3DM6A

Beta-secretase 1 complexed with statine-based inhibitor
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
388
structure length
369
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design, synthesis and SAR of potent statine-based BACE-1 inhibitors: exploration of P1 phenoxy and benzyloxy residues
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 92
structure length 369
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3dm6A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3dm6A02
5P3KA 3OXCA 5P8KA 3T7PA 3LIQA 3H5BA 1T6EX 1SDTA 3EL1A 4DVFA 3VFBA 4OBGA 5P1AA 5P1NA 5P3HA 5P2WA 4Y38A 4GJ5A 4YCKA 3EM6A 5OZ3A 5P7ZA 3OWNA 5P04A 5OZ0A 5P8LA 1UH8A 1FQ4A 4RGHA 4AUCA 3OAGB 2VA5A 3QBHA 4F76A 5P76A 2ZHVA 9HVPA 5OYRA 3BUHA 5OZRA 5P0DA 2AVSA 1FFFC 4FS4A 2ANLA 5P6PA 1GVTA 3HAUA 5P5MA 4D8CA 3SA5A 4TRZA 1D4JA 5I3VA 2JXRA 5C9FA 4Y56A 5P2FA 1A30A 1MUIA 1SIVA 4UPJA 1RQ9A 1ODWA 3ZKIA 5P70A 4I0DA 3SA8A 1XN2A 2OHQA 4PHVA 2HS1A 2AOCA 2WF0A 3TKGA 5P3VA 1KJGA 3KFRA 5P69A 2J9KA 3QRVA 3UDNA 5P2YA 5P74A 5P4YA 1EC3A 3A2OA 3IGBA 2G27A 2B7FA 1FB7A 2B8VA 4GJ9A 2V12C 3PJ6A 5KOQA 4CPRA 5P2BA 3UQPA 5P5HA 3ST5A 5P7JA 4B1CA 5P78A 1EPRE 5P5BA 3QRSA 5KR0A 4EHCA 4EJKA 2FS4A 3OADB 4FM8A 4ZSMA 4J5JA 4ACUA 2ZJKA 4ZLSA 3SFCA 3UDQA 2O4NA 1META 3TOGA 5P6YA 3QPJA 4RYGA 3IXOA 1FQ8A 3RTHA 5P8SA 2AVVA 1T7KA 1SMRA 3G72A 5SY3A 2OHKA 5P7FA 5IVSA 5JFUA 3NDUA 5P3EA 2P83A 4DJPA 4Y5KA 4L7JA 2ASIA 3OU3A 3IA9A 1LS5A 3QBFA 4JOOA 1IZHA 2RSPA 5ENKA 4EP2A 5P2HA 1HTFA 2IGXA 2F8GA 1J71A 2UXZA 3ER5E 1YM4A 3UCBA 4DQFA 3O9FA 4R5NA 3PWRA 5BS4A 4A6BA 1FF0C 3Q4BA 5P1MA 3IXJA 5EZZA 5P82A 2HS2A 3LZSA 3KDDA 4YCTA 1ZJ7A 4QJ7A 3FNUA 1SP5A 1K6CA 4XX3A 4Y58A 3I8WA 1LF4A 2WF2A 1UH7A 3TTPA 1HSHA 1TW7A 3D1ZA 5P4IA 3EKYA 2VA7A 4DJXA 2R5PA 3K5GA 4H1EA 5P63A 