1JLDA

Potent hiv protease inhibitors containing a novel (hydroxyethyl)amide isostere
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
publication title Potent HIV protease inhibitors containing a novel (hydroxyethyl)amide isostere.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1jldA00
1APUE 3SO9A 2OF0A 5CLMA 5HU1A 3PSUA 1BWBA 4OBJA 4Y4JA 5P2VA 5KR2A 5P4PA 4S1GA 4H1EA 1EC0A 2HPEA 3PLLA 5OZMA 1EPOE 5P5SA 3KYRA 7UPJA 3BGBA 1GNOA 5P0KA 5P59A 2OHLA 1K1TA 3I8WA 4J0PA 3MSKA 4CPUA 3H0BA 1HTRB 3AIDA 2V12C 5OZDA 4KB9A 5P70A 3NU9A 5P2LA 5OZ3A 5P8HA 5P12A 3VLBA 4DJPA 5P4JA 3T7XA 4M8YA 3LNKA 1IZEA 1IZDA 5P34A 2QU2A 4QGIA 4QJAA 1MRXA 1EC1A 2PWRA 3EKXA 5P4GA 4RYGA 3UHLA 5P75A 5P44A 5KQYA 2AOCA 4JPEA 5P4BA 3SM2A 1OEWA 3PJ6A 5ISKA 3DUYA 1OEXA 3VYEA 3LZUA 3LIVA 2QI5A 5E5KA 3UDMA 5P6RA 5P7TA 1HVSA 1TSQA 1B6KA 5P1TA 5EZXA 3U6AA 5JFUA 1FMXA 5P49A 4UPJA 3OTYA 5P7MA 4YE3A 1YG9A 2R3TA 1PSOE 5P7FA 5P4MA 5P0PA 5HTZA 3BGCA 2HIZA 3T7PA 5P04A 1GNNA 5P8OA 5OZQA 2NMZA 2WF4A 2HC0A 3T6IA 1HSGA 2P3AA 4HZTA 3T3CA 5P2KA 1HVJA 2B42A 4QLHA 2QI1A 1D4SA 4B77A 4RYCA 1UH9A 3DV1A 3I25A 4F76A 2R5PA 3KMYA 5P7VA 2FMBA 3LIYA 3QN8A 5OZ9A 1YT9A 2PSUA 2BPWA 3PCWA 4WY1A 5P3SA 1C70A 4DJQA 3SA6A 5P88A 5P5AA 3ZPTA 1G6LA 3APRE 3SFCA 2NXMA 2APRA 4DQGA 5AHCA 5KQXA 3APPA 4YD4A 4Y5EA 3S43A 5HU0A 4GJ6A 4I8ZA 1HVHA 4QJ2A 1PPLE 1IDBA 5P6QA 4I8WA 4D88A 5P84A 3UPJA 1Z1RA 2V11C 3TL9A 1SIVA 2JXRA 3HBOA 1B6MA 3ZPSA 2NTRA 4DJRA 3RSXA 4Z22A 3KFSA 2PMAA 5P8BA 4Y5NA 5P80A 5P5TA 5P7PA 1DAZC 3BUFA 4NJUA 5P7EA 4D8CA 3ER5E 3TNEA 3RTHA 5P4VA 5P1IA 2BPVA 1FGCC 1YTGA 2CEJA 1ZTZA 3INEA 5P4CA 1ENTE 4FCOA 3Q5HA 1XN3A 2IGYA 1UH8A 3NWXA 3OK9A 4BFBA 3OWNA 3LIQA 3S85A 3ZKXA 3CYXA 5AHBA 3D20A 3D1ZA 3O9LB 5P52A 3T7QA 5P0EA 2ZJMA 3S56A 4Y4TA 5P0WA 5IVRA 2ZJLA 4NJVA 4Y53A 5P31A 5P5UA 4Y3JA 5P7SA 