4Y3XA

Endothiapepsin in complex with fragment 171
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y3xA01
2WF1A 4DPFA 5P7NA 4GJCA 1M43A 3ZKQA 3GI5A 5P33A 1WBMA 3PCWA 4LXKA 1SIPA 2PH6A 1FG6C 6APRE 3OY4A 4YBIA 3SA8A 5P0NA 1DP5A 3GW5A 5P82A 4R5NA 5P8PA 1C6YA 1HTGA 1MESA 1LYAA 4BFBA 2V16C 3LHGA 1ZJ7A 4GB2A 2ER7E 3UDQA 4EP3A 5P1PA 5P4FA 5F01A 5OZ2A 5P2ZA 5P3JA 1MSMA 5P1GA 3MSJA 1TSUA 5KOSA 1FQ7A 5P5QA 4UPJA 2HAHA 5P1EA 4BEKA 4OBFA 4OBZB 2IDWA 1K2CA 5OZBA 3PBZA 2ZJLA 5P6GA 2ZJIA 3EKWA 2WKZA 2FNTA 5HE4A 4RCDA 1B6PA 2QP8A 4GJ6A 4Q5MA 1UH9A 2BPYA 4NJUA 5UPJA 5P5OA 3RVIA 1FG8C 2AVVA 4L1AB 4Y3DA 3RU1A 5KR8A 3DV1A 3OHFA 4J0ZA 1AAQA 3OU3A 2QZXA 1IVPA 3ZKNA 5OZCA 3EKPA 3GGAA 3D20A 1FLHA 1Q9PA 5P5CA 3M9FA 4AZYA 5P3VA 2PSVA 4TRYA 3NUOA 1HSGA 3LIXA 5P57A 3EM4A 3HVGA 1GNMA 5P0RA 3OOTA 4NKKA 1MTBA 1TSQA 4YD6A 3OTSA 4JPEA 4Y5PA 3NDTA 5P2QA 5P0DA 5P29A 5P4QA 3PMYA 2A1EA 3JW2A 1HBVA 3PI0A 4XX4A 1IDBA 5P4XA 3CMSA 5P7KA 3WZ7A 2F81A 1A9MA 3LINA 5P2GA 5P5VA 4D88A 3K5GA 3HAWA 4ACUA 5KR0A 2WF0A 4OC6B 3R1GB 3QVIA 1IZHA 3QI1A 2QMDA 3UCBA 2NXDA 3RTNA 1RNEA 4B78A 2OHMA 5ISKA 5P7MA 2BB9A 3G70A 3VG1A 4DJWA 1MPPA 2G26A 5P4VA 3UHLA 5P0UA 2ZYEA 5OYYA 3ZKIA 4Z2ZA 3OXXA 2FXDA 1MVPA 4RROA 5P1FA 3CIBA 2VA5A 4EWOA 5P07A 3SACA 5P0OA 1K6TA 4XX3A 4J1EA 3SA3A 5P7VA 2WL0A 2WF3A 4Y5BA 4GJ7A 1MIQA 1ZP8A 1EC3A 5P81A 2R5PA 5P1JA 2Z54A 5OYXA 2V10C 3NU9A 3PJ6A 1B5FA 4DQGA 3L59A 4J0YA 3MSLA 5SY3A 1RL8A 5P0IA 5I70A 1ME6A 1AVFA 4YHQA 4MC2A 5P1ZA 4FL8A 1E5OE 3OK9A 5P2XA 5P36A 4CP7A 5P3HA 3BXSA 4X7IA 4L7GA 3CYWA 1VIJA 4DJYA 5P4JA 3TLHA 2BPWA 2BJUA 4E43A 2B8VA 1KJGA 2Q3KA 2I4QA 1EBKC 5P4UA 4Y4WA 3VEUA 2IENA 3EMYA 4B1DA 2PWCA 5AHAA 1BV7A 2I4VA 5P6XA 3LPKA 5P3AA 2R9BA 1DPJA 