1DP5A 3S53A 5P46A 3QS1A 3SKFA 4FM7A 3PHVA 4I0EA 1PROA 1HVCA 5OZUA 2WF4A 2NTRA 1NH0A 3ZKMA 3HBOA 3NDWA 3I7EA 2VNMA 3TPJA 4L1AA 2VNNA 5P58A 1HVIA 2ER7E 3OUDA 1ENTE 3BVBA 1B5FB 4YA8A 2FDPA 5P6BA 1Z1RA 5BRYA 5P24A 2WEAA 1MPPA 3GGXA 4CPQA 5P68A 4DV9A 3DV5A 1EBWA 1RPIA 5OZZA 5P8GA 1FQXA 3NLSA 5OZ2A 5P7VA 2OHTA 3PEPA 3QIHA 1BDLA 4L1AB 4OC6A 3OUDB 4YE3A 2JJIA 1DPJA 2QHCA 2ZGAA 3OGQA 5OZ6A 4K8SA 2PK5A 4FRSA 2VIEA 4Y3HA 2CEJA 4Y3QA 1K2BA 5OZLA 4R91A 3BRAA 3UHLA 3SACA 5P7SA 3IVHA 1PSNA 3NXEA 1BDRA 4J0PA 4D85A 1YTJA 3OY4A 4OC6B 4QJ9A 2A4FA 5P1RA 2FIVA 5P3BA 4Y3TA 1MEUA 1LYBB 4QLHA 4Y5MA 2WEDA 4HE9A 4DI2A 5HE7A 5P2MA 4Q1XA 3OQDA 5P8NA 2QMGA 5P8TA 3KFPA 3ZKSA 1UH9A 5P6OA 1XE5A 4Y3NA 4S1GA 4YD3A 1B6JA 4DQHA 5P00A 5DPZA 2FLEA 3VEUA 4Z4XA 3UDJA 5P0GA 3OOZA 3SM2A 1HVKA 4RRNA 1DIFA 2Q63A 3KM4A 3D20A 3PSGA 4Y3LA 4LAPA 1HSIA 5AH6A 5P3RA 3HVPA 2IRZA 4DH6A 4Y4GA 1GKTA 2OAHA 2OHPA 2QI6A 2ER0E 2G1RA 4Y4UA 2AODA 2XYFA 4DQCA 1HTGA 4YDGA 5P1JA 3JVWA 4OBHA 5P2GA 5P4RA 1FLHA 4J0VA 2PSUA 3PMUA 1ZPAA 4Y3PA 4Y3MA 5P5QA 3OUCA 1YX9A 4KUPA 2FNTA 5P3MA 2IQGA 5P0HA 4DJUA 3B80A 4Y48A 2Q64A 3OXWA 4WY1A 1XN3A 1LV1A 4EQ0A 3KN0A 1HPXA 5C9DA 4TRWA 5P7BA 1HVRA 1SIPA 1E5OE 2WL0A 2XFIA 5AGZA 3EKWA 2QAKA 4BELA 1M4HA 3K1WA 2PSVA 5P0WA 2F3KA 2AOHA 3UDYA 5P1TA 4K4PA 3LITA 4BFBA 3BXSA 3WZ7A 2VIZA 5P3QA 3EKPA 3APPA 1G35A 1GVWA 3T7XA 3QROA 2ZE1A 1FG8C 4GJCA 2BBBA 4Q5MA 5DR4A 1C6XA 4XXSA 1D4KA 2OF0A 2QI1A 4HLAA 3IN3A 1ZBGA 1QDMA 5P0IA 2XFJA 5HTZA 1EPLE 5P7IA 4Y4XA 3GI5A 5DR8A 3TH9A 4Y5PA 1B11A 3O9IA 5P7AA 5HCTA 5P3ZA 1FGCC 4CPWA 5P8CA 3B7VA 3KFSA 2RKGA 3H0BA 2ZDZA 4QGIA 5P40A 2CENA 4Q1NA 5HVPA 4ZSRA 3INEA 2AZ9A 3K5CA 2J9JB 5P4AA 5P1IA 1A94A 3VLBA 3RTNA 4GZFA 3BHEA 1C6ZA 2QI3A 1EBYA 5P5WA 3VV6A 5P6XA 2WEZA 4IVSA 5P2CA 4M8XA 3QN8A 5PEPA 2AVQA 3D1YA 3S43A 