3SA3A 2Z4OA 3EL0A 5OYTA 1FQXA 1E82E 5P7AA 3ZL7A 3WZ7A 1APVE 1QBTA 5P42A 5P6KA 4YBFA 3L5CA 5OZFA 5P30A 3O9FA 3PWRA 5P3ZA 2FGUA 3LPKA 2PQZA 2AVVA 1HIHA 5F00A 1FQ6A 5P2YA 5P2NA 4B1DA 2P83A 2ER7E 3PI5A 2I4DA 5P3MA 2VNNA 4EXGA 2I0DA 5OYVA 4EPJA 2FLEA 1WBMA 4Q1XA 5P5OA 5P5IA 1MESA 2A1EA 4I0DA 5OZBA 4DJVA 2I4VA 5P32A 2Z54A 4L7HA 4FRIA 5P3JA 4FRSA 5P4YA 1HHPA 2O4PA 4RCEA 5P8SA 4EJKA 4XXSA 4Y3TA 5P3DA 1SMRA 1K1UA 2RSPA 5P3FA 2HB2A 4Y5LA 1QRPE 3GW5A 4FSEA 4I1CA 5BS4A 2G20A 3ZKNA 4Y5CA 4EHCA 3G72A 3OQDA 5P6LA 4Y4BA 3LPJA 5P56A 2QAKA 1TCWA 5P35A 1GKTA 5P6WA 3D1XA 3UDNA 4I0ZA 5AH9A 5P03A 5OZUA 2HAHA 5P18A 1BVGA 2AVOA 1EPPE 4ZSMA 4J1EA 2VS2A 5P0XA 5P54A 4LXMA 1BDLA 3EKWA 5P3XA 3O9GA 3ZKMA 3SM1A 1AIDA 3OUCA 1FFFC 3SKFA 3DK1A 3OOZA 4ZPGA 2G26A 5P3KA 4I0GA 1QBUA 5P1WA 1AXAA 4L7JA 4U7VA 5P82A 1D4IA 4OD9A 3PSYA 2QK5A 1ZBGA 1EPLE 4FAEA 5P71A 1BBSA 1NPAA 3CICA 2IENA 2P3DA 3PMYA 4Y5BA 2IKUA 5P3BA 1SMEA 1TZSA 1EBYA 3UDQA 1D4KA 1ODXA 5P0OA 5P0UA 4CPSA 3INFA 4QJ9A 5P51A 1TQFA 5P7QA 3BVAA 4FRJA 2G1SA 3VUCA 3BUGA 3VSWA 5P1QA 3OHHA 1MUIA 5P5RA 4Y45A 3FIVA 2JYSA 5P7YA 3TTPA 1KJGA 1MT9A 3ZOVA 5P3CA 2AOJA 5OZIA 3EM6A 5SY2A 2RKFA 3FNTA 5COOA 4JP9A 4QJ6A 2HB3A 1HRNA 3L58A 3SAAA 3DM6A 5P57A 3S8IA 5P63A 3GI4A 5P02A 4EWOA 5P15A 2PYNA 4LBTA 5DR7A 3OU1A 1OD1A 2CEMA 3LZYA 2QCIA 1EC2A 4ZPEA 3K5DA 5P6UA 4F73A 4J1KA 3KM4A 3TOHA 5P5DA 2V00A 2P4JA 4RCDA 4HE9A 2O4NA 5P1NA 1RV7A 5P17A 5P6JA 4H3IA 3INDA 3VYDA 4ZSPA 5P01A 3EXOA 2QD8A 5P39A 1HBVA 5P8DA 5P73A 3OADA 5P2MA 2WF1A 4YOBA 3O99A 5B18A 4DFGA 5P0TA 1D4LA 1TCXA 1UPJA 2NMYA 1HVCA 3NSHA 3KDDA 2WEZA 4NJTA 4A4QA 3UDYA 5P7WA 5TOLA 1QS8A 2ZHRA 4Q1YA 5P8UA 1HTGA 1PSNA 2VA6A 4Y5AA 4ZE6A 5JG1A 4B1CA 1A9MA 2G27A 4Y37A 5P3WA 5BWYA 4GJBA 3OTSA 2QMFA 5DGUA 5P0GA 2OHRA 4OBKA 1QDMA 2I1AA 4FGXA 8HVPA 3KN0A 3OXWA 5P5JA 3GGXA 4Y5GA 