 4GB2A 1W51A 1MTRA 2OHQA 5P4YA 4Y5GA 2OHNA 3KDDA 3LIYA 2QU2A 4Y3GA 4B1DA 4N00A 4AA9A 2AODA 4OBFA 3JVYA 1EBKC 2R8NA 5P4FA 1YM4A 3NWQA 1AXAA 2ER9E 4OBHA 4J1FA 3T11A 1RQ9A 5P03A 1GVVA 4LC7A 3TPPA 1GNOA 2P83A 2ZJMA 3HBOA 2G1RA 3GGVA 5P0DA 2AQUA 5P5BA 1K6VA 4S1GA 2V0ZC 5T4SA 4YCYA 4XKXA 5P7WA 2QI1A 2AOJA 2XFJA 5COPA 5P3IA 3EXOA 1EC2A 3R0WA 4LL3A 1PROA 5P64A 3PMUA 3QVIA 1LYAA 5HTZA 1AZ5A 1HPVA 1KJFA 3BC4A 5P1BA 2BPXA 5OZ9A 3KMYA 1HTFA 5P89A 4I1CA 5P6HA 4I0HA 5P6EA 1D4HA 5P3MA 5P8OA 1EPNE 5P20A 3VFAA 2B7FA 2HAHA 1C70A 3BRAA 5P0SA 5P49A 2BB9A 2IQGA 5P85A 3UHLA 5P1RA 3IAWA 5P7DA 1HPOA 4WY1A 3R4BA 1LF3A 3TPRA 1PFZA 5P0XA 2IS0A 4GJAA 3DOXA 2NTRA 4YD4A 3EL1A 5KQXA 1MPPA 1M4HA 1LYBB 3S2OA 3OUDA 2O4PA 3PCZA 1T7KA 1ZPAA 2AOIA 1HVCA 2PQZA 4U7VA 2AZCA 4DPFA 1IZEA 1LS5A 3DK1A 5AHAA 3PEPA 5P5ZA 3LZSA 5AGZA 1IVPA 4B00A 2BPZA 3VV7A 4Y41A 5P3SA 2NNKA 5P3VA 1PPLE 3S54A 5DQ4A 4K4PA 5CLMA 5F00A 4F76A 3QRMA 1GKTA 5OZVA 4DJOA 5OZAA 5P1LA 1ZBGA 2F3KA 2G27A 1SP5A 7UPJA 4J55A 2PYMA 4RVJA 2ZHUA 3KT2A 3SA4A 2Q3KA 1MT8A 2HB4A 2R38A 1HRNA 1HVHA 5P8VA 4DQGA 1YTHA 5P78A 3PI0A 4PZXA 5P6PA 2AOHA 5P4HA 1APVE 5P81A 3U71A 2OHRA 5P7VA 3TOGA 5P48A 3O9FA 5P5TA 2FNSA 2RKGA 3UDNA 4MC6A 4OC6B 5P53A 5P5UA 4RZ1A 5P6RA 4Y6MA 2Q54A 4PPHA 2QNQA 5P7EA 2I4UA 3LZUA 3SLZA 2WEBA 3OU4B 4EQ0A 4GIDA 1TW7A 1T3RA 3CIBA 5OZ2A 1EC3A 4H3GA 5P75A 1TCXA 3UFLA 1LYWA 5P32A 4U8WA 4I12A 3ER5E 1C6YA 3PWMA 1HTRB 2Q11A 5SY2A 5P3GA 4R5NA 3UDHA 1LYAB 4U7QA 2RENA 1FQXA 5P1JA 5OYXA 4YOBA 4Y4XA 5OZEA 3UQUA 3A2OA 4QJ6A 5P72A 3FSMA 1EPOE 3CICA 2HS2A 2WF3A 1CZIE 5P7OA 1HTEA 3ECGA 4DVFA 4GJ7A 2VJ9A 5KAOA 5P7TA 3PM4A 4HZTA 3OY4A 1E80E 1EEDP 1ZPKA 2G94A 4ZE6A 3OAGA 5P8JA 4NJTA 1N49A 4F74A 5B18A 3SM2A 3WZ8A 5P5PA 2I0AA 5P36A 3MSLA 5ENKA 5P1TA 5P8TA 4RLDA 2H6SA 4YBFA 3NU4A 5P0KA 5KR8A 3PI5A 5OZ0A 5P01A 4Y3FA 4FAFA 4I0ZA 3HAWA 