5P6KA 1T7KA 1YM4A 1CPIA 3SA7A 2G20A 5ER2E 3QPJA 5P8DA 1HEFE 4Y3HA 3LNKA 4NJSA 1MEUA 5HDVA 5P0EA 3TNEA 1LYWA 1ENTE 3RTMA 1T3RA 4DQBA 1VIKA 2O4SA 3S54A 1KJ7A 3S43B 2ZE1A 3O9IA 2G1RA 5P4PA 5P66A 3EKYA 5KAOA 2FS4A 3EL5A 1FEJC 1XS7D 5P7SA 3O9FA 5P6BA 4JP9A 3NXEA 2AOHA 5P5PA 2CEMA 5AGZA 3EKQA 4JOOA 2P3AA 4RRNA 1XN2A 4EQJA 5OYQA 4Y4XA 3BVAA 1LV1A 4QJAA 4YOAA 5P3DA 5P51A 1HTFA 1BAIA 4YD3A 5ER1E 4Y5EA 2NTRA 3O9CA 5P67A 5P35A 3FNUA 1HSIA 4COEA 1MT7A 3OUBA 2RKGA 4J0VA 1HVJA 2F3EA 4YD7A 1XE6A 2R5QA 5P39A 5HCOA 4CPXA 3EM6A 5P6QA 8HVPA 3TH9A 3PEPA 2ZDZA 1PSAA 1APUE 3GGUA 2QD7A 4CPUA 1T7IA 4B72A 3OQDA 5P2CA 2P3CA 5P5NA 1ZSFA 3KDCA 5P4BA 5P15A 1TCXA 2PK6A 2NPHA 5HU1A 3EL0A 3WB4A 3SAAA 5P10A 1QS8A 4FM7A 5KQXA 4MC6A 4CPRA 4B70A 5P43A 5IVTA 3MSKA 4FRJA 4U7VA 2AOGA 2V12C 3PM4A 2UXZA 3IXJA 1KJFA 2QZLA 1LYBB 3QN8A 5OZ9A 2QCIA 4J54A 2AVSA 3NXNA 5P5IA 4MC9A 1ZPAA 1BDQA 4QGIA 3QBFA 3ECGA 5P7WA 5P1RA 3SA4A 4J1KA 3KFNA 4GJ9A 4LXMA 5P2KA 4Y3WA 2UY0A 3OUAA 1SDTA 4YDGA 5P0TA 4FCOA 2RENA 3LITA 5ISJA 1CZIE 5P6TA 4ZPFA 5P0GA 5OYZA 5BS4A 2P3BA 2XFKA 5P7LA 3ZPUA 1OEWA 3N3IA 1FMUA 1FGCC 2AODA 5DGUA 3A2OA 4R91A 5P6LA 3OGPA 5P04A 4BELA 1AXAA 1UPJA 3OQFA 1ODYA 2WECA 1AIDA 1APVE 3FNTA 2VKMA 5P52A 1QRPE 5P70A 3VF5A 5P6MA 1WKRA 5P4OA 3EL1A 5OZPA 3UTLA 4KUPA 2AVOA 2QI7A 3PCZA 5OYTA 2QI4A 2FGVA 4GZFA 3ZKMA 4DJQA 1D4LA 2Q11A 5OYRA 3O9LB 1YTHA 4APEA 3MWSA 3QRSA 4HA5A 3ER5E 5P2NA 3TOGA 1QBUA 5COKA 3GI4A 3ZPTA 3RTHA 1MRWA 5P8EA 1E82E 4ZPEA 3UDNA 1NPWA 5P00A 3U6AA 1SGUA 2BBBA 5P0SA 3S7LA 1EBYA 5OZ4A 3INEA 3ZKSA 4RRSA 3BGCA 4HVPA 1QBSA 4XXSA 4RCFA 5P2WA 4DJVA 1BXQA 2ZJNA 4GJ8A 2Q55A 2H6SA 5P69A 4FM8A 4WTUA 4GIDA 5HE7A 5P0LA 1D4YA 2R38A 1D4HA 3DK1A 1ZSRA 5KR1A 3H5BA 5P8KA 