3C9XA 3CKPA 4TRYA 3HLOA 3L5FA 3ECGA 2B8LA 4H3FA 2B7ZA 2FXDA 1XL5A 3Q6YA 5P6XA 4B0QA 2JJIA 2PC0A 5P2XA 1HSIA 3Q70A 5OYQA 5P1HA 5DQ4A 4Y41A 1YTHA 3HD8A 1MVPA 2QHZA 2AOHA 4LHHA 1IVQA 5P61A 5P64A 5P0YA 1K6VA 3KA2A 1DP5A 2VA7A 4B1EA 4OBZA 5P77A 3EKPA 3Q3TA 1PPME 2VNMA 2I4UA 1GVVA 3LZVA 5P3QA 4ZSQA 4RRNA 5P09A 1IDAA 3EKVA 5P6OA 4Y3QA 2QU3A 3PRSA 3DCKA 5I3VA 5P8VA 5P2CA 3FNSA 4Q5MA 5P5PA 2G1NA 5P6VA 5P6YA 3MXDA 2QD6A 1EPNE 3KF0A 2O40A 1YM2A 2OHNA 1SIPA 2R5QA 4NPUA 1T7KA 3A2OA 3ZKIA 3KDCA 1SDVA 1TW7A 4BFDA 5P72A 5OZWA 4MC1A 4CP7A 4I10A 4Y47A 5P3IA 2FDDA 4XKXA 5P3HA 5P0AA 4HA5A 2VIJA 5P29A 2R3WA 2WL0A 4YDFA 1E5OE 2ZJIA 4EJDA 2UPJA 2QI6A 4FRKA 4DPIA 1DMPA 2I4QA 4IVSA 5P43A 5P6PA 1HPVA 3O9CA 2QMPA 1VIKA 1APWE 3LHGA 1MSMA 5P25A 4ER4E 5P7IA 4R8YA 4Y35A 2P3BA 1BDRA 3OU1B 5CONA 4WY6A 3I6OA 3UDRA 1AAQA 3ZMGA 1HVRA 5OZYA 3EM3A 2J9JA 2NR6A 4N00A 3RVIA 4K9HA 5HE5A 1FFIC 2V16C 4OBGA 3CKTA 2ASIA 3EL9A 5OZTA 5OYWA 1B5FA 1LYWA 9HVPA 2FDEA 3NU3A 1KZKA 3QIHA 2WEAA 2ZJNA 3OADB 2VA5A 5C9DA 3K5FA 3OAGB 4EXHA 5P62A 3PM4A 5P1KA 5P6FA 4Y36A 5P2UA 1D4JA 5P8IA 1AJXA 4IVTA 1HEFE 5P1OA 3VG1A 1SGZA 4YDGA 5P4RA 2PSGA 3O9IA 1BV7A 5P7DA 3L59A 5JODA 4TRWA 2AOIA 2MIPA 3EL1A 3B7VA 1F34A 3DCRA 2QZLA 5HD0A 2G1RA 1N49A 5P1VA 4YCKA 2IRZA 3EMYA 5P81A 5IVSA 1W51A 4CPXA 2ZHTA 4Y3SA 1KJFA 5P6NA 3TPRA 3GI6A 1GNMA 3PSGA 2R9BA 3K5GA 5P7RA 5SY3A 5P85A 1KJ4A 1PSAA 3LIXA 4AUCA 2WJOA 3NUJA 1LF4A 5OZ4A 3GGAA 5AH6A 3R4BA 5P8GA 5P69A 2B60A 3OUAA 1ME6A 5OYUA 5P13A 2SAMA 5HE7A 2BJUA 1AZ5A 3K4VA 3NDXA 5OZSA 2FIVA 5P5GA 5P0LA 2BB9A 5P06A 1MPPA 4Y58A 3VF5A 1T7JA 1GVXA 3OQAA 4Y6MA 1LS5A 4RVXA 2ZJHA 3URJA 3PI0A 1BVEA 2IEOA 1A94A 2F8GA 3OU4B 4J1HA 5DPZA 4AMTA 4TVHA 3QI1A 1YTJA 4OBZB 3BVBA 3TKGA 5J25A 4PPHA 1FLHA 1HEGE 1HVIA 1FMUA 4Y3AA 5ER1E 4Y51A 3SA4A 2FNTA 1XDHA 2HB4A 2AZ9A 4CPQA 