5P5GA 3OQ7A 4Y36A 3URIA 5OZ6A 4Y5PA 4BEKA 2WEAA 2ZJNA 5OZXA 5COOA 2IGXA 4FSLA 1BVGA 1TZSA 5P0OA 3L59A 3UQPA 1XE6A 4FRJA 5DQ5A 1A8GA 4ZIPA 2I4QA 3DCRA 5P5VA 5HDUA 2ZGAA 5P8PA 2QD7A 2P3DA 4EP2A 3QRVA 4ZSMA 5P1XA 3K4VC 5P0RA 2WECA 5P25A 5P3ZA 5DQCA 1KJ7A 4I8WA 3ZKQA 4L7HA 3EKVA 5P82A 4HDPA 1T7JA 3SA6A 2AOGA 4M8XA 1UH7A 5P3WA 1FMXA 4FCOA 2OHTA 3DUYA 2NR6A 3MWSA 5OZCA 2PYNA 3TKWA 4L1AA 3LIQA 3OU1A 1IDAA 1B6LA 1MIQA 4OD9A 2QI4A 4Y3HA 1FQ7A 4Q1WA 3EKXA 3VYFA 1YM2A 2I4XA 3WSJA 1META 5P1EA 5KQFA 2VJ6A 5HCOA 3OXXA 3PB5A 4LXMA 1A30A 5P7AA 5P7HA 3PRSA 4DUSA 3DCKA 5P4IA 1AJXA 2VIYA 4DJWA 4MC2A 5P8IA 2QI3A 2IEOA 4Y5BA 4Y3DA 4OBGA 5P7LA 1BDLA 2B8VA 4Y56A 5P5IA 5P6SA 3VEUA 3TTPA 1E82E 4RVXA 3GGXA 4EJDA 1YTIA 4BFBA 3OGPA 4K8SA 1M43A 4IVTA 4LBTA 1C6ZA 4B70A 2QK5A 3PHVA 4D8CA 3TPJA 2XFKA 5P6OA 4GJDA 2FDEA 2NXDA 4DJRA 2WF1A 5P66A 2MIPA 3UPJA 1K6CA 2VJ7A 5P63A 3DV5A 5P3PA 5OZIA 3NR6A 3L38A 3CYWA 4A4QA 4DFGA 5P3XA 3WB5A 4R93A 3CMSA 3L5CA 2AOEA 2QD6A 2HIZA 3KA2A 3Q4BA 5OZJA 1RPIA 4GJ5A 5P4VA 4Y4JA 3R2FA 5P69A 3OXVA 1RV7A 5OZTA 2O4SA 3GGUA 4ZPFA 4H3FA 2R3WA 3QVCA 4F73A 1SDUA 3OAGB 5F01A 1IZDA 5P0JA 2O4KA 1SIPA 2G1NA 1WKRA 3IN4A 3IVHA 1DW6C 3GW5A 4Y3YA 2P3BA 1DAZC 5P4LA 1BV9A 4GYEA 3TPLA 3NDUA 1BXQA 2APRA 1HTGA 4Y3MA 1SBGA 3LPKA 3SO9A 3KYRA 2ZJHA 2WF4A 2O4LA 5DR3A 3KT5A 4X7IA 4B78A 3URJA 5P60A 5P1NA 5TOLA 3EL9A 3GI6A 1XE5A 1G0VA 5OZRA 5P4TA 5KR0A 4Y4DA 4Y3RA 5HDZA 1SH9A 5P55A 5P7JA 5P74A 5P34A 4CPQA 1B11A 2AOCA 2PK5A 5DPZA 1T7IA 2G21A 3F9QA 1PPKE 5P1YA 2AVMA 1LYBA 3NWXA 1NPWA 3ZOVA 3KF0A 3UDRA 1YT9A 5BWYA 1ZSFA 3OHHA 2UPJA 3T3CA 2B60A 5OZGA 3BVBA 3T7PA 5P65A 1A9MA 4RYGA 3R1GB 4L1AB 3PJ6A 5P08A 5OZ7A 5P44A 1D4SA 5P4PA 2WHHA 4TRZA 2WF2A 4J0VA 4OD9B 3OOZA 2PSGA 3SPKA 5HDXA 5IS4A 3BUFA 4PYVA 5P8GA 3TKGA 4GJ9A 2PC0A 3SA8A 3O9CA 5P54A 4ACUA 3Q6YA 1G6LA 5OZYA 5P8UA 4CPWA 