3R0YA 2IRZA 3IVIA 5P5FA 5DR4A 2OHLA 5P19A 3FSMA 5P3TA 3NU5A 5P2DA 5F00A 1B11A 3OAGB 3LZVA 5OZ1A 3IXOA 4JECA 3BUFA 5P2UA 2WJOA 1TCWA 4RVJA 4Y3MA 4AA9A 2IKUA 5P1IA 2HIZA 2BKSA 4CPTA 5P7UA 4PHVA 4M8XA 4QLHA 3URJA 1UH8A 3R4BA 2ER0E 1ZBGA 3BVBA 5P8SA 3PI5A 5P7JA 2JE4A 5JG1A 5IVSA 5DR1A 1ZPKA 1SGZA 4FIVA 5P28A 5HDXA 1DW6C 5P4KA 1HTEA 1ER8E 5P8UA 5P09A 5P44A 3UQUA 2ZJMA 5P0VA 3S56A 3OU4B 5P75A 2VA7A 2ZHSA 4QJ8A 2AZ8A 5P2HA 3L5BA 2VIYA 1FF0C 1DAZC 5P6SA 5AHCA 2IGXA 2OHPA 4Y6MA 3PGIA 2FIVA 5P4YA 1KZKA 4Y5KA 5P8FA 1SDUA 5HE5A 4FLGA 5P73A 4M8YA 4J1CA 2UPJA 2HB2A 3FV3A 2QAKA 2IQGA 3KYRA 5C9BA 1APWE 5PEPA 5P65A 5P7HA 1W5YA 2XYEA 4Y5GA 3KDDA 4K4RA 4DPIA 4H3FA 2QI1A 1GVTA 4GJAA 2ER6E 5P3BA 3KDBA 4Q1XA 1PPME 3BUGA 3C9XA 4KB9A 2AOIA 4I0EA 5OZNA 1BVGA 2I4UA 5EZXA 5P11A 2I4WA 4DQEA 3BGBA 3OHHA 2HS1A 4B1CA 3EL4A 2J9JB 2IGYA 1EBZA 5P2LA 5P72A 5I3YA 5P1WA 5P0YA 4ZIPA 4OBKA 5P4CA 4Y4BA 4YDFA 2O4LA 1B6MA 2AZ9A 4HZTA 5P3YA 1EC0A 1HVCA 1MSNA 1N49A 5OZMA 2NR6A 3S45A 3OUDB 4RCEA 1ODXA 3UDMA 1A8GA 1SMRA 2PQZA 4Y36A 1C6ZA 2VIEA 5P58A 3QS1A 5P54A 4FAEA 4Z4XA 5P85A 3KFPA 3NDUA 5AH6A 4ZSQA 5JFUA 4AMTA 1M0BA 1MT9A 2VJ9A 5P25A 5E5JA 2HPFA 5HDZA 3F9QA 5COOA 4Y41A 2Q5KA 4Y47A 3CKPA 5P1UA 3CKRA 3O9AA 1T6GA 4Y4UA 4Y45A 4OD9B 1EAGA 3IAWA 3UDJA 3L38A 5P31A 3TL9A 5P1CA 1YG9A 3K4VC 5P6AA 3VFBA 1KJ4A 3T7XA 5P0FA 4D83A 1NPAA 5SZ9A 3VUCA 1HVKA 1ZTZA 4Y58A 4DQFA 5OZDA 3JVYA 5P6RA 4FRIA 2Q54A 5P2SA 1HPSA 1XN3A 2F8GA 1FMXA 3HVPA 3OXWA 4CPSA 2AOJA 4YCTA 2FGUA 4Y3PA 3SFCA 3EKXA 4Y50A 5OZLA 5P14A 2G1YA 4YA8A 5I3XA 2ZHUA 3I2LA 2PYMA 3AUPA 3RSVA 1OHRA 5IE1A 3VCMA 3CYXA 5P16A 3OU1B 3PSYA 4GYEA 3VFAA 4B0QA 3T7PA 3KT5A 1F34A 5P18A 5P2IA 3RSXA 2OHQA 2JYSA 3PVKA 4EYRA 1BDRA 3LPIA 