4Y3PA 3ZKQA 3L38A 5P37A 2QZKA 3SA7A 1AJVA 4J0TA 4B05A 5KR0A 1HPOA 4CPRA 5DGWA 5P0VA 3LITA 2WKZA 5AHAA 4LXKA 3K1WA 3PVKA 1DIFA 1E80E 1J71A 3SABA 2R43A 4JPCA 4ZSRA 3GI5A 5P2EA 5P1YA 5P5CA 4FE6A 5P2JA 5P3NA 3L3AA 5HE4A 5P05A 4DVFA 2O4SA 4E43A 5P3TA 3PCZA 3MXEA 1MT8A 2RKGA 4Y3FA 1M43A 3TPLA 3OGQA 5IVQA 2F3EA 5P8RA 1UH7A 5P4EA 3S54A 2VJ7A 5P5ZA 1M0BA 5P1LA 2BPZA 4Y57A 2I4XA 4Y54A 4RCFA 3OGPA 5F01A 5P5EA 1FG8C 2ZHVA 5ISJA 1YM4A 4I0EA 2AOFA 3DJKA 4J0ZA 1B5FB 1EBZA 5P4ZA 3CIDA 5P53A 4Q1WA 5P48A 4LP9A 2CENA 4YCYA 4U8WA 1B6LA 4QJ8A 4GB2A 5DQ2A 1G2KA 5HCOA 4PHVA 3UCBA 2F3KA 3QRMA 1C6ZA 4Y5PA 5P1AA 2HPFA 1HOSA 1RL8A 5P3VA 2OHQA 2FS4A 5P4OA 4D83A 4L7GA 4J1CA 5P4QA 3OXXA 4L1AA 2H6SA 2F80A 2QNNA 5APRE 2ZHUA 1B11A 4Y5MA 1OHRA 5OYYA 3R0WA 1LZQA 4FLGA 3NUOA 5OYRA 2ZGAA 5P8MA 5P47A 3G6ZA 4GJ7A 5P5FA 5P4WA 4KE1A 1MEUA 1BAIA 3O9AA 3RU1A 5P5HA 3HVPA 3PGIA 1EAGA 1U8GA 2BBBA 4J1FA 1LV1A 5P0JA 4DQEA 3QPJA 4GJ9A 5P0CA 1APTE 4APRE 5P1BA 2QZXA 5P2TA 2FNSA 3H5BA 4OBFA 2IKOA 1MSNA 5P16A 3NU6A 1ZJ7A 1E81E 3RTNA 3R0YA 5P66A 5P28A 4Y50A 1FF0C 5P5XA 3SQFA 3UDJA 1ZSFA 4Y4EA 3URLA 5P40A 2BPXA 4Y4WA 5P1ZA 2VJ9A 5P7GA 2IGXA 4FM6A 4MC9A 2QHCA 3O9HA 4K8SA 3PWMA 2FDPA 3S43B 5P8QA 2G1OA 5HDUA 3U71A 1DPJA 5P1MA 4FL8A 3IN4A 4Y4ZA 4Y4DA 2BKTA 3D3TA 2BKSA 3QAAA 5P8LA 1ZPKA 1IIQA 4RLDA 4PEPA 5IVTA 3ZPUA 4Y38A 1G0VA 4Z4XA 5I70A 3D91A 4I0FA 2R8NA 3UQWA 5P4UA 3O9EA 3AUPA 2BQVA 4NJSA 2QNPA 3TOFA 1GVWA 3TH9A 4Y3ZA 5OZKA 1BWAA 2PK6A 1LYBA 5OZLA 3NXNA 2QI0A 5P55A 5P22A 5P5QA 3BC4A 2G21A 4Y3HA 4Y56A 5P8CA 5P5YA 1W6HA 2R38A 2VKMA 2IQGA 4COEA 4EP3A 5P4SA 5P00A 5P3YA 3TLHA 3UQRA 3I7EA 5P8JA 3HVGA 4EQ0A 5P86A 4HDBA 3TPPA 3TPJA 1XE6A 4PZXA 2VIYA 3EL4A 4J5JA 4Z2ZA 3NU5A 5P46A 2WEBA 1NSOA 3S2OA 4D89A 2QD7A 3GGVA 2JE4A 5P8EA 3VSXA 1HIVA 3QROA 1LYAA 2QI7A 5P33A 5P7BA 5P78A 3VF7A 4R93A 