3D3TA 4ER2E 3EL0A 1BDQA 5P0GA 3LIXA 3NUOA 4EHCA 3IXJA 2VNNA 4RVIA 1IZHA 4Y57A 4HEGA 4YDGA 4M8YA 5P3RA 5P45A 4OC6A 2R3TA 3ZKSA 3HLOA 5P4GA 2IKOA 3D20A 1HXBA 5P83A 3APRE 1QS8A 5P07A 5P7CA 1KJ4A 3VSXA 3KM4A 3UDQA 3OU4A 4Y35A 4RCEA 4DI2A 3BXSA 5J25A 4YA8A 1A94A 4Q5MA 4R91A 3BXRA 4Y3TA 1ZTZA 5P2TA 3PWWA 1DPJA 4FM7A 3EM6A 3Q5HA 4FRSA 4AMTA 5P5OA 3OQDA 2HS1A 3OXWA 5AHBA 5P3YA 5P8BA 9HVPA 3SABA 4EP3A 2BQVA 1SMRA 4GZFA 5P5AA 5P6FA 2P3BB 4Y4UA 1W6IA 5P7PA 5P1ZA 1FF0C 5AH9A 3T7QA 1IVQA 3INFA 1UH8A 4QJAA 2ZJJA 3BHEA 5P5SA 3BGCA 5P3CA 5P7KA 2F3FA 1YTGA 5AH6A 4QJ8A 3OOTA 4Y5AA 1SMEA 1E81E 1FQ6A 2VIEA 3OK9A 1HVKA 3WZ6A 5P2YA 2QI7A 3PBZA 3KFRA 5OZBA 1OD1A 1ODWA 2ZHSA 3HDKA 5JFPA 3SKGA 2WKZA 2VIJA 4ZEAA 3JW2A 5P0FA 3RTMA 5P62A 4XXSA 4J0TA 3TOFA 5P0UA 3C9XA 5P79A 3TOHA 4Y38A 3IA9A 5P50A 3ST5A 4OBJA 5P7UA 3ZKGA 1GNMA 2Z4OA 1IBQA 5P6ZA 3UQXA 5P4RA 2QZXA 3EKPA 5I3YA 4LHHA 2IGYA 1MEUA 2ZE1A 5P2KA 1CMSA 5PEPA 1KJHA 1A8KA 1OHRA 4HVPA 5P6VA 4Q1YA 5P06A 2JJJA 5C9FA 1CPIA 3L5DA 3EL5A 5P8CA 4DH6A 3VYEA 5OZ1A 5P2IA 5P1SA 7HVPA 4AUCA 1FLHA 4J1CA 4I0JA 4D89A 5P3UA 1BV7A 3OHFA 4Z22A 3ZL7A 5P88A 1MT9A 5HU0A 2IRZA 2PWRA 2A1EA 4Y3LA 2OHKA 5P4MA 4YD5A 1HVIA 5P0PA 4LXAA 1Z1RA 1YTJA 4I0FA 1HEFE 5P24A 4J0YA 4Y5KA 2QNPA 3OTYA 4J5JA 3G72A 3RVIA 3LPIA 5P71A 5P0BA 2PH8A 5P6CA 4FS4A 2V11C 3BUGA 5P4SA 5KQYA 3D1YA 3SKFA 1EPPE 4Y4AA 2NMYA 3I2LA 5OZ3A 4ZSRA 1W50A 5P3BA 5P1OA 3PWRA 1TSQA 5P18A 2NPHA 4RRNA 3FNSA 5P2VA 4RGHA 1AJVA 1K1TA 2WF0A 4XX4A 5KR1A 3VLAA 1XL2A 4L6BA 5C9DA 1C6XA 3OU3A 3SA7A 2ASIA 5P2JA 1TSUA 3EBZA 3RU1A 3S8IA 5OYSA 3N3IA 3KFNA 2Q55A 3CKTA 2I4WA 2AIDA 4FE6A 5P2DA 2QI0A 3O9IA 2QNNA 5DQ2A 3PVKA 5P5MA 4PEPA 4WY6A 5P5XA 5P8MA 4B0QA 3GGAA 1Z1HA 5P8HA 3N4LA 1VIJA 3NUJA 3AUPA 4NJSA 5P4OA 1T6EX 4J0PA 5P84A 1J71A 5P3KA 1IZIA 4RCDA 3AIDA 3KFPA 2QMPA 3UDMA 1HSIA 4COEA 4OBZA 3OUAA 3TNEA 