4Y48A 5P8HA 3DV5A 5C9FA 5P8CA 1MRXA 3Q5HA 4Y5AA 3UQPA 1EPOE 2WF4A 4J0PA 2OHSA 1LEEA 5OZ7A 4R93A 1HRNA 5P5EA 3PWWA 3QVCA 5P71A 1W5XA 2B60A 4Q1YA 5DPZA 5P4AA 1A94A 1BBSA 4QJ9A 1MTRA 5P0JA 2QD8A 5P5UA 2ZJHA 5P8RA 5OZVA 5P8QA 1BWAA 2V00A 3PLLA 1META 3UDYA 3L5DA 1GNOA 2WHHA 5P7CA 2OHUA 4CPWA 3DOXA 4OBJA 4ZE6A 3QIHA 2NXMA 3NSHA 3PB5A 5P23A 4Y38A 4AUCA 3O9BA 5KR2A 4MC1A 1D4SA 5P4EA 2B8LA 4EJKA 5IVRA 5I3VA 4LHHA 3LIQA 5P7AA 5OZOA 4OBHA 4R95A 1Z1HA 5P2EA 3PHVA 4RYGA 4Y51A 5OYWA 4DFGA 1SH9A 1BV9A 1W6HA 2Q64A 5HTZA 2PWRA 5HVPA 1B6LA 5P3LA 2AOFA 7UPJA 3FIVA 1IZIA 3VV6A 1G2KA 2JJJA 3DM6A 3EXOA 5SY2A 2HB3A 7HVPA 4PPHA 3S85A 2B7ZA 3VYEA 1HOSA 5P55A 5CONA 5P7OA 1E80E 5P0XA 4RLDA 5OZGA 1YTGA 2NMYA 3O9HA 4Y3YA 3OAGA 5I3WA 4IVTA 5P0QA 5P49A 3OADA 2QU3A 2NNKA 2QI5A 2V13A 5DQCA 5P3XA 4CKUA 1HPVA 4F75A 4U8WA 3UDKA 1HIVA 2VNMA 4EP2A 2QZKA 5DQ2A 4Y3RA 5JFPA 1W50A 1FB7A 1FQ8A 3KA2A 3K5DA 5P6OA 3VF3A 5P13A 4I0GA 4B05A 2NMZA 5P83A 3KFRA 3UF3A 1TZSA 2OHTA 3UDPA 5HDUA 4DQHA 5EZZA 3NU4A 5P30A 4J1IA 3EL9A 3SM2A 4FSEA 4XKXA 5T4SA 5P1AA 2QD6A 1IIQA 3QP0A 3OU4A 5P4NA 3O99A 4Q1WA 2FXEA 3TOHA 5P50A 5P38A 2VJ7A 3HBOA 3HDKA 1C6XA 4DUSA 4LXAA 3LZYA 1EPME 4Z22A 4APRE 5P8MA 4NPUA 5ENMA 3I6OA 4FE6A 5P2MA 3S53A 1XL5A 5P2OA 3NR6A 2A4FA 1YTJA 2IL2A 5J25A 3BC4A 5P1YA 5P1DA 4GJBA 3T6IA 3O9DA 5P3KA 3GI0A 4WY6A 4YCKA 1FQ5A 3DCRA 1FFFC 3ZOVA 1SMEA 4OBZA 1QBRA 5P6YA 2AOCA 3L5EA 4B00A 4YCYA 5P1NA 2XFIA 3ZLQA 3D91A 2G1NA 2PSUA 4I0JA 3URLA 5P34A 4YOBA 1W5WA 5P22A 3EC0A 5OZHA 4A6BA 4L1AA 1YTIA 2R43A 3U7SA 4S1GA 4OBGA 4YBFA 2I0AA 2PC0A 4HLAA 5P5BA 1K2BA 5P8LA 4Y5CA 5P1MA 4J17A 1W5VA 4Y5NA 4ZSPA 5KOQA 2ZJKA 5P1KA 3O9EA 3VSWA 4Y3AA 3UQWA 1HVHA 5P8TA 2VS2A 4KE0A 2WEDA 5P60A 