2G69A 4YD3A 4MC6A 2RENA 3CYWA 5OYSA 4RVJA 1XE5A 2NNPA 3D1YA 3F9QA 4X7IA 3QBHA 5P76A 5P7OA 1Z8CA 3LZSA 5P7KA 3OHFA 2ER6E 4H3JA 1HIIA 4Y4AA 5HCTA 4EJ8A 2AVMA 5P3RA 2QHYA 3NYGA 1BV9A 2HS1A 1HXWA 5AGZA 5P5BA 2P8HA 3IAWA 5P10A 4RZ1A 1DW6C 3HDKA 3OU3A 3WSJA 4R95A 2A4FA 3PB5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1APU E;  3SO9 A;  2OF0 A;  5CLM A;  5HU1 A;  3PSU A;  1BWB A;  4OBJ A;  4Y4J A;  5P2V A;  5KR2 A;  5P4P A;  4S1G A;  4H1E A;  1EC0 A;  2HPE A;  3PLL A;  5OZM A;  1EPO E;  5P5S A;  3KYR A;  7UPJ A;  3BGB A;  1GNO A;  5P0K A;  5P59 A;  2OHL A;  1K1T A;  3I8W A;  4J0P A;  3MSK A;  4CPU A;  3H0B A;  1HTR B;  3AID A;  2V12 C;  5OZD A;  4KB9 A;  5P70 A;  3NU9 A;  5P2L A;  5OZ3 A;  5P8H A;  5P12 A;  3VLB A;  4DJP A;  5P4J A;  3T7X A;  4M8Y A;  3LNK A;  1IZE A;  1IZD A;  5P34 A;  2QU2 A;  4QGI A;  4QJA A;  1MRX A;  1EC1 A;  2PWR A;  3EKX A;  5P4G A;  4RYG A;  3UHL A;  5P75 A;  5P44 A;  5KQY A;  2AOC A;  4JPE A;  5P4B A;  3SM2 A;  1OEW A;  3PJ6 A;  5ISK A;  3DUY A;  1OEX A;  3VYE A;  3LZU A;  3LIV A;  2QI5 A;  5E5K A;  3UDM A;  5P6R A;  5P7T A;  1HVS A;  1TSQ A;  1B6K A;  5P1T A;  5EZX A;  3U6A A;  5JFU A;  1FMX A;  5P49 A;  4UPJ A;  3OTY A;  5P7M A;  4YE3 A;  1YG9 A;  2R3T A;  1PSO E;  5P7F A;  5P4M A;  5P0P A;  5HTZ A;  3BGC A;  2HIZ A;  3T7P A;  5P04 A;  1GNN A;  5P8O A;  5OZQ A;  2NMZ A;  2WF4 A;  2HC0 A;  3T6I A;  1HSG A;  2P3A A;  4HZT A;  3T3C A;  5P2K A;  1HVJ A;  2B42 A;  4QLH A;  2QI1 A;  1D4S A;  4B77 A;  4RYC A;  1UH9 A;  3DV1 A;  3I25 A;  4F76 A;  2R5P A;  3KMY A;  5P7V A;  2FMB A;  3LIY A;  3QN8 A;  5OZ9 A;  1YT9 A;  2PSU A;  2BPW A;  3PCW A;  4WY1 A;  5P3S A;  1C70 A;  4DJQ A;  3SA6 A;  5P88 A;  5P5A A;  3ZPT A;  1G6L A;  3APR E;  3SFC A;  2NXM A;  2APR A;  4DQG A;  5AHC A;  5KQX A;  3APP A;  4YD4 