3PSUA 4J1IA 3O9LA 1JLDA 5DR4A 2FXEA 2PMAA 1D4IA 1HBVA 2G26A 4H3IA 4DJUA 5P43A 1BBSA 4YOAA 5SY3A 5P4BA 4ZPGA 2AVSA 1AIDA 1XS7D 4J54A 5P2LA 3NYGA 3VLBA 1FQ5A 2IL2A 3EC0A 1HVJA 5P8AA 5P7QA 5P6YA 1WBMA 4OBDA 2NNPA 4FRKA 1LF2A 1W5YA 3OQFA 2EWYA 4Q1XA 4Y37A 4Y39A 2AVOA 1MERA 1HSHA 5P22A 3RTNA 5P52A 5P3EA 3ER3E 4DJXA 3BVAA 2FNTA 3MXEA 5P7SA 5P1FA 4Y44A 2BKSA 5P0WA 2PSUA 5P1AA 1FKNA 5IVSA 5P6BA 4Y3JA 2FS4A 3EKQA 1FGCC 5KQZA 2CEMA 4Y53A 3ZPTA 1YG9A 3R0YA 1AM5A 5P38A 3ZPUA 4DV9A 5P1IA 1MSNA 5OYZA 1BAIA 4RRSA 5DR7A 4YD3A 3FX5A 2JYSA 5P2XA 4HA5A 5P5KA 4DJPA 5CONA 5P4UA 4Y3WA 1OEWA 1RL8A 3L5FA 5P4CA 3PLDA 4QLHA 2ZJLA 2ZDZA 1FG8C 2G1SA 1SDVA 1HVRA 5P5FA 2V16C 5E5JA 4MC1A 3QI1A 4RCFA 3SA5A 2IENA 3K1WA 5P12A 4DQHA 2QU3A 3Q3TA 3K5CA 5HE7A 5P1MA 5P1UA 3K5DA 2BPVA 3K5FA 5OZLA 5P8QA 1HOSA 5OZMA 1G2KA 1W5WA 5P30A 2R9BA 5P5NA 4Y5LA 4DJVA 3O9BA 5IVQA 1ODYA 4Y3QA 5P8KA 2A4FA 5P1QA 2IDWA 3BGBA 5KOSA 4Y5MA 2G1YA 4CKUA 3LITA 2BBBA 3UF3A 2J9JB 5OZFA 2G22A 2QZWA 3BUHA 4TRWA 2F3EA 5P5HA 3VF7A 5APRE 4QJ9A 2O4NA 2FIVA 3U7SA 4Y4BA 4JP9A 2VIZA 4Y5CA 2WEZA 5OZHA 2QCIA 4I11A 1UH9A 3UDKA 5P7BA 3B7VA 4OBZB 4PHVA 5P56A 3O9LB 1FB7A 4K4QA 4DQFA 5P3QA 4Y4ZA 3QBHA 5P6AA 3ZPSA 2ER7E 1EPME 3NDXA 2VA7A 3T6IA 2NXLA 3NU9A 4FL8A 5P13A 4I0IA 1D4KA 4L7JA 3NU6A 3VF5A 2AVQA 4J0ZA 2QAKA 4LXKA 5P80A 1BILA 3IVIA 4GJ8A 4Y5NA 4CPTA 2CENA 3QAAA 5P5DA 4CPSA 5P7YA 1YX9A 3TL9A 1QDMA 2J9KA 5I3WA 4Y51A 5OZDA 2Q64A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3I25 A;  1HVL A;  3O9E A;  3OU1 B;  5P7I A;  1Z8C A;  1ZSR A;  1ENT E;  2JE4 A;  5P2C A;  4DQC A;  2AZ8 A;  3G6Z A;  4UPJ A;  5P3F A;  5P6N A;  2BPW A;  3D1Z A;  4ACX A;  3LPJ A;  5P7F A;  2G24 A;  2I4D A;  4A6C A;  2ER0 E;  2QMF A;  2F80 A;  2I1A A;  4A6B A;  1MTB A;  1LV1 A;  5I70 A;  1D4Y A;  4B1E A;  1ME6 A;  3VF3 A;  2PSV A;  2RMP A;  5P8S