2AOEA 2AZ8A 3NDTA 4EYRA 2P3DA 3T3CA 3EMYA 5P4WA 2I4DA 4J1HA 3S56A 3ZPTA 3LPKA 1MERA 4B1DA 4GJDA 1PPKE 4RVJA 3LINA 5P2TA 5I3WA 4Y5LA 3HDKA 5P4OA 1EPPE 3MWSA 4R8YA 2NMZA 5P56A 4Y6MA 3QVIA 5HE4A 2I1AA 5P8JA 5IS4A 2FDDA 5P13A 1AIDA 5P1PA 3S43B 4IVTA 2VA6A 4DJVA 4CPSA 4Y3SA 4NJVA 4Y3YA 3QAAA 5DR7A 2PC0A 1MESA 4EJLA 2P3CA 5P8RA 5OYZA 2R38A 3R2FA 2AVOA 5OZ9A 4RZ1A 1HIIA 2Z4OA 5P7NA 4I0FA 5P0FA 3WB5A 3VUCA 4Y5CA 5P6QA 4Y36A 3NXNA 4Q1WA 1LF2A 3OQKA 1OEXA 5HDVA 5P4SA 1MVPA 5OYQA 5KQYA 1QBUA 5I70A 5P7LA 5P6KA 3DM6A 1ODYA 4JECA 4NKKA 3I25A 5COKA 4Y53A 4DJOA 3MXDA 4Y3FA 1B6KA 5OZPA 3PRSA 1CPIA 1ZSFA 2QP8A 3EKTA 4JPCA 4Z2ZA 5P42A 5UPJA 5KR2A 5COPA 3UDKA 5P8BA 5P7GA 1LYWA 4HEGA 1HPVA 5P6HA 2AZBA 3ZPUA 4J0ZA 4YD4A 3CIBA 5P0QA 5P1EA 5P2SA 4YBIA 5P0VA 5P80A 4F75A 1SDVA 3L5CA 4AZYA 3PBZA 1MSMA 5P1HA 5P7HA 5P65A 3N4LA 4LXAA 3MSKA 3GGAA 2JJJA 2V00A 5JG1A 5OZBA 5P34A 1HEGE 1PPLE 5P0OA 4GIDA 3BC4A 3URIA 5P36A 1HHPA 1UPJA 3TL9A 1HVSA 1KJHA 5P7MA 1YM2A 1LYWB 2H6SA 2HAHA 3TPLA 4TRYA 5APRE 4Y5GA 5F01A 5P0RA 2FGVA 3L5FA 1IZEA 4H3FA 5P6MA 5P4NA 4J1CA 3PVKA 5P43A 5P0XA 1ODXA 4EXHA 4Y54A 1ME6A 1ZPKA 3VF3A 3U6AA 5OZHA 1WBMA 2APRA 3FKTA 3CKRA 3O9BA 5AHBA 3AUPA 3OADA 1XL2A 2WHHA 3JVYA 3M9FA 4Y39A 5OYVA 2R3WA 3KT5A 1DW6C 4FRIA 4LXKA 3O9AA 3Q3TA 1MTRA 1FFIC 2ZHUA 5DR1A 1QS8A 5OYWA 5HU1A 4K4RA 2R5QA 5P84A 4KE0A 1EPME 3KF0A 3SA3A 1GVXA 5OYXA 4GJAA 2JE4A 5P7EA 3RSXA 1NPVA 3UQWA 5OYUA 1AJVA 1VIKA 1EAGA 4Y5AA 1IBQA 3D1XA 5HD0A 4LC7A 5P32A 4Y3XA 5ENMA 3PI5A 1BDQA 2HPFA 5P1SA 5P8HA 1YG9A 5P08A 6UPJA 3WZ6A 4FLGA 2NPHA 1QBTA 2QI4A 5P6AA 1TCWA 4APEA 2ER9E 1KJ4A 4BFDA 5P10A 5P4JA 3MSLA 4I8WA 3L5EA 1XDHA 5CLMA 1AAQA 5P44A 5P7TA 5P5SA 1AXAA 2Q5KA 4Y4JA 5B18A 1FEJC 5OZQA 3ZKQA 1FMUA 5P83A 4Y35A 5P4KA 2HPEA 4WTUA 1E82E 4Y4AA 4OD9A 3OTYA 3NUJA 1EC2A 