A;  4Y5E A;  3S43 A;  5HU0 A;  4GJ6 A;  4I8Z A;  1HVH A;  4QJ2 A;  1PPL E;  1IDB A;  5P6Q A;  4I8W A;  4D88 A;  5P84 A;  3UPJ A;  1Z1R A;  2V11 C;  3TL9 A;  1SIV A;  2JXR A;  3HBO A;  1B6M A;  3ZPS A;  2NTR A;  4DJR A;  3RSX A;  4Z22 A;  3KFS A;  2PMA A;  5P8B A;  4Y5N A;  5P80 A;  5P5T A;  5P7P A;  1DAZ C;  3BUF A;  4NJU A;  5P7E A;  4D8C A;  3ER5 E;  3TNE A;  3RTH A;  5P4V A;  5P1I A;  2BPV A;  1FGC C;  1YTG A;  2CEJ A;  1ZTZ A;  3INE A;  5P4C A;  1ENT E;  4FCO A;  3Q5H A;  1XN3 A;  2IGY A;  1UH8 A;  3NWX A;  3OK9 A;  4BFB A;  3OWN A;  3LIQ A;  3S85 A;  3ZKX A;  3CYX A;  5AHB A; 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 1OD1 A;  2CEM A;  3LZY A;  2QCI A;  1EC2 A;  4ZPE A;  3K5D A;  5P6U A;  4F73 A;  4J1K A;  3KM4 A;  3TOH A;  5P5D A;  2V00 A;  2P4J A;  4RCD A;  4HE9 A;  2O4N A;  5P1N A;  1RV7 A;  5P17 A;  5P6J A;  4H3I A;  3IND A;  3VYD A;  4ZSP A;  5P01 A;  3EXO A;  2QD8 A;  5P39 A;  1HBV A;  5P8D A;  5P73 A;  3OAD A;  5P2M A;  2WF1 A;  4YOB A;  3O99 A;  5B18 A;  4DFG A;  5P0T A;  1D4L A;  1TCX A;  1UPJ A;  2NMY A;  1HVC A;  3NSH A;  3KDD A;  2WEZ A;  4NJT A;  4A4Q A;  3UDY A;  5P7W A;  5TOL A;  1QS8 A;  2ZHR A;  4Q1Y A;  5P8U A;  1HTG A;  1PSN A;  2VA6 A;  4Y5A A;  4ZE6 A;  5JG1 A;  4B1C A;  1A9M A;  2G27 A;  4Y37 A;  5P3W A;  5BWY A;  4GJB A;  3OTS A;  2QMF A;  5DGU A;  5P0G A;  2OHR A;  4OBK A;  1QDM A;  2I1A A;  4FGX A;  8HVP A;  3KN0 A;  3OXW A;  5P5J A;  3GGX A;  4Y5G A;  3C9X A;  3CKP A;  4TRY A;  3HLO A;  3L5F A;  3ECG A;  2B8L A;  4H3F A;  2B7Z A;  2FXD A;  1XL5 A;  3Q6Y A;  5P6X A;  4B0Q A;  2JJI A;  2PC0 A;  5P2X A;  1HSI A;  3Q70 A;  5OYQ A;  5P1H A;  5DQ4 A;  4Y41 A;  1YTH A;  3HD8 A;  1MVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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