A;  3KMX A;  1GVW A;  4Y3N A;  5OZW A;  1W6H A;  3K4V A;  4YBI A;  1EPL E;  4GB2 A;  1W51 A;  1MTR A;  2OHQ A;  5P4Y A;  4Y5G A;  2OHN A;  3KDD A;  3LIY A;  2QU2 A;  4Y3G A;  4B1D A;  4N00 A;  4AA9 A;  2AOD A;  4OBF A;  3JVY A;  1EBK C;  2R8N A;  5P4F A;  1YM4 A;  3NWQ A;  1AXA A;  2ER9 E;  4OBH A;  4J1F A;  3T11 A;  1RQ9 A;  5P03 A;  1GVV A;  4LC7 A;  3TPP A;  1GNO A;  2P83 A;  2ZJM A;  3HBO A;  2G1R A;  3GGV A;  5P0D A;  2AQU A;  5P5B A;  1K6V A;  4S1G A;  2V0Z C;  5T4S A;  4YCY A;  4XKX A;  5P7W A;  2QI1 A;  2AOJ A;  2XFJ A;  5COP A;  5P3I A;  3EXO A;  1EC2 A;  3R0W A;  4LL3 A;  1PRO A;  5P64 A;  3PMU A;  3QVI A;  1LYA A;  5HTZ A;  1AZ5 A;  1HPV A;  1KJF A;  3BC4 A;  5P1B A;  2BPX A;  5OZ9 A;  3KMY A;  1HTF A;  5P89 A;  4I1C A;  5P6H A;  4I0H A;  5P6E A;  1D4H A;  5P3M A;  5P8O A;  1EPN E;  5P20 A;  3VFA A;  2B7F A;  2HAH A;  1C70 A;  3BRA A;  5P0S A;  5P49 A;  2BB9 A;  2IQG A;  5P85 A;  3UHL A;  5P1R A;  3IAW A;  5P7D A;  1HPO A;  4WY1 A;  3R4B A;  1LF3 A;  3TPR A;  1PFZ A;  5P0X A;  2IS0 A;  4GJA A;  3DOX A;  2NTR A;  4YD4 A;  3EL1 A;  5KQX A;  1MPP A;  1M4H A;  1LYB B;  3S2O A;  3OUD A;  2O4P A;  3PCZ A;  1T7K A;  1ZPA A;  2AOI A;  1HVC A;  2PQZ A;  4U7V A;  2AZC A;  4DPF A;  1IZE A;  1LS5 A;  3DK1 A;  5AHA A;  3PEP A;  5P5Z A;  3LZS A;  5AGZ A;  1IVP A;  4B00 A;  2BPZ A;  3VV7 A;  4Y41 A;  5P3S A;  2NNK A;  5P3V A;  1PPL E;  3S54 A;  5DQ4 A;  4K4P A;  5CLM A;  5F00 A;  4F76 A;  3QRM A;  1GKT A;  5OZV A;  4DJO A;  5OZA A;  5P1L A;  1ZBG A;  2F3K A;  2G27 A;  1SP5 A;  7UPJ A;  4J55 A;  2PYM A;  4RVJ A;  2ZHU A;  3KT2 A;  3SA4 A;  2Q3K A;  1MT8 A;  2HB4 A;  2R38 A;  1HRN A;  1HVH A;  5P8V A;  4DQG A;  1YTH A;  5P78 A;  3PI0 A;  4PZX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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