3OQAA 5P3YA 2A1EA 1WKRA 3OHFA 5P3XA 3AIDA 4RYCA 2R8NA 2ZHTA 2R9BA 5SXNA 1HXBA 3R0WA 2QI0A 5P2UA 3UPJA 1B5FA 3KDBA 2IL2A 2PWCA 5P23A 2CEMA 1EEDP 3S8IA 2QK5A 1SGUA 4OD9B 5P0SA 1K6PA 1QBRA 5P45A 1HVLA 3GI4A 3OGPA 3TKWA 2ZJJA 1D4IA 5P03A 1OD1A 1HEFE 3HVGA 5AHAA 5P8OA 1PSAA 2BPVA 3KMXA 2BKTA 3KA2A 5TOLA 2BPZA 4COEA 5BWYA 2HB4A 1ZP8A 2QNQA 5OZCA 5P4DA 5OZKA 5DR0A 4CPUA 3FNSA 4I0GA 3S2OA 1Q9PA 4J17A 5P8EA 1HPSA 4LHHA 3D3TA 1C6YA 1EPQE 4I0IA 5P5CA 1ZLFA 5P62A 5P2NA 2FGUA 1LYBA 1IVPA 1G6LA 4ZPFA 4ZE6A 4DJQA 3URJA 3LIZA 3PSUA 2P8HA 2V10C 1K6VA 5P0PA 4TVGA 5OZJA 5P5FA 2WKZA 5P5GA 1HRNA 2FNSA 5P3JA 4EPJA 2G22A 5P5RA 5P4CA 5P73A 5P7QA 4JP9A 5P18A 5P3GA 2O4KA 3FNTA 1FMXA 1W5VA 4FRKA 1FQ6A 3LZUA 1HBVA 1EPOE 4HZTA 5P6WA 3L38A 3UDPA 5P3TA 5OYSA 1QRPE 5P28A 2AOJA 3EL5A 4YBFA 2FXDA 1OEWA 2B42A 1T6GA 5P0LA 1BILA 5P54A 3MSJA 1AJXA 5P2XA 2FMBA 3S54A 5P26A 2WF1A 5P2VA 3RU1A 1FG6C 3UDHA 4FM6A 5P8AA 3HLOA 4FSLA 5P50A 1YTHA 4EWOA 1TZSA 5P01A 5P4GA 3TOFA 5P4LA 2OHMA 5P2LA 5P5OA 5P67A 4NJSA 5P7PA 5P5JA 5DGWA 4Y37A 4Y4TA 2QHYA 5P72A 2G21A 2HB2A 3ZMGA 3GI0A 4DQEA 2G1NA 2QU2A 1KJ7A 3ER3E 3OQFA 4D88A 5HDXA 5P4EA 5P4PA 5P5PA 4DUSA 5EZXA 4RVIA 1KJFA 2RKFA 5P07A 4J55A 3L5BA 5P1WA 1ZAPA 3DCRA 3PWMA 5P6VA 5P2JA 2WF3A 5P7YA 1BXOA 4Y3ZA 1U8GA 5P4QA 2R3TA 3T7QA 5P4UA 3T6IA 4OBFA 2Q11A 3APRE 5P66A 3UTLA 4F74A 2BKSA 2WJOA 3DCKA 4NPUA 5P3CA 3UQRA 3INFA 4OBKA 5P4HA 3O9HA 5P8IA 5E5KA 5OZNA 5P79A 3DUYA 4FAEA 3O9DA 5P48A 5P6DA 3PLDA 4Y41A 2QI5A 1IZDA 2PYNA 1PPME 4XX4A 3U7SA 4PZWA 1SDUA 5P5VA 2QNNA 5P7CA 3K5DA 2QNPA 3SA6A 2PQZA 4NJUA 3TLHA 2O4PA 3SA7A 5P6UA 4Y4EA 1B6LA 3IVIA 3BXRA 4MC1A 3ZLQA 4Y5EA 3WB4A 3R0YA 5P52A 1BWAA 2J9JA 3CICA 1JLDA 4FCOA 1SH9A 4PZXA 4R95A 5P77A 5P71A 5P6ZA 4RCDA 4YD7A 1BXQA 4AA9A 5P0YA 5P4XA 5HDUA 3OOTA 3MXEA 4Y4DA 3VV7A 