1C70A 5OYSA 4Y44A 5BRYA 3NU6A 4Y3ZA 2OHRA 2RMPA 1HVLA 3INFA 5P0PA 1GVXA 3LZSA 4PZXA 5APRE 4HDFA 4Y3QA 5P2AA 5P8BA 4DJRA 1HVRA 1IBQA 3GGVA 3VV7A 5P6JA 2ZGAA 4Y35A 5P80A 4OD9A 3Q3TA 2BPXA 5P2BA 5P6NA 5P46A 4OC6A 4ACXA 5C9DA 4Y3EA 2EWYA 2FDDA 4FS4A 4OBDA 5OZFA 5OZ6A 5AH7A 1W6IA 2F3FA 4ER1E 2O4KA 5P6DA 5IVQA 5P4LA 2FMBA 5P8JA 3VYDA 1BXOA 1DIFA 5P3EA 3PBDA 3SA9A 5P6PA 1EPNE 3KT2A 1G6LA 5OZAA 1Z1RA 5OZIA 2SAMA 5P1TA 3MXDA 1TW7A 4Q1NA 1QBTA 3IGBA 1PPKE 4A6CA 2QMGA 4QJ7A 3TTPA 4HDPA 1Z8CA 5P4GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WF1 A;  4DPF A;  5P7N A;  4GJC A;  1M43 A;  3ZKQ A;  3GI5 A;  5P33 A;  1WBM A;  3PCW A;  4LXK A;  1SIP A;  2PH6 A;  1FG6 C;  6APR E;  3OY4 A;  4YBI A;  3SA8 A;  5P0N A;  1DP5 A;  3GW5 A;  5P82 A;  4R5N A;  5P8P A;  1C6Y A;  1HTG A;  1MES A;  1LYA A;  4BFB A;  2V16 C;  3LHG A;  1ZJ7 A;  4GB2 A;  2ER7 E;  3UDQ A;  4EP3 A;  5P1P A;  5P4F A;  5F01 A;  5OZ2 A;  5P2Z A;  5P3J A;  1MSM A;  5P1G A;  3MSJ A;  1TSU A;  5KOS A;  1FQ7 A;  5P5Q A;  4UPJ A;  2HAH A;  5P1E A;  4BEK A;  4OBF A;  4OBZ B;  2IDW A;  1K2C A;  5OZB A;  3PBZ A;  2ZJL A;  5P6G A;  2ZJI A;  3EKW A;  2WKZ A;  2FNT A;  5HE4 A;  4RCD A;  1B6P A;  2QP8 A;  4GJ6 A;  4Q5M A;  1UH9 A;  2BPY A;  4NJU A;  5UPJ A;  5P5O A;  3RVI A;  1FG8 C;  2AVV A;  4L1A B;  4Y3D A;  3RU1 A;  5KR8 A;  3DV1 A;  3OHF A;  4J0Z A;  1AAQ A;  3OU3 A;  2QZX A;  1IVP A;  3ZKN A;  5OZC A;  3EKP A;  3GGA A;  3D20 A;  1FLH A;  1Q9P A;  5P5C A;  3M9F A;  4AZY A;  5P3V A;  2PSV A;  4TRY A;  3NUO A;  1HSG A;  3LIX A;  5P57 A;  3EM4 A;  3HVG A;  1GNM A;  5P0R A;  3OOT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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