1GNMA 5P8FA 2BPXA 5OZ4A 3DV1A 2NNPA 6APRE 1ZTZA 4FE6A 4QJ8A 5P6IA 2O40A 5P75A 1FMBA 3Q6YA 3PWWA 4CPTA 4FL8A 5P8VA 4DQGA 3TPRA 4ZEAA 5OZSA 2ZJHA 1T7JA 2AOFA 2V0ZC 4X2LA 3KT2A 5OZDA 4L7HA 5OZ8A 2OHRA 1APUE 1AZ5A 4DJYA 3O9LA 1YTIA 3VV8A 3NYGA 2FXEA 3G6ZA 2G1YA 5P1VA 5P3UA 1APWE 3OTSA 5P8UA 2QMFA 4AA8A 4EXGA 2BJUA 4CMSA 5P6CA 3UQUA 3K5FA 5P3IA 5P3WA 2V13A 2PYMA 3Q5HA 1FQ5A 5P5TA 2HB3A 5KAOA 4OBZA 3SQFA 4R93A 4ER2E 3K4VA 3EM3A 3O9LB 5P2IA 5P5UA 4DJWA 2OHNA 1W5WA 2QD6A 3JW2A 3VSXA 1DMPA 1XE6A 1D4HA 1LYAA 4ZSPA 2Q15A 3I2LA 4EP3A 1OHRA 3LZYA 2B8LA 5P1GA 3EKVA 4J0TA 2ZJLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3K A;  3OXC A;  5P8K A;  3T7P A;  3LIQ A;  3H5B A;  1T6E X;  1SDT A;  3EL1 A;  4DVF A;  3VFB A;  4OBG A;  5P1A A;  5P1N A;  5P3H A;  5P2W A;  4Y38 A;  4GJ5 A;  4YCK A;  3EM6 A;  5OZ3 A;  5P7Z A;  3OWN A;  5P04 A;  5OZ0 A;  5P8L A;  1UH8 A;  1FQ4 A;  4RGH A;  4AUC A;  3OAG B;  2VA5 A;  3QBH A;  4F76 A;  5P76 A;  2ZHV A;  9HVP A;  5OYR A;  3BUH A;  5OZR A;  5P0D A;  2AVS A;  1FFF C;  4FS4 A;  2ANL A;  5P6P A;  1GVT A;  3HAU A;  5P5M A;  4D8C A;  3SA5 A;  4TRZ A;  1D4J A;  5I3V A;  2JXR A;  5C9F A;  4Y56 A;  5P2F A;  1A30 A;  1MUI A;  1SIV A;  4UPJ A;  1RQ9 A;  1ODW A;  3ZKI A;  5P70 A;  4I0D A;  3SA8 A;  1XN2 A;  2OHQ A;  4PHV A;  2HS1 A;  2AOC A;  2WF0 A;  3TKG A;  5P3V A;  1KJG A;  3KFR A;  5P69 A;  2J9K A;  3QRV A;  3UDN A;  5P2Y A;  5P74 A;  5P4Y A;  1EC3 A;  3A2O A;  3IGB A;  2G27 A;  2B7F A;  1FB7 A;  2B8V A;  4GJ9 A;  2V12 C;  3PJ6 A;  5KOQ A;  4CPR A;  5P2B A;  3UQP A;  5P5H A;  3ST5 A;  5P7J A;  4B1C A;  5P78 A;  1EPR E;  5P5B A;  3QRS A;  5KR0 A;  4EHC A;  4EJK A;  2FS4 A;  3OAD B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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